Xpert MTB /RIF test môže byť použitý na archivované žalúdočnej sekrécie a indukované vzorky spúta pre citlivú diagnostiku detskej tuberkulózy

Xpert MTB /RIF test môže byť použitý na archivované žalúdočnej sekrécie a indukované vzorky spúta pre citlivú diagnostiku detské tuberkulózy
abstraktné
pozadia
tuberkulóza (TBC) u detí je zanedbávaný, a to predovšetkým kvôli nedostatku citlivých diagnostických nástrojov , V poslednej dobe Xpert MTB /RIF test spôsobil revolúciu v diagnostickej poľa, ale jeho užitočnosť v pediatrickej TB nebola hlásená z Indie a žiadna správa je k dispozícii na jeho použitie na základe dlhodobých archivovaných vzoriek.
Metódy
prijatí sme 130 detských pacientov s pravdepodobným vnútrohrudný tuberkulózou a ich žalúdočnej sekrécie (GA) a indukovaného spúta (IS) vzorky na 2 po sebe idúcich dňoch boli zhromaždené v období od januára 2009 do decembra 2012. Všetky vzorky (n = 520) boli podrobené pošpiniť vyšetrenie, BACTEC MGIT-kultúre a vo -house
multiplex PCR. Alikvotná časť každej vzorky bol skladovaný pri -80 ° C a testované v Xpert MTB /RIF test v roku 2013.
Výsledky
Vzorka múdry a trpezlivý múdry detekcia miera ster mikroskopia bola 4,4% a 10%, zatiaľ čo u BACTEC -MGIT kultúra táto sadzba bola 24,4% a 46,9%, resp. Z celkového počtu 130 vzoriek denne 1 GA, 31,5% a 27,7% Deň 2 GA vzoriek bolo pozitívnych pri kultivácii. Iba 17,7% GA vzoriek bolo pozitívnych na oba dva dni. Z 130 je vzorky odobraté v deň 1 a deň 2, 15,4% a 23,1% vzoriek bolo pozitívnych pri kultivácii. Kombinácia GA a IS prinieslo najlepšie výsledky. Kombináciou GA a je celková citlivosť Xpert MTB /RIF na steru a kultúry pozitívnych vzoriek bolo 95,6%. V náteru negatívnych a pozitívnych vzoriek kultúra jeho citlivosť bola 62,5%. Čas trvania uchovávania vzoriek dopad na Xpert MTB /RIF vykonanie testu (p = 0,0001). Vo steru pozitívnych vzoriek uložených na 650-849 dní, jeho citlivosť bola 85,7% a 77,1% pre IS a GA vzoriek, ktoré sa znížili na 33,3% a 50%, respektíve, ak je uložených viac ako 1050 dní.
Diskusia
potvrdzujúce diagnózu tuberkulózy najmä u detí je lekárska výzvou. Žiadna laboratórium alebo rádiologického testu môže dosiahnuť uspokojivej úrovni diagnostickej citlivosti. Avšak, v tejto štúdii sme foundthat kombináciu rôznych vzoriek a rôznych diagnostických testov môžu poskytnúť oveľa lepší výťažnosť, hoci notoptimum. V tejto štúdii, kombinácia 2 žalúdočných aspirátu (GA) a 2 indukovaného spúta (IS) vzorky odobrané v dvoch po sebe nasledujúcich dní, a testované na troch diagnostických metód sa získa značne vysokú mieru detekcie. Napriek dlhodobé skladovanie, celková citlivosť Xpert MTB /RIF na steru a -Kultura pozitívnych vzoriek zostala veľmi vysoká. Ale po uložení týchto vzoriek za podmienky pod bodom mrazu thesensitivity z Xpert MTB /RIF výrazne znížila. Toto je očakávaná, pretože aj keď je vzorka ster a kultúra pozitívne, počet preživších mykobaktérie ide dole, po niekoľkých rokoch tento počet môže dosiahnuť na nezistiteľnú úroveň.
Záver
Správa ukazuje, že oterové a kultúry pozitívnych vzoriek skladované pri pod bodom mrazu podmienky pre niekoľko rokov môžu byť použité v Xpert MTB /RIF testu, pri zachovaní znateľný diagnostický testovací senzitivitu a špecifickosť.
Kľúčové
Pediatrics Tuberkulóza India žalúdočnej sekrécie indukovaného spúta archivovaných vzoriek MPCR MGIT kultúra, Xpert MTB /RIF pozadí
svetová zdravotnícka organizácia (WHO) odhaduje globálny bremeno tuberkulózy (TBC) u 9 miliónov nových prípadov a 1,5 milióna úmrtí v roku 2013 [1]. To zahŕňalo až 15% záťaže pediatrických prípadov. Asi 74.000 detí zomiera na tuberkulózu každý rok a existuje asi pol milióna nových prípadov ročne [2]. Rovnako ako u dospelých, väčšina (70-80%) prípadov TBC dieťa prichádza s pľúcnou tuberkulózy (PTB). Tuberkulóza u detí bola relatívne zanedbávaná, a to predovšetkým kvôli problémom v dostupnosti účinných diagnostických nástrojov [3]. India je 17. medzi 22 krajinách s vysokou záťažou, pokiaľ ide o celkovú mieru výskytu TBC, ale len veľmi málo k dispozícii informácie o epidemiológii tuberkulózy u detí, jeho diagnostika a riadenia [4, 5].
Vo väčšine nastavení diagnóza detské TB je vykonané na základe vysledovania kontaktov, a len veľmi málo pokusov boli vykonané pre aktívnu detekciu prípadu. Je to hlavne kvôli nedostatku patognomonické klinického stavu v detskej tuberkulózy a nedostatkom citlivých diagnostických nástrojov [3, 4, 6, 7].
S ohľadom na obmedzené nástroje pre konfirmačný laboratórnu diagnostiku, vyhodnotenie anamnézy, tuberkulínovom pleti, hrudníka x-ray a chýbajúce reakcie na antibiotiká pomáhajú pri vytváraní klinickej diagnózy. Ster mikroskopie a potvrdenie mikrobiologické je zriedka dosiahnutá vďaka zlej citlivosti týchto testov, z časti v dôsledku paucibacillary povahe ochorenia a neschopnosť malých detí, aby optimálne vzorka spúta [6]. Striedavé vzorky zahŕňajú žalúdočnej sekrécie (GA) indukovaného spúta (IS), nosohltanu odsávať, bronchio laváž, laryngeálne výter, testovacie reťazec a vzorky stolice [3, 7-10]. V závislosti na použitom diagnostického testu, tieto vzorky ukázali variabilné senzitivitu a špecifickosť. Bolo zistené, že vzorky výplach žalúdka poskytovať najvyššiu (40-92%) detekcia mieru, v závislosti na citlivosti laboratórnych testov prijatý. Ostatné vzorky ukázali horšie ceny detekcie v rozmedzí od 4-43% pre bronchoalveolárnej laváže, 24-30% pre nosohltanu ašpirácie, 27-63 pre hrtanu tampónom a 20-30% pomocou indukovaného spúta. Niektorí pracovníci majú tiež použiť testovacie reťazec, ale výsledky neboli povzbudzujúce [3, 7, 11-13].
Nedávne zavedenie Xpert MTB /RIF testu (Cepheid, USA) významne premenila diagnostiku tuberkulózy u dospelých , ale jeho použitie pre diagnózu TBC u detí je na základe vyhodnotenia. Tento test je rýchla a poskytuje výsledky v priebehu 2 hodín [14]. V programovom vyhlásení Svetová zdravotnícka organizácia (WHO) v roku 2011, odporučila používať Xpert MTB /RIF teste ako predbežný diagnostický nástroj u detí, u dospelých s podozrením vírusu ľudskej imunitnej nedostatočnosti (HIV) spojených tuberkulózu a vo všetkých MDR TB podozrivých prípadov [ ,,,0],15]. Následne, niekoľko robotníkov začali používať Xpert MTB /RIF test pre diagnostiku detskej tuberkulózy [10, 16-18]. Avšak, široké využívanie šírenia Xpert MTB /RIF pre diagnostiku detskej tuberkulózy na rutinné báze stále zostáva vzdialeným voľba. K dnešnému dňu existuje len málo štúdií o uplatňovaní Xpert MTB /RIF pre diagnostiku pediatrické TB. Dve štúdie správu o používaní Xpert MTB /RIF na indukovaného spúta dva na jeho využitie vo vzorkách výplach žalúdka. Neexistujú žiadne štúdie, ktoré referujú o užívaní Xpert MTB /RIF v oboch GA a je vzoriek súčasne na rovnakom pacientovi. Ďalej neexistuje štúdia z Indie na vyhodnotenie Xpert MTB /RIF pre diagnostiku pediatrické pľúcnej TBC. Okrem toho, doteraz nebola skúmaná využiteľnosť Xpert MTB /RIF na archivovaných GA a je vzoriek. Vzhľadom k tomu, Xpert MTB /RIF stal k dispozícii až po roku 2011, neexistuje žiadna iná rýchly test, ktorý dokáže detekovať TB a RIF odpor súčasne vo vzorkách, ktoré boli odobraté pred rokom 2011. Táto štúdia tiež skúma vplyv dlhodobého skladovania klinických vzoriek na pre detekcia TBC podľa Xpert MTB /RIF testu.
skôr sme uviedli, že GA vzorky poskytujú lepšie výnosy ako IS vzoriek [19]. V nasledujúcom prehľade sa tiež ukázalo, že neutralizácia pH žalúdočnej sekrécie, než spracovanie vedie k vyššej miere kontaminácie, bez zvýšenia miery detekcie [20]. V tejto štúdii sme správu o výkone Xpert MTB /RIF na archivované GA a je vzorky odobraté v dvoch po sebe idúcich dňoch od detí s pravdepodobným vnútrohrudný TB, prijatí ako súčasť dvojitý stínil randomizovanej kontrolovanej štúdie na štúdium role Doplňovanie stopových prvkov u detí s intra-hrudnej tuberkulózy.
metódy
štúdie štúdie a nábor
štúdia bola vykonaná v období od januára 2009 do decembra 2012 v All India Institute of Medical Sciences (AIIMS) a Kalawati Saran Detská nemocnica ( KSCH), a to ako v New Delhi, India. Táto práca bola súčasťou dvojitej zaslepenej randomizovanej kontrolovanej štúdii na štúdium role Doplňovanie stopových prvkov u detí s tuberkulózou intra-hrudnej [19-22]. Celkom 403 detí (58,2% dievčat), vo veku od 6 mesiacov do 14 rokov [strednému veku, 120 mesiacov; Rozsah medzikvartilové (IQR), 7-168 mesiacov], s pravdepodobnou intra-hrudnej TBC boli zaradení. Postupovať podľa štandardných kritérií klinika-rádiologické podozrenie, intra-hrudný tuberkulózu bol použitý v tejto štúdii, ako bola zverejnená už skôr [19 až 22]. Diagnóza vnútrohrudný tuberkulózy bol založený na odporúčanie indického Academy of Pediatrics. Každé dieťa s kašľom a horúčkou viac ako 2 týždne so žiadnym zlepšením počas siedmich až desiatich dní amoxicilín kurzu a nedávne nevysvetliteľný úbytok hmotnosti alebo v anamnéze kontakte s TB pacienta v posledných dvoch rokoch. Všetky tuberkulóza podozriví podstúpila röntgen hrudníka (bočné a zezadudopředu). V prítomnosti pretrvávajúcich abnormalít x-ray, s non-odznení klinických príznakov a bez alternatívne príčina príznakov a hrudníka zistenie x-ray, pravdepodobnú diagnózu tuberkulózy vnútrohrudný bola vykonaná. Všetky deti s pravdepodobným tuberkulózou boli podrobené tuberkulínový kožný test (TST), ambulantná žalúdočných aspirates (GA) a indukovaného spúta (IS) vyšetrenie AFB ster a kultúry. Deti boli zahájená ATT podľa odporúčania RNTCP [5]. V stručnosti: Všetky deti s pravdepodobným vnútri hrudnej tuberkulózy boli podrobené žalúdočné sania (GA) a indukovaného spúta (IS) zberu dva po sebe nasledujúce dni (D1 dvojica A a D2). Deti boli požiadané, aby ohlásiť 6 hodín ráno nalačno do určeného kliniku. Po vysvetlení postupe a získanie súhlasu od rodičov a slovné súhlas od detí, vhodnej veľkosti plniaca trubica (10-12G) bola vložená do jednej nosovej dierky, až sa dosiahne žalúdka. Poloha rúrky bola overená pomocou insuflácie vzduchu do žalúdka. Obsah žalúdka úplne odsajú, uchovávané v sterilnom obale. Obvyklý objem zhromaždené pohybovala okolo 10 ml. Vzorky boli transportované do laboratória na ďalšie spracovanie v priebehu 1-2 hodín.
V rovnakom sediaci žalúdočné ašpirácie nasledovala indukovaného spúta s medzerou okolo pol hodiny. Pre indukcie spúta, že dieťa so základným náterom 2 vstreky salbutamol inhaláciu inhalátora s odmeriavanie dávkou (MDI Asthalin, 100 ug /lístkového, Cipla, India)) a dištančné (Zeroastat VT spacer, Cipla, India) a následne rozprašovaním s 3 ml 3 % roztoku chloridu sodného v priebehu ďalšieho 15-20 min. Všetky vzorky boli uvedené jedinečných číselných kódov; a poslal do laboratória bez väzby na klinických a pacienta detaily. Vzorky boli spracované v ten istý deň pre AFB náteru, BACTEC MGIT-kultúre a in-house
PCR [23]. Klinické a ďalšie podrobnosti pacientov bolo zaznamenané v liste Excelu pôsobením pediater a laboratórium nebol vedomý klinickou diagnózou predmetov.
Etické aspekty
Štúdia bola schválená etickou komisiou Institutional celý India Institute of Medical Sciences , New Delhi a Kalawati Saran Detské nemocnice, New Delhi, India, a súd bol zaznamenaný u ClinicalTrials.gov (NCT 00801606). Písomný informovaný súhlas bol získaný od rodičov /opatrovníkov každého dieťaťa.
Laboratórnymi metódami
spracovanie vzoriek
IS a GA (pH non-neutralizovaný) vzorky boli spracovávané, ako bolo opísané skôr [19, 21, 23, 24] , V stručnosti, vzorky boli centrifugovány pri 10000 x g počas 10 minút pri teplote 4 ° C; Supernatant sa dekantuje a peleta bola resuspendované v rovnakom objeme 0,5% Nalco-4% NaOH zmesi vo 50 ml hrebeňové uzavreté okrúhlym dnom pre spracovanie rúrok. Suspenzia sa dôkladne (4 x 10 s každý interval) miešajú pre zaistenie správneho premiešania a bola inkubovaná pri teplote 37 ° C počas 10 minút. Po inkubácii sa alkalické pH bola neutralizovaná fosfátovým pufrom [PBS (pH 6,8, celkový objem 50 ml)] a následne konečný centrifugáciou pri 10,000 x g počas 10 min, pri teplote 4 ° C. Supernatant sa zleje; peleta re- suspenduje v 2 ml PBS a 0,5 ml objem rozdelený na alikvótne do 4 sterilných skúmaviek. Jeden alikvotná časť bol použitý pre prípravu ohováračské, jeden pre kultúru a iný pre testovanie v in-house
multiplex PCR (m-PCR). Jeden alikvotná časť bol skladovaný pri -80 ° C na ďalšie použitie. Z jedného alikvotnej časti, suspenzia 500 ul bolo zaočkované v BACTEC MGIT-960 kvapalina kultivačnej systému (BACTEC TM MGIT, Becton Dickinson, Sparks, USA) s použitím štandardného protokolu [25]. Bez ohľadu na pozitívny alebo negatívny výsledok blikať, všetky kultúry boli skúmané podľa Ziehl-Neelsen farbenie. Diferenciácia izolátov do Mycobacterium tuberculosis
(MTB) alebo netuberkulózními mykobaktérií (NTM) bola vykonaná pomocou špecifického druhu in-house
m-PCR [23]. Ukážkové alikvótne a GA, uchovávať pri teplote -80 ° C, bolo spätne skúmané v Xpert MTB /RIF testu.
Xpert MTB /RIF test
V roku 2013, sú uložené vzorky podliehali Xpert MTB /RIF testovanie , Tam bolo 520 dekontaminovať GA a je spárovaný vzorky (130x2 GA & 130x2 IS), ktoré boli vhodné pre testovanie, zatiaľ čo iní boli buď neboli v množstve či kvalite (kontaminované) dostačujúce. Vzorka reakčnej činidlo pufer obsahujúci NaOH a bol pridaný izopropanol v pomere 3: 1 (celkom 2 ml), a inkubované počas 15 minút pri teplote miestnosti. Ošetrený vzorka (2 ml) sa potom prenesie do Xpert MTB /RIF cartridge, ktorá obsahuje premývací pufer, lyofilizované reagencie na extrakciu DNA a PCR amplifikácie. Po riadnom premiešaní sa kazeta bol vložený Xpert MTB /RIF nástroje, podľa návodu výrobcu (Cepheid, USA). Prístroj vykonáva vzorka miešania, sonikace mykobakteriálního bacilov a vnútornej kontroly (spor), uvoľnenie DNA a miešaním s PCR činidlá, automaticky. To je nasledované v reálnom čase, PCR amplifikácia Hemi-vnorené, detekcia cieľov piatich farieb fluorescenčných molekulárnej navádzacie sond a vnútornej kontroly in situ
. Výsledky sú generované po 2 hodinách a označená ako M. tuberculosis
- negatívne alebo pozitívne s polo-kvantifikovať bacilárna zaťaženie, ako je vysoká, stredná, stredné alebo nízke, a v prípade, že patogén je RIF citlivý alebo rezistentný [14]. Podrobnosti pacientov boli spojené s testovanými až po dokončení Xpert MTB /RIF vyhodnotenie vzoriek.
Štatistická analýza
Citlivosť Xpert MTB /RIF sa stanovili vzhľadom na MGIT kultúry potvrdilo vzorky ako pozitívne. Pre stanovenie špecificity Xpert MTB /RIF, ster, MGIT kultúre a in-house
m-PCR negatívne vzorky boli považované za skutočné negatívnych vzoriek. Pozitívne prediktívne hodnoty (PPV), negatívne prediktívne hodnota (NPV) a pomer pravdepodobnosti pre pozitívny (LRP) Xpert MTB /RIF boli vypočítané 95% CI (intervaly spoľahlivosti). LRP väčší ako jedna znamená, že výsledok testu je s najväčšou pravdepodobnosťou skutočne pozitívne a menšie ako jedna znamená, že výsledok testu je pravdepodobné, že platí negatívna [26]. Pearson chi kvadrát test bol vykonaný pre porovnanie pacienta ručičiek analýzy. Ak chcete vylúčiť podiel dohode šance, bol použitý Cohenovho kappa
test. P-hodnota. ≪ 0.05.was považovaná za štatisticky významný [Stat 11,0 (College Station, Texas, USA) softvér bol použitý pre všetky štatistické analýzy]
Výsledky
V tejto štúdii, uskutočnenej v období od januára 2009 do decembra 2012. celkom 403 detí (58,2% dievčat), vo veku od 6 mesiacov do 14 rokov [strednému veku, 120 mesiacov; Rozsah medzikvartilové (IQR), 7-168 mesiacov], s pravdepodobnou intra-hrudnej TBC boli zaradení. tie deti boli zaradené iba od koho obaja GA a IS vzorky odobraté v dvoch po sebe idúcich dňoch boli k dispozícii. Z tohto dôvodu, párové vzoriek a GA získané v dvoch po sebe nasledujúcich dňoch od 130 detí boli analyzované Xpert MTB /RIF testu. Dekontaminované vzorky boli skladované pri -80 ° C počas 21,4 až 51,9 mesiaca (medián 32,5 mesiacov skladovania obdobia; IQR 27-35,1) predtým, ako boli tieto vystavené Xpert MTB /RIF analýzy. Laboratórium pracovný postup a zhrnutie výsledkov sú uvedené na Obr. 1. Obr. 1 Vývojový diagram znázorňujúci zahrnutie vzoriek s tokom spracovanie vzoriek, použité metódy a výsledky podľa pokynov Strobe
diagnostický výsledok IS a GA vzoriek odobratých v dvoch po sebe idúcich dňoch
Iba 23 z 520 (4,4%) vzoriek od 13 (10%) deti boli AFB ster pozitívny (obr. 1). Z týchto 23 vzoriek bolo 9 D1 a D2 8 boli GA vzorky. Druhý deň (D2) GA vzorky nezistili 3 ďalšie AFB oterové pozitívnych prípadov, zatiaľ čo to minulo 4 prípady, ktoré boli pozitívne na D1, nebolo teda čistá Inkrementálny zo vzorky D2 GA. Iba 3 vzoriek bolo pozitívnych na oboch D1 alebo D2. Vzorka D2-IS pridal jeden prípad, ale tiež minul jeden prípad. Šesťdesiat jedna z 130 (46,9%) detí [127 z 520 (24,4%) vzoriek] bolo diagnostikovaných, aby kultúra potvrdené tuberkulózu buď steru alebo kultúry (Tabuľka 1). Z 130 D1-GA 41 vzoriek (31,5%), zatiaľ čo 36 (27,7%) vzoriek D2-GA bolo pozitívnych pri kultivácii. Dvadsať tri (17,7%), deti mali kultúru pozitívny GA po oba dni (tabuľka 2). Výnos z indukovaných vzoriek spúta bola zlá. 130 IS vzorky odobraté na D1, len 20 vzoriek (15,4%) bolo pozitívnych, zatiaľ čo na D2, 30 (23,1%) vzoriek bolo pozitívnych pri kultivácii (tabuľka 3). Šestnásť (12,3%), deti mali kultúru Pozitívne je po oba dva dni. Tieto MGIT kultúra výnosy z GA a je vzorky odobraté v dvoch po sebe nasledujúcich dní je uvedený v tabuľkách (2 &3, v uvedenom poradí). Nebol žiadny dodatočný prínos druhý deň GA vzorky pre steru mikroskopiu (9 vs 8), kultúry (41 vs. 36), alebo Xpert MTB /RIF test (33 vs
34). Je však vzorky odobraté v dvoch po sebe idúcich dňoch poskytla významnú pridanú hodnotu v oblasti kultúry (20 vs
30), ale nevýznamný ďalší prírastok do Xpert MTB /RIF testu (22 vs
25). Kombinácia jedného GA a jedna vzorka dal najlepší diagnostický nástroj, bez ohľadu na D1 alebo D2. Takmer 50% vzoriek (buď GA, alebo je) boli Xpert MTB /RIF pozitívne v obidvoch dňoch (Obr. 2) .Table 1 Výkon Xpert MTB /RIF test v bakteriologicky pozitívnych a negatívnych vzoriek bakteriologicky [kombináciou žalúdočných aspirátu (n
= 260) a indukované spútum (n = 260
)] zhromaždené od detí s pravdepodobnou vnútrohrudný tuberkulózou
bakteriologických kritérií (N = 520)
Čiastkové kritériá
Žiadne , (%)
Xpert MTB /RIF Výsledky
Pozitívne (%)
Negatívne správa (%)
bakteriologicky pozitívna (n
= 127; 24,4%)
Smear (+), kultúry (+)
23 (4,4) *, **
22 (95,7)
1 (4.3)
Smear (-), kultúry ( +)
104 (20) *
65 (62,5)
39 (37,5)
Smear (+), kultúra (-)
0
0
0
Súčet
127
87 (68,5)
40 (31,5)
bakteriologické negatívne (n
= 393; 75,5%)
Smear (-), kultúra (-)
393
31 (7,9)
362 (92,1)
Celkom
520
118 (22,7) **
402 (77,3)
uvedená tabuľka ukazuje vysokú účinnosť Xpert MTB /RIF v kultúre a ohovárať pozitívnych vzoriek, ale miernym tempom detekcie v ster negatívnej kultúry pozitívnych vzoriek
*, ** P Hotel < 0,001, (+) - pozitívne, (-) - negatívne, číslo v zátvorke označujú percenta
Tabuľka 2 Výkon MGIT 960 kultúry na vzorkách odobratých na žalúdočnej sekrécie dvoch po sebe nasledujúcich dňoch od 130 detí s pravdepodobnou vnútrohrudný tuberkulózou
MGIT960 kultúry výsledky
Day 1
pozitívne
negatívnych
Celkom
Day 2
pozitívny
23 (17,7%)
13 (10%)
36 (27,7%)
Negatívne
18 (13,8%)
76 (58,5%)
94 (72,3%)
Total
41 (31,5%)
89 (68,5%)
130
Tabuľka 3 výkon MGIT 960 kultúry na indukovaných vzorkách spúta zhromaždených v dvoch po sebe idúcich dňoch od 130 detí s pravdepodobnou vnútrohrudný tuberkulózou
MGIT 960 kultúru výsledky
Day 1
pozitívne
negatívnych
Celkom
Day 2
pozitívny
16 (12,3%)
14 (10,8%)
30 (23,1%)
Negatívne
4 (3,1%)
96 (73,8%)
100 (76,9%)
Total
20 (15,4%)
110 (84,6%)
130
obr. 2 Individuálne a analýza prekrytie Xpert MTB /RIF pozitivity v žalúdku ašpirácie a indukovaného spúta vzorky odobraté na 2 po sebe idúcich dní
Porovnanie IS a GA
Celkovo sa vo vzorkách (je + ga), ktoré boli pozitívne buď v nátere a /alebo kultúra (127/520), citlivosť Xpert MTB /RIF testu bol mierne nižší (68,5%, 87/127), v porovnaní s bakteriologické vyšetrenie (tabuľka 1), ale tiež zistilo 7,9% (31/393) ďalšie prípady nad kultúrou dáva celkovú citlivosť 22,7% [118/520] (p = NS
), ale významne vyššia (p = 0,001
) citlivosť než steru mikroskopia (tabuľka 4). Výkon Xpert MTB /RIF bola 95,6% (22/23) na steru a kultúry pozitívnych archivovaných vzoriek, ako je uvedené v (tabuľka 1) a vývojový diagram (obr. 1). Všetkých 14 vzorky, ktoré priniesli NTM druhy boli náter negatívne, ale kultúra a m-PCR pozitívne. Teda na prehodnotenie, citlivosť Xpert MTB /RIF na steru negatívne, ale pozitívne kultúry (len pre horský bicykel) vzoriek bola 72,2% (65/90). Ale ak sú všetky pozitívne vzorky kultúry boli vzaté dohromady, bez toho, aby s ohľadom na mykobakteriálnych druhov, citlivosť spadla na 62,5% (65/104) v dôsledku 14 NTM izolátov. Citlivosť Xpert MTB /RIF výrazne nelíšil medzi GA a IS vzorky ak všetko bakteriologicky (ster a /alebo kultúra) pozitívna GA (92,2%, sedemdesiat jeden sedemdesiat sedmina) a IS (94%, 47/50), vzorky boli porovnané , Nie NTM pozitívna vzorka bol falošne identifikovaný Xpert MTB /RIF ale minul jeden ster, kultúru a m-PCR pozitívna vzorka, izolát bol identifikovaný ako MTB m-PCR a. Všetky Xpert MTB /RIF pozitívne vzorky boli tiež m-PCR pozitívne. Z tohto dôvodu naše in-house m-PCR a Xpert MTB /RIF ukázala 100% zhoda v NTM /MTB diferenciáciu (obr. 1) .Table 4 senzitivita, špecificita a prediktívne hodnoty Xpert MTB /RIF testu v odkaze na AFB ster a Bactec- MGIT960 kultúra v indukovanom spúte (n
= 260) vs. žalúdočnej sekrécie (n
= 260) vzorky
Citlivosť
Špecifickosť
PPV

NPV
LRF pozitívneho testu
diagnostická presnosť
Citlivosť (ster pozitívne)
Citlivosť (ster negatívny)
Xpert MTB /RIF test vs kultúra
indukovaného spúta
35/50 (70,0%; 56,2 - 80,9) *
198/210 (94,3%; 90.3-96.7) **
74,5% (60,5 -84,6)
92,7% (88,7 - 95,7)
12,2% (10,2 - 14,8)
89,6% (85,3 - 92,8)
6/6 (100%)
29/44 ( 65,9%)
Žalúdočné aspirujte
52/77 (67,5%; 56.5-76.9) *
164/183 (89,6%; 84.3-93.2) **
73,2% (61.9-82.1)
87,8% (81,2 - 90,9)
6,5% (08 /05-03 /7)
83,1% (78,0 - 87,1)
16/17 (94,1%)
36/60 (60,0%)
AFB vs Culture
indukovaného spúta
6/50 (12,0%; 5,6-23,8) ***
210/210 (100%, 98.2-100)
100% (60.8-100)
82,7% (77.5-86.8) -
83,1% (78,1-87,1)
neuvádza sa neuvádza sa
žalúdočnej sekrécie
17/77 (22,1%, 14.3-32.5)
183/183 (100%; 97,9 - 100)
100 % (81,6 - 100)
75,3% (71,4-81,6) -
76,9% (71.4-81.6)
NA
neuvádza sa
dát N /N (% 95% CI) alebo% (95% CI), pozitívna prediktívna hodnota (PPV), negatívne prediktívne hodnota (NPV), Pravdepodobnosť pomer (LRF), * p
= 0,77, ** p
= 0,087, *** p = 0,792
Porovnanie Xpert MTB /RIF, kultúru a AFB ster mikroskopicky
Xpert MTB detekovaná /RIF test ďalších 31 393 (7,9%) vzoriek, ktoré boli oba AFB ster a MGIT kultúra negatívne, ale minul 39 z 104 pozitívnych vzoriek (37,5%) kultúry (tabuľka 4). U detí s pravdepodobnou vnútrohrudný tuberkulózou, žalúdočné sekrécie identifikoval viac prípadov ako indukovaného spúta pomocou ohováračskú mikroskopia, kultúru a Xpert MTB /RIF testu (6,5, 29,6 a 27,3% vs
2,3, 19,2 a 18,0%, v uvedenom poradí). Výťažok Xpert MTB /RIF testu klesá s rastúcou dobou skladovania GA rovnako ako IS vzorky. Vo vzorkách sú uchovávané po dobu 650-849 dní, miera detekcie Xpert MTB /RIF test na vzorkách je rovný bola 85,7%, čo klesla na 33,3% vo vzorkách skladovaných po dobu dlhšiu ako 1050 dní. Podobne, tieto podiely boli 77,1 a 50%, v tomto poradí v GA vzoriek (obr. 3). Po dlhom skladovaní rozdiel vo výťažku IS a GA bol veľmi významný (p = 0,002
). Obr. 3 Klesajúce ceny pozitivity v Xpert MTB /RIF testu vo vzťahu k dĺžke skladovania žalúdočnej sekrécie a indukovaného spúta vzorky
Diskusia
Došlo k toku publikácií o Xpert MTB /RIF tiež známy ako GeneXpert alebo kazety na báze testovanie amplifikácie nukleových kyselín (CBNAAT) v posledných 3 rokoch. Ide o prvú štúdiu z Indie na používanie Xpert MTB /RIF testu u detí s vnútrohrudný TB a tiež prvá štúdia, ktorá správu o užitočnosti tohto testu na archivované GA a IS vzoriek z detí v TB endemické krajine. Štúdia ukazuje, že aj v GA a je vzorky uchovávať po dobu až 4 rokov sa Xpert MTB /RIF test zostala užitočná ako diagnostický nástroj pre detské tuberkulózy. Ga a je vzoriek, ktoré boli ster a kultúra pozitívne, citlivosť Xpert MTB /RIF testu bola 95,6%, čo je podobná ako v čerstvých klinických vzorkách. Ako sa dalo očakávať citlivosť Xpert MTB /RIF bola vyššia ako smear mikroskopia (p = 0,0001
). Avšak citlivosť Xpert MTB /RIF testu na kultúru pozitívny, ale Smear negatívne vzorky bola nižšia (62,5%). Výkon Xpert MTB /RIF testu už predtým bola hodnotená prevažne na vzorkách spúta získaných od dospelých pacientov TB [27-30], ktoré vykazujú vysokú citlivosť za steru a kultúry pozitívnych vzoriek (98-100%), ale oveľa nižšiu citlivosť v steru negatívny vzorky spúta (43-70%). Naše výsledky boli podobné ako tieto nálezy, ale na archivovaných vzorkách. Nižšia citlivosť Xpert MTB /RIF testu bola tiež hlásená u HIV pozitívnych dospelých pacientov [29]. Existuje niekoľko štúdií, ktoré boli vykonané u detí a veľmi málo kde je výkonnosť Xpert MTB /RIF testu bola hodnotená na základe inom ako vzorkách spúta [4-10, 30, 31] vzoriek. Nicol et al. [8] zahrnutá 452 detí pre analýzu s aspoň jedna je vzorka z každej dieťa. Ale tiež ukázal zlú citlivosť mikroskopia (6%), kultúry (16%) a Xpert MTB /RIF testu (13%) v týchto vzorkách. V tejto štúdii, aj keď je miera detekcie týchto troch metód bola vyššia, ale vzorka bol podobný. Vzhľadom k tomu sme sa zaoberali IS aj GA vzorky na dvoch po sebe idúcich dňoch, na porovnanie výnos zo vzoriek bola oveľa nižšia ako vzorky žalúdočnej sekrécie. Hoci je doposiaľ publikované žiadne údaje, v ktorých obaja GA a je vzorky boli použité v rovnakej štúdii zhodnotiť senzitivitu a špecifickosť Xpert MTB /RIF testu v klinicky pravdepodobných prípadoch vnútrohrudný tuberkulózy, ale naše výsledky boli v úplnej zhode s zistenie Bates et al. [10], Rachow et al. [16] a Sekadde et al. [17]. Naša štúdia ukazuje, že Smear a kultúra výnosy vo vzorkách GA sú lepšie ako vlastnosti vzoriek je však citlivosť Xpert MTB /RIF test nebol významne odlišný GA a IS vzorky, vzorky skladované pri teplote -80 ° C počas rovnakej doba trvania (77,1 a 85,7%, v uvedenom poradí; P
= 049). Ďalej sa oddelí oba tieto vzorky v dvoch po sebe nasledujúcich dní, a to za predpokladu, protokol o niečo lepší výťažok vo všetkých diagnostickej techniky tj. Náteru, kultúry a Xpert MTB /RIF testu. Pretože tohto dvojakého prístupu hrotmi, mohli by sme dosiahnuť vysoko diagnostická {61 130; 46,9% detí (za analýzu pacienta)} výnosom.
Väčšina publikácií o Xpert MTB /RIF alebo CBNAAT boli zo subsaharskej Afriky [6, 8-10, 13, 16, 17]. India je TB vysoká záťaž krajiny a centrálne TB rozdelenia Indie, ktorá bola udelená zodpovednosť za ktorou sa vykonáva revidovaná národné kontrolné TB programu nedávno nainštalovala viac ako 80 CBNAAT strojov .. Ale krajiny špecifické údaje a pokyny na použitie CBNAAT stroja pre diagnostike detskej tuberkulózy chýba. Naša je tiež prvá štúdia, kde sme použili žalúdočnej sekrécie a vyvolanou vzorku slín uložené na až pre 4,3 roka (medián doby skladovania v dĺžke 32,5 mesiacov). Vo steru a kultúry preukázané vzoriek sa ukázalo senzitivitu 95,7%, čo bolo v rozmedzí uvedenom niekoľkými ďalšími pracovníkmi, ale iba na čerstvých vzorkách [10, 17]. V čerstvých vzorkách bola označená adičnej premenná hodnota Xpert MTB /RIF cez MGIT kultúry, ale v našej štúdii tento prídavok hodnota bola minimálna (7,9%), pravdepodobne v dôsledku určitej straty mykobakteriálne životaschopnosti o dlhodobom skladovaní vzoriek [32]. Medzi ďalšie prípady zistenej počas skúšky zlatý štandard kultúry, boli veľmi nepravdepodobné, že by falošne pozitívne. Mykobakteriálne počíta vyčerpať na skladovanie vzoriek aj po niekoľkých dňoch (30), ale protichodné pozorovaní boli tiež vykonané inými pracovníkmi [33, 34]. Paramasivan et al. [33] hlásil, že nebol zaznamenaný žiadny vplyv na sadzby citlivosti steru a kultúry po uložení vzoriek spúta aľ 10 dní. Tessema et al. [34] uvádzajú, že skladovanie vzoriek spúta až pre 80 dní pri teplote miestnosti a v mrazených vzorkách až pre 180 dní nemalo žiadny negatívny účinok na výťažok kultúry. Banda et al.

• FGF9 z rakovinou asociovaných fibroblastov je možné mediátorom invázie a anti-apoptózy buniek karcinómu žalúdka
• Antioxidačná aktivita a ultrastrukturální zmeny v žalúdočnom rakovinových bunkových línií indukované severovýchodnej Thai jedlé plody ľudovej extracts