Xpert MTB /RIF test può essere utilizzato su archiviato aspirato gastrico e indotto campioni di espettorato per la diagnosi sensibile pediatrica tuberculosis

Xpert MTB /RIF test può essere utilizzato su archiviato aspirato gastrico e indotto campioni di espettorato per la diagnosi della tubercolosi sensibile pediatrica
Abstract
Sfondo
La tubercolosi (TB) nei bambini è trascurato, a causa principalmente della mancanza di strumenti diagnostici sensibili. Recentemente Xpert MTB /RIF test ha rivoluzionato il campo diagnostico, ma la sua utilità in TB pediatrica non è stato riportato da India e nessun rapporto è disponibile sul suo utilizzo su campioni archiviati a lungo termine.
Metodi
Abbiamo reclutato 130 pazienti pediatrici con probabile tubercolosi intratoracica e la loro aspirato gastrico (GA) e sputo indotto (IS) sono stati raccolti campioni di 2 giorni consecutivi tra il gennaio 2009 e dicembre 2012. Tutti i campioni (n = 520) sono stati sottoposti ad esame striscio, cultura BACTEC MGIT-e -house
multiplex PCR. Un'aliquota di ogni campione è stato conservato a -80 ° C e testato in Xpert MTB /RIF test nel 2013.
Risultati
Sample Rate rilevazione saggio saggio e paziente della microscopia striscio è stato del 4,4% e il 10%, mentre per BACTEC cultura -MGIT questo tasso era del 24,4% e 46,9%, rispettivamente. Dei 130 campioni al giorno 1 GA, 31,5% e 27,7% Giorno 2 campioni erano GA cultura positiva. Solo il 17,7% dei campioni GA sono risultati positivi in ​​entrambi i giorni. Dei 130 è campioni raccolti il ​​giorno 1 e il giorno 2, 15,4% e 23,1% dei campioni erano cultura positiva. Una combinazione di GA e viene ceduto migliori risultati. La combinazione di entrambi GA ed è, la sensibilità complessiva del Xpert MTB /RIF su campioni positivi striscio e cultura è stato 95,6%. In campioni negativi e positivi della cultura striscio la sua sensibilità è stata del 62,5%. La durata della conservazione dei campioni influenzato la MTB /RIF Xpert prestazioni di prova (p = 0,0001). Nei campioni positivi striscio conservati per 650-849 giorni, la sua sensibilità era 85,7% e il 77,1% dei campioni, se e GA, che è sceso al 33,3% e 50%, rispettivamente, se immagazzinato per più di 1050 giorni.
Discussione
conferma della diagnosi di tubercolosi in particolare nei bambini è una sfida medica. Nessun laboratorio o test di radiologia può arrivare a un livello soddisfacente di sensibilità diagnostica. Tuttavia, in questo studio abbiamo foundthat combinazione di più campioni e molteplici test diagnostici può dare rendimenti molto meglio, anche se notoptimum. Nel presente studio, combinazione di 2 aspirato gastrico (GA) e 2 nell'espettorato indotto (IS) campioni raccolti in due giorni consecutivi, e testato su tre metodi diagnostici ha prodotto un notevolmente elevato tasso di rilevamento. Nonostante lo stoccaggio a lungo termine, la sensibilità complessiva del Xpert MTB /RIF su striscio e campioni -Culture positivi è rimasta molto elevata. Ma dopo la memorizzazione di questi campioni in condizioni sotto zero thesensitivity di Xpert MTB /RIF diminuito in modo significativo. Questo è previsto perché, anche se il campione è striscio e cultura positiva, il conteggio di sopravvivere micobatteri va giù, dopo diversi anni di questo conteggio può arrivare a un livello non rilevabile.
Conclusione
Questo rapporto mostra che i campioni positivi striscio e cultura conservato a condizioni per diversi anni sotto zero può essere utilizzato in /test RIF Xpert MTB, pur mantenendo apprezzabile sensibilità test diagnostico e specificità.
Parole
Pediatria tubercolosi India gastrico Aspirare Induced dell'espettorato archiviati campioni MPCR MGIT Cultura, Xpert MTB /Sfondo RIF
Organizzazione mondiale della sanità (OMS) ha stimato il peso globale della tubercolosi (TB) a 9 milioni di nuovi casi e 1,5 milioni di morti nel 2013 [1]. Ciò ha incluso fino al 15% dell'onere di casi pediatrici. Circa 74.000 bambini muoiono di tubercolosi ogni anno e ci sono circa mezzo milione di nuovi casi ogni anno [2]. Come negli adulti, la maggior parte (70-80%) dei casi di tubercolosi infantile presenti con tubercolosi polmonare (PTB). La tubercolosi nei bambini è stato relativamente trascurato, soprattutto a causa sfide nella disponibilità di strumenti diagnostici efficaci [3]. L'India è 17 ° tra i 22 paesi ad alto onere in termini di tasso di incidenza tubercolosi nel complesso, ma molto poco sono disponibili dati riguardanti l'epidemiologia della tubercolosi nei bambini, la diagnosi e la gestione [4, 5].
Nella maggior parte delle impostazioni diagnosi di TBC pediatrica è effettuati sulla base di ricerca di contatti, e molto pochi tentativi sono stati fatti per il rilevamento attiva dei casi. Ciò è dovuto principalmente alla mancanza di un quadro clinico patognomonico in TB pediatrica e la mancanza di strumenti diagnostici sensibili [3, 4, 6, 7].
Con strumenti limitati per la diagnosi di laboratorio di conferma, la valutazione della storia medica, il test cutaneo alla tubercolina, radiografia del torace e una mancanza di risposta agli antibiotici aiutare a fare la diagnosi clinica. Striscio microscopia e la conferma microbiologica è realizzato raramente a causa della scarsa sensibilità di questi test, in parte a causa della natura paucibacillare della malattia e l'incapacità dei bambini di fornire un campione di espettorato ottimale [6]. campioni alternative includono aspirato gastrico (GA), sputo indotto (IS), aspirato nasofaringeo, lavaggio bronco-alveolare, tampone della laringe, test di stringa e campioni di feci [3, 7-10]. In base al test diagnostico utilizzato, questi campioni hanno mostrato sensibilità e specificità variabile. E 'stato riportato che campioni di lavaggio gastrici fornire la massima (40-92%) tasso di rilevamento, a seconda della sensibilità del test di laboratorio adottata. Altri campioni hanno mostrato tassi di rilevamento più poveri che vanno 4-43% per lavaggio broncoalveolare, 24-30% per l'aspirazione nasofaringeo, 27-63 per tampone della laringe e del 20-30% utilizzando sputo indotto. Alcuni lavoratori hanno usato anche test di stringa, ma i risultati non sono stati incoraggianti [3, 7, 11-13].
La recente introduzione del /test RIF Xpert MTB (Cefeide, USA) ha trasformato in modo significativo la diagnostica della tubercolosi negli adulti , ma la sua applicazione per la diagnosi della tubercolosi pediatrica è sotto valutazione. Questo test è rapido e fornisce i risultati entro 2 ore [14]. In una dichiarazione politica di Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) nel 2011, ha raccomandato l'uso di Xpert MTB saggio /RIF come strumento diagnostico preliminare tra i bambini, negli adulti con sospetta virus dell'immunodeficienza umana (HIV) la tubercolosi associata e in tutti i casi MDR TB sospetti [ ,,,0],15]. In seguito, diversi lavoratori hanno iniziato a utilizzare Xpert MTB saggio /RIF per la diagnosi della tubercolosi pediatrica [10, 16-18]. Tuttavia, l'uso diffuso di Xpert MTB /RIF per la diagnosi di tubercolosi pediatrica su una base di routine rimane un'opzione lontana. Ad oggi, ci sono solo pochi studi sulla applicazione della Xpert MTB /RIF per la diagnosi di tubercolosi pediatrica. Due studi riportano sull'uso del Xpert MTB /RIF nell'espettorato indotto due sul suo uso in campioni di lavaggio gastrici. Non ci sono studi che riportano sull'uso di Xpert MTB /RIF sia GA ed è campioni contemporaneamente sullo stesso paziente. Inoltre, non c'è nessuno studio dall'India sulla valutazione delle Xpert MTB /RIF per la diagnosi di tubercolosi polmonare pediatrica. Inoltre, l'utilità di Xpert MTB /RIF sul archiviati campioni GA ed è in precedenza non è stato esaminato. Poiché il Xpert MTB /RIF diventata disponibile solo dopo il 2011, non c'è altro test rapido che può rilevare la tubercolosi e resistenza RIF simultaneamente in campioni che sono stati raccolti prima 2011. Questo studio esamina anche l'effetto di conservazione a lungo termine di campioni clinici su per il il rilevamento della tubercolosi da parte del /saggio RIF Xpert MTB.
Abbiamo in precedenza riferito che i campioni GA forniscono rendimenti migliori rispetto a quella dei campioni [19]. In una successiva relazione abbiamo anche dimostrato che la neutralizzazione del pH gastrico aspirato prima della lavorazione porta ad un più alto tasso di contaminazione senza migliorare il tasso di rilevamento [20]. Nel presente studio riportiamo sulle prestazioni del Xpert MTB /RIF sulla archiviato GA ed è campioni raccolti in due giorni consecutivi da bambini con probabile TBC intratoracico, reclutati come parte di un doppio cieco randomizzato per studiare il ruolo della supplementazione di micronutrienti controllata nei bambini con la tubercolosi intra-toracica
. Metodi
design studio e soggetti reclutamento
lo studio è stato condotto tra gennaio 2009 a dicembre 2012 presso la All India Institute of Medical Sciences (AIIMS) e l'Ospedale Kalawati Saran bambini ( KSCH), sia a New Delhi, in India. Questo lavoro è stato parte di un doppio studio controllato randomizzato in cieco per studiare il ruolo della supplementazione di micronutrienti nei bambini con la tubercolosi intra-toracica [19-22]. Un totale di 403 bambini (58,2% femmine), di età compresa tra i 6 mesi ei 14 anni [età media, 120 mesi; range interquartile (IQR), 7-168 mesi], con probabile TB intra-toracica sono stati arruolati. I criteri clinici-radiologica standard per sospettare la tubercolosi intra-toracica è stato utilizzato in questo studio come pubblicato in precedenza [19-22]. La diagnosi della tubercolosi intratoracico è basata sulle raccomandazioni di Indian Academy of Pediatrics. Ogni bambino con tosse e febbre di più di 2 settimane con alcun miglioramento durante sette a dieci giorni di corso amoxicillina e la recente perdita di peso inspiegabile o storia di contatto con il paziente tubercolosi negli ultimi due anni. Tutti i sospetti di tubercolosi sono stati sottoposti a una radiografia del torace (laterale e postero-anteriore). In presenza di anomalie a raggi X persistente, con non-risoluzione dei sintomi clinici e non causa alternativa per i sintomi e reperti radiografia del torace, una probabile diagnosi di tubercolosi intratoracico è stato fatto. Tutti i bambini con probabile la tubercolosi sono stati sottoposti a test cutaneo alla tubercolina (TST), aspirato gastrico ambulatoriali (GA) e sputo indotto (IS) l'esame per striscio e la cultura AFB. I bambini sono stati avviati sulla ATT secondo le raccomandazioni del [5] RNTCP. In breve: Tutti i bambini con la tubercolosi probabile intra-toracica sono stati sottoposti a aspirazione gastrica (GA) e sputo indotto (IS) di raccolta per due giorni consecutivi (D1 & D2). I bambini sono stati invitati a segnalare 6 ore di digiuno la mattina alla clinica designato. Dopo aver spiegato la procedura e ottenere il consenso da parte dei genitori e l'assenso verbale da parte dei bambini, un tubo di alimentazione di dimensioni adeguate (10-12g) è stato inserito attraverso una narice fino a raggiungere lo stomaco. La posizione del tubo è stata verificata mediante insufflazione di aria nello stomaco. Il contenuto dello stomaco sono stati aspirati completamente, conservato in un contenitore sterile. il volume al solito raccolto è stato di circa 10 ml. I campioni sono stati trasportati al laboratorio per l'ulteriore elaborazione in 1-2 ore.
Nello stesso seduto aspirazione gastrica è stata seguita da sputo indotto con un gap di circa mezz'ora. Per l'induzione dell'espettorato, il bambino è stato innescato con 2 puff salbutamolo per inalazione da inalatore predosato (MDI Asthalin, 100 mg /soffio, Cipla, India)) e il distanziale (Zeroastat VT spacer, Cipla, India) seguita dalla nebulizzazione con 3 ml di 3 % soluzione salina nei prossimi 15-20 minuti. Tutti i campioni sono stati dati numeri di codice uniche; e inviati al laboratorio senza un collegamento dati clinici e pazienti. I campioni sono stati elaborati lo stesso giorno per AFB striscio, cultura BACTEC MGIT-e in-house
PCR [23]. Aspetti clinici e gli altri pazienti sono stati registrati nel foglio Excel trattando pediatra e il laboratorio non era a conoscenza della diagnosi clinica dei soggetti
. Le considerazioni etiche
Lo studio è stato approvato dal comitato etico istituzionale di tutto l'istituto dell'India delle scienze mediche , Nuova Delhi e Kalawati Hospital Saran Children, New Delhi, India, e il processo è stato registrato a clinicaltrials.gov (NCT 00.801.606). consenso informato scritto è stato ottenuto da genitori /tutori di ogni bambino.
metodi di laboratorio
trattamento del campione
IS e GA (pH non neutralizzata) campioni sono stati trattati come descritto in precedenza [19, 21, 23, 24] . In breve, i campioni sono stati centrifugati a 10000 x g per 10 minuti, a 4 ° C; surnatante decantato e pellet è stato risospeso in un uguale volume di 0,5% miscela di NaOH NALC-4% in 50 provette elaborazione fondo rotondo capped ml cresta. La sospensione è stata accuratamente (4 x 10 s ogni intervallo) in agitazione per assicurare una corretta miscelazione e è stata incubata a 37 ° C per 10 min. Dopo l'incubazione, pH alcalino viene neutralizzata con tampone fosfato [PBS (pH 6,8, il volume totale di 50 ml)] seguita da centrifugazione finale a 10.000 x g per 10 minuti, a 4 ° C. Il surnatante è stato decantato; il pellet ri- sospeso in 2 ml di PBS e 0,5 ml di volume aliquotati in 4 provette sterili. Una porzione è stata utilizzata per la preparazione striscio, uno per la cultura e l'altra per le prove in un in-casa
multiplex PCR (m-PCR). Una porzione è stata conservata a -80 ° C per un ulteriore uso. Da un'aliquota, una sospensione 500 microlitri è stato inoculato in BACTEC MGIT-960 sistema di coltura liquida (BACTEC TM MGIT, Becton Dickinson, Sparks, Stati Uniti d'America), utilizzando il protocollo standard [25]. A prescindere da un positivo o un risultato negativo Strabuzzi, tutte le culture sono stati esaminati da Ziehl-Neelsen. La differenziazione degli isolati in Mycobacterium tuberculosis
(MTB) o micobatteri non tubercolari (NTM) è stato intrapreso da una specie specifica in-house
m-PCR [23]. Le aliquote del campione è e GA, conservati a -80 ° C, sono stati retrospettivamente esaminati in /test RIF Xpert MTB
. Xpert MTB /RIF test
Nel 2013, i campioni conservati sono stati sottoposti a test Xpert MTB /RIF . Ci sono stati 520 decontaminato GA e è accoppiato campioni (130x2 GA & 130x2 IS) che erano adatti per i test, mentre altri erano o non sono sufficienti in quantità o qualità (contaminata). Il tampone del reagente campione contenente NaOH e isopropanolo è stato aggiunto in rapporto di 3: 1 (totale 2 ml), e incubato per 15 min a temperatura ambiente. Il campione trattato (2 ml) è stato poi trasferito nel Xpert MTB /RIF cartuccia contenente il tampone di lavaggio, i reagenti liofilizzati per l'estrazione del DNA e l'amplificazione PCR. Dopo una corretta miscelazione, la cartuccia è stata caricata nella /strumento RIF Xpert MTB, secondo le istruzioni del produttore (Cefeidi, Stati Uniti d'America). Lo strumento esegue esemplare miscelazione, sonicazione dei bacilli micobatteri e controllo interno (spore), il rilascio del DNA e la miscelazione con i reagenti della PCR, automaticamente. Questo è seguito da una amplificazione PCR in tempo reale-emi-nested, indirizzare il rilevamento da cinque colori di fluorescenza sonde segnale molecolare e di controllo interno
in situ. I risultati sono generati dopo 2 ore e segnalati come M. tuberculosis
- negativo o positivo con carico semi-quantificata bacillare come alto, medio, intermedio o basso e se l'agente patogeno è RIF sensibile o resistente [14]. I dati dei pazienti sono stati collegati ai campioni testati solo dopo il completamento del /valutazione RIF Xpert MTB.
Analisi statistica
sensibilità di Xpert MTB /RIF è stato determinato considerando la cultura MGIT campioni come veri positivi confermato. Per determinare la specificità di Xpert MTB /RIF, striscio, la cultura MGIT e in-house
campioni negativi m-PCR sono stati considerati come veri campioni negativi. I valori predittivo positivo (VPP), valore predittivo negativo (NPV) e rapporto di verosimiglianza per il positivo (LRP) Xpert MTB /RIF sono stati calcolati con il 95% CI (intervalli di confidenza). LRP maggiore di uno indica che il risultato del test è più probabile vero positivo e meno di uno significa che il risultato del test è probabilmente vero negativo [26]. Pearson Test chi quadrato è stato effettuato per il confronto del paziente analisi saggia. Per escludere la percentuale di accordo per caso, è stata utilizzata prova kappa
di Cohen. Un valore p. ≪ 0.05.was considerato statisticamente significativo [STATA 11.0 (College Station, Texas, Stati Uniti d'America) il software è stato utilizzato per tutte le analisi statistiche]
Risultati
In questo studio, condotto tra gennaio 2009 a dicembre 2012. Un totale di 403 bambini (58,2% femmine), di età compresa tra i 6 mesi ei 14 anni [età media, 120 mesi; range interquartile (IQR), 7-168 mesi], con probabile TB intra-toracica sono stati arruolati. Solo i bambini sono stati inclusi dal quale sia GA e IS campioni raccolti in due giorni consecutivi erano disponibili. campioni è e GA Pertanto, appaiati ottenuti in due giorni consecutivi di 130 bambini sono stati analizzati con Xpert MTB /RIF test. I campioni decontaminati sono stati conservati a -80 ° C per 21,4 al 51,9 mesi (periodo di conservazione mediana 32,5 mesi; IQR 27-35,1) prima che questi sono stati sottoposti a Xpert MTB /RIF analisi. Il flusso di lavoro di laboratorio e sintesi dei risultati sono mostrati in Fig. 1. Fig. 1 Diagramma di flusso che descrive l'inclusione dei campioni con il flusso di campione di trasformazione, i metodi utilizzati e risultati come da linee guida STROBE
esito diagnostico dei campioni è e GA raccolti in due giorni consecutivi
Solo 23 su 520 campioni (4,4%) da 13 (10%) bambini erano striscio AFB positivo (Fig. 1). Di questi 23 campioni, 9 erano D1 e D2 8 erano campioni GA. Secondo giorno di campioni (D2) GA rilevati 3 casi aggiuntivi AFB striscio positivi mentre mancava 4 casi che sono stati positivi in ​​D1, quindi non c'era valore incrementale netto da un campione D2 GA. Solo 3 è campioni sono risultati positivi su entrambi D1 o D2. Il campione D2-si aggiunge un caso, ma anche perso un caso. Sessanta uno su 130 (46,9%) bambini [127 di 520 (24,4%) campioni] sono stati diagnosticati di avere cultura confermato la tubercolosi sia per striscio o di cultura (Tabella 1). Su 130 campioni D1-GA 41 (31,5%), mentre 36 (27,7%) dei campioni di D2-GA erano cultura positiva. Venti tre (17,7%) bambini hanno avuto una cultura positiva GA in entrambi i giorni (Tabella 2). La resa da campioni di espettorato indotto era povera. Di 130 IS campioni raccolti su D1, solo 20 campioni (15,4%) erano positivi mentre D2, 30 (23,1%) campioni erano positivi alla coltura (Tabella 3). Sedici (12,3%) dei bambini ha avuto una cultura positiva è su entrambi i giorni. I rendimenti di coltura MGIT da GA ed è campioni raccolti in due giorni consecutivi è mostrato in (Tabelle 2 e & 3, rispettivamente). Non c'era valore aggiunto di un secondo campione g al giorno per la microscopia striscio (9 vs 8), la cultura (41 vs 36), o Xpert MTB /RIF test (33 vs
34). Tuttavia, è campioni raccolti in due giorni consecutivi di cui un significativo valore aggiunto in coltura (20 vs
30), ma un incremento aggiuntivo insignificante nel Xpert MTB /RIF test (22 vs
25). Una combinazione di uno GA e uno è campione dato utilità diagnostica migliore, indipendentemente D1 o D2. Quasi il 50% dei campioni (sia GA o IS) erano Xpert MTB /RIF positivo su entrambi i giorni (Fig. 2) .table 1 Performance di Xpert MTB /RIF test in campioni batteriologicamente positivi e batteriologicamente negativi [combinazione di aspirato gastrico (n
= 260) e sputa indotta (n = 260
)] raccolti dai bambini con probabile intratoracico tubercolosi
criteri batteriologici (n = 520)
Sottocriteri
No . (%)
Xpert MTB /RIF Risultati
Positiva (%)
negativo (%)
batteriologicamente positiva (n = 127
; 24,4%)
Smear (+), la cultura (+)
23 (4.4) *, **
22 (95,7)
1 (4.3)
Smear (-), la cultura ( +)
104 (20) *
65 (62,5)
39 (37,5)
Smear (+), la cultura (-)
0 0

0
Totale parziale
127
87 (68,5)
40 (31,5)
batteriologicamente negativo (n =
393; 75,5%)
Smear (-), la cultura (-)
393
31 (7.9)
362 (92,1)
totale
520
118 (22.7) **
402 (77,3)
La tabella mostra elevata efficacia di Xpert MTB /RIF di cultura e di striscio campioni positivi, ma tasso di rilevamento moderata nei campioni positivi striscio di coltura negativa
*, ** P
< 0.001, (+) - positivo, (-) - Negativo, numero tra parentesi indica la percentuale
Tabella 2 Prestazioni di MGIT 960 cultura su campioni di aspirato gastrico raccolti in due giorni consecutivi a partire da 130 bambini con la tubercolosi probabile intratoracico
Cultura MGIT960 risultati
Giorno 1
positivo
negativo
totale
Giorno 2
positivo
23 (17,7%)
13 (10%)
36 (27,7%)
negativo 18 (13,8%)
76 (58,5%)
94 (72,3%)
totale
41 (31,5%)
89 (68,5%)
130
Tabella 3 Prestazioni di MGIT 960 coltura su campioni di espettorato indotto raccolti in due giorni consecutivi a partire da 130 bambini con la tubercolosi probabile intratoracico
MGIT 960 Cultura risultati
Giorno 1
positivo
negativo
totale
Giorno 2
positivo
16 (12,3%)
14 (10,8%)
30 (23,1%)
negativo 4 (3,1%)
96 (73,8%)
100 (76,9%)
totale
20 (15,4%)
110 (84,6%)
130
Fig. 2 individuali e analisi sovrapposizione di Xpert MTB /RIF positività in aspirazione gastrica e sputo indotto campioni raccolti in 2 giorni consecutivi
Confronto di IS e GA
Nel complesso, nei campioni (IS + GA), che sono risultati positivi sia in striscio e /o della cultura (127/520), la sensibilità di Xpert MTB /RIF test è stato leggermente inferiore (68,5%, 87/127) rispetto a esami batteriologici (tabella 1), ma anche rilevato 7,9% (31/393) dei casi aggiuntivi sulla cultura dando una sensibilità complessiva del 22,7% [118/520] (p
= NS), ma significativamente maggiore (p = 0,001
) sensibilità della microscopia striscio (Tabella 4). Le prestazioni di Xpert MTB /RIF era 95,6% (22/23) su campioni archiviati positivi striscio e coltura, come indicato nella (Tabella 1) e diagramma di flusso (Fig. 1). Tutti i 14 campioni che hanno prodotto le specie NTM erano striscio negativo ma la cultura e m-PCR positivo. Quindi sulla rivalutazione, la sensibilità di Xpert MTB /RIF su striscio negativo, ma la cultura positiva (solo MTB) campioni è stata del 72,2% (65/90). Ma se tutti i campioni positivi di coltura sono state prese insieme senza considerare le specie di micobatteri, la sensibilità è caduto al 62,5% (65/104) a causa di 14 NTM isola. La sensibilità di Xpert MTB /RIF non differiva molto tra GA e IS campioni se tutto batteriologicamente (striscio e /o cultura) positivo GA (92,2%, 71/77) ed è (94%, 47/50), i campioni sono stati confrontati . Nessun campione positivo NTM è stato erroneamente identificato da Xpert MTB /RIF ma mancava uno striscio, la cultura e la m-PCR campione positivo, l'isolato è stato identificato come MTB da m-PCR e. Tutti i campioni positivi Xpert MTB /RIF erano anche m-PCR positivo. Da qui il nostro in-house m-PCR e Xpert MTB /RIF ha mostrato 100% concordanza in NTM /differenziazione MTB (Fig. 1) .table 4 sensibilità, i valori di specificità e predittivi di Xpert MTB /RIF test in riferimento a striscio AFB e Bactec- cultura MGIT960 nell'espettorato indotto (n = 260
) vs. aspirato gastrico (n = 260
) campioni
Sensibilità
Specificità
PPV

NPV
LRF di test positivo
accuratezza diagnostica
Sensibilità (striscio positivo)
Sensibilità (striscio negativo)
Xpert MTB /RIF test vs Cultura
Induced dell'espettorato
35/50 (70,0%; 56,2-80,9) *
198/210 (94,3%; 90,3-96,7) **
74,5% (60,5 -84,6)
92,7% (88,7-95,7)
12,2% (10,2-14,8)
89,6% (85,3-92,8)
6/6 (100%)
29/44 ( 65,9%)
gastrico Aspirare
52/77 (67,5%; 56,5-76,9) *
164/183 (89,6%; 84,3-93,2) **
73,2% (61,9-82,1)
87,8% (81,2-90,9)
6,5% (5,8-7,3)
83,1% (78,0-87,1)
16/17 (94,1%)
36/60 (60,0%)
AFB vs Cultura
Induced dell'espettorato
6/50 (12,0%; 5,6-23,8) ***
210/210 (100%; 98,2-100)
100% (60,8-100)
82,7% (77,5-86,8) -
83,1% (78,1-87,1)
NA NA

gastrico Aspirare
17/77 (22,1%; 14,3-32,5)
183/183 (100%; 97,9-100)
100 % (81,6-100)
75,3% (71,4-81,6) -
76,9% (71,4-81,6)
NA NA

dati n /n (%; 95% CI) o% (95% CI), il valore predittivo positivo (VPP), valore predittivo negativo (VPN), rapporto di verosimiglianza (LRF), * p = 0,77
, ** p = 0.087
, *** p = 0.792

Confronto di Xpert MTB /RIF, cultura e AFB striscio microscopia
Xpert MTB /RIF test ha rilevato un ulteriore 31 di 393 (7,9%) i campioni che erano entrambi striscio AFB e cultura MGIT negativo ma perso 39 dei 104 campioni positivi (37,5%) Cultura (Tabella 4). Nei bambini con la tubercolosi probabile intratoracico, aspirato gastrico identificato più casi di sputo indotto usando la microscopia striscio, la cultura e Xpert MTB /RIF test (6.5, 29.6, e 27.3% vs 2.3
, 19,2 e 18,0%, rispettivamente). Resa di Xpert MTB /RIF test diminuita con l'aumentare della durata di stoccaggio di GA, così come IS campioni. Nei campioni conservati per 650-849 giorni, il tasso di rilevamento di Xpert MTB /RIF test su campioni è stata 85,7% che è sceso al 33,3% in campioni conservati per più di 1050 giorni. Analogamente, le percentuali erano 77,1 e 50%, rispettivamente, nei campioni GA (Fig. 3). Dopo lunga differenza memorizzazione nella resa di IS e GA è stata altamente significativa (P
= 0,002). Figura. 3 calo dei tassi di positività nel Xpert MTB /RIF test in relazione alla durata della conservazione dei aspirato gastrico ed espettorato campioni indotto
Discussione
C'è stato un flusso di pubblicazioni su Xpert MTB /RIF noto anche come GeneXpert o la cartuccia a base nucleico test di amplificazione degli acidi (CBNAAT) negli ultimi 3 anni. Questo è il primo studio in India l'uso del /test RIF Xpert MTB nei bambini affetti da tubercolosi intratoracica e anche il primo studio a riferire sull'utilità di questo test su archiviato GA e IS campioni di bambini in TB Paese endemica. Lo studio mostra che anche in GA ed è campioni conservati per un massimo di 4 anni, la /saggio RIF Xpert MTB rimase utile come strumento diagnostico per la tubercolosi infanzia. Nei campioni GA ed è che erano striscio e cultura positiva, la sensibilità di Xpert MTB /RIF test è stato 95,6%, che è simile a quella riportata in campioni clinici freschi. Come previsto la sensibilità del Xpert MTB /RIF era superiore a quella della microscopia striscio (p
= 0,0001). Tuttavia, la sensibilità di Xpert MTB /RIF test sulla cultura campioni negativi positivi ma striscio era inferiore (62,5%). Prestazioni di Xpert MTB /RIF test è già stato valutato principalmente su campioni di espettorato raccolti da pazienti adulti TB [27-30], che mostrano una elevata sensibilità nei campioni positivi striscio e cultura (98-100%), ma una sensibilità molto più bassa in striscio negativo campioni di espettorato (43-70%). I nostri risultati sono stati simili a questi risultati, ma su campioni archiviati. Una sensibilità inferiore del /test RIF Xpert MTB è stata riportata anche in pazienti adulti HIV positivi [29]. Ci sono pochi studi che sono stati condotti nei bambini e molto pochi in cui le prestazioni del test Xpert MTB /RIF è stata valutata su campioni diversi campioni di espettorato [4-10, 30, 31]. Nicol et al. [8] incluso 452 bambini per l'analisi con almeno uno è campione da ciascun bambino. Inoltre hanno mostrato una scarsa sensibilità della microscopia (6%), cultura (16%) e Xpert MTB /dosaggio RIF (13%) in questi campioni. Nel presente studio, anche se i tassi di rilevamento di questi tre metodi sono stati superiori, ma il modello era simile. Dal momento che abbiamo esaminato sia è e campioni GA in due giorni consecutivi, in confronto il rendimento di campioni è è stato molto inferiore rispetto aspirare i campioni gastrici. Anche se non ci sono dati pubblicati finora, in cui sono stati utilizzati sia GA ed è campioni nello stesso studio per valutare la sensibilità e la specificità di Xpert MTB saggio /RIF nei casi clinicamente probabili di tubercolosi intratoracica, ma i nostri risultati erano in accordo totale con risultati di Bates et al. [10], Rachow et al. [16] e Sekadde et al. [17]. Il nostro studio mostra che strisci e cultura rese in campioni GA sono superiori a quelli dei campioni è, tuttavia, la sensibilità di Xpert MTB /dosaggio RIF non era significativamente differente in GA e IS campioni, in campioni conservati a -80 ° C per la stessa la durata (77,1 e 85,7%, rispettivamente; p =
049). Inoltre, abbiamo raccolto entrambi questi campioni in due giorni consecutivi, e questo protocollo leggermente fornito resa migliore in tutte le tecniche diagnostiche cioè striscio, cultura e Xpert MTB /RIF test. A causa di questo approccio doppio fronti, si potrebbe ottenere un elevato diagnostica {61 di 130; 46,9% dei bambini (per l'analisi del paziente)} rendimento.
La maggior parte delle pubblicazioni su Xpert MTB /RIF o CBNAAT sono stati dell'Africa sub-sahariana [6, 8-10, 13, 16, 17]. L'India è un paese alto TB onere e la divisione TB centrale dell'India, che è stato conferito la responsabilità dell'attuazione del programma nazionale di controllo TB rivisto recentemente ha installato più di 80 macchine CBNAAT .. Ma paese i dati e le linee guida specifiche sull'uso di macchine per CBNAAT la diagnosi di tubercolosi infanzia mancano. Il nostro è anche il primo studio in cui abbiamo usato aspirato gastrico e campione di espettorato indotto immagazzinato per fino a 4,3 anni (mediana periodo di 32,5 mesi di stoccaggio). Nei campioni striscio e cultura provata ha mostrato sensibilità del 95,7%, che era all'interno della gamma riportato da diversi altri lavoratori, ma solo su campioni freschi [10, 17]. In campioni freschi stato segnalato un valore aggiunto variabile del Xpert MTB /RIF sulla cultura MGIT, ma nel nostro studio di questo valore aggiunta è stata minima (7,9%), probabilmente a causa di qualche perdita di vitalità micobatteri sulla conservazione a lungo termine dei campioni [32]. Gli ulteriori casi rilevati nel corso della prova la cultura gold standard, era molto improbabile che sia falso positivo. conta micobatteri riducono in conservazione dei campioni, anche dopo pochi giorni (30), ma le osservazioni contraddittorie sono state fatte anche da altri lavoratori [33, 34]. Paramasivan et al. [33] hanno riportato che non vi era alcun effetto sui tassi di sensibilità di striscio e della cultura, dopo la memorizzazione dei campioni di espettorato fino a 10 giorni. Tessema et al. [34] hanno riferito che la conservazione dei campioni di espettorato fino a 80 giorni a temperatura ambiente e in campioni congelati fino a 180 giorni non ha avuto effetti negativi sulla resa della cultura. Banda et al.

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