Xpert MTB /RIF d'essai peut être utilisé sur l'aspiration gastrique archivé et des échantillons d'expectoration induite pour le diagnostic de la tuberculose sensible pédiatrique

Xpert MTB /RIF assay peut être utilisé sur l'aspiration gastrique archivé et des échantillons d'expectoration induite pour le diagnostic de la tuberculose sensible pédiatrique
Résumé de l'arrière-plan
la tuberculose (TB) chez les enfants est négligée, principalement en raison d'un manque d'outils de diagnostic sensibles . Récemment Xpert MTB /RIF test a révolutionné le domaine du diagnostic, mais son utilité dans la tuberculose pédiatrique n'a pas été rapporté de l'Inde, et aucun rapport est disponible sur son utilisation sur des échantillons archivés à long terme.
Méthodes
Nous avons recruté 130 patients pédiatriques la tuberculose intrathoracique probable et leur aspiration gastrique (GA) et l'expectoration induite (IS) échantillons sur 2 jours consécutifs ont été recueillies entre Janvier 2009 et Décembre 2012. Tous les échantillons (n ​​= 520) ont été soumis à frottis examen, la culture BACTEC-MGIT et -Maison
PCR multiplex. Une aliquote de chaque échantillon a été stocké à -80 ° C et testé en Xpert MTB /RIF test en 2013.: Résultats
Échantillon taux de détection sage sage et patient microscopique des frottis a été de 4,4% et 10%, tandis que pour BACTEC culture -MGIT ce taux était de 24,4% et 46,9%, respectivement. Sur les 130 échantillons par jour 1 GA, 31,5% et 27,7% jour 2 échantillons GA étaient positifs à la culture. Seuls 17,7% des échantillons GA ont été positifs sur les deux jours. Sur les 130 IS échantillons prélevés le jour 1 et le jour 2, 15,4% et 23,1% des échantillons étaient positifs à la culture. Une combinaison de GA et est donné de meilleurs résultats. Combinant à la fois GA et IS, la sensibilité globale du Xpert MTB /RIF sur frottis et la culture des échantillons positifs était de 95,6%. Dans les échantillons négatifs et positifs de la culture frottis sa sensibilité était de 62,5%. La durée de conservation de l'échantillon affecté MTB /RIF performances Xpert d'essai (p = 0,0001). Dans les échantillons positifs frottis stockés pendant 650-849 jours, sa sensibilité était de 85,7% et 77,1% pour les échantillons IS et GA qui a chuté à 33,3% et 50%, respectivement, si elle est conservée pendant plus de 1050 jours. Discussion de la
le diagnostic de confirmation de la tuberculose particulièrement chez les enfants est un défi médical. Aucun laboratoire ou un test radiologique peut atteindre à un niveau satisfaisant de sensibilité diagnostique. Toutefois, dans cette étude, nous foundthat combinaison de plusieurs échantillons et des tests diagnostiques multiples peuvent donner beaucoup meilleur rendement, mais notoptimum. Dans cette étude, la combinaison de 2 aspiration gastrique (GA) et 2 expectoration induite (IS) échantillons prélevés sur deux jours consécutifs, et testé sur trois méthodes de diagnostic a abouti à un taux de détection très élevé. Malgré le stockage à long terme, la sensibilité globale du Xpert MTB /RIF sur frottis et des échantillons -Culture positifs est resté très élevé. Mais après le stockage de ces échantillons sous subfreezing conditions thesensitivity de Xpert MTB /RIF a diminué de manière significative. Ceci est prévu parce que même si l'échantillon est frottis et culture positive, le nombre de survivants mycobactéries descend, après plusieurs années, ce nombre peut atteindre à un niveau indétectable.
Conclusion
Ce rapport montre que les frottis et la culture des échantillons positifs stocké dans des conditions pour plusieurs années subfreezing peut être utilisé dans le /test RIF Xpert MTB, tout en conservant la sensibilité du test de diagnostic sensible et de spécificité.
Mots-clés
échantillons Pediatrics tuberculose Inde gastrique Aspirer Induced expectorations Archivé PCRm MGIT Culture, Xpert MTB /Organisation mondiale de la santé Contexte RIF (OMS) a estimé la charge mondiale de la tuberculose (TB) à 9 millions de nouveaux cas et 1,5 millions de décès en 2013 [1]. Cela comprenait jusqu'à 15% la charge des cas pédiatriques. Environ 74.000 enfants meurent de la tuberculose chaque année et il y a environ un demi-million de nouveaux cas par an [2]. Comme chez les adultes, la majorité (70-80%) des cas de tuberculose infantile présents à la tuberculose pulmonaire (TBP). La tuberculose chez les enfants a été relativement négligé, principalement en raison de difficultés dans la disponibilité d'outils de diagnostic efficaces [3]. L'Inde est 17e parmi les 22 pays les plus touchés en termes de taux global d'incidence de la tuberculose, mais très peu d'informations sont disponibles concernant l'épidémiologie de la tuberculose chez les enfants, le diagnostic et la gestion [4, 5].
Dans la plupart des paramètres de diagnostic de la tuberculose pédiatrique est effectuées sur la base de la recherche des contacts, et très peu de tentatives ont été faites pour la détection active des cas. Ceci est principalement dû à l'absence d'une présentation clinique pathognomonique de la tuberculose pédiatrique et manque d'outils sensibles de diagnostic [3, 4, 6, 7].
Avec des outils limités pour le diagnostic de laboratoire de confirmation, l'évaluation des antécédents médicaux, test cutané tuberculinique, radiographie pulmonaire et un manque de réponse aux antibiotiques aider à faire le diagnostic clinique. microscopie Smear et confirmation microbiologique est rarement atteinte en raison d'une mauvaise sensibilité de ces tests, en partie en raison de la nature paucibacillaire de la maladie et de l'incapacité des jeunes enfants de fournir un échantillon d'expectoration optimal [6]. échantillons alternatifs comprennent l'aspiration gastrique (GA), l'expectoration induite (IS), aspirée nasopharynx, broncho-alvéolaire lavage, tampon laryngé, string test et des échantillons de selles [3, 7-10]. En fonction du test de diagnostic utilisé, ces échantillons ont montré une sensibilité et une spécificité variables. Il a été rapporté que les échantillons de lavage gastrique fournissent la (40-92%) un taux de détection le plus élevé, en fonction de la sensibilité du test de laboratoire adopté. D'autres échantillons ont montré des taux de détection plus pauvres allant de 4 à 43% pour le lavage broncho-alvéolaire, 24-30% pour l'aspiration du nasopharynx, 27-63 pour écouvillon laryngé et 20-30% en utilisant l'expectoration induite. Certains travailleurs ont également utilisé string test, mais les résultats ne sont pas encourageants [3, 7, 11-13].
L'introduction récente du /test RIF Xpert MTB (Cepheid, USA) a considérablement transformé le diagnostic de la tuberculose chez les adultes , mais son application pour le diagnostic de la tuberculose pédiatrique est en cours d'évaluation. Ce test est rapide et fournit des résultats dans les 2 h [14]. Dans une déclaration de politique générale Organisation mondiale de la santé (OMS) en 2011, a recommandé l'utilisation de Xpert MTB test /RIF comme outil de diagnostic préliminaire chez les enfants, chez les adultes suspectés virus de l'immunodéficience humaine (VIH) tuberculose associés et dans tous les cas de MDR TB soupçonnés [ ,,,0],15]. Par la suite, plusieurs travailleurs ont commencé à utiliser Xpert MTB /RIF test pour le diagnostic de la tuberculose pédiatrique [10, 16-18]. Cependant, l'utilisation répandue de Xpert MTB /RIF pour le diagnostic de la tuberculose pédiatrique sur une base de routine reste encore une option lointaine. À ce jour, il n'y a que peu d'études sur l'application de la Xpert MTB /RIF pour le diagnostic de la tuberculose pédiatrique. Deux études rapportent sur l'utilisation de l'Xpert MTB /RIF sur l'expectoration induite deux sur son utilisation dans des échantillons de lavage gastrique. Il n'y a pas d'études qui rendent compte de l'utilisation de Xpert MTB /RIF dans les deux GA et est échantillons simultanément sur le même patient. En outre, il n'y a pas d'étude de l'Inde sur l'évaluation de Xpert MTB /RIF pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire pédiatrique. En outre, l'utilité de Xpert MTB /RIF sur des échantillons GA et est archivé a déjà pas été examinée. Depuis le Xpert MTB /RIF est devenu disponible seulement après 2011, il n'y a pas d'autre test rapide qui permet de détecter la tuberculose et la résistance RIF simultanément dans des échantillons qui ont été recueillies avant 2011. Cette étude examine également l'effet de stockage à long terme des échantillons cliniques sur la la détection de la tuberculose par le /test RIF Xpert MTB.
Nous avons signalé plus tôt que les échantillons GA fournissent de meilleurs rendements que IS échantillons [19]. Dans un rapport ultérieur, nous avons également montré que la neutralisation du pH de l'aspiration gastrique avant le traitement conduit à un taux de contamination plus élevé sans pour autant améliorer le taux de détection [20]. Dans la présente étude, nous rapportons les performances de l'Xpert MTB /RIF sur archivé GA et est des échantillons prélevés sur deux jours consécutifs des enfants atteints de tuberculose intrathoracique probable, recrutés dans le cadre d'un double aveugle randomisée pour étudier le rôle de la supplémentation en micronutriments contrôlée chez les enfants avec la conception de l'étude et sous réserve de recrutement de méthodes de intra-thoracique tuberculose.
l'étude a été réalisée entre Janvier 2009 à Décembre 2012 à l'Institut indien des sciences médicales (AIIMS) et de l'Hôpital Kalawati Saran enfants ( ksch), à la fois à New Delhi, en Inde. Ce travail faisait partie d'un essai en double aveugle contrôlé randomisé pour étudier le rôle de la supplémentation en micronutriments chez les enfants atteints de tuberculose intra-thoracique [19-22]. Un total de 403 enfants (58,2% de filles), âgés de 6 mois à 14 ans [de l'âge médian, 120 mois; gamme interquartile (IQR), 7-168 mois], avec probable TB intra-thoracique ont été inscrits. Les critères cliniques radiologiques standard pour suspecter la tuberculose intra-thoracique a été utilisée dans cette étude publiée plus tôt [19-22]. Le diagnostic de la tuberculose intrathoracique a été fondée sur les recommandations de l'Académie indienne de pédiatrie. Tout enfant avec toux et de la fièvre de plus de 2 semaines avec aucune amélioration pendant sept à dix jours de cours amoxicilline et récente perte de poids inexpliquée ou histoire de contact avec la tuberculose des patients dans les deux dernières années. Tous les suspects de tuberculose ont subi une radiographie pulmonaire (postéro-antérieure et latérale). En présence d'anomalies persistantes x-ray, avec la non-résolution des symptômes cliniques et aucune autre cause pour les symptômes et les résultats de radiographie thoracique, un diagnostic probable de la tuberculose intrathoracique a été faite. Tous les enfants atteints de tuberculose probable ont été soumis à test cutané tuberculinique (TST), aspirées ambulatoires gastriques (GA) et l'expectoration induite (IS) Examen des frottis et la culture AFB. Les enfants ont commencé sur le TCA, conformément aux recommandations de la RNTCP [5]. En bref: Tous les enfants atteints de tuberculose probable intra-thoracique ont été soumis à une aspiration gastrique (GA) et l'expectoration induite (IS) collection pendant deux jours consécutifs (D1 & D2). On a demandé aux enfants de signaler 6 h à jeun le matin à la clinique désignée. Après avoir expliqué la procédure et l'obtention du consentement des parents et de la sanction verbale des enfants, un tube d'alimentation de taille appropriée (10-12g) a été inséré par une narine jusqu'à ce qu'il atteint l'estomac. La position du tube a été vérifiée par insufflation d'air dans l'estomac. Le contenu de l'estomac ont été aspirés complètement, gardé dans un récipient stérile. volume habituel recueilli était d'environ 10 ml. Les échantillons ont été transportés au laboratoire pour traitement ultérieur dans 1-2 h.
Dans la même aspiration gastrique assis a été suivie par l'expectoration induite avec un écart d'environ une demi-heure. Pour l'induction des expectorations, l'enfant a été amorcé avec 2 bouffées salbutamol inhalation par aérosol-doseur (MDI Asthalin, 100 ug /bouffée, Cipla, Inde)) et l'entretoise (Zeroastat VT écarteur, Cipla, Inde) suivie par nébulisation avec 3 ml de 3 % de solution saline sur 15-20 prochaine min. Tous les échantillons ont été donnés des numéros de code uniques; et envoyés au laboratoire sans lien avec la description clinique et le patient. Les échantillons ont été traités sur le même jour pour frottis AFB, culture BACTEC-MGIT et en interne
PCR [23]. Détails des patients cliniques et d'autres ont été enregistrées dans la feuille excel par traitement pédiatre et le laboratoire était pas au courant du diagnostic clinique des sujets Considérations éthiques de.
L'étude a été approuvée par le comité d'éthique institutionnelle de l'Institut indien des sciences médicales , New Delhi et l'Hôpital pour enfants Kalawati Saran, New Delhi, en Inde, et le procès a été enregistré au clinicaltrials.gov (NCT 00801606). Le consentement éclairé écrit a été obtenu des parents /tuteurs de chaque enfant. Le traitement des échantillons de laboratoire
méthodes
IS et GA (pH non neutralisé) échantillons ont été traités comme décrit précédemment [19, 21, 23, 24] . En bref, les échantillons ont été centrifugés à 10 000 x g pendant 10 min, à 4 ° C; surnageant décanté et le culot a été remis en suspension dans un volume égal de 0,5% NALC-NaOH mélange 4% dans 50 ml de faîtage coiffés de tubes ronds de traitement de fond. La suspension a été soigneusement (4 x 10 s de chaque intervalle) vortexés pour assurer un mélange adéquat et a été incubée à 37 ° C pendant 10 min. Après incubation, on a neutralisé à pH alcalin avec un tampon phosphate [PBS (pH 6,8, volume total de 50 ml)] suivie d'une centrifugation finale à 10 000 x g pendant 10 min, à 4 ° C. On décante le surnageant; la pastille re- mis en suspension dans 2 ml de PBS et 0,5 ml de volume en 4 aliquotes dans des tubes stériles. Une aliquote a été utilisé pour la préparation des frottis, un pour la culture et l'autre pour l'essai dans une maison
PCR multiplex (m-PCR). Une aliquote a été stocké à -80 ° C pour une utilisation ultérieure. D'une aliquote, une suspension de 500 pi a été inoculée dans BACTEC MGIT-960 système de culture liquide (BACTEC TM MGIT, Becton Dickinson, Sparks, États-Unis), en utilisant le protocole standard [25]. Indépendamment d'un résultat positif ou un résultat négatif flashée, toutes les cultures ont été examinées par Ziehl-Neelsen. Différenciation des isolats de Mycobacterium tuberculosis dans
(VTT) ou mycobactéries non tuberculeuses (NTM) a été entreprise par une espèce spécifique en interne
m-PCR [23]. Les aliquotes IS et GA, stockés à -80 ° C, ont été rétrospectivement examinées dans le /test RIF Xpert MTB
. Xpert MTB /RIF test
En 2013, les échantillons stockés ont été soumis à Xpert MTB /RIF test . Il y avait 520 décontaminé GA et est jumelé échantillons (130x2 GA & 130x2 IS) qui étaient appropriés pour les tests, tandis que d'autres étaient soit pas suffisante en quantité ou de la qualité (contaminée). Le tampon de réactif d'échantillon contenant du NaOH et de l'isopropanol a été ajouté dans le rapport de 3: 1 (total 2 ml), et on a incubé pendant 15 min à température ambiante. L'échantillon traité (2 ml) a été ensuite transférée dans le MTB /RIF cartouche Xpert contenant le tampon de lavage, des réactifs lyophilisés pour l'extraction de l'ADN et l'amplification par PCR. Après un bon mélange, la cartouche a été chargée dans le Xpert MTB /RIF instrument, selon les instructions du fabricant (Cepheid, États-Unis). L'instrument effectue l'échantillon de mélange, sonication des bacilles mycobactérienne et de contrôle interne (spores), la libération d'ADN et le mélange avec les réactifs de PCR, automatiquement. Elle est suivie par une amplification PCR en temps réel hémi-imbriqué, cibler la détection par fluorescence à cinq couleurs des sondes de balise moléculaire et contrôle interne in situ
. Les résultats sont générés après 2 h et déclarés comme M. tuberculosis
- positif ou négatif avec semi-quantifiée charge bacillaire élevée, moyenne, faible ou intermédiaire et si l'agent pathogène est FRR sensibles ou résistantes [14]. étaient liés Les détails du patient aux échantillons testés seulement après l'achèvement de la /évaluation RIF Xpert MTB.
Analyse statistique
Sensibilité de Xpert MTB /RIF a été déterminée en tenant compte de la culture MGIT échantillons vrais positifs confirmés. Pour déterminer la spécificité de Xpert MTB /RIF, frottis, la culture MGIT et en interne
m-PCR échantillons négatifs ont été considérés comme de véritables échantillons négatifs. Les valeurs positives prédictifs (PPV), la valeur prédictive négative (NPV) et rapport de vraisemblance pour le positif (LRP) Xpert MTB /RIF ont été calculées avec IC à 95% (intervalle de confiance). LRP supérieure à un indique que le résultat du test est très probablement vrai positif et moins d'un signifie que le résultat du test est probablement vrai négative [26]. Pearson test de chi carré a été réalisée pour la comparaison de l'analyse sage patient. Pour exclure la proportion d'accord par hasard, kappa
test de Cohen a été utilisé. Une valeur de p <. Les résultats de 0.05.was considérée comme statistiquement significative [STATA 11.0 (station de collège, Texas, États-Unis) le logiciel a été utilisé pour toutes les analyses statistiques]
Dans cette étude, menée entre Janvier 2009 à Décembre 2012. Un total de 403 enfants (58,2% de filles), âgés de 6 mois à 14 ans [de l'âge médian, 120 mois; gamme interquartile (IQR), 7-168 mois], avec probable TB intra-thoracique ont été inscrits. Seuls les enfants ont été inclus dont deux GA et IS échantillons prélevés sur deux jours consécutifs étaient disponibles. échantillons IS et GA conséquent, appariés obtenus sur deux jours consécutifs à partir de 130 enfants ont été analysés par Xpert MTB /RIF test. Les échantillons décontaminés ont été stockés à -80 ° C pendant 21,4 à 51,9 mois (période de stockage médiane de 32,5 mois; IQR 27 à 35,1) avant de ceux-ci étaient soumises à Xpert MTB /RIF analyse. Le flux de travail de laboratoire et un résumé des résultats sont présentés sur la Fig. 1. La Fig. 1 Diagramme illustrant l'inclusion d'échantillons avec un débit de traitement des échantillons, les méthodes utilisées et les résultats selon les lignes directrices de STROBOSCOPIQUES
résultat diagnostique des échantillons IS et GA recueillies sur deux jours consécutifs
Seulement 23 sur 520 (4,4%) échantillons à partir de 13 (10%) enfants étaient frottis AFB positif (Fig. 1). Sur ces 23 échantillons, 9 étaient D1 et 8 étaient des échantillons D2 GA. Deuxième jour des échantillons (D2) GA détectés 3 AFB cas à frottis positif supplémentaires alors qu'il a manqué 4 cas qui étaient positifs sur D1, donc il n'y avait pas de valeur incrémentielle net à partir d'un échantillon D2 GA. Seuls 3 IS échantillons étaient positifs soit sur D1 ou D2. L'échantillon D2-IS a ajouté un cas, mais a également manqué un cas. Soixante et un sur 130 (46,9%) des enfants [127 de 520 (24,4%) des échantillons] ont été diagnostiqués d'avoir la culture a confirmé la tuberculose soit par frottis ou la culture (tableau 1). Sur 130 échantillons D1-GA 41 (31,5%), tandis que 36 (27,7%) des échantillons D2-GA étaient positifs à la culture. Vingt trois (17,7%) des enfants avaient une culture GA positive sur les deux jours (tableau 2). Le rendement à partir d'échantillons d'expectoration induite était pauvre. De 130 IS échantillons prélevés sur D1, seuls 20 échantillons (15,4%) ont été positifs pendant D2, 30 (23,1%) échantillons étaient positifs à la culture (tableau 3). Seize (12,3%) enfants avaient une culture positive IS sur les deux jours. Les rendements de culture MGIT de GA et IS échantillons prélevés sur deux jours consécutifs est présentée dans les tableaux 2 (& 3, respectivement). Il n'y avait pas de valeur supplémentaire d'un deuxième échantillon GA jours pour examen microscopique des frottis (9 vs 8), la culture (41 vs 36), ou Xpert MTB /RIF dosage (33 vs
34). Cependant, IS échantillons prélevés sur deux jours consécutifs prévus une valeur supplémentaire importante dans la culture (20 vs
30), mais une augmentation supplémentaire négligeable dans le MTB /RIF test Xpert (22 vs
25). Une combinaison d'un GA et un échantillon IS a donné utilité meilleur diagnostic, indépendamment de D1 ou D2. Presque 50% des échantillons (soit GA ou IS) étaient Xpert MTB /RIF positif sur les deux jours (Fig. 2) .Table 1 Performance de Xpert MTB /RIF dosage dans des échantillons bactériologiquement positifs et bactériologiquement négatifs [combinaison de aspirats gastriques (n
= 260) et expectoration induite (n
= 260)] recueillies auprès des enfants avec des critères bactériologiques de tuberculose intrathoracique probable (N = 520)
sous-critères
Non . (%)
Xpert MTB /RIF Résultats
Positif (%)
Négatif (%)
bactériologiquement positif (n = 127
; 24,4%)
Smear (+), la culture (+)
23 (4.4) *, **
22 (95,7)
1 (4.3)
Smear (-), la culture ( +)
104 (20) *
65 (62,5)
39 (37,5)
Smear (+), la culture (-)
0
0
0
Sous-total 127

87 (68,5)
40 (31,5)
bactériologiquement négatif (n = 393
; 75,5%)
Smear (-), la culture (-)
393
31 (7,9)
362 (92,1)
total
520
118 (22,7) **
402 (77,3)
Le tableau montre une grande efficacité de Xpert MTB /RIF dans la culture et frottis échantillons positifs, mais le taux de détection modérée frottis culture négative échantillons positifs
*, ** P
< 0,001, (+) - positif, (-) - Négatif, nombre entre parenthèses indiquent le pourcentage
Tableau 2 Performance de MGIT 960 culture sur des échantillons aspirés gastriques prélevés sur deux jours consécutifs à partir de 130 enfants atteints de tuberculose intrathoracique probable
MGIT960 Culture Résultats
Day 1
jour de positif
total
négatif 2
23 (17,7%) positif
13 (10%)
36 (27,7%)
négatif 18 (13,8%)
76 (58,5%)
94 (72,3%)
total
41 (31,5%)
89 (68,5%)
130
Tableau 3 Performance de MGIT 960 culture sur des échantillons d'expectorations induites recueillies sur deux jours consécutifs à partir de 130 enfants atteints de tuberculose intrathoracique probable
MGIT 960 culture Résultats
Day 1
jour de positif
total
négatif 2
16 (12,3%) positif
14 (10,8%)
30 (23,1%)
négatif 4 (3,1%)
96 (73,8%)
100 (76,9%)
total
20 (15,4%)
110 (84,6%)
130
Fig. 2 individuelles et d'analyse de chevauchement de Xpert MTB /RIF positivité dans l'aspiration gastrique et expectoration induite échantillons prélevés sur la comparaison de 2 jours consécutifs de l'IS et de GA
Dans l'ensemble, dans des échantillons (IS + GA) qui étaient positifs soit en frottis et /ou de la culture (127/520), la sensibilité de Xpert MTB /RIF test a été légèrement inférieure (68,5%, 87/127) par rapport à l'examen bactériologique (tableau 1), mais il a également détecté 7,9% (31/393) des cas supplémentaires sur la culture donnant une sensibilité de 22,7% [118/520] (p
= NS), mais significativement plus élevé (p = 0,001
) sensibilité que microscopique des frottis (tableau 4). La performance de Xpert MTB /RIF était de 95,6% (22/23) sur les frottis et la culture des échantillons archivés positifs, comme le montre (tableau 1) et le tableau de flux (Fig. 1). Tous les 14 échantillons qui ont donné espèces de MNT étaient frottis négatif, mais la culture et m-PCR positive. Ainsi sur la réévaluation, la sensibilité de Xpert MTB /RIF sur frottis négatif, mais la culture positive (VTT seulement) des échantillons était de 72,2% (65/90). Mais si tous les échantillons positifs de culture ont été pris ensemble sans tenir compte de l'espèce mycobactérienne, la sensibilité est tombé à 62,5% (65/104) en raison de 14 MFO isole. La sensibilité de Xpert MTB /RIF ne diffère pas beaucoup entre la GA et IS échantillons si tous bactériologiquement (frottis et /ou de la culture) GA positive (92,2%, 71/77) et IS (94%, 47/50) échantillons ont été comparés . Aucun échantillon positif NTM a été faussement identifié par Xpert MTB /RIF, mais il a raté un frottis, la culture et m-PCR échantillon positif, l'isolat a été identifié comme MTB par m-PCR et. Tous les échantillons positifs Xpert MTB /RIF ont aussi m-PCR positive. D'où notre maison de dans le m-PCR et Xpert MTB /RIF a montré 100% de concordance dans la MFO /différenciation des VTT (Fig. 1) .Table 4 Sensibilité, spécificité et les valeurs prédictives de Xpert MTB /test RIF en référence à frottis AFB et Bactec- culture MGIT960 dans l'expectoration induite (n =
260) par rapport à l'aspiration gastrique (n
= 260) échantillons
Sensibilité
Spécificité
PPV

VAN
LRF de test positif
précision diagnostique
sensibilité (frottis positif)
Sensibilité (frottis négatif)
Xpert MTB /RIF assay vs Induced expectorations Culture de 35/50 (70,0%; 56,2 à 80,9) *
198/210 (94,3%; 90,3 à 96,7) **
74,5% (60,5 -84,6)
92,7% (88,7 à 95,7)
12,2% (10,2 à 14,8)
89,6% (85,3 à 92,8)
6/6 (100%)
29/44 ( 65,9%)
gastrique Aspirer
52/77 (67,5%; 56,5 à 76,9) *
164/183 (89,6%; 84,3 à 93,2) **
73,2% (61,9 à 82,1)
87,8% (81,2 à 90,9)
6,5% (05/08 à 07/03)
83,1% (78,0 à 87,1)
16/17 (94,1%)
36/60 (60,0%)
AFB vs Induced expectorations Culture
6/50 (12,0%; 5,6 à 23,8) ***
210/210 (100%; 98,2 à 100)
100% (60,8 à 100)
82,7% (77,5 à 86,8)
- 83,1% (78,1 à 87,1)
NA
Gastric Aspirer NA
17/77 (22,1%; 14,3 à 32,5)
183/183 (100%; 97,9 à 100)
100 % (81,6 à 100)
75,3% (71,4 à 81,6)
- 76,9% (71,4 à 81,6)
NA
données n /N (% de NA; 95% CI) ou% (IC à 95%), la valeur prédictive positive (VPP), la valeur prédictive négative (VPN), le rapport de vraisemblance (LRF), * p
= 0,77, ** p = 0,087
, *** p = 0,792

Comparaison des Xpert MTB /RIF, culture et AFB frottis
Xpert MTB /RIF test a détecté une supplémentaire 31 393 (7,9%) des échantillons qui étaient à la fois AFB frottis et culture MGIT négatif, mais manqué 39 de 104 échantillons positifs (37,5%) de la culture (tableau 4). Chez les enfants atteints de tuberculose intrathoracique probable, aspiration gastrique identifié plus de cas que l'expectoration induite en utilisant la microscopie des frottis, la culture et Xpert MTB /RIF dosage (6,5, 29,6 et 27,3% vs
2,3, 19,2 et 18,0%, respectivement). Rendement de Xpert MTB /RIF test a diminué avec l'augmentation de la durée de stockage de GA ainsi que des échantillons IS. Dans les échantillons stockés pendant 650-849 jours, le taux de Xpert MTB /RIF test sur des échantillons SI de détection était de 85,7%, ce qui a chuté à 33,3% en échantillons stockés pendant plus de 1050 jours. De même, ces taux étaient de 77,1 et 50% respectivement dans les échantillons GA (fig. 3). Après un stockage à long différence du rendement de IS et GA était très significative (P = 0,002
). Figue. 3 La baisse des taux de positivité dans le Xpert MTB /RIF dosage par rapport à la durée de stockage des tubages gastriques et des échantillons d'expectoration induite Rapport de
Il y a eu un flux de publications sur Xpert MTB /RIF également connu sous le nom GeneXpert ou de la cartouche à base test d'amplification des acides nucléiques (CBNAAT) au cours des 3 dernières années. Cette étude est la première de l'Inde sur l'utilisation du /test RIF Xpert MTB chez les enfants atteints de tuberculose intrathoracique et aussi la première étude à faire rapport sur l'utilité de ce test sur archivé GA et IS échantillons d'enfants dans TB pays d'endémie. L'étude montre que, même en GA et IS échantillons stockés jusqu'à 4 ans, le /test RIF Xpert MTB est resté utile comme outil de diagnostic pour la tuberculose infantile. Dans les échantillons GA et IS qui étaient frottis et culture positive, la sensibilité de Xpert MTB /RIF test était de 95,6%, ce qui est similaire à celle rapportée dans des échantillons cliniques frais. Comme prévu, la sensibilité de Xpert MTB /RIF a été supérieure à celle de la microscopie des frottis (p
= 0,0001). Cependant, la sensibilité de Xpert MTB /RIF test sur la culture des échantillons positifs et négatifs, mais frottis était plus faible (62,5%). Performance de Xpert MTB /RIF test a déjà été évalué principalement sur des échantillons de crachats prélevés chez les patients adultes TB [27-30], montrant une sensibilité élevée dans frottis et de la culture des échantillons positifs (98-100%), mais une sensibilité beaucoup plus faible dans frottis négatif échantillons d'expectorations (43-70%) de. Nos résultats sont également semblables à ces résultats, mais sur des échantillons archivés. Une sensibilité inférieure de la Xpert MTB /RIF test a également été rapportée chez des patients adultes séropositifs [29]. Il y a peu d'études qui ont été menées chez les enfants et très peu lorsque l'exécution du Xpert MTB /RIF test a été évalué sur des échantillons autres que des échantillons d'expectorations [4-10, 30, 31]. Nicol et al. [8] inclus 452 enfants pour l'analyse avec au moins un IS échantillon de chaque enfant. Ils ont également montré une faible sensibilité de la microscopie (6%), la culture (16%) et Xpert MTB /RIF dosage (13%) dans ces échantillons. Dans la présente étude, bien que les taux de ces trois méthodes de détection ont été plus élevés, mais le modèle était similaire. Depuis, nous avons examiné les deux IS et des échantillons GA sur deux jours consécutifs, sur la comparaison du rendement à partir d'échantillons IS était beaucoup plus faible que les échantillons de liquide d'aspiration gastrique. Bien qu'il n'y ait pas de données publiées jusqu'à présent dans lesquels des échantillons à la fois GA et IS ont été utilisés dans la même étude pour évaluer la sensibilité et la spécificité de Xpert MTB dosage /RIF dans les cas cliniquement probables de tuberculose intrathoracique, mais nos résultats sont en concordance totale avec conclusions de Bates et al. [10], Rachow et al. [16] et Sekadde et al. [17]. Notre étude montre que frottis et la culture des rendements dans les échantillons GA sont supérieurs à ceux des échantillons est, cependant, la sensibilité de Xpert MTB /RIF test n'a pas été significativement différent dans GA et IS échantillons, dans des échantillons stockés à -80 ° C pour la même la durée (77,1 et 85,7%, respectivement, P =
049). En outre, nous avons recueilli ces deux échantillons sur deux jours consécutifs, et ce protocole légèrement fourni un meilleur rendement dans toutes les techniques de diagnostic à savoir frottis, la culture et Xpert MTB /RIF dosage. En raison de cette double approche volets, nous pourrions obtenir un diagnostic de haut {61 de 130; 46,9% des enfants (par analyse de patient)} rendement.
La plupart des publications sur Xpert MTB /RIF ou CBNAAT ont été en provenance d'Afrique subsaharienne [6, 8-10, 13, 16, 17]. L'Inde est un pays de la tuberculose élevée de la charge et la division de la tuberculose centrale de l'Inde, qui a été donné la responsabilité de la mise en œuvre du programme national de contrôle de la tuberculose révisée a récemment installé plus de 80 machines CBNAAT .. Mais les données du pays et des directives spécifiques sur l'utilisation de machines CBNAAT pour le diagnostic de la tuberculose infantile font défaut. Notre est aussi la première étude dans laquelle nous avons utilisé l'aspiration gastrique et induite par échantillon d'expectoration stocké pour jusqu'à 4,3 ans (période de stockage médiane de 32,5 mois). Dans les échantillons de frottis et de culture prouvé qu'il a montré une sensibilité de 95,7%, ce qui était dans la fourchette rapportée par plusieurs autres travailleurs, mais seulement sur des échantillons frais [10, 17]. Dans les échantillons frais un ajout de valeur variable de la Xpert MTB /RIF sur la culture MGIT a été rapporté, mais dans notre étude cet ajout de valeur a été minime (7,9%), probablement en raison d'une perte de viabilité mycobactérienne sur le stockage à long terme des échantillons [32]. Les autres cas détectés au cours du test de culture standard d'or, étaient très peu de chances d'être faux positif. compte mycobactériennes épuisent le stockage des échantillons, même après quelques jours (30), mais des observations contradictoires ont également été faites par d'autres travailleurs [33, 34]. Paramasivan et al. [33] ont rapporté qu'il n'y avait pas d'effet sur les taux de frottis et de la culture de sensibilité après le stockage des échantillons de crachats jusqu'à 10 jours. Tessema et al. [34] ont rapporté que le stockage des échantillons d'expectoration jusqu'à 80 jours à la température ambiante et dans des échantillons congelés jusqu'à 180 jours n'a eu aucun effet négatif sur le rendement de la culture. Banda et al.

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