Xpert MTB /RIF assay kan bruges på arkiveret gastrisk aspirat og induceret spytprøver til følsom diagnose af pædiatrisk tuberkulose

Xpert MTB /RIF assay kan bruges på arkiveret gastrisk aspirat og induceret spytprøver til følsom diagnose af pædiatriske tuberkulose
Abstract
Baggrund
Tuberkulose (TB) hos børn er forsømt, hovedsageligt på grund af mangel på følsomme diagnostiske værktøjer . For nylig Xpert MTB /RIF assay har revolutioneret den diagnostiske område, men dens anvendelighed i pædiatrisk TB er ikke blevet rapporteret fra Indien og ingen Rapporten findes på dens brug på langsigtede arkiverede prøver.
Metoder
Vi rekrutterede 130 pædiatriske patienter med sandsynlig intrathorakal tuberkulose og deres gastrisk aspirat (GA) og induceret sputum (IS) prøver på 2 på hinanden følgende dage blev indsamlet mellem januar 2009 og december 2012. Alle prøver (n = 520) blev udsat for smøre undersøgelse, BACTEC-MGIT kultur og i -House
multiplex PCR. En alikvot af hver prøve blev opbevaret ved -80 ° C og testet i Xpert MTB /RIF assay i 2013.
Resultater
Prøve klog og patient wise opdagelse sats af smear mikroskopi var 4,4% og 10%, mens den for BACTEC -MGIT kultur denne sats var 24,4% og 46,9%, hhv. Af de 130 dages 1 GA prøver, 31,5% og 27,7% dag 2 GA prøver var kultur positive. Kun 17,7% GA prøver var positive på begge dage. Af de 130 IS prøver indsamlet på dag 1 og dag 2, 15,4% og 23,1% prøver var kultur positive. En kombination af GA og IS givet de bedste resultater. Kombinere både GA og IS, den samlede følsomhed Xpert MTB /RIF om smøre og kultur positive prøver var 95,6%. I smear negative og kultur positive prøver var dens sensitivitet 62,5%. Varigheden af ​​prøven opbevaring påvirket Xpert MTB /RIF test ydeevne (p = 0,0001). I smear positive prøver opbevaret i 650-849 dage, dens følsomhed var 85,7% og 77,1% for IS og GA prøver, der faldt til 33,3% og 50%, henholdsvis hvis den opbevares i mere end 1050 dage.
Diskussion
Bekræftende diagnose af tuberkulose især hos børn er en medicinsk udfordring. Ingen laboratorium eller radiologisk test kan nå til en tilfredsstillende diagnostisk sensitivitet. Men i denne undersøgelse har vi foundthat kombination af flere prøver og flere diagnostiske test kan give meget bedre udbytte, selvom notoptimum. I nærværende undersøgelse, kombination af 2 gastrisk udsugninger (GA) og 2-induceret sputum (IS) prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage, og testet på tre diagnostiske metoder gav en betydelig høj opdagelse sats. Trods langtidsopbevaring, den samlede følsomhed Xpert MTB /RIF om smear og -kultur positive prøver fortsat meget høj. Men efter lagring disse prøver under subfreezing betingelser thesensitivity af Xpert MTB /RIF faldet betydeligt. Dette forventes, fordi selv hvis prøven er smøre og kultur positivt, optællingen af ​​overlevende mykobakterier går ned, efter flere år er denne tælling kan nå til et målbart niveau.
Konklusion
Denne rapport viser, at smøre og kultur positive prøver opbevaret ved subfreezing betingelser i flere år, kan anvendes i Xpert MTB /RIF assay under opretholdelse mærkbar diagnostisk test følsomhed og specificitet.
Nøgleord
Pediatrics tuberkulose Indien Gastrisk Aspirer induceret sputum Archived prøver mPCR MGIT kultur, du MTB /RIF Baggrund
World Health Organization (WHO) anslået den globale byrde af tuberkulose (TB) på 9 millioner nye tilfælde og 1,5 millioner dødsfald i 2013 [1]. Dette omfattede op til 15% byrde af pædiatriske tilfælde. Omkring 74.000 børn dør af tuberkulose hvert år, og der er omkring en halv million nye tilfælde årligt [2]. Ligesom hos voksne, de fleste (70-80%) af barnets TB-tilfælde til stede med lungetuberkulose (PTB). Tuberkulose hos børn er blevet relativt forsømt, primært på grund af udfordringer i tilgængeligheden af ​​effektive diagnostiske værktøjer [3]. Indien er 17. blandt 22 høje byrde lande med hensyn til den samlede TB forekomst, men meget få oplysninger om epidemiologi TB hos børn, sin diagnose og forvaltning [4, 5]
I de fleste indstillinger. Diagnose af pædiatrisk TB foretaget på grundlag af kontaktopsporing, og der er foretaget meget få forsøg til aktiv tilfælde detektion. Dette er primært på grund af manglen på en patognomonisk klinisk præsentation i pædiatrisk TB og mangel på følsomme diagnostiske værktøjer [3, 4, 6, 7].
Med begrænsede værktøjer til bekræftende laboratoriediagnoser, evaluering af sygehistorie, tuberkulin hudtest, røntgen af ​​thorax og manglende reaktion på antibiotika hjælpe med at gøre den kliniske diagnose. Smear mikroskopi og mikrobiologisk dokumentation opnås sjældent på grund af dårlig følsomhed af disse tests, delvis på grund af den paucibacillary sygdommens art og manglende evne af unge børn til at tilvejebringe en optimal sputumprøve [6]. Alternative prøver omfatter gastrisk aspirat (GA), induceret sputum (IS), nasopharyngeal aspirat, bronchio-alveolær lavage, larynx vatpind, string test og afføringsprøver [3, 7-10]. Afhængigt af den diagnostiske test, der anvendes, har disse prøver vist variabel følsomhed og specificitet. Det er blevet rapporteret, at maveskylning prøver giver den højeste (40-92%) opdagelse sats, afhængigt af følsomheden af ​​laboratorietest vedtaget. Andre prøver har vist dårligere afsløring satser spænder fra 4-43% for bronchoalveolær lavage, 24-30% for nasopharyngeal aspiration, 27-63 for larynx vatpind og 20-30% ved anvendelse af induceret sputum. Nogle arbejdere har også brugt string test, men resultaterne har ikke været opmuntrende [3, 7, 11-13].
Den nylige indførelse af Xpert MTB /RIF assay (Cepheid, USA) har i høj grad ændret de diagnostik af tuberkulose hos voksne , men dens anvendelse til diagnosticering af pædiatriske TB er under evaluering. Dette assay er hurtig og giver resultater inden 2 timer [14]. I en politisk erklæring World Health Organization (WHO) i 2011, anbefales brug af Xpert MTB /RIF assay som en foreløbig diagnostisk redskab blandt børn, voksne med mistænkt human immundefekt virus (HIV), der er forbundet tuberkulose og i alle MDR-TB mistænkte tilfælde [ ,,,0],15]. Efterfølgende har flere arbejdere begyndt at bruge Xpert MTB /RIF assay til diagnose af pædiatriske tuberkulose [10, 16-18]. Men den udbredte brug af Xpert MTB /RIF til diagnosticering af pædiatriske TB rutinemæssigt stadig en fjern mulighed. Til dato er der kun få undersøgelser af anvendelsen af ​​Xpert MTB /RIF til diagnosticering af pædiatriske TB. To undersøgelser rapport om brugen af ​​Xpert MTB /RIF om induceret sputum to på dens anvendelse i maveskylning prøver. Der er ingen undersøgelser, der rapporterer om brugen af ​​Xpert MTB /RIF i både GA og IS prøver samtidigt på den samme patient. Endvidere er der ingen undersøgelse fra Indien om evaluering af Xpert MTB /RIF til diagnosticering af pædiatriske lunge-TB. Desuden nytten af ​​Xpert MTB /RIF om arkiverede GA og IS prøver ikke tidligere har været undersøgt. Siden Xpert MTB /RIF blev tilgængelig efter 2011, er der ingen anden hurtig test, som kan afsløre tuberkulose og RIF modstand samtidigt i prøver, der blev indsamlet før 2011. Dette studie undersøger også effekten af ​​lang tids opbevaring af kliniske prøver på for påvisning af TB af Xpert MTB /RIF assay.
Vi har tidligere rapporteret, at GA prøver giver bedre udbytte end IS prøver [19]. I en efterfølgende rapport viste vi også, at neutralisere pH af gastrisk aspirat inden behandling fører til en højere sats for forurening uden at forbedre den opdagelse sats [20]. I den foreliggende undersøgelse rapporterer vi om udførelsen af ​​Xpert MTB /RIF om arkiverede GA og IS prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage fra børn med sandsynlig intratorakal TB, ansat som en del af en dobbelt blindet randomiseret kontrolleret forsøg for at undersøge den rolle, mikronæringsstoffer tilskud i børn med intra-thorakale tuberkulose.
Metoder
undersøgelse design og emne rekruttering
undersøgelsen blev foretaget i perioden januar 2009 til december 2012 All India Institute of Medical Sciences (AIIMS) og Kalawati Saran Børnehospital ( KSCH), både i New Delhi, Indien. Dette arbejde var en del af en dobbelt blindet randomiseret kontrolleret forsøg for at undersøge den rolle, mikronæringsstoffer tilskud til børn med intra-thorakale tuberkulose [19-22]. I alt 403 børn (58,2% piger), i alderen 6 måneder til 14 år [Median alder, 120 måneder; interkvartile område (IQR), 7-168 måneder], med sandsynlig intra-thorakale TB blev inkluderet. Standard klinik-radiologiske kriterier for mistanke intra-thorakale tuberkulose blev anvendt i denne undersøgelse, som blev offentliggjort tidligere [19-22]. Diagnosen intratorakal tuberkulose var baseret på anbefalinger fra indiske Academy of Pediatrics. Ethvert barn med hoste og feber på mere end 2 uger uden forbedring under syv til ti dage amoxicillin kursus og seneste uforklarlig vægttab eller tidligere kontakt med TB patient i seneste to år. Alle tuberkulose mistænkte undergik en kiste x-ray (lateral og posterior-anterior). I tilstedeværelse af vedvarende røntgen abnormiteter, med ikke-opløsning af kliniske symptomer og noget alternativ årsag til symptomer og røntgen af ​​thorax fund, en sandsynlig diagnose af intratorakal tuberkulose blev lavet. Alle børn med sandsynlig tuberkulose blev udsat for tuberkulin hudtest (TST), ambulante gastrisk udsugninger (GA) og induceret sputum (IS) undersøgelse for AFB smear og kultur. Børn blev startet på ATT som pr anbefalingerne fra [5] RNTCP. Kort sagt: Alle børn med sandsynlig intra-thorakale tuberkulose blev udsat for gastrisk aspiration (GA) og induceret sputum (IS) kollektion for to på hinanden følgende dage (D1 & D2). Børn blev bedt om at rapportere 6 timer fastende om morgenen til den udpegede klinik. Efter at have forklaret proceduren og indhente samtykke fra forældre og verbal samtykke fra børnene, blev en passende størrelse påfyldningsrør (10-12G) indsat gennem det ene næsebor, indtil det nåede maven. Positionen af ​​røret blev kontrolleret ved insufflation af luft i maven. Indholdet af maven blev aspireret fuldstændigt, holdes i steril beholder. Sædvanligt volumen opsamlet var omkring 10 ml. Prøver blev transporteret til laboratoriet til videre forarbejdning i 1-2 timer.
I samme siddende gastrisk aspiration blev efterfulgt af induceret sputum med et hul på omkring halv time. For sputum induktion, blev barnet primet med 2 puffs salbutamol inhalation ved inhalator med afmålt dosis (MDI Asthalin, 100 ug /puff, Cipla, Indien)) og afstandsstykket (Zeroastat VT spacer, Cipla, Indien) efterfulgt af forstøvning med 3 ml 3 % saltopløsning de næste 15-20 min. Alle prøver blev givet unikke kodenumre; og sendes til laboratoriet uden et link til kliniske og patient detaljer. Prøverne blev behandlet på samme dag for AFB smear, BACTEC-MGIT kultur og in-house
PCR [23]. Kliniske og andre patient detaljer blev registreret i excel ark ved at behandle børnelæge og laboratoriet var ikke klar over den kliniske diagnose af emnerne.
Etiske overvejelser
Undersøgelsen blev godkendt af Institutional etiske komité af All India Institute of Medical Sciences , New Delhi og Kalawati Saran Children Hospital, New Delhi, Indien, og forsøget blev registreret på clinicaltrials.gov (NCT 00.801.606). Skriftligt informeret samtykke blev opnået fra forældre /værger for hvert barn.
Laboratoriemetoder
Prøve behandling
IS og GA (pH ikke-neutraliseret) prøver blev behandlet som beskrevet tidligere [19, 21, 23, 24] . I korte træk blev prøverne centrifugeret ved 10.000 x g i 10 min, ved 4 ° C; supernatant dekanteret og pellet blev resuspenderet i et tilsvarende volumen 0,5% NALC-4 NaOH-blanding% i 50 ml ridge udjævnede rundbundede forarbejdning rør. Suspensionen blev grundigt (4 x 10 s hvert interval) hvirvlet for at sikre korrekt blanding og blev inkuberet ved 37 ° C i 10 min. Efter inkubation blev alkalisk pH neutraliseret med phosphatbuffer [PBS (pH 6,8, samlet volumen på 50 ml)] efterfulgt af endelige centrifugering ved 10.000 x g i 10 min, ved 4 ° C. Supernatanten blev dekanteret; pelleten re- suspenderet i 2 ml PBS og 0,5 ml volumen alikvoteret i 4 sterile rør. En alikvot blev anvendt til smear forberedelse, en for kultur og en anden til test i en in-house
multiplex-PCR (m-PCR). En alikvot blev opbevaret ved -80 ° C til yderligere anvendelse. Fra én portion blev en 500 pi suspension podes i BACTEC MGIT-960 flydende kultur-system (BACTEC TM MGIT, Becton Dickinson, Sparks, USA), ved hjælp af standard-protokol [25]. Uanset en positiv eller en negativ blinkede resultat blev alle kulturer undersøgt af Ziehl-Neelsen farvning. Differentiering af isolater i Mycobacterium tuberculosis
(MTB) eller ikke-tuberkuløse mykobakterier (NTM) blev udført af en art specifik intern
m-PCR [23]. De er og GA prøvealiquoter, lagret ved -80 ° C, blev efterfølgende undersøgt i Xpert MTB /RIF assay.
Xpert MTB /RIF Test
I 2013 blev de opbevarede prøver udsat for Xpert MTB /RIF test . Der var 520 dekontamineres GA og er parret prøver (130x2 GA & 130x2 IS), der var egnet til test, mens andre var enten ikke i tilstrækkelig mængde eller kvalitet (forurenet). Prøven reagens buffer indeholdende NaOH og isopropanol blev tilsat i forholdet 3: 1 (i alt 2 ml) og inkuberet i 15 minutter ved stuetemperatur. Den behandlede prøve (2 ml) blev derefter overført til Xpert MTB /RIF patron indeholdende vaskepufferen, lyofiliserede reagenser til DNA-ekstraktion og PCR-amplifikation. Efter en ordentlig blanding blev patronen lagt i Xpert MTB /RIF instrument, som pr fabrikantens anvisninger (Cepheide, USA). Instrumentet udfører prøven blanding, lydbehandling af mycobakterielle baciller og intern kontrol (sporer), DNA frigivelse og blanding med PCR-reagenser, automatisk. Dette efterfølges af en hemi-nested realtid-PCR-amplifikation, målrette detektion med fem farver fluorescens molekylære beaconprober og intern kontrol in situ
. Resultater genereres efter 2 timer og rapporteret som M. tuberculosis
- negativ eller positiv med semi-kvantificeret bacillary belastning så høj, medium, mellemliggende eller lav, og hvis patogenet er RIF følsom eller resistent [14]. Patienten detaljer blev knyttet til de testede først efter afslutningen af ​​Xpert MTB /RIF evaluering prøver.
Statistisk analyse
følsomhed Xpert MTB /RIF blev bestemt ved at overveje MGIT kultur bekræftede prøver som sande positive. For at bestemme specificiteten af ​​Xpert MTB /RIF, smøre, MGIT kultur og in-house
m-PCR negative prøver blev betragtet som sande negative prøver. Positive prædiktive værdier (PPV), negativ prædiktiv værdi (NPV) og sandsynligheden ratio for positiv (LRP) Xpert MTB /RIF blev beregnet med 95% CI (konfidensintervaller). LRP på mere end én angiver, at testresultatet er mest sandsynligt sandt positive og mindre end en betyder, at testresultatet er sandsynligvis sandt negativ [26]. Pearson chi i anden-test blev udført for sammenligning af patientens wise analyse. For at udelukke den del af aftalen ved en tilfældighed, blev Cohens kappa
test anvendes. En p-værdi på <. 0.05.was betragtes statistisk signifikant [STATA 11.0 (College Station, Texas, USA) software blev anvendt til alle statistisk analyse]
Resultater
I denne undersøgelse gennemført fra januar 2009 til december 2012. i alt 403 børn (58,2% piger), i alderen 6 måneder til 14 år [Median alder 120 måneder; interkvartile område (IQR), 7-168 måneder], med sandsynlig intra-thorakale TB blev inkluderet. Kun de børn blev inkluderet fra hvem både GA og IS prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage var til rådighed. Derfor parrede IS og GA prøver opnået på to på hinanden følgende dage fra 130 børn blev analyseret af Xpert MTB /RIF assay. De dekontamineres prøver blev opbevaret ved -80 ° C i 21,4 51,9 måneder (median oplagringsperiode 32,5 måneder IQR 27-35,1) før disse blev udsat for Xpert MTB /RIF analyse. Laboratoriet arbejdsgang og sammenfatning af resultaterne er vist i fig. 1. Fig. 1 Flow diagram afbilder inddragelse af prøver med strømmen af ​​prøve behandling, anvendte metoder og resultater som pr strobe retningslinjer
Diagnostic resultat af IS og GA prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage
Kun 23 ud af 520 (4,4%) prøver fra 13 (10%) børn var AFB smøre positive (fig. 1). Af disse 23 prøver, 9 var D1 og 8 var D2 GA prøver. Anden dag (D2) GA prøver opdaget 3 ekstra AFB smøre positive tilfælde, mens det gik glip af 4 tilfælde, der var positive på D1, derfor var der ingen netto inkremental fra en D2 GA prøve. Kun 3 er prøver var positive på enten D1 eller D2. Den D2-IS prøve tilføjet et tilfælde, men også savnet et tilfælde. Sixty en ud af 130 (46,9%) børn [127 af 520 (24,4%) prøver] blev diagnosticeret til at have kulturen bekræftet tuberkulose enten ved smear eller kultur (tabel 1). Ud af 130 D1-GA prøver 41 (31,5%), mens 36 (27,7%) af D2-GA prøver var kultur positive. Tyve tre (17,7%) børn havde en kultur positiv GA på begge dage (tabel 2). Udbyttet fra inducerede spytprøver var dårlig. På 130 IS prøver indsamlet på D1, kun 20 prøver (15,4%) var positive, mens på D2, 30 (23,1%) prøver var kulturen positive (tabel 3). Seksten (12,3%) børn havde en kultur positiv IS på begge dage. De MGIT kultur udbytter fra GA og IS prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage er vist i (tabel 2 & 3, henholdsvis). Der var ingen yderligere værdi af en anden dag GA prøve for smear mikroskopi (9 vs 8), kultur (41 vs 36), eller Xpert MTB /RIF assay (33 vs
34). Men IS prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage, forudsat en betydelig ekstra værdi i kultur (20 vs
30), men en ubetydelig ekstra tilvækst i Xpert MTB /RIF assay (22 vs
25). En kombination af en GA og en er prøve gav bedst diagnoseværktøj, uanset D1 eller D2. Næsten 50% prøver (enten GA eller IS) var Xpert MTB /RIF positive på begge dage (fig. 2) .table 1 Udførelse af Xpert MTB /RIF assay i bakteriologisk positive og bakteriologisk negative prøver [kombination af gastrisk udsugninger (n
= 260) og induceret sputa (n
= 260)] indsamlet fra børn med sandsynlig intrathorakal tuberkulose
Bakteriologiske kriterier (N = 520)
Sub-kriterier
Nej . (%)
Xpert MTB /RIF Resultater
Positiv (%)
Negativ (%)
Bakteriologisk positiv (n
= 127; 24,4%)
Udtværing (+), kultur (+)
23 (4.4) *, **
22 (95,7)
1 (4.3)
Udtværing (-), kultur ( +)
104 (20) *
65 (62,5)
39 (37,5)
Udtværing (+), kultur (-)
0
0
0
Subtotal
127
87 (68,5)
40 (31,5)
Bakteriologisk negativ (n
= 393; 75,5%)
Udtværing (-), kultur (-)
393
31 (7,9)
362 (92,1)
Total
520
118 (22,7) **
402 (77,3)
tabellen viser høj effekt af Xpert MTB /RIF i kultur og smøre positive prøver, men moderat opdagelse sats i smear negativ kultur positive prøver
*, ** P
< 0,001, (+) - positiv, (-) - Negativ, nummer i parentes angiver procent
Tabel 2 Resultat af MGIT 960 kultur på gastrisk aspiratprøver prøver indsamlet på to på hinanden følgende dage fra 130 børn med sandsynlig intrathorakal tuberkulose
MGIT960 Kultur Resultater
Dag 1
Positiv
Negativ
Total
Dag 2
Positiv
23 (17,7%)
13 (10%)
36 (27,7%)
Negativ
18 (13,8%)
76 (58,5%)
94 (72,3%)
alt
41 (31,5%)
89 (68,5%)
130
tabel 3 Resultat af MGIT 960 kultur på inducerede spytprøver indsamlet på to på hinanden følgende dage fra 130 børn med sandsynlig intrathorakal tuberkulose
MGIT 960 kultur Resultater
Dag 1
Positiv
Negativ
Total
Dag 2
Positiv
16 (12,3%)
14 (10,8%)
30 (23,1%)
Negativ
4 (3,1%)
96 (73,8%)
100 (76,9%)
alt
20 (15,4%)
110 (84,6%)
130
fig. 2 Individuelle og overlap analyse af Xpert MTB /RIF positivitet i gastrisk aspirat og induceret spytprøver opsamlet på 2 på hinanden følgende dage
Sammenligning af IS og GA
Samlet set i prøver (IS + GA), som var positive enten i smear og /eller kultur (127/520), følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF assay var lidt lavere (68,5%, 87/127) sammenlignet med bakteriologisk undersøgelse (tabel 1), men det detekterede også 7,9% (31/393) yderligere tilfælde over kulturen hvilket giver en samlet sensitivitet på 22,7% [118/520] (s
= NS), men signifikant højere (p
= 0,001) følsomhed end smear mikroskopi (tabel 4). Udførelsen af ​​Xpert MTB /RIF var 95,6% (22/23) på smøre og kultur-positive arkiverede prøver, som vist i (tabel 1) og rutediagram (fig. 1). Alle 14 prøver, der gav NTM arter var smøre negativ, men kultur og m-PCR positive. Derfor om revurdering, følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF på smear negativ, men kultur positive (kun MTB) prøver var 72,2% (65/90). Men hvis alle kultur-positive prøver blev taget sammen uden at der mycobakterielle arter, følsomheden faldt ned til 62,5% (65/104) på ​​grund af 14 NTM isolater. Følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF adskilte sig ikke meget mellem GA og IS prøver, hvis alle bakteriologisk (smear og /eller kultur) positiv GA (92,2%, 71/77) og IS (94%, 47/50) prøver blev sammenlignet . Ingen NTM positive prøve blev fejlagtigt identificeret af Xpert MTB /RIF, men det savnede en smøre, kultur og m-PCR positiv prøve, blev isolatet identificeret som MTB ved m-PCR og. Alle Xpert MTB /RIF positive prøver var også m-PCR positive. Derfor vores interne m-PCR og Xpert MTB /RIF viste 100% konkordans i NTM /MTB differentiering (fig. 1) .table 4 følsomhed, specificitet og prædiktive værdier af Xpert MTB /RIF assay i forhold til AFB smøre og Bactec- MGIT960 kultur i induceret sputum (n
= 260) vs. gastrisk aspirat (n
= 260) prøver
Følsomhed
Specificitet
PPV

NPV
LRF af positiv test
diagnostisk nøjagtighed
Følsomhed (smear positiv)
Følsomhed (smear negativ)
Xpert MTB /RIF assay vs Kultur
induceret sputum
35/50 (70,0%; 56,2-80,9) *
198/210 (94,3%; 90,3-96,7) **
74,5% (60,5 -84,6)
92,7% (88,7-95,7)
12,2% (10,2-14,8)
89,6% (85,3-92,8)
6/6 (100%)
29/44 ( 65,9%)
Gastric Aspirer
52/77 (67,5%; 56,5-76,9) *
164/183 (89,6%; 84,3-93,2) **
73,2% (61,9-82,1)
87,8% (81,2-90,9)
6,5% (5,8-7,3)
83,1% (78,0-87,1)
16/17 (94,1%)
36/60 (60,0%)
AFB vs Kultur
induceret sputum
6/50 (12,0%; 5,6-23,8) ***
210/210 (100%; 98,2 til 100)
100% (60,8-100)
82,7% (77,5-86,8) -
83,1% (78,1-87,1)-hoteller, NA
NA
Gastric Aspirer
17/77 (22,1%; 14,3-32,5)
183/183 (100%; 97,9 til 100)
100 % (81,6-100)
75,3% (71,4-81,6) -
76,9% (71,4-81,6)
NA-hoteller, NA
data n /N (%; 95% CI) eller% (95% CI), Positiv prædiktiv værdi (PPV), negativ prædiktiv værdi (NPV), Sandsynlighed ratio (LRF), * p
= 0,77, ** p
= 0,087, *** p
= 0,792
Sammenligning af Xpert MTB /RIF, kultur og AFB smøre mikroskopi
Xpert MTB /RIF assay registreret en yderligere 31 af 393 (7,9%) prøver, som var både AFB smøre og MGIT kultur negativt, men savnede 39 af 104 (37,5%) kultur positive prøver (tabel 4). Hos børn med sandsynlig intratorakal tuberkulose, gastrisk aspirat identificeret flere tilfælde end induceret sputum hjælp smøre mikroskopi, kultur og Xpert MTB /RIF assay (6,5, 29,6 og 27,3% vs
2.3, 19,2 og 18,0%, henholdsvis). Udbytte af Xpert MTB /RIF assay faldt med stigende varighed af opbevaring af GA samt IS prøver. I prøver opbevaret i 650-849 dage, påvisning på Xpert MTB /RIF assay på IS prøver var 85,7%, hvilket faldt til 33,3% i prøver, der er lagret i mere end 1050 dage. Tilsvarende disse satser var 77,1 og 50% i henholdsvis GA prøver (Fig. 3). Efter lang lagring forskel i udbyttet af IS og GA var stærkt signifikant (P
= 0,002). Fig. 3 Faldende positivitet satser i Xpert MTB /RIF assay i forhold til varigheden af ​​opbevaring af gastrisk aspirat og inducerede spytprøver
Diskussion
Der har været en strøm af publikationer om Xpert MTB /RIF også kendt som GeneXpert eller patron baseret nukleinsyreamplifikation test (CBNAAT) i de sidste 3 år. Dette er den første undersøgelse fra Indien om brug af Xpert MTB /RIF assay hos børn med intrathorakal TB og også den første undersøgelse for at rapportere om nytten af ​​denne analyse på arkiverede GA og IS prøver fra børn i TB endemisk land. Undersøgelsen viser, at selv i GA og IS prøver opbevares i op til 4 år, Xpert MTB /RIF assay forblev nyttigt som et diagnostisk værktøj til barndommen tuberkulose. I GA og IS prøver, der var smear og kultur positiv, følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF assayet var 95,6%, hvilket er den samme som rapporteret i friske kliniske prøver. Som forventet følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF var bedre end smear mikroskopi (p
= 0,0001). Men følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF assay på kultur positive, men smøre negative prøver var, lavere (62,5%). Udførelse af Xpert MTB /RIF assay er tidligere blevet undersøgt for det meste på spytprøver indsamlet fra voksne TB-patienter [27-30], der viser en høj følsomhed i smøre og kultur positive prøver (98-100%), men en meget lavere følsomhed i smear negativ spytprøver (43-70%). Vores resultater var også lignende disse resultater, men på arkiverede prøver. En lavere følsomhed af Xpert MTB /RIF assay er også blevet rapporteret hos HIV positive voksne patienter [29]. Der er kun få undersøgelser, der er gennemført i børn og en meget få, hvor udførelsen af ​​Xpert MTB /RIF assay er blevet evalueret på andre end spytprøver [4-10, 30, 31] prøver. Nicol et al. [8] omfattede 452 børn til analyse med mindst én IS prøve fra hvert barn. De viste også en dårlig følsomhed mikroskopi (6%), kultur (16%) og Xpert MTB /RIF assay (13%) i disse prøver. I den foreliggende undersøgelse, selvom detektionsrater af disse tre metoder var højere, men mønsteret var ens. Da vi undersøgte både IS og GA prøver på to på hinanden følgende dage, om sammenligning udbyttet fra IS prøver var meget lavere end gastrisk aspiratprøver prøver. Selv om der ikke er nogen data offentliggjort hidtil, hvor både Georgien og IS prøver er blevet anvendt i den samme undersøgelse for at evaluere følsomheden og specificiteten af ​​Xpert MTB /RIF assay i klinisk sandsynlige tilfælde af intratorakal tuberkulose, men vores resultater var i total konkordans med resultaterne af Bates et al. [10], Rachow et al. [16] og Sekadde et al. [17]. Vores undersøgelse viser, at smøre og kultur udbytter i GA prøver er større end dem af IS prøver imidlertid følsomheden af ​​Xpert MTB /RIF assay ikke var signifikant forskellig i GA og IS prøver, i prøver opbevaret ved -80 ° C i den samme varighed (77,1 og 85,7%, henholdsvis; P
= 049). Desuden vi samlet begge disse prøver på to på hinanden følgende dage, og denne protokol lidt forudsat bedre udbytte i alle diagnostiske teknikker, dvs. smøre, kultur og Xpert MTB /RIF assay. På grund af denne dobbelte strenget strategi, kunne vi opnå en høj diagnostisk {61 af 130; 46,9% børn (per patient analyse)} udbytte.
Fleste publikationer om Xpert MTB /RIF eller CBNAAT have været fra Afrika syd for Sahara [6, 8-10, 13, 16, 17]. Indien er et TB høj belastning land og den centrale TB opdeling af Indien, som er blevet skænket ansvaret for gennemførelsen af ​​den reviderede nationale TB-kontrol-program har for nylig installeret mere end 80 CBNAAT maskiner .. Men landespecifikke data og retningslinjer om brug CBNAAT maskiner til diagnosticere barndommen tuberkulose mangler. Vores er også den første undersøgelse, hvor vi har anvendt gastrisk aspirat og induceret sputum prøve opbevares i op til 4,3 år (median oplagringsperiode på 32,5 måneder). I smear og kultur bevist prøver viste følsomhed på 95,7%, hvilket var inden for intervallet rapporteret af flere andre arbejdstagere, men kun på friske prøver [10, 17]. I friske prøver er blevet rapporteret en variabel værdi ud af Xpert MTB /RIF over MGIT kultur, men i vores studie denne værdiforøgelse var minimal (7,9%), sandsynligvis på grund af et vist tab af mycobakteriel levedygtighed på langsigtet opbevaring af prøver [32]. De ekstra tilfælde opdages over guldstandarden kultur test, var meget usandsynligt, at være falsk positiv. Mycobakterielle tæller nedbryder på opbevaring af prøver, selv efter få dage (30), men er også blevet gjort modstridende observationer af andre arbejdstagere [33, 34]. Paramasivan et al. [33] rapporterede, at der ikke var nogen effekt på følsomhed satser smear og kultur efter lagring af spytprøver op til 10 dage. Tessema et al. [34] har rapporteret, at opbevaring af spytprøver op 80 dage ved stuetemperatur og i frosne prøver op 180 dage ikke havde nogen negativ effekt på udbyttet kultur. Banda et al.

• FGF9 fra cancer-associerede fibroblaster er en mulig mediator af invasion og anti-apoptose af mavekræft cells
• Antioxidant aktivitet og ultrastrukturelle ændringer i gastrisk cancer cellelinjer induceret af Northeastern Thai spiselige folkemusik plante extracts