В overmethylated гены Helicobacter Pylori-инфицированной слизистой оболочки желудка являются деметилируется в рака желудка

В overmethylated гены Helicobacter Pylori
-infected слизистую оболочку желудка являются деметилируется в рака желудка
Аннотация
Справочная информация
Переходные-CpG участков между слабо метилированных генов и плотно метилированных ретроэлементов являются overmethylated в слизистой оболочке желудка, инфицированных Helicobacter Pylori
(H. Pylori
), и они undermethylated в рака желудка в зависимости от уровня потери гетерозиготности (LOH) событий. Данное исследование разграничивает переходно-CpG метилирования CpG-островков, содержащих и -lacking гены с учетом ретроэлементов.
Методы
Переходные-CpG участков восьми CpG-островных содержащих генов и шесть CpG-остров -lacking гены полуколичественно исследовали путем проведения радиоизотопных маркировки метилирования специфической ПЦР в жестких условиях. Уровень LOH в рака желудка оценивали с использованием 40 микросателлитных маркеров на восьми раковых ассоциированных хромосом. Каждый ген был забит, как overmethylated или undermethylated основанный на промежуточном уровне переходного-CpG метилирования общего в H. Pylori
-отрицательное слизистую оболочку желудка.

Результаты этих восьми генов CpG-островных обследованных были overmethylated в зависимости от близость к ближайшему ретроэлементов в хеликобактерной
-положительным слизистую оболочку желудка. Шесть CpG-островодужные отсутствуют гены были аналогичным образом метилируется в H. Pylori
-положительным и -отрицательные слизистой оболочки желудка. В рака желудка, длинные сегменты переходно-CpG КПГ-островных генов далеких от ретроэлементов оставались overmethylated, в то время как overmethylation коротких переходных-CpG сегментов, близких к ретроэлементов не было статистически значимым. И CpG-островок, содержащий и -lacking гены, как правило, все менее метилированный в LOH уровня обнаруживавшие
Выводы
The overmethylated генов под действием ретроэлементов метилирования в H. Pylori
. - зараженный желудок деметилируется в рака желудка под влиянием LOH.
фона изображения модели мыши, инфицированного Helicobacter Pylori
(H. Pylori
) проиллюстрировал, что стволовые клетки костного мозга мигрируют в слизистую оболочку желудка и затем они дифференцируются в эпителиальных клеток желудка [1]. Согласно модели самоорганизации, высоко выраженные мастер гены могут образовывать транскрипции концентратор для координации экспрессию многих других генов [2]. Механизм компенсации дозировка предполагает, что существует обратная корреляция между генами домашнего хозяйства, содержащие CpG-островков и генов тканеспецифических отсутствуют CPG-острова, которые оба имеют ограниченное количество ядерных белков в ядерном пространстве [3, 4]. Обе модели самоорганизации и компенсации дозировка подчеркнуть, что эпигенетические совместное регулирование высокоактивных желудка специфических генов и слабо активных генов домашнего хозяйства способствует транс-дифференциацию костного мозга клеток, полученных в желудке.
Лица, инфицированные H. пилори
часто претерпевают ряд изменений слизистой оболочки желудка, включая предраковых и раковых поражений [5]. Хотя CpG-островок overmethylation, что может привести к инактивации опухолевых генов, ассоциированных является общим в H. Pylori
-infected слизистой оболочки желудка, ассоциация между overmethylation и экспрессии отдельных генов CpG-остров неоднозначна [6]. Желудочный предраковые и раковые поражения показали CpG-островной overmethylation, а также по всему геному undermethylation, но два различных изменений метилирования не показали сотрудничества для последовательной эволюции предрака и рака [7]. Кроме того, с высоким уровнем экспрессии в желудке специфические гены, играющие основную роль в сорегулирования многочисленных генов показали несколько изменений метилирования в рака желудка [4, 8]. Что касается координации экспрессии генов, необходимо разграничить, если желудок специфические гены и гены домашнего хозяйства подвергаются одновременно переедания и метилирования изменения.
Ретроэлементы являются самовоспроизводящиеся паразитические ДНК, которые занимают половину человеческого генома [ ,,,0],9]. Геном хозяина подавляет опасные мутации эффект паразитных ретроэлементов через метилирования-зависимого механизма ДНК [10]. Переходная область между слабо метилированных генов и плотно метилированных ретроэлементов, например, на полях CpG-островком и сайта инициации транскрипции хватает CpG-островки, метилируется в различной степени ткане-зависящего от типа [4, 11, 12 ]. Метилирование переходных-CpG сайтов динамически изменяется в ответ на транс-дифференцировки стромальных клеток костного мозга и (лох) событий с потерей гетерозиготности в рака желудка [12-15]. Другой предыдущее исследование также описал, что "CpG-остров берег" связан с регулированием дифференцировки клеток и канцерогенеза [16]. Интересно отметить, что многие сайты переходно-CpG и генные соседнему ретроэлементы одновременно недо- или undermethylated в данной ткани [11, 17], что свидетельствует о том, что параллельные изменения метилирования в многочисленных генов находятся под влиянием ретроэлементов метилирования. В то же время, большинство CpG-богатые острова являются слабо метилированный или неметилированным в большинстве типов тканей, а CpG-богатых сайтов не подходят для анализа динамических метилирования, прилегающих к гену областей управления [12, 13, 15, 18]. Таким образом, переходные-CpG-сайты, а не CpG богатых островов, скорее всего, служить стержнем-метилирования позиций, которые отражают параллельные паттерны метилирования, связанные с H. Pylori
инфекции и развития рака.
Это исследование исследовал переходно-CpG метилирования генов CpG-островком и гены желудка специфические недостающие CpG-островков в H. Pylori
-infected слизистую оболочку желудка и рак желудка. Переменная метилирование участков переходно-CpG была полуколичественно оценена в строгих метилирования конкретных ПЦР (ССП) условий, которые производятся четкие полосы ДНК [4, 8]. Увеличение или уменьшение в переходном-CpG метилирования каждого гена была определена на основе промежуточного метилирования в H. Pylori
-отрицательное слизистую оболочку желудка.
Методы
Сбор образцов тканей
незлокачественный образцы ткани собирали из амбулаторных больных, перенесших желудочное эндоскопию с апреля 2008 года по октябрь 2009 года в больнице Святого Павла, католический университет Кореи. Во время эндоскопического исследования, два образца соседних тканей были получены из антрального отдела желудка и корпусную часть, соответственно. Один образец биопсии фиксировали формалином для гистологического исследования и других биопсии использовали для экстракции ДНК. Патологоанатом подтвердил эпители желудка содержание клеток чистоты более чем 80% в тканях биопсии. H. Pylori
инфекция была исследована с использованием Warthin-Starry метод пропитки серебром. В исследование было включено 50 антрума и тела пар в H. Pylori
-отрицательные случаев со средним возрастом 53,2 и 50 антрума и тела пар в H. Pylori
-позитивных случаев со средним возрастом 55,6. Существовали 25 мужчин и 25 женщин в H. Pylori
-отрицательные случаев и 26 самцов и 24 самок в H. Pylori
-позитивных случаев. Желудочные раковые ткани были получены от патологических образцов 48 мужских и 22 женских пациентов (средний возраст: 63,7), который перенес хирургическую резекцию в период с марта 2005 года по декабрь 2008 года в больнице Святого Павла, Католический университет Кореи. Стадии клинико-патологический опухоль была определена в соответствии с критериями Опухоль-Node-Метастазы (TNM) [19]. Все субъекты при условии их письменное информированное согласие, и это исследование было одобрено этическим комитетом.
Подготовка ткани и бисульфит модификация ДНК
свежему биопсии были использованы для возможной полуколичественного анализа MSP, так как фиксированные формалином ДНК ткани, как правило, плохо усиливается после бисульфита модификации [8]. Для анализа микросателлитных ДНК экстрагировали из фиксированных формалином погруженных в парафин тканей опухоли, как было описано ранее [20, 21]. Образцы опухолей микродиссекции использованием хирургическим скальпелем под стереомикроскопа. Все микродиссекции раковые ткани содержали содержание раковых клеток более чем на 80%. Использование ДНК-буфера для экстракции (0,5% твин-20, 1 мМ ЭДТА, рН 8,0, 50 мМ Трис, рН 8,0, 0,5 мг /мл протеиназы К), образцы биопсии и микродиссекции ткани расщепляли при 37 ° С в течение 24 ч. Приблизительно 1000 клеток инкубировали с 20 мкл буфера для экстракции ДНК после чего набор для выделения ДНК (A1120, Promega, Madison, WI, USA) использовали для экстракции геномной ДНК, в соответствии с инструкциями изготовителя.
Ткани ДНК была изменена используя бисульфит натрия, как описано в работах [8, 11-13]. Вкратце, 1 мкг геномной ДНК обрабатывали с помощью 10 мкл 3 М NaOH в течение 15 мин при 37 ° С. Затем денатурированной ДНК смешивали с 1,04 мл 2,3 М раствором бисульфита натрия и 60 мкл 10 мМ гидрохинон и это нагревали при 50 ° С в течение 12 часов. Бисульфит обрабатывали ДНК, которую очищали с помощью мастера очистки ДНК смолы (Promega, Madison, WI, USA), был desulfonated 3 М NaOH и осаждали этанолом, а затем растворяли в 35 мкл 5 мМ Трис-буфера (рН 8,0) .
радиоизотопов маркировка полуколичественный анализ метилирования
Сравнительный анализ микрочипов и SAGE (серийный анализ экспрессии генов) данных было установлено, что количество транскриптов, подсчитанных в данных SAGE точно представляет большую разницу в активности генов между желудка специфических генов и генов домашнего хозяйства [4]. Переходные-CpG участки генов желудка специфических (PGA5
и PGC
) [22], слизистую оболочку заживающих генов (TFF1
и TFF2
) [23], связанных с раком гены (CDH1
, MLH1
, PPARG
, CDKN2A
и RUNX3
) [15, 24-27], а также не-желудочные генов (ARRDC4
, DUSP6 <бр>, TRAPPC2L
, MSLN
и KRT6A
) [28-32] были выбраны (таблица 1). Сайты MSP, последовательности и условия приведены в дополнительном файле 1. Низкое содержание GC и повторяющиеся последовательности в метилирования переменной переходно-CpG сайт часто показывал слабые или смазыванию MSP полос в связи с уменьшением сложности нуклеотидных последовательностей ниже бисульфита лечение [4, 8, 33]. Для повышения специфичности переходно-CpG-амплификации, каждый набор праймеров был разработан MSP, чтобы содержать 3-5 сайтов CpG и, чтобы охватить небольшой размер ампликона, и реакцию ССП проводили в жестких условиях с использованием дТТФ-радиоизотопа, как описано ранее [4, 8, 11, 12]. Вкратце, 10 мкл смеси ПЦР, которая содержала 1 мкл бисульфит модифицированной ДНК, 1 мкКи альфа- 32Р дТТФ (PerkinElmer, Бостон, Массачусетс, США), 62,5 мкМ дАТФ, дЦТФ и дГТФ, 25 мкМ дТТФ, 1 пмоль праймеров, 0,1% твина 20 и 0,3 единицы Taq полимеразы
амплифицировали с помощью 32 циклов ПЦР при горячей запуска условий ПЦР. Представительные результаты метилирования показаны на рисунке 1A.Table 1 Ближайший ретроэлементов и транскрипция 14 выбранных генов с и без CpG островков
Gene

CpG острова

Ближайшие ретроэлементов

No. экспрессированных транскриптов в желудке

<й>
<й>
Название семьи

Расстояние до сайта инициации транскрипции

<й>
CDH1

Да
Alu
0,3 кб
19
ARRDC4

Да
Alu
1,7 кб
7
PPARG

Да
Alu
2,3 кб страница 3 CDKN2A

Да
LTR
2.4 кб
1
TRAPPC2L

Да
Alu
3,8 кБ
14
DUSP6

Да
Alu
6,6 кб
8
MLH1
<бр> Да
Alu
6.6 кб
0
RUNX3

Да
LTR
8,3 кб
0
PGA5

Нет
Alu
1.2 кб
734
PGC

Нет
Alu
1.6 кб,
33
TFF1

Нет <бр> Alu
0,5 кб
11
TFF2

Нет
L1
2,7 кб
632
MSLN

Нет
Alu
1,4 кв
50
KRT6A

Нет
Alu
4,2 кб
1
информация, касающаяся CpG островов, ретроэлементы и количество выраженных стенограмм желудок был получен из ранее опубликованных данных [4].
Рисунок 1 полуколичественного анализа метилирования (а) и клонирование и секвенирование (B) в узлах переходно-CpG. Метилирование участков переходно-CpG оценивали путем проведения полуколичественный анализ метилирования (А), и это было подтверждено при клонировании и секвенировании общего праймера (В). (А) В общей сложности 14 участков переходно-CpG были рассмотрены в хеликобактерной
-отрицательные и хеликобактерной
-положительным нормальной слизистой оболочки желудка и рака желудка поражения больных раком. Плотность метилирование рассчитывали по доле интенсивности метилирования (М) полосы по отношению к общей unmethylation (U) и интенсивности метилирования полосы. Плотность метилирование каждого сайта CpG был классифицирован на 5 уровней с 20% приростом -methylation. Статус метилирования каждого гена был отнесен к категории undermethylation (недо-) или overmethylation (пере-), основанный на промежуточном уровне метилирования (между-) от хеликобактерной
-отрицательное нормальной слизистой оболочки желудка. (Б) Представитель результаты клонирования и секвенирования общей ПЦР. Переходные-CpG-сайты CDH1
, CDKN2A
и RUNX3
генов анализировали путем клонирования и секвенирования общий продукт ПЦР. Геномные ДНК, представленные на рисунке 1А были использованы для сравнения результатов MSP с результатами секвенирования. Открытые и закрытые кружки обозначают неметилированные и метилированные остатки цитозина, соответственно. Прямоугольные коробки указывают на участки праймера MSP была подтверждена.
Полуколичественный оценка переходно-CpG вариации метилирования
Условие ПЦР каждого набора праймеров MSP путем построения стандартной кривой в соответствии с различными смесями интенсивности полос из МПВ продуктов с универсальный метилированной и неметилированным ДНК контроля [11, 18]. Геномную ДНК обрабатывают ДНК метилазы (CpGenome Всеобщую метилированной ДНК, Chemicon, Temecula, CA, USA) и усиливается с помощью универсального праймера (5'-CCG CGA ACT GNN NNN NAT GTG G-3 ') были использованы для универсального метилированной и неметилированным ДНК-контроль, соответственно. На основе стандартной кривой, плотность метилирование переходного-CpG сайта рассчитывалась по следующей формуле: метилирование доля (%) = (интенсивность метилирования /(метилирование + интенсивность unmethylation)) × 100 [8, 11, 13, 15, 18]. Для проверки воспроизводимости переменной плотности метилирование с использованием полуколичественного анализа, классификация 5 уровня с 20% прироста -methylation и классификация 10 уровня с 10% прироста -methylation сравнивались в спаренных образцах ткани. Сравнительный анализ парных образцов проводили с использованием дублированных ДНК из 40 тканей и 48 пар 1-см-прилегающих тканей в дополнение к 100 пар Антрум и тканей тела, которые были получены от 50 H. Pylori
- отрицательные ткани желудка и 50 H. Pylori
-положительные ткани желудка (рисунок 2). Рисунок 2 Анализ переменной метилирования в участках переходно-CpG. (А и В) воспроизводимости классификации 5 уровня с 20% -methylation прироста (А) и 10-ти уровневая классификации с 10% -methylation прироста (B) была проверена доля спаренных образцов ткани не показывая никаких различий в уровень метилирования. Сравнивали дублированные ДНК из той же ткани (закрытые бар), пара-1 см-прилежащих тканей (серые полосы) и пара антральном и тканей организма (незаштрихованные столбцы). (C и D) Анализ промежуточного уровня метилирования. была оценена частота undermethylated и overmethylated случаев основаны на промежуточном уровне, охватывающий два уровня (20% метилирования) (C) и один уровень (10% метилирование) (D) классификации 10 уровня общих в H. Pylori
- отрицательной слизистой оболочки желудка.
скорость overmethylation каждого переходного-CpG сайт в H. Pylori
-положительным и -отрицательные слизистой оболочки желудка рассчитывали по относительной доле overmethylated случаев на общую сумму обертонов и под -methylated случаи. The H. Pylori
-associated скорость overmethylation была рассчитана с использованием пилорусов
отношение H. -положительным-НЕГАТИВНА каждого курса переходно-CpG-overmethylation. Это было использовано для оценки взаимосвязи между метилирования переходных-CpG участков и расстояния между стартовым сайтом транскрипции и ближайшего ретроэлементов (рисунок 3). Рисунок 3 H. Pylori
индуцированная метилирование генов CpG-островков, содержащих и -lacking в зависимости от расстояния до ближайших ретроэлементов и транскрипционной активности. В общей сложности 14 участков переходно-CpG были сгруппированы в восемь генов CpG-остров (CDH1
, ARRDC4
, PPARG
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1 <бр> и RUNX3
) и шесть генов, не имеющие CpG-островки (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN
и KRT6A
). Расстояние генно-ретроэлементов оценивалась между транскрипционных стартовых площадок и ближайших ретроэлементов Alu, L1 или LTR. The H. Pylori
индуцированная скорость метилирования была представлена ​​пилори
отношение H. -положительным-к-отрицательной скорости overmethylation. Скорость overmethylation была рассчитана в соответствии с относительной долей overmethylated случаев на общую сумму переедания и метилированных случаях. Транскрипционной активности каждого гена было показано, с числом выраженных транскриптов [4].
Клонирование и секвенирование метилирования переменной сайта
Результаты MSP переходных-CpG участков были подтверждены с клонирования и секвенирования общей ПЦР набор праймеров, охватывающих как неметилированной и метилированные сайты CpG (рис 1В) [4, 11, 12]. Продукты ПЦР общих наборов праймеров были клонированы в T &Amp; клонирующий вектор (Real Biotech, Тайбэй, Тайвань). Секвенирование ДНК проводили в течение 10 клонов общих векторов ПЦР с использованием Termination Kit BigDye (PE Biosystems, Foster City, CA, США) и ABI автоматизированного секвенсера ДНК (РЕ Biosystmes, Warrington, UK). Поскольку общие наборы праймеров, охватывающих ВПУ-бедные регионы получают различные степени метилирования в соответствии с условиями ПЦР, мы скорректировали условия ПЦР общего набора праймеров для получения плотности метилирования, что была одинаковой в обеих анализе полуколичественного MSP а результатами секвенирования из 10 общего ПЦР-клонов.
Анализ микросателлитных аллелей
Для анализа ПЦР на основе LOH, в общей сложности 40 микросателлитных маркеров на восемь раковых ассоциированных хромосом (3p, 4p, 5q, 8P, 9P , были использованы 13q, 17p и 18q) и руководящие принципы для озвучивания статус LOH и MSI, как описано в другом месте [20, 21]. Аллельного профиля из 40 микросателлитных последовательностей, рассматриваемых в каждом случае была первоначально разделены на MSI основана на наличии новых аллелей в гомозиготном маркера и односторонней потери аллели в гетерозиготном маркера. По числу Лох-положительных хромосом, уровень LOH был забит как низкий уровень (два или три потери хромосомных, LOH-L) и высокого уровня (четыре или больше потерь, хромосомные, LOH-H) LOH. Один или без потерь хромосомные не были классифицированы на базовом уровне (LOH-B) для рака диффузного типа и в низком уровне для кишечника и смешанного типа, соответственно, в зависимости от их соответствующего гистологического подтипа.
Статистический анализ <бр> точный критерий Фишера использовали для сравнения обертонов и изменения под-метилирование между этими H. Pylori
-отрицательные или -положительным слизистой оболочки желудка и рака желудка, со значением присвоенного ниже значений P
значения меньше 0,01 , тест Стьюдента т
был использован для сравнения метилирования различия между желудочных нераковых и раковых тканей, со значением присвоенного ниже значений P
Значения меньше 0,05. Статистическая оценка была выполнена с использованием статистического пакета программ SPSS 11.0 (SPSS Inc., Чикаго, Иллинойс, США).
Результаты
метилирования изменения в нераковых тканей
были выбраны в общей сложности 14 сайтов переходно-CpG из восьми генов CpG-остров (CDH1
, ARRDC4
, PPARG
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1
и RUNX3
) и шесть CpG -island-отсутствуют гены (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN
и KRT6A
) (таблица 1). Воспроизводимость переходно-CpG сайта усиливаемого каждым набором праймеров MSP оценивали с дублированных ДНК из той же ткани, пара 1-см-прилежащих тканей и пару антральном и тканей тела (рис 2А и 2В). 92% из 40 дублированных ДНК, 73% из 48 1-см-соседними парами ткани, и 58% из 100 антрума и тела пар оценивали как те же уровни метилирования в классификации 5 уровня. Те же выигранный случаи дублированных экспериментов были примерно на 25% чаще в классификации 5 уровня, чем в классификации 10 уровня.
Промежуточный уровень переменной переходного-CpG метилирования анализировали с использованием 1,400 MSP ампликонов из 14 переходно-CpG участки, полученные из 100 хеликобактерной
-отрицательные образцы желудка (рис 2С и 2D). В классификации 10 уровня, доля одного общего уровня метилирования (38%) была настолько низкой, что промежуточный уровень был определен на основе двух общих уровней. 937 (67%) из 1,400 MSP ампликонов были разделены на промежуточном уровне в 100 тканей. Промежуточные уровни метилирования восьми CpG-островных краев, как правило, ниже, чем у шести CpG-островодужными отсутствуют участков (таблица 2). В целом, крупные фракции отдельных тканей желудка (67%) и 1-см-соседними парами ткани (73%) показали, что переходные-CpG-сайты были метилируется в диапазоне подобных плотностей колеблется от примерно 20%. Таким образом, промежуточный уровень охватывающий два уровня (20%) метилирования классификации 10 уровня был использован для определения избыточного или недостаточного метилированный статус переходных-CpG сайтов в желудочном mucosa.Table 2 Частота недо- и пере- метилированные случаи, как определено на основе промежуточных уровней метилирования в общих H. Pylori
-отрицательные слизистой оболочки желудка (n = 100)
имя Gene

Промежуточное метилирование плотность

No. недо- метилированных случаев

No. промежуточных случаев метилирования

No. переэкспонирования метилированных случаев

CpG-островок, содержащий гены
CDH1
NETHRY.cz/ru 0 - 20%
0
79
21
ARRDC4

0 - 20%
0
80
20
PPARG
NETHRY.cz/ru 0 - 20%
0
60
40
CDKN2A <бр>
0 - 20%
0
54
46
TRAPPC2L

40 - 60%
13
81
6
DUSP6

20 - 40%
26
62
12
MLH1

20 - 40%
20
61
19 <бр> RUNX3

30 - 50% страница 5 из 53
42
CpG-остров отсутствуют гены
PGA5

40 - 60%
10
78
12
PGC

40 - 60%
29
67 4
TFF1

20 - 40% <бр> 11
52
37
TFF2

30 - 50%
36
60 4
MSLN

60 - 80%
0
88
12
KRT6A

60 - 80%
17
65
18
Взаимосвязь между H. пилори
- связанный overmethylation либо ретроэлементы или активность транскрипции
частоты переедания и метилированных случаях были отдельно подсчитаны для оценки изменений в переменной метилирования участков переходно-CpG (таблица 3). На анализе overmethylated случаев, все CpG-островные поля были значительно overmethylated в H. Pylori
не -infected слизистую оболочку желудка и ни один из островного-CpG отсутствуют сайты показали существенное значение для частоты случаев overmethylated , На анализе undermethylated случаев, частота undermethylated гена TFF1
был значительно ниже в антихеликобактерную
-положительным слизистая оболочка желудка (Р
= 0,003). Метилирования данные костного мозга была упомянута из предыдущего исследования с использованием того же радиоизотопное мечение протокол MSP [4]. В костном мозге, то PGC
, TFF1
, MSLN
и RUNX3
гены были полностью метилированный, в то время как большинство генов CpG-острова были полностью unmethylated.Table 3 Сравнение частоты перепредставленных и undermethylated гены обнаружены в желудочном незлокачественных и злокачественных тканей
Gene

доброкачественное ткань

микросателлитных генотипа рака желудка (%)

Костный мозг

<й>
H. Pylori
отрицательное
(п = 100)

H. Pylori
положительный
(п = 100)

LOH-B
(п = 13)

LOH-L
(п = 29)

LOH-H
(п = 24)

MSI
(п = 4)

(п = 18)
(%)

частота Overmethylation
CDH1

21
77 *
0 (0) *
7 (24)
3 (13)
0 (0) <ш> 0 (0)
ARRDC4

20
62 *
3 (23)
8 (28)
1 (4) *
1 (25 )
0 (0)
PPARG

40
82 *
5 (38)
7 (24)
6 (25)
1 ( 25)
0 (0)
CDKN2A

46
90 *
9 (69) 16
(55)
9 (38)
2 (50)
4 (22)
TRAPPC2L

6
21 *
6 (46) *
8 (28) *
1 (4) <бр> 1 (25)
0 (0)
DUSP6

12
36 *
3 (23)
3 (10)
1 (4)
2 (50)
0 (0)
MLH1

19
37 *
4 (31)
17 (59) *
11 ( 46)
3 (75)
0 (0)
RUNX3

42
85 *
10 (77) 26
(90) *
19 (79) *
4 (100)
18 (100)
PGA5

12
13
5 (38)
8 (28) <бр> 1 (4)
0 (0)
0 (0)
PGC
4
10
4 (31)
4 (14) <бр> 5 (21)
1 (25)
18 (100)
TFF1

37
52
5 (38)
3 (10) *
3 (13) *
0 (0)
18 (100)
TFF2
4
3
4 (31)
4 (14)
1 (4)
0 (0)
2 (11)
MSLN

12
11
8 (62) * 16
(55 ) *
6 (25)
1 (25)
18 (100)
KRT6A

18
16
4 (31)
16 ( 55) *
4 (17)
3 (75)
3 (17)
Undermethylation частота
CDH1

0 0

0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
ARRDC4

0 0

0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
PPARG

0 0

0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
CDKN2A

0 0

0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
TRAPPC2L

13
11
1 (8 )
2 (7)
7 (29)
1 (25)
16 (89)
DUSP6

26
25
3 (23 )
13 (45) 12
(50)
2 (50)
18 (100)
MLH1

20
18
7 (54 )
6 (21)
9 (38)
1 (25)
17 (94)
RUNX3
страница 5 из 1
0 (0 )
1 (3)
2 (8)
0 (0)
0 (0)
PGA5

10
14
0 (0 )
3 (10)
5 (21)
0 (0)
0 (0)
PGC

29
18
4 (31 )
8 (28)
5 (21)
2 (50)
0 (0)
TFF1

11
1 *
7 ( 54)
19 (66) *
17 (71) * 3
(75)
0 (0)
TFF2

36
26
4 (31)
11 (38)
8 (33)
3 (75)
13 (72)
MSLN

0 0

0 (0)
1 (3)
1 (4)
2 (50)
0 (0)
KRT6A

17
16
3 (23)
3 (10)
3 (13)
1 (25)
5 (28)
раковые желудка были разделены на базовой линии уровня LOH (LOH-в) , низкого уровня ЛОХ (LOH-L), высокого уровня ЛОХ (LOH-H) и микросателлитная нестабильность (MSI). Подробности описаны в разделе Материалы и методы.
* Н. Pylori
-положительные слизистую оболочку желудка и рака желудка сравнивались с хеликобактерной
-отрицательные слизистой оболочки желудка. Значительные различия были определены с использованием точного критерия Фишера (P &
л; 0,01).
Взаимосвязь между метилирования переходно-CpG и расстояние до ближайшего ретроэлементов оценивали с помощью H. Pylori
-associated скорость overmethylation (Рисунок 3). В генах CpG-остров, H. Pylori
-associated скорость overmethylation была выше, так как расстояние от ближайшего ретроэлементов стала короче. сравнивали CpG-островков отсутствуют гены, которые не выявили существенных различий между метилирования в H. Pylori
-положительным и -отрицательные слизистой оболочки были метилируется независимо от расстояния ближайшего ретроэлементов.
метилирования сайтов переходно-CpG между желудком и костного мозга в терминах транскрипционной активности (Таблица 1 и Рисунок 4). Ген группа CpG-островок, который был слабо активен в желудке был более метилированной в этой антихеликобактерную
-отрицательное и -позитивных тканей, чем в костном мозге. КПГ-островодужного не хватает TFF2
и PGA5
генов, которые были наиболее выраженным в желудке, средний уровень метилирования гена TFF2
был ниже, чем в костном мозге (1.9), чем в H. пилори
-отрицательное (2,6, P = 0,015
) и -положительным слизистую оболочку (2,7, P = 0,015
). Уровень метилирования среднее значение PGA5
гена была одинаковой в костном мозге (3.1) и хеликобактерной
-отрицательные (3.0) и -положительным слизистой оболочки (3.0). PGC
и TFF1
желудка специфические гены, которые слабо были активны в слизистой оболочке желудка, по сравнению с двумя главными генами желудка специфические, были плотно метилированный в костном мозге (средний уровень метилирования, 4.3 и 4.8). Рисунок 4 Метилирование в костном мозге и желудочные доброкачественное и ткани опухоли. Средний уровень метилирования в костном мозге (●), Н. Pylori
-отрицательное слизистая оболочка желудка (■), Х. пилори
-положительным слизистая оболочка желудка (♦) и случаи базовой линии уровня LOH (

• Необычное слизистых оболочек метастазы в желудке
• CD44, но не выражение CD24 связано с плохим прогнозом в не кардии аденокарциномы stomach