Os genes overmethylated em mucosa gástrica Helicobacter pylori-infectados são desmetilado em cancers

gástrica os genes overmethylated em Helicobacter pylori
mucosa gástrica infectado são desmetilado em cancros gástricos da arte abstracta
Fundo
Os locais de transição de CpG entre fracamente genes metilados e metilados são densamente retroelementos overmethylated na mucosa gástrica infectada com Helicobacter pylori
(H. pylori
) e eles são undermethylated nos cancros gástricos, dependendo do nível de perda de eventos de heterozigosidade (LOH). Este estudo delineou os padrões de transição-CpG metilação de CpG-island-conter e -lacking genes tendo em vista as retroelementos.
Métodos
Os locais transitórias-CpG de oito CpG contendo-ilhas genes e seis CpG-island -lacking genes foram semi-quantitativamente examinado através da realização de PCR específicos de metilação de rotulagem de radioisótopos sob condições rigorosas. O nível de LOH nos cancros gástricos foi estimada utilizando os 40 marcadores microssatélites em oito cromossomos associados ao câncer. Cada gene foi pontuado como overmethylated ou undermethylated com base em um nível intermediário de transição CpG-metilação comum no H. pylori
mucosa gástrica -negative.
Resultados
Os oito genes CpG-ilhas examinados foram overmethylated dependendo a proximidade com a retroelemento mais próximo na H. pylori
mucosa gástrica -positivo. Os seis genes-falta-ilhas CpG foram igualmente metilado na H. pylori
mucosa gástrica -positivo e negativos. Nos cancros gástricos, os longos segmentos de transição-CpG de genes CpG-island distantes das retroelementos permaneceu overmethylated, ao passo que o overmethylation de segmentos de CpG transitório de curta duração perto das retroelementos não foi significativa. Tanto o CpG-island-e contendo os genes -lacking tendiam a ser decrescentemente metilada de um modo dependente-LOH-nível

Conclusões Os genes overmethylated sob a influência de metilação retroelemento na H. pylori.
- estômago infectado são desmetilado nos cancros gástricos influenciados por LOH.
Fundo
um modelo de camundongo infectado com Helicobacter pylori
(H. pylori
) ilustrou que as células estaminais da medula óssea migram para a mucosa gástrica e em seguida, se diferenciam em células epiteliais gástricas [1]. De acordo com um modelo de auto-organização, os genes altamente expressos mestre pode formar um concentrador de transcrição para coordenar a expressão de muitos outros genes [2]. Um mecanismo de compensação de dosagem propõe que existe uma correlação inversa entre os genes de manutenção contendo CpG-ilhas e os genes específicos do tecido sem ilhas CpG, que ambos partilham uma quantidade limitada de proteínas nucleares no espaço nuclear [3, 4]. Ambos os modelos de auto-organização e de compensação de dosagem destacar que a co-regulação epigenética de genes específicas do estômago altamente activos e genes housekeeping fracamente activo facilita a trans-diferenciação de células derivadas de medula no estômago.
Indivíduos infectados com H. pylori
frequentemente submetidos a uma série de alterações na mucosa gástrica, incluindo lesões pré-cancerosas e cancerosas [5]. Embora CpG-island overmethylation que pode resultar na inativação de genes associados ao câncer é comum na H. pylori
mucosa gástrica infectado, uma associação entre a overmethylation e expressão de genes individuais CpG-ilhas é ambígua [6]. lesões pré-cancerosas e cancerosas gástricas têm mostrado overmethylation CpG-ilha, bem como undermethylation de todo o genoma, mas as duas mudanças de metilação distintas mostrou nenhuma cooperação para a evolução sequencial de pré-câncer e câncer [7]. Além disso, os genes específicos do estômago altamente expressos que jogam um papel principal no co-regulação de numerosos genes demonstraram algumas alterações de metilação nos cancros gástricos [4, 8]. No que diz respeito à expressão do gene de coordenadas, é necessário delimitar se os genes específicos do estômago e os genes de manutenção sofrer alterações sobre- e sub-metilação simultâneas.
Retroelementos Os ADNs são parasitas de auto-replicação que ocupam metade do genoma humano [ ,,,0],9]. O genoma do hospedeiro suprime o efeito de mutação perigosos dos retroelementos parasitas através de um mecanismo dependente de metilação de ADN [10]. A área de transição entre os genes fracamente metiladas e as retroelementos densamente metilados, tais como a margem de CpG-island e o local de início da transcrição falta CpG-ilhas, é metilado para vários graus de uma maneira tecido-dependente tipo-[4, 11, 12 ]. A metilação dos locais transitórias-CpG muda dinamicamente, em resposta à trans-diferenciação de células estromais da medula óssea e os de perda de heterozigosidade eventos (LOH) em cancros gástricos [12-15]. Outro estudo anterior também descreveu que a "costa CpG-ilha" está relacionada com a regulação da diferenciação celular e carcinogênese [16]. Interessantemente, muitos locais de CpG e de transição de retroelementos de genes adjacentes são simultaneamente sobre ou undermethylated num dado tecido [11, 17], indicando que as alterações simultâneas de metilação em numerosos genes estão sob a influência de metilação retroelemento. Entretanto, a maioria das ilhas de CpG-ricos são fracamente metilado ou não metilado na maioria dos tipos de tecidos, e os locais ricos em CpG não são adequados para a análise de metilação dinâmica adjacentes às regiões de controlo de gene de [12, 13, 15, 18]. Portanto, os sites de CpG de transição, ao invés de-CpG rica ilhas, são susceptíveis de servir como posições pivot-metilação que refletem os padrões de metilação simultâneos associados com H. pylori
infecção e da evolução do câncer.
Este estudo investigou os padrões de transição de CpG de metilação dos genes CpG-ilhas e os genes específicos de estômago faltam CpG-ilhas em H. pylori
infectados mucosa gástrica e câncer gástrico. A metilação dos locais de transição variável-CPG foi estimado semiquantitativamente, sob condições rigorosas específicas da metilação de PCR (MSP) que produziram as bandas de ADN claras [4, 8]. Um aumento ou diminuição na metilação de transição-CpG de cada gene foi
Métodos
Recolha de amostras de tecido não-canceroso
determinada com base na metilação intermediário na H. pylori da mucosa gástrica
-negativa. amostras de tecidos foram coletadas dos pacientes ambulatoriais consecutivos submetidos a endoscopia gástrica de abril de 2008 a outubro de 2009 no Hospital St. Paul, da Universidade Católica da Coréia. Durante o exame endoscópico, duas amostras de tecidos adjacentes foram obtidos a partir da porção do antro do estômago e do corpo, respectivamente. Um espécime de biópsia foi fixado com formol para o exame histológico e foi usado para a extração de DNA dos outros biópsia. O patologista confirmou um conteúdo de células epiteliais gástricas de mais do que 80% de pureza e os tecidos de biópsia. A infecção por H. pylori
foi examinada usando o método de impregnação por prata Warthin-Starry. Este estudo incluiu 50 antro e do corpo de pares em H. pylori
casos -negative com idade média de 53,2, e 50 antro e do corpo de pares em H. pylori
casos -positivas com uma idade média de 55,6. Havia 25 homens e 25 mulheres no H. pylori
casos -negative e 26 machos e 24 fêmeas nas H. pylori
casos -positivas. Os tecidos com câncer gástrico foram obtidos dos espécimes patológicos de 48 do sexo masculino e 22 do sexo feminino (idade média: 63,7), que foram submetidos à ressecção cirúrgica entre março de 2005 e dezembro de 2008 no Hospital St. Paul, da Universidade Católica da Coréia. O estágio do tumor clínico-patológico foi determinada de acordo com os critérios do tumor-nódulo-metástase (TNM) [19]. Todos os sujeitos desde que o seu consentimento informado por escrito e este estudo foi aprovado pelo conselho de revisão institucional. Preparação do tecido
e modificação bissulfito de DNA
As amostras de biópsia frescos foram utilizados para análise MSP semi-quantitativo viável, porque a formalina-fixo DNAs de tecido tendem a ser mal amplificada após a modificação bisulfite [8]. Para a análise de microssatélites, o DNA foi extraído a partir de tecidos tumorais embebidos em parafina e fixados em formalina, tal como descrito anteriormente [20, 21]. As amostras de tumor foram microdissectados utilizando um bisturi cirúrgico sob microscópio estereoscópico. Todos os tecidos de cancro microdissecadas continha um teor de célula de cancro de mais do que 80%. Usando o tampão de extracção de ADN (0,5% de Tween-20, 1 mM de EDTA pH 8,0, 50 mM de Tris pH 8,0, 0,5 mg /ml de Proteinase K), as amostras de biópsia de tecidos e microdissecadas foram digeridos a 37 ° C durante 24 h. Cerca de 1000 células foram incubadas com 20 uL de tampão de extracção de DNA, após o que um kit de isolamento de DNA (A1120, Promega, Madison, WI, EUA) foi utilizado para extrair o ADN genómico de acordo com as instruções do fabricante. ADN Tecidos
foi modificado usando bissulfito de sódio, como descrito noutro local [8, 11-13]. Resumidamente, o ADN genómico de 1 ug foi tratada com 10 mL de NaOH 3 M durante 15 min a 37 ° C. Em seguida, o ADN desnaturado foi misturada com 1,04 mL de 2,3 M de bissulfito de sódio e 60 mL de 10 mM de hidroquinona e esta foi aquecida a 50 ° C durante 12 horas. O ADN tratado com bisulfito, que foi purificado utilizando a resina de purificação de DNA Wizard (Promega, Madison, WI, EUA), foi dessulfonado com NaOH 3 M e precipitou-se com etanol, e, em seguida, foi dissolvido em 35 ul de 5 mM de tampão Tris (pH 8,0) .
Radioisótopos do Rótulo análise de metilação semiquantitativo
análise comparativa do microarray e os dados de SAGE (análise de série de gene Expression) descobriu que o número de transcrições contados nos dados de SAGE representa com precisão uma grande diferença na atividade de genes entre os genes específicos do estômago e genes housekeeping [4]. Os locais de transição-CpG dos genes específicos do estômago (PGA5 Comprar e PGC
) [22], os genes de cicatrização da mucosa (TFF1 Comprar e TFF2
) [23], o câncer relacionado ao genes (CDH1
, MLH1
, PPARG
, CDKN2A Comprar e RUNX3
) [15, 24-27], e os genes não-gástrico (ARRDC4
, DUSP6
, TRAPPC2L
, MSLN Comprar e KRT6A
) [28-32] foram selecionados (Tabela 1). Os sites MSP, seqüências e condições são mostrados no arquivo adicional 1. Um conteúdo GC baixo e uma seqüência repetitiva no site de CpG de transição metilação de variáveis, muitas vezes mostrou bandas MSP fracos ou borrões devido à complexidade reduzida das sequências de nucleótidos seguinte bisulfite tratamento [4, 8, 33]. A fim de aumentar a especificidade de amplificação de transição de CpG, cada conjunto de iniciadores de MSP foi concebido para conter 3-5 locais de CpG e englobam um tamanho pequeno fragmento amplificado, e a reacção de MSP foi realizada sob condições rigorosas com o uso de dTTP-radioisótopo, tal como descrito anteriormente [4, 8, 11, 12]. Resumidamente, 10 uL de uma mistura de PCR que continha 1 uL de ADN modificado com bissulfito, 1 uCi de α- 32P dTTP (Perkin Elmer, Boston, MA, EUA), 62,5 uM de dATP, dCTP e dGTP, 25 uM de dTTP, 1 pmol dos iniciadores, 0,1% de Tween 20 e 0,3 unidade de Taq polimerase
foi amplificada por 32 ciclos de PCR sob a quente iniciar condições de PCR. Os resultados de metilação representativos são apresentados na Figura 1 1A.Table O retroelemento mais próxima e a transcrição dos 14 genes selecionados com e sem ilhas CpG
Gene
Islands of CpG
mais próxima retroelemento
No. de expressa transcrições no estômago


Designação da família
a distância do local de início da transcrição

CDH1
Sim
Alu
0,3 kb
19
ARRDC4
Sim
Alu
1,7 kb
7
PPARG
Sim
Alu
2,3 kb Sims 3
CDKN2A
Sim
LTR
2,4 kb
1 | TRAPPC2L

Sim
Alu
3,8 kb
14
DUSP6
Sim
Alu
6,6 kb
8
MLH1

Sim
Alu
6,6 kb
0
RUNX3
Sim
LTR
8,3 kb
0
PGA5
Não
Alu
1,2 kb
734
PGC
Sem
Alu
1,6 kb
33
TFF1
Não
Alu
0,5 kb
11
TFF2
Sem
L1
2,7 kb
632
MSLN
Sem
Alu
1,4 kb
50
KRT6A
Sem
Alu
4,2 kb
1 | a informação relativa às ilhas CpG, retroelementos eo número de transcritos expressos em o estômago foi obtida a partir de dados publicados anteriormente [4].
Figura 1 a análise semi-quantitativa metilação (a) e a clonagem e sequenciação (B) nos locais de transição de CpG. A metilação dos locais de CpG-transitório foi avaliado através da realização de uma análise de metilação semi-quantitativo (A) e verificou-se com a clonagem e sequenciação do iniciador comum (B). (A) Um total de 14 locais de transição de CpG foram examinados no H. pylori
-negative e H. pylori
-positivo gástrico mucosa e câncer lesão normal dos pacientes com câncer gástrico. A densidade de metilação foi calculada de acordo com a proporção da intensidade de metilação (M) da banda contra a unmethylation total (L) e intensidade da banda de metilação. A densidade de metilação de cada sítio CpG foi classificados em 5 níveis de metilação com incremento de 20%. O estado de metilação de cada gene foi categorizado como undermethylation (pouco) ou overmethylation (excesso) com base em um nível de metilação intermediária (inter) da mucosa normal H. pylori
-negative gástrico. (B) Os resultados representativos de clonagem e sequenciação de PCR comum. Os locais de transição-CpG do CDH1
, CDKN2A Comprar e RUNX3
genes foram analisados ​​por clonagem e sequenciação do produto comum PCR. Os DNAs genómicos representados na Figura 1A foram utilizados para comparar os resultados MSP com os resultados de sequenciação. Os círculos abertos e fechados indicam resíduos de citosina não metilados e metilados, respectivamente. As caixas retangulares indicam os locais de primers MSP.
Avaliação semiquantitativa de CpG transitório de variação metilação
A condição PCR de cada conjunto de primers MSP foi validado por traçar a curva padrão de acordo com várias misturas de intensidade da banda a partir de produtos MSP com DNA universal metilado e não metilado controle [11, 18]. O ADN genómico de ADN tratado com metilase (CpGenome Universal Methylated DNA, Chemicon, Temecula, CA, EUA) e amplificado por um iniciador universal (5'-CCG ACT CGA GNN NNN NAT GTG G-3 ') foram usadas para a metilado universal e ADN de controlo não metilado, respectivamente. Com base na curva padrão, a densidade de metilação do local transitório-CPG foi calculada usando a seguinte fórmula: metilação proporção (%) = x 100 [8, 11, 13, 15 (intensidade metilação /(intensidade unmethylation) metilação +), 18]. Para validar a reprodutibilidade da densidade de metilação variável usando uma análise semiquantitativa, a classificação 5-nível, com incremento de 20% metilação e a classificação de nível 10, com incremento de metilação a 10% foram comparadas em amostras de tecidos emparelhados. A análise comparativa das amostras emparelhadas foi conduzida utilizando os ADN de duplicados os tecidos 40 e 48 pares de tecidos de 1 cm-adjacentes, além de 100 pares de tecidos do antro e do corpo que foram obtidos a partir da 50 H. pylori
- tecidos do estômago negativos e os 50 H. pylori
tecidos do estômago -positivas (Figura 2). Figura 2 Análise de metilação variável nos sítios de transição de CpG. classificações (A e B) a reprodutibilidade da classificação de 5 níveis com 20% de metilação incremento (A) e 10 de nível com 10% de incremento metilação (B) foi verificada pela proporção das amostras de tecidos emparelhados não apresentando diferenças na o nível de metilação. Os ADN duplicada do mesmo tecido (barras a cheio), um par de tecidos de 1 cm-adjacentes (barras cinzentas) e um par de antro e tecidos corporais (barras abertas) foram comparados. (C e D) Análise de metilação de um nível intermédio. A frequência de casos undermethylated e overmethylated foi estimado com base em um nível intermediário que abrange dois níveis (20% de metilação) (C) e um nível (10% metilação) (D) de classificação de 10 níveis comuns em H. pylori viajantes - mucosa gástrica negativo.
a taxa overmethylation de cada local transitório de CpG na H. pylori
mucosa gástrica -positivo e -negative foi calculado pela proporção relativa de casos overmethylated à soma total do excesso e sob casos -methylated. O H. pylori
taxa overmethylation -associated foi calculada usando a pylori
relação -positivo-to-negativo H. de cada taxa de transição de CpG-overmethylation. Este foi utilizado para avaliar a relação entre a metilação dos locais de CpG-transitórias e a distância entre o local de início da transcrição e o retroelemento mais próxima (Figura 3). Figura 3 H. pylori
metilação induzida das CpG-island-contendo e -lacking genes de acordo com a distância para os retroelementos mais próximos e a atividade de transcrição. Um total de 14 locais de transição de CpG foram agrupados em oito genes CpG-ilhas (CDH1
, ARRDC4
, PPARG
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1
e RUNX3
) e seis genes que faltam CpG-ilhas (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN Comprar e KRT6A
). A distância gene-retroelemento foi estimada entre os locais de início da transcrição e os mais próximos retroelementos Alu, L1 ou LTR. O H. pylori
taxa de metilação induzida foi representado pelo H. pylori
relação -positivo-to-negativa da taxa de overmethylation. A taxa overmethylation foi calculada de acordo com a proporção relativa dos casos overmethylated à soma total dos casos sobre- e sub-metilados. A atividade transcricional de cada gene foi mostrado com o número de transcritos expressos [4].
Clonagem e sequenciação do site de metilação-variable
Os resultados MSP de sites de transição-CpG foram reconfirmados com a clonagem e sequenciação do PCR comum conjuntos de iniciadores abrangendo ambos os locais de CpG não metilados e metilados (Figura 1B) [4, 11, 12]. Os produtos de PCR dos conjuntos de iniciadores comuns foram clonados no t & Um vector de clonagem (real Biotech, Taipei, Taiwan). A sequenciação de ADN foi realizada por 10 clones de os vectores de PCR comuns usando o Kit de terminação BigDye (PE Biosystems, Foster City, CA, EUA) e um sequenciador de DNA automático ABI (PE Biosystmes, Warrington, UK). Porque os conjuntos de iniciadores comuns que abrangem as regiões CpG-pobres produziu vários graus de metilação de acordo com a condição PCR, nós ajustamos a condição PCR do primer comum definido para obter a densidade de metilação, que foi semelhante em ambos o ensaio de MSP semi-quantitativa eo resultados de sequenciamento dos 10 clones common-PCR.
análise de alelos microssatélites
Para a análise LOH baseada em PCR, um total de 40 marcadores microssatélites em oito cromossomos associados ao câncer (3p, 4p, 5q, 8p, 9p , 13q, 17p e 18q) e as diretrizes para marcar o status de LOH e MSI foram usados ​​como descrito em outros lugares [20, 21]. O perfil alélicas das 40 sequências microssatélites examinados em cada caso foi inicialmente classificados em MSI com base na presença de novos alelos do marcador homozigóticos e a perda alélica do marcador unilateral em heterozigótica. De acordo com o número de cromossomos LOH-positivo, o nível de LOH foi classificada como de baixo nível (dois ou três perdas cromossômicas, LOH-L) e de alto nível (quatro ou mais perdas cromossômicas, LOH-H) LOH. Um ou sem perdas cromossómicas foram classificados na linha de base de nível (LOH-B) para o cancro do tipo difuso e para baixo para o nível do tipo intestinal e misturou-se, respectivamente, dependendo do seu tipo histológico correspondente.
Análise estatística
teste exato de Fisher foi utilizado para comparar os super e alterações menores de metilação entre mucosa gástrica -negative ou -positivo o H. pylori
e os cancros gástricos, com significância atribuída a valores abaixo de P
valores inferiores a 0,01 . teste t
de Student foi usado para comparar as diferenças de metilação entre os tecidos não cancerosos e cancerosos gástricos, com significância atribuída a valores abaixo de P
valores inferiores a 0,05. A avaliação estatística foi realizada utilizando o pacote de software estatístico SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, EUA).
Resultados
metilação-variação de tecidos não cancerosos
Um total de 14 locais de transição de CpG foram escolhidos a partir de oito genes CpG-ilhas (CDH1
, ARRDC4
, PPARG
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1 Comprar e RUNX3
) e seis CpG -island-faltando genes (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN Comprar e KRT6A
) (Tabela 1). A reprodutibilidade do sítio de transição-CpG amplificado por cada conjunto de iniciadores de MSP foi avaliada com os DNAs de duplicados do mesmo tecido, um par de tecidos de 1 cm-adjacentes e um par de tecidos do antro e do corpo (Figura 2A e 2B). 92% dos 40 ADNs duplicados, 73% dos 48 pares de tecido de 1 cm-adjacentes, e 58% dos 100 antro e do corpo pares foram marcados como os mesmos níveis de metilação na classificação de 5 níveis. Os mesmos-marcou casos das experiências duplicadas foram de aproximadamente 25% a mais frequente na classificação de 5 níveis que na classificação de 10 níveis.
Um nível intermediário de variável metilação de transição de CpG foi analisada utilizando 1.400 MSP amplicons do 14 Sites de transição de CpG obtidos a partir de 100 H. pylori
amostras do estômago -negative (Figura 2C e 2D). Na classificação de nível 10, a fracção de um único nível de metilação comum (38%) foi tão baixa que um nível intermédio foi determinado com base em dois níveis comuns. 937 (67%) dos 1.400 amplicões MSP foram classificados em um nível intermediário nos 100 tecidos. níveis de metilação intermediários de oito margens CpG-island tendeu a ser menor do que os dos seis locais-falta-ilhas CpG (Tabela 2). Em geral, grandes fracções de tecidos individuais do estômago (67%) e pares de tecido de 1 cm-adjacentes (73%) mostraram que os sítios de transição de CpG metilado foram em uma gama de densidades semelhantes variando entre cerca de 20%. Portanto, um nível intermédio que abrange dois níveis (20%) de metilação de classificação de 10 níveis foi usada para determinar a super ou sub-metilado estatuto de sítios de transição-CpG no mucosa.Table gástrica 2 A frequência de compreensão e sobre- casos metiladas como determinado com base em níveis intermediários de metilação comuns no H. pylori
mucosa gástrica -negative (n = 100)
nome Gene

Intermediário densidade metilação
No. de casos de empresas metilados
No. de casos de metilação intermediários
No. dos casos metilados sobre-
CpG-island contendo genes
CDH1
0 - 20%
0
79
21
ARRDC4

0 - 20%
0
80
20
PPARG
0 - 20%
0
60
40
CDKN2A

0 - 20%
0
54
46
TRAPPC2L
40 - 60%
13
81
6
DUSP6
20 - 40%
26
62
12
MLH1
20 - 40%
20
61
19
RUNX3
30 - 50%
5
53
42
CpG-ilha que carece de genes
PGA5
40 - 60%
10
78
12
PGC
40 - 60%
29
67 4
TFF1
20 - 40%
11
52
37
TFF2
30 - 50%
36
60 4
MSLN
60 - 80%
0
88
12
KRT6A
60 - 80%
17
65
18
Relação entre H. pylori viajantes - overmethylation associada tanto a atividade retroelementos ou transcrição
as freqüências dos casos sobre e sub-metilados foram contados separadamente para estimar alterações na metilação variável dos locais de transição de CpG (Tabela 3). Na análise dos casos overmethylated, todas as margens CpG-ilhas foram significativamente overmethylated na H. pylori
infectados mucosa gástrica e nenhum dos CpG-falta ilha locais mostraram uma diferença significativa para a frequência dos casos overmethylated . Na análise dos casos undermethylated, a frequência do gene TFF1
undermethylated foi significativamente baixa na H. pylori
mucosa gástrica -positivo (P
= 0,003). Os dados de metilação de medula óssea foi citado a partir de um estudo anterior, utilizando o mesmo protocolo de MSP-rotular radioisótopo [4]. Na medula óssea, o
PGC, TFF1
, MSLN Comprar e RUNX3
genes estavam completamente metilado, enquanto que a maioria dos genes CpG-ilhas foram completamente unmethylated.Table 3 Comparação da frequência de excesso e genes undermethylated detectado nos tecidos gástricos não-cancerosas e cancerosas
Gene
tecido não canceroso
microssatélites genótipo de cancros gástricos (%) de medula óssea


H. pylori
negativo
(n = 100)
H. pylori
positiva
(n = 100)
LOH-B
(n = 13)
LOH-L
(n = 29)

LOH-H
(n = 24)
MSI
(n = 4)
(n = 18)
(%)

frequência Overmethylation
CDH1
21
77 *
0 (0) *
7 (24) Sims 3 (13)
0 (0)
0 (0)
ARRDC4
20
62 * Sims 3 (23)
8 (28)
1 (4) *
1 (25 )
0 (0)
PPARG
40
82 *
5 (38)
7 (24)
6 (25)
1 ( 25)
0 (0)
CDKN2A
46
90 *
9 (69)
16 (55)
9 (38) Página 2 (50) página 4 (22)
TRAPPC2L
6
21 *
6 (46) *
8 (28) *
1 (4)
1 (25)
0 (0)
DUSP6
12
36 * Sims 3 (23) Sims 3 (10)
1 (4) Página 2 (50)
0 (0)
MLH1
19
37 * página 4 (31)
17 (59) *
11 ( 46) Sims 3 (75)
0 (0)
RUNX3
42
85 *
10 (77)
26 (90) *
19 (79) * página 4 (100)
18 (100)
PGA5
12
13
5 (38)
8 (28)
1 (4)
0 (0)
0 (0)
PGC
4
10 página 4 (31) 4
(14)
5 (21)
1 (25)
18 (100)
TFF1
37
52
5 (38) Sims 3 (10) *
3 (13) *
0 (0)
18 (100)
TFF2
4 Sims 3 página 4 (31) 4
(14)
1 (4)
0 (0) Página 2 (11)
MSLN
12
11
8 (62) *
16 (55 ) *
6 (25)
1 (25)
18 (100)
KRT6A
18
16 página 4 (31)
16 ( 55) * página 4 (17) Sims 3 (75) Sims 3 (17)
Undermethylation frequência
CDH1
0
0
0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
ARRDC4
0
0
0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
PPARG
0
0
0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
CDKN2A
0
0
0 (0 )
0 (0)
0 (0)
0 (0)
0 (0)
TRAPPC2L
13
11
1 (8 ) Página 2 (7)
7 (29)
1 (25)
16 (89)
DUSP6
26
25 Sims 3 (23 )
13 (45)
12 (50) Página 2 (50)
18 (100)
MLH1
20
18
7 (54 )
6 (21)
9 (38)
1 (25)
17 (94)
RUNX3
5
1 | 0 (0 )
1 (3) Página 2 (8)
0 (0)
0 (0)
PGA5
10
14
0 (0 ) Sims 3 (10)
5 (21)
0 (0)
0 (0)
PGC
29
18 página 4 (31 )
8 (28)
5 (21) Página 2 (50)
0 (0)
TFF1
11
1 *
7 ( 54)
19 (66) *
17 (71) * Sims 3 (75)
0 (0)
TFF2
36
26
4 (31)
11 (38)
8 (33) Sims 3 (75)
13 (72)
MSLN
0
0
0 (0)
1 (3)
1 (4) Página 2 (50)
0 (0)
KRT6A
17
16
3 (23) Sims 3 (10) Sims 3 (13)
1 (25)
5 (28)
Os cancros gástricos foram categorizados em LOH-nível basal (LOH-B) , baixo nível LOH (LOH-L), LOH de alto nível (LOH-H) e microssatélites instabilidade (MSI). Os detalhes são descritos na secção de materiais e métodos.
* H. pylori
mucosa gástrica e gástricas cancros -positivas foram comparados com H. pylori
mucosa gástrica -negative. Diferenças significativas foram determinadas pelo teste exato de Fisher (P Art < 0,01).
A relação entre a metilação de transição de CpG e a distância para o retroelemento mais próximo foi avaliada utilizando o H. pylori
taxa overmethylation -associated (Figura 3). Nos genes CpG Island, o H. pylori
taxa overmethylation -associated foi maior que a distância mais próxima do retroelemento tornou-se mais curto. Os genes que mostraram nenhuma diferença significativa entre a metilação do H. pylori da mucosa
-positivo e negativos foram metilados, independentemente da distância do retroelemento mais próxima CpG-falta ilha.
A metilação dos locais de CpG-transitório foi comparado entre o estômago e medula óssea em termos da actividade de transcrição (Tabela 1 e Figura 4). O grupo de genes de CpG-island que foi fracamente activo no estômago foi mais metilado na H. pylori
tecidos -negativas e -positivas do que na medula óssea. Do CpG-island-falta TFF2
e PGA5
genes que foram mais altamente expresso no estômago, o nível de metilação do gene significativo o TFF2
foi menor do que na medula óssea (1,9) do que na H. pylori
-negative (2,6, P
= 0,015) e mucosa -positivo (2,7, P
= 0,015). O nível médio de metilação do gene PGA5
foi semelhante na medula óssea (3.1) e H. pylori
-negativa (3.0) e -positivo mucosa (3.0). O
PGC e TFF1
genes específicos do estômago, que eram fracamente activos na mucosa gástrica quando comparada com os genes específicos de estômago duas mestre, foram densamente metilado na medula óssea (nível médio de metilação, 4,3 e 4,8). Figura 4 A metilação na medula óssea e os tecidos não-cancerosas e cancerosas gástricas.

• metástases mucosas incomum para o estômago
• CD44, mas não a expressão de CD24 está relacionado com mau prognóstico em adenocarcinoma não-cárdia do estômago