De overmethylated genen in Helicobacter pylori-infectie maagslijmvlies gedemethyleerd in maagkanker

De overmethylated genen in Helicobacter pylori
geïnfecteerde maagslijmvlies worden gedemethyleerd in maagkanker
Abstracte achtergrond
De overgangsregeling-CpG tussen zwak gemethyleerde genen en dichtbevolkte gemethyleerde retroelements worden overmethylated in het maagslijmvlies besmet met helicobacter pylori
(H. pylori
) en worden in de gemethyleerde maagkanker afhankelijk van de mate van verlies van heterozygositeit (LOH) evenementen. Deze studie
afgebakend de overgangsperiode-CpG methylering patronen van CpG-eiland-bevattende en -lacking genen in het licht van de retroelements. Methoden
De overgangsregeling-CpG plaatsen van acht CpG-eiland-bevattende genen en zes CpG-eiland -lacking genen werden semi-kwantitatief onderzocht door het uitvoeren van radio-isotopen-labelling methylatie-specifieke PCR onder stringente voorwaarden. Het niveau van LOH in de maagkanker werd geschat met de 40 microsatelliet merkers acht kanker geassocieerde chromosomen. Elk gen werd gescoord als overmethylated of gemethyleerde gebaseerd op een gemiddeld niveau van transitional-CpG methylering gebruikelijk in de H. pylori
-negatieve maagslijmvlies.
Resultaten
De acht CpG-eiland genen onderzocht werden overmethylated afhankelijk van de nabijheid van de dichtstbijzijnde retroelement in de H. pylori
-positieve maagslijmvlies. De zes-CpG-eiland ontbreekt genen werden eveneens gemethyleerd in de H. pylori-positieve en -negatieve
maagslijmvlies. In de maag kankers, lange overgangsperiode-CpG segmenten van de CpG-eiland genen ver van de retroelements bleef overmethylated, terwijl de overmethylation van korte overgangsperiode-CpG segmenten dicht bij de retroelements niet significant was. Zowel het CpG-eiland-bevattende en -lacking genen neiging steeds minder gemethyleerd in een LOH-level-afhankelijke manier te
Conclusies
overmethylated genen onder invloed van retroelement methylatie in de H. pylori
. - geïnfecteerde maag worden gedemethyleerd in de maag kankers beïnvloed door LOH. achtergrond
Een muismodel besmet met Helicobacter pylori
(H. pylori
) heeft aangetoond dat het beenmerg stamcellen migreren naar het maagslijmvlies en vervolgens differentiëren zij in maagepitheelcellen [1]. Volgens een zelforganisatie model kan sterk tot expressie gebrachte genen meester een transcriptie hub om de expressie van vele genen [2] coördinatenvorm. Een dosering compensatiemechanisme voor dat er een omgekeerde correlatie tussen de housekeeping genen die CpG-eilanden en de weefselspecifieke genen ontbreken CpG-eilandjes, die zowel een beperkte hoeveelheid kerneiwitten delen op nucleair ruimte [3, 4]. Zowel de zelforganisatie en dosering compensatiemodellen benadrukken dat de epigenetische co-regulering van zeer actieve maag-specifieke genen en zwak actief housekeeping genen vergemakkelijkt de trans-differentiatie van merg afgeleide cellen in de maag.
Individuen geïnfecteerd met H. pylori
vaak onderworpen aan een reeks maagslijmvlies veranderingen waaronder precancereuze en cancereuze letsels [5]. Hoewel CpG-eiland overmethylation die kunnen resulteren in de inactivering van kanker-geassocieerde genen is gebruikelijk in de H. pylori geïnfecteerde
maagslijmvlies, een associatie tussen de overmethylation en expressie van afzonderlijke CpG-eiland genen dubbelzinnig [6]. Maag precancereuze en cancereuze letsels gebleken CpG-eiland overmethylation en genoombrede undermethylation, maar de twee verschillende wijzigingen methylering toonde geen samenwerking voor de sequentiële ontwikkeling van kanker en prekanker [7]. Daarnaast hebben de sterk tot expressie maag-specifieke genen spelen een hoofdrol in de co-regulatie van vele genen enkele methylatie veranderingen in de maagkanker [4, 8] getoond. Wat genexpressie coördineren, moet bakenen als de maag-specifieke genen en de huishoudelijke genen gelijktijdige over- en methylatie veranderingen ondergaan. Ondernemingen De retroelements zijn zelfreplicerende parasitaire DNA de helft van de menselijke genoom [bezetten ,,,0],9]. Het gastheergenoom onderdrukt het schadelijke effect van de mutatie parasitaire retroelements via een DNA methylatie-afhankelijk mechanisme [10]. Het overgangsgebied tussen de zwak gemethyleerd genen en de dicht gemethyleerde retroelements, zoals het CpG-eiland marge en de transcriptie start site ontbreekt CpG-eilandjes, gemethyleerd in uiteenlopende mate een weefsel-type-afhankelijke wijze [4, 11, 12 ]. De methylatie van CpG-overgangs- dynamisch verandert in reactie op de trans-differentiatie van beenmerg stromale cellen en de verliezen van heterozygositeit (LOH) evenementen in maagkanker [12-15]. Nog een eerdere studie is ook beschreven dat de "CpG-eiland shore" houdt verband met de regulering van celdifferentiatie en carcinogenese [16]. Interessant vele overgangs-CpG en gen-aangrenzende retroelements gelijktijdig over- of onder-gemethyleerde in een bepaald weefsel [11, 17], wat aangeeft dat de gelijktijdige methylatie veranderingen in talrijke genen onder invloed van retroelement methylatie. Ondertussen meeste CpG-rijke eilanden zwak gemethyleerd en gemethyleerd in de meeste weefseltypen, en de CpG-rijke sites zijn niet geschikt voor de analyse van dynamische methylatie naast gen controle gebieden [12, 13, 15, 18]. Daarom is de overgangs-CpG en niet-CpG rijke eilanden, waarschijnlijk dienen als pivot-methylering posities die de gelijktijdige methyleringspatronen geassocieerd met H. pylori
infectie en de ontwikkeling van kanker weerspiegelen.
Deze studie onderzochten de overgangsperiode-CpG methylering patronen van het CpG-eiland genen en het maag-specifieke genen ontbreken CpG-eilanden in H. pylori
geïnfecteerde maagslijmvlies en maagkanker. De variabele methylatie van overgangsregeling-CpG plaatsen was semi-kwantitatief geschat onder stringente methylatie-specifieke PCR (MSP) voorwaarden die duidelijk DNA-banden [4, 8] geproduceerd. Een toename of afname in de overgangszone-CpG methylering van elk gen werd bepaald op basis van een tussenproduct methylering in de H. pylori-negatieve
maagslijmvlies.

Werkwijzen Verzameling van weefselmonsters
niet-kankerachtige weefselmonsters werden verzameld uit de opeenvolgende poliklinische patiënten die gastric endoscopie van april 2008 tot oktober 2009 onderging bij St. Paul's Hospital, de katholieke Universiteit van Korea. Tijdens endoscopisch onderzoek werden twee aangrenzende weefsel verkregen uit de maag antrum en lichaamdeel, respectievelijk. Een biopt werd gefixeerd met formaline voor histologisch onderzoek en de andere biopt werd gebruikt voor DNA-extractie. De patholoog bevestigde gastrische epitheelcel van meer dan 80% zuiverheid in de biopsie weefsel. H. pylori
infectie werd onderzocht met behulp van de Warthin-Starry zilver impregnatie methode. Deze studie omvatte 50 antrum en body paren in H. pylori-negatieve
gevallen met een gemiddelde leeftijd van 53,2 en 50 antrum en body paren in H. pylori-positieve gevallen
met een gemiddelde leeftijd van 55,6. Er waren 25 mannen en 25 vrouwen in de H. pylori
-negatieve gevallen en 26 mannen en 24 vrouwen in de H. pylori
-positieve gevallen. De maagkanker weefsels werden verkregen uit de pathologische specimens van 48 mannelijke en 22 vrouwelijke patiënten (gemiddelde leeftijd: 63,7), die chirurgische resectie ondergingen tussen maart 2005 en december 2008 in St. Paul's Hospital, de Katholieke Universiteit van Korea. De clinicopathologic tumorstadium werd bepaald volgens de Tumor-Node-metastase (TNM) criteria [19]. Alle vakken op voorwaarde dat hun schriftelijke toestemming en deze studie werd goedgekeurd door de institutionele review board.
Tissue voorbereiding en bisulfiet modificatie van DNA
De frisse biopten werden gebruikt voor haalbare semi-kwantitatieve MSP analyse, omdat formaline gefixeerde weefsel DNA's hebben de neiging om slecht worden versterkt na bisulfiet modificatie [8]. Voor de microsatelliet analyse werd het DNA geëxtraheerd uit de met formaline gefixeerde in paraffine ingebedde tumorweefsel zoals eerder [20, 21] beschreven. De tumormonsters werden gemicrodissecteerde via een chirurgische scalpel onder een stereomicroscoop. Alle gemicrodissecteerde kanker weefsels een kankercel van meer dan 80%. Middels DNA extractiebuffer (0,5% Tween-20, 1 mM EDTA pH 8,0, 50 mM Tris pH 8,0, 0,5 mg /ml proteinase K), de biopten en gemicrodisseceerde weefsels werden gedigesteerd bij 37 ° C gedurende 24 uur. Ongeveer 1000 cellen werden geïncubeerd met 20 pi van de DNA extractiebuffer waarna een DNA isolatie kit (A1120, Promega, Madison, WI, USA) werd gebruikt om het genomische DNA te extraheren volgens de instructies van de fabrikant.
Tissue DNA werd gewijzigd gebruik natriumbisulfiet zoals elders beschreven [8, 11-13]. In het kort werd 1 ug genomisch DNA behandeld met 10 pl 3 M NaOH gedurende 15 minuten bij 37 ° C. Vervolgens werd het gedenatureerde DNA gemengd met 1,04 ml 2,3 M natriumbisulfiet en 60 pl 10 mM hydrochinon en dit werd gedurende 12 uur verwarmd tot 50 ° C. Het bisulfiet behandelde DNA, dat werd gezuiverd onder toepassing van Wizard DNA-zuivering hars (Promega, Madison, WI, USA), werd desulfonated met 3 M NaOH en geprecipiteerd met ethanol en vervolgens opgelost in 35 pl van 5 mM Tris buffer (pH 8,0) .
Radio-isotoop-labelen van semi-kwantitatieve methylatie analyse
Vergelijkende analyse van de microarray en SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) gegevens is gebleken dat het aantal transcripten meegeteld in de SAGE data nauwkeurig vertegenwoordigt een groot verschil in de activiteit van genen tussen de maag-specifieke genen en het huishouden genen [4]. De overgangsregeling-CpG sites van de maag-specifieke genen (PGA5 Kopen en PGC
) [22], het slijmvlies genezende genen (TFF1 Kopen en TFF2
) [23], de kanker-gerelateerde genen (CDH1
, MLH1
, PPARg
, CDKN2A Kopen en RUNX3
) [15, 24-27], en de niet-maag-genen (ARRDC4
, DUSP6
, TRAPPC2L
, MSLN Kopen en KRT6A
) [28-32] werden geselecteerd (tabel 1). De MSP sites, sequenties en voorwaarden weergegeven in aanvullende bestand 1. Een lage GC inhoud en een herhalende sequentie in de methylatie-variabele overgangs--CpG ter vertoonden vaak zwak of vegen MSP banden vanwege de verminderde ingewikkeldheid van de volgende nucleotidesequenties bisulfiet behandeling [4, 8, 33]. Om de specificiteit van overgangs-CpG amplificatie te verhogen werd elk MSP primerpaar ontworpen om 3-5 CpG sites bevatten en een kleine amplicongrootte omvatten, en de MSP reactie werd uitgevoerd onder stringente omstandigheden met behulp dTTP-radioisotoop zoals eerder beschreven [4, 8, 11, 12]. Kort, 10 pi van een PCR mengsel dat 1 pl bisulfiet gemodificeerd DNA, 1 uCi α- 32P dTTP (PerkinElmer, Boston, MA, USA), 62,5 uM dATP, dCTP en dGTP, 25 uM dTTP, 1 pmol bevatte primers, 0,1% Tween 20 en 0,3 eenheid Taq polymerase
werd geamplificeerd door 32 PCR-cycli onder hete start PCR omstandigheden. De representatieve methylering resultaten zijn weergegeven in figuur 1 1A.Table De dichtstbijzijnde retroelement en de transcriptie van de 14 geselecteerde genen met en zonder CpG eilanden
Gene

CpG eilanden
Dichtstbijzijnde retroelement
No. van uitgedrukt transcripten in de maag

Mijn Naam van familie
Afstand tot de transcriptie startplaats

CDH1
Ja
Alu
0,3 kb
19
ARRDC4
Ja
Alu
1,7 kb
7
PPARg

Ja
Alu
2,3 kb
3
CDKN2A
Ja
LTR
2,4 kb 1
TRAPPC2L

Ja
Alu
3,8 kb
14
DUSP6
Ja
Alu
6,6 kb
8
MLH1

Ja
Alu
6,6 kb
0
RUNX3
Ja
LTR
8,3 kb
0
PGA5 verhuur No
Alu
1,2 kb
734
PGC-verhuur No
Alu
1,6 kb
33
TFF1 verhuur No
Alu
0,5 kb
11
TFF2 verhuur No
L1
2,7 kb
632
MSLN verhuur No
Alu
1,4 kb
50
KRT6A verhuur No
Alu
4,2 kb 1
de informatie betreffende CpG eilanden, retroelements en het aantal uitgedrukt transcripten in de maag werd verkregen uit eerder gepubliceerde gegevens [4].
Figuur 1 de semi-kwantitatieve methylatie analyse (A) en de klonering en sequencing (B) in de overgangszone-CpG sites. De methylatie van CpG-overgangs- werd geëvalueerd door het uitvoeren van een semi-kwantitatieve methylatie analyse (A) en werd geverifieerd bij klonering en sequentiebepaling van de algemene primer (B). (A) Een totaal van 14 overgangs-CpG sites werden in de H. pylori
-negatieve en H. pylori
-positieve normale maagslijmvlies en kanker laesie van maagkanker patiënten onderzocht. De methylering dichtheid werd berekend volgens de verhouding van de methylering (M) bandintensiteit tegen de totale unmethylation (U) en methylatie band intensiteit. De methylering dichtheid van elke CpG plaats werd geclassificeerd in 5 niveaus met 20% methylering increment. De methylatie status van elk gen werd gecategoriseerd als undermethylation (onder-) of overmethylation (over-) op basis van een intermediair methylatie niveau (inter-) van de H. pylori
-negatieve normale maagslijmvlies. (B) Representatieve resultaten van klonering en sequentiebepaling van gemeenschappelijke PCR. De overgangsregeling-CpG sites van de CDH1
, CDKN2A Kopen en RUNX3
genen werden geanalyseerd door kloneren en sequentiebepaling van de gemeenschappelijke PCR-product. De genomische DNA's weergegeven in figuur 1A werden gebruikt om de resultaten met de MSP sequencing resultaten te vergelijken. De open en gesloten cirkels geven ongemethyleerde en gemethyleerde cytosine residuen respectievelijk. De rechthoekige boxen geven de MSP primer sites.
Semikwantitatieve evaluatie van de overgangsregeling-CpG methylering variatie
De PCR conditie van elke MSP primer set werd gevalideerd door het uitzetten van de standaard curve volgens verschillende mengsels van band intensiteit van het MSP producten met universele gemethyleerd en niet-gemethyleerd DNA controle [11, 18]. De genomische DNA behandeld met DNA methylase (CpGenome Universal gemethyleerde DNA, Chemicon, Temecula, CA, USA) en geamplificeerd door een universele primer (5'-CCG ACT CGA GNN NNN NAT GTG G-3 ') werden gebruikt voor de universele gemethyleerde en gemethyleerd DNA controle, respectievelijk. Gebaseerd op de standaardkromme werd de methylatie dichtheid van de overgangs-CpG ter berekend volgens de volgende formule: methylering verhouding (%) = (methylering intensiteit /(methylatie + unmethylation intensiteit)) x 100 [8, 11, 13, 15, 18]. Om de reproduceerbaarheid van de variabele methylering dichtheid met een semi-kwantitatieve analyse valideren, de 5-level indeling met 20% methylering increment en het 10-niveau indeling met 10% methylering toename vergeleken in de gepaarde weefselmonsters. De vergelijkende analyse van de gepaarde monsters werd uitgevoerd met behulp van de dubbele DNA van de 40 weefsels en 48 paren 1-cm-aangrenzende weefsels naast 100 paren antrum en lichaamsweefsels die werden verkregen uit de 50 H. pylori Catawiki - negatieve maag weefsels en 50 H. pylori-positieve
maag weefsels (figuur 2). Figuur 2 Analyse van variabele methylatie in de overgangsperiode-CpG sites. (A en B) de reproduceerbaarheid van de 5-level indeling met 20% methylering increment (A) en 10-level classificaties 10% methylering increment (B) werd geverifieerd met de verhouding van de gepaarde weefsel monsters zonder verschillen in het niveau van de methylatie. De gedupliceerde DNA van hetzelfde weefsel (gesloten staven), een paar 1-cm-aangrenzende weefsels (grijze balken) en een paar antrum en lichaamsweefsels (open staven) vergeleken. (C en D) Analyse van een intermediair methylatie niveau. De frequentie van gemethyleerde en overmethylated gevallen werd geschat op basis van een gemiddeld niveau spanning twee niveaus (20% methylering) (C) en één niveau (10% methylering) (D) van 10-niveau indeling voor bij H. pylori Catawiki - negatieve maagslijmvlies. Ondernemingen de overmethylation snelheid van elk overgangsgebied-CpG site in de H. pylori
-positieve en -negatieve maagslijmvlies werd berekend door het relatieve aandeel van overmethylated gevallen aan de totale som van de over- en onder -methylated gevallen. De H. pylori
geassocieerde overmethylation werd berekend met behulp van de H. pylori
-positieve-to-negatieve verhouding van elk overgangsgebied-CpG-overmethylation tarief. Dit werd gebruikt om het verband tussen de methylatie van CpG-overgangs- en de afstand tussen de transcriptiestartplaats en de dichtstbijzijnde retroelement (figuur 3) te evalueren. Figuur 3 H. pylori
geïnduceerde methylatie van het CpG-eiland-bevattende en -lacking genen op basis van de afstand tot de dichtstbijzijnde retroelements en de transcriptie-activiteit. Een totaal van 14 overgangs-CpG sites werden gegroepeerd in acht CpG-eiland genen (CDH1
, ARRDC4
, PPARg
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1
en RUNX3
) en zes genen ontbreken CpG-eilanden (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN Kopen en KRT6A
). Het gen-retroelement afstand werd geschat tussen de transcriptie startplaatsen en de dichtstbijzijnde Alu, L1 of LTR retroelements. De H. pylori
geïnduceerde methylatie tarief werd vertegenwoordigd door de H. pylori
-positieve-to-negatieve verhouding van de overmethylation tarief. De overmethylation werd berekend op basis van het relatieve aandeel van overmethylated gevallen aan de totale som van de over- en onder-gemethyleerd gevallen. De transcriptionele activiteit van elk gen werd getoond met het aantal transcripten tot expressie [4].
Klonering en sequencing van methylatie-variabele plaats
de resultaten van MSP overgangs-CpG herbevestigd door klonering en sequencing conventionele PCR primersets die zowel de ongemethyleerde en gemethyleerde CpG (Figuur 1B) [4, 11, 12]. De PCR-producten van de algemene primer sets werden gekloneerd in de T & A kloneringsvector (Real Biotech, Taipei, Taiwan). De DNA-sequencing werd uitgevoerd gedurende 10 klonen conventionele PCR vectoren met de BigDye Termination Kit (PE Biosystems, Foster City, CA, USA) en een ABI geautomatiseerde DNA-sequencer (PE Biosystmes, Warrington, UK). Omdat de gemeenschappelijke primersets die de CpG-arme gebieden verschillende mate van methylering geproduceerd volgens de PCR toestand, werd gecorrigeerd de PCR conditie van de algemene primer ingesteld op de methylering dichtheid die vergelijkbaar zijn in zowel de semi-kwantitatieve MSP test en was te verkrijgen sequencing resultaten van de 10 gemeenschappelijke-PCR-klonen.
analyse van microsatelliet allelen
Voor de PCR-gebaseerde LOH analyse, in totaal 40 microsatellietmerkers acht kankergeassocieerde chromosomen (3p, 4p, 5q, 8p, 9p , 13q, 17p en 18q) en de richtlijnen voor het maken van de status van LOH en MSI werden gebruikt als elders [20, 21] beschreven. De allelische profiel van de 40 microsatelliet sequenties telkens onderzochte aanvankelijk ingedeeld in MSI basis van de aanwezigheid van nieuwe allelen in de homozygote marker en de eenzijdige allele verlies in de heterozygote marker. Naar het getal van de LOH-positieve chromosomen, het niveau van LOH werd gescoord als laag niveau (twee of drie chromosomaal verlies, LOH-L) en een hoog niveau (vier of meer chromosomale verliezen LOH-H) LOH. Eén of geen chromosomaal verlies werd ingedeeld in de basislijn-niveau (LOH-B) voor het diffuse type kanker en in het lage niveau intestinale en gemengde respectievelijk afhankelijk van hun overeenkomstige histologische subtype.
Statistische analyse
Fisher's exact test werd gebruikt voor het vergelijken van over- en methylatie veranderingen tussen de H. pylori-negatieve
of -positieve maagslijmvlies en maagkanker, met betekenis toegekend dalen onder
P waarden van minder dan 0,01 . De Student's t
test werd gebruikt voor het vergelijken van de methylatie verschillen tussen de maag goedaardig en kankerweefsel, met betekenis toegekend aan onderstaande waarden P
waarden van minder dan 0,05. Statistische evaluatie werd uitgevoerd met behulp van het statistische softwarepakket SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).
Resultaten
Methylering-variatie in goedaardige weefsels
Een totaal van 14 overgangs-CpG sites werden gekozen uit acht CpG-eiland genen (CDH1
, ARRDC4
, PPARg
, CDKN2A
, TRAPPC2L
, DUSP6
, MLH1 Kopen en RUNX3
) en zes CpG -Island-ontbreekt genen (PGA5
, PGC
, TFF1
, TFF2
, MSLN Kopen en KRT6A
) (tabel 1). De reproduceerbaarheid van overgangs-CpG ter geamplificeerd door elke MSP primer set werd geëvalueerd met de gedupliceerde DNA van hetzelfde weefsel, een paar 1-cm-aangrenzende weefsels en een paar antrum en lichaamsweefsels (figuur 2A en 2B). 92% van de 40 gedupliceerde DNA, 73% van de 48 1-cm-aangrenzend weefsel paren en 58% van het antrum 100 en het lichaam paren werden als dezelfde methylering in het 5-niveau indeling. Dezelfde-scoorde gevallen van de gedupliceerde experimenten waren ongeveer 25% vaker voor in de 5-niveau-indeling dan in de 10-niveau-indeling.
Een gemiddeld niveau van de variabele overgangs--CpG methylering werd geanalyseerd met behulp van 1400 MSP amplicons van het 14 overgangsregeling-CpG plaatsen verkregen van 100 H. pylori
-negatieve maag monsters (figuur 2C en 2D). In het 10-niveau indeling, de fractie een enkele gemeenschappelijke methylatie niveau (38%) was zo laag dat een tussenniveau werd bepaald op basis van twee gemeenschappelijke niveaus. 937 (67%) van de 1400 MSP amplicons werden ingedeeld in een tussenniveau in het 100 weefsels. Intermediate methylatie niveaus van acht CpG-eiland marges neiging lager dan die van zes CpG-eiland ontbreekt sites (tabel 2) te zijn. Kortom, grote fracties van individuele maag weefsels (67%) en 1-cm-aangrenzend weefsel paren (73%) toonden dat de overgangs--CpG gemethyleerd zijn in diverse soortgelijke dichtheden variërend tussen ongeveer 20%. Derhalve een tussenniveau spanning twee niveaus (20% methylering) van 10-classificatieschema werd gebruikt om de over- of onder-gemethyleerde status van overgangs-CpG posities in de maag mucosa.Table 2 De frequentie van onder- en over- bepalen gemethyleerde gevallen bepaald op basis van methylatie tussenliggende niveaus gebruikelijk in de H. pylori
-negatieve maagslijmvlies (n = 100)
Gene naam

Intermediate methylatie dichtheid
No. van onder- gemethyleerde gevallen
No. tussenliggende methylatie gevallen
No. over- gemethyleerde gevallen
CpG-eiland die genen bevatten
CDH1
0-20%
0
79
21
ARRDC4

0-20%
0
80
20
PPARg
0-20%
0
60
40
CDKN2A

0-20%
0
54
46
TRAPPC2L
40-60%
13
81
6
DUSP6
20-40%
26
62
12
MLH1
20-40%
20
61
19
RUNX3
30-50%
5
53
42
CpG-eiland ontbreekt genen
PGA5
40-60%
10
78
12
PGC
40-60%
29
67 verhuur 4
TFF1
20-40%
11
52
37
TFF2
30-50%
36
60 verhuur 4
MSLN
60-80%
0
88
12
KRT6A
60-80%
17
65
18
relatie tussen H. pylori
- geassocieerde overmethylation ofwel de retroelements of transcriptieactiviteit Ondernemingen de frequenties van de over- en onder-gemethyleerd gevallen werden afzonderlijk geteld om veranderingen te schatten in de variabele methylering van de overgangs-CpG sites (Tabel 3). Op de analyse van de overmethylated gevallen werden alle CpG-eiland marges aanzienlijk overmethylated in de H. pylori geïnfecteerde
maagslijmvlies en geen van de CpG-eiland ontbreekt plaatsen vertoonden een significant verschil voor de frequentie van de gevallen overmethylated . Op de analyse van de gemethyleerde gevallen, de frequentie van de gemethyleerde TFF1
gen significant laag in de H. pylori-positieve
maagslijmvlies (P
= 0,003). De methylering gegevens van beenmerg werd geciteerd uit een eerdere studie met behulp van dezelfde-radio-isotoop labelen MSP protocol [4]. In het beenmerg, de PGC
, TFF1
, MSLN Kopen en RUNX3
genen waren volledig gemethyleerd, terwijl de meeste van de CpG-eiland genen waren volledig unmethylated.Table 3 Vergelijking van de frequentie van de over- en gemethyleerde genen ontdekt in de maag niet-kanker en kankerweefsel
Gene Gids goedaardige weefsel

microsatelliet genotype van maagkanker (%)
beenmerg

H. pylori
negatieve
(n = 100)
H. pylori
positieve
(n = 100)
LOH-B
(n = 13)
LOH-L
(n = 29)

LOH-H
(n = 24)
MSI
(n = 4)
(n = 18)
(%)

Overmethylation frequentie
CDH1
21
77 *
0 (0) *
7 (24)
3 (13)
0 (0)
0 (0)
ARRDC4
20
62 *
3 (23)
8 (28)
1 (4) *
1 (25 )
0 (0)
PPARg
40
82 *
5 (38)
7 (24)
6 (25)
1 ( 25)
0 (0)
CDKN2A
46
90 *
9 (69)
16 (55)
9 (38) Pagina 2 (50) verhuur 4 (22)
TRAPPC2L
6
21 *
6 (46) *
8 (28) *
1 (4)
1 (25)
0 (0)
DUSP6
12
36 *
3 (23)
3 (10)
1 (4) Pagina 2 (50)
0 (0)
MLH1
19
37 * verhuur 4 (31)
17 (59) *
11 ( 46)
3 (75)
0 (0)
RUNX3
42
85 *
10 (77)
26 (90) *
19 (79) * verhuur 4 (100)
18 (100)
PGA5
12
13
5 (38)
8 (28)
1 (4)
0 (0)
0 (0)
PGC
4
10

• Soms mucosale uitzaaiingen naar de stomach
• CD44 maar niet CD24 expressie gerelateerd is aan een slechte prognose in niet-cardia adenocarcinoom van de maag