A overmethylated gének Helicobacter pylori-fertőzött gyomornyálkahártya demetilezzük gyomorrák

A overmethylated gének Helicobacter pylori
-fertőzött gyomornyálkahártya demetilezzük a gyomor rákos
Abstract
alapon
Az átmeneti-CpG helyek között gyengén metilált gének és a sűrűn metilezett retroelements vannak overmethylated a gyomor nyálkahártya fertőzött Helicobacter pylori katalógusa (H. pylori katalógusa), és azokat undermethylated a gyomorrák szinttől függően a veszteség heterozigótaság (LOH) eseményeket. Ez a tanulmány meghatározta az átmeneti CpG metilációs mintázat CpG-sziget-tartalmú és -lacking géneket tekintettel a retroelements. Katalógusa Módszerek katalógusa Az átmeneti CpG helyek nyolc CpG-sziget-géneket tartalmazó és hat CpG-sziget -lacking géneket félkvantitatíven vizsgált elvégzésével radioizotóp-címkézés metiláció-specifikus PCR szigorú körülmények között. A szint LOH a gyomorrák becsülték a 40 mikroszatellit marker nyolc rákkal összefüggő kromoszómák. Mindegyik gént pontozni overmethylated vagy undermethylated alapján középfokú átmeneti CpG metiláció gyakori a H. pylori katalógusa -kizáró gyomor nyálkahártyáját. Katalógusa Eredmények katalógusa A nyolc CpG-sziget gének vizsgált overmethylated függően közelsége, a legközelebbi retroelement a H. pylori-pozitív
gyomor nyálkahártyáját. A hat CpG-sziget-gént nem is hasonlóan metilezzük a H. pylori-pozitív és -negatív katalógusa gyomor nyálkahártyáját. A gyomor rák, hosszú átmeneti-CpG szegmense a CpG-sziget gének távol retroelements maradt overmethylated, míg a overmethylation rövid átmeneti-CpG szegmensek közel a retroelements nem volt szignifikáns. Mind a CpG-sziget-tartalmú és -lacking géneket tendenciózusan egyre kevésbé denaturált egy LOH-level-függő módon. Katalógusa Következtetések katalógusa A overmethylated gének hatása alatt retroelement metiláció a H. pylori katalógusa - fertőzött gyomor demetilezzük a gyomor rák által befolyásolt LOH.
alapon
egérmodelljében fertőzött Helicobacter pylori katalógusa (H. pylori
) a szemléltetett, hogy a csontvelői őssejteket vándorolnak a gyomor nyálkahártyáját és akkor differenciálódnak gyomor hámsejtek [1]. Szerint egy önszerveződése modell, nagymértékben expresszált mester gének képezhet egy transzkripciós kerékagy, hogy koordinálja az expresszióját számos más gének [2]. A dózis kompenzációs mechanizmus javasolja, hogy létezik egy fordított korrelációt háztartási gének tartalmazó CpG-szigetek és a szövet-specifikus gének hiányoznak CpG-szigetek, amelyek egyaránt osztoznak korlátozott mennyiségű nukleáris fehérjék a nukleáris térben [3, 4]. Mind az önszerveződés és az adagolás kompenzációs modellek kiemelni, hogy az epigenetikai társszabályozás rendkívül aktív gyomor-specifikus gének és gyengén aktív háztartási gének elősegíti a transz-differenciálódás csontvelő eredetű sejtek a gyomorban. Katalógusa vel fertőzött egyének H. pylori
gyakran mennek keresztül egy sor gyomornyálkahártya változások, például a rákmegelőző és rákos léziók [5]. Bár CpG-sziget overmethylation, amelyek eredményeként a inaktiválása rákhoz kapcsolódó gének gyakori a H. pylori-fertőzött katalógusa gyomornyálkahártya, egyrészről az overmethylation és kifejezése egyes CpG-sziget gének kétértelmű [6]. Gyomor rákmegelőző és rákos léziók kimutatták CpG-sziget overmethylation valamint genomot undermethylation, de a két különböző metilációs változások nem mutattak együttműködést a szekvenciális fejlődésének precancer és a rák [7]. Ezen túlmenően, a nagy mennyiségben expresszált gyomor-specifikus géneket játszik mester szerepet társszabályozás számos gén bebizonyították néhány metilációs változások a gyomor rákos megbetegedések [4, 8]. Tekintetében, hogy koordinálja a génexpressziót, szükséges, hogy megszabja, ha a gyomor-specifikus gének és a háztartási gének alávetni egyidejű túl- és alul-metiláció változások.
A retroelements önálló replikálódó parazita DNS-eket, hogy elfoglalják a fele az emberi genom [ ,,,0],9]. A gazda genomjába elnyomja a veszélyes mutáció hatását parazita retroelements keresztül a DNS-metilációs-függő mechanizmus [10]. Az átmeneti terület között, a gyengén metilált gének, és a sűrűn metilezett retroelements, mint például a CpG-sziget árrés és a transzkripciós starthelyet hiányzik CpG-szigetek, a metilezett különböző mértékben egy szöveti típusú függő módon [4, 11, 12 ]. A metiláció átmeneti CpG helyek dinamikusan változik, válaszul a transz-differenciálódás csontvelő kötőszöveti sejtek és a veszteség-of-heterozigótaság (LOH) események gyomorrák [12-15]. Egy másik korábbi tanulmány is írta le, hogy a "CpG-sziget partján" kapcsolódik a rendelet a sejtek differenciálódása és karcinogenitás [16]. Érdekes módon sok átmeneti-CpG oldalak és gén-szomszédos retroelements egyidejűleg túl- vagy undermethylated egy adott szövetben [11, 17], jelezve, hogy az egyidejű metilezés változások számos gén hatása alatt retroelement metiláció. Eközben a legtöbb CpG-gazdag szigetek gyengén metilált vagy metilálatlan a legtöbb szövetben, és a CpG-gazdag területek nem alkalmasak az elemzéshez a dinamikus metiláció szomszédos gén szabályozó régiók [12, 13, 15, 18]. Ezért az átmeneti CpG helyek helyett CpG-gazdag szigetek, valószínűleg szolgál pivot-metiláció pozíciókat, amelyek tükrözik a konkurens metilációs mintázat járó H. pylori fertőzés katalógusa és az evolúció rák.
Ez a tanulmány vizsgálták az átmeneti CpG metilációs mintázat a CpG-sziget gének és a gyomor-specifikus gének hiányoznak CpG-szigetek H. pylori katalógusa-fertőzött gyomornyálkahártya és gyomorrák. A változó metiláció átmeneti CpG helyek volt félkvantitatíven becslések szerint szigorú metiláció-specifikus PCR (MSP) feltételek előállított tiszta DNS-sávokat [4, 8]. Növekedést vagy csökkenést az átmeneti-CpG metiláció mindegyik gén alapján határozták meg egy köztes metilezés a H. pylori
-negatív gyomor nyálkahártyáját.
Módszerek
Gyűjteménye szövetminták
Nem rákos szöveti mintákat gyűjtöttünk az egymást követő járóbetegek átesett gyomor endoszkópia 2008 áprilisától 2009 októberéig Szent Pál Kórház, katolikus Egyetem Koreában. Során endoszkópos vizsgálat, két szomszédos szövet mintákat vettünk a gyomor antrum és a belső rész, ill. Egy biopsziás minta került rögzítésre formalin a szövettani vizsgálat, a másik biopsziás mintát használtunk a DNS kivonására. A patológus megerősítette egy gyomornyálkahártya sejt tartalma több, mint 80% -os tisztaságú, a biopszia szövetekben. A H. pylori
fertőzés segítségével vizsgáltuk a Warthin-Starry ezüst impregnálási módszerrel. Ez a vizsgálat 50 antrumban és a test pár H. pylori katalógusa -kizáró esetben az átlagos életkora 53,2, illetve 50 antrumban és a test pár H. pylori-pozitív katalógusa esetben átlagéletkoruk 55,6. Voltak 25 hím és 25 nőstény, a H. pylori katalógusa -kizáró esetekben és 26 férfi és 24 nő a H. pylori-pozitív esetek katalógusa. A gyomorrák szöveteket nyert patológiás példányai 48 férfi és 22 nőbeteg (átlagéletkor: 63,7), aki átesett sebészi eltávolítását között 2005. március 2008. december Szent Pál Kórház, a Katolikus Egyetem Koreában. A klinikai és patológiai tumorstádium szerint határoztuk meg a tumor-Node-metasztázis (TNM) kritériumok [19]. Minden az alanyok, amennyiben azok írásos beleegyezést és ezt jóváhagyta a vizsgálatot az intézményi felülvizsgálati tanács. Katalógusa Tissue előkészítése és hidrogén-szulfit módosítását DNS katalógusa A friss biopsziás mintákat használtunk megvalósítható szemi-kvantitatív MSP elemzés, mert formalin-fixált szövet DNS-ek hajlamosak arra, hogy rosszul amplifikált után biszulfit módosítás [8]. A mikroszatellit elemzés, a DNS-t extraháljuk a formalin-fixált, paraffinba ágyazott tumor szöveteket a korábban ismertetett módon [20, 21]. A tumor mintákat mikrodisszektált egy sebészi szike sztereómikroszkóp alatt. Minden mikrodisszektált rák szöveteket egy rákos sejt tartalma több, mint 80%. A DNS-extrakciós puffer (0,5% Tween-20, 1 mM EDTA, pH = 8,0, 50 mM Tris pH = 8,0, 0,5 mg /ml proteináz K), a biopsziás minták és mikrodisszektált szöveteket emésztettük 37 ° C-on 24 óra hosszat keverjük. Körülbelül 1000-sejteket inkubáltunk 20 ul DNS-extrakciós puffer, amely után egy DNS izoláló reagenskészlet (A1120, Promega, Madison, WI, USA) használtunk a kivonat a genomiális DNS-t a gyártó utasításai szerint.
Tissue DNS-t módosították nátrium-hidrogén-szulfit leírtak máshol [8, 11-13]. Röviden, 1 ng genomiális DNS-oldatát 10 ul 3 M nátrium-hidroxiddal 15 percen át 37 ° C-on. Ezután a denaturált DNS-t összekeverünk 1,04 ml 2,3 M nátrium-hidrogén-szulfit és 60 ul 10 mmol-hidrokinon, és ez a C-ra melegítettük 50 ° C-on 12 óra hosszat. A biszulfittal kezelt DNS-t tisztítottuk, amelynek során alkalmazásával Wizard DNS tisztító gyantát (Promega, Madison, WI, USA) volt, deszulfonált 3 M NaOH-val és etanollal kicsapjuk, majd feloldjuk 35 ul 5 mM Tris-pufferben (pH = 8,0) .
radioizotópos-címkézés szemikvantitativ metilációs elemzés katalógusa összehasonlító vizsgálata microarray SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) adatai azt találta, hogy a számos átiratok számít a SAGE adatokat pontosan jelent nagy különbséget a gén aktivitása között a gyomor-specifikus gének és háztartási gének [4]. Az átmeneti CpG helyek a gyomor-specifikus gének (PGA5 katalógusa és PGC katalógusa) [22], a nyálkahártya-gyógyulás gének (TFF1 katalógusa és TFF2 katalógusa) [23], a rákkal összefüggő gének (Cdh1 katalógusa, PMS1- katalógusa, PPARg katalógusa, CDKN2A katalógusa és RUNX3 katalógusa) [15, 24-27], valamint a nem-gyomor gének (ARRDC4 katalógusa, DUSP6
, TRAPPC2L katalógusa, MSLN katalógusa és KRT6A katalógusa) [28-32] került kiválasztásra (1. táblázat). Az MSP oldalak, sorozatok, és körülményeket az Extra Fájl 1. Egy alacsony GC tartalma és ismétlődő szekvencia metilációs-változó átmeneti-CpG hely gyakran mutatott gyenge vagy elkenődött MSP sávok miatt csökkentett összetettségét nukleotid szekvenciák következő biszulfit kezelés [4, 8, 33]. Annak érdekében, hogy növelje a specificitását átmeneti-CpG-amplifikáció mindegyik MSP primer célja az volt, hogy tartalmazza a 3-5 CpG helyek, és tartalmazzák egy kis fragmentum méret, és az MSP reakciót úgy hajtottuk végre szigorú körülmények között használva dTTP-radioizotóp a korábban leírtak [4, 8, 11, 12]. Röviden, 10 ul PCR-keverék, amely 1 pl biszulfit módosított DNS-t, 1 jiCi α- 32P dTTP-t (Perkin-Elmer, Boston, MA, USA), 62,5

• Nem gyakori nyálkahártya áttétek a gyomor
• CD44 de nem CD24 expressziója összefügg a rossz prognózissal nem cardia adenocarcinoma stomach