U overmethylated geni u Helicobacter pylori zaražen želučane sluznice su memetilirani u želučanom cancers

U overmethylated geni u Helicobacter pylori
-infected želučane sluznice su memetilirani u želučanim raka pregled apstraktne pregled Pozadina pregled prijelaznog-CpG sučelja između slabo metilni geni i gusto metilni retroelements su overmethylated u sluznici želuca zaražena Helicobacter pylori pregled (H. pylori pregled) i oni su undermethylated u želučanog karcinoma, ovisno o stupnju gubitka heterozigotnosti (LOH) događaja. Ova studija nacrtana prijelazne-CpG metilaciju obrasce CpG-otok koji sadrže i -lacking gene s obzirom na retroelements. Pregled Metode
prijelaznog-CpG mjestima osam CpG-otok koji sadrže gene i šest CpG-otok -lacking geni semikvantitativno ispituje obavljanje radioizotop označavanje metiliranje-specifični PCR pod strogim uvjetima. Razina Loh u želučanim karcinoma procijenjen je pomoću 40 mikrosatelitnih markera na osam rakom kromosoma. Svaki gen je osvojio kao overmethylated ili undermethylated temelji na srednjoj razini tranzicijske-CpG metilacije zajednički u H. pylori pregled -negativno želučane sluznice. Pregled Rezultati
osam CpG-otočnih gena ispitanih su overmethylated ovisno o blizina najbliže retroelement u H. pylori
pozitivnih želučane sluznice. Šest CpG-otok-nedostaje geni su na sličan način metiliran na H. pylori pregled pozitivnih i -negativno želučane sluznice. U želučanog karcinoma, dugo prijelazno-CpG segmenti CpG-otočnih gena udaljena od retroelements ostao overmethylated, dok je overmethylation kratkih prijelaznih-CpG segmentima blizu retroelements nije bio značajan. Oba CpG-otok koji sadrže i -lacking geni skloni gubiti metilirani na način LOH-level ovisan pregled Zaključci
overmethylated gena pod utjecajem retroelement metilacije u H. pylori
. - zaražene želudac se memetilirani u želučanog raka pod utjecajem Loh. pregled Pozadina
mišjem modelu zaražen bakterijom Helicobacter pylori
(H. pylori
) je pokazao da matične stanice koštane srži migriraju na sluznicu želuca i onda diferenciraju u epitelnim stanicama želuca [1]. Prema samoorganizacije model, vrlo izražena master geni mogu tvoriti transkripcije čvorište za koordinaciju ekspresiju brojnih drugih gena [2]. Naknadu u doziranja mehanizam predlaže da postoji inverzna korelacija između domaćih gena koji sadrže CpG otoke i genima tkivno specifičnih nedostaju CpG otoka, s kojim dijeli ograničenu količinu proteina jezgre u nuklearnoj prostoru [3, 4]. Oba samoorganizacije i kompenzaciju za doziranje modeli ističu da je epigenetičko ko-regulacija vrlo aktivnih gena u trbuhu specifične i slabo aktivnih domaćih gena olakšava trans-diferencijaciju stanica koštane srži-izvedeni u želucu.
Osoba zaraženih s H. pylori pregled često proći kroz niz želučane sluznice promjena uključujući prekanceroznih i kancerogenih lezija [5]. Iako CpG-otok overmethylation koje mogu dovesti do inaktivacije gena povezane s rakom je uobičajeno u H. pylori pregled -infected želučane sluznice, povezanost s overmethylation i izražavanja pojedinačnih CpG otočnim gena nejasan [6]. Želučani prekancerozne i kancerozne lezije su pokazali CpG otok overmethylation kao i genoma širom undermethylation, ali dvije različite promjene metilacije nije pokazao suradnju za sekvencijalni evolucije precancer i raka [7]. Osim toga, vrlo izražena geni želuca specifične igraju glavnu ulogu u co-regulaciju brojnih gena pokazala nekoliko metilaciju promjene želučanog karcinoma [4, 8]. S obzirom na koordinatni ekspresiju gena, potrebno je razgraničiti da li su geni u trbuhu specifične i domaćih gena proći istodobno prevelika i pod-metilacije promjene.
Retroelements su self-odgovor parazitske DNK koje zauzimaju pola ljudskog genoma [ ,,,0],9]. Domaćin genom potiskuje opasni mutaciju učinak parazitskih retroelements putem DNA metilacije ovisan o mehanizmu [10]. Prijelazno područje između slabo metiliranih gena i gusto metilnim retroelements, kao što su CpG otoku marže i početka transkripcije nedostaje CpG otoke, se metilira u različitim stupnjevima na način tkivo tipa ovisne [4, 11, 12 ]. Metilacija prijelaznih-CpG stranicama mijenja dinamički odgovor na trans-diferencijaciju koštane srži stanica strome i gubitak-of-heterozigotnosti (LOH) zbivanja u želučanog karcinoma [12-15]. Još jedna prethodna studija je također opisao da je "CpG-otok obala" je povezan s regulacijom staničnom diferencijacijom i karcinogeneze [16]. Zanimljivo, mnogi prijelazni-CpG mjesta i genetski susjednih retroelements su istovremeno previše ili undermethylated u određenom tkivu [11, 17], što znači da su istodobne metilacije promjene u brojnim gena pod utjecajem retroelement metilacije. U međuvremenu, većina CpG bogati otoci su slabo metiliran ili nemetiliran u većini vrsta tkiva, a CpG-bogata web stranice nisu pogodne za analizu dinamičkim metilacije u susjedstvu gen-kontrolnih područja [12, 13, 15, 18]. Stoga su prijelazne-CpG stranice, a ne CpG-bogata otocima, vjerojatno će poslužiti kao pivot-metilacije pozicijama koje odražavaju istodobno obrasce metilaciju povezane s H. pylori pregled infekcije i razvoja raka.
Ova studija istražuju prijelazne-CpG metilaciju obrasce CpG-otočnih gena i gena želuca specifične nedostaju CpG otoke u H. pylori
-infected sluznicu želuca i želučanih karcinoma. Varijabla metilacije tranzicijskih-CpG mjesta bio je polu-kvantitativno procjenjuje pod strogim PCR (MSP) uvjetima metilacije specifična koje su proizvele jasne pruge DNK [4, 8]. Povećanje ili smanjenje prijelaznog-CpG metilacije svaki gen je određena na temelju srednji metilacije u H. pylori
-negativno želučane sluznice.
Metode pregled Prikupljanje uzoraka tkiva pregled Non-kancerogen uzorci tkiva su prikupljeni od uzastopnih ambulantnih bolesnika koji su bili podvrgnuti želučane endoskopiju od travnja 2008. do listopada 2009. godine u St. Paul bolnici, na Katoličkom sveučilištu u Koreji. Vrijeme endoskopskih pregleda dva uzorka susjedna tkiva dobiveni su iz želuca antralnom i kućištu, redom. Jedan biopsije uzorak je fiksiran s formalinom za histološku pregleda i ostalih uzorku dobivenom biopsijom se koriste za dobivanje DNA. Patolog potvrdio želučani sadržaj epitelnih stanica čistoće više od 80% u biopsija tkiva. H. pylori pregled infekcija je ispitan pomoću Warthin-Zvjezdano metodu srebro impregnacije. Studija je uključivala 50 antruma i tijelo parova H. pylori pregled -negativno slučaja s prosječnom dobi od 53,2 i 50 antruma i tijelo parova H. pylori pregled pozitivnih slučajeva s prosječnom dobi od 55,6. Bilo je 25 muškaraca i 25 žena u H. pylori pregled -negativno slučajevima i 26 muškaraca i 24 žena u H. pylori pregled pozitivnih slučajeva. Želučanog tkiva raka dobiveni su iz patoloških primjeraka 48 muških i 22 ženskih bolesnika (srednja dob: 63,7), koji je doživio kirurške resekcije između ožujka 2005. i prosinca 2008. godine u St. Paul bolnici, na Katoličkom sveučilištu u Koreji. Kliničko- stadij tumora je određena u skladu s kriterijima Tumor-Node-metastaze (TNM) [19]. Svi ispitanici pod uvjetom da njihova pismeni informirani pristanak, a ovo istraživanje je odobrilo institucionalni pregled odbor. Pregled, priprema tkiva i bisulfit modifikacija DNA
svježeg uzorka biopsije su se koristili za ostvarivo polu-kvantitativne analize MSP, jer formalin-fiksna tkiva DNA imaju tendenciju da se slabo pojačan nakon bisulfita modifikacije [8]. Za analizu mikrosatelitskih, DNA je ekstrahirana iz formalinom fiksiranih tumorskim tkivima parafin uklopljenih kao što je prethodno [20, 21] opisano. Tumorske uzorci microdissected pomoću kirurškog skalpela pod stereomikroskopom. Sve microdissected tkiva karcinoma sadržavao sadržaj stanica raka za više od 80%. Ekstrakcije pufer DNA (0,5% Tween-20, 1 mM EDTA, pH 8,0, 50 mM Tris pH 8.0, 0.5 mg /ml proteinaze K), a jedan uzorak biopsije i microdissected tkiva digerirani na 37 ° C tijekom 24 h. Približno 1000 stanice su inkubirane sa 20 uL ekstrakcije DNA pufera, nakon čega se izolacija DNA kit (A1120, Promega, Madison, WI, USA) je korišten za ekstrakciju genomske DNA u skladu s uputama proizvođača. Pregled tkiva DNA je modificiran korištenjem natrij bisulfit kao što je opisano na drugom mjestu [8, 11-13]. Ukratko, 1 ug genomska DNA obrađen je s 10 ul 3 M NaOH tijekom 15 minuta pri 37 ° C. Zatim denaturirani DNA se pomiješa s 1,04 ml 2,3 M natrijevog bisulfita i 60 uL 10 mM hidrokinona i to se zagrije na 50 ° C tijekom 12 sati. DNA bisulfit obrađena, koja je pročišćena pomoću Wizard DNA smole pročišćavanje (Promega, Madison, WI, USA), je desulfonated s 3 M NaOH i istaloži s etanolom, a zatim je otopljena u 35 ul 5 mM Tris puferom (pH 8,0) . pregled, Radio izotope obilježeni semikvantitativni analizu metilacija
komparativnu analizu microarray i kadulje (Serial analiza ekspresije gena) podataka je utvrđeno da je broj transkripata uzimaju u obzir podatke kadulje točno predstavlja veliku razliku u aktivnosti gena između geni želudac specifične i domaćih gena [4]. Prijelazne-CpG stranice gena želuca specifične (PGA5
i PGŽ
) [22], geni sluznica-iscjeljivanje (TFF1
i TFF2
) [23], rak vezan uz geni (CDH1
, MLH1
, PPARG
, lokusu CDKN2A
i RUNX3
) [15, 24-27], a ne želučani gena (ARRDC4
, DUSP6
TRAPPC2L pregled, MSLN pregled i KRT6A pregled) [28-32] odabrano je (Tablica 1). MSP stranice, sekvence, i uvjeti su prikazani na dodatne datotečne 1. niskim sadržajem GC i ponavljajući slijed u metilacije-varijabla prijelaznog-CpG stranice često su pokazali slabe ili razmazivanje MSP bendova zbog smanjenog složenosti nukleotidnih sljedova sljedećem bisulfitom tretman [4, 8, 33]. Kako bi se povećala specifičnost prijelaznog-CpG pojačanja, svaki MSP prajmera je dizajniran tako da sadrži 3-5 CpG mjesta i da obuhvaća malu veličinu amplikona i MSP reakcija se izvodi pod strogim uvjetima s pomoću dTTP-radioizotope kao što je prethodno opisano [4, 8, 11, 12]. Ukratko, 10 ul PCR smjese koja je sadržavala 1 ul bisulfite modificirani DNA, 1 uCi a- 32P dTTP (Perkin Elmer, Boston MA, USA), 62,5 uM dATP, dCTP i dGTP, 25 uM dTTP, 1 pmol od primera, 0.1% Tween 20 i 0,3 jedinica Taq polimeraze pregled umnožena je 32 ciklusa PCR iz vrućeg start PCR uvjetima. Reprezentativni rezultati metilacije prikazani su na slici 1A.Table 1 Najbliža retroelement i transkripcije od 14 odabranih gena sa i bez CpG otocima
Gene Netlogu pregled CpG otoci
Najbliži retroelement
br od izrazio transkripte u želucu
pregled pregled Naziv obitelji pregled
Udaljenost do početka transkripcije
pregled CDH1
Da pregled Alu
0,3 kb
19 pregled ARRDC4
Da pregled Alu
1,7 kb pregled 7 pregled PPARG
pregled Da
Alu
2.3 kb pregled 3
lokusu CDKN2A
Da pregled LTR
2.4 kb pregled 1 pregled TRAPPC2L pregled pregled Da pregled Alu
3,8 kb
14 pregled DUSP6
Da pregled Alu
6,6 kb
8 pregled MLH1 pregled
Da pregled Alu
6,6 kb
0 pregled RUNX3
Da pregled LTR
8.3 kb pregled 0 pregled PGA5
Ne pregled, Alu
1.2 kb pregled 734 pregled PGŽ
Ne pregled Alu
1,6 kb
33 pregled TFF1
br
Alu
0,5 kb
11 pregled TFF2
Ne pregled L1 pregled, 2,7 kb pregled 632 pregled MSLN
Ne pregled Alu pregled, 1.4 KB
50 pregled KRT6A
Ne pregled Alu
4,2 kb pregled 1 pregled informacije o CpG otoka, retroelements i broj izraženih transkripata u želudac je dobiven od ranije objavljenih podataka [4].
Slika 1 semi-kvantitativnog metilacija analizu (a) i kloniranje i redoslijeda (B) u prijelaznom-CpG stranicama. Metilacija prijelazno-CpG stranicama ocijenjena izvođenjem polu-kvantitativna metilacija analizu (a) i provjereno je s kloniranjem i sekvenciranje zajedničke primer (B). (A) je ukupno 14 prijelazni-CpG mjestima su ispitani u H. pylori
-negativno i H. pylori pregled pozitivnih normalne sluznice želuca i raka lezije pacijenata oboljelih od raka želuca. Gustoća metilacije je izračunata u skladu s udjelom od intenziteta metilacije (M) band protiv ukupnog unmethylation (U) i intenzitet metilacije band. Gustoća metilacije svakog CpG stranice se svrstati u 5 razina sa 20% metiliranjem prirasta. Metilacija status svakog gena je kategoriziran kao undermethylation (nedovoljno) ili overmethylation (prevelika) temelji se na srednjoj razini metilacije (inter) iz H. pylori pregled -negativno normalnoj sluznici želuca. (B) Reprezentativni rezultati kloniranja i sekvenciranja zajedničke PCR. Prijelazne-CpG nalazišta CDH1 Netlogu, lokusu CDKN2A Netlogu i RUNX3 pregled gena analizirani su kloniranja i sekvenciranja zajedničke PCR proizvod. Genomske DNA prikazana je na slici 1A su se usporediti rezultate MSP s rezultatima redoslijeda. Otvoreni i zatvoreni krugovi nemetilirane metilirani citozin ostataka, respektivno. Pravokutni polja pokazuju MSP primera stranice potvrđena. Pregled Semikvantitativna evaluacija prijelaznog-CpG metilacije varijacije
PCR stanje svake MSP vodeći skup plotanje standardnu ​​krivulju prema različitim mješavinama intenziteta bend iz MSP proizvoda s univerzalna metiliran i nemetilirani kontrola DNA [11, 18]. Genomska DNA tretira s DNA metilazom (CpGenome Universal Methylated DNA, Chemcon, Temecula, CA, USA) i pojačan univerzalni temeljni premaz (5'-CCG ACT CGA GNN NNN NAT GTG G-3 ') korišteni su za univerzalni metiliranim i nemetilirani kontrola DNA, pojedinačno. Na temelju standardne krivulje, gustoća metiliranje prijelaznog-CpG lokaciji je izračunata pomoću slijedeće formule: metilacija Udio (%) = (intenzitet metilacija /(metilacije + intenzitet unmethylation)) × 100 [8, 11, 13, 15, 18]. Za provjeru reproducibilnost različite gustoće metilacije Koristeći polukvantitativni analizu, klasifikaciju 5 razini 20% metiliranjem prirasta i klasifikacija 10 na razini 10% metiliranjem prirast su uspoređeni u sparenim uzorcima tkiva. Komparativna analiza uparenih uzoraka provedena je korištenjem dvostruki DNA od 40 tkiva i 48 pari 1 cm susjedna tkiva osim 100 pari antruma i tkivima tijela koje su dobivene od 50. H. pylori
- negativni tkiva želuca i 50 H. pylori pregled pozitivnih želudac tkiva (Slika 2). Slika 2 Analiza varijabilne metilacije u prijelaznom-CpG stranicama. (A i B) obnovljivosti klasifikaciji 5 nivoa sa 20% metiliranjem prirasta (A) i 10-razini klasifikacije s 10% metiliranjem prirasta (B) je potvrđena udjelu uparenih uzoraka tkiva ne pokazuje razlike u razina metilacije. dok su dvostruki DNA istog tkiva (zatvoreni kafići), par od 1 cm susjedna tkiva (sive trake) i par antruma i tjelesnim tkivima (otvoreni barovi). (C i D) Analiza srednju razinu metilacije. Učestalost undermethylated i overmethylated predmeta procijenjena je na temelju srednje razine u rasponu dvije razine (20% metilacije) (c) i višu razinu (10% metilacije) (d) klasifikacije 10-razini uobičajene u H. pylori
- negativna želučane sluznice.
stopu overmethylation svakog prijelaznog-CpG site u H. pylori pregled pozitivnih i -negativno želučane sluznice je izračunata relativnom udjelu overmethylated slučajeva u ukupnom iznosu od nad- i pod metiliran slučajeva. H. pylori pregled -associated stopa overmethylation je izračunata pomoću H.
pozitivnih-na-negativan omjer pylori svake stope prijelazno-CpG overmethylation. To je korišten za procjenu odnosa između metilacijom tranzicijskih-CpG mjestima te udaljenosti između početno mjesto transkripcije i najbliže retroelement (Slika 3). Slika 3 H. pylori pregled induciranu metilacije gena CpG-otok-sadrže i -lacking prema udaljenosti do najbliže retroelements i transkripcije aktivnosti. Ukupno 14 prijelazno-CpG stranicama su grupirani u osam CpG-otočnih gena (CDH1 pregled, ARRDC4 pregled, PPARG pregled, lokusu CDKN2A pregled, TRAPPC2L pregled, DUSP6 pregled, MLH1
i RUNX3 pregled) i šest gena koji nemaju CpG otoci (PGA5
, PGŽ
, TFF1
, TFF2
, MSLN
i KRT6A
). Razmak gen-retroelement procijenjena je između transkripcijskih startna mjesta i najbliže Alu, L1 ili ltr retroelements. H. pylori pregled induciranu stopu metilacije zastupao je H. pylori
pozitivnih-to-negativnim omjerom brzine overmethylation. Stopa overmethylation izračunat je prema relativnom udjelu overmethylated predmeta u ukupnom zbroju iznad-i pod-metilirani slučajevima. Transkripcije aktivnost svakog gena pokazalo se s brojem izraženih transkripata [4].
Kloniranje i sekvenciranje metilacije-varijabla stranice
rezultate MSP u prijelaznim-CpG stranicama su potvrdili s kloniranjem i sekvenciranje zajedničke PCR primer setovi obuhvaćaju oba nemetilirane metilirani CpG mjesta (Slika 1B) [4, 11, 12]. PCR produkti obični primer setovi su klonirani u T & A vektor za kloniranje (Real Biotech, Taipei, Tajvan). DNA sekvenciranje je izvršeno 10 klonova uobičajenih PCR vektora pomoću BigDye Prestanak Kit (PE Biosystems, Foster City, CA, USA) i ABI automatiziranom DNA sekvencer (PE Biosystmes, Warrington, UK). Jer obični primer seta obuhvaćaju CpG slabe regije proizvesti različite stupnjeve metilacije prema PCR uvjetima, namjesti se PCR stanja zajedničke prajmera da bi se dobila gustoća metilacija koja je slična u oba semi-kvantitativnog MSP testu i sekvencioniranje rezultati 10 common-PCR klonova.
Analiza mikrosatelitni alela
Za Loh analizu PCR-based, ukupno 40 mikrosatelitni markera na osam oboljelih od raka povezan s kromosomima (3p, 4p, 5q, 8P, 9p korišteni su 13q, 17p i 18q) i smjernice za bodovanje status Loh i MSI kao što je opisano na drugom mjestu [20, 21]. Alelskih Profil od 40 mikrosatelitni sekvenci ispitanih u svakom slučaju u početku bila kategorizirana u MSI temelji na prisutnosti novih alela u homozigotni markerom i jednostranog gubitka aleličke u heterozigotnom marker. Prema broju Loh-pozitivnih kromosoma, razina Loh je zabio kao niske razine (dvije ili tri kromosoma gubitke, LOH-L) i visoke razine (četiri ili više kromosomskih gubicima, LOH-H) LOH. Jednom ili nijednom kromosomske gubici su svrstane u osnovnom razine (LOH-B) za rak difuzno tipa i na niskoj razini crijevne i mješovitog tipa, odnosno, ovisno o njihovom odgovarajućem histološki podtip. Pregled, Statistička analiza
Fisherov egzaktni test korišten je za uspoređivanje nad- i pod-metilacije promjena između H. pylori pregled -negativno ili pozitivne sluznice želuca i želučanog karcinoma, sa značenjem dodijeljene vrijednosti ispod P pregled vrijednosti manje od 0,01 , Student-ov t pregled test je korišten za usporedbu metilaciju razlike između želuca noncancerous i kancerogenih tkiva, uz značaja dodijeljen vrijednosti ispod P pregled vrijednosti manje od 0,05. Statistička procjena je provedena pomoću statističkog programskog paketa SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Pregled Rezultati
metilacije-varijacije u noncancerous tkiva
je ukupno 14 prijelazno-CpG stranicama su izabrani od osam CpG-otočnih gena (CDH1 pregled, ARRDC4 pregled, PPARG pregled, lokusu CDKN2A pregled, TRAPPC2L pregled, DUSP6 pregled, MLH1 pregled i RUNX3 pregled) i šest CpG -island-bez gena (PGA5
, PGŽ
, TFF1
, TFF2
, MSLN
i KRT6A
) (Tablica 1). Reproducibilnost prijelaznog-CpG stranice pojačani svaki vodeći skup MSP je procijenjena s dvostruki DNA istog tkiva, par 1 cm u susjedna tkiva, te par antruma i tkivima (slika 2A i 2B). 92% od 40 dvostruki DNA, 73% od 48 parova 1 cm susjedna tkiva, a 58% od 100 antruma i tijela na tipkovnici su označeni kao iste razine metilacije u klasifikaciji 5 nivoa. Slučajevi dvostruki eksperimenata istog zabio bili približno 25% češći u klasifikaciji 5 razini nego u klasifikaciji 10-razini.
Srednja razina promjenjivom prijelaznog-CpG metilacije je analiziran korištenjem 1.400 MSP amplikoni 14 prijelazni-CpG stranice dobivena od 100 H. pylori
-negativno uzoraka želučane (slika 2c i 2d). U klasifikaciji od 10 nivoa, dio jednog zajedničkog razinu metilacije (38%) je bio toliko nizak da srednja razina utvrđena je na temelju dvije zajedničke razine. 937 (67%) od 1.400 MSP amplikonima su kategorizirani u srednjoj razini u 100 tkiva. Intermedijarni razine metilacije osam CpG otočnim marginama skloni biti manje od onih šest CpG-otočnih nedostaje mjesta (Tablica 2). Sve u svemu, veliki frakcija pojedinih tkiva želuca (67%) i 1 cm susjednih parova tkiva (73%) su pokazali da su prijelazni-CpG stranice su metilira u nizu sličnih gustoće koje variraju između oko 20%. Dakle, srednja razina u rasponu dvije razine (20% metilacije) klasifikacije 10-razini je korištena za određivanje previše ili premalo metilirani statusa prijelaznih-CpG lokacija u želučanom mucosa.Table 2. Učestalost nedovoljno i nad- metilni slučajevi su određena na temelju srednje razine metilacije čest u H. pylori pregled -negativno želučane sluznice (n = 100) pregled Gene ime
pregled, srednje gustoće metilacije
br od premale metilnim slučajeva
br slučajeva srednje metilacije
br od iznad-metilnim slučajeva

CpG-otok koji sadrži gene pregled CDH1
0-20%
0 pregled 79 pregled, 21 pregled ARRDC4 pregled
0 - 20%
0 pregled 80 pregled, 20
PPARG
0-20%
0 pregled 60 pregled, 40 pregled lokusu CDKN2A
pregled, 0-20%
0 pregled 54 pregled, 46 pregled TRAPPC2L
40 - 60%
13 pregled, 81 pregled 6 pregled DUSP6
20 - 40%
26 pregled, 62 pregled, 12 pregled MLH1
20 - 40%
20 pregled, 61 pregled 19
RUNX3
30 - 50%
5 pregled 53 pregled, 42 pregled CpG otok nedostaje gene
PGA5
40 - 60% pregled 10 pregled, 78 pregled, 12 pregled PGŽ
40 - 60% pregled, 29 pregled, 67 pregled, 4
TFF1
20-40%
11 pregled, 52 pregled, 37 pregled TFF2
30 - 50%
36 pregled, 60 pregled, 4
MSLN
60 - 80% pregled, 0 pregled 88 pregled, 12 pregled KRT6A
60 - 80%
17 pregled 65 pregled, 18 pregled odnosa između H. pylori pregled - povezane overmethylation bilo retroelements ili prijepis aktivnost
frekvencije iznad-i pod-metiliranog slučajeva odvojeno broji procijeniti promjene u varijabli metilacije prijelaznog-CpG mjesta (Tablica 3). Na analizu overmethylated slučajeva, svi su CpG-otok marže su znatno overmethylated u H. pylori pregled -infected sluznicu želuca i nitko od CpG-otok-nedostaje stranica pokazala je značajnu razliku za frekvencije od overmethylated slučajeva , Na analizu undermethylated slučajeva, frekvencija undermethylated TFF1
gena bila je značajno niska u H. pylori
pozitivnih želučane sluznice (P pregled = 0,003). U metilacije podaci koštane srži je naveo iz prethodne studije koristeći istu radioizotopa obilježeni MSP protokol [4]. U koštanoj srži, PGŽ pregled, TFF1 pregled, MSLN pregled i RUNX3 pregled gena bile potpuno metiliran, dok većina CpG-otočnih geni bili potpuno unmethylated.Table 3. Usporedba učestalosti nad- i undermethylated geni otkriven u želučanom non-kancerogen i kancerogenih tkiva pregled Gene

noncancerous tkiva
pregled mikrosatelitni genotipa želučanog karcinoma (%)
koštane srži
pregled H. pylori pregled negativna pregled (n = 100)
H. pylori pregled, pozitivno pregled (n = 100)
LOH-B pregled (n = 13)
LOH-L pregled (n = 29) pregled pregled LOH-H pregled (n = 24)
MSI pregled (n = 4)
(n = 18) pregled (%) pregled
Overmethylation frekvencija pregled CDH1
21 pregled 77 * pregled 0 (0) * pregled 7 (24) pregled, 3 (13) pregled, 0 (0)
0 (0) pregled ARRDC4
20 pregled 62 * pregled 3 (23) pregled, 8 (28) pregled, 1 (4) * pregled 1 (25 )
0 (0) pregled PPARG
40 pregled 82 * pregled 5 (38) pregled, 7 (24) pregled, 6 (25) pregled, 1 ( 25)
0 (0) pregled lokusu CDKN2A
46 pregled 90 * pregled devet (69)
16 (55) pregled, 9 (38) pregled 2 (50) pregled, 4 (22) pregled TRAPPC2L
6 pregled 21 * pregled 6 (46) * pregled osam (28) * pregled 1 (4)
1 (25) pregled, 0 (0) pregled DUSP6
12 pregled 36 * pregled 3 (23) pregled, 3 (10) pregled, 1 (4) pregled, 2 (50)
0 (0) pregled MLH1
19 pregled 37 * pregled 4 (31)
17 (59) *
11 ( 46)
3 (75) pregled, 0 (0) pregled RUNX3
42 pregled 85 * pregled 10 (77)
26 (90) * pregled 19 (79) * pregled 4 (100)
18 (100) pregled PGA5
12 pregled, 13 pregled, 5 (38) pregled, 8 (28)
1 (4) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled PGŽ
4
10 pregled, 4 (31) pregled, 4 (14)
5 (21) pregled, 1 (25)
18 (100) pregled TFF1
37 pregled, 52 pregled, 5 (38) pregled, 3 (10) *
3 (13) * pregled 0 (0)
18 (100) pregled TFF2
4 pregled 3 pregled, 4 (31) pregled, 4 (14) pregled, 1 (4)
0 (0) pregled, 2 (11) pregled MSLN
12 pregled, 11 pregled, 8 (62) *
16 (55 ) * pregled 6 (25) pregled, 1 (25)
18 (100) pregled KRT6A
18 pregled, 16 pregled, 4 (31)
16 ( 55) * pregled 4 (17) pregled, 3 (75) pregled, 3 (17) pregled Undermethylation frekvencija pregled CDH1
0 pregled 0 pregled 0 (0 ) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled ARRDC4
0
0 pregled 0 (0 ) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled PPARG
0
0 pregled 0 (0 ) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled lokusu CDKN2A
0
0 pregled 0 (0 ) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled TRAPPC2L
13 pregled, 11 pregled, 1 (8 )
2 (7) pregled, 7 (29) pregled, 1 (25)
16 (89) pregled DUSP6
26 pregled, 25 pregled, 3 (23 )
13 (45)
12 (50) pregled, 2 (50)
18 (100) pregled MLH1
20
18
7 (54 ) pregled, 6 (21) pregled, 9 (38) pregled, 1 (25) pregled, 17 (94) pregled RUNX3
5
1 pregled 0 (0 ) pregled, 1 (3) pregled 2 (8) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled PGA5
10 pregled, 14 pregled, 0 (0 ) pregled, 3 (10) pregled, 5 (21) pregled, 0 (0) pregled, 0 (0) pregled PGŽ
29 pregled, 18 pregled, 4 (31 ) pregled, 8 (28) pregled, 5 (21) pregled, 2 (50) pregled, 0 (0) pregled TFF1
11
1 * pregled 7 ( 54)
19 (66) * pregled 17 (71) *
3 (75)
0 (0)
TFF2 pregled
36 pregled, 26 Netlogu 4 (31)
11 (38) pregled, 8 (33) pregled, 3 (75)
13 (72)
MSLN
0 pregled 0
0 (0) pregled, 1 (3) pregled, 1 (4) pregled, 2 (50) pregled, 0 (0) pregled KRT6A
17 pregled, 16 pregled 3 (23) pregled, 3 (10) pregled, 3 (13) pregled, 1 (25) pregled, 5 (28) pregled želučanog raka su kategorizirani u osnovnim razini Loh (LOH-B) , niske razine LOH (LOH-L), na visokoj razini LOH (LOH-H) i mikrosatelitne nestabilnosti (MSI). Detalji su opisani u poglavlju Materijali i metode. Pregled * H. pylori pregled pozitivnih sluznice želuca i želučani karcinom uspoređeni su s H. pylori
-negativno želučane sluznice. Značajne razlike su određene korištenjem Fisherov egzaktni test (P izvoznici < 0,01).
Odnos prijelazno-CpG metilacije i udaljenost do najbliže retroelement vrednovan je H. pylori pregled -associated stopa overmethylation (Slika 3). U CpG-otočnih genima, H. pylori pregled -associated stopa overmethylation je veći jer je udaljenost od najbliže retroelement postao kraći. CpG-otok-nedostaje gene koji su pokazali da nema značajne metilacija razlika između H. pylori pregled pozitivnih i -negativno sluznice su metilirani bez obzira na udaljenost od najbliže retroelement.
Metilacije prijelazno-CpG stranicama uspoređena između želuca i koštane srži u smislu transkripcijske aktivnosti (Tablica 1 i Slika 4). Gen grupa CpG otok koji je slabo aktivan u želucu bio metiliran na H. pylori pregled -negativno i pozitivnih tkiva nego što je to u koštanoj srži. Od CpG-otoku-nedostaje TFF2 Netlogu i PGA5 pregled gena koji su najviše visoko izražene u želucu, srednja razina metilacije TFF2 pregled gena bila je niža nego u koštanoj srži (1,9) nego u H. pylori pregled -negativno (2.6, P pregled = 0,015) i pozitivnih sluznica (2,7, P pregled = 0,015). Srednja vrijednost metiliranjem PGA5 pregled gena je slično iz koštane srži (3.1) i H. pylori
-negativno (3.0) i pozitivnih sluznice (3.0). PGŽ pregled i pregled TFF1 geni želuca specifični, koji su vrlo slabo aktivni u sluznici želuca u usporedbi s genima dva master želuca specifična, su gusto metilirani u koštanoj srži (srednje razine metilacija, 4.3 i 4.8). Slika 4 Metilacija u koštanoj srži, a želučani nekancerozno i ​​kancerogena tkiva.

• Manje česte sluznice metastaze do stomach
• CD44 ali ne CD24 ekspresija je povezana s lošom prognozom u ne-cardia adenokarcinom želuca