Genetski in epigenetske spremembe v netrin-1 receptorjev pri raku želodca z kromosomske instability

genetskih in epigenetskih sprememb v netrin-1 receptorjev pri raku želodca s kromosomsko nestabilnost
Abstract
Ozadje
genskih izrazov netrin-1 odvisnosti receptorjev , DCC
in UNC5C
, so pogosto navzdol reguliranih v mnogih raka. Domnevali smo, da je downregulation DCC in UNC5C pomembno rast regulatorno funkcijo v želodcu tumorigeneze.
Rezultati
V tej študiji vrsto genetsko in epigenetsko analize za DCC
in UNC5C
so bile izvedene v japonska kohorte 98 sporadičnih želodca raka in ustreznih normalnih želodčne sluznice osebkov. Izguba heterozigotnosti (LOH) analize in je bil uporabljen mikrosatelitno nestabilnost analiza (MSI) določiti kromosomsko nestabilnost (CIN) in MSI fenotipi, oz. Več kot 5% metilacije v DCC
in UNC5C
promotorji so našli v 45% (44/98) in 32% (31/98) želodčni rak, v tem zaporedju, in 9% (9/105) in 5% (5/105) normalna sluznica želodca oz. Na splošno, 70% (58 od 83 informativnih primerov) in 51% (40 od ​​79 informativnih primerov) iz želodca raka v pristaniščih bodisi loh ali zmotne metilacije v DCC
in UNC5C
genov oz. Skupno je 77% (51 od 66 informativnih primerov) iz želodca raka je pokazala kumulativne napake na teh dveh odvisnosti receptorje in so bistveno povezana s kromosomsko nestabilnost. Oba DCC in UNC5C so inaktiviran z 97% CIN-pozitivnih želodčnih raka in 55% CIN-negativnih želodčnega raka.
Sklepe
pomanjkljivosti v netrin receptorjev je skupna značilnost v želodcu raka. DCC
spremembe so očitno v zgodnjih fazah, in UNC5C
spremembe stopnjujejo z napredovanjem bolezni, kar pomeni, da je kumulativni spremembe v netrin-1 receptorjev pozno dogodek v želodcu napredovanje raka, in poudarja pomen tega rast regulativni pot želodčnega rakotvornost.
Ključne besede
rak želodca metilacije kromosomska nestabilnost DCC
UNC5C
netrin-1 receptorje Ozadje
globalnih ocen incidence raka ranga raka želodca kot četrti najpogostejši malignosti in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka na svetu [1]. Rak želodca je heterogena bolezen s številnimi okoljskimi etiologij in alternativnih poti rakotvornosti [2, 3]. Eden od glavnih etiološki dejavniki tveganja za raka želodca je Helicobacter pylori
(H. pylori
) okužbe. Prejšnja poročila navedel stopnjo okužbe 93,1-100% za H. pylori
pri bolnikih z rakom želodca, medtem ko je le 1,2-2,8% ljudi, okuženih s H. pylori
razvoj raka želodca [4-7].
Sedanje znanje o molekularnih mehanizmov, povezanih z želodčnim rakotvornost kaže eno veliko epigenetsko nestabilnosti poti in dva velika genska nestabilnost poti [8]. Glavni epigenetsko nestabilnost pot je opredeljena kot CpG otok methylator fenotipa (CIMP), ki je bila prvotno, opisanim v kolorektalnega raka in tudi opazili v podskupini želodčnega raka in ki pristaniščih kritično stopnjo odklonskega promotorja hypermethylation povezano z transkripcijske utišanje multiple tumorja zaviralni geni [9, 10]. Dva glavna genska nestabilnost poti vključujejo mikrosatelitnega nestabilnost (MSI) in kromosomsko nestabilnost (CIN) [8]. MSI je opredeljena kot prisotnost napak podvajanja v enostavnih ponavljajočih mikrosatelitnih zaporedij neusklajenost popravilo (MMR) pomanjkljivosti povzročajo. Ena je Lynch sindrom, ki ga reproduktivnih mutacij, povzročenih v MMR genov, drugi pa občasno MSI predvsem posledica promotorja hypermethylation v MLH1
gena [10, 11]. Po drugi strani, CIN, ki je označena z kromosomskih sprememb, bodisi kvalitativno in kvantitativno, je bolj pogosta pot, ki lahko obsegajo clinicopathologically in molekularno heterogenih tumorji [8].
Cancer Genome Atlas raziskovalna mreža nedavno razdeljen želodčnih raka na štiri podtipe [12]. Tumorji so prvič razvrščene z virusom Epstein-Barr (EBV) -positivity (9%), nato pa z MSI-visok položaj, v nadaljevanju so bile MSI-pozitivne (22%), preostalih tumorji razvrščene po stopnji aneuploidija na tiste, imenovano genomically stabilen (20%) in ki kažejo CIN (50%). so bili znani EBV-pozitiven raka, kot tudi MSI-pozitivnih raka, da bi združil vsaka sama, kaže skrajno CIMP. Razlike med EBV-CIMP in MSI-povezanih želodca-CIMP metilacijskih profili so ponazorjene z dejstvom, da vsi EBV-pozitivni tumorji testirani vidna CDKN2A
(p16INK4A
) promotor hypermethylation vendar manjkalo MLH1
hypermethylation značilnost MSI povezano CIMP.
glede CIN značilna spremembe števila kopij v kromosomih, Deng et al. Rabljeni visoke ločljivosti genomsko analizo na profil somatskih število kopija spremembe v senatu 233 želodčnega raka (primarni tumorji in celičnih linij) in 98 izravnanih želodcu ni malignih tkivih. Glede širših kromosomskih regijah, najbolj pogosto pomnoženo regijo vključeni kromosome 1Q, 5P, 6P, 7P, 7q, 8q, 13q, 19p, 20p in 20q in najpogosteje črta regije vključijo kromosomov 3p, 4p, 4Q, 5q, 6Q , 9p, 14q, 18q, in 21q [13].
Pogosto izbrisane kromosomske regije je ponavadi značilna izguba heterozigotnosti (LOH) in kažejo na prisotnost zaviralnih genov [14, 15]. LOH na kromosomu 18q21 se nahaja v 30-71% želodca raka [13, 16-18], in DPC4
(Smad4
) /DCC
so domnevali, da so glavni cilji. DPC4
(Smad4
), poka gen tumor, kaže pogoste mutacije z LOH skupaj v približno 20% trebušne slinavke raka [19], vendar ne mutacije so poročali v želodčnih raka [20]. V nasprotju s tem pa so se nekaj raziskav osredotoča na DCC
genskih sprememb, in njegov genski /epigenetsko stanje še vedno skoraj neraziskana raka želodca, deloma zaradi dolžine in zahtevnosti tega gena [21]. Zanimivo je, da so nedavne raziskave so pokazale, da DCC kot UNC5C služijo kot odvisnost receptorji za netrin-1, tako povečujejo njihovo morebitno vlogo tumorjev-dušilne člene pri človeških rakih [22-25].
DCC receptorje so porazdeljene po dolžini od epitela v črevesju, ker netrin-1 je različno izražena, tvori gradient v prebavnem traktu [24]. Visoka koncentracija netrin-1 je prisoten na dnu kripta kjer izvornih celic in prehodno pomnoževanje celic bivajo. Nasprotno pa obstaja nizka koncentracija netrin-1 na konici resic, kjer so mnoge celice doživlja apoptoze in sloughing-off. Ta netrin-1 gradient je bil podrobneje proučiti uporabo transgenih miši, da ugotovi, če je netrin-1 pristojen za urejanje DCC-inducirano apoptozo v črevesnem epiteliju [24]. Študija, ki jo Mazelin et al. je pokazala, da netrin-1 čezmernim povzročila zmanjšanje črevesne smrti epitelijskega, medtem ko je bilo opaziti v rast in diferenciacijo celic ne poveča. Nasprotno, Razstavljal netrin-1-mutant novorojenčka miši povečano celično smrt. Skupaj ti podatki potrjujejo koncept, ki netrin-1 regulira apoptozo preko DCC odvisnost receptor v črevesju. Vendar netrin-1 je malo verjetno, da bo neposredna regulator črevesne homeostaze, glede na to, da je normalno epitelijskih organizacija, ki jo netrin-1 prekomerno [24] ni moten.
Podobno DCC receptorje, drugi netrin-1 receptorjev, vključno UNC5A, UNC5B in UNC5C, so odkrili tudi domnevne zaviralnih genov v različnih tumorjev, vključno z rakom želodca [26, 27]. Še posebej je bila opažena dvojni downregulation od UNC5C izraza v primerjavi z ustreznimi normalnih tkivih pri približno 70% primerov želodčnega raka [26]. To območje leži na 4q21-23, ki je pogosto mesto izbrisa raka želodca in je povezana z epigensko genske inaktivacijo, kot promotorja metilacije [26-28].
V tej študiji, smo predpostavili, da downregulation DCC in UNC5C igra pomembno rast regulatorno funkcijo v želodcu tumorigeneze, ki smo ga rešiti z preiskuje ploščo želodčnih raka celičnih linij in kliničnih vzorcev bolnikov z rakom želodca. Tukaj, smo poročajo, da je večina želodca raka pokaže izgubo obeh netrin-1 receptorjev. Ponujamo tudi podatke, ki kažejo, da je inaktivacijo teh receptorjev posredovana preko obeh genetskih in epigenetskih mehanizmov. Kumulativni napak v teh dveh odvisnosti receptorji so značilno povezane s CIN fenotipa, ki poudarja pomen teh novih ugotovitev in ta rast zakonodajno pot v želodcu rakotvornost.
Rezultati
Značilnosti bolnikov z rakom želodca
Od 98 rakom želodca bolnikov je bilo 34 bolnikov, ženske (35%) in 48 tumorji so patološko diagnozo različno (49%) (tabela 1). Glede na stopnjo TNM, 18, 29, 37, in 14 bolnikov z rakom želodca so bili razvrščeni v fazi I, II, III in IV, v tem zaporedju. Z tumorskih genetskih analiz, je bilo 13 želodčni rak opredeliti kot prikazovanje mikrosatelitnega nestabilnost (MSI, 13%). povprečno razmerje LOH tumorjev 98 je bila 0,24 (standardni odklon (SD), ± 0,3) .table 1 Značilnosti bolnikov z želodčnim rakom
karakterističen
Odstotek (št)
Starost
Povprečna starost (SD)
65,1 (11,8)
Spol
Moški
35 (34)
Moški
65 (64)
Histologija
Diff
49 (48)
Undiff
51 (50)
Stage
IA /IB
18 (18)
IIA /IIB
30 (29)
IIIA /IIIB /IIIC
38 (37)
IV
14 (14)
T
T1A /1b
14 (14)
T2
14 (14 )
T3
28 (27)
T4A /4b
44 (43)
N
N0
27 (26)
N1
35 (34 )
N2
24 (24)
N3
14 (14)
Distant metastaze
Negativni
86 (84)
Pozitivni
14 (14)
MSI
MSI
13 (13)
Non-MSI
87 (85)
LOH Ratio
povprečnim razmerjem (SD)
0,24 (0,3 )
CIN
pozitivno
51 (50)
Negativni
47 (46)
Not informativnega
2 (2)
KRAS
Mutant
5 (5)
Wild
95 (93)
BRAF
Mutant
0 (0)
Wild
100 (98)
PIK3CA
Mutant
4 (3)
Wild
96 (94)
H.pyroli
pozitivno
71 (70)
Negative
29 (28)
CIN fenotip bil kategoriziran z izračunom razmerja LOH informativnih označevalcev sedmih polimorfnih mikrosatelitni sekvenc, neodvisno od 4-kvadrantnem in 18q lokusov. Ko tumor pokazala razmerje LOH višje od 0, je tumor kategoriziran kot CIN-pozitivna. Po tem kriteriju, je bilo 50/98 tumorji (51%), razvrščene kot CIN-pozitivna.
Direct zaporedje želodčnih osebkov raka pokazala delež KRAS
, BRAF
in PIK3CA
mutacij (Tabela 1). Mutacije so odkrili pri KRAS
kodon 12 (5%, N
= 5/98) in kodonsko 13 (1%, N
= 1/98); BRAF
kodon 600 (0%, N
= 0/98); PIK3CA
kodon 545 (1%, N
= 1/98); in kodon 1047 (3%, N =
3/98). KRAS
kodon 12 mutacije sestavljalo G12D (35G na A, N
= 4) in G12R (34g do C, N
= 1), in kodonsko 13 mutacije vključeni G13D (38g je A N
= 1). Zanimivo je, da ena tumor prikaže tako KRAS
kodon 12 in 13 mutacij (Dodatni datotek 1: Slika S1A). PIK3CA
ekson 9 mutacije sestavljajo E545K (1633G na A, N
= 1), medtem ko je ekson 20 mutacije sestavljajo H1047R (3140A G, N
= 3). Poleg tega smo ugotovili stanje okužbe z bakterijo H. pylori
z izterjavo tega cagA
genotip (Dodatni datotek 1: Slika S1B). S pomočjo te analize, bi lahko izterja cagA
zaporedje od 70 želodčnega tkiva raka (71%). Stanje
metilacija DCC
v želodcu vzorcih raka in povezave z clinicopathological funkcijami
smo preiskanih DCC
stanje metilacije v 98 želodca raka in 105 običajnih želodčne sluznice osebkov. Lokacija DCC
gena in rezultati odbora reprezentativnega kombiniranega bisulfita omejitev analize (COBRA) so prikazani na sliki. 1a-b; Ti rezultati so bili analizirani kot zveznih spremenljivk (sl. 1c). Ugotovili smo, da 56/98 želodčni rak (57%) in 31/105 normalne želodčne sluznice osebki (29,5%) prikazani več kot 1,0% metilacije v DCC
promotorja. Raven srednja metilacija je 18,3% [95% interval zaupanja (CI), 14,5-22,2%] pri želodčnih rakavih tkiv, ki so prikazane kot 1,0% metilacije v DCC
promotorja in 4,9% (95% CI, 3,3-6,5% ) v ustreznih normalnih želodčne sluznice osebke, ki so prikazane kot 1,0% metilacije (P
< 0,0001, Wilcoxonov /Kruskal-Wallis testu;. Slika 1c-d). Zato smo določili DCC
metilacije 5% ali več kot neprekinjen spremenljivko (tj > 5,0% metilacija je bil opredeljen kot metilacija pozitivni (methylated) in < 5,0% metilacije kot metilacije-negativno (nemetiliran)) . Z uporabo tega kriterija, smo opazili DCC
metiliranih primere 44/98 želodčnih raka (45%) in v 9/105 normalno želodčne sluznice (9%). Fig. 1 DCC
promotor metilacija in 18q LOH analize. (A) Shematski prikaz lokacije treh loh sond in DCC
promotor gena regijah na kromosomu 18. rdeče črte
pomeni DCC
gen. Gray
in črne kvadratov
predstavljajo regije neprevedene in kodiranje EXON 1, v tem zaporedju; puščice na kvadrate
kažejo transkripcijske izhodiščnih območij; navpične črte
kažejo CpG mest; beli diamanti
zastopajo restrikcijska mesta za HhaI; debele vodoravne črte
prikazujejo lokacije COBRA izdelkov; puščice na debele vodoravne črte
označuje COBRA začetnih oligonukleotidov. (B) Reprezentativni rezultati COBRA DCC. Puščice
kažejo metiliranih alela; M
pomeni metilacije; U
pomeni unmethylation; Mc
označuje metiliran nadzor; SM
pomeni oznako velikosti. (c) Rezultati DCC
metilacije kot neprekinjen spremenljivko. V diagramih na polje parceli, vodoravna črta
v vsako polje predstavlja mediano, meje
vsakega polja predstavljajo interkvartilnimi razponi, in brki
so najvišje in najnižje vrednosti. Vsak zelena bar
predstavlja srednjo vrednost. NM
pomeni normalno sluznico. T
pomeni tumor. (D) pogostost metilacije-pozitivnosti raka in normalnih tkiv po različnih pragov. (E) DCC
nivoji mRNA izraz in status metilacije v 10 želodčnih raka celičnih linij ter celična linija humanega pljučnega fibroblastni. DCC
mRNA izraz je opaziti (nižji ΔCT) v GCIY in NHLH celičnih linij. DW pomeni destilirano vodo
Nato smo raziskovali povezavo med DCC
promotorja metilacije in različnih clinicopathological in genetskih značilnosti. DCC
stanje metilacija je bistveno povezan s statusom MSI. MSI-pozitivnih želodčni rak so značilno pogosteje povezana z DCC
metilacije kot pri DCC
unmethylation (23 v primerjavi s 6%, P
= 0,013; tabela 2). Ni bilo pomembnih vezi med DCC
metilacijskega statusa in vseh drugih variables.Table 2 pridružitvi med epigenetske /genskih sprememb gena DCC in clinicopathological funkcij v želodcu raka
DCC
metilacije statusnih% ( Ne)
18q LOH statusnih% (Ne)
DCC
Sprememba statusnih% (Ne)
Unmethylation
metilacije
P
Ne informativne
Negative
pozitivno
P
Ni informativne
Negativno
Pozitivna
Positive
P
Skupaj
metilacije sam

sam LOH
Tako
(n
= 54)
(n
= 44)
(n
= 15)
(n
= 47)
(n
= 36)
(n
= 15)

(n
= 25)
(n
= 58)
(n
= 22)
(n
= 19 )
(n
= 17)
Starost
Povprečna starost (SD)
63.6 (12.5)
67,0 (10,7)
0.48a
68,9 (11,4)
64,8 (11,4)
63,9 (12,4)
0.76a
68,9 (11,4)
63,5 (12,9)
64,8 (11,3)
66,3 (9.5)
60,7 (12,7)
67,4 (11,4)
0.98a
Spol
Moški
39 (21)
30 (13)
0.33b
40 (6)
38 (18)
28 (10)
0.32b
40 (6)
44 (11)
29 (17)
32 (7)
32 (6)
24 (4)
0.19b
Moški
61 (23)
70 (31)
60 (9)
62 (29)
72 (26)
60 (9)
56 (14)
71 (41)
68 (15)
68 (13)
76 (13)
histologijo
Diff
41 (22)
59 (26)
0.071b
47 (7)
55 (26)
42 (15 )
0.22b
47 (7)
52 (13)
48 (28)
59 (13)
32 (6)
53 (9)
076b
Undiff
59 (32)
41 (18)
53 (8)
45 (21)
58 (21)
53 (8)
48 (12)
52 (30)
41 (9)
68 (13)
47 (8)
Stage
IA /IB
20 (11)
16 (7)
0.83b
13 (2)
19 (9)
19 (7)
0.15b
13 (2)
24 ( 6)
17 (10)
14 (3)
21 (4)
18 (3)
0.70b
IIA /IIB
26 (14)
34 (15)
27 (4)
30 (14)
31 (11)
27 (4)
24 (6)
33 (19)
36 (8)
32 (6)
29 (5)
IIIA /IIIB /IIC
39 (21)
36 (16)
53 (8)
43 (20)
25 (9)
53 (8)
40 (10)
33 (19)
45 (10)
26 (5)
24 (4)
IV
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
T
T1A /1b
15 (8 )
14 (6)
0.24b
7 (1)
17 (8)
14 (5)
0.94b
7 (1)
16 (4)
16 (9)
18 (4)
21 (4)
6 (1)
0.54b
T2
13 (7)
16 (7)
13 (2)
15 (7)
14 (5)
13 (2)
16 (4)
14 (8)
14 (3)
11 (2)
18 (3)
T3
20 (11)
36 (16)
33 (5)
28 (13)
25 (9)
33 (5)
16 (4)
31 (18)
41 (9)
16 (3)
35 (6)
T4A /b
52 (28)
34 (15)
47 (7)
40 (19)
47 (17)
47 (7)
52 (13)
40 (23)
27 (6)
53 (10)
41 (7)
N
N0
30 (16)
23 (10)
0.66b
20 (3)
28 (13)
28 (10)
0.29b
20 (3)
32 (8)
26 (15)
23 (5)
32 (6)
24 (4)
0.19b
N1
37 (20)
32 (14)
47 (7)
38 (18)
25 (9)
47 (7)
44 (11)
28 (16)
32 (7)
26 (5)
24 (4)
N2
20 (11)
30 (13)
20 (3)
26 (12)
25 (9 )
20 (3)
20 (5)
28 (16)
32 (7)
21 (4)
29 (5)
N3
13 (7)
16 (7)
13 (2)
9 (4)
22 (8)
13 (2)
4 (1)
19 (11)
14 (3)
21 (4)
24 (4)
Distant metastaze
Negative
85 (46)
86 (38)
0.87b
93 (14)
91 (43)
75 (27)
0.041b
93 (14)
88 (22)
83 (48)
95 (21)
79 (15)
71 (12)
0.55b
Positive
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
MSI stanje
MSI
6 (3)
23 (10)
0.013b ​​
33 (5)
9 (4)
11 (4)
0.69b
33 (5)
4 (1)
12 (7)
14 (3)
0 (0)
24 ( 4)
0.25b
Non-MSI
94 (51)
77 (34)
67 (10)
91 (43)
89 (32)
67 (10)
96 (24)
88 (51)
86 (19)
100 (19)
76 (13)
razmerje LOH
Povprečno razmerje (SD)
0,23 (0,30)
0,26 (0,31)
0.55a
0,22 (0,29)
0,10 (0,15)
0,44 (0,36)
< 0.0001a
0,22 (0,29)
0,05 (0,10)
0,33 (0,33)
0,16 (0,18)
0,44 (0,34)
0,44 (0,39)
< 0.0001a
CIN *
Positive
46 (25)
57 (25)
0.39b
47 (7)
38 (18)
74 (25)
0.0017b
47 (7)
24 (6)
66 (37)
55 (12)
76 (13)
71 (12)
0.0005b
Negativni
54 (27)
43 (19)
53 (8)
62 (29)
26 (9)
53 (8)
76 (19)
34 (19)
45 (10)
24 (4)
29 (5)
KRAS
/BRAF
/PIK3CA

Mutant
6 (3)
11 (5)
0.30b
27 (4)
6 (3)
3 (1)
0.45b
27 (4)
4 (1)
5 (3)
9 (2)
5 (1)
0 (0)
0.82b
Wild
94 (51)
89 (38)
73 (11)
94 (44)
97 (35)
73 (11)
96 (24)
95 (55)
91 (20)
95 (18)
100 (17)
H.pyroli
Positive
72 (39)
70 (31)
0.85b
80 (12)
66 (31)
75 (27)
0.37b
80 (12)
60 (15)
74 (43 )
73 (16)
79 (15)
71 (12)
0.20b
Negativni
28 (15)
30 (13)
20 ( 3)
34 (16)
25 (9)
20 (3)
40 (10)
26 (15)
27 (6)
21 (4 )
29 (5)
* Dva primera niso informativni status CIN
bilo P
vrednost, izračunana med unmethylation in metilacije, 18qLOH negativne in pozitivne, in DCC sprememba negativni in pozitivni (skupaj) ki jih je bilo Wilcoxonov /Kruskal-Wallis preizkus
vrednosti b P izračuna med unmethylation in metilacije, 18qLOH negativni in pozitivni ter DCC spremembe negativni in pozitivni (skupaj), ki ga Piason je hi-kvadrat testa
LOH za 18q locus povezana s CIN fenotipa na raka želodca
Med informativnimi primerih frekvence 18q LOH na vsakem mikrosatelitnih označevalec bili 14/41 (24%) na D18S35, 17/55 (31%) na D18S69 in 21/58 (36 %) pri D18S58 (lokacijo vsakega izdelovalca je prikazano na sliki. 1a). Tumorji, ki kažejo LOH na vse tri, dva, in le eden od treh mikrosatelitskih označevalcev bili 4 (4,8%), 9 (11%) in 23 (28%) 83 informativnih primerov med 98 primarnih želodca raka oz. Tumorji, ki kažejo loh v vsaj enem od treh mikrosatelitskih označevalcev za 18q LOH so kategorizirane kot 18q LOH-pozitiven. S tem merilom, so odkrili 18q LOH pozitivni raka pri 36 (43%), 83 informativnih primerov med 98 osnovnih želodčnega raka (tabela 2).
Podobno DCC
metilacijskega statusa, smo raziskovali povezav med 18q LOH stanje in različne clinicopathological in genetskih značilnosti. Med informativnimi primerih, je bila pogostnost raka želodca z oddaljenimi zasevki višje v 18q želodcu raka Loh-pozitivnih v primerjavi s 18q Loh-negativne raka (25 v primerjavi z 9%, P
= 0,041; tabela 2). Razmerja loh izračunani za ostalih sedem lokusov so bile precej višje za 18q LOH pozitivni kot pri 18q Loh-negativnimi tumorji (0,44 v primerjavi z 0,10, P
< .0001; tabela 2). V skladu s temi rezultati, ko tumor pokazali razmerje LOH višje od 0, je tumor kategoriziran kot CIN-pozitivna. Poleg tega, CIN pozitivni želodčni rak, ki so bili prav tako 18q LOH pozitivni so bili precej bolj bogat kot tisti, ki so bili 18q LOH negativni (74 vs. 38%, P
= 0,0017; tabela 2). Prejšnje študije so pokazale, da je 18q izguba pogosto opazili pri debelega raka, in kako pogosto je povezana z CIN fenotipa, ampak obratno povezana z MSI fenotipa [29, 30]. Kot je pokazala naša raziskava, druga študija, je ta pojav povzeta tudi za zdravljenje želodčnih raka [18].
Stanje Izražanje in metilacija DCC
v želodcu raka celičnih linijah
Za oceno povezave med DCC
statusom ekspresije in epigenetske spremembe v DCC
gena, smo pregledali messenger RNA (mRNA) ravneh z reverzno transkripcijo kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo (RT-qPCR) z uporabo premaz predhodno nastavljeno opisane [31] in preučiti povezave med DCC
izražanja in stanje metilacije CpG v DCC
promotorja regiji v 10 želodčnih raka celičnih linijah (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2, NUGC-3, NUGC-4, GCIY, OGUM-1, in MKN1) in eno normalno pljučnega fibroblastne celične linije (NHLF). Vse celične linije, razen MKN74, GCIY, OGUM-1, MKN1 in NHLF celic pokazala zmanjšano ekspresijo DCC
genskih transkriptov, in njihovi promotorji so bile metiliramo (Sl. 1E). Po drugi strani pa, čeprav treh celičnih linij, N87, OGUM-1, in MKN1 pokazala zmanjšano ekspresijo DCC
genskih transkriptov, DCC
promotorji v teh celicah ni bilo metiliramo z COBRA. Med 10 želodčnega raka celičnih linij, le celična linija GCIY izražena DCC
transkriptov na enaki ravni kot NHLF celicah, vendar promotor je metilirana. Ko smo razvrščeni celične linije, ki prikazuje aΔC T več kot 15,0 kot DCC
izražanja-negativna in celične linije z aΔC T od 15,0 ali manj, kot DCC
izražanja-pozitiven, samo GCIY celične linije se lahko opredeli kot DCC
izražanja-pozitivnim med sedem želodca linij rakavih celic z DCC
metilacije; Ta ugotovitev je bila statistično nepomembne.
Zmanjšanje DCC izražanja zahteva tako genetskih in epigenetskih adaptacije
Naprej, smo raziskovali povezavo med DCC beljakovin izražanja in genetskih in epigenetskih sprememb v DCC
gena v 86 rakom želodca osebki. Reprezentativni primeri imunohistokemijo zadetkov (IHK) barvanje so prikazani na sl. 2a-c. kategorizirane smo tumorje v naslednje tri skupine, ki temeljijo na rezultatih IHC analiziranih kot kategorične spremenljivke: popolna izguba DCC izražanja (. 8 primerov, 9%; slika 2a), osrednja izguba DCC izražanja (38 primerov, 44%; sl. 2b) in pozitivni DCC protein izraz (40 primerov, 47%;. slika 2c). Med 86 želodčnih rakov, 46 primerih (53%) Prikazani zmanjša DCC izraz. Prejšnja študija je poročala, da je bila zmanjšana DCC izraz opazili pri skupno 38% želodca raka in stopnja T1-T2 tumorji ohraniti pozitivno DCC izraz, medtem ko je bila ukinjena leta T3 tumorjih [32]. Ta ugotovitev je bila tudi ponoviti v tej študiji (Dodatni datotek 2: Slika S2). Fig. 2 DCC
promotor metilacija in imunohistokemija analize. Analiza imunohistokemija za DCC
(a-c). Jeder tumorskih celic povsem negativno (a) focally negativno (b) in pozitivno (c) obarvajo. (D) Zveza med epigenetske /genetskim spreminjanjem in DCC
izražanja
Naprej, smo preučili povezavo med genetskih in epigenetskih sprememb in status ekspresije DCC. Sedem od 8 primerov s popolno izgubo, 33 od 38 primerov z goriščno izgubo, in 34 od 40 primerov s pozitivnim DCC izražanja so informativne narave tako za DCC
promotor metilacije in 18q LOH. Ugotovili smo, da med raka s popolno izgubo DCC izražanja, 5/7 raka (71%) je pokazala tako DCC
promotor metilacijo in 18q loh. V nasprotju s tem, 8/33 raka (24%) je pokazala goriščno izgubo DCC izražanja in tako metilacije in LOH, 5/33 raka (15%) je pokazala LOH sam in 12/33 rak (36%) prikaže metilacije sam. Med rakov, ki so bili pozitivni za DCC izražanja, le 2/34 raka (6%) je pokazala tako metilacije in LOH, 13/34 (38%) raka loh sam in 8/34 raka (24%) metilacije sam (rak, ki prikazuje tako DCC
metilacija in 18q LOH v primerjavi z drugimi, P
= 0.0048, Pearsonov hi-kvadrat test;. slika 2d). Naši podatki kažejo, da zmanjšanje DCC izražanja zahteva gosto metilacije v promotorja CpGs in LOH v 18q lokusu, v skladu s teorijo dveh zadetkov [33].
Pridružitvi med clinicopathological lastnosti in genetskih /epigenetskih sprememb v DCC
želodčnega raka
Ker sta oba epigenetske in genetske spremembe bistvenega pomena za DCC zatiranje, smo raziskovali odnos med epigenetske in genskih sprememb v DCC
gena z različnimi clinicopathological funkcije. 98 želodčnih rakov, 15 raka v kategorijo ne-informativne, je bilo 25 primerov raka opredeljena kot negativna DCC
sprememb, in 58 raka so kategorizirane kot pozitiven za DCC
sprememb. Med clinicopathological funkcije, LOH razmerje in CIN distribucija fenotip med raka negativnimi in pozitivnimi za DCC
sprememb (tabela 2) bistveno razlikovala.
Med 58 rakov z DCC
sprememb, 17 tumorji so pokazale spremembe v obeh DCC
metilacija in 18q LOH, 19 je bilo 18q loh sam, in 22 vrst raka razstavljene DCC
metilacije sam. Razmerje LOH izračuna za drugo sedem lokusov je bila bistveno najvišja v želodcu raka z obema DCC
metilacije in LOH 18q (LOH razmerje med povprečno, 0,44; SD ± 0,39) in raka s samo 18q LOH (srednja LOH razmerje, 0,44; SD ± 0,34), vmesni primerov raka s samo DCC
metilacije (srednja LOH razmerje 0,16; SD ± 0,18), najnižja pa v raka negativen DCC
sprememb (srednja LOH razmerje, 0,05; SD ± 0,10; P
< 0,0001, Wilcoxonov /Kruskal-Wallis test). Fig. Fig. Vsi avtorji prebrali in potrdil končni rokopis.

• Družinsko anamnezo raka in gastroezofagealne težave in nevarnosti, požiralnika in želodca adenokarcinome: študija primerov in kontrol
• Double-arc merilno modulirane terapija izboljšuje odmerek distribucijo v primerjavi s statično portalni IMRT in 3D konformnega radioterapijo za adjuvantno zdravljenje raka želodca