Geneettinen ja epigeneettiset korjauksilla netrin-1 reseptoreihin mahasyövän kanssa kromosomi epävakaus

Geneettinen ja epigeneettiset korjauksilla netrin-1 reseptoreihin mahasyövän kanssa kromosomi epävakauden
tiivistelmä
tausta
geeni ilmaisuja netrin-1 riippuvuus reseptoreihin, DCC
ja UNC5C
, usein vaimentua vuonna moniin syöpiin. Oletimme, että downregulation DCC ja UNC5C on tärkeä kasvua sääntelytehtävä mahalaukun kasvaimien syntyyn.
Tulokset
Tässä tutkimuksessa, sarja geneettisen ja epigeneettiset analyysit DCC
ja UNC5C
tehtiin on japanilainen kohortin 98 satunnaista syöpien ja vastaava normaali mahan limakalvoa yksilöitä. Heterotsygoottisuuden menetys (LOH) analyysit ja mikrosatelliitti epävakaus (MSI) analyysi: ää käytettiin määrittämään kromosomaalinen epävakaus (CIN) ja MSI fenotyyppejä, vastaavasti. Yli 5% metylaatio DCC
ja UNC5C
promoottorit todettiin 45% (44/98) ja 32% (31/98) syöpien, vastaavasti, ja 9% (9/105) ja 5% (5/105) normaali mahan limakalvon, vastaavasti. Kaiken kaikkiaan 70% (58 83 informatiivinen tapausta) ja 51% (40 79 informatiivinen tapauksista) mahasyövistä kanna joko LOH tai poikkeava metylaatio DCC
ja UNC5C
geenejä, tässä järjestyksessä. Kaikkiaan 77% (51 66 informatiivinen tapauksista) mahasyövistä osoitti kumulatiivinen puutteita näissä kahdessa riippuvuutta reseptoreihin ja olivat merkitsevästi yhteydessä kromosomi epävakautta. Sekä DCC ja UNC5C inaktivoitiin 97% CIN-positiivisten syöpien ja 55% CIN-negatiivisten mahasyövistä.
Johtopäätökset
Vika netrin reseptorit on yhteinen piirre syöpien. DCC
muutokset ovat ilmeisiä alkuvaiheessa, ja UNC5C
muutoksia kärjistyä kanssa taudin etenemiseen, mikä viittaa siihen, että kumulatiivinen korjauksilla netrin-1-reseptoreihin oli myöhässä tapahtuma mahalaukun syövän etenemisessä ja korostetaan tämän kasvusäätelygeenien väylän mahasyövän.
avainsanat
mahasyöpää metylointi Kromosomi epävakaus DCC
UNC5C
Netrin-1-reseptoreihin Tausta
Global arvioita syövän esiintyvyys listalla mahasyövän neljänneksi yleisin maligniteetti ja toiseksi yleisin syy syöpään liittyvien kuolemien maailmanlaajuisesti [1]. Mahalaukun syöpä on heterogeeninen sairaus, jossa on useita ympäristön etiologies ja vaihtoehtoisia väyliä syövän [2, 3]. Yksi tärkeimmistä etiologisena riskitekijät mahasyövän on Helicobacter pylori
(H. pylori
) infektio. Aiemmat raportit osoittivat 93,1-100% infektio korko helikobakteeri
potilailla mahalaukun syövän, kun taas vain 1,2-2,8% ihmisistä tartunnan helikobakteeri
kehittää mahasyöpä [4-7].
Nykyinen tietämys molekyylitason mekanismeista mahasyövän osoittaa yhden suuren epigeneettisellä epävakautta koulutusjakson ja kaksi suurta geneettinen epävakaus reittejä [8]. Suurimmat epigeneettisellä epävakaus -systeemi määritellään CpG-saarekkeen methylator fenotyyppi (CIMP), joka alun perin kuvattu peräsuolen syövän ja myös havaittiin osajoukko syöpien ja joka satamat kriittinen verran poikkeava promoottori hypermetylaation liittyy transkription hiljentäminen useita kasvain synnyssä [9, 10]. Kaksi suurta geneettinen epävakaus toteutustapoihin kuuluvat mikrosatelliittien epävakaus (MSI) ja kromosomi epävakaus (CIN) [8]. MSI määritellään läsnäolo replikaation virheiden yksinkertainen toistuvia microsatellite sekvenssit aiheuttama epäsuhta korjaus (MMR) puutteet. Yksi on Lynch oireyhtymä aiheuttama ituradan mutaatioista MMR geenien ja toinen on satunnaista MSI johtuu pääasiassa promoottori hypermetylaation on MLH1
geeniä [10, 11]. Toisaalta, CIN, jolle on ominaista kromosomi muutokset-joko laadullinen tai määrällinen-on yleisempää polku, joka voi käsittää clinicopathologically ja molecularly heterogeeninen kasvaimissa [8].
Cancer Genome Atlas Research Network äskettäin jaettu mahasyövistä osaksi neljä alatyyppiä [12]. Kasvaimet ensin luokiteltu Epstein-Barrin virus (EBV) -positivity (9%), sitten MSI-korkea asema, jäljempänä MSI-positiivisten (22%), ja loput kasvaimia mukaan luokitelluista Aneuploidian noihin kutsutaan genomisesti vakaana (20%), tai joilla CIN (50%). EBV-positiiviset syövät sekä MSI-positiivisten syöpiä tiedettiin klusterin kukin omalla, näytteille äärimmäinen CIMP. Erot EBV-CIMP ja MSI liittyvä mahan-CIMP metylaatio profiilit ovat esimerkkeinä siitä, että kaikki EBV-positiiviset kasvaimet analysoitiin näytetään CDKN2A
(p16INK4A
) promoottori hypermetylaatio, mutta puuttui MLH1
hypermetylaation ominaisuus MSI-liittyvä CIMP.
osalta CIN ominaista kopioluvun muutoksia kromosomeissa, Deng et al. käytetyt korkean resoluution genomista analyysiä profiloida somaattisten kopioluvun muutoksia paneelin 233 syöpien (ensisijainen kasvaimia ja solulinjat) ja 98 sovitetun mahalaukun hyvänlaatuisen kudoksissa. Mitä laaja kromosomialueita, useimmin monistettu alue mukana kromosomien 1Q, 5p, 6p, 7p, 7q, 8q, 13q, 19p, 20p ja 20q, ja useimmin poistetut alueet mukana kromosomien 3p, 4p, 4q, 5q, 6Q , 9p, 14 q, 18q, ja 21 q [13].
Usein poistettu kromosomi-alueet ovat yleensä ominaista heterotsygoottisuuden menetys (LOH) ja ehdottaa läsnäolo tuumorisuppressorigeeneille [14, 15]. LOH kromosomissa 18q21 löytyy 30-71% mahasyövistä [13, 16-18], ja DPC4
(Smad4
) /DCC
on arveltu olevan pääkohteita. DPC4
(Smad4
), kasvainsuppressorigeenin, esiintyy usein mutaatioita mukana LOH noin 20% haiman syövistä [19], mutta ei mutaatioita on raportoitu syöpien [20]. Sen sijaan harvat tutkimukset ovat keskittyneet DCC
geenin muutoksia, ja sen geneettinen /epigeneettiset on edelleen voimassa lähes tutkimaton mahasyövän, osittain siksi, että pituus ja monimutkaisuus Tämän geenin [21]. Mielenkiintoista on, että viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että DCC sekä UNC5C toimivat riippuvuutta reseptoreita netrin-1, siten, vahvistaa niiden mahdollinen rooli kasvaimen vaimentimet ihmisen syövissä [22-25].
DCC-reseptorit ovat jakautuneet pitkin pituutta epiteelin suolistossa, kun taas netrin-1 ilmentyy differentiaalisesti, muodostaen gradientin maha-suolikanavan sisällä [24]. Korkea pitoisuus netrin-1 on läsnä krypta pohja jossa kantasoluja ja ohimeneviä vahvistava soluja oleskella. Sen sijaan vähäisiä määriä netrin-1 on olemassa kärjessä Villi, jossa monet solut käyvät läpi apoptoosin ja kuollut kudos pois. Tämä netrin-1 kaltevuus tutkittiin edelleen käyttäen siirtogeenisiä hiiriä onko netrin-1 on vastuussa sääntelystä DCC aiheuttaman apoptoosin suoliepiteeliin [24]. Tutkimuksen mukaan Mazelin et al. osoittivat, että netrin-1 yli-ilmentyminen aiheutti väheneminen suoliston epiteelin solun kuolemaan, kun taas mitään kasvua lisääntymistä ja erilaistumista solujen havaittiin. Sitä vastoin, netrin-1-mutantti vastasyntyneet hiiret osoittivat lisääntynyt solukuolema. Yhdessä nämä tiedot tukevat käsitystä, että netrin-1 säätelee apoptoosin kautta DCC-riippuvuus reseptorin suolistossa. Kuitenkin netrin-1 ei todennäköisesti ole suoraa säädin suoliston homeostaasin, koska normaali epiteelin organisaatio ei heikennä netrin-1 yli-ilmentymisen [24].
Samanlaisia ​​DCC reseptoreihin, muut netrin-1-reseptoreihin, mukaan lukien UNC5A, UNC5B, ja UNC5C, löydettiin myös otaksuttavasti tuumorisuppressorigeeneille erilaisissa kasvaimissa, mukaan lukien mahasyöpä [26, 27]. Erityisesti kaksi downregulation UNC5C ilmentymisen verrattuna vastaavaan normaalien kudosten on havaittu noin 70%: mahasyövän tapaukset [26]. Tämä alue sijaitsee 4q21-23, joka on usein deleetio mahasyövän ja liittyy epigeneettisiä geenin inaktivaation, kuten promoottori metylaatio [26-28].
Tässä tutkimuksessa olemme arveltu, että downregulation DCC ja UNC5C tärkeä kasvun sääntelytehtävä mahalaukun kasvainten synnyssä, jota käsiteltiin tutkimalla paneeli mahasyövän solulinjojen ja kliinisissä näytteissä potilailta, joilla mahalaukun syövän. Tässä raportoimme, että suurin osa mahasyöpä osoittavat menetys molempien netrin-1-reseptoreihin. Tarjoamme myös tietoja viittaa siihen, että inaktivointi näiden reseptorien välittyy sekä geneettiset epigeneettiset mekanismit. Kumulatiivinen vikoja näillä kahdella riippuvuus reseptorit liittyvät merkittävästi CIN fenotyyppi, korostetaan näiden uusien havaintojen ja tämä kasvu sääntelyyn väylän mahasyövän.
Tulokset
Ominaisuudet mahasyöpäpotilaista
Of 98 mahasyövän potilaat, 34 oli naisia ​​(35%), ja 48 kasvaimet patologisesti diagnosoitu eriytetty (49%) (taulukko 1). Mitä TNM, 18, 29, 37, ja 14 mahasyöpäpotilaista luokiteltiin vaiheen I, II, III, ja IV vastaavasti. Kasvaimen geneettisiä analyysejä, 13 mahasyövistä luokiteltiin näyttämällä mikrosatelliittien epävakaus (MSI; 13%). Keskimääräinen LOH suhde 98 kasvainten oli 0,24 (keskihajonta (SD), ± 0,3) .table 1 Ominaisuudet mahasyöpäpotilaista
Ominaisuus
Prosenttiosuus (nro)
Ikä
keski-ikä (SD)
65,1 (11,8)
Sukupuoli
Nainen
35 (34) B Mies
65 (64) B Histologia
Diff
49 (48) B undiff
51 (50) B-Stage
IA /IB
18 (18) B II A /IIB
30 (29) B- IIIA /IIIB /III C
38 (37) B-IV
14 (14) B-T
T1 a /1b
14 (14) B-T2
14 (14 ) B T3
28 (27) B T4a /4b
44 (43) B-N
N0
27 (26) B N1
35 (34 ) B N2
24 (24) B-N3
14 (14) B Kaukaiset etäpesäke
Negatiivinen
86 (84) B Positiivinen
14 (14)
MSI
MSI
13 (13) B Non-MSI
87 (85) B-LOH Ratio
Mean Ratio (SD) B 0,24 (0,3 ) B CIN
Positiivinen
51 (50) B Negatiivinen
47 (46) B-Not informatiivinen
2 (2) B KRAS
Mutant
5 (5) B Wild
95 (93) B BRAF
Mutant
0 (0) B Wild
100 (98) B- PIK3CA
Mutant
4 (3) B Wild
96 (94) B H.pyroli
Positiivinen
71 (70) B Negatiivinen
29 (28)
CIN fenotyyppi luokiteltiin laskemalla LOH suhde informatiivinen merkkiaineiden seitsemästä polymorfisten mikrosatelliittimerkkien sekvenssit, riippumatta 4q ja 18q loci. Kun kasvain oli LOH-suhde suurempi kuin 0, kasvain luokiteltiin CIN-positiivisia. Tämän kriteerin, 50/98 kasvaimia (51%) luokiteltiin CIN-positiivisia.
Suora sekvensointi mahasyövän yksilöiden paljasti osuus KRAS
, BRAF
, ja PIK3CA
mutaatioita (taulukko 1). Mutaatiot havaittiin KRAS
kodoni 12 (5%, N
= 5/98) ja kodonin 13 (1%, N
= 1/98); BRAF
kodoni 600 (0%, N
= 0/98); PIK3CA
kodoni 545 (1%, N
= 1/98); ja kodonin 1047 (3%, N
= 3/98). KRAS
kodonin 12 mutaatiota koostui G12D (35G: A, N
= 4) ja G12R (34G C, N
= 1), ja kodonin 13 mutaatiota sisältyy G13D (38G A, N
= 1). Kiinnostavaa, yksi kasvain esitetty sekä KRAS
kodonissa 12 ja 13 mutaatioiden (Additional tiedosto 1: Kuva S1A). PIK3CA
eksonin 9 mutaatioita koostuu E545K (1633G A, N
= 1), kun taas eksonin 20 mutaatiot koostuu H1047R (3140A-G, N
= 3). Lisäksi määritimme infektiotilanteesta helikobakteeri
ottamalla talteen Caga
genotyyppi (Additional tiedosto 1: Kuva S1B). Tämän analyysin voisimme palauttaa Caga
sekvenssin 70 mahasyöpä kudosten (71%).
Metylaatiostatuksen DCC
mahasyövän yksilöiden ja yhdessä kliinis-
Tutkimme DCC
metylaatiostatuksen 98 syöpien ja 105 normaali mahan limakalvoa yksilöitä. Sijainti DCC
geeni ja tulokset paneelin edustavan yhdistetyn bisulfiitin rajoitusta analyysit (COBRA) on kuvattu kuviossa. 1 a-b; nämä tulokset analysoitiin jatkuvia muuttujia (Fig. 1 c). Olemme havainneet, että 56/98 syöpien (57%) ja 31/105 normaalin mahan limakalvon yksilöt (29,5%), joka näkyy enemmän kuin 1,0% metylaation DCC
promoottori. Keskimääräinen metylaatio taso oli 18,3% [95%: n luottamusväli (CI), 14,5-22,2%] joukossa mahasyövän kudokset näkyvissä yli 1,0% metylaatio DCC
promoottori ja 4,9% (95% CI, 3,3-6,5% ) vastaavan normaalin mahalaukun limakalvon yksilöt näytetään yli 1,0% metylaatio (P
< 0,0001, Wilcoxonin /Kruskal-Wallisin testiä, Fig. 1 c-d). Näin ollen, olemme määritelleet DCC
metylaatio 5% tai enemmän jatkuvana muuttujana (eli > 5,0% metylaation määriteltiin metylointi-positiivinen (metyloitu) ja < 5,0% Metylointia metylaatio-negatiivinen (metyloimaton)) . Käyttämällä tätä kriteeriä, havaitsimme DCC
metyloitu tapauksia 44/98 syöpien (45%) ja 9/105 normaali mahan limakalvoa (9%). Kuva. 1 DCC
promoottorin metylaation ja 18q LOH analyysejä. (A) Kaavamainen esitys sijainnin kolmen LOH antureista ja DCC
geenin promoottori alueille kromosomissa 18. Punainen viiva
merkitsee DCC
geeni. Gray
ja mustat neliöt
edustavat transloitumattoman ja koodaavan eksonin 1 alueilla, tässä järjestyksessä; nuolet neliöt
osoittavat transkription alkaa sivustoja; pystyviivat
osoittavat CpG sivustoja; valkoinen ruutu
ovat restriktiokohdat Hhal; paksu vaakaviivoja
kuvaavat sijainnit COBRA tuotteet; nuolet paksu vaakaviivat
tarkoittavat COBRA alukkeita. (B) edustaja tulokset COBRA DCC. Nuolet
osoittavat metyloitu alleelit; M
merkitsee metylointi; U
merkitsee unmethylation; Mc
tarkoittaa metyloitu valvonta; SM
tarkoittaa koko merkki. (C) Tulokset DCC
metylaation jatkuvana muuttujana. Vuonna rasiakuvaaja kaaviot, vaakasuora viiva
kussakin laatikon edustaa mediaani, rajat
jokaisen laatikon edustaa kvartiiliväliä, ja viikset
ovat suurin ja pienin arvo. Jokainen vihreä palkki
on keskiarvo. NM
tarkoittaa normaalin limakalvon. T
tarkoittaa kasvain. (D) taajuus metylaatio-positiivisuus syövän ja normaaleissa kudoksissa mukaan eri kynnysarvoja. (E) DCC
mRNA ekspressiotasot ja metylaatiostatuksen 10 mahasyövässä solulinjat ja ihmisen keuhkojen fibroblastisolulinjassa. DCC
mRNA ilmentymistä havaitaan (alempi ACt) in GCIY ja NHLH solulinjoissa. DW merkitsee tislattua vettä
Seuraavaksi tutkimme yhdistyksen välillä DCC
promoottorin metylaation ja eri kliinispatologiset ja geneettiset ominaisuudet. DCC
metylaatiostatuksen oli merkitsevästi yhteydessä MSI tila. MSI-positiiviset syöpien olivat merkittävästi useammin liittyvän DCC
metylaatio kuin DCC
unmethylation (23 vs. 6%, P
= 0,013; taulukko 2). Ei ollut merkittäviä assosiaatioita DCC
metylaatiostatuksen ja muita variables.Table 2 Association between epigeneettisellä /geneettiset korjauksilla DCC-geenin ja kliinis-in mahasyövistä
DCC
Metylointi Tilanteeseen% ( No.)
18q LOH Tilanteeseen% (no)
DCC
muuttaminen Tilanteeseen% (no)
Unmethylation
metylointi
P
Ei informatiivinen
Negative
Positiivinen
P
Ei informatiivinen
Negatiivinen
Positiivinen
Positiivinen
P
Yhteensä
metylointi yksin

LOH yksin
Sekä
(n
= 54)
(n
= 44)
(n
= 15)
(n
= 47)
(n
= 36)
(n
= 15) B
(n
= 25)
(n
= 58)
(n
= 22)
(n
= 19 )
(n
= 17)
Ikä
keski-ikä (SD) B 63,6 (12,5) B 67,0 (10,7) B 0.48a
68,9 (11,4) B 64,8 (11,4) B 63,9 (12,4) B 0.76a
68,9 (11,4) B 63,5 (12,9) B 64,8 (11,3) B 66,3 (9.5) B 60,7 (12,7) B 67,4 (11,4) B 0.98a
Sukupuoli
Nainen
39 (21) B 30 (13) B 0.33b
40 (6) B 38 (18) B-28 (10)
0.32b
40 (6) B 44 (11) B 29 (17) B 32 (7) B 32 (6) B 24 (4) B 0.19b
Mies
61 (23) B 70 (31) B 60 (9) B 62 (29) B-72 (26) B 60 (9) B 56 (14) B 71 (41) B 68 (15) B 68 (13) B 76 (13) B Histologia
Diff
41 (22) B 59 (26) B 0.071b
47 (7) B 55 (26) B 42 (15 )
0.22b
47 (7) B 52 (13) B 48 (28) B 59 (13) B 32 (6) B 53 (9)
076b
undiff
59 (32) B-41 (18) B-53 (8) B 45 (21) B 58 (21) B 53 (8)
48 (12) B 52 (30) B-41 (9) B 68 (13) B 47 (8) B Stage
IA /IB
20 (11)
16 (7)
0.83b
13 (2) B-19 (9) B 19 (7) B 0.15b
13 (2)
24 ( 6) B-17 (10) B 14 (3) B-21 (4) B 18 (3) B 0.70b
II A /IIB
26 (14)
34 (15) B 27 (4) B 30 (14) B-31 (11) B 27 (4) B 24 (6) B 33 (19) B- 36 (8) B 32 (6) B 29 (5) B IIIA /IIIB /IIC
39 (21) B 36 (16) B 53 (8) B 43 (20) B 25 (9) B 53 (8) B 40 (10) B 33 (19) B 45 (10) B 26 (5)
24 (4) B IV
15 (8) B 14 (6) B-7 (1) B-9 (4) B-25 (9) B-7 (1)
12 (3) B-17 (10) B-5 (1) B 21 (4) B 29 (5) B-T
T1 a /1b
15 (8 )
14 (6)
0.24b
7 (1) B 17 (8) B 14 (5)
0.94b
7 (1)
16 (4) B-16 (9) B 18 (4) B 21 (4) B-6 (1) B 0.54b
T2
13 (7) B 16 (7) B 13 (2) B-15 (7) B 14 (5) B 13 (2) B-16 (4) B 14 (8)
14 (3) B-11 (2) B-18 (3) B T3
20 (11) B 36 (16) B 33 (5) B 28 (13)
25 (9) B 33 (5) B 16 (4) B 31 (18) B-41 (9) B 16 (3) B-35 (6)
T4a /b
52 (28) b 34 (15) b 47 (7) b 40 (19) b 47 (17) b 47 (7)
52 (13) B-40 (23) B 27 (6) B 53 (10) B 41 (7) B-N
N0
30 (16) B 23 (10) B 0.66b
20 (3) B-28 (13) B 28 (10) B 0.29b
20 (3) B-32 (8)
26 (15) B 23 (5) B 32 (6) B 24 (4) B 0.19b
N1
37 (20) B 32 (14)
47 (7) B 38 (18) B-25 (9) B 47 (7) B 44 (11) B 28 (16) B 32 (7)
26 (5) B 24 (4) B N2
20 (11) B 30 (13) B-20 (3) B-26 (12) B 25 (9 )
20 (3) B-20 (5) B 28 (16) B 32 (7) B 21 (4) B 29 (5) B-N3
13 (7) B 16 (7) B 13 (2) B-9 (4) B 22 (8) B 13 (2) B-4 (1)
19 (11) B-14 (3) B-21 (4) B 24 (4) B Distant etäpesäke
Negatiivinen
85 (46) B 86 (38) B- 0.87b
93 (14) B 91 (43) B 75 (27)
0.041b
93 (14) B 88 (22) B 83 (48)
95 (21) B 79 (15) B 71 (12) B 0.55b
Positiivinen
15 (8) B 14 (6) B 7 (1)
9 (4) B 25 (9) B 7 (1) B 12 (3) B-17 (10) B-5 (1) B 21 (4)
29 (5) B MSI tila
MSI
6 (3) B-23 (10) B 0.013b ​​
33 (5) B-9 (4)
11 (4) B 0.69b
33 (5) B-4 (1) B 12 (7) B 14 (3) B-0 (0)
24 ( 4) B 0.25b
kuin MSI
94 (51) B 77 (34) B 67 (10) B 91 (43) B 89 (32)
67 (10) B 96 (24) B 88 (51) B 86 (19) B-100 (19) B-76 (13) B-LOH suhde
Mean suhde (SD) B 0,23 (0,30) B 0,26 (0,31) B 0.55a
0,22 (0,29) B 0,10 (0,15) B 0,44 (0,36) B < 0.0001a
0,22 (0,29) B 0,05 (0,10) B 0,33 (0,33) B 0,16 (0,18) B 0,44 (0,34) B 0,44 (0,39) B < 0.0001a
CIN *
Positiivinen
46 (25) B 57 (25)
0.39b
47 (7) B 38 (18) B-74 (25)
0.0017b
47 (7) B 24 (6) B 66 (37) B 55 (12) B 76 (13) B 71 (12) B 0.0005b
Negatiivinen
54 (27) B 43 (19) B 53 (8) B 62 (29) B-26 (9) B 53 (8)
76 (19) B-34 (19) B 45 (10) B 24 (4) B 29 (5) B KRAS
/BRAF
/PIK3CA

Mutant
6 (3) B-11 (5) B 0.30b
27 (4) B-6 (3) B-3 (1) B 0.45b
27 (4) B-4 (1) B-5 (3) B-9 (2) B-5 (1) B 0 (0) B 0.82b
Wild
94 (51) B 89 (38) B 73 (11) B 94 (44) B 97 (35) B 73 (11) B 96 (24) B- 95 (55) B 91 (20) B 95 (18) B-100 (17) B H.pyroli
Positiivinen
72 (39) B 70 (31)
0.85b
80 (12) B 66 (31) B 75 (27) B 0.37b
80 (12) B 60 (15) B 74 (43 )
73 (16) B 79 (15) B 71 (12) B 0.20b
Negatiivinen
28 (15) B 30 (13) B 20 ( 3)
34 (16) B 25 (9) B 20 (3) B-40 (10) B 26 (15) B 27 (6) B 21 (4 )
29 (5) B * Kaksi tapausta eivät ole informatiivisia CIN tila
P
arvo laskettiin välillä unmethylation ja metylaation, 18qLOH negatiivisia ja positiivisia, ja DCC muutos negatiiviset ja positiiviset (yhteensä) Wilcoxonin /Kruskal-Wallisin testi
b P
arvot laskettiin välillä unmethylation ja metylaation, 18qLOH negatiivisia ja positiivisia, ja DCC muutos negatiiviset ja positiiviset (yhteensä) mukaan Piason n chi-square test
LOH 18q lokuksen liittyy CIN fenotyyppi mahasyövän
joukossa informatiivinen tapauksissa taajuudet 18q LOH kussakin mikrosatelliittimerkki markkerin olivat 14/41 (24%) on D18S35, 17/55 (31%) on D18S69, ja 21/58 (36 %) at D18S58 (missä kukin valmistaja on esitetty kuvassa. 1 a). Kasvaimia esittää LOH lainkaan kolme, kaksi, ja vain yksi kolmesta mikrosatelliittimarkkerin oli 4 (4,8%), 9 (11%), ja 23 (28%) 83 informatiivinen tapauksissa joukossa 98 ensisijainen syöpien, vastaavasti. Kasvaimet, jotka osoittavat LOH ainakin yksi kolmesta mikrosatelliittimarkkerin for 18q LOH luokiteltiin 18q LOH-positiivisia. Tämän kriteerin, 18q LOH-positiivisia syöpiä havaittiin 36 (43%) 83 informatiivinen tapauksissa joukossa 98 ensisijaisen syöpien (taulukko 2).
Samoin DCC
metylaatiostatus, tutkimme assosiaatioita 18q LOH tila ja erilaiset kliinispatologiset ja geneettiset ominaisuudet. Joukossa informatiivinen tapauksissa taajuus mahalaukun syövän etäispesäkkeitä oli suurempi 18q LOH-positiivinen mahasyöpä verrattuna 18q LOH-negatiivinen syöpiä (25 vs. 9%, P
= 0,041; taulukko 2). LOH suhteet laskettiin seitsemän muun lokuksille myös merkittävästi korkeammat 18q LOH-positiivisia kuin 18q LOH-syöpäkasvain (0,44 vs. 0,10, P
< 0,0001; taulukko 2). Näiden tulosten mukaan, kun kasvain oli LOH-suhde suurempi kuin 0, kasvain luokiteltiin CIN-positiivisia. Lisäksi CIN-positiivisia syöpien, jotka olivat myös 18q LOH-positiivisia olivat merkittävästi runsaampaa kuin ne, jotka olivat 18q LOH-negatiivinen (74 vs. 38%, P
= 0,0017, taulukko 2). Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että 18q menetys havaitaan yleisesti peräsuolen syöpiä, ja sen taajuus korreloi CIN fenotyyppi mutta käänteisesti verrannollisia MSI fenotyypin [29, 30]. Kuten tutkimus ja toisessa tutkimuksessa osoitettiin, tämä ilmiö oli myös kopioida mahasyövistä [18].
Expression ja metylaatiostatuksen DCC
mahasyövän solulinjoissa
arvioimiseksi assosiaatioita DCC
ilmentymistilanne ja epigeneettisiä muutoksia DCC
geenin, tutkimme lähetti-RNA (mRNA) tasot käänteistranskriptio kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (RT-qPCR) käyttäen aluketta asetettu aiemmin kuvattu [31] ja tutkittiin assosiaatioita DCC
ilmaisun ja CpG metylaatiostatuksen DCC
promoottorialue 10 mahasyövän solulinjat (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2, NUGC-3, NUGC-4, GCIY, Ogum-1, ja MKN1) ja yksi normaali keuhkojen fibroblastisolulinjassa (NHLF). Kaikki solulinjat, paitsi MKN74, GCIY, Ogum-1, MKN1, ja NHLF soluja, osoitti vähentynyttä ilmentymistä DCC
geenitranskriptit, ja niiden promoottoreita metyloitiin (Fig. 1 e). Toisaalta, vaikka kolme solulinjat, N87, Ogum-1, ja MKN1 osoitti vähentynyttä ilmentymistä DCC
geenitranskriptit, DCC
promoottorit, jotka solut eivät metyloidaan COBRA. Niistä 10 mahasyövän solulinjat, vain GCIY solulinja ilmaistuna DCC
transkriptien samalla tasolla kuin NHLF-solut, mutta sen promoottori oli metyloitu. Kun luokiteltu solulinja, joka esittää aΔC T yli 15,0, kuten DCC
ilmaisu-negatiivinen ja solulinjan aΔC T, 15,0 tai vähemmän DCC
ilmaisu-positiivisia, ainoastaan ​​GCIY solulinjaa voidaan luokitella DCC
ilmaisu-positiivisten keskuudessa seitsemän mahasyövän solulinjoissa DCC
metylointi; Tämä havainto ei ollut tilastollisesti merkitsevä.
vähentäminen DCC ilmaisun vaatii sekä geneettisiä ja epigeneettiset muutokset
Seuraavaksi tutkimme yhdistyksen välillä DCC proteiinin ilmentymisen ja geneettiset ja epigeneettiset muutokset DCC
geenin 86 mahasyövän yksilöitä. Edustavia esimerkkejä immunohistokemia (IHC) värjäys tulokset on esitetty kuviossa. 2a-c. Olemme luokiteltu kasvaimia kolmeen ryhmään perustuen IHC tulokset analysoitiin kategorisena muuttuja: täydellinen menetys DCC lausekkeen (8 tapausta, 9%, Fig. 2a), polttoväli menetys DCC lausekkeen (38 tapausta, 44%; kuvio. 2b), ja positiiviset DCC proteiinin ilmentymisen (40 tapausta, 47%, Fig. 2c). Niistä 86 syöpien, 46 tapauksessa (53%) näytetä pienentää DCC ilme. Aiemmassa tutkimuksessa on todettu, että alentunut DCC ilmentymistä havaittiin kaikkiaan 38% mahasyövistä, ja vaihe T1-T2 kasvaimia säilyy positiivinen DCC ilme, kun se poistettiin vuonna T3 kasvaimissa [32]. Tämä havainto oli myös toistettavissa tässä tutkimuksessa (Additional tiedosto 2: Kuva S2). Kuva. 2 DCC
promoottorin metylaation ja immunohistokemia analyysejä. Immunohistokemia analyysi DCC
(a-c). Tumat kasvaimen solut ovat täysin negatiivisesti (a), fokaalisesti negatiivisesti (b), ja positiivisesti (c) värjätään. (D) välisestä assosiaatiosta epigeneettisellä /geneettinen muutos ja DCC
ilmaisun
Seuraavaksi tutkimme yhdistysten välillä geneettiset ja epigeneettiset muutokset ja DCC ilmentymistilanne. Seitsemän 8 tapauksia täydellinen menetys, 33 38 tapauksia polttoväli menetys, ja 34 40 tapauksissa positiivinen DCC ilme oli informatiivinen sekä DCC
promoottorin metylaation ja 18q LOH. Olemme havainneet, että joukossa syöpiä täydellinen menetys DCC ilmaisun, 5/7 syöpiä (71%) osoitti sekä DCC
promoottorin metylaation ja 18q LOH. Sitä vastoin 8/33 syöpiä (24%) osoitti polttoväli menetys DCC ilmaisun ja sekä metylaation ja LOH, 5/33 syöpiä (15%) osoitti LOH yksin, ja 12/33 syöpiä (36%), joka näkyy metylaatio yksin. Niistä syöpiä, jotka olivat positiivisia DCC ilmentymistä, ainoastaan ​​2/34 syöpiä (6%), osoitti sekä metylaatio ja LOH, 13/34 (38%) syövistä Loh yksin, ja 8/34 syöpiä (24%) metylaatio yksinään (syövät osoittavat molemmat DCC
metylaatio ja 18q Loh vs. muut, P
= 0,0048, Pearsonin khiin neliö -testi, Fig. 2d). Tuloksemme viittaavat siihen, että vähentäminen DCC ilmentyminen voi vaatia tiheä metylaatio promoottori CpG: t ja Loh on 18q lokuksen mukaan kahden osuma teoria [33].
Association between kliinis-ja geneettiset /epigeneettiset korjauksilla DCC
mahasyövän
Koska sekä epigeneettiset ja geneettiset muutokset ovat kriittisiä DCC tukahduttaminen, tutkimme suhdetta epigeneettiset ja geneettisten muutosten DCC
geenin eri kliinis. 98 syöpien, 15 syövät luokiteltiin ei-informatiivinen, 25 syöpiä luokiteltiin negatiivisiksi DCC
muutoksia, ja 58 syövät luokiteltiin positiivisiksi DCC
muutoksiin. Niistä kliinis-, LOH suhde ja CIN fenotyypin erosivat toisistaan ​​merkittävästi syövät negatiivisia ja positiivisia DCC
muutoksia (taulukko 2).
Niistä 58 syöpiä DCC
muutoksiin, 17 kasvaimia osoitti muutoksiin sekä DCC
metylaatio ja 18q Loh, 19 oli 18q LOH yksin, ja 22 syöpien näytteillä DCC
metylaatio yksin. LOH suhde lasketaan muut seitsemän loci oli merkitsevästi eniten syöpien sekä DCC
metylaatio ja 18q LOH (keskiarvo LOH suhde, 0,44, SD ± 0,39) ja syöpiä 18q LOH yksinään (keskiarvo LOH suhde, 0,44; SD ± 0,34), välituotteena syöpiä DCC
metyloinnin yksin (keskiarvo LOH suhde, 0,16, SD ± 0,18), ja pienin syöpien negatiivisia DCC
muutoksiin (keskiarvo LOH suhde, 0,05, SD ± 0,10; P
< 0,0001, Wilcoxonin /Kruskal-Wallisin testi). Kun me luokiteltu mahasyövistä kanssa LOH suhde yli 0 CIN-positiivisia, 12/17 syöpien (71%) sekä DCC
metylaatio ja 18q Loh, 13/17 syöpien (76%) ja 18q LOH yksin, Kuva. Kuva. Kaikki kirjoittajat luettu ja hyväksytty lopullinen käsikirjoitus.

• Suvussa syövän ja ruokatorven häiriöt ja ruokatorven ja mahalaukun adenokarsinooman: tapaus-control study
• Double-kaari tilavuuden moduloidun hoito parantaa annosjakauma verrattuna staattiseen lastauslaiturilla IMRT ja 3D konforminen sädehoitoa adjuvanttihoito mahalaukun cancer