Genetikai és epigenetikai változások a netrin-1 receptorok gyomorrák kromoszóma instabilitás

Genetikai és epigenetikai változások a netrin-1 receptorok gyomorrák kromoszóma instabilitás katalógusa Abstract katalógusa Háttér katalógusa A gén megnyilvánulásai netrin-1 függőség receptorok DCC katalógusa és UNC5C katalógusa, gyakran downregulált a ráktípusok. Feltételeztük, hogy downregulációját DCC és UNC5C fontos növekedést szabályozó funkciója a gyomor tumorogenezisben. Katalógusa Eredmények
A jelen tanulmány egy sor genetikai és epigenetikai elemzések DCC katalógusa és UNC5C katalógusa végeztünk egy japán kohorsz 98 sporadikus gyomorrák és a megfelelő normál gyomornyálkahártya példányok. Loss heterozigótaság (LOH) elemzi és mikroszatellit-instabilitás (MSI) analízis alapján határoztuk kromoszómális instabilitás (CIN) és az MSI fenotípusok, ill. Több mint 5% metiláció a DCC
és UNC5C
promoterek találtak 45% (44/98) és 32% (31/98) gyomor-rák, illetve, és 9% (9/105) és az 5% (5/105) normál gyomornyálkahártya, ill. Összességében, 70% (58, 83 informatív esetben), és 51% (40 79 informatív esetek) a gyomor rák hordozott akár LOH, vagy az aberráns metilezés a DCC
és UNC5C
gének esetében. Összesen 77% (51, 66 informatív esetek) a gyomor-rák megmutatta kumulatív hibák két függőség receptorok és szignifikáns összefüggést mutattak a kromoszóma instabilitás. Mindkét DCC és UNC5C inaktiváltuk 97% CIN-pozitív gyomorrák és 55% CIN-negatív gyomorrák. Katalógusa Következtetések katalógusa zavara netrin receptorok közös jellemzője a gyomor rák. DCC katalógusa változások nyilvánvalóak a korai szakaszában, és UNC5C katalógusa változtatások megnőnek a betegség előrehaladását, ami arra utal, hogy az összesített változásait netrin-1 receptorok késői esemény a gyomorrák progresszió és hangsúlyozva ennek fontosságát növekedést szabályozó útvonal gyomor kialakulásában. katalógusa Kulcsszavak katalógusa gyomorrák Metiláció kromoszomális instabilitás DCC katalógusa UNC5C katalógusa netrin-1 receptorok Háttér katalógusa Globális becslések rák előfordulási rang gyomorrák, mint a negyedik leggyakoribb rosszindulatú daganat és a második leggyakoribb oka a rák összefüggő halálesetek világszerte [1]. A gyomorrák heterogén betegség több környezeti eredetűek, és alternatív utak carcinogenezis [2, 3]. Az egyik fő etiológiai kockázati tényező a gyomorrák Helicobacter pylori katalógusa (H. pylori
) fertőzés. Korábbi jelentések jelezték 93,1-100% fertőzési arány a H. pylori
gyomorrákos betegeknél, míg csak 1,2-2,8% -a fertőzött egyedek H. pylori katalógusa fejleszteni gyomorrák [4-7].
a jelenlegi ismeretek a molekuláris mechanizmusok mögöttes gyomor carcinogenesis jelzi egy fő epigenetikai instabilitás útvonal és a két fő genetikai instabilitás utak [8]. A fő epigenetikai instabilitás nyomvonal van meghatározva, mint a CpG-szigetre metiláltsági fenotípus (CIMP), amelyet eredetileg leírt colorectalis rák és szintén megfigyelhető egy részhalmaza gyomor rák, és amely befogadja a kritikus mértékű kóros promoter hipermetiláció kapcsolódó transzkripciós silencing többszörös tumor szuppresszor gének [9, 10]. A két fő genetikai instabilitás utak közé mikroszatellit-instabilitás (MSI) és a kromoszómális instabilitás (CIN) [8]. MSI definíciója jelenlétében replikációs hibák egyszerű ismétlődő mikroszatellitszekvenciák okozta mismatch repair (MMR) hiányosságokat. Az egyik Lynch szindróma okozta csírasejt-mutáció MMR gének és más szórványos MSI oka a promoter hipermetilációt az MLH1 katalógusa gén [10, 11]. Másrészt, CIN, amelyet az jellemez, kromoszomális elváltozásainak-minőségi vagy mennyiségi-egy sokkal közös útvonalon, hogy tartalmazhat klinikopatológiailag és molekulárisán heterogén daganatok [8].
A Cancer Genome Atlas Research Network nemrég osztva gyomor rák figyelembe négy altípusa [12]. A tumorokat először kategorizált Epstein-Barr vírus (EBV) -positivity (9%), majd az MSI-magas állapot, a továbbiakban az MSI-pozitív (22%), és a fennmaradó tumorokat által minősített mértékét aneuploidia azokba nevezik genomically stabil (20%), vagy akiket CIN (50%). EBV-pozitív daganatok, valamint az MSI-pozitív daganatok ismertek voltak klaszter mindegyik a saját, kiállító extrém CIMP. Különbségek az EBV-CIMP és az MSI-asszociált gyomor-CIMP metiláció profilokat példázza a tény, hogy minden EBV-pozitív daganatok vizsgáltuk jelenik CDKN2A
(p16INK4A
) promoter hipermetilációt de hiányzott az MLH1
hipermetiláció jellemző MSI-asszociált CIMP.
tekintetében CIN jellemzi kópiaszám változások kromoszómák, Deng és mtsai. használt nagy felbontású genomanalízis a profil szomatikus kópiaszámától egy panel 233 gyomorrák (primer tumorok és sejtvonalak) és 98 illesztett gyomor nem rosszindulatú szövetekben. Ami széles kromoszóma régiók, a leggyakrabban amplifikált régió tartalmazza kromoszómák 1q, 5p, 6p, 7p 7Q, 8 q, 13q, 19p, 20p és 20q, és a leggyakrabban törölt régiókkal kromoszómák 3p, 4p, 4q, 5q, 6q , 9P, 14q, 18q, és 21q [13].
gyakran deletált kromoszomális régiók általában jellemző az elvesztése heterozigótaság (LOH), és azt sugallják, a jelenléte a tumorszuppresszor gének [14, 15]. LOH kromoszómán 18q21 megtalálható 30-71% gyomor- rákok [13, 16-18], és DPC4
(Smad4
) /DCC
is feltételezik, hogy a fő célokat. DPC4
(Smad4
), egy tumorszuppresszor gén, mutat gyakori mutációkat kíséri LOH körülbelül 20% a hasnyálmirigy-rák [19], de nem mutációk számoltak be a gyomor rákos megbetegedések [20]. Ezzel szemben néhány tanulmány középpontjában a DCC katalógusa gén eltéréseinek, valamint a genetikai /epigenetikai állapot továbbra is szinte ismeretlen a gyomorrák, részben azért, mert a hossza és összetettsége ezt a gént. [21] Érdekes módon, a legutóbbi vizsgálatok igazolták, hogy a DCC, valamint UNC5C szolgálnak függőség receptorokat netrin-1, így megerősítve a potenciális szerepet, mint a tumor-szupresszor humán rákok [22-25].
DCC-receptorok vannak elosztva hossza mentén a hám a bélben, míg netrin-1 eltérően expresszált, amely egy gradiens belül a gyomor-bél traktusban [24]. A magas koncentrációjú netrin-1 jelen van a kripta bázist, ahol az őssejtek és tranziens erősítő sejtek laknak. Ezzel szemben, az alacsony koncentrációjú netrin-1 létezik a csúcsa a bélbolyhok, ahol sok sejteket apoptózisos és sloughing-off. Ez netrin-1 gradiens vizsgáltuk tovább transzgenikus egerek alkalmazásával annak meghatározására, hogy netrin-1 szabályozásáért felelős DCC-indukált apoptózist az intesztinális epithelium [24]. A tanulmány szerint Mazelin et al. jelezte, hogy netrin-1 overexpresszió csökkenését okozta bél epiteliális sejt halál, mivel nem történt növekedés proliferációját és differenciálódását a sejtek volt megfigyelhető. Ezzel szemben, netrin-1-mutáns újszülött egerek fokozott sejthalált. Összefoglalva, ezek az adatok alátámasztják azt az elgondolást, hogy a netrin-1 szabályozza apoptózis révén a DCC-függőség receptor a bélben. Azonban netrin-1 nem valószínű, hogy a közvetlen szabályozó bél homeosztázis, hogy a normál hámsejtek szervezet ne zavarják netrin-1 túltermelése [24].
Hasonló DCC receptorok más netrin-1 receptorok, köztük UNC5A, UNC5B, és UNC5C, is fény derült, mint feltételezett tumor szuppresszor gének különféle tumorok, beleértve a gyomorrák [26, 27]. Különösen egy kétszeres alulszabályozása UNC5C expressziós összehasonlítva a megfelelő normális szövetekben a betegek kb 70% gyomorrák esetek [26]. Ez a régió található 4q21-23, amely gyakran helyén deléció gyomorrák és a kapcsolódó epigenetikus gén inaktiválása például promoter metiláció [26-28].
Ebben a tanulmányban azt feltételeztük, hogy downregulációját DCC és UNC5C fontos növekedést szabályozó funkciója a gyomor tumorogenezisben, amit kezelni vizsgáló testület a gyomor rákos sejtvonalak és klinikai minták gyomorrákos betegeknél. Az itt beszámolunk, hogy a legtöbb gyomor rák mutatják veszteség mindkét netrin-1 receptorok. Azt is előírják adat arra utal, hogy az inaktiváció ezen receptorok által közvetített, mind a két genetikai és epigenetikai mechanizmusok. Halmozott hibák a két függőség receptorok jelentős összefüggést mutattak a CIN fenotípus, hangsúlyozva ezen új megállapításokat és ez a növekedés szabályozási út a gyomorrák kialakulásában. Katalógusa eredményei katalógusa Jellemzői gyomorrákos betegek katalógusa 98 gyomorrák betegeknél, 34 betegnél volt nő (35%), és 48 tumorokat patológiai diagnosztizálták differenciált (49%) (1. táblázat). Ami a TNM stádium, 18., 29., 37., és 14. gyomor rákos betegek sorolták a szakaszban I, II, III és IV, ill. A tumor genetikai vizsgálatok, 13 gyomorrák kategorizáljuk megjelenítésére mikroszatellit-instabilitás (MSI, 13%). Az átlagos LOH aránya 98 tumor 0,24 (szórás (SD), ± 0,3) .table 1 Jellemzői gyomorrákos betegek katalógusa Jellemző Matton Százalék (sz) Matton Age
Átlagéletkor (SD) hotelben 65,1 (11,8) hotelben Neme fiatal női katalógusa 35 (34) hotelben Férfi katalógusa 65 (64) hotelben Szövettan katalógusa diff
49 (48) hotelben Undiff katalógusa 51 (50) hotelben Stage
IA /IB
18 (18) hotelben IIA /IIB
30 (29) hotelben IIIA /IIIB /IIIC
38 (37) hotelben IV
14 (14) hotelben T katalógusa T1a /1b katalógusa 14 (14) hotelben T2 katalógusa 14 (14 ) hotelben T3 katalógusa 28 (27) hotelben T4a /4b katalógusa 44 (43) hotelben N katalógusa N0 katalógusa 27 (26) hotelben N1 katalógusa 35 (34 ) hotelben N2 katalógusa 24 (24) hotelben N3 katalógusa 14 (14) hotelben távoli áttét katalógusa Negatív katalógusa 86 (84) hotelben Pozitív katalógusa 14 (14)
MSI
MSI
13 (13) hotelben Nem MSI katalógusa 87 (85) hotelben LOH Ratio Matton átlagértéke (SD) hotelben 0,24 (0,3 ) hotelben CIN katalógusa Pozitív katalógusa 51 (50) hotelben Negatív katalógusa 47 (46) hotelben nem informatív katalógusa 2 (2) hotelben KRAS Matton Mutant
5 (5) hotelben Wild
95 (93) hotelben BRAF Matton Mutant katalógusa 0 (0) hotelben Wild
100 (98) hotelben PIK3CA Matton Mutant katalógusa 4 (3) hotelben Wild
96 (94) hotelben H.pyroli katalógusa Pozitív katalógusa 71 (70) hotelben Negatív katalógusa 29 (28)
CIN fenotípus kategorizált kiszámításával LOH aránya informatív markerek a hét polimorf mikroszatellit szekvenciákat, függetlenül a 4Q és 18q lókuszok. Amikor egy daganat mutatott LOH arány nagyobb, mint 0, akkor a tumor sorolták Cin-pozitív. Ezzel a kritériumnak, 50/98 daganatok (51%) minősült CIN-pozitív.
Közvetlen szekvenálása gyomorrák példányok kiderült aránya a KRAS katalógusa, BRAF katalógusa, és PIK3CA katalógusa mutációk (táblázat 1). Mutációkat kimutatni a KRAS katalógusa kodon 12 (5%, N = katalógusa 5/98) és kodonhelyettesítés 13 (1%, N = katalógusa 1/98); BRAF katalógusa kodon 600 (0%, N = katalógusa 0/98); PIK3CA katalógusa kodon 545 (1%, N = katalógusa 1/98); és kodon 1047 (3%, N = katalógusa 3/98). KRAS
kodon 12 mutációk állt G12D (35G, hogy az A, N
= 4) és G12R (34G, hogy C, N
= 1), és a kodon 13 mutációk közé G13D (38G, hogy a, n
= 1). Érdekes, hogy egy tumor esetén mind KRAS katalógusa kodon 12 és 13 mutációk (Plusz fájl 1: Ábra S1A). PIK3CA katalógusa exon 9 mutációt tartalmazott E545K (1633G A, N katalógusa = 1), míg a 20-as exon mutációt tartalmazott H1047R (3140A-G, N katalógusa = 3). Továbbá megállapítottuk, a fertőzés állapotát H. pylori katalógusa beszedik a cagA katalógusa genotípus (Plusz fájl 1: Ábra S1B). Az elemzés segítségével sikerült visszaállítani az cagA katalógusa szekvencia 70 gyomorrák szövetek (71%). Katalógusa Metiláció állapotát DCC katalógusa gyomorrákban példányok és társulási klinikopatológiai jellemzők katalógusa Megvizsgáltuk DCC
metilációs állapotát 98 gyomorrák és 105 normál gyomornyálkahártya példányok. Helye a DCC katalógusa gént és az eredményeket egy panel reprezentatív egyesített biszulfit restrikciós analízis (COBRA) ábrázolja ábra. Az 1a-b; ezeket az eredményeket elemeztük, folytonos változók (ábra. 1c). Azt találtuk, hogy 56/98 gyomor rák (57%) és a 31/105 normál gyomornyálkahártya minta (29,5%) jelenik meg több, mint 1,0% metiláció a DCC
promóter. Az átlagos metilációs szintje 18,3% volt [95% -os konfidencia intervallum (CI), 14,5-22,2%] között gyomorrák szövetekben megjelenő mint 1,0% metiláció a DCC katalógusa promoter és 4,9% (95% CI, 3,3-6,5% ) a megfelelő normál gyomornyálkahártya példányok felett megjelenik 1,0% metiláció (P katalógusa < 0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis teszt mutatja be. 1c-d). Ezért definiált DCC
metilezésével 5% vagy több, mint egy folyamatos változó (azaz > 5,0% metiláció definiáltuk metiláció-pozitív (metilezett), és < 5,0% metiláció mint metiláció-negatív (metilálatlan)) . Ezen kritérium, mi megfigyelt DCC
metilezett esetek 44/98 gyomor rák (45%) és a 9/105 normál gyomornyálkahártya (9%). Ábra. 1 DCC katalógusa promoter metiláció és 18q LOH elemzéseket. (A) vázlatos bemutatása a helyét a három LOH szondák és DCC
gén promoter régiójában kromoszóma 18. A piros vonal
jelöli a DCC
gént. Gray katalógusa és fekete négyzetek katalógusa képviseli a le nem fordított, és a kódoló exon 1 régiók, illetve; nyilak a négyzetek katalógusa jelzi transzkripciós kiindulási helyek; függőleges vonalak jelzik katalógusa CpG helyek; fehér gyémánt katalógusa képviseli a restrikciós helyek HhaI; vastag vízszintes vonalak katalógusa ábrázolják helyszínei COBRA termékek; nyilak a vastag vízszintes vonalak
jelöli COBRA alapozók. (B) A reprezentatív eredményeket a COBRA DCC. A nyilak jelzik katalógusa denaturált allél; M katalógusa jelöli metiláció; U katalógusa jelöli unmethylation; Mc katalógusa jelöli a denaturált ellenőrzés; SM katalógusa jelöli a méret marker. (C) Eredmények DCC katalógusa metiláció, mint egy folyamatos változó. A box-plot diagramok, a vízszintes vonal
belül minden doboz képviseli a medián, a korlátok katalógusa minden egyes doboz képviseli a interkvartilis tartományokat, és a bajuszát katalógusa a maximális és minimális értékek. Minden egyes zöld sáv katalógusa átlagát mutatja. NM katalógusa jelzi a nyálkahártya normális. T katalógusa jelzi a tumor. (D) A gyakorisága metiláció-pozitivitás a rák és a normál szövetek szerint a különböző küszöbértékeket. (E) DCC
mRNS expressziós szintek és a metilációs állapotát 10 gyomor rákos sejtvonalban és humán tüdő fibroblaszt sejtvonal. DCC katalógusa mRNS expressziója figyelhető meg (az alsó ΔCT) a GCIY és NHLH sejtvonalak. DW jelöli desztillált vízzel katalógusa Ezután megvizsgáltuk a szövetség között DCC katalógusa promoter metiláció és a különböző klinikopatológiai és genetikai jellemzők. DCC katalógusa metilációs állapotát szignifikáns összefüggést MSI állapotát. MSI-pozitív gyomor rákos szignifikánsan gyakrabban társul DCC
metiláció, mint a DCC
unmethylation (23 vs. 6%, p
= 0,013; 2. táblázat). Nem volt szignifikáns összefüggést DCC katalógusa metilációs állapotát, és minden egyéb variables.Table 2 közötti társulás epigenetikai /genetikai eltérések a DCC gén klinikopatológiai jellemzők gyomorrák Matton DCC katalógusa Metiláció Állapot-% ( No.) Matton 18q LOH Állapot-% (sz) Matton DCC katalógusa módosítása Állapot-% (sz) Matton Unmethylation Matton Metiláció Matton P
nem informatív Matton Negatív
Pozitív Matton P
nem informatív Matton Negatív
Pozitív Matton Pozitív Matton P
Összesen Matton Metiláció egyedül katalógusa
LOH egyedül
Mindkét Matton (n = katalógusa 54) Matton (n = katalógusa 44) Matton (n
= 15) Matton (n = katalógusa 47) Matton (n katalógusa = 36) Matton (n = 15 katalógusa) hotelben
(n katalógusa = 25) Matton (n = katalógusa 58) Matton (n katalógusa = 22) Matton (n = 19 katalógusa ) Matton (n katalógusa = 17) Matton kor
átlagéletkora (SD) hotelben 63,6 (12,5) 67,0 katalógusa (10.7) hotelben 0,48a
68,9 (11,4) 64,8 katalógusa (11,4) hotelben 63,9 (12,4) hotelben 0.76a katalógusa 68,9 (11,4) 63,5 katalógusa (12,9) hotelben 64,8 (11,3) 66,3 katalógusa (9.5) hotelben 60,7 (12,7) 67,4 katalógusa (11,4) hotelben 0.98a
Neme fiatal női katalógusa 39 (21) hotelben 30 (13) hotelben 0.33b
40 (6) hotelben 38 (18) hotelben 28 (10) hotelben 0.32b katalógusa 40 (6) hotelben 44 (11) hotelben 29 (17) hotelben 32 (7) hotelben 32 (6) hotelben 24 (4) hotelben 0.19b katalógusa Férfi katalógusa 61 (23) hotelben 70 (31) hotelben 60 (9) hotelben 62 (29) hotelben 72 (26) hotelben 60 (9) hotelben 56 (14) hotelben 71 (41) hotelben 68 (15) hotelben 68 (13) hotelben 76 (13) hotelben Szövettan katalógusa Diff
41 (22) hotelben 59 (26) hotelben 0.071b katalógusa 47 (7) hotelben 55 (26) hotelben 42 (15 ) hotelben 0.22b katalógusa 47 (7) hotelben 52 (13) hotelben 48 (28) hotelben 59 (13) hotelben 32 (6) hotelben 53 (9)
076b katalógusa Undiff katalógusa 59 (32) hotelben 41 (18) hotelben 53 (8) hotelben 45 (21) hotelben 58 (21) hotelben 53 (8)
48 (12) hotelben 52 (30) hotelben 41 (9) hotelben 68 (13) hotelben 47 (8) hotelben Stage
IA /IB
20 (11) katalógusa 16 (7) hotelben 0.83b katalógusa 13 (2) hotelben 19 (9) hotelben 19 (7) hotelben 0.15b katalógusa 13 (2) hotelben 24 ( 6) hotelben 17 (10) hotelben 14 (3) hotelben 21 (4) hotelben 18 (3) hotelben 0.70b katalógusa IIA /IIB katalógusa 26 (14)
34 (15) hotelben 27 (4) hotelben 30 (14) hotelben 31 (11) hotelben 27 (4)
24 (6) hotelben 33 (19) hotelben 36 (8) hotelben 32 (6) hotelben 29 (5) hotelben IIIA /IIIB /IIC
39 (21) hotelben 36 (16) hotelben 53 (8) hotelben 43 (20) hotelben 25 (9) hotelben 53 (8) hotelben 40 (10) hotelben 33 (19) hotelben 45 (10) hotelben 26 (5)
24 (4) hotelben IV
15 (8) hotelben 14 (6) hotelben 7 (1) hotelben 9 (4) hotelben 25 (9) hotelben 7 (1)
12 (3) hotelben 17 (10) hotelben 5 (1) hotelben 21 (4) hotelben 29 (5) hotelben T katalógusa T1a /1b katalógusa 15 (8 ) hotelben 14 (6) hotelben 0.24b katalógusa 7 (1) hotelben 17 (8) hotelben 14 (5) hotelben 0.94b katalógusa 7 (1) hotelben 16 (4) hotelben 16 (9) hotelben 18 (4) hotelben 21 (4) hotelben 6 (1) hotelben 0.54b katalógusa T2 katalógusa 13 (7) hotelben 16 (7) hotelben 13 (2) hotelben 15 (7) hotelben 14 (5)
13 (2) hotelben 16 (4) hotelben 14 (8) hotelben 14 (3) hotelben 11 (2) hotelben 18 (3) hotelben T3 katalógusa 20 (11) hotelben 36 (16) hotelben 33 (5) hotelben 28 (13)
25 (9) hotelben 33 (5) hotelben 16 (4) hotelben 31 (18) hotelben 41 (9) hotelben 16 (3) hotelben 35 (6)
T4a /b katalógusa 52 (28) hotelben 34 (15) hotelben 47 (7) hotelben 40 (19) hotelben 47 (17) hotelben 47 (7) hotelben 52 (13) hotelben 40 (23) hotelben 27 (6) hotelben 53 (10) hotelben 41 (7) hotelben N katalógusa N0 katalógusa 30 (16) hotelben 23 (10) hotelben 0.66b katalógusa 20 (3) hotelben 28 (13) hotelben 28 (10) hotelben 0.29b katalógusa 20 (3) hotelben 32 (8)
26 (15) hotelben 23 (5) hotelben 32 (6) hotelben 24 (4) hotelben 0.19b katalógusa N1 katalógusa 37 (20) hotelben 32 (14)
47 (7) hotelben 38 (18) hotelben 25 (9) hotelben 47 (7) hotelben 44 (11) hotelben 28 (16) hotelben 32 (7)
26 (5) hotelben 24 (4) hotelben N2 katalógusa 20 (11) hotelben 30 (13) hotelben 20 (3) hotelben 26 (12) hotelben 25 (9 ) hotelben 20 (3) hotelben 20 (5) hotelben 28 (16) hotelben 32 (7) hotelben 21 (4) hotelben 29 (5) hotelben N3 katalógusa 13 (7) hotelben 16 (7) hotelben 13 (2) hotelben 9 (4) hotelben 22 (8) hotelben 13 (2) hotelben 4 (1) hotelben 19 (11) hotelben 14 (3) hotelben 21 (4) hotelben 24 (4) hotelben távoli áttét katalógusa Negatív katalógusa 85 (46) hotelben 86 (38) hotelben 0.87b katalógusa 93 (14) hotelben 91 (43) hotelben 75 (27) hotelben 0.041b katalógusa 93 (14) hotelben 88 (22) hotelben 83 (48)
95 (21) hotelben 79 (15) hotelben 71 (12) hotelben 0.55b
Pozitív katalógusa 15 (8) hotelben 14 (6) hotelben 7 (1)
9 (4) hotelben 25 (9) hotelben 7 (1) hotelben 12 (3) hotelben 17 (10) hotelben 5 (1) hotelben 21 (4)
29 (5) hotelben MSI állapot katalógusa MSI
6 (3) hotelben 23 (10) hotelben 0.013b ​​katalógusa 33 (5) hotelben 9 (4)
11 (4) hotelben 0.69b katalógusa 33 (5) hotelben 4 (1) hotelben 12 (7) hotelben 14 (3) hotelben 0 (0)
24 ( 4) hotelben 0.25b katalógusa Nem MSI
94 (51) hotelben 77 (34) hotelben 67 (10) hotelben 91 (43) hotelben 89 (32)
67 (10) hotelben 96 (24) hotelben 88 (51) hotelben 86 (19) hotelben 100 (19) hotelben 76 (13) hotelben LOH arány
átlagos aránya (SD) hotelben 0,23 (0,30) 0,26 katalógusa (0,31) hotelben 0.55a katalógusa 0,22 (0,29) 0,10 katalógusa (0,15) hotelben 0,44 (0,36) hotelben < 0.0001a
0,22 (0,29) 0,05 katalógusa (0,10) hotelben 0,33 (0,33) 0,16 katalógusa (0,18) hotelben 0,44 (0,34) 0,44 katalógusa (0,39) hotelben < 0.0001a
CIN *
Pozitív katalógusa 46 (25) hotelben 57 (25) hotelben 0.39b katalógusa 47 (7) hotelben 38 (18) hotelben 74 (25)
0.0017b katalógusa 47 (7) hotelben 24 (6) hotelben 66 (37) hotelben 55 (12) hotelben 76 (13) hotelben 71 (12) hotelben 0.0005b
Negatív katalógusa 54 (27) hotelben 43 (19) hotelben 53 (8) hotelben 62 (29) hotelben 26 (9) hotelben 53 (8) hotelben 76 (19) hotelben 34 (19) hotelben 45 (10) hotelben 24 (4) hotelben 29 (5) hotelben KRAS katalógusa /BRAF katalógusa /PIK3CA katalógusa
Mutant katalógusa 6 (3) hotelben 11 (5) hotelben 0.30b katalógusa 27 (4) hotelben 6 (3) hotelben 3 (1) hotelben 0.45b katalógusa 27 (4) hotelben 4 (1) hotelben 5 (3) hotelben 9 (2) hotelben 5 (1) hotelben 0 (0) hotelben 0.82b katalógusa Wild
94 (51) hotelben 89 (38) hotelben 73 (11) hotelben 94 (44) hotelben 97 (35) hotelben 73 (11) hotelben 96 (24) hotelben 95 (55) hotelben 91 (20) hotelben 95 (18) hotelben 100 (17) hotelben H.pyroli katalógusa Pozitív katalógusa 72 (39) hotelben 70 (31)
0.85b katalógusa 80 (12) hotelben 66 (31) hotelben 75 (27) hotelben 0.37b katalógusa 80 (12) hotelben 60 (15) hotelben 74 (43 ) hotelben 73 (16) hotelben 79 (15) hotelben 71 (12) hotelben 0.20b katalógusa Negatív katalógusa 28 (15) hotelben 30 (13) hotelben 20 ( 3) hotelben 34 (16) hotelben 25 (9) hotelben 20 (3) hotelben 40 (10) hotelben 26 (15) hotelben 27 (6) hotelben 21 (4 ) hotelben 29 (5) hotelben * Két esetben nem informatív CIN állapot katalógusa P katalógusa értéket számoltunk között unmethylation és metilációs, 18qLOH negatív és pozitív, és DCC változtatás negatív és pozitív (teljes) a Wilcoxon /Kruskal-Wallis tesztet katalógusa b P katalógusa értékeket számoltunk között unmethylation és metilációs, 18qLOH negatív és pozitív, és DCC változtatás negatív és pozitív (összesen) által Piason féle chi-négyzet próba katalógusa LOH 18q locus társított CIN fenotípus gyomorrák
közül informatív esetekben a frekvenciái 18q LOH minden mikroszatellita markert 14/41 (24%) a D18S35, 17/55 (31%) a D18S69, és 21/58 (36 %) a D18S58 (a helyét minden készítő ábrán látható. 1a). Daganatok mutatja LOH egyáltalán három, kettő, és csak az egyik a három mikroszatellit markerek voltak 4 (4,8%), 9 (11%), és 23 (28%) mennyiségben a 83 informatív esetek között 98 primer gyomor rák, ill. Daganatok mutatja LOH legalább az egyik a három mikroszatellit markereket 18q LOH kategóriába soroljuk 18q LOH-pozitív. Ezzel a kritériumnak, 18q LOH-pozitív daganatok mutattunk 36 (43%) 83 informatív esetek között 98 primer gyomorrák (2. táblázat).
Hasonlóan a DCC katalógusa metilációs állapotát vizsgáltuk összefüggést 18q LOH státusz és a különböző klinikopatológiai és genetikai jellemzők. Közül informatív esetekben a gyakorisága gyomorrák távoli metasztázisok magasabb volt 18q LOH-pozitív gyomor rák összehasonlítva 18q LOH-negatív rákos (25 vs. 9%, P
= 0,041; 2. táblázat). A LOH arányok számított hét másik loci is szignifikánsan magasabb volt a 18q LOH-pozitív, mint a 18q LOH-negatív tumorok (0,44 vs. 0,10, P katalógusa < 0,0001; 2. táblázat). Ezen eredmények szerint az, amikor a tumor mutatott LOH arány nagyobb, mint 0, akkor a tumor sorolták Cin-pozitív. Továbbá, Cin-pozitív gyomor- rákok, melyek szintén 18q LOH-pozitív szignifikánsan nagyobb mennyiségű, mint azok, amelyek 18q LOH-negatív (74 vs. 38%, p
= 0,0017; 2. táblázat). Korábbi tanulmányok már kimutatták, hogy a 18q veszteség gyakran megfigyelhető a colorectalis rák, és annak gyakorisága összefüggésben van CIN fenotípust, de fordítottan arányos MSI fenotípus [29, 30]. Ahogy a tanulmány másik tanulmány kimutatta, ezt a jelenséget reprodukálni gyomorrák. [18] katalógusa Expression és metilációs állapotát DCC katalógusa gyomorrákban sejtvonalak
Annak megállapítására közötti összefüggéseket DCC katalógusa expressziós státus és epigenetikai változások a DCC
gén megvizsgáltuk hírvivő RNS (mRNS) szintje reverz transzkripciós kvantitatív polimeráz láncreakció (RT-qPCR) alkalmazásával láncindító készlet korábban leírt [31] és a vizsgált közötti összefüggéseket DCC
expresszió és CpG metilációs állapotát a DCC-
promoter régió 10 gyomor rákos sejtvonalak (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2, NUGC-3, NUGC-4, GCIY, OGUM-1 és MKN1) és egy normális tüdő fibroblaszt sejtvonalat (NHLF). Minden sejtvonalak, kivéve MKN74, GCIY, OGUM-1, MKN1 és NHLF sejtek, sem csökkent expressziója DCC katalógusa géntranszkripciók, és a támogatók metilezé (ábra. 1e). Másrészt, bár a három sejtvonal, N87, OGUM-1, és MKN1 mutatott csökkent expressziója DCC katalógusa gén átiratok, DCC
promoterek azokban a sejtekben nem metilezett COBRA. Között a 10 gyomor rákos sejtvonalak, csak a GCIY sejtvonalban expresszált DCC
átiratok ugyanazon a szinten, mint NHLF sejteket, de a promoter volt metilált. Amikor kategorizált sejtvonal mutatja aΔC T több mint 15,0 például DCC
expresszió-negatív és egy sejtvonal aΔC T 15,0 vagy ennél kisebb, mint DCC
expresszió-pozitív, akkor csak a GCIY sejtvonal lehetne minősíteni DCC katalógusa kifejezés pozitív közül hét gyomorrák sejtvonalak DCC katalógusa metiláció; ez az eredmény statisztikailag nem szignifikáns. katalógusa csökkentése DCC kifejezés megköveteli a genetikai és epigenetikai változások katalógusa Ezután megvizsgáltuk a szövetség között DCC fehérje expresszióját és genetikai és epigenetikai változásokat hozott a DCC katalógusa gén 86 gyomorrák példányok. Jellegzetes példák az immunhisztokémiai (IHC) festést eredményeket ábrán mutatjuk be. 2a-c. Mi kategorizált daganatok a következő három csoportba alapul IHC eredményeket analizáltuk, mint a kategorikus változó: teljes elvesztése DCC expresszió (8 esetben, 9%; 2A.), Fokális elvesztése DCC expresszió (38 esetben, 44%; ábra. 2b), és a pozitív DCC fehérje expresszióját (40 eset, 47%; ábra. 2c). Között 86 gyomorrák, 46 esetben (53%) megjelenített csökkentett DCC kifejezést. Egy korábbi tanulmány szerint a csökkent DCC expresszió volt megfigyelhető összesen 38% -a gyomor rák, és színpadi T1-T2 tumorok megtartotta a DCC kifejezés míg ben megszüntették T3 tumorok [32]. Ez az eredmény is reprodukálható ebben a vizsgálatban (Plusz fájl 2: S2 kép). Ábra. 2 DCC katalógusa promoter metiláció és immunhisztokémiai elemzések. Immunhisztokémia elemzés DCC katalógusa (A-C). A sejtmagokat a daganatos sejtek teljesen negatívan (A), fokálisan negatívan (B), és pozitívan (C) festettük. (D) közötti társulás epigenetikai /genetikai eltérés és DCC katalógusa kifejezés katalógusa Ezután megvizsgáltuk összefüggést a genetikai és epigenetikai változások és a DCC kifejezés állapotát. Hét 8 esetben teljes elvesztése, 33, 38 esetben fokális veszteség, és a 34, 40 esetben pozitív DCC expresszió informatív mindkét DCC katalógusa promoter metiláció és 18q LOH. Azt találtuk, hogy között a daganatok teljes elvesztése DCC kifejezés, 5/7 rákok (71%) bizonyították mindkét DCC
promoter metiláció és 18q LOH. Ezzel szemben, a 8/33 rákok (24%) mutatott fokális elvesztése DCC expresszió és mindkét metiláció és LOH, 5/33 rákok (15%) mutatott LOH egyedül, és 12/33 rákok (36%) jelenik metiláció egyedül. Között a rákok, amelyek pozitívak voltak DCC kifejezés, csak 2/34 rák (6%) kimutatták mind metilezés és LOH, 13/34 (38%) rákok Loh egyedül, és 8/34 rákok (24%) metiláció önmagában (rákok mutató mindkét DCC katalógusa metiláció és 18q LOH vs. a többiek, P katalógusa = 0,0048, a Pearson-féle chi-négyzet próba mutatja be. 2d). Adataink arra utalnak, hogy a csökkenés DCC kifejezés előírhatja sűrű metiláció promoter CpGs és LOH a 18q locus szerint a két hit elmélet [33]. Katalógusa közötti társulás klinikopatológiai jellemzők és genetikai /epigenetikai változások DCC
a gyomorrák katalógusa Mivel mind epigenetikai és genetikai elváltozások kritikus DCC elnyomása, megvizsgáltuk a kapcsolatát epigenetikai és genetikai elváltozások a DCC katalógusa gén különböző klinikopatológiai jellemzői. 98 gyomorrák, 15 rákos elváltozást minősíteni nem informatív, 25 daganatos kategorizáljuk negatív DCC katalógusa változásokat, és 58 rákos kategorizáljuk pozitív DCC katalógusa változtatások. Között klinikopatológiai jellemzők, LOH arány és CIN fenotípusok megoszlása ​​jelentősen különbözött a rák negatív és pozitív DCC katalógusa elváltozások (2. táblázat).
Közül 58 rákok DCC katalógusa elváltozások, 17 daganatok megmutatta elváltozások mindkét DCC
metiláció és 18q LOH szerint 19 18q LOH egyedül, és 22 rákok mutatott DCC katalógusa metiláció egyedül. A LOH számított ráta a többi hét lókusz szignifikánsan legmagasabb gyomorrák mindkét DCC katalógusa metiláció és 18q LOH (átlag LOH arány 0,44; SD ± 0,39), és a rákos megbetegedések 18q LOH egyedül (átlag LOH arány, 0,44; SD ± 0,34), intermedier rákok DCC katalógusa metiláció egyedül (átlag LOH arány 0,16; SD ± 0,18), míg a legalacsonyabb a rák negatív DCC katalógusa elváltozások (átlagos LOH arány, 0,05; SD ± 0,10; P
< 0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis teszt). Amikor kategorizált gyomor rákok LOH arányok nagyobb, mint 0 a CIN-pozitív, 12/17 gyomor rák (71%), mindkét DCC
metiláció és 18q LOH, 13/17 gyomor rák (76%) a 18q LOH egyedül, Ábra. Ábra. Minden szerző elolvasta és jóváhagyta a végleges kéziratot. Katalógusa

• Családjában rákos és gyomor betegségek és a kockázat a nyelőcső és a gyomor adenocarcinoma: eset-kontroll study
• Kettős arc térfogati modulált kezelés javítja dóziseloszlást képest statikus töltőhellyel IMRT és 3D konformális sugárkezelés adjuváns kezelés a gyomor cancer