Genetski i Epigenetske variranje netrin-1 receptora u karcinomu želuca sa kromosomskim instability

genetskih i epigenetičkim izmjenama netrin-1 receptora u karcinomu želuca s kromosomske nestabilnosti
apstraktne pregled pozadine
genskih izraza netrin-1 ovisnost receptore DCC pregled i UNC5C pregled, često su regulirani u mnogim raka. Mi smo pretpostavili da je regulacija DCC i UNC5C ima važnu rasta regulatornu funkciju u želučanom tumorigenezi. pregled Rezultati
U ovom istraživanju, niz genetski i epigenetičko analize za DCC Netlogu i UNC5C pregled se obavlja u japanska skupina od 98 sporadičnih želučanih tumora i odgovarajućim normalnim želučane sluznice primjeraka. Gubitak heterozigotnosti (LOH) analizira i mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) analiza primijenjena je za određivanje kromosomske nestabilnosti (CIN) i MSI fenotipova, respektivno. Više od 5% metilacije u DCC Netlogu i UNC5C pregled, promotori su pronađene u 45% (44/98) i 32% (31/98) želučani karcinom, odnosno, au 9% (9/105) i 5% (5/105) normalni želučane sluznice, respektivno. Sveukupno, 70% (58 od 83 informativnih slučajeva) i 51% (40 od ​​79 informativnih slučajeva) želučanog karcinoma s utočištem ili LOH ili neprirodni metilacije u DCC Netlogu i UNC5C pregled gena, respektivno. Ukupno, 77% (51 od 66 informativnih slučajeva) želučanog karcinoma pokazala kumulativne nedostatke u ove dvije ovisnosti receptore i značajno su povezane s kromosomske nestabilnosti. Oba DCC i UNC5C inaktivirani su u 97% CIN-pozitivnih želučanog karcinoma iu 55% CIN-negativnih karcinoma želuca. Pregled zaključaka
grešaka u netrin receptora je zajednička značajka u želučanim raka. DCC pregled, promjene su očito u ranim fazama, a UNC5C pregled promjene eskalirati s progresijom bolesti, što upućuje da su kumulativne promjene u netrin-1 receptora je kasno događaj u želudac napredovanje raka, te naglašavajući važnost ove rast regulatornog put u želučanom karcinogeneze. pregled Ključne riječi pregled rak želuca Metilacija kromosomske nestabilnosti DCC pregled UNC5C pregled netrin-1 receptore Pozadina pregled globalnih procjena incidencije raka rang raka želuca kao četvrti najčešći malignitet i drugi najčešći uzrok smrti od raka povezanih svijetu [1]. Rak želuca je heterogena bolest s više etiologija ekološkim i alternativnim putevima karcinogeneze [2, 3]. Jedan od glavnih etioloških čimbenika rizika za rak želuca je Helicobacter pylori pregled (H. pylori pregled) infekcije. Ranija izvješća ukazuje na stopu infekcije 93,1-100% za H. pylori
u bolesnika s karcinomom želuca, dok je samo 1,2 do 2,8% osoba zaraženih H. pylori
razviti rak želuca [4-7].
Trenutna saznanja o molekularnim mehanizmima koji želučane karcinogeneze pokazuje jednu veliku epigenetičku nestabilnost put i dva velika genetska nestabilnost putevi [8]. Glavni epigenetičko nestabilnost put je definiran kao CpG otok methylator fenotipu (CIMP), koji je u početku opisan u karcinomima debelog crijeva, a također promatrane u podskupu želučanog karcinoma i koji lukama kritičnu razinu nenormalnom promotora Hipermetilacija povezan s transkripcije odsutnost višestrukog tumora supresorski geni [9, 10]. Dvije glavne genetske nestabilnosti putevi su mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) i kromosomske nestabilnosti (CIN) [8]. MSI je definiran kao prisustvo replikacije pogreške u jednostavnim ponavljajućih sekvenci mikrosatelitskih uzrokovanih (MMR) nedostatke sustava za mismatch popravak. Jedan od njih je Lynch sindrom uzrokovan rasplodnih stanica mutacija u MMR gena, a drugi je sporadična MSI uzrokovane uglavnom promotora Hipermetilacija u MLH1 pregled gena [10, 11]. S druge strane, CIN, koja se odlikuje kromosomskih promjena-ni kvalitativno ili kvantitativno-je češća put koji može sadržavati clinicopathologically i molekulski heterogene tumori [8].
Rak Genome Atlas istraživačka mreža nedavno je podijeljen želučanog karcinoma u četiri podvrste [12]. Tumori su prvi kategorizirani Epstein-Barrov virus (EBV) -positivity (9%), zatim s MSI-vrlo dobro stanje, u daljnjem tekstu MSI-pozitivne (22%), a ostali tumori su klasificirani prema stupnju aneuploidije na one nazivaju Genomski stabilan (20%) ili oni koji pokazuju CIN (50%). EBV-pozitivni tumori, kao i MSI-pozitivni tumori bili poznati klastera, svaki na svom, izlaže ekstremno CIMP. Razlike između EBV-CIMP i MSI-povezanih želučanu CIMP metilacije profili su na primjeru činjenice da su svi EBV-pozitivnih tumora ispitivani prikazan lokusu CDKN2A
(p16INK4a
) promotor Hipermetilacija ali nedostajala MLH1 pregled Hipermetilacija karakteristiku MSI-povezana CIMP.
S obzirom na CIN karakterizira broj kopija promjena kromosoma, Deng i sur. Rabljeni visoke rezolucije genomske analize na profil somatske broj kopija promjene u vijeću od 233 želučanog karcinoma (primarnih tumora i staničnih linija) i 98 podudarnih želučanih ne-malignih tkiva. Što se tiče širokih kromosomske regije, najčešće pojačavaju regija uključuje kromosome 1Q, 5P, 6P, 7p, 7q, 8q, 13q, 19p, 20P i 20q, a najčešće brišu regije uključene kromosoma 3P, 4P, 4Q, 5q, 6q , 9p, 14q, 18q i 21q [13].
Često izbrisani kromosomske regije obično karakterizira gubitak heterozigotnosti (LOH) i ukazuju na prisutnost gena za suzbijanje tumora [14, 15]. LOH na kromosomu 18q21 nalazi se u 30-71% želučanog raka [13, 16-18], a DPC4 pregled (Smad4 pregled) /DCC pregled Pretpostavlja se da su se glavni ciljevi. DPC4 pregled (Smad4 pregled), supresor gena tumora, pokazuje česte mutacije u pratnji Loh u oko 20% gušterače raka [19], ali ne i mutacije su iskazane u želučanim raka [20]. Za razliku od toga, nekoliko studija su usmjerene na DCC pregled genskih promjena, a njegova genetska /epigenetičko status i dalje ostaje gotovo neistraženo kod raka želuca, što zbog duljine i složenosti tog gena [21]. Novije studije su pokazale da DCC i UNC5C služe kao receptori za ovisnost netrin-1, a time i za pojačanje svoju potencijalnu ulogu za tumor, smetnji u ljudskim tumorima [22-25].
DCC receptori su raspoređeni duž duljine epitela u crijevu, dok je netrin-1 diferencijalno eksprimiran, formiranje gradijent unutar probavnog trakta [24]. Visoka koncentracija netrin-1 je prisutan u kripte bazi, gdje su matične stanice i prolazno umnožavanjem stanica borave. S druge strane, niska koncentracija netrin-1 postoji na vrhu resica, gdje su mnogi stanice prolazi apoptoza i sloughing-off. Ovaj netrin-1 gradijent ispitana dalje koristeći se transgeničnim miševima kako bi se utvrdilo netrin-1 je odgovoran za regulaciju DCC-induciranu apoptozu u intestinalni epitel [24]. Studija Mazelin et al. pokazuje da netrin-1 hiperekspresija uzrokovala smanjenje intestinalne epitelnih smrti stanica, dok se više ne primjećuje porast proliferaciji i diferencijaciji stanica. S druge strane, novorođenče miševi netrin-1 mutant je povećala staničnu smrt. Uzeti zajedno, ti podaci podupiru koncept da netrin-1 regulira apoptozu preko DCC-ovisnosti receptora u crijevima. Međutim, netrin-1 je vjerojatno da će biti izravna regulator crijevne homeostaze, s obzirom da je normalno epitela organizacija nije poremećen netrin-1 prekomjernom ekspresijom [24].
Slično DCC receptore, drugi netrin-1 receptore, uključujući UNC5A, UNC5B i UNC5C, također su otkriveni kao narodni tumor supresorski geni u različitim tumorima, uključujući rak želuca [26, 27]. Posebno, dvostruko podreguliranje UNC5C ekspresije u usporedbi s odgovarajućim normalnog tkiva zabilježeno je u oko 70% slučajeva raka želuca [26]. Ova regija se nalazi na 4q21-23, što je često mjesto delecije u karcinoma želuca i povezan je s epigenetičke inaktivaciji gena, kao što su promotorski metilacije [26-28].
U ovoj studiji, pretpostavili smo da regulacija DCC i UNC5C igra važnu rasta regulatornu funkciju u želučanom tumorigenezi, koje smo obratio ispitivanjem panel želučanog staničnim linijama karcinoma i kliničkih uzoraka bolesnika s karcinomom želuca. Ovdje smo izvješće da je većina želučanih karcinoma pokazuju gubitak oba netrin-1 receptore. Također pružiti podatke koji ukazuju da je inaktivacija tih receptora posredovana genetskim i epigenetičkim mehanizama. Kumulativno nedostaci u ova dva ovisnost receptora značajno su povezane s CIN fenotipu, naglasivši važnost tih novih nalaza i ovaj rast regulatorni put u želučanom karcinogeneze. | Rezultati
Karakteristike bolesnika s karcinomom želuca
od 98 karcinoma želuca pacijenti 34 pacijenata su žene (35%) i 48 tumori su patološki dijagnosticirana kao razlikuju (49%) (Tablica 1). S obzirom na TNM stadiju, 18, 29, 37, i 14 bolesnika s karcinomom želuca su klasificirani kao stadija I, II, III, i IV, redom. Tumorske genetskim analizama, 13 želučani karcinom su kategorizirani kao prikazivanje mikrosatelitne nestabilnosti (MSI, 13%). Omjer Srednja LOH od 98 tumora bio je 0,24 (standardna devijacija (SD), ± 0,3) .table 1 Karakteristike bolesnika s rakom želuca
Karakterističan pregled
Postotak (br)
doba pregled Prosječna starost (SD)
65,1 (11,8)
Spol pregled Ženski pregled 35 (34) pregled Muški pregled 65 (64) pregled Histologija pregled Diff
49 (48) pregled Undiff pregled 51 (50) pregled Stage
IA /IB
18 (18) pregled IIA /IIB
30 (29) pregled IIIA /IIIB /IIIC
38 (37) pregled, IV
14 (14) pregled, T pregled T1a /1b pregled 14 (14) pregled T2 pregled 14 (14 ) pregled, T3 pregled 28 (27) pregled T4A /4b pregled 44 (43) pregled, N pregled N0 pregled 27 (26) pregled N1 pregled 35 (34 ) pregled N2 pregled 24 (24) pregled, N3 pregled 14 (14) pregled, udaljene metastaze pregled Negativna pregled 86 (84)
Pozitivan pregled 14 (14) pregled MSI
MSI
13 (13)
Non-MSI pregled, 87 (85) pregled, LOH Ratio
srednji omjer (SD)
0,24 (0,3 ) pregled CIN pregled pozitivnih pregled, 51 (50) pregled Negativna pregled 47 (46) pregled Not informativnog Netlogu dva (2) pregled KRAS
Mutant pregled pet (5) pregled Wild
95 (93)
BRAF
Mutant
0 (0) pregled Wild
100 (98)
PIK3CA
Mutant pregled, 4 (3) pregled Wild
96 (94) pregled H.pyroli pregled pozitivnih pregled, 71 (70) pregled Negativna pregled 29 (28)
CIN fenotip je kategoriziran izračunavanjem omjera Loh od informativnih markere sedam polimorfnih mikrosatelitni sekvenci u, neovisno od 4Q i 18q lokusa. Kada je tumor pokazala LOH omjer veći od 0, tumor kategoriziran CIN pozitivne. Po ovom kriteriju, 50/98 tumori (51%) su bili klasificirani kao CIN-pozitivni.
Izravno sekvenciranje želučanog uzoraka raka otkrilo je udio Kraša Netlogu, BRAF Netlogu i PIK3CA pregled mutacija (tablica 1). Mutacije su otkrivene u Krasu Netlogu kodona 12 (5%, N pregled = 5/98) i kodon 13. (1%, N pregled = 1/98); BRAF pregled kodon 600 (0%, N pregled = 0/98); PIK3CA pregled kodon 545 (1%, N pregled = 1/98); i kodon 1047 (3%, N pregled = 3/98). KRAS pregled kodon 12 mutacije sastoji od G12D (35g u A, N pregled = 4) i G12R (34g u C, N pregled = 1) i kodon 13 mutacije uključuju G13D (38 g u A, N
= 1). Zanimljivo je da je jedan tumor prikazuje kako Kraš
kodona 12 i 13 mutacija (dodatne datotečne 1: Slika S1A). PIK3CA pregled ekson 9 mutacija obuhvaća E545K (1633G u A, N pregled = 1), dok je ekson 20 mutacija obuhvaća H1047R (3140A u G, N pregled = 3). Nadalje, utvrdili smo stanje infekcije H. pylori pregled obnavljanjem CagA pregled genotip (Dodatne datoteke 1: Slika S1B). Kroz ovu analizu, možemo oporaviti CagA pregled slijed od 70 želučanog tkiva raka (71%). Pregled Metilacija status DCC Netlogu u želučanom uzoraka raka i povezanost s kliničkopatološkim značajke pregled istražili smo DCC
status metilacije u 98 želučanog raka i 105 normalnih želučane sluznice primjeraka. Lokacija DCC pregled gena i rezultati panel reprezentativnog kombinaciji bisulfita ograničenje analize (COBRA) prikazani su na slici. 1a-b; ovi rezultati su analizirani kao kontinuirane varijable (Sl. 1 C). Otkrili smo da je 56/98 želučani karcinom (57%) i 31/105 normalni želučane sluznice primjerci (29,5%) prikazuje više od 1,0% metilacije u DCC pregled promotora. Razina Srednja metilacije 18,3% [95% interval pouzdanosti (CI), 14,5 - 22,2%] kod želučanih tkiva raka koje se prikazuju preko 1,0% metilacije u DCC pregled, promotor i 4,9% (95% CI, 3,3 do 6,5% ) u odgovarajućim normalnim želučane sluznice primjerke koji se prikazuju preko 1,0% metilacije (P izvoznici < 0.0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis test; Sl. 1c-d). Stoga, definirali smo DCC pregled metiliranje 5% ili više, kao kontinuirane varijable (tj > 5.0% metiliranje je definirana kao metilacija-pozitivne (dietilom) i metil-estera 5,0% metilacije kao metilacije-negativnih (nemetilirani)) , Koristeći taj kriterij, gledali smo DCC pregled metilirani slučajeve u 44/98 želučanog karcinoma (45%) i na 9/105 normalnoj sluznici želuca (9%). Sl. 1 DCC pregled promotor metilacije i 18q LOH analize. (A) Shematski prikaz položaja triju Loh sondi i DCC pregled gena promotora regijama u kromosomu 18. Crvena linija pregled označava DCC pregled, gen. Gray pregled i crni kvadrati pregled zastupaju neprevedenih i kodnim egzona 1 regijama, odnosno; strelice na trgovima pregled ukazuju transkripcije početne stranice; okomite crte pregled ukazuju CpG stranice; bijeli dijamanti pregled zastupaju restrikcijskih mjesta za HhaI; debele vodoravne crte pregled prikazuju lokacije Cobra proizvoda; Strelice na debelim vodoravnih linija
označavaju Cobra primera. (B) Reprezentativni Cobra DCC. Strelice pregled ukazuju metilirani alela; M pregled označava metilacije; U pregled označava unmethylation; Mc pregled označava metilirani kontrolu; SM pregled označava oznaku veličine. (c) Rezultati DCC pregled metilacije kao kontinuirane varijable. U dijagramima box plot, vodoravna linija
u svaki okvir predstavlja medijan, granice
svake kutije predstavljaju interquartile raspone, a brkove pregled su maksimalne i minimalne vrijednosti. Svaki Zelena traka pregled predstavlja srednju vrijednost. NM pregled označava normalnu sluznicu. T pregled označava tumor. (D) Učestalost metilacije-pozitivnosti raka i normalnih tkiva prema različitim pragovima. (E) DCC pregled razinu ekspresije mRNA i status metilacija 10 želučanim staničnih linija raka i stanična linija karcinoma pluća fibroblasta. DCC pregled mRNA se promatra (niži ΔCT) u GCIY i NHLH staničnim linijama. DW označava destilirana voda pregled Dalje, istražili smo povezanost između DCC pregled promotora metilacije i razne kliničkopatološkim i genetske značajke. DCC pregled metilacije status je značajno povezana s MSI status. MSI pozitivni karcinome želuca značajno češće povezan s DCC pregled metilacije nego DCC pregled unmethylation (23 vs. 6%, P = 0,013 pregled; Tablica 2). Nije bilo značajne povezanosti između DCC pregled metilacije status i bilo koje druge variables.Table 2. Udruge između epigenetičkim /genetske promjene gena DCC i kliničkopatološkim značajke u želučanog karcinoma
DCC pregled Metilacija Status-% ( Ne)
18q LOH Status-% (br)
DCC pregled Izmjena Status-% (br)
Unmethylation
Metilacija
P
Ne informativan
Negativan
pozitivan
P
Ne informativno
Negativan
Pozitivna
Pozitivan
P
Ukupno
metilacije na miru pregled
LOH sama
I
(n pregled = 54)
(n pregled = 44)
(n
= 15)
(n pregled = 47)
(n pregled = 36)
(n pregled = 15) pregled
(n pregled = 25)
(n pregled = 58)
(n pregled = 22)
(n pregled = 19 )
(n pregled = 17)
Starost
Srednje dobi (SD)
63,6 (12,5)
67,0 (10,7) pregled 0.48a
68,9 (11,4) pregled, 64,8 (11,4) pregled, 63,9 (12,4) pregled 0.76a pregled 68.9 (11.4)
63,5 (12,9)
64,8 (11,3)
66,3 (9.5) pregled, 60,7 (12,7) pregled, 67,4 (11,4) pregled 0.98a
Spol pregled Ženski pregled 39 (21)
30 (13) pregled 0.33b
40 (6)
38 (18)
28 (10)
0.32b pregled 40 (6)
44 (11)
29 (17)
32 (7)
32 (6)
24 (4) pregled 0.19b pregled Muški pregled 61 (23)
70 (31)
60 (9) pregled 62 (29)
72 (26)
60 (9)
56 (14)
71 (41)
68 (15)
68 (13)
76 (13) pregled, histologiju pregled Diff
41 (22)
59 (26)
0.071b pregled 47 (7)
55 (26)
42 (15 )
0.22b pregled 47 (7)
52 (13)
48 (28)
59 (13)
32 (6)
53 (9)
076b pregled Undiff pregled 59 (32) pregled, 41 (18)
53 (8)
45 (21)
58 (21)
53 (8)
48 (12)
52 (30)
41 (9)
68 (13)
47 (8) pregled Stage
IA /IB
20 (11) pregled, 16 (7)
0.83b pregled 13 (2)
19 (9)
19 (7) pregled 0.15b pregled 13 (2)
24 ( 6)
17 (10)
14 (3)
21 (4)
18 (3) pregled 0.70b pregled IIA /IIB pregled 26 (14)
34 (15)
27 (4)
30 (14)
31 (11)
27 (4)
24 (6)
33 (19) pregled 36 (8)
32 (6)
29 (5) pregled IIIA /IIIB /IIC
39 (21)
36 (16)
53 (8) pregled 43 (20)
25 (9)
53 (8)
40 (10)
33 (19)
45 (10)
26 (5)
24 (4) pregled, IV
15 (8)
14 (6) pregled, 7 (1) pregled, 9 (4) pregled, 25 (9) pregled, 7 (1)
12 (3)
17 (10) pregled 5 (1)
21 (4)
29 (5)
T
T1a /1b
15 (8 )
14 (6)
0.24b pregled 7 (1)
17 (8)
14 (5)
0.94b
7 (1) pregled, 16 (4)
16 (9)
18 (4)
21 (4) pregled, 6 (1) pregled 0.54b pregled T2 pregled 13 (7) pregled 16 (7)
13 (2)
15 (7)
14 (5)
13 (2)
16 (4)
14 (8)
14 (3)
11 (2)
18 (3) pregled, T3 pregled 20 (11)
36 (16)
33 (5)
28 (13)
25 (9)
33 (5)
16 (4)
31 (18)
41 (9)
16 (3)
35 (6)
T4A /b pregled 52 (28)
34 (15)
47 (7)
40 (19)
47 (17)
47 (7)
52 (13)
40 (23)
27 (6)
53 (10)
41 (7) pregled, N pregled N0 pregled 30 (16)
23 (10) pregled 0.66b pregled 20 (3)
28 (13)
28 (10)
0.29b pregled 20 (3)
32 (8)
26 (15)
23 (5)
32 (6)
24 (4) pregled 0.19b pregled N1 pregled 37 (20)
32 (14)
47 (7)
38 (18)
25 (9)
47 (7)
44 (11)
28 (16)
32 (7)
26 (5)
24 (4) pregled N2 pregled 20 (11)
30 (13)
20 (3)
26 (12)
25 (9 )
20 (3)
20 (5)
28 (16)
32 (7)
21 (4)
29 (5) pregled, N3 pregled 13 (7)
16 (7)
13 (2) pregled, 9 (4)
22 (8)
13 (2) pregled, 4 (1)
19 (11)
14 (3)
21 (4)
24 (4) pregled, udaljene metastaze pregled Negativna pregled 85 (46)
86 (38)
0.87b pregled, 93 (14)
91 (43)
75 (27)
0.041b pregled, 93 (14)
88 (22)
83 (48)
95 (21)
79 (15)
71 (12) pregled 0.55b
Pozitivan pregled 15 (8)
14 (6)
7 (1) pregled, 9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10) pregled 5 (1)
21 (4)
29 (5) pregled statusa MSI pregled MSI
6 (3)
23 (10)
0.013b ​​pregled 33 (5) pregled, 9 (4)
11 (4) pregled 0.69b pregled 33 (5) pregled, 4 (1)
12 (7)
14 (3) pregled, 0 (0)
24 ( 4) pregled 0.25b pregled Non-MSI
94 (51)
77 (34)
67 (10)
91 (43)
89 (32)
67 (10)
96 (24)
88 (51)
86 (19) pregled, 100 (19)
76 omjer (13) pregled, LOH
Srednje omjer (SD) pregled, 0,23 (0,30) pregled, 0,26 (0,31) pregled 0.55a pregled 0,22 (0,29)
0,10 (0,15)
0,44 (0,36) izvoznici < 0.0001a pregled, 0,22 (0,29) pregled, 0,05 (0,10) pregled, 0,33 (0,33) pregled, 0,16 (0,18) pregled, 0,44 (0,34) pregled, 0,44 (0,39) izvoznici < 0.0001a
CIN *
Pozitivna pregled 46 (25)
57 (25)
0.39b pregled 47 (7)
38 (18)
74 (25)
0.0017b pregled 47 (7)
24 (6)
66 (37)
55 (12)
76 (13)
71 (12) pregled 0.0005b pregled Negativna pregled 54 (27)
43 (19)
53 (8)
62 (29)
26 (9)
53 (8)
76 (19)
34 (19)
45 (10)
24 (4)
29 (5) pregled KRAS pregled /BRAF pregled /PIK3CA pregled
Mutant pregled 6 (3)
11 (5) pregled 0.30b pregled 27 (4) pregled 6 (3) pregled 3 (1) pregled 0.45b pregled 27 (4) pregled, 4 (1) pregled 5 (3) pregled, 9 (2) pregled 5 (1) pregled, 0 (0) pregled 0.82b pregled Wild
94 (51)
89 (38)
73 (11)
94 (44)
97 (35)
73 (11)
96 (24) pregled 95 (55)
91 (20)
95 (18) pregled, 100 (17) pregled H.pyroli pregled Pozitivan pregled 72 (39)
70 (31)
0.85b pregled 80 (12)
66 (31)
75 (27)
0.37b
80 (12)
60 (15)
74 (43 )
73 (16)
79 (15)
71 (12) pregled 0.20b pregled Negativna pregled 28 (15)
30 (13)
20 ( 3)
34 (16)
25 (9)
20 (3)
40 (10)
26 (15)
27 (6)
21 (4 )
29 (5) pregled, * dva slučaja nisu informativni CIN status pregled P pregled vrijednost se izračunava između unmethylation i metilacije, 18qLOH negativno i pozitivno, i DCC izmjene negativne i pozitivne (ukupno) od Wilcoxon /Kruskal-Wallis test
b P
izračunate su vrijednosti između unmethylation i metilacije, 18qLOH negativnog i pozitivnog, a DCC promjene negativnog i pozitivnog (ukupno) od strane Piason je hi-kvadrat test
Loh od 18q lokusa povezana s CIN fenotipa u rak želuca pregled Među informativnih slučajeva frekvencije 18q Loh na svakom mikrosatelitne markera su 14/41 (24%) na D18S35, 17/55 (31%) na D18S69 i 21/58 (36 %) na D18S58 (položaj svakog kavu prikazan je na slici. 1a). Tumori koji pokazuju LOH na sve tri, dva, a samo jedan od tri mikrosatelitni markera su 4 (4,8%), 9 (11%), a 23 (28%) od 83 informativnih slučajeva među 98 osnovnih želučanog karcinoma, respektivno. Tumori koji pokazuju LOH u barem jednoj od tri mikrosatelitni markera za 18q Loh su kategorizirani kao 18q LOH-pozitivan. Po ovom kriteriju, 18q LOH-pozitivni tumori otkrivene su u 36 (43%) od 83 informativnih slučajeva među 98 osnovnih želučanog karcinoma (Tablica 2).
Slično DCC pregled metilacije status, istražili smo povezanost između 18q Loh status i razne kliničkopatološkim i genetskih obilježja. Među informativnih slučajeva, učestalost raka želuca sa udaljenih metastaza bila je veća u 18q Loh-pozitivnih želučanog karcinoma u usporedbi s 18q Loh-negativnih vrsta raka (25 vs 9%, p = 0,041 pregled; tablica 2). U Loh omjeri izračunati za ostalih sedam lokusa su također značajno veći za 18q LOH-pozitivnih nego za 18q Loh-negativne tumora (0,44 vs 0,10, P izvoznici < .0001; tablica 2). Prema tim rezultatima, kada je tumor pokazao je LOH omjer veći od 0, tumor je kategoriziran kao CIN-pozitivni. Nadalje, CIN-pozitivne karcinome želuca, koji su bili također 18q LOH-pozitivni su znatno bogatije od onih koji su bili 18q LOH-negativno (74 vs. 38%, P pregled = 0,0017; tablica 2). Prethodna ispitivanja su pokazala da 18q gubitak uobičajeno promatra u kolorektalnim karcinomima, a frekvencija je povezana s CIN fenotipom ali obrnutoj su korelaciji s MSI fenotipom [29, 30]. Kao što je naša studija i druga studija pokazala, ovaj fenomen je također reproducira za želučane raka [18]. Pregled, Expression i metilacije status DCC Netlogu u želučanom staničnim linijama karcinoma
Procijeniti povezanost između DCC pregled izražavanja statusa i Epigenetske promjene u DCC pregled gena, ispitali smo RNK (mRNK) razina reverznom transkripcijom lančanom reakcijom polimeraze kvantitativno (RT-qPCR) pomoću primera prethodno podešene opisani [31] i ispituje povezanost između DCC pregled izražavanja i stanje CpG metilacija u DCC pregled promotorske regije 10 želučanim tumorskih staničnih linija (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2 NUGC-3 NUGC-4 GCIY, OGUM-1 i MKN1) i jedan normalan pluća stanična linija fibroblasta (NHLF). Sve stanične linije, osim MKN74, GCIY, OGUM-1, MKN1 i NHLF stanicama, pokazali su smanjenje ekspresije DCC pregled genskih transkripata, a njihove Promotori su metilirani (Sl. 1e). S druge strane, iako se tri stanične linije, N87, OGUM-1 i MKN1 pokazali smanjenje ekspresije DCC pregled genskih transkripata, DCC pregled promotori u tim stanicama nije metilirana Cobra. Među 10 rak želuca stanične linije, samo stanična linija GCIY izraženi DCC pregled transkripta na istoj razini kao i NHLF stanica, ali je promotor je metiliran. Kada smo kategorizirani staničnu liniju koja pokazuje aΔC T od više od 15,0 DCC pregled izražavanja-negativni i stanične linije s aΔC T od 15,0 ili manje DCC pregled izraze pozitivno, samo GCIY stanična linija može se okarakterizirati kao DCC pregled izražavanja pozitivnih među sedam želučane staničnim linijama karcinoma sa DCC pregled metilacije; taj nalaz bio je statistički beznačajna. pregled Smanjenje DCC izražavanja zahtijeva i genetički i Epigenetske izmjena
Dalje, istražili smo povezanost između DCC ekspresije proteina i genetskih i epigenetičkim promjenama u DCC pregled gena u 86 karcinoma želuca primjerci. Reprezentativni primjeri imunohistokemijski rezultati (IHH) bojanja prikazani su na slici. 2a-c. kategorizirani smo tumore u sljedeće tri skupine na temelju rezultata IHC analizirana kao kategorički varijable: potpuni gubitak DCC izražavanja (. 8 slučajeva, 9%, Slika 2a), žarišna gubitak DCC izraza (38 slučajeva, 44%; Sl. 2b), a pozitivni DCC ekspresija proteina (40 slučajeva, 47%; Sl. 2c). Među 86 želučanog karcinoma, 46 slučajeva (53%) koji se prikazuje smanjen DCC izraz. Prethodna studija izvijestio da je smanjena DCC izraz zabilježeno je u ukupno 38% želučanih karcinoma, a stadij T1-T2 tumora održava pozitivan DCC izraz dok je ukinuta u T3 tumorima [32]. Ovaj nalaz je bio ponovljiv u ovoj studiji (Dodatni datoteka 2: Slika S2). Sl. 2 DCC pregled promotor metilacije i imunohistokemijski analize. Analiza imunohistokemijskih DCC
(a-c). Jezgre tumorskih stanica su potpuno negativno (a), fokalno negativno (b), te pozitivno (c) mrlje. (D) pridruživanju između epigenetičke /genetske promjene i DCC pregled izražavanja pregled, Next, ispitali smo povezanost između genetskih i epigenetičkim izmjena i statusa ekspresije DCC. Sedam od 8 slučajeva s potpunim gubitkom, 33 od 38 slučajeva s žarišnom gubitkom, a 34 od 40 slučajeva s pozitivnim DCC izraza su informativni za oba DCC pregled promotor metilacije i 18q Loh. našli smo da je među raka s potpunim gubitkom DCC izražavanja, 5/7 karcinoma (71%) je pokazao kako DCC pregled promotor metilacija i 18q LOH. Nasuprot tome, 8/33 raka (24%) pokazala je fokalne gubitak DCC izražavanja i oba metiliranje i Loh, 5/33 raka (15%) pokazala LOH sama i 12/33 raka (36%) prikazani metilacije sami. Među raka koje su bile pozitivne na DCC izražavanja, samo 2/34 raka (6%) pokazali kako metilacije i LOH, 13/34 (38%) raka Loh sama i 8/34 raka (24%) metilacije sama (karcinomi prikazuju i DCC pregled metilacije i 18q LOH vs ostalih, P
= 0,0048, Pearsonov hi-kvadrat test, Sl. 2d). Naši podaci pokazuju da je smanjenje DCC izražavanja može zahtijevati gustu metilacije u promotora CpGs i Loh od 18q lokusa, prema teoriji dva hit [33]. Pregled pridruživanju između kliničkopatološkim mogućnosti i genetske /epigenetičkim izmjenama DCC
na rak želuca Netlogu Budući da i Epigenetske i genetskim izmjenama su kritične za DCC suzbijanje, istražili smo odnos između epigenetskih i genetske promjene u DCC pregled gena s različitim kliničkopatološkim značajke. Od 98 želučanog karcinoma, 15 karcinomi su kategorizirani kao non-informativno, 25 karcinomi su kategorizirani kao negativni za DCC pregled promjena, a 58 vrsta raka su kategorizirani kao pozitivni DCC pregled promjena. Među kliničkopatološkim mogućnosti, omjer LOH i CIN distribucija fenotip se značajno razlikovala između raka negativnih i pozitivnih DCC pregled promjena (tablica 2).
Među 58 vrsta raka sa DCC pregled promjena, 17 tumora pokazalo promjene u oba DCC
metilacije i 18q LOH, 19 je imao 18q LOH sama, a 22 vrsta raka izložene DCC pregled metilacije na miru. Omjer LOH izračunata za ostalih sedam lokusa bila je značajno najviša u želučanim raka s obje DCC pregled metilacije i 18q Loh (srednje Loh omjer, 0.44; SD ± 0,39) i kod karcinoma s 18q Loh sama (srednja LOH omjer, 0,44; SD ± 0,34), srednji u raku sa DCC pregled metilacije sama (srednja LOH omjer, 0,16; SD ± 0,18), a najmanji u karcinomima negativan za DCC pregled promjena (srednja LOH omjer, 0.05; SD ± 0,10; P izvoznici < 0.0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis test). Sl. Sl. Svi autori pročitali i odobrili konačnu rukopis. Pregled

• Obiteljska povijest raka i gastroezofagealni bolesti i rizik od jednjaka i želuca adenokarcinoma: a case-control studija
• Dvostrukog luka volumni modulirani terapija poboljšava razdiobu doze u odnosu na statične okvirne IMRT i 3D konformnom radioterapijom pomoćnu terapiju želučanom cancer