Genetische en epigenetische veranderingen van netrin-1-receptoren bij maagkanker met chromosomale instabiliteit

Genetische en epigenetische veranderingen van netrin-1-receptoren bij maagkanker met chromosomale instabiliteit
Abstracte achtergrond
Het gen uitingen van netrin-1 afhankelijkheid receptoren, DCC
UNC5C
, worden vaak neerwaarts gereguleerd in veel kankers. Onze hypothese was dat downregulatie van DCC en UNC5C heeft een belangrijke groei regulerende functie in de maag het ontstaan ​​van tumoren.
Resultaten
In de huidige studie, een reeks van genetische en epigenetische analyses voor DCC Kopen en UNC5C
werden uitgevoerd in Japanse cohort van 98 sporadische maagkanker en overeenkomstige normale maagslijmvlies specimens. Verlies van heterozygositeit (LOH) analyses en microsatelliet instabiliteit analyse (MSI) werd toegepast op chromosomale instabiliteit (CIN) en MSI fenotypes te bepalen, respectievelijk. Meer dan 5% methylatie in de DCC Kopen en UNC5C
promoters gevonden in 45% (44/98) en 32% (31/98) maagkanker, respectievelijk, en 9% (9/105) en 5% (5/105) normaal maagslijmvlies, respectievelijk. Overall, 70% (58 van 83 informatieve gevallen) en 51% (40 van 79 informatieve gevallen) van maagkanker koesterde ofwel LOH of afwijkende methylering in de DCC Kopen en UNC5C
genen, respectievelijk. In totaal 77% (51 van de 66 gevallen informatieve) van maagkanker toonde cumulatieve defecten in beide afhankelijkheid receptoren en waren significant geassocieerd met chromosomale instabiliteit. Zowel DCC en UNC5C werden geïnactiveerd in 97% van de CIN-positieve maagkanker en in 55% van de CIN-negatieve maagkanker.
Conclusies
Defect in netrin receptoren is een gemeenschappelijk kenmerk in maagkanker. DCC
wijzigingen zijn duidelijk in de beginfase, en UNC5C
wijzigingen escaleren met de progressie van de ziekte, wat suggereert dat de cumulatieve veranderingen van netrine-1 receptoren was een late gebeurtenis in maagkanker progressie en benadrukken het belang van deze groei regulerende route in de maag carcinogenese.
Sleutelwoorden
maagkanker Methylering chromosomale instabiliteit DCC
UNC5C
Netrin-1-receptoren Achtergrond voor wereldwijde schattingen van de incidentie van kanker rang maagkanker als de vierde meest voorkomende kanker en de tweede meest voorkomende oorzaak van kanker-gerelateerde sterfgevallen wereldwijd [1]. Maagkanker is een heterogene ziekte met meerdere milieu etiologies en alternatieve trajecten van carcinogenese [2, 3]. Een van de belangrijkste etiologische risicofactoren voor maagkanker is Helicobacter pylori
(H. pylori
) infectie. Eerdere rapporten wees op een 93,1-100% infectie tarief voor H. pylori
bij patiënten met maagkanker, terwijl slechts 1,2-2,8% van de personen die besmet zijn met H. pylori
ontwikkelen maagkanker [4-7].
de huidige kennis over de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan de maag carcinogenese geeft één belangrijke epigenetische instabiliteit route en twee grote genetische instabiliteit pathways [8]. De belangrijkste epigenetische instabiliteit route wordt gedefinieerd als de CpG eiland methylator fenotype (CIMP), die aanvankelijk bij darmkanker beschreven en ook waargenomen in een subset van maagkanker en die een kritische mate afwijkende promotor hypermethylatie verbonden aan transcriptionele silencing van meerdere tumor herbergt suppressor genen [9, 10]. De twee belangrijkste genetische instabiliteit routes omvatten microsatelliet instabiliteit (MSI) en chromosomale instabiliteit (CIN) [8]. MSI is gedefinieerd als de aanwezigheid van fouten in replicatie eenvoudige herhalende microsatelliet sequenties door mismatch reparatie (MMR) tekortkomingen. Een daarvan is Lynch syndroom veroorzaakt door kiemlijn mutaties in MMR genen en een ander is sporadisch MSI voornamelijk veroorzaakt door promotor hypermethylering in de MLH1
gen [10, 11]. Anderzijds, CIN, die wordt gekenmerkt door chromosomale afwijkingen-ofwel kwalitatief of kwantitatief is een gemeenschappelijke route die clinicopathologically kan omvatten en moleculair heterogene tumoren [8]. Ondernemingen De Cancer Genome Atlas onderzoeksgemeenschap onlangs maagkanker verdeeld in vier subtypen [12]. Tumoren werden eerst ingedeeld door Epstein-Barr virus (EBV) -positivity (9%), vervolgens MSI-hoge status, hierna MSI-positieve (22%) en de resterende tumoren werden een klasse van aneuploïdie in die genomisch genoemd stal (20%) en diegenen die CIN (50%). EBV-positieve vormen van kanker en MSI-positieve kanker waren bekend bij elkaar clusteren op zijn eigen, tentoonstellen extreme CIMP. Verschillen tussen de EBV-CIMP en MSI-geassocieerde gastrische CIMP methylatie profielen worden geïllustreerd door het feit dat alle EBV-positieve tumoren onderzocht weergegeven CDKN2A
(p16INK4A
) promoter hypermethylering maar miste de MLH1
hypermethylering kenmerkend MSI-geassocieerde CIMP. hotels met betrekking tot CIN gekenmerkt door copy number veranderingen in de chromosomen, Deng et al. gebruikte hoge resolutie genomische analyse om somatische kopie aantal wijzigingen profileren in een panel van 233 maagkanker (primaire tumoren en cellijnen) en 98 afgestemd maag niet-kwaadaardige weefsels. Met betrekking tot brede chromosomale regio's, de meest versterkte regio opgenomen chromosomen 1q, 5p, 6p, 7p, 7Q, 8Q, 13q, 19p, 20p en 20q, en de meest verwijderde regio's opgenomen chromosomen 3p, 4p, 4Q, 5q, 6Q , 9p, 14q, 18q en 21q [13].
Veel verwijderd chromosomale regio's worden meestal gekenmerkt door verlies van heterozygositeit (LOH) en stellen de aanwezigheid van tumor suppressor genen [14, 15]. LOH op chromosoom 18q21 wordt gevonden in 30-71% van maagkanker [13, 16-18], en DPC4
(Smad4
) /DCC
zijn gepostuleerd de belangrijkste doelen zijn. DPC4
(Smad4
), een tumorsuppressorgen, vertoont frequente mutaties vergezeld van LOH bij ongeveer 20% van pancreaskankers [19], maar geen mutaties gemeld bij maagkanker [20]. In tegenstelling, zijn er weinig studies gericht op DCC
gen wijzigingen, en de genetische /epigenetische toestand blijft vrijwel onontgonnen bij maagkanker, mede door de lengte en de complexiteit van dit gen [21]. Interessant is dat recente studies aangetoond dat DCC en UNC5C dienen als receptoren voor afhankelijkheid netrine-1, dus de versterking van hun potentiële rol als tumor suppressors in humane kankers [22-25].
DCC receptoren zijn verdeeld over de lengte van het epitheel van de darm, terwijl netrine-1 wordt differentieel tot expressie, die een gradiënt in het maagdarmkanaal [24]. Een hoge concentratie van netrine-1 aanwezig in de crypte basis waar stamcellen en transitionele amplificerende cellen verblijven. Daarentegen kan een lage concentratie van netrine-1 bestaat op het punt van de villi, waar veel cellen apoptose en vervelling-off ondergaat. Dit netrin 1-gradiënt werd verder onderzocht in transgene muizen om te bepalen of netrine-1 is verantwoordelijk voor het reguleren DCC-geïnduceerde apoptose in het darmepitheel [24]. De studie van Mazelin et al. aangegeven dat netrine-1 overexpressie veroorzaakte een vermindering van intestinale epitheliale celdood, terwijl er geen toename van proliferatie en differentiatie van cellen werd waargenomen. Daarentegen vertoonden netrine-1-mutante pasgeboren muizen verhoogde celdood. Tezamen ondersteunen deze gegevens het idee dat netrine-1 reguleert apoptose via DCC-afhankelijkheid receptor in de darm. Echter, netrine-1 waarschijnlijk een directe regulator van intestinale homeostase zijn aangezien normale epitheliale organisatie niet wordt verstoord door netrine-1 overexpressie [24].
Vergelijkbaar met DCC receptoren, andere netrine-1 receptoren, waaronder UNC5A, UNC5B en UNC5C, werden ontdekt als potentiële tumor suppressor genen in diverse tumoren, waaronder maagkanker [26, 27]. Vooral een tweevoudige neerwaartse regulatie van expressie UNC5C vergeleken met de overeenkomstige normale weefsels werd bij ongeveer 70% van de gevallen maagkanker [26]. Dit gebied bevindt zich op 4q21-23, die vaak een plaats van deletie bij maagkanker en is geassocieerd met epigenetische inactivatie gen, zoals promoter methylatie [26-28].
In deze studie hebben we de hypothese dat downregulatie DCC en UNC5C speelt een belangrijke groei regulerende functie in de maag ontstaan ​​van tumoren, die we door het onderzoeken van een panel van maagkanker cellijnen en klinische monsters van patiënten met maagkanker aangepakt. Hierin vermelden wij dat het merendeel van maagkanker tonen bij de betreffende netrine-1 receptoren. Wij ook gegevens suggereren dat de inactivatie van deze receptoren wordt gemedieerd door zowel genetische en epigenetische effecten. Cumulatieve gebreken in deze twee afhankelijkheid receptoren zijn significant geassocieerd met de CIN fenotype, met de nadruk op het belang van deze nieuwe bevindingen en deze groei regulerende route bij maagkanker.
Resultaten
Kenmerken van maagkanker patiënten
Van 98 maagkanker patiënten, 34 patiënten waren vrouwen (35%) en 48 tumoren werden gediagnosticeerd als pathologisch gedifferentieerd (49%) (Tabel 1). Wat TNM, 18, 29, 37 en 14 maagkanker patiënten geclassificeerd als fase I, II, III en IV, respectievelijk. Door tumor genetische studie werden 13 maagkanker gecategoriseerd het weergeven van microsatelliet instabiliteit (MSI; 13%). De gemiddelde LOH verhouding van de 98 tumoren was 0,24 (standaarddeviatie (SD), ± 0,3) .table 1 Kenmerken van maagkanker patiënten
Kenmerkend
Percentage (No.)
Leeftijd
De gemiddelde leeftijd (SD)
65,1 (11,8)
Geslacht
Vrouw
35 (34)
Man
65 (64)
histologie
Diff
49 (48)
Undiff
51 (50)
Stage
IA /IB
18 (18)
IIA /IIB
30 (29)
IIIA /IIIB /IIIC
38 (37)
IV
14 (14)
T Shirts T1a /1b
14 (14)
T2
14 (14 )
T3
28 (27)
T4a /4b
44 (43)
N
N0
27 (26)
N1
35 (34 )
N2
24 (24)
N3
14 (14)
Distant metastase
Negatief
86 (84)
Positief
14 (14)
MSI
MSI
13 (13)
Non-MSI
87 (85)
LOH Ratio
Mean Ratio (SD)
0,24 (0,3 )
CIN
Positieve
51 (50)
Negatief
47 (46)
niet informatief Pagina 2 (2)
KRAS
Mutant
5 (5)
Wild
95 (93)
BRAF
Mutant
0 (0)
Wild
100 (98)
PIK3CA
Mutant verhuur 4 (3)
Wild
96 (94)
H.pyroli
Positieve
71 (70)
Negatief
29 (28)
CIN fenotype werd gecategoriseerd door berekening van de verhouding van de LOH informatieve merkers van de zeven polymorfe microsatelliet sequenties, onafhankelijk van de 4q en 18q loci. Wanneer een tumor vertoonde een LOH verhouding groter dan 0, werd de tumor ingedeeld als CIN-positief. Door dit criterium waren 50/98 tumoren (51%) ingedeeld als CIN-positief.
Directe sequentiebepaling van maagkanker monsters bleek het percentage KRAS
, BRAF
en PIK3CA
mutaties (Tabel 1). Mutaties werden gedetecteerd in het KRAS
codon 12 (5%, N
= 5/98) en codon 13 (1%, N
= 1/98); BRAF
codon 600 (0%, N
= 0/98); PIK3CA
codon 545 (1%, N
= 1/98); en codon 1047 (3%, N
= 3/98). KRAS
codon 12 mutaties bestond uit G12D (35G A, N
= 4) en G12R (34G aan C, N
= 1), en codon 13 mutaties opgenomen G13D (38G A, N
= 1). Interessant is dat een tumor getoond beide KRAS
codon 12 en 13 mutaties (Extra file 1: Figuur S1A). PIK3CA
exon 9 mutaties omvat E545K (1633G A, N
= 1), terwijl exon 20 mutatie omvat H1047R (3140A tot G, N
= 3). Verder hebben we de infectie status van H. pylori
door het terugwinnen van de cagA
genotype (Extra file 1: Figuur S1B). Door middel van deze analyse, konden we de cagA
sequentie te herstellen van 70 maagkanker weefsels (71%).
Methylering status van DCC
in maagkanker monsters en de associatie met klinische en pathologische kenmerken
Wij onderzochten DCC
methylatie status van 98 maagkanker en 105 normale maagslijmvlies specimens. Locatie BW
gen en de resultaten van een panel van representatieve gecombineerde bisulfiet restrictie analyse (COBRA) zijn weergegeven in Fig. 1a-b; Deze resultaten werden geanalyseerd als continue variabelen (fig. 1c). We vonden dat maagkanker 56/98 (57%) en 31/105 normale maagslijmvlies monsters (29,5%) weergegeven meer dan 1,0% methylatie in de DCC
promoter. De gemiddelde methylatie niveau was 18,3% [95% betrouwbaarheidsinterval (CI), 14,5-22,2%] onder maagkanker weefsels die meer dan 1,0% methylatie in de DCC
promotor en 4,9% (95% CI, 3,3-6,5% weergegeven ) in de corresponderende normale maagslijmvlies specimens dan 1,0% methylering (P
<weergegeven, 0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis-test, fig. 1c-d). Daarom definieerden we een DCC
methylering van 5% of meer als een continue variabele (dwz > 5,0% methylering werd gedefinieerd als methylering-positieve (gemethyleerd) en < 5,0% methylering methylatie-negatieve (niet-gemethyleerde)) . Voor gebruik criterium zagen we DCC
gemethyleerd gevallen maagkanker 44/98 (45%) en 9/105 normale maagslijmvlies (9%). Fig. 1 DCC
promoter methylering en 18q LOH analyses. (A) Schematische weergave van de plaatsing van de drie probes LOH en DCC
gen-promotergebieden in chromosoom 18. De rode lijn geeft het
DCC
gen. Gray Kopen en zwarte vierkanten
vertegenwoordigen de onvertaalde en de coderende exon 1 regio's, respectievelijk; pijlen op de pleinen
geven transcriptie startpunt locaties; verticale lijnen
duiden CpG locaties; witte diamanten
vertegenwoordigen de restrictie sites voor HhaI; dikke horizontale lijnen
verbeelden de locaties van de COBRA-producten; pijlen op de dikke horizontale lijnen
duiden COBRA primers. (B) Representatieve resultaten van de COBRA van DCC. Pijlen
geven gemethyleerde allelen; M
geeft methylatie; U
geeft unmethylation; Mc
geeft de gemethyleerde controle; SM
geeft de grootte marker. (C) De resultaten van DCC
methylering als een continue variabele. In het vak plot schema's, de horizontale lijn
binnen elk vak de mediaan vertegenwoordigt, de grenzen
van elk vak vertegenwoordigen de interkwartielafstand, en de snorharen Wat zijn de maximale en minimale waarden. Elke groene balk
vertegenwoordigt het gemiddelde. NM
geeft normaal slijmvlies. T Shirts geeft tumor. (D) De frequentie van methylering-positiviteit van kanker en normale weefsels volgens verschillende drempels. (E) DCC
mRNA expressie niveaus en methylatie status van 10 maagkanker cellijnen en een menselijke long fibroblast cellijn. DCC
mRNA expressie wordt waargenomen (lagere OCT) in GCIY en NHLH cellijnen. DW geeft gedestilleerd water
Vervolgens onderzochten we de associatie tussen DCC
promoter methylering en diverse clinicopathologische en genetische kenmerken. DCC
methylatie status werd significant geassocieerd met MSI-status. MSI-positieve maagkanker significant vaker geassocieerd met DCC
methylering dan bij DCC
unmethylation (23 versus 6%, P
= 0,013; Tabel 2). Er waren geen significante associaties tussen DCC
methylatie status en alle andere variables.Table 2 associatie tussen epigenetische /genetische veranderingen van de DCC-gen en clinicopathologische functies in maagkanker
DCC
Methylering Status-% ( No.)
18q LOH Status-% (No.)
DCC
Wijziging Status-% (No.)
Unmethylation
Methylering
P
niet informatief
Negatief
Positieve
P
Niet informatief
Negatief
Positief
Positieve
P
Total
Methylering alleen

LOH alleen
Beide
(n
= 54)
(n
= 44)
(n
= 15)
(n
= 47)
(n
= 36)
(n
= 15)

(n
= 25)
(n
= 58)
(n
= 22)
(n = 19
)
(n
= 17)
Age
gemiddelde leeftijd (SD)
63,6 (12,5)
67,0 (10,7)
0.48a
68,9 (11,4)
64,8 (11,4)
63,9 (12,4)
0.76a
68,9 (11,4)
63,5 (12,9)
64,8 (11,3) 66,3
(9.5)
60,7 (12,7)
67,4 (11,4)
0.98a
Geslacht
Vrouw
39 (21)
30 (13)
0.33b
40 (6)
38 (18)
28 (10)
0.32b
40 (6)
44 (11)
29 (17)
32 (7)
32 (6)
24 (4)
0.19b
Man
61 (23)
70 (31)
60 (9)
62 (29)
72 (26)
60 (9)
56 (14)
71 (41)
68 (15)
68 (13)
76 (13)
histologie
Diff
41 (22)
59 (26)
0.071b
47 (7)
55 (26)
42 (15 )
0.22b
47 (7)
52 (13)
48 (28)
59 (13)
32 (6)
53 (9)
076b
Undiff
59 (32)
41 (18)
53 (8)
45 (21)
58 (21)
53 (8)
48 (12)
52 (30)
41 (9)
68 (13)
47 (8)
Stage
IA /IB
20 (11)
16 (7)
0.83b
13 (2)
19 (9)
19 (7)
0.15b
13 (2)
24 ( 6)
17 (10)
14 (3)
21 (4)
18 (3)
0.70b
IIA /IIB
26 (14)
34 (15)
27 (4)
30 (14)
31 (11)
27 (4)
24 (6)
33 (19)
36 (8)
32 (6)
29 (5)
IIIA /IIIB /IIC
39 (21)
36 (16)
53 (8)
43 (20)
25 (9)
53 (8)
40 (10)
33 (19)
45 (10)
26 (5)
24 (4)
IV
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
T Shirts T1a /1b
15 (8 )
14 (6)
0.24b
7 (1)
17 (8)
14 (5)
0.94b
7 (1)
16 (4)
16 (9)
18 (4)
21 (4)
6 (1)
0.54b
T2
13 (7)
16 (7)
13 (2)
15 (7)
14 (5)
13 (2)
16 (4)
14 (8)
14 (3)
11 (2)
18 (3)
T3
20 (11)
36 (16)
33 (5)
28 (13)
25 (9)
33 (5)
16 (4)
31 (18)
41 (9)
16 (3)
35 (6)
T4a /b
52 (28)
34 (15)
47 (7)
40 (19)
47 (17)
47 (7)
52 (13)
40 (23)
27 (6)
53 (10)
41 (7)
N
N0
30 (16)
23 (10)
0.66b
20 (3)
28 (13)
28 (10)
0.29b
20 (3)
32 (8)
26 (15)
23 (5)
32 (6)
24 (4)
0.19b
N1
37 (20)
32 (14)
47 (7)
38 (18)
25 (9)
47 (7)
44 (11)
28 (16)
32 (7)
26 (5)
24 (4)
N2
20 (11)
30 (13)
20 (3)
26 (12)
25 (9 )
20 (3)
20 (5)
28 (16)
32 (7)
21 (4)
29 (5)
N3
13 (7)
16 (7)
13 (2)
9 (4)
22 (8)
13 (2) verhuur 4 (1)
19 (11)
14 (3)
21 (4)
24 (4)
Distant metastase
Negatief
85 (46)
86 (38)
0.87b
93 (14)
91 (43)
75 (27)
0.041b
93 (14)
88 (22)
83 (48)
95 (21)
79 (15)
71 (12)
0.55b
Positieve
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
MSI-status
MSI
6 (3)
23 (10)
0.013b ​​
33 (5)
9 (4)
11 (4)
0.69b
33 (5) verhuur 4 (1)
12 (7)
14 (3)
0 (0)
24 ( 4)
0.25b
Non-MSI
94 (51)
77 (34)
67 (10)
91 (43)
89 (32)
67 (10)
96 (24)
88 (51)
86 (19)
100 (19)
76 (13)
LOH verhouding
Mean verhouding (SD)
0,23 (0,30)
0,26 (0,31)
0.55A
0,22 (0,29)
0,10 (0,15)
0,44 (0,36) Restaurant < 0.0001a
0,22 (0,29)
0,05 (0,10)
0,33 (0,33)
0,16 (0,18)
0,44 (0,34)
0,44 (0,39) Restaurant < 0.0001a
CIN *
Positieve
46 (25)
57 (25)
0.39b
47 (7)
38 (18)
74 (25)
0.0017b
47 (7)
24 (6)
66 (37)
55 (12)
76 (13)
71 (12)
0.0005b
Negatief
54 (27)
43 (19)
53 (8)
62 (29)
26 (9)
53 (8)
76 (19)
34 (19)
45 (10)
24 (4)
29 (5)
KRAS Twitter /BRAF Twitter /PIK3CA

Mutant
6 (3)
11 (5)
0.30b
27 (4)
6 (3)
3 (1)
0.45b
27 (4) verhuur 4 (1)
5 (3)
9 (2)
5 (1)
0 (0)
0.82b
Wild
94 (51)
89 (38)
73 (11)
94 (44)
97 (35)
73 (11)
96 (24)
95 (55)
91 (20)
95 (18)
100 (17)
H.pyroli
Positieve
72 (39)
70 (31)
0.85b
80 (12)
66 (31)
75 (27)
0.37b
80 (12)
60 (15)
74 (43 )
73 (16)
79 (15)
71 (12)
0.20b
Negatief
28 (15)
30 (13)
20 ( 3)
34 (16)
25 (9)
20 (3)
40 (10)
26 (15)
27 (6)
21 (4 )
29 (5)
* Twee zaken zijn niet informatief van CIN-status
P
waarde werden berekend tussen unmethylation en methylatie, 18qLOH negatieve en positieve, en DCC wijziging negatieve en positieve (totaal) door Wilcoxon /Kruskal-Wallis-test
b P
waarden werden berekend tussen unmethylation en methylatie, 18qLOH negatieve en positieve, en DCC wijziging negatieve en positieve (totaal) door chikwadraattoets Piason's
LOH van 18q locus geassocieerd met CIN fenotype bij maagkanker
Onder informatief gevallen, de frequentie van 18q LOH bij elke microsatelliet merker waren 14/41 (24%) en D18S35, 17/55 (31%) en D18S69 en 21/58 (36 %) en D18S58 (de locatie van elke maker wordt getoond in Fig. 1a). Tumoren tonen LOH bij alle drie, twee en één van de drie microsatelliet markers 4 (4,8%), 9 (11%) en 23 (28%) van 83 informatieve gevallen onder 98 primaire maagkanker, respectievelijk. Tumoren tonen LOH in ten minste één van de drie microsatelliet merkers voor 18q LOH werden gecategoriseerd als 18q LOH-positieve. Door dit criterium werden 18q LOH-positieve kankers ontdekt in 36 (43%) van 83 informatieve gevallen onder 98 primaire maagkanker (tabel 2).
Evenals de DCC
methylatiestatus, onderzochten we associaties tussen 18q LOH status en diverse clinicopathologische en genetische kenmerken. Onder informatief gevallen, de frequentie van maagkanker met verre uitzaaiingen was hoger bij 18q LOH-positieve maagkanker opzichte 18q LOH-negatieve kanker (25 vs. 9%, P
= 0,041; Tabel 2). De LOH verhoudingen berekend voor de andere zeven loci waren ook significant hoger voor 18q LOH-positieve dan 18q LOH-negatieve tumoren (0,44 vs. 0,10, P
< 0,0001, Tabel 2). Volgens deze resultaten, wanneer een tumor vertoonde een LOH verhouding groter dan 0, werd de tumor ingedeeld als CIN-positief. Bovendien CIN-positieve maagkanker die ook waren 18q LOH-positieve significant overvloediger dan die 18q LOH-negatief waren (74 versus 38%, p = 0,0017
; Tabel 2). Eerdere studies hebben aangetoond dat 18q verlies gewoonlijk wordt waargenomen bij colorectale kanker en de frequentie is gecorreleerd met CIN fenotype maar omgekeerd gecorreleerd met MSI fenotype [29, 30]. Als onze studie en een andere studie toonde, werd dit fenomeen ook gereproduceerd voor maagkanker [18].
Expressie en methylatie status van DCC
bij maagkanker cellijnen Belgique Om associaties tussen DCC
uitdrukking toestand te evalueren en epigenetische veranderingen in de DCC
gen onderzochten we messenger RNA (mRNA) niveau van kwantitatieve reverse transcriptie polymerase ketenreactie (RT-qPCR) met een primer eerder ingestelde beschreven [31] en onderzocht associaties tussen DCC
expressie en CpG methylatiestatus in de DCC
promotorgebied in 10 maagkanker cellijnen (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2, NUGC-3, 4-NUGC, GCIY, Ogum-1 en MKN1) en een normale long-fibroblast cellijn (NHLF). Alle cellijnen, behalve voor MKN74, GCIY, Ogum-1, MKN1 en NHLF cellen, vertoonden verminderde expressie van DCC
gen transcripties, en hun promotoren werden gemethyleerd (afb. 1e). Anderzijds, hoewel drie cellijnen, N87, Ogum-1 en MKN1 vertoonden verlaagde expressie DCC
gen transcripten werden DCC
promoters in cellen die niet gemethyleerd COBRA. Onder de 10 maagkanker cellijnen, alleen de GCIY cellijn tot expressie DCC
transcripten op hetzelfde niveau als NHLF cellen, maar de promotor was gemethyleerd. Wanneer we gecategoriseerd een cellijn toont aΔC T van meer dan 15,0 als DCC
expressie-negatieve en een cellijn met aΔC T van 15,0 of minder als DCC
expressie-positief zijn, alleen de GCIY cellijn kan worden gecategoriseerd als DCC
expressie-positief onder de zeven maagkanker cellijnen met DCC
methylatie; Deze bevinding was statistisch niet significant.
Reductie DCC expressie vereist zowel genetische en epigenetische veranderingen
Vervolgens onderzochten we het verband tussen DCC eiwitexpressie en genetische en epigenetische veranderingen in de DCC
gen bij 86 maagkanker specimens. Representatieve voorbeelden van immunohistochemie (IHC) kleuring resultaten worden in Fig. 2a-c. We gecategoriseerd tumoren in drie groepen op basis van de IHC resultaten geanalyseerd als een categorische variabele: volledig verlies van DCC expressie (. 8 gevallen, 9%; figuur 2a), focale verlies DCC expressie (38 gevallen 44%; Fig. 2b), en positieve DCC eiwitexpressie (40 gevallen, 47%; fig. 2c). Onder 86 de maag kankers, 46 gevallen (53%) weergegeven verminderd DCC expressie. Een eerdere studie gemeld dat een verminderde DCC expressie werd waargenomen in een totaal van 38% van maagkanker, en het stadium T1-T2 tumoren handhaafde een positieve DCC uitdrukking terwijl het in T3 tumoren [32] werd afgeschaft. Deze bevinding was reproduceerbaar in deze studie (aanvullende bestandsinformatie 2: Figuur S2). Fig. 2 BW
promoter methylering en immunohistochemie analyses. Immunohistochemie analyse DCC
(a-c). Kernen van tumorcellen volledig negatief (a), focaal negatief (b) en positieve (c) gekleurd. (D) Vereniging tussen epigenetische /genetische verandering en DCC
uitdrukking
Vervolgens hebben we onderzocht associaties tussen genetische en epigenetische veranderingen en DCC-status uitdrukking. Zeven van 8 gevallen met volledig verlies, 33 van de 38 gevallen met focale verlies, en 34 van de 40 gevallen met positieve DCC meningsuiting waren informatief voor zowel DCC
promoter methylering en 18q LOH. We vonden dat onder de kankers volledig verlies van expressie DCC, 5/7 kanker (71%) toonden beide DCC
promoter methylatie en 18q LOH. Daarentegen 8/33 kanker (24%) vertoonden focale verlies DCC expressie en zowel methylatie en LOH, 5/33 kanker (15%) vertoonden alleen LOH en 12/33 kankers (36%) weergegeven methylering alleen. Onder de kankers die positief voor DCC expressie waren slechts 2/34 kankers (6%) toonden zowel methylering en LOH, 13/34 (38%) kankers LOH alleen en 8/34 kanker (24%) methylering alleen (kankers tonen zowel DCC
methylatie en 18q LOH ten opzichte van de anderen, P
= 0,0048, chikwadraattoets Pearson; fig. 2d). Onze gegevens suggereren dat een vermindering van DCC expressie dichte methylatie in de CpGs promoter en LOH van 18q locus nodig, volgens de twee-hit theorie [33].
Associatie tussen klinische en pathologische kenmerken en genetische /epigenetische veranderingen DCC
bij maagkanker
Aangezien zowel epigenetische en genetische veranderingen zijn cruciaal voor DCC onderdrukking, onderzochten we het verband tussen epigenetische en genetische veranderingen in de DCC
gen met diverse klinische en pathologische kenmerken. Van 98 maag kankers werden 15 kankers gecategoriseerd als niet-informatief, werden 25 kankers gecategoriseerd als negatief voor DCC
wijzigingen, en 58 kankers werden gecategoriseerd als positief voor DCC
wijzigingen. Onder clinicopathologische features, LOH ratio en CIN fenotype verdeling aanzienlijk verschilde tussen kankers negatief en positief voor DCC
veranderingen (tabel 2).
Onder de 58 kankers met DCC
wijzigingen, 17 tumoren toonde veranderingen in zowel DCC
methylatie en 18q LOH, 19 had 18q LOH alleen, en 22 kankers tentoongesteld DCC
methylatie alleen. De LOH-ratio berekend voor de andere zeven loci was significant het hoogst in de maag kankers met zowel DCC
methylatie en 18q LOH (gemiddelde LOH ratio 0,44; SD ± 0,39) en in kanker met 18q LOH alleen (gemiddelde LOH ratio 0,44; SD ± 0,34), tussenproduct in kankers met DCC
methylering alleen (gemiddelde LOH ratio 0,16; SD ± 0,18), en het laagst in kankers negatief voor DCC
veranderingen (gemiddelde LOH ratio 0,05; SD ± 0,10; P Restaurant < 0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis test). Toen we gecategoriseerd maagkanker met LOH verhoudingen hoger dan 0 als CIN-positieve, maagkanker 12/17 (71%) zowel met DCC
methylering en 18q LOH, maagkanker 13/17 (76%) met 18q LOH alleen, Fig. Fig. Alle auteurs gelezen en goedgekeurd het definitieve manuscript.

• Familiegeschiedenis van kanker en gastro-aandoeningen en risico van slokdarm en maag adenocarcinomen: een case-control study
• Double-arc volumetrische gemoduleerde behandeling verbetert verdeling dosis in vergelijking met statische gantry IMRT en 3D-conforme radiotherapie voor adjuvante behandeling van maag cancer