Genetické a epigenetické zmeny z netrin 1-receptory v karcinómu žalúdka s chromozomálne nestabilitou

Genetické a epigenetické zmeny z netrin-1 receptory v karcinómom žalúdka s chromozomálne nestabilitou
abstraktné
pozadia
génových prejavov netrin-1 závislosť receptorov, DCC stroje a UNC5C
sú často downregulated v mnoho druhov rakoviny. Predpokladali sme, že zníženie expresie DCC a UNC5C má dôležitú regulačnú funkciu rast v žalúdku vzniku nádorov. Výsledky
V tejto štúdii, sériu genetické a epigenetické analýzy pre DCC stroje a UNC5C
vykonávali v japonská kohorta 98 ​​sporadických karcinómov žalúdka a zodpovedajúcich normálnych vzoriek žalúdočnej sliznici. Stratu heterozygotnosti (LOH) analyzuje a mikrosatelitních nestabilita analýza (MSI), bola použitá pre určenie chromozomálne nestability (CIN) a MSI fenotypy, resp. Viac ako 5% metylácie v
DCC a UNC5C
promótory boli nájdené u 45% (44/98) a 32% (31/98), rakoviny žalúdka, v tomto poradí, a 9% (9/105) a 5% (5/105) normálne žalúdočnej sliznice, resp. Celkovo 70% (58 z 83 informatívny prípadov) a 51% (40 z 79 prípadov informatívny) žalúdočných rakovín kotviace v prístave buď Loh alebo aberantne metylácie v
DCC a UNC5C
génov, resp. Celkom 77% (51 z 66 prípadov informatívny) z karcinómov žalúdka ukázalo kumulatívne kazy v týchto dvoch závislosť receptory a boli významne spojené s chromozomálne nestability. Obaja DCC a UNC5C boli inaktivované u 97% CIN-pozitívnych karcinómov žalúdka a 55% CIN-negatívnych karcinómov žalúdka.
Závery
vada netrin receptorov je spoločný rys v žalúdočných rakovín. DCC
zmeny sú viditeľné v počiatočných fázach, a UNC5C
zmeny stupňovať s progresiou ochorenia, čo naznačuje, že kumulatívne obmeny netrin-1 receptory bol neskorý udalosť v progresii rakoviny žalúdka a zdôrazňuje význam tejto rast regulačné dráha v žalúdočnej rakoviny.
Kľúčové
karcinóm žalúdka metylácie chromozomálne nestabilita DCC
UNC5C
Netrin-1 receptory pozadia
Global odhadov výskyt rakoviny hodnosti rakoviny žalúdka ako štvrtou najčastejšou malígne ochorenie a druhou najčastejšou príčinou úmrtí súvisiacich s rakovinou po celom svete [1]. Karcinómu žalúdka je heterogénne ochorenie s viacerými etiológiou životného prostredia a alternatívne cesty karcinogenézy [2, 3]. Jeden z hlavných etiologických rizikových faktorov pre rakovinu žalúdka je Helicobacter pylori
(H. pylori
) infekcie. Predchádzajúce správy je uvedené 93,1 až 100% mieru infekcie pre H. pylori
u pacientov s karcinómom žalúdka, zatiaľ čo iba 02.01.-08.02.% Osôb infikovaných H. pylori
vzniku rakoviny žalúdka [4-7].
Súčasné poznatky o molekulárnych mechanizmov podkladových žalúdočné karcinogenéze označuje jednu veľkú epigenetické nestability dráhu a dva hlavné genetická nestabilita dráhy [8]. Hlavné epigenetické nestabilita dráha je definovaná ako CPG ostrov methylator fenotyp (Cîmpu), ktorý bol pôvodne popísaný v kolorektálneho karcinómu, a tiež pozorovaná u podskupiny karcinómov žalúdka, a do ktorého je zavedený kritický stupeň aberantne promotorové hypermetylace spojený s transkripčný umlčanie mnohopočetného nádoru supresorové gény [9, 10]. Dva hlavné genetická nestabilita cesty zahŕňajú mikrosatelitov nestabilita (MSI) a chromozomálne nestabilite (CIN) [8]. MSI je definovaný ako prítomnosť chyby replikácie v jednoduchých repetitívnych sekvencií mikrosatelitov spôsobené nesúlad opravy (MMR) nedostatky. Jedným z nich je Lynch syndróm spôsobený zárodočnej mutácie v MMR génoch a iný je sporadický MSI spôsobený predovšetkým promótor hypermetylace v MLH1
génu [10, 11]. Na druhej strane, CIN, ktorý sa vyznačuje tým, chromozomálne zmeny, a to buď kvalitatívne alebo kvantitatívne, je bežnejšie, že cesta môže obsahovať clinicopathologically a molekulárno heterogénne nádory [8].
Cancer Genome Atlas sieť výskumu v poslednej dobe rozdelená do karcinómov žalúdka štyri podtypy [12]. Nádory boli najprv rozdelené do kategórií podľa vírusom Epstein-Barrovej (EBV) -positivity (9%), potom MSI vysokého stavu, ďalej len MSI-pozitívna (22%), a zvyšné nádory bolo klasifikovaných podľa stupňa aneuploidie na tie, nazývané genomically stabilný (20%), alebo tie, ktoré vykazujú CIN (50%). rakoviny EBV pozitívne, rovnako ako MSI-pozitívne nádory boli známe k skupine každý sám o sebe vykazuje extrémnu Cîmpu. Rozdiely medzi EBV-Cîmpu a MSI-spojených žalúdočné Cîmpu metylačnej profily sú napríklad tým, že všetky EBV-pozitívne nádory testované zobrazenej CDKN2A
(p16INK4a
) promotorový hypermetylace ale postrádal MLH1
hypermetylace charakteristiku MSI-spojené Cîmpu.
s ohľadom na CIN vyznačujúca sa zmenami počtu kópií v chromozómoch, Deng et al. použitý s vysokým rozlíšením genomické analýzy na profil somatických počtu kópií zmeny v paneli 233 karcinómov žalúdka (primárnych nádorov a bunkových línií) a 98 spárovaných žalúdočné normálnom tkanive. Pokiaľ ide o širokých chromozomálnych oblastiach, najčastejšie amplifikovanej oblasť zahrnuté chromozómy 1. štvrťroku 5P, 6P, 7P, 7Q, 8Q, 13q, 19p, 20p a 20Q, a najčastejšie vypúšťa regióny zahrnuté chromozómov 3p, 4p, 4q, 5q, 6Q , 9P, 14q, 18q, 21q a [13].
Často odstránenej chromozomálne oblasti sú zvyčajne charakterizované stratou heterozygotnosti (LOH), a ukazujú na prítomnosť nádorových supresorových génov [14, 15]. LOH na chromozóme 18q21 sa vyskytuje v 30-71% všetkých karcinómov žalúdka [13, 16-18], a DPC4
(Smad4
) /DCC
boli postulovaný, že hlavné ciele. DPC4
(Smad4
), čo je supresorové gén nádoru, vykazuje časté mutácie v sprievode LOH v približne 20% rakoviny pankreasu [19], ale žiadna mutácie boli hlásené u karcinómov žalúdka [20]. Na rozdiel od toho málo štúdií sa zameralo na DCC
génu zmeny, a jeho genetický /epigenetické stav zostáva v podstate nepreskúmanej v karcinómu žalúdka, čiastočne z dôvodu dĺžky a zložitosti tohto génu [21]. Je zaujímavé, že nedávne štúdie preukázali, že DCC, ako aj UNC5C slúži ako závislosť receptory pre netrin-1, tak, posilnenie ich potenciálny úlohu ako tumor-supresor v ľudských nádoroch [22-25].
DCC receptory sú rozmiestnené po celej dĺžke epitelu v čreve, zatiaľ čo netrin-1 je rozdielne exprimované, tvoria prechod v gastrointestinálnom trakte [24]. Vysoká koncentrácia netrin-1 je prítomný na krypty základni, kde kmeňové bunky a prechodné zosilňovacie bunky bydliska. Naproti tomu nízka koncentrácia netrin-1 existuje na špičke klkov, kde mnoho Bunky podliehajúce apoptóze a odlupovaniu-off. Tento netrin-1 gradientu bola skúmaná ďalej za použitia transgénnych myší pre určenie, či netrin-1 je zodpovedná za reguláciu DCC-indukovanú apoptózu v črevného epitelu [24]. Štúdia Mazelin et al. uvedené, že netrin-1 nadmerná expresia spôsobil zníženie smrti buniek črevného epitelu, zatiaľ čo bola pozorovaná v proliferáciu a diferenciáciu buniek, žiadny nárast. Naproti tomu, netrin-1-mutant novonarodené myši vykazovali zvýšené bunkovej smrti. Dohromady tieto údaje podporujú koncept, že netrin-1 reguluje apoptózu prostredníctvom DCC-závislosť receptory v čreve. Avšak, netrin-1, je nepravdepodobné, že by priamym regulátor črevnej homeostázy, vzhľadom k tomu, že normálne epitelové organizácie nenarušovalo netrin-1 nadmernej expresie [24].
Podobne ako DCC receptory, iné netrin-1 receptory, vrátane UNC5A, UNC5B a UNC5C, boli objavené ako domnelé tumor supresorových génov v rôznych nádorov, vrátane rakoviny žalúdka [26, 27]. Najmä dvojaký downregulaci UNC5C expresie v porovnaní so zodpovedajúcimi normálnymi tkanivami bola pozorovaná u približne 70% prípadov rakoviny žalúdka [26]. Táto oblasť sa nachádza na 4q21-23, čo je často miestom delécie v karcinómu žalúdka a je spojená s epigenetické génovej inaktivácie, ako je metylácie promótorom [26-28].
V tejto štúdii sme predpokladali, že zníženie expresie DCC a UNC5C hrá dôležitú regulačnú funkciu rast v žalúdku vzniku nádorov, ktoré zaoberať vyšetrovanie paneli žalúdočných nádorových bunkových línií a klinických vzoriek od pacientov s karcinómom žalúdka. V tomto dokumente, sme uvádzajú, že väčšina karcinómov žalúdka vykazujú stratu oboch receptorov netrin-1. Poskytujeme tiež údaje naznačujúce, že inaktivácia týchto receptorov je sprostredkovaná oboch genetických a epigenetických mechanizmov. Kumulatívny defekty v týchto dvoch závislosť receptory sú významne spojená s fenotypu CIN, s dôrazom na význam týchto nových poznatkov a tento rastový regulačné dráhy v žalúdku rakoviny.
Výsledky
Charakteristiky pacientov s karcinómom žalúdka
98 karcinómom žalúdka pacientov, 34 pacientov boli ženy (35%), a 48 nádory boli patologicky diagnostikovaný ako diferencované (49%) (tabuľka 1). S ohľadom na stav TNM, 18, 29, 37, a 14 pacientov s karcinómom žalúdka boli klasifikované ako fáza I, II, III a IV, v danom poradí. Nádorovými genetických analýz, 13 karcinómov žalúdka boli kategorizované ako zobrazovanie mikrosatelitov nestability (MSI, 13%). Pomer strednej LOH tumorov 98 bola 0,24 (štandardná odchýlka (SD), ± 0,3) .Table 1 Charakteristika onkologickí pacienti žalúdočnej
Charakteristický
percento (č)
Vek
Priemerný vek (SD)
65,1 (11,8)
rodovej rovnosti
Žena
35 (34)
Muž
65 (64)
histológia
Diff
49 (48)
Undiff
51 (50)
Stage
IA /IB
18 (18)
IIA /IIB
30 (29)
IIIA /IIIB /IIIC
38 (37)
IV
14 (14)
T
T1a /1b
14 (14)
T2
14 (14 )
T3
28 (27)
T4a /4b
44 (43)
N
N0
27 (26)
N1
35 (34 )
N2
24 (24)
N3
14 (14)
vzdialenej metastázy
Negatívne
86 (84)
Pozitívne
14 (14)
MSI
MSI
13 (13)
Non-MSI
87 (85)
LOH pomer
priemerného pomeru (SD)
0,24 (0,3 )
CIN
pozitívny
51 (50)
Negatívne
47 (46)
Nejde o informatívne
2 (2)
KRAS
Mutant
5 (5)
Wild
95 (93)
BRAF
Mutant NETHRY.cz 0 (0)
Wild
100 (98)
PIK3CA
Mutant
4 (3)
Wild
96 (94)
H.pyroli
pozitívny
71 (70)
Negatívne
29 (28)
CIN fenotyp bol roztriedený výpočtom pomeru Loh z informatívnych markerov siedmich polymorfných mikrosatelitních sekvencií, nezávisle na 4Q a 18q loci. Keď nádor ukázal pomer LOH vyššia ako 0 ° C, nádor bol zaradený do kategórie CIN-pozitívne. Podľa tohto kritéria, 50/98 nádorov (51%) bolo klasifikované ako CIN-pozitívny.
Priame sekvenovanie vzoriek s karcinómom žalúdka odhalili podiel KRAS
BRAF stroje a PIK3CA
mutácie (tabuľka 1). Mutácie boli zistené v KRAS
kodóne 12 (5%, N
= 5/98), a kodóne 13 (1%, N
= 1/98); BRAF
Kodona 600 (0%, N
= 0/98); PIK3CA
Kodona 545 (1%, N
= 1/98); a Kodona 1047 (3%, N =
3/98). KRAS
kodóne 12 mutácií sa skladala z G12D (35g na A, N
= 4) a G12R (34G až C, N
= 1), a Kodona 13 mutácie zahrnuté G13D (38 g na A, N
= 1). Je zaujímavé, že jeden tumor zobrazený ako KRAS
kodónu 12 a 13 mutácií (ďalší súbor 1: Obrázok S1A). PIK3CA
exón 9 mutácie skladá E545K (1633G na A, N
= 1), zatiaľ čo exónu 20 mutácie skladá H1047R (3140 s G, N
= 3). Ďalej sme zistili stav infekcie H. pylori
získaním ČAGA
genotyp (ďalší súbor 1: Obrázok S1B). Prostredníctvom tejto analýzy by sme mohli obnoviť ČAGA
sekvencie z 70 žalúdočných rakovinových tkanív (71%).
Stav metylácie DCC
vo vzorkách s karcinómom žalúdka a pridružení s klinicko-funkciami
sme skúmali DCC
stav metylácie v 98 karcinómov žalúdka a 105 normálnych vzoriek žalúdočnej sliznice. Umiestnenie DCC
génu a výsledky porota zložená z reprezentatívneho kombinovanej bisulfitová obmedzenia analýzy (COBRA) sú znázornené na Obr. 1a-b; Tieto výsledky boli analyzované ako spojité premenné (obr. 1c). Zistili sme, že 56/98 karcinómov žalúdka (57%) a 31/105 normálne vzorky žalúdočnej sliznice (29,5%), zobrazí sa viac ako 1,0% metylácie v DCC
promótorom. Hladina Priemerná metylácie bola 18,3% [95% interval spoľahlivosti (CI), 14,5-22,2%] medzi rakovinou žalúdka tkanív, ktoré zobrazujú viac ako 1,0% metylácie v DCC
promótor a 4,9% (95% CI, 03.3.-05.06.% ) v zodpovedajúcich normálnych vzoriek žalúdočnej sliznice, ktorá sa zobrazí cez 1,0% metylácie (P Hotel <0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis testu, obr. 1c-d). Preto sme definovali DCC
metylácie 5% alebo viac ako kontinuálne premenné (tj > 5,0% metylácie bola definovaná ako metylácie-pozitívna (methylata) a < 5,0% metylácie ako metylácie negatívne (nemethylovaný)) , Pri použití tohto kritéria, sme pozorovali DCC
denaturovaný prípady 44/98 karcinómov žalúdka (45%) av 9/105 normálne žalúdočnej sliznice (9%). Obr. 1 DCC
promótor metylácie a 18q LOH analýzy. (A) Schematické znázornenie umiestnenia troch Loh sondy a DCC
gén promotorových oblastí v chromozóme 18. červená čiara označuje
DCC
gen. Gray stroje a čierne štvorčeky
reprezentujú nepreložené a exón kódujúci regióny 1, v uvedenom poradí; Šípky na námestiach
indikujú transkripčný východiskových miest; Zvislé čiary označujú
CPG miest; biele diamanty
reprezentujú restrikčné miesta pre HhaI; silnými čiarami
znázorňujú umiestnenie COBRA výrobkov; šípky na silnými čiarami
označujú COBRA primery. (B) reprezentatívne výsledky COBRA DCC. Šípky označujú
denaturovaný alely; M
označuje metylácie; U
označuje unmethylation; Mc
označuje denaturovaný kontrolu; SM
označuje veľkosť značku. (C) Výsledky DCC
metylácie ako spojité premenné. V poli dejových schém vodorovná čiara
, v rámci každej okno predstavuje medián limity
každého boxu predstavujú medzikvartilové rozsahy a fúzy
sú maximálne a minimálne hodnoty. Každý Zelený pruh
predstavuje priemer. NM
značí normálne sliznicu. T
označuje nádor. (D) Frekvencia metylácie-pozitivity nádorových a normálnych tkanív v závislosti na rôznych prahových hodnôt. (E) DCC
expresie mRNA hladiny a stav metylácie v 10 žalúdočných nádorových bunkových línií a ľudská bunková línia pľúcnych fibroblastov. DCC
mRNA expresie je pozorované (nižšia ΔCT) v bunkových líniách a GCIY NHLH. DW označuje destilovaná voda
Ďalej sme skúmali vzťah medzi DCC
metylácie promótorom a rôznych klinicko a genetických vlastností. DCC
metylačnej stav sa významne spojené so stavom MSI. MSI-pozitívnych karcinómov žalúdka boli významne častejšie spojená s DCC
metyláciou než DCC
unmethylation (23 verzus 6%, p = 0,013;
tabuľka 2). Neboli žiadne významné asociácie medzi DCC
metylačného statusu a akékoľvek iné variables.Table 2 asociácie medzi epigenetické /genetickými zmenami génu DCC a klinicko-funkcií v karcinómov žalúdku
DCC
Metylácia Status-% ( No.)
18q LOH Status-% (Ne)
DCC
Zmena Status-% (Ne)
Unmethylation
metylácie
P
nie je informatívny
Negatívne
pozitívny
P
nie je informatívny
Negatívne
pozitívny
pozitívne
P
Celkom
metylácie sám

sám LOH
Obaja
(n = 54
)
(n = 44
)
(n
= 15)
(n = 47
)
(n = 36
)
(n = 15
)

(n = 25
)
(n = 58
)
(n = 22
)
(n = 19
)
(n = 17
)
Vek
Priemerný vek (SD)
63,6 (12,5)
67,0 (10,7)
0.48
68,9 (11,4)
64,8 (11,4)
63,9 (12,4)
0.76
68,9 (11,4)
63,5 (12,9)
64,8 (11,3)
66,3 (9.5)
60,7 (12,7)
67,4 (11,4)
0.98
rodovej rovnosti
Žena
39 (21)
30 (13)
0.33b
40 (6)
38 (18)
28 (10)
0.32b
40 (6)
44 (11)
29 (17)
32 (7)
32 (6)
24 (4)
0.19b
Muž
61 (23)
70 (31)
60 (9)
62 (29)
72 (26)
60 (9)
56 (14)
71 (41)
68 (15)
68 (13)
76 (13)
histológia
Diff
41 (22)
59 (26)
0.071b
47 (7)
55 (26)
42 (15 )
0.22b
47 (7)
52 (13)
48 (28)
59 (13)
32 (6)
53 (9)
076b
Undiff
59 (32)
41 (18)
53 (8)
45 (21)
58 (21)
53 (8)
48 (12)
52 (30)
41 (9)
68 (13)
47 (8)
Stage
IA /IB
20 (11)
16 (7)
0.83b
13 (2)
19 (9)
19 (7)
0.15b
13 (2)
24 ( 6)
17 (10)
14 (3)
21 (4)
18 (3)
0.70b
IIA /IIB
26 (14)
34 (15)
27 (4)
30 (14)
31 (11)
27 (4)
24 (6)
33 (19)
36 (8)
32 (6)
29 (5)
IIIA /IIIB /IIC
39 (21)
36 (16)
53 (8)
43 (20)
25 (9)
53 (8)
40 (10)
33 (19)
45 (10)
26 (5)
24 (4)
IV
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
T
T1a /1b
15 (8 )
14 (6)
0.24b
7 (1)
17 (8)
14 (5)
0.94b
7 (1)
16 (4)
16 (9)
18 (4)
21 (4)
6 (1)
0.54b
T2
13 (7)
16 (7)
13 (2)
15 (7)
14 (5)
13 (2)
16 (4)
14 (8)
14 (3)
11 (2)
18 (3)
T3
20 (11)
36 (16)
33 (5)
28 (13)
25 (9)
33 (5)
16 (4)
31 (18)
41 (9)
16 (3)
35 (6)
T4a /b
52 (28)
34 (15)
47 (7)
40 (19)
47 (17)
47 (7)
52 (13)
40 (23)
27 (6)
53 (10)
41 (7)
N
N0
30 (16)
23 (10)
0.66b
20 (3)
28 (13)
28 (10)
0.29b
20 (3)
32 (8)
26 (15)
23 (5)
32 (6)
24 (4)
0.19b
N1
37 (20)
32 (14)
47 (7)
38 (18)
25 (9)
47 (7)
44 (11)
28 (16)
32 (7)
26 (5)
24 (4)
N2
20 (11)
30 (13)
20 (3)
26 (12)
25 (9 )
20 (3)
20 (5)
28 (16)
32 (7)
21 (4)
29 (5)
N3
13 (7)
16 (7)
13 (2)
9 (4)
22 (8)
13 (2)
4 (1)
19 (11)
14 (3)
21 (4)
24 (4)
vzdialenej metastázy
Negatívne
85 (46)
86 (38)
0.87b
93 (14)
91 (43)
75 (27)
0.041b
93 (14)
88 (22)
83 (48)
95 (21)
79 (15)
71 (12)
0.55b
Pozitívne
15 (8)
14 (6)
7 (1)
9 (4)
25 (9)
7 (1)
12 (3)
17 (10)
5 (1)
21 (4)
29 (5)
MSI stav
MSI
6 (3)
23 (10)
0.013b ​​
33 (5)
9 (4)
11 (4)
0.69b
33 (5)
4 (1)
12 (7)
14 (3)
0 (0)
24 ( 4)
0.25b
Non-MSI
94 (51)
77 (34)
67 (10)
91 (43)
89 (32)
67 (10)
96 (24)
88 (51)
86 (19)
100 (19)
76 LOH pomer (13)
Stredná pomer (SD)
0,23 (0,30)
0,26 (0,31)
0.55
0,22 (0,29)
0,10 (0,15)
0,44 (0,36) Hotel < 0.0001
0,22 (0,29)
0,05 (0,10)
0,33 (0,33)
0,16 (0,18)
0,44 (0,34)
0,44 (0,39) Hotel < 0.0001
CIN *
Pozitívne
46 (25)
57 (25)
0.39b
47 (7)
38 (18)
74 (25)
0.0017b
47 (7)
24 (6)
66 (37)
55 (12)
76 (13)
71 (12)
0.0005b
Negatívne
54 (27)
43 (19)
53 (8)
62 (29)
26 (9)
53 (8)
76 (19)
34 (19)
45 (10)
24 (4)
29 (5)
KRAS
/BRAF
/PIK3CA

Mutant
6 (3)
11 (5)
0.30b
27 (4)
6 (3) Sims 3 (1)
0.45b
27 (4)
4 (1)
5 (3)
9 (2)
5 (1)
0 (0)
0.82b
Wild
94 (51)
89 (38)
73 (11)
94 (44)
97 (35)
73 (11)
96 (24)
95 (55)
91 (20)
95 (18)
100 (17)
H.pyroli
Pozitívne
72 (39)
70 (31)
0.85b
80 (12)
66 (31)
75 (27)
0.37b
80 (12)
60 (15)
74 (43 )
73 (16)
79 (15)
71 (12)
0.20b
Negatívne
28 (15)
30 (13)
20 ( 3)
34 (16)
25 (9)
20 (3)
40 (10)
26 (15)
27 (6)
21 (4 )
29 (5)
* Dva prípady nie sú informatívne stavu CIN
bola hodnota P
vypočítanú medzi unmethylation a metylácie, 18qLOH negatívne a pozitívne, a DCC zmena negatívne a pozitívne (spolu) by boli Wilcoxon /Kruskal-Wallis testu
b P
hodnoty počítané medzi unmethylation a metylácie, 18qLOH negatívne a pozitívne, a DCC zmene negatívne a pozitívne (spolu) testom chí-kvadrát Piason je
LOH 18q z oku spojené s CIN fenotypu u karcinómu žalúdka
Medzi informatívnych prípadov, frekvencia 18q LOH v každom mikrosatelitov značky boli 14/41 (24%) v D18S35, 17/55 (31%) v D18S69 a 21/58 (36 %) v D18S58 (umiestnenie každého výrobcu je znázornené na obr. 1a). Nádormi s Loh vôbec tri, dva, a iba jeden z troch mikrosatelitních markerov boli 4 (4,8%), 9 (11%) a 23 (28%) z 83 informatívnych prípadov medzi 98 primárnych karcinómov žalúdka, resp. Nádormi s Loh v aspoň jednom z troch mikrosatelitních markerov pre 18q LOH boli kategorizované ako 18q LOH-pozitívne. Podľa tohto kritéria, 18q LOH-pozitívne nádory boli detekované v 36 (43%) z 83 informatívnych prípadov medzi 98 primárnych karcinómov žalúdka (tabuľka 2).
Podobne ako DCC
metylačného statusu, sme skúmali súvislosti medzi 18q LOH stav a rôzne klinicko-patologické a genetické znaky. Medzi informačnými prípadoch, frekvencia karcinómu žalúdka so vzdialenými metastázami bola vyššia vo 18q Loh-pozitívnych karcinómov žalúdka v porovnaní s 18q Loh-negatívne nádory (25 verzus 9%, P = 0,041
; Tabuľka 2). Pomery LOH vypočítané pre ostatných siedmich loci bola tiež významne vyššia u 18q LOH-pozitívny než 18q Loh-negatívne nádory (0,44 vs 0,10, P Hotel < .0001; tabuľka 2). Podľa týchto výsledkov, keď nádor vykázal pomer LOH vyššia ako 0 ° C, nádor bol zaradený do kategórie CIN-pozitívne. Okrem toho, CIN-pozitívnych karcinómov žalúdka, ktoré boli tiež 18q LOH-pozitívne boli výrazne bohatší ako tie, ktoré boli 18q LOH-negatívne (74 vs. 38%, p = 0,0017
, tabuľka 2). Predchádzajúce štúdie ukázali, že strata 18q je bežne pozorovaná u hrubého čreva a konečníka, a jeho frekvencia je v korelácii s CIN fenotyp, ale nepriamo úmerná MSI fenotyp [29, 30]. Rovnako ako naše štúdie a ďalšie štúdia preukázala, tento jav bol tiež reprodukovať karcinómov žalúdka [18].
Expresia a metylácie stav DCC
v žalúdku rakovinových bunkových línií
Aby bolo možné posúdiť súvislosti medzi DCC
stavu expresie a epigenetické zmeny v DCC
génu, sme sa zaoberali messenger RNA (mRNA) hladiny reverznej transkripciou kvantitatívnej polymerázovej reťazovej reakcie (RT-qPCR) s použitím primerov opísaných predtým [31], a skúmal spojenie medzi DCC
prejavu a stav metylácie CPG v DCC
promotorové oblasti z 10 bunkových línií karcinómu žalúdka (MKN7, N87, MKN74, MKN45, NUGC-2, 3-NUGC, NUGC-4, GCIY, Ogum-1, a MKN1) a jeden normálny fibroblastové bunkové línie pľúc (NHLF). Všetky bunkové línie, s výnimkou MKN74, GCIY, Ogum-1, MKN1 a NHLF bunky, vykazovali zníženú expresiu DCC
génových transkriptov a ich promótory sa methyluje (obr. 1e). Na druhej strane, aj keď troch bunkových línií, N87, Ogum-1, a MKN1 vykazovali zníženie expresie DCC
génových transkriptov, DCC
promótory v týchto bunkách neboli methylated COBRA. Medzi 10 žalúdočné rakovinové bunkové línie, iba bunková línia GCIY vyjadrené DCC
prepisy na rovnakej úrovni ako NHLF bunky, ale jeho promótor bol metylovaný. Keď sme do kategórií bunkové línie ukazujúci aΔC T o viac než 15,0 ako DCC
prejavu-negatívne a bunkové línie s aΔC T 15,0 alebo menej ako DCC
expresného-pozitívne, iba GCIY bunkové línie by mohla byť kvalifikovaná ako DCC
vyjadrenie pozitívnych medzi sedem žalúdočných rakovinových bunkových línií s DCC
metylácie; toto zistenie je štatisticky nevýznamný.
Zníženie DCC expresie vyžaduje ako genetické a epigenetické zmeny
Ďalej sme skúmali súvislosť medzi expresiou proteínu DCC a genetické a epigenetické zmeny v DCC
géne 86 karcinómu žalúdka vzorky. Reprezentatívne príklady imunohistochemické výsledky (IHC) farbenie sú uvedené na Obr. 2a-c. roztriedené sme nádory do nasledujúcich troch skupín založených na výsledkoch IHC analyzovaných ako kategorické premenné: úplná strata DCC výrazu (. 8 prípadov, 9%; obr 2a), fokálna strata DCC výrazu (38 prípadov, 44%; Obr. 2b), a pozitívna expresia proteínu DCC (40 prípadov, 47%, obr. 2c). Medzi 86 karcinómov žalúdka, 46 prípadov (53%) zobrazenej znížená DCC výraz. Predchádzajúce štúdie uvádza, že znížená expresia DCC bola pozorovaná u celkovo 38% karcinómov žalúdka, a fáza T1-T2 tumory udržiava pozitívny výraz, DCC, keď bol zrušený v nádoroch T3 [32]. Tento nález bol tiež zopakovať v tejto štúdii (ďalší súbor 2: Obrázok S2). Obr. 2 DCC
promotér metylácie a imunohistochemické analýzy. Analýza Imunohistochémia pre DCC
(a-c). Jadrá nádorových buniek sú úplne negatívne (a), fokálne negatívne (b), a pozitívne (c) zafarbené. (D) Združenie medzi epigenetické /genetickým zmenám a DCC
výrazom
Next, sme skúmali vzťahy medzi genetickými a epigenetických zmien a DCC stavu výrazu. Sedem z 8 prípadov s úplnou stratou 33 z 38 prípadov s ohniskovou stratou a 34 z 40 prípadov s pozitívnym výrazom DCC bol poučný pre oboch DCC
promotér metylácie a 18q LOH. Zistili sme, že medzi nádory s úplnou stratou DCC prejavu, 5/7 nádorov (71%) preukázali, ako DCC
metylácie promótorom a 18q Loh. Na rozdiel od rakoviny 8/33 (24%) bolo dosiahnuté ohniskovou stratu expresie DCC a obaja metylácie a LOH, 5/33 rakoviny (15%) bolo dosiahnuté LOH sám, a 12/33 rakoviny (36%), zobrazí sa metylácii sám. Medzi rakoviny, ktoré boli pozitívne na expresiu DCC, tak 2/34 rakoviny (6%) preukázali, ako metylácii a LOH, 13/34 (38%) rakoviny Loh sám, a 8/34 rakoviny (24%) metylácie alone (rakoviny zobrazené obaja DCC
metylácie a 18q LOH verzus ostatné, P
= 0,0048, Pearsonovho testu chí-kvadrát, obr. 2d). Naše údaje naznačujú, že zníženie expresie DCC môže vyžadovať husté metylácie CPG v promótorom a LOH v lokuse 18q, podľa teórie dvoch prístupov [33].
Pridruženie medzi klinicko-funkcií a genetických /epigenetických zmien DCC
žalúdočné rakoviny
Vzhľadom k tomu, ako epigenetické a genetické zmeny sú zásadné pre potlačenie DCC, sme skúmali vzťah medzi epigenetické a genetickými zmenami v DCC
génu s rôznymi klinicko-funkciami. 98 karcinómov žalúdka, 15 rakoviny boli klasifikované ako nevhodné pre informatívne, 25 rakoviny boli klasifikované ako negatívny pre DCC
zmeny, a 58 nádory boli klasifikované ako pozitívne pre DCC
zmeny. Medzi klinicko-funkcií, LOH pomer a CIN fenotyp distribúcie sa významne líšia medzi nádorov negatívnych a pozitívnych na DCC
zmeny (tabuľka 2).
Medzi 58 rakovín s DCC
zmenami, 17 nádorov ukázala zmeny v oboch DCC
metylácie a 18q LOH, 19 mal 18q Loh osamote a 22 rakoviny vystavil DCC
metylácie sám. Pomer LOH počíta pre druhú sedem loci bol významne najvyšší u karcinómov žalúdka s oboma DCC
metylácie a 18q LOH (priemer LOH pomer, 0,44; SD ± 0,39) a u rakovín s 18q LOH samotným (stredná LOH pomer, 0,44; SD ± 0,34), medziprodukt pri rakovín s DCC
metylácie samotným (stredná LOH pomer 0,16; SD ± 0,18) a najnižšia v rakoviny negatívny pre DCC
zmeny (priemer LOH pomer 0,05; SD ± 0,10; P Hotel <0,0001, Wilcoxon /Kruskal-Wallis test). Keď sme do kategórií karcinómov žalúdka s Loh pomery vyššie ako 0 ako CIN-pozitívne, 12/17 karcinómov žalúdka (71%) s oboma DCC
metylácie a 18q LOH, 13/17 žalúdočné rakoviny (76%) s 18q LOH sám, Obr. Obr. Všetci autori čítať a schválená konečná rukopis.

• Rodinná anamnéza rakoviny a gastroesofageálny ochorenia a riziko z pažerákových a žalúdočných adenokarcinómov: a case-control study
• Double-oblúk objemový modulovaný terapia zlepšuje rozloženie dávky v porovnaní s statickej portálový IMRT a 3D konformný rádioterapia adjuvantnej liečbe žalúdočných cancer