Raziskave povezujejo razširjenost SARS-CoV-2,

bolnišnične površine in mikrobiomi pacientov Raziskovalci so odkrili večjo bakterijsko raznolikost v bolnišničnih prostorih SARS-CoV-2 in površinah v sobi, kar kaže, da ima lahko bakterijska raznolikost vlogo pri prenosu virusa.

Hudi akutni respiratorni sindrom koronavirus 2 (SARS-CoV-2), povzročitelj pandemije COVID-19, se širi predvsem z zračnim prenosom, bodisi v dihalnih kapljicah ali aerosolih. Prenos blata je še ena možna pot, po kateri se virus širi.

Druga metoda širjenja je, ko se ljudje dotaknejo kapljic, ki vsebujejo viruse, ki padejo na različne površine, kot so mize, kljuke na vratih, in števci. SARS-CoV-2 so odkrili na različnih površinah, vključno s plastiko, karton, jeklo, in kovine.

Bakterijska sestava napoveduje stanje SARS-CoV-2 v nosu, čelo, vzorci blata in tal. Uspešnost napovedovanja klasifikatorjev naključnih gozdov glede statusa SARS-CoV-2 za vsako vrsto vzorca je bila ocenjena z uporabo AUROC (A) in AUPRC (B) za nares (n =76), čelo (n =79), blato (n =44), in v nadstropju (n =107), pri 100-kratnem pristopu navzkrižne validacije (glej metode). (C) Diagram 100 funkcij EMPress, ki najbolj napovedujejo stanje SARS-CoV-2 v nosu, čelo, vzorci blata in notranjih tal, kjer je bil pri vseh vrstah vzorcev identificiran en sam ASV s 100% poravnavo do Rothia dentocariosa. Top 100 naključnih lestvic pomembnosti gozda in taksonomija GreenGenes iz nara, čelo, blato, in notranji vzorci tal so na voljo v S2. (D) Delež vzorcev, ki vsebujejo zelo napovedljiv Rothia dentocariosa ASV v pozitivnih in negativnih vzorcih SARS-CoV-2 iz sedanje študije, in od (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

Tveganje za okužbo z virusom SARS-CoV-2 je v zaprtih prostorih večje kot na prostem, zlasti v slabo prezračenih prostorih. Notranji mikrobiom je lahko edinstven, odvisno od okolja, večinoma prevladujejo mikrobi, ki jih izločajo ljudje.

Na splošno so mikrobi bakterije, toda v zaprtih prostorih so lahko prisotni tudi virusi, ko so prisotni bolni ljudje. Medsebojno delovanje virusa in bakterij je bilo znano in raziskano, na primer pri živalih, interakcija med črevesnimi bakterijami in črevesnimi virusi. Črevesne bakterije lahko vplivajo na infekcijo prebavil z izboljšanjem termostabilnosti in okoljske stabilnosti virusov. Medsebojno delovanje virusov in bakterij so opazili tudi v zgornjih dihalnih poteh. Zato, možno je, da so takšne interakcije prisotne tudi v zaprtih prostorih.

Demografski podatki pacienta (n =16) (A), vnos antibiotikov (B), sočasne bolezni (C).

Mikrobiom v bolnišničnih sobah SARS-CoV-2

Raziskovalci s kalifornijske univerze, San Diego, IBM, T. J. Watson Research Center in IBM-Almaden sta raziskala, ali lahko mikrobi, prisotni v zaprtem okolju, vplivajo na okužbo s SARS-CoV-2. O svojih rezultatih so poročali v prispevku, objavljenem na medRxiv * strežnik za prednatis.

Avtorji so od bolnikov in zdravstvenih delavcev pridobili vzorce brisov v medicinskem centru UCSD. Obrisali so kožo, dihalni trakt, blato, in različne površine, s katerimi so bolniki in zdravstveni delavci prišli v stik, da bi zbrali 972 vzorcev ljudi in 734 vzorcev bolnišničnih površin.

Od površinskih vzorcev približno 13% je bilo pozitivnih na SARS-CoV-2. Tla v bližini bolnikove postelje so imela največ virusa. Nekaj ​​virusa so odkrili tudi pri bolnikih, pri katerih je bil test na virus negativen, in v sobah, očiščenih, potem ko jih je zasedel pozitiven bolnik.

Z uporabo testa 16S rRNA, identificirali so različne mikrobe v vzorcih. Na tleh so našli različne skupine mikrobov, blato, in vzorce nosnic/čela. Površine, ki se jih zdravstveni delavci pogosto dotikajo, imajo mikrobiome, podobne njihovim mikrobiomom, in tisti, ki so se jih bolniki bolj dotaknili, so imeli mikrobiome, podobne bolnikom.

Povprečna raznolikost vrst je bila v površinskih vzorcih veliko večja, predvsem tla, kot v vzorcih ljudi, raznolikost je večja pri pozitivnih vzorcih SARS-CoV-2. Analizira mikrobe, prisotne v pozitivnih vzorcih, so ugotovili avtorji Clostridiales biti skupina, ki je v velikem deležu prisotna v vzorcih blata, podobno kot pri študijah odpadnih voda. Actinomyces, Anaerokok, Dialister, Gemella, in Schaalia so bili vidni v vzorcih čela in nosnic.

Našli so Rothia dentokarioza biti pogost na čelu, nosnica, blato, in talnih vzorcev ter je bil bolj razširjen pri pozitivnih vzorcih SARS-CoV-2. Rothia na splošno ni v bolnišničnih vzorcih, našli avtorje, po primerjavi prejšnje bolnišnične študije mikrobiomov, in je bil specifičen za SARS-CoV-2.

Ili ’prostorsko kartiranje standardne bolnišnične sobe (brez ICU) in sobe za intenzivno nego (ICU). Toplotni zemljevid prikazuje odstotek vzorcev, zbranih na vsakem mestu, ki so bili pozitivni na SARS CoV-2.

Povezava med SARS-CoV-2 in bakterijami v zaprtih prostorih

Čeprav so virus SARS-CoV-2 odkrili v zaprtih prostorih v bolniških sobah, ni znano, ali so bili odkriti virusi sposobni preživeti. Zaradi visokih vrednosti Ct večine vzorcev in pomanjkanja okužbe pri zdravstvenih delavcih, ki skrbijo za bolnike, avtorji sklepajo, da pozitivne površine niso bile verjetne viri virusne okužbe v preučevanih bolnišničnih okoljih, ko je bila uporabljena ustrezna osebna zaščita. Vendar pa za redno čiščenje površin je treba ohraniti učinkovite načine čiščenja, da se zmanjša možnost prenosa.

Prisotnost Rothia so opazili v prejšnjih študijah o SARS-CoV-2, nakazujejo močno povezavo z virusom, čeprav mehanizem ni jasen. Rothia vrste so bile ugotovljene v človeškem ustni in prebavni mikrobiomi, kar kaže na povečan oralno-fekalni prenos, značilnost COVID-19. Rothia ugotovljeno je bilo tudi večje pri bolnikih s COVID-19 s srčno-žilnimi boleznimi, opazili pa so ga tudi pri kardiovaskularnih bolnikih brez COVID-19. Za razumevanje te povezave in če jo je mogoče uporabiti pri metodah za zmanjšanje prenosa SARS-CoV-2, so potrebne dodatne študije.

Med vsemi vzorci čelo, nosnice, blato, bakterijo Rothia dentocariosa je bil zelo napovedljiv in povezan z okužbo s SARS-CoV-2. Povezava je lahko posledica neposredne interakcije bakterije z virusom ali posredno zaradi učinkov na gostitelja, kar nakazuje, da je morda pri prenosu bolezni COVID-19 vloga sinergije bakterij in virusov.

*Pomembno obvestilo

medRxiv objavlja predhodna znanstvena poročila, ki niso recenzirana in, zato, ne velja za dokončno, vodi klinično prakso/vedenje, povezano z zdravjem, ali se obravnavajo kot uveljavljeni podatki.

• Spolni steroidi imajo lahko zaščitno vlogo pri COVID-19,
• Antimikrobna zdravila v milih poslabšajo maščobno bolezen jeter pri miših