Исследования связывают распространенность SARS-CoV-2,

больничные поверхности и микробиомы пациентов Исследователи обнаружили более высокое бактериальное разнообразие в палатах и ​​поверхностях помещений для пациентов с SARS-CoV-2, предполагая, что разнообразие бактерий может играть роль в передаче вируса.

Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2), возбудитель пандемии COVID-19, распространяется преимущественно воздушно-капельным путем, в виде респираторных капель или аэрозолей. Фекальная передача - еще один возможный путь распространения вируса.

Другой способ распространения - это прикосновение к каплям, содержащим вирус, которые падают на различные поверхности, такие как столы и т. Д. дверные ручки и счетчики. SARS-CoV-2 был обнаружен на различных поверхностях, в том числе пластик, картон сталь, и металлы.

Бактериальный состав позволяет прогнозировать статус SARS-CoV-2 в ноздрях, лоб, образцы стула и пола. Эффективность прогнозирования классификаторов случайного леса на статус SARS-CoV-2 для каждого типа выборки была оценена с использованием AUROC (A) и AUPRC (B) для ноздрей (n =76), лоб (n =79), стул (n =44), и внутри этажа (n =107), в подходе 100-кратной перекрестной проверки (см. методы). (C) График EMPress для 100 признаков, наиболее предсказывающих статус SARS-CoV-2 в ноздрях, лоб, образцы стула и пола, где один ASV со 100% соответствием Rothia dentocariosa был идентифицирован во всех типах образцов. 100 случайных рангов по важности лесов и таксономия GreenGenes по данным nares, лоб, табурет и образцы внутренних полов доступны в S2. (D) Доля образцов, содержащих высокопрогнозируемую ASV Rothia dentocariosa в положительных и отрицательных образцах SARS-CoV-2 из текущего исследования, и из (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

Риск заражения вирусом SARS-CoV-2 выше в помещении, чем на открытом воздухе. особенно в плохо вентилируемых помещениях. Внутренний микробиом может быть уникальным в зависимости от окружающей среды, в основном преобладают микробы, перенесенные человеком.

Микробы обычно представляют собой бактерии, но в помещениях также могут быть вирусы при наличии больных. Взаимодействие вируса и бактерий было известно и изучено, Например, у животных, взаимодействие между кишечными бактериями и кишечными вирусами. Кишечные бактерии могут влиять на инфекционность желудочно-кишечного вируса, улучшая термостабильность и устойчивость вирусов к окружающей среде. Взаимодействие вирусов с бактериями также наблюдалось в верхних дыхательных путях. Следовательно, возможно, что такие взаимодействия присутствуют даже в помещениях.

Демографические данные пациента (n =16) (A), прием антибиотиков (В), сопутствующие заболевания (С).

Микробиом в палатах пациентов с SARS-CoV-2

Исследователи из Калифорнийского университета, Сан Диего, IBM, Исследовательский центр T. J. Watson и IBM-Almaden изучили, могут ли микробы, присутствующие в помещении, влиять на инфекцию SARS-CoV-2. Они сообщили о своих результатах в статье, опубликованной на medRxiv * сервер препринтов.

Авторы получили образцы мазков у пациентов и медицинских работников медицинского центра UCSD. Они протирали кожу тампоном, дыхательные пути, табурет и различные поверхности, с которыми контактировали пациенты и медицинские работники, чтобы собрать 972 образца от людей и 734 образца поверхностей в больницах.

Из образцов поверхности, около 13% были положительными на SARS-CoV-2. Больше всего вируса было на полу возле койки пациента. Некоторый вирус также был обнаружен у пациентов, у которых был отрицательный результат теста на вирус, и в комнатах, убранных после того, как они были заняты положительным пациентом.

Используя тест 16S рРНК, они идентифицировали различные микробы в образцах. Они обнаружили на полу разные скопления микробов, табурет и образцы ноздрей / лба. Поверхности, к которым часто прикасаются медицинские работники, имели микробиомы, похожие на их микробиомы, а у тех, кого больше касались пациенты, был микробиом, подобный пациентам.

Среднее видовое разнообразие было намного выше в поверхностных образцах, особенно пол, чем в образцах от людей, при этом разнообразие больше в образцах, положительных по SARS-CoV-2. Анализ микробов, присутствующих в положительных образцах, авторы нашли Clostridiales быть группой, присутствующей в большом количестве образцов стула, аналогично тому, что было обнаружено при исследованиях сточных вод. Актиномицеты, Анаэрококк, Dialister, Гемелла, а также Шаалия были замечены в образцах лба и ноздрей.

Они нашли Ротия зубочелюстная клетка быть обычным на лбу, ноздря табурет и пробы с пола, и был более распространен в образцах, положительных на SARS-CoV-2. Ротия обычно не присутствует в больничных образцах, нашел авторов, после сравнения предыдущего исследования микробиома в больнице, и был специфическим для SARS-CoV-2.

Пространственное отображение Илии стандартной палаты больницы (не ОИТ) и палаты отделения интенсивной терапии (ОИТ). Тепловая карта отображает процент образцов, собранных на каждом участке, которые были положительными на SARS CoV-2.

Связь между SARS-CoV-2 и домашними бактериями

Хотя вирус SARS-CoV-2 был обнаружен в помещениях в палатах, неизвестно, были ли обнаруженные вирусы жизнеспособными. Из-за высоких значений Ct в большинстве образцов и отсутствия инфекции у медицинских работников, ухаживающих за пациентами, авторы приходят к выводу, что положительные поверхности были маловероятным источником вирусной инфекции в исследуемых условиях больницы, если использовались соответствующие средства индивидуальной защиты. Тем не мение, Для регулярной очистки поверхностей следует применять эффективные методы очистки, чтобы снизить вероятность передачи инфекции.

Наличие Ротия было замечено в предыдущих исследованиях SARS-CoV-2, предполагая сильную связь с вирусом, хотя механизм не ясен. Ротия виды были замечены в микробиоме полости рта и желудочно-кишечного тракта человека и предполагают повышенную орально-фекальную передачу, характеристика COVID-19. Ротия также было замечено, что он выше у пациентов с COVID-19 с сердечно-сосудистыми заболеваниями, но это также наблюдалось у сердечно-сосудистых пациентов без COVID-19. Необходимы дополнительные исследования, чтобы понять эту связь и можно ли ее использовать в методах снижения передачи SARS-CoV-2.

Среди всех образцов лоб, ноздри табурет бактерия Rothia dentocariosa был очень предсказуемым и ассоциировался с инфекцией SARS-CoV-2. Связь может быть результатом прямого взаимодействия бактерий с вирусом или косвенно через воздействие на хозяина, предполагая, что, возможно, существует роль синергии бактерий и вирусов в передаче заболевания COVID-19.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, не прошедшие рецензирование, и, следовательно, не следует рассматривать как окончательный, руководить клинической практикой / поведением, связанным со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.

• Половые стероиды могут играть защитную роль при COVID-19,
• Антимикробный препарат, обнаруженный в мыле, усугубляет ожирение печени у мышей