Tutkimus linkittää SARS-CoV-2-esiintyvyyden,

sairaalan pinnat ja potilaan mikrobiomit Tutkijat havaitsivat suuremman bakteerien monimuotoisuuden SARS-CoV-2 -potilashuoneissa ja -pinnoilla, viittaa siihen, että bakteerien monimuotoisuudella voi olla rooli viruksen siirtymisessä.

Vaikea akuutti hengitystieoireyhtymä koronavirus 2 (SARS-CoV-2), COVID-19 -pandemian aiheuttaja, leviää pääasiassa ilmateitse, joko hengityspisaroissa tai aerosoleissa. Ulosteen leviäminen on yksi mahdollinen reitti, jolla virus leviää.

Toinen leviämismenetelmä on, kun ihmiset koskettavat viruksia sisältäviä pisaroita, jotka putoavat eri pinnoille, kuten pöydille, ovenkahvat, ja laskurit. SARS-CoV-2 on havaittu eri pinnoilla, mukaan lukien muovi, pahvi, teräs, ja metalleja.

Bakteerikoostumus ennustaa SARS-CoV-2 -tilan kyynelissä, otsa, ulosteesta ja lattianäytteistä. Satunnaisten metsien luokittelijoiden ennustusteho SARS-CoV-2-tilassa kullekin näytetyypille arvioitiin käyttämällä AUROC (A)-ja AUPRC (B) -rakenteita (n =76), otsa (n =79), uloste (n =44), ja sisäkerros (n =107), 100-kertaisessa ristivalidointimenetelmässä (katso menetelmät). (C) EMPress-kuvaaja 100 ominaisuudesta, jotka ennustavat eniten SARS-CoV-2-tilaa naressa, otsa, ulosteet ja lattianäytteet, jossa yksittäinen ASV, joka oli 100% linjassa Rothia dentocariosan kanssa, tunnistettiin kaikissa näytetyypeissä. Top 100 satunnaista metsien tärkeysjärjestystä ja GreenGenes -taksonomia naresista, otsa, jakkara, ja sisäpohjanäytteet ovat saatavilla S2 -muodossa. (D) Näyteosuus, joka sisältää erittäin ennakoivaa Rothia dentocariosa ASV:ta nykyisen tutkimuksen SARS-CoV-2-positiivisissa ja negatiivisissa näytteissä, ja alkaen (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

SARS-CoV-2-viruksen tartuntariski on suurempi sisätiloissa kuin ulkona, erityisesti huonosti tuuletetuissa tiloissa. Sisämikrobiomi voi olla ainutlaatuinen ympäristöstä riippuen, hallitsevat enimmäkseen ihmisen vuodattamia mikrobeja.

Yleensä mikrobit ovat bakteereja, mutta sisätiloissa voi olla myös viruksia, kun sairaita ihmisiä on läsnä. Virusten ja bakteerien vuorovaikutus on tiedetty ja tutkittu, esimerkiksi, eläimissä, suolistobakteerien ja suolistovirusten vuorovaikutus. Suolistobakteerit voivat vaikuttaa ruoansulatuskanavan viruksen tarttuvuuteen parantamalla virusten lämpöstabiilisuutta ja ympäristön vakautta. Virus-bakteeri-vuorovaikutusta on havaittu myös ylähengitysteissä. Siten, on mahdollista, että tällaisia ​​vuorovaikutuksia esiintyy jopa sisätiloissa.

Potilaiden (n =16) väestötiedot (A), antibioottien saanti (B), samanaikaiset sairaudet (C).

Mikrobiomi SARS-CoV-2-potilashuoneissa

Kalifornian yliopiston tutkijat, San Diego, IBM, T. J. Watsonin tutkimuskeskus ja IBM-Almaden selvittivät, voivatko sisäympäristössä olevat mikrobit vaikuttaa SARS-CoV-2-infektioon. He raportoivat tuloksistaan ​​lehdessä, joka julkaistiin medRxiv * esipainopalvelin.

Kirjoittajat saivat vanupuikkonäytteitä potilailta ja terveydenhuollon työntekijöiltä UCSD Medical Centerissä. He pyyhkivät ihon, hengitysteihin, jakkara, ja eri pinnoille, joihin potilaat ja terveydenhuollon työntekijät osallistuivat keräämään 972 näytettä ihmisiltä ja 734 näytettä sairaalapinnoilta.

Pintanäytteistä, noin 13% oli positiivinen SARS-CoV-2:lle. Potilaan sängyn lähellä olevissa kerroksissa oli eniten virusta. Jotkut virukset löytyivät myös potilailta, joiden virustesti oli negatiivinen, ja huoneista, jotka oli siivottu positiivisen potilaan ottamisen jälkeen.

Käyttämällä 16S rRNA -testiä he tunnistivat näytteissä olevat erilaiset mikrobit. He löysivät lattialta erilaisia ​​mikrobeja, jakkara, ja sieraimen/otsanäytteet. Terveydenhuollon työntekijöiden usein koskettamilla pinnoilla oli mikrobiomeja, jotka olivat samanlaisia ​​kuin niiden mikrobiomit, ja potilailla, joita enemmän kosketti, oli potilaiden kaltaisia ​​mikrobiomeja.

Keskimääräinen lajien monimuotoisuus oli paljon suurempi pintanäytteissä, varsinkin lattia, kuin ihmisten näytteistä, ja SARS-CoV-2-positiivisten näytteiden monimuotoisuus on suurempi. Analysoimalla positiivisissa näytteissä esiintyviä mikrobeja, kirjoittajat löysivät Clostridiales olla ryhmä, joka esiintyy suuressa osassa ulosteesta, samanlainen kuin jätevesitutkimuksissa. Actinomyces, Anaerococcus, Dialister, Gemella, ja Schaalia näkyi otsasta ja sieraimesta.

He löysivät Rothia dentocariosa olla yhteinen otsaan, sieraimeen, jakkara, ja lattianäytteet, ja se oli yleisempi SARS-CoV-2-positiivisissa näytteissä. Rothia ei yleensä ole sairaalanäytteissä, löysi kirjoittajat, kun verrattiin aikaisempaa sairaalan mikrobiomitutkimusta, ja oli erityinen SARS-CoV-2:lle.

Ili:Sairaalakuvaus standardi-sairaalasta (ei-ICU) ja tehohoidosta (ICU). Lämpökartta kuvaa kussakin paikassa kerättyjen näytteiden prosenttiosuuden, jotka olivat positiivisia SARS CoV-2:lle.

Yhteys SARS-CoV-2:n ja sisäbakteerien välillä

Vaikka SARS-CoV-2-virus havaittiin potilashuoneiden sisäympäristössä, ei tiedetä, olivatko havaitut virukset elinkelpoisia. Useimpien näytteiden korkeat Ct -arvot ja potilaita hoitavien terveydenhuollon työntekijöiden infektioiden puute, kirjoittajat päättelevät, että positiiviset pinnat olivat epätodennäköisiä virusinfektion lähteitä tutkituissa sairaalaympäristöissä, kun käytettiin asianmukaista henkilökohtaista suojaa. Kuitenkin, tehokkaat puhdistuskäytännöt tulee säilyttää pintojen säännölliseen puhdistamiseen siirtymismahdollisuuden pienentämiseksi.

Läsnäolo Rothia on havaittu aiemmissa SARS-CoV-2-tutkimuksissa, viittaa vahvaan yhteyteen viruksen kanssa, vaikka mekanismi ei ole selvä. Rothia lajeja on havaittu ihmisen suun ja ruoansulatuskanavan mikrobiomissa ja ne viittaavat lisääntyvään suun ja ulosteen leviämiseen, COVID-19:n ominaisuus. Rothia on myös havaittu olevan suurempi COVID-19-potilailla, joilla on sydän- ja verisuonitauteja, mutta sitä on havaittu myös sydän- ja verisuonipotilailla, joilla ei ole COVID-19-tautia. Tarvitaan lisää tutkimuksia tämän yhteyden ymmärtämiseksi ja jos sitä voidaan käyttää menetelmissä SARS-CoV-2-tartunnan vähentämiseksi.

Kaikkien näytteiden joukossa otsa, sieraimet, jakkara, bakteeri Rothia dentocariosa oli hyvin ennakoiva ja liittyi SARS-CoV-2-infektioon. Yhteys voi johtua bakteerien suorasta vuorovaikutuksesta viruksen kanssa tai välillisesti isäntään kohdistuvista vaikutuksista, viittaa siihen, että bakteeri-virus-synergialla voi olla rooli COVID-19-taudin siirtymisessä.

*Tärkeä tiedotus

medRxiv julkaisee tieteellisiä alustavia raportteja, joita ei ole vertaisarvioitu, ja siksi, ei pidä pitää ratkaisevana, ohjaa kliinistä käytäntöä/terveyteen liittyvää käyttäytymistä, tai käsitellään vakiintuneina tietoina.

• Sukupuolisteroideilla voi olla suojaava rooli COVID-19:ssä,
• Saippuista löydetty mikrobilääke pahentaa rasvamaksatautia hiirillä