Det alvorlige akutte respiratoriske syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2), årsakssaken til COVID-19-pandemien, sprer seg hovedsakelig ved luftbåren overføring, enten i respirasjonsdråper eller aerosoler. Fekal overføring er en annen mulig rute som viruset sprer seg på.
En annen spredningsmetode er når folk berører virusholdige dråper som faller på forskjellige overflater som bord, dørhåndtak, og tellere. SARS-CoV-2 er påvist på en rekke overflater, inkludert plast, papp, stål, og metaller.
Bakteriesammensetning er prediktiv for SARS-CoV-2-status i nares, panne, avføring og innvendige gulvprøver. Forutsigelsesytelsen til Random Forest-klassifisere på SARS-CoV-2-status for hver prøvetype ble vurdert ved bruk av AUROC (A) og AUPRC (B) for nares (n =76), panne (n =79), krakk (n =44), og innvendig etasje (n =107), i en 100 ganger kryssvalideringsmetode (se metoder). (C) EMPress-plott av de 100 funksjonene som er mest prediktiv for SARS-CoV-2-status i nares, panne, avføring og innvendige gulvprøver, hvor en enkelt ASV med 100% justering til Rothia dentocariosa ble identifisert på tvers av alle prøvetyper. Topp 100 tilfeldige skogsviktighetsranger og GreenGenes -taksonomi fra nares, panne, krakk, og innvendige gulvprøver er tilgjengelige i S2. (D) Andel prøver som inneholder den svært prediktive Rothia dentocariosa ASV i SARS-CoV-2 positive og negative prøver fra den nåværende studien, og fra (30) (ICU 2016 før 263 COVID19)Risikoen for å pådra seg SARS-CoV-2-viruset er større innendørs enn utendørs, spesielt i dårlig ventilerte områder. Et innendørs mikrobiom kan være unikt avhengig av miljøet, hovedsakelig dominert av menneskeskapte mikrober.
Mikrober er vanligvis bakterier, men innendørs områder kan også ha virus når syke mennesker er tilstede. Samspillet mellom virus og bakterier har vært kjent og studert, for eksempel, hos dyr, samspillet mellom tarmbakterier og tarmvirus. Tarmbakterier kan påvirke gastrointestinal virusinfektivitet ved å forbedre termostabilitet og miljøstabilitet til virus. Interaksjoner mellom virus og bakterier er også observert i øvre luftveier. Derfor, Det er mulig at slike interaksjoner er tilstede selv i innendørs rom.
Pasient (n =16) demografi (A), inntak av antibiotika (B), komorbiditet (C).Forskere fra University of California, San Diego, IBM, T. J. Watson Research Center og IBM-Almaden undersøkte om mikrober i et innendørs miljø kan påvirke SARS-CoV-2-infeksjon. De rapporterte resultatene sine i et papir publisert på medRxiv * forhåndstrykk -server.
Forfatterne hentet vattpinneprøver fra pasienter og helsepersonell ved UCSD Medical Center. De tørket huden, luftveier, krakk, og forskjellige overflater pasientene og helsepersonell kom i kontakt med for å samle 972 prøver fra mennesker og 734 prøver av sykehusoverflater.
Av overflateprøver, ca 13% var positive for SARS-CoV-2. Gulv i nærheten av en pasients seng hadde mest virus. Det ble også funnet noe virus hos pasienter som hadde testet negativt for viruset og i rom rengjort etter å ha blitt okkupert av en positiv pasient.
Ved hjelp av 16S rRNA -testen, de identifiserte de forskjellige mikrober i prøvene. De fant forskjellige klynger av mikrober på gulvet, krakk, og nesebor/panne prøver. Overflater som ofte berøres av helsepersonell hadde mikrobiomer som ligner deres mikrobiomer, og de som ble berørt av pasientene flere hadde mikrobiomer som ligner på pasientene.
Det gjennomsnittlige artsmangfoldet var mye høyere i overflateprøvene, spesielt gulvet, enn i prøver fra mennesker, med mangfoldet mer i SARS-CoV-2 positive prøver. Analyse av mikrober som er tilstede i positive prøver, fant forfatterne Clostridiales å være en gruppe til stede i stor andel avføringsprøver, lik den som finnes i avløpsvannstudier. Actinomyces, Anaerococcus, Dialister, Gemella, og Schaalia ble sett i pannen og neseborprøver.
De fant Rothia dentocariosa å være vanlig på pannen, nesebor, krakk, og gulvprøver og var mer utbredt i SARS-CoV-2 positive prøver. Rothia er vanligvis ikke tilstede i sykehusprøver, fant forfatterne, etter å ha sammenlignet en tidligere sykehusmikrobiomstudie, og var spesifikk for SARS-CoV-2.
Ilis romlige kartlegging av standard sykehusrom (ikke-ICU) og rom for intensivavdeling (ICU). Heatmap viser prosentandelen av prøvene samlet på hvert sted som var positive for SARS CoV-2.Selv om SARS-CoV-2-viruset ble oppdaget i innemiljøet i pasientrom, det er ukjent om virusene som ble oppdaget var levedyktige. På grunn av de høye Ct -verdiene for de fleste prøvene og mangel på infeksjon hos helsepersonell som tar seg av pasientene, forfatterne konkluderer med at positive overflater var usannsynlige kilder til virusinfeksjon i sykehusmiljøet som ble studert når passende personlig beskyttelse ble brukt. Derimot, Det bør opprettholdes effektive rengjøringsrutiner for å rengjøre overflater rutinemessig for å redusere sjansen for overføring.
Nærværet av Rothia har blitt sett i tidligere studier på SARS-CoV-2, tyder på en sterk tilknytning til viruset, selv om mekanismen ikke er klar. Rothia arter har blitt sett i det humane orale og gastrointestinale mikrobiomet og antyder økt oral fekal overføring, karakteristisk for COVID-19. Rothia har også blitt sett å være høyere hos COVID-19 pasienter med kardiovaskulær sykdom, men det har også blitt observert hos kardiovaskulære pasienter uten COVID-19. Flere studier er nødvendig for å forstå denne sammenhengen og om den kan brukes i metoder for å redusere SARS-CoV-2-overføring.
Blant alle prøvene, panne, nesebor, krakk, bakterien Rothia dentocariosa var svært prediktiv for og assosiert med SARS-CoV-2 infeksjon. Foreningen kan være et resultat av direkte interaksjon av bakteriene med viruset eller indirekte gjennom effekter på verten, antyder at det kanskje er en rolle for bakterie-virus-synergi i overføring av sykdommen COVID-19.
medRxiv publiserer foreløpige vitenskapelige rapporter som ikke er fagfellevurdert og, derfor, skal ikke betraktes som avgjørende, veilede klinisk praksis/helserelatert atferd, eller behandles som etablert informasjon.