Istraživanja povezuju učestalost SARS-CoV-2,

bolničke površine i mikrobiomi pacijenata Istraživači su otkrili veću raznolikost bakterija u sobama za pacijente s SARS-CoV-2 i površinama u prostoriji, sugerirajući da raznolikost bakterija može imati ulogu u prijenosu virusa.

Teški akutni respiratorni sindrom koronavirus 2 (SARS-CoV-2), uzročnik pandemije COVID-19, širi se uglavnom zračnim putem, bilo u respiratornim kapljicama ili aerosolima. Prijenos izmetom još je jedan mogući put kojim se virus širi.

Druga metoda širenja je kada ljudi dodiruju kapljice koje sadrže virus i padaju na različite površine poput stolova, kvake, i brojači. SARS-CoV-2 otkriven je na raznim površinama, uključujući plastiku, karton, željezo, i metali.

Sastav bakterija predviđa status SARS-CoV-2 u nosu, čelo, uzorci stolice i unutarnjih podova. Performanse predviđanja klasifikatora slučajnih šuma na status SARS-CoV-2 za svaku vrstu uzorka procijenjene su pomoću AUROC (A) i AUPRC (B) za nares (n =76), čelo (n =79), stolica (n =44), i unutarnji kat (n =107), u 100-strukom pristupu unakrsne provjere valjanosti (vidi metode). (C) EMPress dijagram od 100 značajki koje najviše predviđaju status SARS-CoV-2 u narama, čelo, uzorci stolice i unutrašnjosti poda, gdje je identificiran jedan ASV sa 100% poravnanjem prema Rothia dentocariosa za sve tipove uzoraka. Top 100 nasumičnih rangova važnosti šuma i taksonomija GreenGenes iz nara, čelo, stolica, i unutarnji uzorci poda dostupni su u S2. (D) Udio uzoraka koji sadrže visoko predvidljiv Rothia dentocariosa ASV u pozitivnim i negativnim uzorcima SARS-CoV-2 iz tekuće studije, i od (30) (ICU 2016. pre263 COVID19)

Rizik od zaraze virusom SARS-CoV-2 veći je u zatvorenom prostoru nego na otvorenom, osobito u slabo prozračenim prostorima. Unutrašnji mikrobiom može biti jedinstven ovisno o okolišu, uglavnom dominiraju mikrobi izlučeni ljudima.

Mikrobi su općenito bakterije, ali zatvoreni prostori također mogu imati viruse kad su prisutni bolesni ljudi. Poznata je i proučavana interakcija virusa i bakterija, na primjer, kod životinja, interakcija između crijevnih bakterija i crijevnih virusa. Bakterije crijeva mogu utjecati na infektivnost gastrointestinalnih virusa poboljšanjem termostabilnosti i ekološke stabilnosti virusa. Interakcije virusa i bakterija također su primijećene u gornjim dišnim putovima. Stoga, moguće je da su takve interakcije prisutne čak i u zatvorenim prostorima.

Demografski podaci pacijenata (n =16) (A), unos antibiotika (B), komorbiditeti (C).

Mikrobiomi u bolesničkim sobama SARS-CoV-2

Istraživači sa Sveučilišta California, San Diego, IBM, T. J. Watson Research Center i IBM-Almaden istraživali su mogu li mikrobi prisutni u zatvorenom okruženju utjecati na infekciju SARS-CoV-2. Svoje rezultate izvijestili su u članku objavljenom na medRxiv * poslužitelj predispisa.

Autori su uzeli uzorke brisa od pacijenata i zdravstvenih radnika u Medicinskom centru UCSD. Brisali su kožu, dišni put, stolica, i razne površine s kojima su pacijenti i zdravstveni radnici dolazili u kontakt radi prikupljanja 972 uzorka od ljudi i 734 uzorka bolničkih površina.

Od površinskih uzoraka, oko 13% je bilo pozitivno na SARS-CoV-2. Podovi u blizini kreveta pacijenta imali su najviše virusa. Neki su virusi pronađeni i kod pacijenata koji su bili negativni na virus te su očišćeni u sobama nakon što ih je zauzeo pozitivan pacijent.

Koristeći 16S rRNA test, identificirali su različite mikrobe u uzorcima. Na podu su pronašli različite skupine mikroba, stolica, i uzorci nosnica/čela. Površine koje često dotiču zdravstveni radnici imaju mikrobiome slične njihovim mikrobiomima, a oni koje su pacijenti više dodirivali imali su mikrobiome slične pacijentima.

Prosječna raznolikost vrsta bila je znatno veća u površinskim uzorcima, posebno pod, nego u uzorcima ljudi, s raznolikošću većom u uzorcima pozitivnim na SARS-CoV-2. Analizirajući mikrobe prisutne u pozitivnim uzorcima, autori su pronašli Clostridiales biti skupina prisutna u velikom udjelu uzoraka stolice, slično onome što je pronađeno u studijama otpadnih voda. Actinomyces, Anaerokok, Dialister, Gemella, i Schaalia viđeni su u uzorcima čela i nosnica.

Našli su Rothia dentocariosa biti uobičajen na čelu, nozdrva, stolica, i podnih uzoraka te je bio zastupljeniji u uzorcima pozitivnim na SARS-CoV-2. Rothia općenito nije prisutan u bolničkim uzorcima, pronašli autore, nakon usporedbe prethodne bolničke studije mikrobioma, a bio je specifičan za SARS-CoV-2.

Ili ’prostorno mapiranje standardne bolničke sobe (bez ICU-a) i sobe za intenzivnu njegu (ICU). Toplinska karta prikazuje postotak uzoraka prikupljenih na svakom mjestu koji su bili pozitivni na SARS CoV-2.

Povezanost između SARS-CoV-2 i bakterija u zatvorenom prostoru

Iako je virus SARS-CoV-2 otkriven u zatvorenom prostoru u bolesničkim sobama, nije poznato jesu li otkriveni virusi bili održivi. Zbog visokih vrijednosti Ct većine uzoraka i nedostatka infekcije kod zdravstvenih radnika koji brinu o pacijentima, autori zaključuju da su pozitivne površine bili malo vjerojatni izvori virusne infekcije u proučavanom bolničkom okruženju kada se koristila odgovarajuća osobna zaštita. Međutim, treba održavati učinkovite prakse čišćenja kako bi se rutinski čistile površine kako bi se smanjila mogućnost prijenosa.

Prisutnost Rothia viđen je u prethodnim studijama o SARS-CoV-2, sugerirajući snažnu povezanost s virusom, iako mehanizam nije jasan. Rothia vrste su viđene u ljudskom oralnom i gastrointestinalnom mikrobiomu i ukazuju na povećan oralno-fekalni prijenos, karakteristika COVID-19. Rothia također se pokazalo da je veći u bolesnika s COVID-19 sa kardiovaskularnim bolestima, ali je primijećen i kod kardiovaskularnih pacijenata bez COVID-19. Potrebno je više studija kako bi se razumjela ta povezanost i može li se ona koristiti u metodama za smanjenje prijenosa SARS-CoV-2.

Među svim uzorcima, čelo, nosnice, stolica, bakterija Rothia dentocariosa bio je visoko predvidljiv i povezan s infekcijom SARS-CoV-2. Povezanost može biti posljedica izravne interakcije bakterije s virusom ili neizravno kroz učinke na domaćina, sugerirajući da možda postoji uloga sinergije bakterija-virus u prijenosu bolesti COVID-19.

*Važna obavijest

medRxiv objavljuje preliminarna znanstvena izvješća koja nisu recenzirana i, stoga, ne treba smatrati konačnim, usmjeriti kliničku praksu/ponašanje povezano sa zdravljem, ili se tretira kao utvrđena informacija.

• Spolni steroidi mogu imati zaštitnu ulogu u COVID-19,
• Antimikrobni lijekovi pronađeni u sapunu pogoršavaju masnu bolest jetre kod miševa