La ricerca collega la prevalenza di SARS-CoV-2,

superfici ospedaliere e microbiomi dei pazienti I ricercatori hanno scoperto una maggiore diversità batterica nelle stanze dei pazienti SARS-CoV-2 e nelle superfici della stanza, suggerendo che la diversità batterica può svolgere un ruolo nella trasmissione del virus.

La sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), l'agente eziologico della pandemia di COVID-19, si diffonde principalmente per via aerea, sia in goccioline respiratorie che in aerosol. La trasmissione fecale è un'altra possibile via di diffusione del virus.

Un altro metodo di diffusione è quando le persone toccano goccioline contenenti virus che cadono su varie superfici come tavoli, maniglie delle porte, e contatori. SARS-CoV-2 è stato rilevato su una varietà di superfici, compresa la plastica, cartone, acciaio, e metalli.

La composizione batterica è predittiva dello stato di SARS-CoV-2 nelle narici, fronte, campioni di sgabello e pavimento interno. Le prestazioni di previsione dei classificatori Random Forest sullo stato SARS-CoV-2 per ciascun tipo di campione sono state valutate utilizzando AUROC (A) e AUPRC (B) per le narici (n=76), fronte (n=79), feci (n=44), e piano interno (n=107), in un approccio di convalida incrociata di 100 volte (vedi metodi). (C) Grafico EMPress delle 100 caratteristiche più predittive dello stato di SARS-CoV-2 nelle narici, fronte, campioni di sgabello e pavimento interno, dove è stato identificato un singolo ASV con allineamento del 100% a Rothia dentocariosa in tutti i tipi di campione. I primi 100 gradi di importanza casuale delle foreste e la tassonomia di GreenGenes dalle narici, fronte, sgabello, e campioni di pavimenti interni sono disponibili in S2. (D) Percentuale di campioni contenenti Rothia dentocariosa ASV altamente predittivo nei campioni positivi e negativi di SARS-CoV-2 del presente studio, e da (30) (ICU 2016 pre263 COVID19)

Il rischio di contrarre il virus SARS-CoV-2 è maggiore negli ambienti chiusi che all'aperto, soprattutto in zone poco ventilate. Un microbioma indoor può essere unico a seconda dell'ambiente, prevalentemente dominato da microbi di origine umana.

I microbi generalmente sono batteri, ma le aree interne possono anche avere virus quando sono presenti persone malate. L'interazione di virus e batteri è stata conosciuta e studiata, Per esempio, negli animali, l'interazione tra batteri intestinali e virus intestinali. I batteri intestinali possono influenzare l'infettività del virus gastrointestinale migliorando la termostabilità e la stabilità ambientale dei virus. Interazioni virus-batteri sono state osservate anche nel tratto respiratorio superiore. Quindi, è possibile che tali interazioni siano presenti anche negli spazi interni.

Dati demografici del paziente (n=16) (A), assunzione di antibiotici (B), comorbilità (C).

Microbioma nelle stanze dei pazienti SARS-CoV-2

Ricercatori dell'Università della California, San Diego, IBM, T. J. Watson Research Center e IBM-Almaden hanno esplorato se i microbi presenti in un ambiente interno possono influenzare l'infezione da SARS-CoV-2. Hanno riportato i loro risultati in un articolo pubblicato sul medRxiv * server di prestampa.

Gli autori hanno ottenuto campioni di tamponi da pazienti e operatori sanitari presso l'UCSD Medical Center. Hanno tamponato la pelle, vie respiratorie, sgabello, e varie superfici con cui i pazienti e gli operatori sanitari sono entrati in contatto per raccogliere 972 campioni da persone e 734 campioni di superfici ospedaliere.

Dei campioni di superficie, circa il 13% era positivo per SARS-CoV-2. I pavimenti vicino al letto di un paziente avevano la maggior parte del virus. Alcuni virus sono stati trovati anche in pazienti risultati negativi al virus e in stanze pulite dopo essere state occupate da un paziente positivo.

Utilizzando il test dell'rRNA 16S, hanno identificato i diversi microbi nei campioni. Hanno trovato diversi gruppi di microbi sul pavimento, sgabello, e campioni di narice/fronte. Le superfici frequentemente toccate dagli operatori sanitari avevano microbiomi simili ai loro microbiomi, e quelli più toccati dai pazienti avevano microbiomi simili ai pazienti.

La diversità media delle specie era molto più alta nei campioni di superficie, soprattutto il pavimento, che nei campioni di persone, con la diversità che è maggiore nei campioni positivi alla SARS-CoV-2. Analizzando i microbi presenti nei campioni positivi, gli autori hanno trovato Clostridiales essere un gruppo presente in alta proporzione nei campioni di feci, simile a quello riscontrato negli studi sulle acque reflue. Actinomice, Anaerococco, dialister, Gemella, e Schaalia sono stati osservati nei campioni di fronte e narice.

Hanno trovato Rothia dentocariosa essere comune sulla fronte, narice, sgabello, e campioni del pavimento ed era più prevalente nei campioni positivi SARS-CoV-2. Rothia non è generalmente presente nei campioni ospedalieri, trovato gli autori, dopo aver confrontato un precedente studio sul microbioma ospedaliero, ed era specifico per SARS-CoV-2.

Ili' mappatura spaziale della stanza standard dell'ospedale (non ICU) e della stanza dell'unità di terapia intensiva (ICU). Heatmap rappresenta la percentuale di campioni raccolti in ciascun sito che sono risultati positivi per SARS CoV-2.

Associazione tra SARS-CoV-2 e batteri indoor

Sebbene il virus SARS-CoV-2 sia stato rilevato nell'ambiente interno delle stanze dei pazienti, non è noto se i virus rilevati fossero vitali. A causa degli alti valori di Ct della maggior parte dei campioni e della mancanza di infezione negli operatori sanitari che assistono i pazienti, gli autori concludono che le superfici positive erano fonti improbabili di infezione virale nell'ambiente ospedaliero studiato quando veniva utilizzata un'adeguata protezione personale. Però, dovrebbero essere mantenute pratiche di pulizia efficaci per pulire regolarmente le superfici per ridurre la possibilità di trasmissione.

La presenza di Rothia è stato osservato in studi precedenti su SARS-CoV-2, suggerendo una forte associazione con il virus, anche se il meccanismo non è chiaro. Rothia specie sono state osservate nel microbioma orale e gastrointestinale umano e suggeriscono un aumento della trasmissione orale-fecale, una caratteristica del COVID-19. Rothia è stato anche visto essere più alto nei pazienti COVID-19 con malattie cardiovascolari, ma è stato osservato anche in pazienti cardiovascolari senza COVID-19. Sono necessari ulteriori studi per comprendere questa associazione e se può essere utilizzata nei metodi per ridurre la trasmissione di SARS-CoV-2.

Tra tutti i campioni, fronte, narici, sgabello, il batterio Rothia dentocariosa era altamente predittivo e associato all'infezione da SARS-CoV-2. L'associazione potrebbe essere il risultato dell'interazione diretta dei batteri con il virus o indirettamente attraverso effetti sull'ospite, suggerendo che forse esiste un ruolo della sinergia batteri-virus nella trasmissione della malattia COVID-19.

*Avviso IMPORTANTE

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