Výskumné odkazy Prevalencia SARS-CoV-2,

povrchy nemocníc a pacientske mikrobiómy Vedci zistili vyššiu bakteriálnu diverzitu v izbách a povrchoch pacientov s SARS-CoV-2, čo naznačuje, že bakteriálna diverzita môže hrať úlohu v prenose vírusov.

Závažný akútny respiračný syndróm koronavírus 2 (SARS-CoV-2), pôvodca pandémie COVID-19, šíri sa hlavne prenosom vzduchom, buď v kvapkách dýchacích ciest alebo v aerosóloch. Fekálny prenos je ďalšou možnou cestou, ktorou sa vírus šíri.

Ďalšou metódou šírenia je, keď sa ľudia dotýkajú kvapôčok obsahujúcich vírus, ktoré padajú na rôzne povrchy, napríklad na stoly, kľučky na dverách, a počítadlá. SARS-CoV-2 bol detegovaný na rôznych povrchoch, vrátane plastov, kartón, oceľ, a kovov.

Bakteriálne zloženie predpovedá stav SARS-CoV-2 v nosových dierkach, čelo, vzorky stolice a vnútornej podlahy. Predikčná výkonnosť klasifikátorov náhodných lesov na stav SARS-CoV-2 pre každý typ vzorky bola hodnotená pomocou AUROC (A) a AUPRC (B) pre nares (n =76), čelo (n =79), stolica (n =44), a vo vnútri podlahy (n =107), 100-násobným prístupom krížovej validácie (pozri metódy). (C) Graf EMMPress zo 100 funkcií, ktoré najviac predpovedajú stav SARS-CoV-2 v nares, čelo, vzorky stolice a vnútornej podlahy, kde vo všetkých typoch vzoriek bol identifikovaný jeden ASV so 100% vyrovnaním s Rothia dentocariosa. Najlepších 100 náhodných rebríčkov dôležitosti lesa a taxonómie GreenGenes z nares, čelo, stolica a vzorky vnútornej podlahy sú k dispozícii v S2. (D) podiel vzoriek obsahujúcich vysoko prediktívnu Rothia dentocariosa ASV na pozitívnych a negatívnych vzorkách SARS-CoV-2 zo súčasnej štúdie, a od (30) (JIS 2016 pre263 COVID19)

Riziko nákazy vírusom SARS-CoV-2 je vyššie v interiéri ako vonku, najmä v zle vetraných priestoroch. Vnútorný mikrobióm môže byť jedinečný v závislosti od prostredia, väčšinou dominujú mikróby z ľudskej haly.

Mikróby sú spravidla baktérie, ale vnútorné priestory môžu tiež mať vírusy, ak sú prítomní chorí ľudia. Interakcia vírusov a baktérií bola známa a študovaná, napríklad, u zvierat, interakcia medzi črevnými baktériami a črevnými vírusmi. Črevné baktérie môžu ovplyvniť infekčnosť gastrointestinálnych vírusov zlepšením termostability a stability vírusov v životnom prostredí. Interakcie vírusov a baktérií boli tiež pozorované v horných dýchacích cestách. Preto, je možné, že takéto interakcie sú prítomné aj vo vnútorných priestoroch.

Demografické údaje o pacientovi (n =16) (A), príjem antibiotík (B), komorbidity (C).

Mikrobióm v izbách pre pacientov SARS-CoV-2

Vedci z Kalifornskej univerzity, San Diego, IBM, Výskumné centrum T. J. Watsona a IBM-Almaden skúmali, či mikróby prítomné vo vnútornom prostredí môžu ovplyvniť infekciu SARS-CoV-2. O svojich výsledkoch informovali v dokumente uverejnenom na medRxiv * server predtlače.

Autori získali vzorky tampónov od pacientov a zdravotníckych pracovníkov v zdravotnom stredisku UCSD. Stierali kožu, dýchacie cesty, stolica a rôzne povrchy, s ktorými prišli pacienti a zdravotnícki pracovníci do kontaktu, aby zhromaždili 972 vzoriek od ľudí a 734 vzoriek povrchov nemocníc.

Z povrchových vzoriek, asi 13% bolo pozitívnych na SARS-CoV-2. Podlahy blízko lôžka pacienta mali najviac vírusov. Určitý vírus bol tiež nájdený u pacientov, ktorí mali negatívny test na vírus, a v izbách vyčistených po obsadení pozitívnym pacientom.

Použitím testu 16S rRNA, vo vzorkách identifikovali rôzne mikróby. Na podlahe našli rôzne zhluky mikróbov, stolica a vzorky nosovej dierky/čela. Povrchy, ktorých sa zdravotnícki pracovníci často dotýkajú, mali mikrobiómy podobné ich mikrobiómom, a tí, ktorých sa pacienti dotkli viac, mali mikrobiómy podobné pacientom.

Priemerná druhová diverzita bola v povrchových vzorkách oveľa vyššia, najmä podlaha, než vo vzorkách od ľudí, pričom diverzita je väčšia v pozitívnych vzorkách SARS-CoV-2. Analýza mikróbov prítomných v pozitívnych vzorkách, zistili autori Clostridiales byť skupinou prítomnou vo vysokom pomere vzoriek stolice, podobný tomu, ktorý sa zistil v štúdiách o odpadových vodách. Actinomyces, Anaerococcus, Číselník, Gemella, a Schaalia boli viditeľné vo vzorkách čela a nosovej dierky.

Našli Rothia dentocariosa byť bežný na čele, nosná dierka, stolica a podlahových vzoriek a prevládal viac v pozitívnych vzorkách SARS-CoV-2. Rothia spravidla nie je prítomný v nemocničných vzorkách, našiel autorov, po porovnaní predchádzajúcej štúdie mikrobiómu z nemocnice, a bol špecifický pre SARS-CoV-2.

Iliho priestorové mapovanie štandardnej nemocničnej miestnosti (mimo JIS) a miestnosti jednotky intenzívnej starostlivosti (JIS). Tepelná mapa zobrazuje percento vzoriek zozbieraných na každom mieste, ktoré boli pozitívne na SARS CoV-2.

Asociácia medzi SARS-CoV-2 a vnútornými baktériami

Aj keď bol vírus SARS-CoV-2 detegovaný vo vnútornom prostredí v izbách pre pacientov, nie je známe, či boli zistené vírusy životaschopné. Vzhľadom na vysoké hodnoty Ct väčšiny vzoriek a nedostatok infekcie u zdravotníckych pracovníkov, ktorí sa starajú o pacientov, autori dospeli k záveru, že pozitívne povrchy boli nepravdepodobným zdrojom vírusovej infekcie v nemocničnom prostredí študovanom pri použití vhodnej osobnej ochrany. Avšak, Na rutinné čistenie povrchov by sa mali udržiavať účinné čistiace postupy, aby sa znížila pravdepodobnosť prenosu.

Prítomnosť Rothia bolo pozorované v predchádzajúcich štúdiách na SARS-CoV-2, čo naznačuje silnú asociáciu s vírusom, aj keď mechanizmus nie je jasný. Rothia druhy boli pozorované v ľudskom orálnom a gastrointestinálnom mikrobióme a naznačujú zvýšený orálno-fekálny prenos, charakteristika COVID-19. Rothia bolo tiež pozorované vyššie u pacientov s COVID-19 s kardiovaskulárnymi ochoreniami, ale bolo to tiež pozorované u kardiovaskulárnych pacientov bez COVID-19. Na pochopenie tejto asociácie a na to, či je možné ju použiť v metódach na zníženie prenosu SARS-CoV-2, sú potrebné ďalšie štúdie.

Medzi všetkými vzorkami, čelo, nozdry, stolica baktéria Rothia dentocariosa bol vysoko prediktívny a súvisel s infekciou SARS-CoV-2. Asociácia môže byť výsledkom priamej interakcie baktérií s vírusom alebo nepriamo prostredníctvom účinkov na hostiteľa, čo naznačuje, že pri prenosu ochorenia COVID-19 môže existovať úloha synergie baktérií a vírusov.

*Dôležitá poznámka

medRxiv vydáva predbežné vedecké správy, ktoré nie sú predmetom vzájomného hodnotenia, a preto, by nemali byť považované za presvedčivé, viesť klinickú prax/správanie súvisiace so zdravím, alebo sa s nimi zaobchádza ako so zavedenými informáciami.

• Sexuálne steroidy môžu hrať ochrannú úlohu pri COVID-19,
• Antimikrobiálne látky nachádzajúce sa v mydlách zhoršujú stukovatenie pečene u myší