Das schwere akute respiratorische Syndrom Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), der Erreger der COVID-19-Pandemie, verbreitet sich hauptsächlich durch Luftübertragung, entweder in Atemtröpfchen oder Aerosolen. Die fäkale Übertragung ist ein weiterer möglicher Weg, auf dem sich das Virus ausbreitet.
Eine andere Verbreitungsmethode ist, wenn Menschen virushaltige Tröpfchen berühren, die auf verschiedene Oberflächen wie Tische, Türklinken, und Zähler. SARS-CoV-2 wurde auf einer Vielzahl von Oberflächen nachgewiesen, einschließlich Kunststoff, Karton, Stahl, und Metalle.
Die Bakterienzusammensetzung ist prädiktiv für den SARS-CoV-2-Status in Nasenlöchern, Stirn, Stuhl- und Innenbodenproben. Die Vorhersageleistung von Random Forest-Klassifikatoren zum SARS-CoV-2-Status für jeden Probentyp wurde mit AUROC (A) und AUPRC (B) für Nasenlöcher (n =76) bewertet. Stirn (n=79), Stuhl (n=44), und Innenboden (n=107), in einem 100-fachen Kreuzvalidierungsansatz (siehe Methoden). (C) EMPress-Diagramm der 100 Merkmale, die den SARS-CoV-2-Status in Nasenlöchern am ehesten vorhersagen, Stirn, Stuhl- und Innenbodenproben, wobei ein einzelner ASV mit 100 % Ausrichtung auf Rothia dentocariosa über alle Probentypen hinweg identifiziert wurde. Top 100 Random Forest Wichtigkeitsränge und GreenGenes Taxonomie von nares, Stirn, Schemel, und Innenbodenproben sind in S2 erhältlich. (D) Anteil der Proben, die das hochprädiktive Rothia dentocariosa ASV in SARS-CoV-2-positiven und -negativen Proben aus der aktuellen Studie enthalten, und ab (30) (ICU 2016 vor 263 COVID19) Das Risiko, sich mit dem SARS-CoV-2-Virus zu infizieren, ist in Innenräumen größer als im Freien. besonders in schlecht belüfteten Bereichen. Ein Indoor-Mikrobiom kann je nach Umgebung einzigartig sein, hauptsächlich von vom Menschen abgeschiedenen Mikroben dominiert.
Die Mikroben sind im Allgemeinen Bakterien, aber auch in Innenräumen können bei kranken Menschen Viren vorhanden sein. Die Wechselwirkung von Viren und Bakterien ist bekannt und untersucht worden, zum Beispiel, bei Tieren, die Wechselwirkung zwischen Darmbakterien und Darmviren. Darmbakterien können die Infektiosität von Magen-Darm-Viren beeinflussen, indem sie die Thermostabilität und Umweltstabilität von Viren verbessern. Auch in den oberen Atemwegen wurden Virus-Bakterien-Wechselwirkungen beobachtet. Somit, Es ist möglich, dass solche Wechselwirkungen auch in Innenräumen vorhanden sind.
Patienten (n=16) demografische Daten (A), Antibiotikaeinnahme (B), Komorbiditäten (C). Forscher der University of California, San Diego, IBM, Das T. J. Watson Research Center und IBM-Almaden untersuchten, ob die in Innenräumen vorhandenen Mikroben die SARS-CoV-2-Infektion beeinflussen können. Sie berichteten über ihre Ergebnisse in einem auf der veröffentlichten Papier medRxiv * Preprint-Server.
Die Autoren erhielten Abstrichproben von Patienten und medizinischem Personal des UCSD Medical Center. Sie haben die Haut abgewischt, Atemwege, Schemel, und verschiedene Oberflächen, mit denen Patienten und medizinisches Personal in Kontakt kamen, um 972 Proben von Personen und 734 Proben von Krankenhausoberflächen zu entnehmen.
Von den Oberflächenproben, Etwa 13% waren positiv auf SARS-CoV-2. Auf den Böden in der Nähe eines Patientenbetts waren die meisten Viren vorhanden. Einige Viren wurden auch bei Patienten gefunden, die negativ auf das Virus getestet wurden und in Zimmern, die nach der Belegung mit einem positiven Patienten gereinigt wurden.
Mit dem 16S rRNA-Test, Sie identifizierten die verschiedenen Mikroben in den Proben. Sie fanden verschiedene Ansammlungen von Mikroben auf dem Boden, Schemel, und Nasen-/Stirnproben. Oberflächen, die häufig von Mitarbeitern des Gesundheitswesens berührt wurden, hatten Mikrobiome, die ihren Mikrobiomen ähnelten. und diejenigen, die von Patienten berührt wurden, hatten ein ähnliches Mikrobiom wie die Patienten.
Die durchschnittliche Artenvielfalt war in den Oberflächenproben viel höher, vor allem der Boden, als in Proben von Menschen, wobei die Vielfalt bei SARS-CoV-2-positiven Proben stärker ist. Analyse der in positiven Proben vorhandenen Mikroben, die Autoren fanden Clostridiales eine Gruppe zu sein, die einen hohen Anteil an Stuhlproben aufweist, ähnlich wie in Abwasserstudien. Aktinomyces, Anaerokokken, Dialist, Gemella, und Schaalia wurden in den Stirn- und Nasenlochproben gesehen.
Sie fanden Rothia dentocariosa auf der Stirn üblich sein, Nasenloch, Schemel, und Bodenproben und war häufiger in SARS-CoV-2-positiven Proben. Rothia ist in Krankenhausproben in der Regel nicht vorhanden, fand die Autoren, nach dem Vergleich einer früheren Mikrobiom-Studie im Krankenhaus, und war spezifisch für SARS-CoV-2.
Ili’ räumliche Darstellung des Standard-Krankenhauszimmers (nicht auf der Intensivstation) und des Zimmers auf der Intensivstation (ICU). Die Heatmap zeigt den Prozentsatz der an jedem Standort gesammelten Proben, die positiv für SARS CoV-2 waren. Obwohl das SARS-CoV-2-Virus im Innenraum von Patientenzimmern nachgewiesen wurde, es ist nicht bekannt, ob die entdeckten Viren lebensfähig waren. Aufgrund der hohen Ct-Werte der meisten Proben und des Fehlens von Infektionen bei den Pflegekräften, die die Patienten betreuen, Die Autoren kommen zu dem Schluss, dass positive Oberflächen im untersuchten Krankenhausumfeld unwahrscheinliche Quellen einer Virusinfektion waren, wenn angemessener persönlicher Schutz verwendet wurde. Jedoch, Zur routinemäßigen Reinigung von Oberflächen sollten wirksame Reinigungspraktiken beibehalten werden, um die Wahrscheinlichkeit einer Übertragung zu verringern.
Das Vorhandensein von Rothia wurde in früheren Studien zu SARS-CoV-2 gesehen, deutet auf eine starke Assoziation mit dem Virus hin, obwohl der Mechanismus nicht klar ist. Rothia Spezies wurden im oralen und gastrointestinalen Mikrobiom des Menschen beobachtet und weisen auf eine erhöhte oral-fäkale Übertragung hin. ein Merkmal von COVID-19. Rothia ist auch bei COVID-19-Patienten mit Herz-Kreislauf-Erkrankungen höher, es wurde aber auch bei kardiovaskulären Patienten ohne COVID-19 beobachtet. Weitere Studien sind erforderlich, um diesen Zusammenhang zu verstehen und ob er in Methoden zur Reduzierung der Übertragung von SARS-CoV-2 verwendet werden kann.
Unter all den Proben, Stirn, Nasenlöcher, Schemel, das Bakterium Rothia dentocariosa war in hohem Maße prädiktiv für eine SARS-CoV-2-Infektion und damit verbunden. Die Assoziation könnte das Ergebnis einer direkten Interaktion der Bakterien mit dem Virus sein oder indirekt durch Auswirkungen auf den Wirt, Dies deutet darauf hin, dass möglicherweise eine Bakterien-Virus-Synergie bei der Übertragung von COVID-19-Krankheiten eine Rolle spielt.
medRxiv veröffentlicht vorläufige wissenschaftliche Berichte ohne Peer-Review und deshalb, sollte nicht als schlüssig angesehen werden, die klinische Praxis/das gesundheitsbezogene Verhalten anleiten, oder als etablierte Information behandelt.
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