El síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el agente causante de la pandemia COVID-19, se propaga principalmente por transmisión aérea, ya sea en gotitas respiratorias o aerosoles. La transmisión fecal es otra vía posible por la que se propaga el virus.
Otro método de propagación es cuando las personas tocan gotitas que contienen virus que caen sobre varias superficies como mesas, pomos de las puertas, y contadores. El SARS-CoV-2 se ha detectado en una variedad de superficies, incluyendo plástico, cartulina, acero, y metales.
La composición bacteriana predice el estado del SARS-CoV-2 en las fosas nasales, frente, muestras de heces y suelos interiores. El rendimiento de predicción de los clasificadores de bosque aleatorio sobre el estado del SARS-CoV-2 para cada tipo de muestra se evaluó utilizando AUROC (A) y AUPRC (B) para las narinas (n =76), frente (n =79), heces (n =44), y piso interior (n =107), en un enfoque de validación cruzada de 100 veces (ver métodos). (C) Gráfico de EMPress de las 100 características más predictivas del estado del SARS-CoV-2 en las fosas nasales, frente, muestras de heces y suelos interiores, donde se identificó un único ASV con una alineación del 100% con Rothia dentocariosa en todos los tipos de muestras. Top 100 rangos aleatorios de importancia forestal y taxonomía GreenGenes de nares, frente, heces, y las muestras de pisos interiores están disponibles en S2. (D) Proporción de muestras que contienen el ASV de Rothia dentocariosa altamente predictivo en muestras positivas y negativas de SARS-CoV-2 del estudio actual, y de (30) (ICU 2016 pre263 COVID19) El riesgo de contraer el virus SARS-CoV-2 es mayor en interiores que en exteriores, especialmente en áreas mal ventiladas. Un microbioma de interior puede ser único en función del entorno, mayoritariamente dominado por microbios desprendidos por humanos.
Los microbios generalmente son bacterias, pero las áreas interiores también pueden tener virus cuando hay personas enfermas. Se ha conocido y estudiado la interacción de virus y bacterias. por ejemplo, en animales, la interacción entre las bacterias intestinales y los virus intestinales. Las bacterias intestinales pueden afectar la infectividad del virus gastrointestinal al mejorar la termoestabilidad y la estabilidad ambiental de los virus. También se han observado interacciones virus-bacterias en el tracto respiratorio superior. Por eso, es posible que tales interacciones estén presentes incluso en espacios interiores.
Paciente (n =16) datos demográficos (A), ingesta de antibióticos (B), comorbilidades (C). Investigadores de la Universidad de California, San Diego, IBM, T. J. Watson Research Center e IBM-Almaden exploraron si los microbios presentes en un ambiente interior pueden afectar la infección por SARS-CoV-2. Informaron sus resultados en un artículo publicado en el medRxiv * servidor de preimpresión.
Los autores obtuvieron muestras de hisopos de pacientes y trabajadores de la salud en el Centro Médico UCSD. Limpiaron la piel tracto respiratorio, heces, y varias superficies con las que los pacientes y trabajadores de la salud entraron en contacto para recolectar 972 muestras de personas y 734 muestras de superficies hospitalarias.
De las muestras de superficie, alrededor del 13% fueron positivos para el SARS-CoV-2. Los pisos cercanos a la cama de un paciente tenían la mayor cantidad de virus. También se encontró algo de virus en pacientes que habían resultado negativos para el virus y en habitaciones limpiadas después de haber sido ocupadas por un paciente positivo.
Usando la prueba de ARNr 16S, identificaron los diferentes microbios en las muestras. Encontraron diferentes grupos de microbios en el suelo, heces, y muestras de fosas nasales / frente. Las superficies tocadas con frecuencia por los trabajadores de la salud tenían microbiomas similares a sus microbiomas, y los más tocados por los pacientes tenían microbiomas similares a los de los pacientes.
La diversidad de especies promedio fue mucho mayor en las muestras de superficie, especialmente el suelo, que en muestras de personas, siendo la diversidad más en las muestras positivas al SARS-CoV-2. Analizar los microbios presentes en muestras positivas, los autores encontraron Clostridiales ser un grupo presente en alta proporción las muestras de heces, similar al encontrado en estudios de aguas residuales. Actinomyces, Anaerococcus, Dialister, Gemella, y Schaalia se vieron en las muestras de la frente y las fosas nasales.
Ellos encontraron Rothia dentocariosa ser común en la frente, fosa nasal, heces, y muestras de suelo y fue más prevalente en muestras positivas de SARS-CoV-2. Rothia generalmente no está presente en las muestras hospitalarias, encontró a los autores, después de comparar un estudio de microbioma hospitalario anterior, y era específico del SARS-CoV-2.
Mapeo espacial de Ili de la habitación estándar del hospital (no UCI) y la habitación de la unidad de cuidados intensivos (UCI). El mapa de calor representa el porcentaje de muestras recolectadas en cada sitio que dieron positivo para el SARS CoV-2. Aunque el virus SARS-CoV-2 se detectó en el ambiente interior de las habitaciones de los pacientes, se desconoce si los virus detectados eran viables. Debido a los altos valores de Ct de la mayoría de las muestras y a la falta de infección en los trabajadores sanitarios que atienden a los pacientes, los autores concluyen que las superficies positivas fueron fuentes poco probables de infección viral en el entorno hospitalario estudiado cuando se utilizó la protección personal adecuada. Sin embargo, Se deben mantener prácticas de limpieza efectivas para limpiar rutinariamente las superficies y reducir la posibilidad de transmisión.
La presencia de Rothia se ha visto en estudios previos sobre el SARS-CoV-2, sugiriendo una fuerte asociación con el virus, aunque el mecanismo no está claro. Rothia especies se han visto en el microbioma oral y gastrointestinal humano y sugiere un aumento de la transmisión oral-fecal, una característica de COVID-19. Rothia También se ha observado que es mayor en pacientes con COVID-19 con enfermedad cardiovascular, pero también se ha observado en pacientes cardiovasculares sin COVID-19. Se necesitan más estudios para comprender esta asociación y si se puede utilizar en métodos para reducir la transmisión del SARS-CoV-2.
Entre todas las muestras, frente, fosas nasales heces, la bacteria Rothia dentocariosa fue altamente predictivo y asociado con la infección por SARS-CoV-2. La asociación podría ser el resultado de la interacción directa de la bacteria con el virus o indirectamente a través de efectos sobre el hospedador, lo que sugiere que quizás exista un papel de la sinergia entre bacterias y virus en la transmisión de la enfermedad COVID-19.
medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados por pares y, por lo tanto, no debe considerarse concluyente, orientar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud, o tratada como información establecida.
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