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surfaces hospitalières et microbiomes des patients Les chercheurs ont découvert une plus grande diversité bactérienne dans les chambres des patients atteints du SRAS-CoV-2 et les surfaces dans la chambre, suggérant que la diversité bactérienne peut jouer un rôle dans la transmission du virus.

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), l'agent causal de la pandémie de COVID-19, se propage principalement par transmission aéroportée, sous forme de gouttelettes respiratoires ou d'aérosols. La transmission fécale est une autre voie possible par laquelle le virus se propage.

Une autre méthode de propagation est lorsque les gens touchent des gouttelettes contenant des virus qui tombent sur diverses surfaces comme des tables, poignées de porte, et compteurs. Le SARS-CoV-2 a été détecté sur diverses surfaces, y compris le plastique, papier carton, acier, et métaux.

La composition bactérienne est prédictive du statut SARS-CoV-2 dans les narines, front, échantillons de selles et de sol intérieur. Les performances de prédiction des classificateurs Random Forest sur le statut SARS-CoV-2 pour chaque type d'échantillon ont été évaluées à l'aide d'AUROC (A) et AUPRC (B) pour les narines (n =76), front (n=79), selles (n=44), et plancher intérieur (n=107), dans une approche de validation croisée 100 fois (voir méthodes). (C) Graphique EMPress des 100 caractéristiques les plus prédictives du statut SARS-CoV-2 dans les narines, front, échantillons de tabouret et de sol intérieur, où un seul ASV avec un alignement à 100 % sur Rothia dentocariosa a été identifié dans tous les types d'échantillons. Top 100 des classements aléatoires d'importance des forêts et taxonomie GreenGenes de nares, front, tabouret, et des échantillons de sol intérieur sont disponibles en S2. (D) Proportion d'échantillons contenant le Rothia dentocariosa ASV hautement prédictif dans les échantillons positifs et négatifs pour le SRAS-CoV-2 de l'étude actuelle, et à partir de (30) (USI 2016 pre263 COVID19)

Le risque de contracter le virus SARS-CoV-2 est plus grand à l'intérieur qu'à l'extérieur, surtout dans les endroits mal aérés. Un microbiome intérieur peut être unique en fonction de l'environnement, principalement dominé par les microbes humains.

Les microbes sont généralement des bactéries, mais les zones intérieures peuvent également contenir des virus lorsque des personnes malades sont présentes. L'interaction des virus et des bactéries est connue et étudiée, par exemple, chez les animaux, l'interaction entre les bactéries intestinales et les virus intestinaux. Les bactéries intestinales peuvent affecter l'infectiosité des virus gastro-intestinaux en améliorant la thermostabilité et la stabilité environnementale des virus. Des interactions virus-bactéries ont également été observées dans les voies respiratoires supérieures. D'où, il est possible que de telles interactions soient présentes même dans les espaces intérieurs.

Données démographiques du patient (n=16) (A), prise d'antibiotiques (B), comorbidités (C).

Microbiome dans les chambres des patients atteints du SRAS-CoV-2

Des chercheurs de l'Université de Californie, San Diego, IBM, Le centre de recherche T. J. Watson et IBM-Almaden ont exploré si les microbes présents dans un environnement intérieur peuvent affecter l'infection par le SRAS-CoV-2. Ils ont rapporté leurs résultats dans un article publié sur le medRxiv * serveur de préimpression.

Les auteurs ont obtenu des échantillons d'écouvillonnage de patients et de travailleurs de la santé du centre médical UCSD. Ils ont tamponné la peau, voies respiratoires, tabouret, et diverses surfaces avec lesquelles les patients et les travailleurs de la santé sont entrés en contact pour collecter 972 échantillons de personnes et 734 échantillons de surfaces hospitalières.

Parmi les échantillons de surface, environ 13% étaient positifs pour le SRAS-CoV-2. Les planchers près du lit d'un patient avaient le plus de virus. Certains virus ont également été trouvés chez des patients qui avaient été testés négatifs pour le virus et dans des chambres nettoyées après avoir été occupées par un patient positif.

En utilisant le test ARNr 16S, ils ont identifié les différents microbes dans les échantillons. Ils ont trouvé différents groupes de microbes sur le sol, tabouret, et des échantillons de narines/front. Les surfaces fréquemment touchées par les travailleurs de la santé avaient des microbiomes similaires à leurs microbiomes, et ceux touchés par les patients plus avaient des microbiomes similaires aux patients.

La diversité moyenne des espèces était beaucoup plus élevée dans les échantillons de surface, surtout le sol, que dans les échantillons de personnes, la diversité étant davantage dans les échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2. Analyser les microbes présents dans les échantillons positifs, les auteurs ont trouvé Clostridiales être un groupe présent en forte proportion dans les échantillons de selles, similaire à celle trouvée dans les études sur les eaux usées. Actinomyces, Anérocoque, Dialer, Gemelle, et Schaalia ont été observés dans les échantillons de front et de narines.

Ils ont trouvé Rothia dentocariose être commun sur le front, narine, tabouret, et les échantillons de sol et était plus répandu dans les échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2. Rothia n'est généralement pas présent dans les échantillons hospitaliers, trouvé les auteurs, après avoir comparé une étude précédente sur le microbiome hospitalier, et était spécifique au SARS-CoV-2.

Cartographie spatiale Ili' de la chambre d'hôpital standard (non-USI) et de la chambre d'unité de soins intensifs (USI). La carte thermique représente le pourcentage d'échantillons collectés sur chaque site qui étaient positifs pour le SRAS CoV-2.

Association entre le SARS-CoV-2 et les bactéries d'intérieur

Bien que le virus SARS-CoV-2 ait été détecté dans l'environnement intérieur des chambres des patients, on ne sait pas si les virus détectés étaient viables. En raison des valeurs élevées de Ct de la plupart des échantillons et de l'absence d'infection chez les travailleurs de la santé qui s'occupent des patients, les auteurs concluent que les surfaces positives étaient des sources improbables d'infection virale dans le milieu hospitalier étudié lorsqu'une protection individuelle appropriée était utilisée. Cependant, des pratiques de nettoyage efficaces doivent être maintenues pour nettoyer régulièrement les surfaces afin de réduire les risques de transmission.

La présence de Rothia a été vu dans des études précédentes sur le SRAS-CoV-2, suggérant une forte association avec le virus, bien que le mécanisme ne soit pas clair. Rothia espèces ont été observées dans le microbiome oral et gastro-intestinal humain et suggèrent une transmission orale-fécale accrue, une caractéristique du COVID-19. Rothia a également été observé comme étant plus élevé chez les patients COVID-19 atteints de maladie cardiovasculaire, mais il a également été observé chez des patients cardiovasculaires sans COVID-19. D'autres études sont nécessaires pour comprendre cette association et si elle peut être utilisée dans des méthodes pour réduire la transmission du SRAS-CoV-2.

Parmi tous les échantillons, front, narines, tabouret, la bactérie Rothia dentocariosa était hautement prédictif et associé à l'infection par le SRAS-CoV-2. L'association pourrait être le résultat d'une interaction directe de la bactérie avec le virus ou indirectement par des effets sur l'hôte, suggérant qu'il y a peut-être un rôle de la synergie bactérie-virus dans la transmission de la maladie COVID-19.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, donc, ne doit pas être considéré comme concluant, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.

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