Celijakija je neuobičajena bolest u kojoj vaš imunološki sustav napada stanice koje oblažu tanko crijevo. Reakciju izaziva glijadin, jedan od proteina u glutenu koji se nalazi u pšenici i nekim drugim žitaricama. Imunološka reakcija rezultira upalom i uništavanjem stanica crijevne sluznice. Uništavanje sluznice utječe na sposobnost sluznice da normalno funkcionira, posebno na apsorpciju hrane uključujući makronutrijente (masti, proteini i ugljikohidrati) i mikronutrijente (vitamini i minerali). Stoga, iako neki od simptoma celijakije mogu biti posljedica stalne upale i razaranja, većina simptoma je rezultat malapsorpcije. Na prisutnost celijakije obično se sumnja na temelju simptoma, ali dijagnoza se potvrđuje kombinacijom krvnih pretraga i biopsije crijeva. Česta je i kod muškaraca i žena.
Masnoća je makronutrijent koji se najčešće slabo apsorbira. Smanjenje apsorpcije masti uvelike smanjuje unos kalorija (kao i malapsorpcija proteina i ugljikohidrata iako u manjem stupnju), a to uzrokuje gubitak težine. Malaapsorbirana mast unutar distalnog crijeva probavlja se crijevnim bakterijama. Bakterije razgrađuju masnoću u manje spojeve koji uzrokuju izlučivanje tekućine u crijeva što može rezultirati proljevom. Nadutost u trbuhu i/ili plinovi (naduti) koji se javljaju kod celijakije mogu biti posljedica malapsorpcije ugljikohidrata i stvaranja plina iz ugljikohidrata od strane crijevnih bakterija. Malapsorpcija proteina iz prehrane dovodi do nedostatka proteina u tijelu što može rezultirati gubitkom mišića i niskim albuminom u krvi (najzastupljenijeg proteina u krvi) što rezultira oticanjem gležnjeva (edem).
Simptomi nedostatka mikronutrijenata uvelike variraju ovisno o manjku. Neki od važnijih nedostataka uključuju nedostatak željeza koji može dovesti do anemije i umora, kao i nedostatak vitamina K koji može dovesti do abnormalnosti u zgrušavanju krvi i prekomjernih modrica ili krvarenja. Nedostatak kalcija, magnezija, vitamina B12, tiamina, pantotenske kiseline i vitamina A može dovesti do neuroloških simptoma, dok nedostatak kalcija i vitamina D može dovesti do oslabljenih kostiju i prijeloma.
Celijakija je povezana s nekoliko drugih autoimunih bolesti koje mogu uzrokovati vlastite simptome. Te bolesti uključuju dermatitis herpetiformis, vrstu kožnog osipa, dijabetes tipa 1 i upalu štitnjače.