Cøliaki er en ualmindelig sygdom, hvor dit immunsystem angriber cellerne i tyndtarmen. Reaktionen fremkaldes af gliadin, et af proteinerne i gluten, der findes i hvede og nogle andre kerner. Immunreaktionen resulterer i betændelse og ødelæggelse af tarmslimhinden. Ødelæggelsen af slimhinden påvirker slimhindens evne til at fungere normalt, især i optagelsen af mad, herunder makronæringsstoffer (fedt, protein og kulhydrater) og mikronæringsstoffer (vitaminer og mineraler). Selvom nogle af symptomerne på cøliaki kan være et resultat af den igangværende betændelse og ødelæggelse, er de fleste af symptomerne således resultatet af malabsorptionen. Tilstedeværelsen af cøliaki mistænkes normalt på baggrund af symptomer, men diagnosen bekræftes med en kombination af blodprøver og biopsi af tarmen. Det er almindeligt hos både mænd og kvinder.
Fedt er det mest almindeligt dårligt absorberede makronæringsstof. Reduktionen i fedtabsorption reducerer i høj grad indtaget af kalorier (det samme gør malabsorptionen af protein og kulhydrater, selvom det er i mindre grad), og det forårsager vægttab. Malaabsorberet fedt i den distale tarm fordøjes af tarmbakterier. Bakterierne nedbryder fedtet til mindre forbindelser, der forårsager udskillelse af væske i tarmen, som kan resultere i diarré. Den abdominale oppustethed og/eller gas (flatulens), der opstår ved cøliaki, kan skyldes malabsorption af kulhydrater og dannelse af gas fra kulhydraterne af tarmbakterierne. Malabsorption af protein i kosten fører til en mangel på proteiner i kroppen, som kan resultere i muskelsvind og et lavt blodalbumin (det mest udbredte protein i blodet), som resulterer i hævelse af anklerne (ødem).
Symptomerne på mangler i mikronæringsstoffer varierer meget afhængigt af manglen. Nogle af de mere vigtige mangler omfatter jernmangel, som kan føre til anæmi og træthed samt vitamin K-mangel, som kan føre til abnormiteter i blodpropper og overdreven blå mærker eller blødning. Mangel på calcium, magnesium, vitamin B12, thiamin, pantothensyre og vitamin A kan føre til neurologiske symptomer, mens mangel på calcium og D-vitamin kan føre til svækkede knogler og brud.
Cøliaki er forbundet med flere andre autoimmune sygdomme, der kan forårsage deres egne symptomer. Disse sygdomme omfatter dermatitis herpetiformis, en type hududslæt, type 1-diabetes og betændelse i skjoldbruskkirtlen.