Genetiska linjer av odifferentierad typ gastriska karcinom analyserats oövervakad klustring av genomiskt DNA microarray uppgifter

Genetiska linjer av odifferentierad typ gastriska karcinom analyserats oövervakad anhopning av genomisk DNA microarray uppgifter Bild Sammanfattning
Bakgrund
Man misstänker att magcancer tidigt (GC) är en vilande variant som sällan utvecklas till avancerad GC. Vi visade att vilande och aggressiva varianter av rörformiga adenokarcinom (badkar) i magen kännetecknas av förlust av MYC Mössor och vinst på TP53 Mössor och förstärkning av MYC Mössor och /eller förlust av TP53
, respektive. Syftet med denna studie är att avgöra om detta är också fallet i odifferentierade typ GC (UGCs) av olika genetiska linjer: en med en skiktad struktur (LS +), som härrör från tidig signetring cellscancer (SIG), och den andra , mestadels dåligt differentierade adenokarcinom, utan LS men med en mindre tubulär komponent (TC), dedifferentierade från tubs (LS /TC +).
Metoder
Använda 29 kirurgiskt resekterade magar med 9 intramucosal och 20 invasiva UGCs (11 LS + och 9 LS- /TC +), 63 genomiska DNA-prover av mukosal och invasiva delar och motsvarande referens DNA: n framställdes från formalinfixerade, paraffininbäddade vävnader med laser microdissection, och utsattes för matrisbaserad jämförande genomisk hybridisering (aCGH), användning av 60K microarrays, och efterföljande enrum, hierarkisk klustring. Av 979 cancerrelaterade gener bedöms, valde vi gener med genomsnittliga antalet kopior signifikant olika mellan de två stora kluster.
Resultat
Baserat på likheten i genomisk kopietal profil, var de 63 proverna indelas i två stora kluster. Kluster A och B, som var rika på LS + UGC och LS- /TC + UGC, respektive, särskiljas på grundval av 40 gener. Den aggressiva mönster kunde oftare detekterades i LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), än i LS + UGCs (17/37; 46%; P = 0,0195), medan ingen vilande mönster detekterades i någon av UGC prover.
slutsatser
i motsats till badkar, antalet exemplar förändringar av MYC Mössor och TP53
uppvisade en aggressiv mönster i LS + SIG vid tidiga och avancerade stadier, vilket tyder på att tidiga LS + UGCs oundvikligen utvecklas till en avancerad GC. Kluster B (anrikad på LS /TC +) uppvisade oftare vinst på förar gener och en mer frekvent aggressiv mönster än kluster A, vilket tyder på potentiellt sämre prognos i UGCs av kluster B.
Bakgrund
magcancer (GC) har klassificerats histologiskt i tarmen, diffus och oklassificerade typer av Lauren [1] och icke typen ytterligare delas in i fasta och blandade typer av Carneiro [2]. Den gastriska karcinom (UGC) odifferentierad-typ enligt den japanska klassificering [3] mestadels överlappar lågt differentierad GC, som innefattar inte bara den diffusa typen inklusive klackring cellscancer (SIG), utan även den fasta typen och den blandade typen med smärre rörformiga komponent (TC).
det har nyligen föreslagits att avancerade diffus-typ GC kan härröra från antingen tidigt diffus-typ eller intestinal-typ GC. Väl differentierade tubulär adenokarcinom (TUB) kan omvandlas till dåligt differentierade adenokarcinom (POR) efter tysta cellvidhäftningsrelaterade gener inklusive CDH1
[4, 5]. Carneiro är blandad typ karcinom kan således överlappa avdifferentierade badkar. Det har rapporterats att överlevnadsgraden av patienterna med blandad typ GC var signifikant lägre än den hos patienterna med GC av andra typer [2], medan överlevnadsgraden av tidiga GC patienter med SIG var högre än den för GC patienter utan SIG [6]. Således UGCs kan delas in i undergrupper med olika prognos. Nyligen genomfördes en mass screening program för neuroblastom [7-9] suspenderad i Japan på grund av ett diskontinuerligt genetisk härstamning observerades mellan tidig och sen presenter neuroblastom. Negativa och sena presenterande (≥1 år) neuroblastom uppvisade nästan diploidy med terminal 1p deletion, medan positiva neuroblastom hos spädbarn uppvisade nästan triploidy utan 1p deletion [10, 11]. För att utföra en sådan gruppering har vi klassificerat UGCs baserat på kontinuiteten av genetiska linjer samt ett uttryck för morfologiska härstamningsmarkörer.
Vår härstamning analys med användning av kromosomala jämförande genomisk hybridisering (CGH) baserades på distinkta morfologiska härstamningsmarkörer. En skiktad struktur (LS) representerar en begynnande fas av SIG utveckling [12] och är allmänt kvar även i ett långt framskridet stadium i människans mage. I tumör regioner med LS, sättet för cellproliferation liknar det i den normala magslemhinna. Och det antas att tumörceller förbli begränsad till slemhinnan så långt som de växer för att bilda de LS [13]. Vår härstamning analyser bekräftade att POR med LS härleddes från intramucosal SIG, medan POR utan LS och med en mindre TC (< 30%), härleddes från TC [14, 15]. Emellertid var TC inte alltid härledd från tidig TUB men kan också härledas från SIG, medan LS var knappast härledd från TUB [15]. Därför, som en morfologisk härstamning markör kan LS ha företräde framför TC. Dessutom är UGCs utan LS eller TC på grund av sekundär förlust av dessa markörer observeras, som fick oss att anta array CGH (aCGH) och okontrollerade kluster analyser av aCGH uppgifter för att klassificera UGCs enbart på grundval av likhet i det genomiska kopietal . profil
differentierad typ mag carcinom (DGCs), vår senaste aCGH baserade härstamning analyser avslöjade två genetiska linjer: en med kopierings antal förlust av MYC Mössor och kopiera antal vinst på TP53
(MYC
- och TP53 +
), en vilande mönster, och den andra med kopierings antalet vinst på MYC Mössor och /eller kopiera-nummer förlust av TP53
(MYC + Mössor och /eller TP53 Omdömen -), en aggressiv mönster. Vilande mönster stod för 70% av intramucosal karcinom prover och en halv av intramucosal del prover av invasiva karcinom. Invasiva delar av invasiva karcinom uppvisade mestadels aggressiva kopietal förändring (CNA) mönster. När intramucosal del av en avancerad cancer var vilande, härstamningen var diskontinuerliga mellan slemhinna och invasiva delar. Därför MYC Omdömen - /TP53
+ och MYC
+ och /eller TP53 Omdömen -. CNA mönster kan vara underskrifter vilande och aggressiva badkar, respektive [16]
I föreliggande studie, genomiska DNA-prover från slemhinna och invasiva delar av tidiga och avancerade UGCs framställdes och utsattes för genkopior-nummer analyser använder aCGH, följt av okontrollerade klusteranalys av aCGH data. Baserat på dessa resultat har vi granskat förhållandet mellan morfologiska och genetiska härstamning markörer och identifierade flera användbara härstamning markörgener för UGC.
Metoder
Institutional Review Board medicinsk etik vid Shiga University of Medical Science godkänt denna studie under förutsättning att UGC prov som användes var anonym. Skriftligt informerat samtycke krävdes inte eftersom denna retrospektiva studie använde arkivprover
Vävnadsprov
Denna studie inkluderade 29 kirurgiskt resekterade, buffrade formalinfixerade, paraffininbäddade UGCs:. 20 med LS i åtminstone en del av tumören (LS + , 9 intramucosaltumours och 11 invasiva tumörer) och 9 utan LS men innehållande en liten TC (LS- /TC +, alla invasiva tumörer) (tabell 1). TC definierades som en brunn eller måttligt differentierad adenokarcinom komponent innefattande ≤ 30% av hela tumören [15]. Alla prover valdes från GC fall diagnostiseras i vår avdelning från 1997 till 2011. Intramucosal LS + UGC patienter i genomsnitt 57,6 år (intervall, 48-79) och patienter med invasiva LS + UGCs 60,2 år (intervall, 48-79) och patienter med invasiv LS- /TC + UGCs 62,2 år (intervall, 50-75). Den makroskopiska klassificeringen bestämdes enligt den japanska klassificering för magcancer med TNM staging [3] .table en Sammanfattning av kliniskt patologiska egenskaper hos 29 UGCs

• Epstein-Barr-virus infekterade magcancer uttrycker latenta och lytiska virustranskript och har en tydlig mänsklig genuttryck profil
• Den distinkta magsaft proteomet i magcancer avslöjar en fler biomarkör diagnostisk profile