Genetiske slægter af udifferentieret-gastriske carcinomer analyseret af ukontrollerede gruppering af genomisk DNA microarray data

Genetiske slægter af udifferentieret-gastriske carcinomer analyseret af ukontrollerede gruppering af genomisk DNA microarray data
Abstract
Baggrund
Det formodes, at tidlig gastrisk karcinom (GC) er en sovende variant, der sjældent udvikler sig til avanceret GC. Vi viste, at de hvilende og aggressive varianter af rørformede adenocarcinomer (badekar) af maven er karakteriseret ved tab af MYC
og forstærkning af TP53
og forstærkning af MYC
og /eller tab af TP53
, henholdsvis. Formålet med denne undersøgelse er at fastslå, om dette også er tilfældet i udifferentierede type GCS (UGCs) af forskellige genetiske afstamninger: en med en lagdelt struktur (LS +), der stammer fra tidlig signet ring celle karcinomer (sigs), og den anden , for det meste dårligt differentierede adenokarcinomer, uden LS men med en mindre rørformet komponent (TC), dedifferentierede fra bøtter (LS- /TC +).
Metoder
Brug 29 kirurgisk resektion maver med 9 intramucosal og 20 invasive UGCs (11 LS + og 9 LS- /TC +), 63 genomiske DNA prøver af mucosal og invasive dele og tilsvarende referenceværdier DNA'er blev fremstillet ud fra formalinfikserede, paraffinindlejrede væv med laser mikrodissektion, og blev underkastet matrix-baserede komparativ genomisk hybridisering (aCGH), hjælp 60K mikroarrays og efterfølgende opsyn, hierarkisk klyngedannelse. Af 979 cancer-relaterede gener vurderede, udvalgte vi gener med gennemsnitlige kopiantal signifikant forskellig mellem de to store klynger.
Resultater
Baseret på lighed i genomisk kopi-nummer profil blev de 63 prøver klassificeres i to store klynger. Klynger A og B, der var rig på LS + UGC og LS- /TC + UGC henholdsvis blev forskelsbehandlet på grundlag af 40 gener. Den aggressive mønster blev oftere fundet i LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), end i LS + UGCs (17/37, 46%, P = 0,0195), mens der ikke er registreret sovende mønster i nogen af UGC prøver.
konklusioner
i modsætning til baljer, kopiere antal ændringer af MYC
og TP53
udviste en aggressiv mønster i LS + SIG på tidlige og fremskredne stadier, hvilket indikerer, at tidlige LS + UGCs uundgåeligt udvikle sig til en avanceret GC. Cluster B (beriget i LS- /TC +) udviste hyppigere gevinst på chauffør-gener og en hyppigere aggressiv mønster end klynge A, hvilket tyder på potentielt dårligere prognose i UGCs af klynge B.
Baggrund
Gastric carcinom (GC) har blevet klassificeret histologisk i tarm, diffus og uklassificerede typer af Lauren [1] og uklassificerede typen blev yderligere opdelt i faste og blandede typer af Carneiro [2]. Den udifferentierede-typen gastrisk karcinom (UGC) ifølge den japanske klassificering [3] meste overlapper dårligt differentieret GC, som omfatter ikke blot den diffuse type, der indbefatter signetring cellecarcinom (SIG), men også den faste type og den blandede type med mindre rørformet komponent (TC).
nylig er det blevet foreslået, at avancerede diffus type GC kan stamme fra enten tidlig diffus-type eller tarm-typen GC. Nå differentieret rørformet adenocarcinom (TUB) kan forvandle sig til dårligt differentieret adenocarcinom (POR) efter lyddæmpning af celleadhæsion-relaterede gener, herunder CDH1
[4, 5]. Carneiro s blandet type karcinomer kan således overlappe dedifferentierede badekar. Det er blevet rapporteret, at overlevelsesfrekvensen af ​​patienterne med blandede typen GC'er var signifikant lavere end den for patienter med GC'er af andre typer [2], mens overlevelsesraten for tidlige GC patienter med SIG var højere end for GC patienter uden SIG [6]. Således UGCs kan opdeles i undergrupper med forskellig prognose. For nylig blev en masse-screening program for neuroblastomer [7-9] suspenderet i Japan, fordi en diskontinuerlig genetisk afstamning blev observeret mellem den tidlige og de sene-præsenterende neuroblastomer. Negative og sene-præsentere (≥1 år) neuroblastomer udstillet nær-diploidi med terminal 1p sletning, mens positive neuroblastomer hos spædbørn udstillet nær-triploidy uden 1p sletning [10, 11]. For at udføre en sådan undergruppe, har vi klassificeret UGCs baseret på kontinuitet af genetiske afstamninger samt udtryk for morfologiske afstamning markører.
Vores slægt analyse ved hjælp kromosomal komparativ genomisk hybridisering (CGH) var baseret på karakteristiske morfologiske afstamning markører. En lagdelt struktur (LS) repræsenterer en begyndende fase af SIG udvikling [12] og er almindeligt bevares, selvom på et fremskredent stadium i den menneskelige mave. I tumor regioner med LS, den tilstand af celleproliferation ligner i den normale gastriske mucosa. Og det menes, at tumorceller fortsat være begrænset til slimhinden så vidt som de vokser til dannelse af LS [13]. Vores slægt analyser bekræftede, at POR med LS blev afledt fra intramucosal SIG, hvorimod POR uden LS og med en mindre TC (< 30%), blev afledt af TC [14, 15]. Imidlertid blev TC ikke altid afledt af tidlig TUB men kunne også være afledt SIG, hvorimod LS næppe blev afledt fra TUB [15]. Derfor, som en morfologisk afstamning markør, kan LS tage prioritet over TC. Desuden observeres UGCs uden LS eller TC grundet sekundær tab af disse markører, som fik os til at vedtage vifte CGH (aCGH) og ukontrollerede klynge analyser af aCGH data til at klassificere UGCs alene på grundlag af lighed i genomiske kopi nummer . profil
i differentierede-gastriske carcinomer (DGCs), vores seneste aCGH-baserede afstamning analyser afslørede to genetiske slægter: én med kopi-antal tab af MYC
kopi-nummer gevinst på TP53
(MYC
- og TP53 +
), en sovende mønster, og den anden med kopien-nummer gevinst på MYC
og /eller kopiere-nummer tab af TP53
(MYC +
og /eller TP53
-), en aggressiv mønster. Den sovende mønster tegnede sig for 70% af intramucosal carcinom prøver og halvdelen af ​​de intramucosal del prøver af invasive karcinomer. De invasive dele af invasive carcinomer meste udviste den aggressive kopital ændring (CNA) mønster. Når intramucosal del af en fremskreden kræft var hvilende, den slægt var diskontinuerlige mellem slimhinde og invasive dele. Derfor MYC
- /TP53
+ og MYC
TP53
+ og /eller -. CNA mønstre kan være underskrifter fra sovende og aggressive baljer, henholdsvis [16]
I nærværende undersøgelse blev genomiske DNA-prøver fra den mucosale og invasive dele af tidlig og fremskreden UGCs fremstillet og underkastet gen kopital analyser under anvendelse aCGH, efterfulgt af ukontrollerede klynge analyse af aCGH data. Baseret på disse resultater, vi undersøgte forholdet mellem morfologiske og genetiske afstamning markører og identificerede flere nyttige afstamning markørgener for UGC.
Metoder
Institutional Review Board om medicinsk etik ved Shiga University of Medical Science godkendt denne undersøgelse på betingelse at de UGC anvendte prøver var anonyme. Skriftligt informeret samtykke ikke var påkrævet, fordi denne retrospektive undersøgelse anvendte arkivering prøver
Vævsprøver
Denne undersøgelse omfattede 29 kirurgisk resektion, buffer formalinfikserede, paraffin indlejret UGCs:. 20 med LS i det mindste en del af tumor (LS + , 9 intramucosaltumours og 11 invasive tumorer) og 9 uden LS men indeholdende en lille TC (LS- /TC +, alle invasive tumorer) (tabel 1). TC blev defineret som en brønd eller moderat differentieret adenocarcinom komponent omfattende ≤ 30% af hele tumoren [15]. Alle prøver blev udvalgt fra GC tilfælde diagnosticeret i vores afdeling fra 1997 til 2011. intramucosal LS + UGC patienter i gennemsnit 57,6 år (interval, 48-79) og patienter med invasive LS + UGCs 60,2 år (interval, 48-79) og patienter med invasiv LS- /TC + UGCs 62,2 år (interval, 50-75). Den makroskopiske klassificering blev bestemt i overensstemmelse med den japanske Klassifikation af mavekræft med TNM mellemstationer [3] .table 1 Resumé af klinisk-patologiske karakteristika 29 UGCs
Sag nr
Alder /køn
Størrelse af slimhinde læsion (cm)
Makroskopisk typen *
Histologisk typen *
Sampling region for aCGH
dybde invasion †
LN meta †
Stage †
intramucosal del
Invasiv del
LS
ikke LS
TC

M101
79 /F
8,5 × 4,0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
n0
IA
M102
48 /F
9,5 × 5,0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
n0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (IIc )
SIG
+
NT -
T1 (m)
n0
IA
M104
76 /F
6,0 × 5,0
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
n0
IA
M105
50 /m
1.5 × 1,2
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
n0
IA
M106
60 /F
1,2 × 1,0
0 (IIc)
SIG
+
- -
T1 (m)
n0
IA
M107
49 /F
4,0 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
n0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
n0
IA
M109
51 /M
5,3 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
n0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5,0 × 3,0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2)
n0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIB
A108
46 /M
4.0 × 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3,8 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2)
n0
IA
A110
57 /M
5,5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
n0
IA
A202
60 /M
4,0 × 3,8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
n0
IB
SM203
71 /M
4,5 × 2,0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
n0
IA
A204
65 /F
5,5 × 3,0
3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
n0
II
A206
67 /F
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (si)
N2
IV
A207
52 /M
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA
* japanske klassifikation af gastrisk karcinom, ændret
† . TNM klassifikation
UGCs
, Udifferentierede gastriske carcinomer; aCGH
, Array CGH; LN
, Lymfeknude, LS
, lagdelt struktur; TC
, Tubular komponent; SIG
, Signet ring cellecarcinom; POR
, dårligt differentieret adenocarcinom; POR1
, Solid POR; POR2
, Ikke-fast POR; TUB2
, Moderat differentieret adenocarcinom; MUC
, mucinøs adenocarcinom; m
, slimhinde; sm
, submucosa; smeltepunkt
, muskuløse propria; ss
, subserora; se
, serøse eksponering; si
, invasion til tilstødende strukturer; M
, Male; F
, kvinde; NT
, Ikke testet; NI
, Ikke informativ.
LS evaluering
LS blev defineret som i en tidligere undersøgelse [17]. Kort fortalt LS + Salg regioner havde små carcinomceller begrænset til stroma på kirtel-hals niveau, efterhånden differentieres til signetring celler i det overfladiske (og dyb) lamina propria (figur 1a). Fraværet af LS i intramucosal regioner af tumoren blev defineret ved fire mønstre: 1) kontakt af små carcinomceller til muscularis slimhinden i SIG, 2) mucinous adenocarcinom, 3) POR og 4) tilstedeværelsen af ​​en TC (figur 1b- f). Figur 1 Histologiske forekomster af intramucosal dele af udifferentierede gastriske carcinomer (UGCs). En signetring celle carcinom (SIG) komponent med en lagdelt struktur i tilfælde A107 (a). Små carcinomceller er fordelt i den dybere del umiddelbart over eller i muscularis slimhinden i en SIG komponent i tilfælde M109 (b). En mucinøs adenocarcinom komponent i tilfælde A107 (c). Et dårligt differentieret adenocarcinom komponent i tilfælde SM106 (d). Mindre rørformede komponenter i tilfælde SM105 og SM201, henholdsvis (e, f).
Laser mikrodissektion og DNA forberedelse
Tumor vævsprøver blev opnået fra 5-um-tykke vævssnit ved hjælp af en LMD6000 laser mikrodissektion systemet (Leica Microsystems, Wetzlar, Tyskland). For invasive cancere, blev DNA-prøver opnået fra både intramucosal og invasive dele. For hver prøve blev cancervæv opnået fra et område > 6 mm 2, hvor cancerceller udgjorde ≥70% af det totale celletal. Vævsprøver blev fordøjet i 200 ug /ml proteinase K-opløsning i ca. 72 timer ved 37,0 ° C og genomisk DNA ekstraheret med phenol /chloroform.
Whole genomamplifikation
Prøve-DNA blev amplificeret under anvendelse af GenomePlex Whole Genome Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. For nogle DNA-prøver, der kan ikke i tilstrækkelig amplificeret, blev WGA5 Kit (Sigma) anvendes.
Array CGH
en oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) blev anvendt i denne undersøgelse, ifølge producentens instruktioner. Kort fortalt, de amplificerede tumor og kontrol DNA-prøver var ikke-enzymatisk mærket med Cy5 og Cy3 henholdsvis anvendelse af Genome DNA ULS Labelling Kit (Agilent) og kompetitivt hybridiseret til mikroarrayet. De hybridiserede array-billeder blev taget med et DNA microarray scanner (Agilent) og derefter fluorescensintensiteten af ​​tumoren og kontrol ved hver probe dot blev beregnet ved Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Array data blev normaliseret ved hjælp Genomisk Workbench software Ver.5.0 (Agilent). Positionerne af oligomerer er baseret på det menneskelige genom februar 2009 samling (hg19). Copy-nummer gevinster og tab blev defineret som ændringer i logaritmen til bunden 2 af svulsten til at henvise signal intensitet ratio (T /R) er større end 0,3219 og mindre end -0,3219 henholdsvis.
Cluster analyse
Til udføre nye subtypning af UGC prøver baseret på genomisk profil lighed i denne undersøgelse blev et uovervåget hierarkisk klyngeanalyse anvendes på tværs af 63 prøver fra 29 UGC sager ved hjælp af Cluster 3,0 og TreeView softwareprogrammer. Den clustering algoritme blev sat til at fuldføre binding klyngedannelse ved anvendelse af en uncentered korrelation. For at aktivere uovervåget klynge analyse, vi udførte saglig reduktion i sonde nummer fra omkring 60.000 til flere tusinde sonder. Til dette formål valgte vi store gener fordi det større antal tilsvarende prober resulterede i forbedret signal-til-støj-forholdet for de repræsentative gen kopiantal. Den ukontrollerede strategi muligt for os at sætte en intern standard til at validere klyngedannelse resultater; kopitallet profiler i prøver af samme tumor bør være mere ens end nogen kopital profiler fra en anden tumor, fordi genændringer i processen for carcinogenese er stort set udbredt blandt prøverne fra samme tumor.
Statistiske analyser
forskelle i kontingenstabeller blev vurderet for statistisk signifikans under anvendelse af Fishers eksakte test. En P < 0,05 (2-sidet) blev betragtet som statistisk signifikant. Welch t
test blev anvendt til at evaluere forskel i den gennemsnitlige DNA-kopi antal for hver probe mellem to klynger af prøver. Den Bonferroni korrektion blev anvendt til at korrigere for flere sammenligninger.
Resultater
prøver analyseret med vifte CGH
Vævsprøver blev udskåret fra 29 arkiverede GC prøver ved hjælp af laser mikrodissektion. Den vævsprøve befolkning inkluderet 11 regioner (fra 9 intramucosal sigs), hvoraf 9 regioner var LS + og de to andre LS-, 26 regioner (fra 11 LS + invasive UGC), hvoraf 10 var LS + slimhinder regioner, 8 var LS- slimhinde regioner og 8 var invasive regioner, og 26 regioner (fra 9 LS- /TC + invasive UGCs):. 9 intramucosal POR, 9 intramucosal TC og 8 invasive regioner
Genome bred kopi nummer ændringer
Et plot af den genetiske afvigelse penetrans for alle kromosomer er vist for LS + UGCs og LS- /TC + UGCs i figur 2a og figur 2b. Copy-nummer og -tab var mere almindelige i LS- /TC + UGCs end i LS + UGCs. De hyppigste kopi-nummer gevinster blev opdaget ved 3q26 (7/63 prøver), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) og 12p12 (6/63), mens den hyppigste copy-nummer tab blev fundet på 7q36 (5/63) og 12p12 (5/63). Figur 2 Hyppigheden af ​​kopi-nummer ændringer på kromosom-niveau. Procentdelen af ​​de prøver, der har CNAs for hvert kromosom i LS + UGCs (a) og LS- /TC + UGCs (b). Gevinst og tab er angivet med rød og grøn, henholdsvis.
Copy-nummer ændringer (CNA'er) fælles for alle prøver fra samme tumor blev kaldt stemline ændringer [14], og skønnes at forekomme i den tidligste fase af tumorudvikling og til være iboende i tumor afstamning. blev påvist Stemline gevinster på 3q26 i 2/20 tilfælde af invasive LS + UGCs og ingen af ​​invasive LS- /TC + UGCs. I modsætning hertil blev der stemline gevinster på 5p15, 8p23 og 12p12 påvist i 2/9 tilfælde af invasiv LS- /TC + UGCs men i intet tilfælde af invasive LS + UGCs. Der blev ikke konstateret tab stemline i alle tilfælde af UGCs.
Tidligere undersøgelser ved hjælp af kromosomal eller vifte CGH analyser [19-27] rapporterede, at hyppig CNAs i gastrisk kræft (fælles for både UGC og DGC) var kromosomale gevinster på 3. kvartal, 5p, 7p, 8Q, 13q, 17q, 20p og 20Q, og tab ved 4q, 5q, 6Q, 9p, 17p, 18q og 21q. I de undersøgte i nærværende undersøgelse UGCs, alle tidligere rapporteret CNAs blev observeret, undtagen gevinster på 17q og 20p og tab på 5q og 6Q. Gevinster på 8p og 12p var almindelige i LS- /TC + UGCs. Copy-nummer gevinster på 8q24 var almindelige i begge typer af UGCs, med 4/20 tilfælde af LS + UGCs og 3/9 tilfælde af invasiv LS- /TC + UGCs, men disse blev ikke stemline ændringer.
Uvildig udvalg af gener afspejler hele genomet profil
at klassificere UGC prøver baseret på den samlede lighed i profilen af ​​genkopiantal ændringer, brugte vi opsyn hierarkisk klyngeanalyse. Til dette formål var det nødvendigt at reducere antallet af gen anvendte prober i klyngen analyse fra 60K til flere tusinde. Det reducerede antal gener skal stadig afspejle hele genomet profil, hvis upartisk valgt. For at opfylde disse betingelser, valgte vi gener udelukkende er baseret på størrelsen af ​​gener (antallet af tilsvarende sonder). Efter gentagne forsøg med cluster analyser bruger gener af forskellige mindstemål (eller sonde numre pr gen), vi observeret, at de fleste CNAs fra samme tumor blev grupperet tættere sammen end nogen prøver fra en anden UGC tilfældet, når vi analyserede kun gener med 3 eller flere prober per gen:. i alt 5019 gener
Klassifikation af UGC hjælp hierarkisk klyngeanalyse
Vi anvendte et uovervåget todimensional hierarkisk clustering algoritme, til i alt de 63 DNA-prøver fra 29 UGCs. Prøverne blev klassificeret i to store klynger A og B, der er baseret på lighed i genomet profil (figur 3). Af 63 prøver, 30 LS + UGCs blev klassificeret i klynge A, og kun 7 i klynge B. For LS- /TC + UGCs blev 8 prøver klassificeret i klynge A og 18 i klynge B. Alle intramucosal LS + UGCs indgik i klynge A. Klynger A og B havde væsentligt forskellige andele af morfologiske undertyper (P = 0,0001). Figur 3 Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse af matrix-baserede komparativ genomisk hybridisering (aCGH) data. Gene copy-nummer og -tab er angivet med rød og grøn, hhv. I alt 63 prøver fra 29 UGCs blev klassificeret i to store grupper: A og B. De fleste prøver af LS + UGCs blev inkluderet i klynge A, og de fleste LS- /TC + UGCs prøver var i klynge B. Alle intramucosal LS + UGCs indgik i klynge A.
Kopier nummer ombygninger af MYC
og TP53
Gevinster ved 8q24 var almindelige ændringer for både LS + og LS- /TC + UGCs. De repræsentative gener placeret på dette locus er MYC.
Gevinster myc
blev påvist i 2/11 af intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 af LS + UGC (23,1%) og 8/26 af invasive LS- /TC + UGCs (30,1%). Den aggressive mønster (MYC +
og /eller TP53
-) blev påvist i 6/11 af intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 af invasive LS + UGCs (42,3%) og 20/26 af invasive LS - /TC + UGCs (76,9%, figur 4). Derfor blev den aggressive mønster oftere påvist i invasive LS- /TC + UGCs end i LS + UGCs (P = 0,0195). Den hvilende mønster (MYC
- og TP53 +
) blev ikke påvist i nogen af ​​UGC prøverne, selv dem fra intramucosal GC'er (figur 4). Figur 4 Array CGH data for MYC og TP53 i LS + UGCs og LS- /TC + UGCs. LS + UGCs er opdelt i intramucosal kræft og invasive kræftformer. Tal betyder bunden 2 logaritmen til test /reference- signal intensitet forhold mellem array-CGH data. Betydelige gevinster og tab er angivet med rød og grøn, hhv. Prøverne markeret med og uden grå margin indgår i klynge B og klynge A, henholdsvis i figur 3.
Kopier antal ændringer af andre end MYC
eller TP53 gener
Som nævnt ovenfor, 5p15 var en af ​​de hyppigste gain steder i invasiv LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), men blev ikke påvist i nogen af ​​de 37 intramucosal og invasive LS + UGCs (Figur 2). De målgener placeret på dette locus kan omfatte telomerase revers transkriptase-gen (TERT
), fordi en TERT
gevinst blev oftere fundet i invasive LS- /TC + UGCs end intramucosal og invasive LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (figur 5). I modsætning hertil
tab af TERT blev påvist i 4/37 prøver af intramucosal og invasive LS + UGCs (10,8%), men ikke i invasive LS- /TC + UGCs. Figur 5 Array CGH data for andre end MYC og TP53 gener med signifikant forskellige T /R-forhold mellem klynger A og B. UGCs er opdelt i klynger A og B, der blev bestemt i figur 3. Varmen kortet angiver bunden 2 logaritmen af test /referencesignal intensitetsforhold på Array CGH data. Gevinst og tab er angivet med rød og grøn, henholdsvis.
Welch t
test blev udført for at sammenligne den gennemsnitlige T /R forholdet mellem prøverne i klynge A og dem i klynge B ved hver 2756 sonde loci af 979 kræft -relaterede gener. Fyrre-tre genprober, tilhører 40 gener, havde væsentligt forskellige gennemsnitlige T /R-forhold mellem klynger A og B i et niveau på P < 0,05 efter Bonferroni-metode (tabel 2). Af de 40 gener, 6 gener (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
og TERT
), herunder proto-onkogener, har været impliceret i forbedret tumor vækst, og 8 gener (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10
og TRIO
) i invasion /metastase og 3 gener (APC, NF1
og MEN1
) i tumor undertrykkelse (tabel 2). De fleste af log 2 T /R forhold af de 43 adskiller genprober var af modsat fortegn mellem klynger A og B, med større i absolutte værdier i klynge B (figur 5) .table 2 Liste over 40 gener, der har CNA'er signifikant forskellige mellem klynger A og B
Probe navn
Beliggenhed
navn Gene
Beskrivelse
P-værdi
p-værdi efter Bonferroni korrektion
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrofin
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
adenomatøs polypose coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4q11-q12
* KIT
v -kit Hardy-Zuckerman 4 katte sarkom viral onkogen homolog
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familiemedlem 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
medlems RAS onkogen familie
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
vækst differentiering faktor 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 onkogen homolog 1 (aviær)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadherin 18, type 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPase, klasse II, type 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
præ-B-celle leukæmi homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
medlems RAS onkogen familie
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukin 5 (koloni-stimulerende faktor, eosinofil)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familiemedlem 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrin, beta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, medlems RAS onkogen familie
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomale protein S6 kinase, 52 kDa, polypeptid 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distal-mindre homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
milt fokus danner virus (SFFV) proviral integration onkogen
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serin /threonin kinase 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8

NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EPHB2
Eph-receptor B2
6,637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrofin
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPase, klasse V, type 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
medlems RAS oncogen familie
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratin 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insulinreceptor
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , aminophospholipid transportør, klasse I, type 8A, medlem 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
blandet afstamning kinase 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets variant 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
zink finger homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-P31
ROR1
receptortyrosinkinase-lignende orphan receptor 1
1,209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPase, Ca ++ transport, plasmamembranen 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
multipel endokrin neoplasi jeg
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadherin 2, type 1, N-cadherin (neuronal)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr virus inficeret gastrisk adenocarcinom udtrykker latente og lytiske virale transkripter og har en distinkt human genekspression profile
• Det karakteristiske mavesaft proteom i mavekræft afslører en multi-biomarkør diagnostisk profile