lignées génétiques des carcinomes gastriques de type indifférencié analysés par classification non supervisée des données de puces à ADN génomique

lignées génétiques des carcinomes gastriques de type indifférencié analysés par classification non supervisée des données de biopuces d'ADN génomique
Résumé de l'arrière-plan
On soupçonne que le carcinome gastrique précoce (GC) est une variante de dormance qui progresse rarement GC avancée. Nous avons démontré que les variantes dormantes et agressives d'adénocarcinomes tubulaires (Tubs) de l'estomac sont caractérisées par la perte de MYC
et gain de TP53
et gain de MYC
et /ou perte de TP53
, respectivement. Le but de cette étude est de déterminer si cela est également le cas en glucocorticoïdes de type indifférencié (UGCS) de différentes lignées génétiques: l'une avec une structure en couches (LS +), dérivés de chevalières début carcinomes anneau (SIGs), et l'autre , adénocarcinomes la plupart du temps peu différenciés, sans LS, mais avec un composant tubulaire mineur (TC), dédifférenciées de Tubs (LS- /TC +).
Méthodes
Utilisation 29 estomacs réséquées chirurgicalement avec 9 intramuqueux et 20 invasives (11 centres de croissance urbaine LS + et 9 LS- /TC +), 63 échantillons d'ADN génomique de la muqueuse et des parties invasives et des ADN de référence correspondants ont été préparés à partir de tissus de paraffine fixés au formol avec microdissection laser, et ont été soumis à une hybridation génomique comparative basée sur la baie (aCGH), utilisant 60K microarrays et ultérieur sans surveillance, classification hiérarchique. Des 979 gènes liés au cancer évalués, nous avons sélectionné des gènes avec le nombre moyen de copies significativement différentes entre les deux grands pôles.: Résultats
Basé sur similitude génomique profil nombre de copies, les échantillons 63 ont été classés en deux groupes principaux. Clusters A et B, qui étaient riches en LS + UGC et LS- /TC + UGC, respectivement, ont été victimes de discrimination sur la base de 40 gènes. Le motif agressif a été plus fréquemment détecté dans LS- /TC + centres de croissance urbaine, (20/26, 77%), que dans LS + centres de croissance urbaine (17/37; 46%; P = 0,0195), alors qu'aucun motif dormance a été détecté dans aucun des Conclusions des échantillons UGC.
contrairement à Tubs, le nombre de copies des altérations de MYC
et TP53
présentaient un motif agressif dans LS + SIG au début et avancé des étapes, ce qui indique que les premiers LS + progressent inévitablement centres de croissance urbaine un GC avancé. Cluster B (enrichie en LS- /TC +) ont présenté un gain plus fréquent des gènes du pilote et un modèle agressif plus fréquent que le groupe A, suggérant potentiellement pire pronostic Contexte de centres de croissance urbaine de groupe B.
carcinome gastrique (GC) ont été classées histologiquement dans l'intestin, diffus et types non classés par Lauren [1] et le type non classés a encore été divisé en types solides et mixtes par Carneiro [2]. Le carcinome gastrique de type indifférencié (UGC) selon la classification japonaise [3] recouvre essentiellement GC peu différencié, qui comprend non seulement le type diffus, y compris le carcinome à cellules de chevalière (SIG), mais aussi le type solide et le type mixte avec tubulaire mineur composant (TC).
récemment, il a été proposé que avancé de type diffus GC peut dériver de soit diffus de type précoce ou de type intestinal GC. adénocarcinome tubulaire bien différencié (TUB) peut se transformer en mal adénocarcinome différencié (POR) après la mise sous silence des gènes liés à l'adhérence de cellules, y compris CDH1
[4, 5]. carcinomes de type mixte de Carneiro peuvent donc se chevaucher Tubs dédifférenciées. Il a été rapporté que le taux de patients atteints de type mixte GCS survie était significativement inférieur à celui des patients atteints de GC d'autres types [2], alors que le taux de patients atteints de GC précoce avec SIG de survie est supérieur à celui des patients atteints de GC sans SIG [6]. Ainsi peuvent être divisés centres de croissance urbaine en sous-groupes avec un pronostic différent. Récemment, un programme de masse-dépistage de neuroblastomes [7-9] a été suspendue au Japon en raison d'une lignée génétique discontinue a été observée entre le début et, et les neuroblastomes fin présentatrices. neuroblastomes négatifs et tardifs présentatrices (≥1 an) présentaient quasi-diploïdie avec le terminal 1p suppression, alors que les neuroblastomes positifs chez les nourrissons exposés quasi-triploïdie sans 1p suppression [10, 11]. Pour effectuer un tel sous-groupe, nous avons classé sur la base des centres de croissance urbaine continuité des lignées génétiques ainsi que l'expression de marqueurs de lignage morphologiques.
Notre analyse de la lignée en utilisant l'hybridation génomique comparative chromosomique (CGH) a été fondée sur des marqueurs de la lignée morphologiques distinctifs. Une structure en couches (LS) représente une phase naissante du développement SIG [12] et est généralement conservé même à un stade avancé dans l'estomac humain. Dans les régions tumorales avec LS, le mode de prolifération cellulaire semblable à celle de la muqueuse gastrique normale. Et on pense que les cellules tumorales restent confinées à la muqueuse dans la mesure où ils se développent pour former les LS [13]. Notre lignée a confirmé que les analyses POR avec LS a été dérivé de intramuqueux SIG, alors POR sans LS et avec un TC mineur (< 30%), a été dérivé de TC [14, 15]. Cependant, le TC n'a pas toujours été dérivé du TUB tôt, mais pourrait aussi être dérivé de SIG, alors que LS était à peine dérivé de TUB [15]. Par conséquent, comme un marqueur de la lignée morphologique, LS peut avoir la priorité sur TC. En outre, centres de croissance urbaine sans LS ou TC en raison de la perte secondaire de ces marqueurs sont observés, ce qui nous a incité à adopter CGH array (aCGH) et des analyses grappe sans surveillance des données aCGH pour classer les centres de croissance urbaine uniquement sur la base de la similitude dans le nombre de copies génomique . profil
Dans les carcinomes gastriques de type différencié (DGCS), notre récente lignée à base aCGH analyses ont révélé deux lignées génétiques: une avec perte de MYC
nombre de copies et nombre de copies gain de TP53
(MYC perte de (le MYC de TP53 +
et /ou TP53 et TP53 +
), un motif en sommeil, et l'autre avec le gain du nombre de copies de MYC
et /ou copier-number -

-), un motif agressif. Le motif en sommeil représentaient 70% des échantillons de carcinome intramuqueux et la moitié des échantillons partiels intramuqueux de carcinomes invasifs. Les parties invasives de carcinomes invasifs principalement exposées le nombre de copies de modification (CNA) modèle agressif. Lorsque la partie intramuqueux d'un cancer avancé était en sommeil, la lignée était discontinue entre la muqueuse et les parties envahissantes. Par conséquent, le MYC
- /TP53
+ et MYC
+ et /ou TP53
-. Motifs de l'AIIC peuvent être des signatures de Tubs dormantes et agressifs, respectivement [16] Dans le présent
étude, des échantillons d'ADN génomique de la muqueuse et des parties invasives précoces et avancées centres de croissance urbaine ont été préparés et soumis à gène nombre de copies en utilisant des analyses aCGH, suivie non supervisée analyse typologique des données aCGH. Sur la base de ces résultats, nous avons examiné la relation entre les marqueurs de lignage morphologiques et génétiques et plusieurs gènes marqueurs de lignage utiles identifiés pour UGC
. Méthodes
Le Institutional Review Board sur l'éthique médicale à l'Université des sciences médicales de Shiga a approuvé cette étude sur la condition que les échantillons utilisés UGC étaient anonymes. Le consentement éclairé écrit n'a pas été nécessaire parce que cette étude rétrospective a utilisé des échantillons d'archives échantillons de tissus
Cette étude a inclus 29 réséquées chirurgicalement, tamponnées, paraffine formaline centres de croissance urbaine fixe:. 20 LS dans au moins une partie de la tumeur (LS + , 9 intramucosaltumours et 11 tumeurs invasives) et 9 sans LS, mais contenant une petite TC (LS- /TC +, toutes les tumeurs invasives) (tableau 1). TC est défini comme un composant de puits ou d'un adénocarcinome moyennement différencié, comprenant ≤ 30% de la totalité de la tumeur [15]. Tous les échantillons ont été sélectionnés parmi les cas de GC diagnostiqués dans notre département de 1997 à 2011. intramuqueux LS + patients UGC en moyenne 57,6 ans (extrêmes, 48-79) et les patients atteints de LS invasives + UGCS 60,2 ans (extrêmes, 48-79) et les patients avec LS- invasive /TC + 62,2 années centres de croissance urbaine (plage; 50-75). La classification macroscopique a été déterminée en fonction de la classification japonaise du cancer gastrique avec TNM [3] .Tableau 1 Résumé des caractéristiques clinico du cas de 29 centres de croissance urbaine aucune
âge /sexe
Taille de la muqueuse lésion (cm)
Type macroscopique *
Le type histologique *
région d'échantillonnage pour aCGH

Profondeur de l'invasion †
LN méta †
étape †
intramuqueux partie
partie invasive
LS
pas LS
TC
M101
79 /F
8.5 × 4.0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
48 /F M102
9.5 × 5.0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
57 /M
1,4 × 0,8
0 (IIc
M103 )
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
76 /F M104
6.0 × 5.0
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
50 /m M105
1.5 × 1.2
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
60 /F
M106
1,2 × 1,0
0 (IIc)
SIG
+
-
- T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4.0 × 2.5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
48 /F
6.0 × 2.8
0 (IIc
M108 )
SIG > POR1 > TC
+
NT
T1 POR (m)
N0
IA
51 /M
5.3 × 3.3
0 (IIc
M109 + III)
SIG
+
SIG
- T1 (m)
N0
IA
71 /F SM101
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT
- NT
T1 (SM2) 72 /F
N2
II
A102
5.0 × 3.0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG
- POR2 de T2 (mp) 79 /F
N1
II
A103
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NT
T2 NI (en mp) 49 /M
N1
II
A104
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss) 59 /F
N1
II
SM105
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2 de T1 (sm) 72 /M
N1
IB
SM106
3.7 × 2.3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR
- NT
T1 (SM2)
N0
IA
48 /F A107
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > CUM
+
POR
- POR2
T3 (se) 46 /M
N2
IIIB
A108
4.0 × 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI NI

- POR2 de T2 (mp)
N2
IIIA
55 /M A109
3,8 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR
- SIG
T1 (SM2) 57 /M
N0
IA
A110
5.5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR
- POR2
T2 (mp) 54 /F
N1
II
A111
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
75 /F SM201
3.7 × 3.0
2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR T1 (SM2)
N0
IA
60 /M A202
4.0 × 3.8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
T2 (mp)
POR
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 × 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
POR T1 (SM2)
N0
IA
65 /F A204
5.5 × 3.0 3
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR T3 (se)
54 /M IV
A205 de N3
7.4 × 5.8
5
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR T3 67 /F (se)
N0
II
A206
5.5 × 4.0 4
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
NT
T4 52 /M (si)
N2
IV
A207
6.0 × 4.0 4
POR1 > POR2 > SIG > TC
- POR /TUB2
+
POR T3 (se)
75 /M IV
A208 de N3
9,0 × 7,0 2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR T2 (mp) 50 /F
N1
II
A209
2,3 × 0,8 3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
POR T2 (mp)
N2
IIIA
* classification japonaise du cancer de l'estomac, modifiée
† . classification TNM

centres de croissance urbaine, les carcinomes gastriques indifférenciées; aCGH
, Array CGH; LN
, ganglionnaire, LS
, la structure en couches; TC
, Composant tubulaire; SIG
, Signet carcinome anneau; POR
, adénocarcinome mal différencié; POR1
, POR solide; POR2
, POR non-solide; TUB2
, Modérément différencié adénocarcinome; CUM
, mucineux adénocarcinome; m
, de la muqueuse; sm
, sous-muqueuse; pf propria
, musculaires; ss
, subserora; se
, l'exposition séreuse; si
, invasion des structures adjacentes; M
, Homme; F
, Femme; NT
, non testé; NI
, non informative. Évaluation
LS
LS a été défini comme dans une étude précédente [17]. En bref, LS +
régions avaient de petites cellules de carcinome confinés au stroma au niveau des glandes-cou qui différencie progressivement aux cellules annulaires chevalière dans le superficiel (et profond) lamina propria (figure 1a). L'absence de LS dans les régions intramuqueux de la tumeur a été défini par quatre motifs: 1) Contact de petites cellules de carcinome à la muscularis mucosae dans SIG, 2) adénocarcinome mucineux, 3) ROP et 4) la présence d'un TC (Figure 1b- F). La figure 1 apparitions histologiques des parties intramuqueux des carcinomes gastriques de type indifférencié (UGCS). Un carcinome chevalière (SIG) composant avec une structure en couches dans le cas A107 (a). petites cellules de carcinome sont distribués dans la partie plus profonde juste au-dessus ou dans les muqueuses de la musculeuse dans un composant SIG dans le cas M109 (b). Un composant mucinous adénocarcinome dans le cas A107 (c). Un composant adénocarcinome peu différencié en cas SM106 (d). composants tubulaires mineures dans les cas SM105 et SM201, respectivement (e, f). microdissection
laser et préparation d'ADN
échantillons de tissus tumoraux ont été obtenus à partir de coupes de tissus 5 um d'épaisseur en utilisant un système de microdissection laser LMD6000 (Leica Microsystems, Wetzlar, Allemagne). Pour les cancers invasifs, des échantillons d'ADN ont été obtenus à la fois du intramuqueux et des pièces invasives. Pour chaque échantillon, les tissus cancéreux ont été obtenus à partir d'une zone > 6 mm 2, dans laquelle les cellules cancéreuses ont représenté ≥70% du nombre total de cellules. Des échantillons de tissus ont été digérés dans 200 pg /ml de solution de proteinase K pendant approximativement 72 heures à 37,0 ° C et l'ADN génomique extrait avec du phénol /chloroforme.
entier amplification du génome
échantillon d'ADN a été amplifié en utilisant le kit GenomePlex du génome entier d'amplification ( WGA2 Kit; Sigma, St. Louis, États-Unis) [18]. Pour certains échantillons d'ADN qui ne pouvaient pas être amplifiés suffisamment, le kit de WGA5 (Sigma) a été utilisé.
CGH array
Oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, Etats-Unis) a été utilisé dans cette étude, selon les instructions du fabricant. En bref, les échantillons d'ADN de la tumeur et de contrôle ont été amplifiés enzymatiquement non marquées avec Cy5 et Cy3, respectivement, en utilisant le kit d'étiquetage ADN génomique ULS (Agilent) et compétitive hybridée au microréseau. Les images ont été capturées matrices hybridées à l'aide d'un scanner de microréseaux d'ADN (Agilent), puis l'intensité de fluorescence de la tumeur et de contrôle au niveau de chaque point de sonde a été calculé en fonction d'extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Les données du tableau ont été normalisées en utilisant Genomic Ver.5.0 logiciel Workbench (Agilent). Les positions des oligomères sont basés sur l'ensemble du génome humain 2009 Février (en hg19). Les gains et pertes du nombre de copies ont été définis comme des changements dans le logarithme à la base 2 de la tumeur pour référencer ratio d'intensité du signal (T /R) supérieur à 0,3219 et inférieur à -0,3219, respectivement. Analyse
Cluster
Pour effectuer des nouveaux sous-typage des échantillons UGC sur la base génomique profil similitude dans cette étude, une analyse de classification hiérarchique sans surveillance a été appliqué dans 63 échantillons provenant de 29 cas UGC en utilisant les programmes Cluster 3.0 et logiciels TreeView. L'algorithme de clustering a été créé pour compléter le regroupement de liaison en utilisant une corrélation uncentered. Pour permettre une analyse de cluster sans surveillance, nous avons réalisé une réduction impartiale en nombre de sonde d'environ 60 000 à plusieurs milliers de sondes. A cet effet, nous avons sélectionné des gènes de grande taille parce que le plus grand nombre de sondes correspondant a permis d'améliorer le rapport signal sur bruit des nombres de copies des gènes représentatifs. La stratégie non supervisée nous a permis d'établir une norme interne pour valider les résultats de clustering; les profils du nombre de copies dans des échantillons de la même tumeur devraient être plus semblables que tous les profils du nombre de copies d'une autre tumeur parce que les altérations des gènes dans le processus de cancérogenèse sont en grande partie commun entre les échantillons provenant de la même tumeur analyse
. statistique les différences dans les tableaux de contingence ont été évalués pour la signification statistique en utilisant le test exact de Fisher. A P < 0,05 (2-sided) a été considérée comme statistiquement significative. t
Le test de Welch a été utilisé pour évaluer la différence de moyenne du nombre de copies d'ADN pour chaque sonde entre deux groupes d'échantillons. La correction de Bonferroni a été utilisé pour corriger pour les comparaisons multiples.
Résultats
échantillons analysés avec CGH array
Des échantillons de tissus ont été excisés à partir de 29 échantillons de GC archivés par microdissection laser. La population de l'échantillon de tissu inclus 11 régions (de 9 intramuqueux SIGs), dont 9 régions étaient LS + et les deux autres LS-, 26 régions (de 11 LS + invasive UGC), dont 10 LS + régions muqueuses, 8 étaient des muqueuses LS- régions et 8 étaient des régions envahissantes et 26 régions (de 9 LS- /TC + invasives):. centres de croissance urbaine 9 intramuqueux POR, 9 intramuqueux TC et 8 régions invasives génome large nombre de copies des modifications de
Une parcelle de l'aberration génétique pénétrance pour tous les chromosomes est indiqué pour LS + et LS- centres de croissance urbaine /TC + dans la figure 2a centres de croissance urbaine et la figure 2b, respectivement. Les gains et pertes du nombre de copies ont été plus fréquents dans le LS- /TC + que dans LS centres de croissance urbaine + UGCS. Les gains les plus fréquents nombre de copies ont été détectés à 3q26 (7-63 échantillons), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7-63) et 12p12 (6/63), tandis que les plus fréquents les pertes du nombre de copies ont été trouvés à 7q36 (5/63) et 12p12 (5/63). Figure 2 Fréquence de nombre de copies des modifications au niveau du chromosome. Le pourcentage des échantillons qui ont CNAs pour chaque chromosome dans la LS + centres de croissance urbaine (a) et LS- /TC + centres de croissance urbaine (b). Les gains et les pertes sont indiqués en rouge et vert, respectivement.
Altérations du nombre de copies (CNA) communs à tous les échantillons de la même tumeur ont été appelés stemline changements [14] et estimée à se produire à la première étape de la tumorigenèse et être inhérente dans la lignée de la tumeur. gains Stemline de 3q26 ont été détectés dans 2/20 cas de LS + invasives et centres de croissance urbaine aucun des LS- /TC + invasives centres de croissance urbaine. En revanche, les gains de stemline de 5p15, 8p23 et 12p12 ont été détectés dans 2/9 des cas de LS- invasive /TC + centres de croissance urbaine, mais en aucun cas de LS + invasives centres de croissance urbaine. Aucune perte de stemline ont été détectés dans tous les cas de centres de croissance urbaine.
Des études antérieures utilisant chromosomique ou CGH array analyse [19-27] ont rapporté que fréquente CNAs dans les cancers gastriques (commun aux deux UGC et DGC) étaient gains chromosomiques à 3q, 5p, 7p, 8q, 13q, 17q, 20p et 20q, et les pertes à 4q, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q et 21q. Dans les centres de croissance urbaine examinées dans la présente étude, tous précédemment rapporté CNAs ont été observés à l'exception des gains à 17q et 20p et pertes à 5q et 6q. Les gains à 8p et 12p étaient communs dans LS- /TC + centres de croissance urbaine. gains nombre de copies à 8q24 étaient communs dans les deux types de centres de croissance urbaine, avec 4/20 cas de LS + et 3/9 cas centres de croissance urbaine de LS- invasive /TC + UGCS, mais ceux-ci ne sont pas stemline changements. La sélection
Impartial de gènes reflétant l'ensemble du profil du génome
Pour classer les échantillons UGC sur la base de la similitude globale dans le profil du nombre de copies de gènes changements, nous avons utilisé sans surveillance analyse de classification hiérarchique. A cet effet, il était nécessaire de réduire le nombre de sondes génétiques utilisées dans l'analyse de cluster de 60K à plusieurs milliers. Le nombre réduit de gènes doit toujours tenir compte de l'ensemble du profil du génome si impartiale sélectionné. Pour remplir ces conditions, nous avons sélectionné des gènes basés uniquement sur la taille des gènes (le nombre de sondes correspondant). essais Après répétées des analyses des grappes utilisant des gènes de différentes tailles minimales (ou les numéros de sondes par gène), nous avons observé que la plupart des CNAs de la même tumeur ont été regroupés plus étroitement ensemble que tous les échantillons d'un autre cas UGC lorsque nous avons analysé seulement des gènes avec 3 ou plus sondes par gène:. un total de 5019 gènes
Classification des UGC en utilisant une analyse de classification hiérarchique
Nous avons appliqué un algorithme non supervisé de classification hiérarchique à deux dimensions, à un total des échantillons d'ADN 63 à partir de 29 centres de croissance urbaine. Les échantillons ont été classés en deux groupes principaux A et B, sur la base de la similitude du profil génomique (figure 3). Sur 63 échantillons, 30 LS + centres de croissance urbaine ont été classés en groupe A et seulement 7 en grappe B. Pour LS- /TC + centres de croissance urbaine, 8 échantillons ont été classés en groupe A et 18 en groupe B. Tous LS intramuqueux + de UGCS ont été inclus dans la grappe A. Clusters A et B avaient significativement des proportions différentes de sous-types morphologiques (P = 0,0001). Figure 3 Unsupervised analyse de groupement hiérarchique de l'hybridation génomique (aCGH) des données comparatives sur la base du tableau. Gene gains et pertes du nombre de copies sont indiquées par le rouge et le vert, respectivement. Un total de 63 échantillons provenant de 29 centres de croissance urbaine ont été classés en deux grands groupes: A et B. La plupart des échantillons de LS + centres de croissance urbaine ont été inclus dans le groupe A et la plupart des LS- /échantillons TC + UGCS étaient en groupe B. Tous les LS intramuqueux + centres de croissance urbaine ont été inclus dans du nombre de copies des altérations du groupe A. de MYC
et TP53
gains à 8q24 étaient des altérations communes pour les deux LS + et LS- /TC + centres de croissance urbaine. Les gains du gènes représentatifs situés à ce locus est MYC. de MYC
ont été détectés dans 2/11 de intramuqueux LS + centres de croissance urbaine (18,2%), 6/26 de LS + UGC (23,1%) et 8/26 de invasive LS- /TC + centres de croissance urbaine (30,1%). Le motif agressif (MYC +
et /ou TP53
-) a été détecté dans 6/11 de intramuqueux LS + centres de croissance urbaine (54,5%), 11/26 du LS + invasives centres de croissance urbaine (42,3%) et 20/26 de LS invasives - /TC + centres de croissance urbaine (76,9%; Figure 4). Par conséquent, le motif agressif a été plus fréquemment détecté dans LS- /TC + invasives que dans centres de croissance urbaine LS + UGCS (P = 0,0195). Le motif en dormance (MYC de
- et TP53 +
) n'a été détectée dans aucun des échantillons UGC, même ceux de intramuqueux GCS (Figure 4). Figure 4 tableaux de données CGH de MYC et TP53 dans LS + et LS- centres de croissance urbaine /TC +. Centres de croissance urbaine LS + centres de croissance urbaine sont divisés en cancers intramuqueux et les cancers invasifs. Numéraux signifient la base 2 logarithme des rapports de données CGH array intensité du signal test /référence. Les gains et les pertes significatives sont indiquées en rouge et vert, respectivement. Les échantillons marqués avec et sans marge grise sont inclus dans le groupe B et le groupe A, respectivement, à la figure 3.
nombre de copies des altérations des gènes autres que MYC
ou TP53
Comme mentionné ci-dessus, 5p15 était l'un des sites de gain les plus fréquentes dans LS- invasive /TC + centres de croissance urbaine (8/26; 30,7%), mais n'a pas été détecté dans aucun des 37 intramuqueux et LS + invasives de UGCS (figure 2). Les gènes cibles situées à ce locus peuvent inclure la télomérase inverse gène de la transcriptase (TERT
) parce que le gain d'un TERT était plus fréquemment détectée dans LS- /TC + invasives que intramuqueux centres de croissance urbaine et envahissantes LS + centres de croissance urbaine (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (figure 5). En revanche, les pertes de TERT
ont été détectés dans des échantillons de 4/37 intramuqueux et LS + envahissantes (10,8 centres de croissance urbaine de%), mais pas dans LS- /TC + invasives centres de croissance urbaine. La figure 5 CGH données de gènes autres que myc et TP53 significativement différente avec le rapport T /R entre les groupes A et B. Les centres de croissance urbaine sont divisés en groupes A et B qui ont été déterminés à la figure 3. La carte de chaleur indique que la logarithme en base 2 du rapports d'intensité du signal test /de référence de données CGH array. Les gains et les pertes sont indiqués en rouge et vert, respectivement.
T
test de Welch a été réalisée pour comparer le rapport T /R moyenne entre les échantillons dans le groupe A et ceux du groupe B à chaque loci 2756 de la sonde de 979 cancer gènes. la PI Fourty-trois sondes génétiques, appartenant à 40 gènes, avaient significativement différents rapports T /R moyennes entre les groupes A et B à un niveau de P < 0,05 après la correction de Bonferroni (tableau 2). Parmi les 40 gènes, 6 gènes (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
et TERT
), y compris les proto-oncogènes, ont été impliqués dans une tumeur améliorée croissance, et 8 gènes (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EphA5
, EphB2
, EPHA10
et TRIO
) dans l'invasion /métastases et 3 gènes (APC, NF1
et NEM1
) dans la suppression des tumeurs (tableau 2). La plupart des journaux 2 rapports T /R des 43 sondes génétiques distinguant étaient de signe opposé entre les groupes A et B, avec une plus grande en valeur absolue dans le groupe B (figure 5) .Table 2 Liste des 40 gènes qui ont CNAs significativement différente entre les groupes A et B
nom Probe
Lieu
nom de Gene
description de
P-valeur
Pvalue après correction de Bonferroni
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrophine
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
polypose adénomateuse
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4T11-q12
* KIT
v -kit Hardy-Zuckerman 4 sarcome félin viral oncogène homologue
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-q14
SMAD9
SMAD membre de la famille 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
d'oncogène RAS 1.876E-07
5.171E
famille -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
croissance facteur de différenciation 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 homologue oncogène 1 (aviaire)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadhérine 18, type 2
6.138E-07
0,0017
18q23
ATP9B
ATPase de A_14_P128664, classe II, le type 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
pré-B-cell leucémie homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAS RAB39B
famille d'oncogène de la 1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromine 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukine 5 (facteur de stimulation des colonies, éosinophiles)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
de 2.153E-06 EPH récepteur A7
0,0059
A_14_P100300
13q12-q14
SMAD9
SMAD membres de la famille 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
intégrine, bêta 8
2.589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, d'oncogène RAS 2.949E-06
0,0081
A_14_P120484 de famille
1q41
RPS6KC1
protéine ribosomique S6 kinase, 52 kDa, polypeptide 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EphA5 le 3.584E-06
EPH récepteur A5
0,0099
A_14_P201127
2q32
Dlx2
distal-less homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
virus rate mise au point de formation (SFFV) proviral oncogène d'intégration
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
sérine /thréonine kinase 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8
NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EphB2
Eph récepteurs B2
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrophine
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPase, classe V, type 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
RAS famille d'oncogène
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
kératine 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
récepteur de l'insuline
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , transporteur aminophospholipide, classe I, de type 8A, membre 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
lignée mixte kinase 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
variante 6
ets 1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
doigt de zinc homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
tyrosine
récepteur de ROR1 kinase-like récepteur orphelin 1
1.209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPase, Ca le transport, la membrane plasmique 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
NEM1
néoplasie endocrine multiple I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadhérine 2, type 1, N-cadhérine (neuronal)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

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