Genetske loze nediferencirane tipa želučanog karcinoma analiziranim nekontroliranog klastera genomske DNA microarray data

Genetske loze iz nediferencirane tipa želučanog karcinoma analiziranim nekontroliranog klastera genomskih podataka DNA microarray
apstraktne pregled pozadine pregled Sumnja se da je rano karcinom želuca (GC) je uspavan varijanta koja se rijetko napreduje do napredne GC. Pokazali smo da su uspavane i agresivni varijante cjevastih adenokarcinoma (kupališta) želuca karakterizira gubitak myc Netlogu i dobitak TP53 Netlogu i dobitak myc Netlogu i /ili gubitak TP53 Netlogu, odnosno. Cilj ovog istraživanja je utvrditi da li je to bio slučaj u nediferencirane tipa GCS (UGCs) od različitih genetskih loza: jedan sa slojevitom strukturom (LS +), koji su izvedeni iz ranih pečatni stanica prsten karcinoma (sigs), a drugi uglavnom slabo diferencirani adenokarcinom, bez LS, ali s manjim cjevasti komponente (TC), dedifferentiated iz kade (LS- /TC +). pregled Metode pregled Korištenje 29 kirurški resected želuce s 9 intramucosal i 20 invazivnih UGCs (11 LS + i 9 LS- /TC +), 63 genomske DNA uzorci za sluznicu i invazivnih dijelova i odgovarajućih referentnih DNA su pripravljeni iz formalinom fiksiranih, u parafin uklopljenih tkiva s laserskim mikrodisekcijom, te su podvrgnuti array bazi usporedne genomska hibridizacijske (aCGH) pomoću 60K Microarrays, te nakon toga bez nadzora, hijerarhijski klastera. 979 rakom gena ocijenjenih, odabrali smo gene s prosječnim kopirati brojeve značajno različite između dvije glavne skupine. Pregled Rezultati
Na temelju sličnosti u genomske copy-broj profila, 63 uzorci su svrstane u dvije glavne skupine. Klasteri A i B, koje su bogate LS + generiranih i LS- /TC + generiranih, odnosno, diskriminirani su na temelju 40 gena. Agresivni uzorak je češće detektirana u LS- /TC + UGCs (20/26; 77%), u odnosu na LS + UGCs (17/37; 46%; P = 0,0195), a ne u mirovanju uzorak je otkrivena u bilo kojem od podnositelja UGC uzoraka.
Zaključci
za razliku od kupališta, broj kopija promjene od myc Netlogu i TP53 pregled izložene agresivan uzorak u LS + sig u ranim i naprednim stadijima, što pokazuje da su rani LS + UGCs neizbježno napredovati do napredni GC. Klaster B (obogaćen LS- /TC +) pokazuju češće dobit od vozača gena i češće agresivni uzorak od klaster A, što upućuje na potencijalno lošiju prognozu UGCs cluster B. pregled pozadine
karcinom želuca (GC) imaju klasificirana histološki u crijeva, difuznu i nerazvrstanih vrste koje Lauren [1] i neklasificiranih tipa je dalje podijeljena na kruta i mješovite tipove po Carneiro [2]. Neizdiferenciranih tipa karcinoma želuca (UGC) prema japanskoj klasifikaciji [3] uglavnom poklapa slabo diferencirane GC, koji sadrži ne samo difuzne tip, uključujući karcinom stanica pečatni prsten (SIG), ali i čvrstog tipa i mješovitog tipa s manjim cjevastih komponenta (TC), pregled Nedavno je predloženo da se napredno difuzno tipa GC može potjecati od bilo ranog difuznog tipa ili crijevni tipa GC. Pa diferencirani cjevasti adenokarcinom (kada) se može transformirati u slabo diferenciranog adenokarcinoma (POR) nakon utišavanja gena adhezijskih povezanih ćelija, uključujući CDH1 pregled [4, 5]. Carneiro je mješovitog tipa karcinoma tako mogu preklapati dedifferentiated kace. On je izvijestio da je stopa preživljavanja pacijenata s miješanim tipa GCS bila je značajno niža nego kod bolesnika sa GCS drugih vrsta [2], dok je stopa preživljavanja ranih GC bolesnika s SIG bila je veća od one GC pacijenata bez SIG [6.]. Tako UGCs može podijeliti u podskupine s različitim prognozu. Nedavno, program za masovno skrining za neuroblastoma [7-9] je suspendiran u Japanu jer je uočeno diskontinuirani genetska loza između early- i kasnih prezentiraju neuroblastoma. Negativne i kasno-predstavljanje (≥1 godina) neuroblastomi izlagao gotovo diploidiju s terminala 1p brisanja, dok pozitivne neuroblastomi u dojenčadi izložene gotovo Triploidija bez 1p brisanje [10, 11]. Za izvođenje takvog subgrouping smo klasificirani UGCs na temelju kontinuiteta genetskih loza, kao i izražavanje morfoloških loze markera.
Naša loza analizu pomoću kromosomske komparativne genomske hibridizacije (CHG) na temelju razlikovnih morfološkim loze markera. Slojevite građe (LS) predstavlja početni fazu razvoja SIG [12] i najčešće se zadržao čak u poodmakloj fazi u ljudskom želucu. U tumorskim regijama s LS, način stanične proliferacije nalikuje onom u normalnoj sluznici želuca. A vjeruje se da tumorske stanice ostaju ograničena na sluznicu koliko oni rastu u obliku LS [13]. Naša loza analiza je potvrdila da por s LS je izvedena iz intramucosal SIG, a POR bez LS i s manjim TC (< 30%), dobiven je iz TC [14, 15]. Međutim, TC nije uvijek bila izvedena iz ranog KADI, ali također može biti izveden iz SIG, dok LS jedva je izvedena iz KADI [15]. Dakle, u morfološkom marker linije, LS može imati prioritet u odnosu TC. Osim toga, UGCs bez LS ili TC zbog sekundarnog gubitak tih markera su promatrane, koji nas traži da usvoje array CGH (aCGH) i bez nadzora klaster analize podataka aCGH klasificirati UGCs isključivo na temelju sličnosti u genomske broju kopija . profil
u diferenciranim tipa želučanog karcinoma (DGCs), naša nedavna aCGH bazi loza analiza otkrila je dva genetska loza: jedan s copy-broj gubitka myc Netlogu i copy-broj dobitak od TP53 pregled (myc gubitak i TP53 + pregled), uspavan uzorak, a drugi s copy-broj dobitak myc Netlogu i /ili kopirati broj TP53 pregled (myc + pregled i /ili TP53 - pregled pregled -), agresivan uzorak. Uspavan uzorak iznosio je 70% uzoraka intramucosal karcinoma i pol uzoraka intramucosal dijelu invazivnih karcinoma. Invazivni dijelovi invazivnim karcinomima najviše izložena agresivno broj kopija promjena (CNA) uzorak. Kada intramucosal dio uznapredovalim rakom nije bila aktivna, loza bio isprekidan između sluznice i invazivnih dijelova. Dakle, myc pregled - /TP53 pregled + i myc pregled + i /ili TP53 pregled -. CNA uzorci mogu biti potpisi mirovanje i agresivnih kace, odnosno [16]
U sadašnjosti studija, genomske DNA uzorci iz sluznice i invazivnih dijelova ranog i razvijenog UGCs su pripremljeni i podvrgnuti gen copy-broj analiza pomoću aCGH, a nakon nekontroliranog cluster analizom podataka aCGH. Na temelju tih rezultata, ispitali smo odnos između morfoloških i genetskih loza markera i identificirali nekoliko korisnih marker loza gena za UGC. Pregled Metode
Institutional Review Board na medicinsku etiku na Shiga Sveučilišta medicinskih znanosti odobrio ovu studiju o stanju da su UGC uzorci su korišteni anonimni. Pismeni informirani pristanak nije potreban, jer je ova retrospektivna studija koristi arhivsku uzoraka
Uzorci tkiva
Istraženo je 29 operativno resected, ublaživač formalin-fiksna, uklopljeno u parafin UGCs. 20 s LS u barem dio tumora (LS + , 9 i 11 intramucosaltumours invazivnih tumora) i 9 bez LS već sadrži malu TC (LS- /TC + sve invazivne tumore) (Tablica 1). TC je definiran kao i diferencirane ili umjereno adenokarcinom sastojak koji ≤ 30% cjelokupnog tumora [15]. Svi uzorci izabrani iz GC dijagnosticiranih slučajeva u našem odjelu od 1997. do 2011. godine Intramucosal LS + UGC pacijenti u prosjeku 57,6 godina (raspon 48-79) i bolesnika s invazivnim LS + UGCs 60.2 godina (raspon 48-79), te bolesnici s invazivna LS- /TC + UGCs 62.2 godina (raspon, 50-75). Makroskopski klasifikacija određena je prema japanskoj klasifikaciji rak želuca s TNM [3] .table 1 Sažetak kliničkopatološkim obilježja 29 UGCs
predmetu broj
Age /sex pregled
Veličina od sluznice lezije (cm)
Makroskopsko tipa * pregled histološkog tipa pregled *
Uzorkovanje regija za aCGH

Dubina invazije †
LN meta †
Stage †
Intramucosal dio
Invazivne dio
LS
nije LS
TC
pregled M101
79 /F
8,5 × 4,0 pregled, 0 (IIC)
SIG > TC pregled + pregled NT pregled NT pregled T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M102 pregled, 48 /F
9,5 × 5,0 pregled, 0 (IIc ) pregled SIG > POR1 pregled + pregled NT
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M103 pregled 57 /M pregled 1,4 × 0,8 pregled, 0 (IIc ) pregled SIG pregled + pregled NT
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M104 pregled, 76 /F pregled 6,0 ​​× 5,0
0 (IIc) pregled SIG pregled + pregled NT
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M105 pregled 50 /m
1.5 × 1,2 pregled, 0 (IIc) pregled SIG pregled + pregled NT
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M106 pregled, 60 /F pregled 1,2 × 1,0 pregled, 0 (IIc) pregled SIG pregled + pregled -
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M107
49 /F
4,0 × 2,5 pregled, 0 (IIc + III) pregled SIG > POR1 pregled + pregled NT
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M108 pregled, 48 /F pregled 6,0 ​​× 2,8 pregled, 0 (IIc ) pregled SIG > POR1 > TC pregled + pregled por pregled NT pregled T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled M109 pregled 51 /M pregled 5,3 × 3,3 pregled, 0 (IIc + III) pregled SIG pregled + pregled SIG
- T1 (m) pregled N0 pregled IA pregled SM101 pregled, 71 /F
0,9 × 0,8 pregled 0 (IIc) pregled SIG > POR2 pregled + pregled NT
- NT pregled T1 (sm2) pregled, n2 pregled II pregled A102 pregled, 72 /F
5.0 × 3.0
0 (IIc-IIb)
POR2 > POR1 > SIG pregled + pregled SIG
- POR2 pregled T2 (mp) pregled N1 pregled II pregled A103 pregled, 79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2 pregled + pregled POR
NI pregled NT pregled, T2 (mp) pregled N1 pregled II pregled A104 pregled 49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III) pregled SIG > POR2 > TC pregled + pregled NT pregled NT pregled POR2 pregled T2 (SS) pregled N1 pregled II pregled SM105 pregled, 59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc) pregled SIG > TC > POR2 pregled + pregled TUB2 pregled NT pregled POR2 pregled T1 (SM) pregled N1 pregled IB pregled SM106 pregled 72 /M
3.7 × 2.3
0 (IIc) pregled SIG > POR1 pregled + pregled POR
- NT pregled T1 (sm2) pregled N0 pregled IA pregled A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III) pregled SIG > POR2 > POR1 > MUC pregled + pregled POR
- POR2 pregled T3 (se) pregled, n2 pregled IIIb pregled A108 pregled 46 /M
4.0 × 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG pregled NI pregled NI
- POR2 pregled T2 (mp) pregled N2 pregled IIIA pregled A109
55 /M
3,8 × 3,3
0 (IIc + III) pregled SIG > POR1 pregled + pregled POR
- SIG pregled T1 (sm2) pregled, n0 pregled IA pregled A110 pregled 57 /M
5.5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC pregled + pregled POR
- POR2 pregled T2 (mp) pregled N1 pregled II pregled A111 pregled, 54 /F
8,0 × 7,0
3 pregled POR2 > SIG pregled + pregled POR
- POR2 pregled T3 (se) pregled N2 pregled IIIB pregled SM201 pregled, 75 /F
3,7 × 3,0
2 pregled POR1 > TC
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T1 (sm2) pregled N0 pregled IA pregled A202
60 /M
4.0 × 3.8 pregled 0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T2 (mp) pregled N0 pregled IB pregled SM203
71 /M
4.5 × 2.0 pregled 0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T1 (sm2) pregled N0 pregled IA pregled A204
65 /F
5,5 × 3,0 pregled 3 pregled POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled, T3 (se) pregled N3 pregled IV pregled A205 pregled 54 /M
7.4 × 5.8 pregled 5 pregled POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled, T3 (SE) pregled, n0 pregled II pregled A206 pregled, 67 /F
5.5 × 4.0 pregled 4 pregled POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2 pregled + pregled NT pregled T4 (SI) pregled, N2 pregled IV pregled A207 pregled 52 /M
6.0 × 4.0 pregled 4 pregled POR1 > POR2 > SIG > TC
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T3 (se) pregled, N3 pregled IV pregled A208 pregled 75 /M
9.0 × 7.0 pregled 2 pregled POR1 > TC
- POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T2 (mp) pregled N1 pregled II pregled A209 pregled, 50 /F
2,3 × 0,8 pregled 3 pregled POR2 > SIG > POR1-gt; TC pregled -. Pregled POR /TUB2 pregled + pregled por pregled T2 (mp) pregled N2 pregled IIIA pregled * Japanski klasifikacija želučanog karcinoma, modificirani pregled † . TNM klasifikacija pregled UGCs pregled, razliËite želučani karcinom; aCGH pregled, Array CGH; LN pregled, limfnih čvorova, LS pregled, Slojevita struktura; TC pregled, Tubular komponentu; SIG pregled, karcinom pečatni stanica prstena; POR pregled, slabo diferencirani adenokarcinom; POR1 pregled, Čvrsta POR; POR2 pregled, Non-solid POR; TUB2 pregled, umjereno diferencirani adenokarcinom; MUC pregled, mucinozni adenokarcinom; m pregled, sluznica; sm pregled, submukoza; tt pregled, mišićna propria; ss pregled, subserora; se
, serozne izloženost; si pregled, invazija na susjedne strukture; M pregled, Muškarac; F pregled, Ženski; NT pregled, nije testirana; NI pregled, a ne informativni. Evaluacije pregled LS
LS je definiran kao u prethodnom istraživanju [17]. Ukratko, LS +
regije imali male stanice karcinoma ograničena na stromu na razini žlijezda grla koja se postupno diferencira na pečatni prsten stanica u površinskom (i dubokim) lamina propria (Slika 1a). Nepostojanje LS u intramucosal regijama tumora definirana četiri modela: 1) za kontakt malih stanica karcinoma na muskularis mukoze u SIG, 2) mucinozni adenokarcinoma, 3) por i 4) prisutnosti TC (Slika 1b- f). Slika 1 Histološki nastupi intramucosal dijelova nediferencirane tipa želučanog karcinoma (UGCs). Karcinom pečatni prsten (SIG), komponenta s slojevite strukture u slučaju A107 (a). Male stanice karcinoma su raspoređeni u dubljem dijelu neposredno iznad ili muskularis mukoze u SIG komponente u slučaju M109 (b). Mucinozni adenokarcinom komponenta u slučaju A107 (c). Slabo diferencirani adenokarcinom komponenta u slučaju SM106 (d). Manje cijevni elementi u slučajevima SM105 i SM201, odnosno (e, f). Pregled Laser Mikrodisek i priprema DNA pregled uzoraka tumora tkiva dobiveni su od odjeljaka 5-um-debela tkiva pomoću LMD6000 laser Mikrodisek sustava (Leica Microsystems, Wetzlar, Njemačka). Za invazivnih karcinoma, DNA uzorci su dobiveni iz oba intramucosal i invazivnih dijelova. Za svaki uzorak, raka tkiva dobiveni su iz područja > 6 mm <sup>2, u kojem se stanice raka iznosi ≥70% od ukupnog broja stanica. Uzorci tkiva su razgrađen u 200 ug /ml proteinaze K otopini približno 72 sati na 37,0 ° C, a genomsku DNA ekstrahirana s fenolom /kloroformom.
genoma pojačanje pregled Uzorak DNK umnožena pomoću GenomePlex genoma Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. Za neke DNK uzorke koji nisu mogli biti dovoljno pojačanih je WGA5 Kit (Sigma) bio zaposlen. Pregled Array CGH
oligo CGH mikročipa (60k, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) bio korišten u ovo istraživanje, prema uputama proizvođača. Ukratko, amplificirani tumora i kontrolne DNA uzorci su neenzimski označeni Cy5 i Cy3, odnosno, uporabom Genomne DNA ULS naljepnicom Kit (Agilent) i kompetitivno hibridizira s microarray. Hibridizacije array slike su snimljene DNA microarray skener (Agilent) i zatim je intenzitet fluorescencije tumora i kontrole na svakoj sondi točka je izračunata određivanja značajki Ver.9.5.3 (Agilent). Podaci array su normalizirani pomoću genomske Workbench softver Ver.5.0 (Agilent). Položaji oligomera temelje ljudskog genoma veljače 2009. okupljanja (hg19). Copy-broj dobici i gubici koji su definirani kao promjena u logaritma na bazi 2 od tumora na referentni omjer signal intenziteta (T /R) veće od 0.3219 i manje od -0.3219, respektivno. Pregled Klaster analiza pregled Da obavljati novi subtyping od generiranih uzoraka na temelju genomske profila sličnosti u ovoj studiji, bez nadzora hijerarhijske klaster analiza primijenjena je preko 63 uzoraka iz 29 generiranih predmeta pomoću klaster 3.0 i TreeView softverske programe. Svrstavanja u skupine algoritam je bio postavljen za dovršetak poluge klastera pomoću uncentered korelaciju. Da biste omogućili nadzirane klaster analizu, proveli smo nepristran smanjenje broja sonda od oko 60.000 do nekoliko tisuća sondi. U tu svrhu, odabrali smo velike gene, jer je veći broj odgovarajućih sondi rezultiralo poboljšanim omjerom signala i šuma u reprezentativnim brojem kopija gena. Nenadziranom strategija omogućila nam je da postavite unutarnji standard za provjeru rezultata udruživanja; broju kopija profili u uzorcima istog tumora trebao biti sličniji nego bilo koji broj kopija profila iz drugog tumora jer su genske promjene u procesu karcinogeneze su uglavnom uobičajena među uzorcima iz istog tumora.
Statistički analizira pregled Razlike u slučaju nepredviđenih tablicama su ocijenjeni za statističku signifikantnost primjenom Fisherov egzaktni test. P < 0.05 (2-sided) smatrana je statistički značajna. Welch t pregled test korišten je za procjenu razlika u prosječnim brojem DNK kopija za svaku sondu između dva klastera uzoraka. Bonferronijeva korekcija se upotrebljava za ispravljanje višestruke usporedbe. | Rezultati
Uzorci su analizirani s poljem CGH pregled Uzorci tkiva izrezani su iz 29 arhiviranih GC primjeraka laserskom mikrodisekcijom. Populacija Uzorak tkiva uključeno 11 regija (od 9 intramucosal sigs), od kojih je 9 područja iz LS + i druga dva LS-, 26 regija (od 11 LS + invazivne generiranih), od kojih su 10 bili LS + sluznice regije 8 su LS- za sluznicu regije i 8 su invazivne regije, a 26 regija (od 9 LS- /TC + invazivnih UGCs.): 9 intramucosal POR, 9 intramucosal TC i 8 invazivne regije pregled genom širok broja kopija promjene
parceli od genetske aberacije pojavnosti svih kromosoma prikazan na LS + UGCs i LS- /TC + UGCs na slici 2a i slici 2b, respektivno. Copy-broj dobici i gubici su bili uobičajeni u LS- /TC + UGCs nego u LS + UGCs. Najčešći copy-broj dobitaka koji su dokazani u 3q26 (7/63 uzoraka), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) i 12p12 (6/63), dok je najčešći copy-broj gubici su pronađeni u 7q36 (5/63) i 12p12 (5/63). Slika 2 Frekvencija copy-broj promjena na razini kromosoma. Postotak uzoraka koji imaju CNAs za svaki kromosom u LS + UGCs (a) i LS- /TC + UGCs (b). Dobici i gubici su označeni crveno i zeleno, respektivno.
Copy-brojčane promjene (CNAs) koje su zajedničke svim uzorcima iz iste tumor se zove promjena stemline [14], a procjenjuje se da će doći u najranijoj fazi tumourigenesis i na biti inherentna u tumorske linije. Stemline dobici 3q26 otkrivene su u 2/20 slučajeva invazivnog LS + UGCs i nitko od invazivnih LS- /TC + UGCs. Za razliku od toga, stemline dobici 5p15, 8p23 i 12p12 otkrivene su u 2/9 slučajeva invazivnog LS- /TC + UGCs ali ni u kojem slučaju invazivnih LS + UGCs. Nema stemline gubici otkriveni su u svim slučajevima UGCs.
Prethodne studije pomoću kromosomske ili polje CGH analizira [19-27] izvijestio da je često CNAs u želučanim raka (zajednički za oba UGC i DGC) su kromosomske dobici u 3. kvartalu, 5p, 7p, 8q, 13q, 17q, 20P i 20q, a gubici u 4Q, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q i 21q. U UGCs ispitanih u ovom istraživanju, a sve što je ranije izvijestili CNAs zabilježene osim dobitaka na 17q i 20P i gubitaka kod 5q i 6q. Dobici na 8P i 12P bili su česti u LS- /TC + UGCs. Copy-broj dobici na 8q24 su uobičajene u oba tipa UGCs, sa 4/20 slučajeva LS + UGCs i 3/9 slučajeva invazivnog LS- /TC + UGCs, no oni nisu bili stemline promjene. Pregled, nepristrano izbor gena odražava cijeli genom profil pregled klasificirati uzorke ugc temelji se na ukupnom sličnosti u profilu broj kopija gena promjene, koristili smo bez nadzora hijerarhijske klaster analizu. Za ovu svrhu, bilo je potrebno da se smanji broj genskih sondi se koriste u analizi klastera od 60K do nekoliko tisuća. Smanjeni broj gena još uvijek treba odražavati cijeli profil genoma, ako nepristrano odabrana. Da bi se ispunili ove uvjete, odabrali smo gene temelji isključivo o veličini gena (brojevi odgovaraju probe). Nakon ponovljenih suđenja klaster analize primjenom gena različitih minimalnih veličina (ili brojeva probe po gena), primijetili smo da je većina CNAs iz iste tumora su grupirani bliže zajedno nego bilo kojem uzorku iz drugog UGC slučaju kada se analiziraju samo gene s 3 ili više sonde po gen. od ukupno 5019 gena
klasifikaciju UGC pomoću hijerarhijskog klaster analizu pregled smo primijenio bez nadzora dvodimenzionalni hijerarhijski clustering algoritam, na ukupno uzoraka 63 DNA od 29 UGCs. Uzorci su razvrstani u dvije glavne klastera A i B, na temelju sličnosti u profilu genoma (slika 3). Od 63 uzoraka, 30 LS + UGCs su svrstane u klaster A, a tek 7 u klaster B. Za LS- /TC + UGCs, 8 uzorci su svrstane u klaster A i 18 u klaster B. Svi Intramucosal LS + UGCs bili uključeni u klaster A. klastere a i B su imali značajno različite omjere morfoloških podtipova (p = 0,0001). Slika 3 nekontrolirano hijerarhijska klaster analiza usporednih genomske hibridizacije (aCGH) podataka polja bazi. Gene copy-broj dobici i gubici označene su crvenom i zelenom bojom, respektivno. Ukupno je 63 uzoraka od 29 UGCs su svrstane u dvije velike klastere: A i B. Većina uzoraka LS + UGCs su uključeni u klaster A i većina LS- /uzorci TC + UGCs bili u klaster B. Sve Intramucosal LS + UGCs su uključeni u Klaster A. pregled broja kopija izmjenama myc Netlogu i TP53
Dobici po 8q24 su uobičajene promjene za oba LS + i LS- /TC + UGCs. Predstavnička geni koji se nalaze na ovom lokusu myc. Pregled Dobici od myc Netlogu otkrivene su u 2/11 od Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) i 8/26 invazivnih LS- /TC + UGCs (30,1%). Agresivni uzorak (myc + pregled i /ili TP53 pregled -) otkrivena je u 6/11 od Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 invazivnih LS + UGCs (42,3%) i 20/26 invazivnih LS - /TC + UGCs (76,9%; Slika 4). Stoga je agresivan uzorak je češće otkrivena u invazivnim LS- /TC + UGCs nego u LS UGCs + (P = 0,0195). Uspavan uzorak (myc pregled - i TP53 + pregled) ne otkriven je u jednom od uzoraka generiranih, čak i one iz intramucosal GCS (slika 4). Slika 4 Array CGH podaci myc i TP53 u LS + UGCs i LS- /TC + UGCs. LS + UGCs su podijeljeni u intramucosal raka i invazivnih karcinoma. Brojevi znače baza 2 logaritam omjera intenziteta signala test /referentnih array CGH podacima. Značajni dobici i gubici su označeni crvenom i zelenom bojom, respektivno. Uzorci označene sa i bez sive marže su uključeni u klasteru B i klaster A, odnosno, na slici 3. pregled broja kopija promjene gena osim myc Netlogu ili TP53
Kao što je gore spomenuto, 5p15 bio je jedan od najčešćih dobitak mjesta u invazivnom LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), ali nije bio otkriven u jednoj od 37 intramucosal i invazivnih LS + UGCs (slika 2). Ciljne geni koji se nalaze na ovom se mjestu mogu uključivati ​​telomeraze preokrenuti transkriptaze gen (tert
) jer fert pregled korist češće otkrivena u invazivnim LS- /TC + UGCs nego intramucosal i invazivnih LS UGCs + (16/26 vs. 1/37, P 0.0001) (Slika 5). Za razliku od toga, gubici fert pregled otkrivene su u 4/37 uzoraka intramucosal i invazivnih LS + UGCs (10,8%), ali ne u invazivnim LS- /TC + UGCs. Slika 5 Array CGH su podaci gena osim myc i TP53 suprotnog T /R omjer između skupine A i B. UGCs podijeljeni u klastera A i B koje su određene na slici 3. toplinska karta pokazuje jedno 2 logaritma omjeri intenziteta signala test /referentni array CGH podataka iz. Dobici i gubici su označeni crvenom i zelenom bojom, respektivno.
Welch t
testa provedena je usporediti odnos između uzoraka u klaster A i oni u klaster B srednju T /R na svakom 2.756 sonda loci 979 raka povezani s grupom geni. Četrdeset i tri gena sonde, koje pripadaju 40 gena, imali su značajno različite prosječne omjere T /R između klastera A i B na razini od P < 0.05 Nakon Bonferroni korekcije (tablica 2). Od 40 gena, 6 gena (KIT Netlogu, RAN pregled, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
i tert
), uključujući proto-onkogena, a uključene su u pojačanom tumora rasta i 8 gena (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10
i TRIO
) u najezdi /metastaza i 3 geni (APC, NF1 pregled i pregled MEN1) u supresiji tumora (Tablica 2). Većina dnevnika <sub>2 T /R omjeri 43 razlikovanje sondi genskih bili suprotnog predznaka između klastera A i B, s većim apsolutnim vrijednostima u klaster B (slika 5) .table 2. Popis 40 gena koji imaju CNAs značajno razlikuje između klastera a i B
ime Probe
lokacija
naziv Gene
opis
p-vrijednost
pvalue nakon Bonferroni korekcije
A_16_P41637097 pregled Xp21.2 pregled DMD
distrofin pregled 4.541E-08 pregled, 1.251E-04 pregled A_14_P133591 pregled 5q21- q22 pregled APC
adenomatozna polipoza pregled 5.774E-08.
1.591E-
04 A_14_P130973
4q11-P12
* KIT
v -komplet Hardy-Zuckerman 4 mačji sarkoma virusnih onkogena homolog pregled 1.047E-07 pregled, 2.886E-04 pregled A_14_P125447 pregled 13q12-P14 pregled SMAD9
član obitelji Smad 9
1.373E-07 pregled, 3.784E-04 pregled A_14_P100439 pregled 12q24.3 pregled * RAN
RAS članice onkogen obitelj pregled, 1.876E-07 pregled, 5.171E -04 pregled A_14_P102616 pregled 20q11.2 pregled GDF5
faktor rasta diferencijacija 5 pregled 2.828E-07 pregled, 7.794E-04 pregled A_14_P133647 pregled 11q23.3 pregled ** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 onkogena homologni 1 (ptice) pregled, 5.603E-07 pregled 0.0015 pregled A_14_P138640 pregled 5p14.3 pregled CDH18
pregled kadherina 18, tip 2 pregled, 6.138E-07 pregled 0.0017 pregled A_14_P128664 pregled 18q23
ATP9B
ATPaze, klasa II, tip 9B pregled 6.474E -07 pregled 0,0018 pregled A_14_P124801 pregled 19p12 pregled PBX4

homeobox pre-B-stanica leukemije 4 pregled, 1.010E-06 pregled 0.0028 pregled A_14_P118423 pregled Xq28 pregled * RAS RAB39B
članice onkogen obitelj pregled, 1.573E-06 pregled 0,0043 pregled A_14_P134602 pregled 17q11.2 pregled NF1
neurofibromin 1
1.802E-06 pregled 0,0050 pregled A_14_P120351 pregled 5q31.1 pregled IL5
interleukin 5 (faktor stimulacije kolonija, eozinofila) pregled, 1.988E-06 pregled 0.0055 pregled A_14_P125637 pregled 6q16.1 pregled ** EPHA7
EPH receptor A7 pregled, 2.153E-06 pregled 0.0059 pregled A_14_P100300 pregled 13q12-P14 pregled SMAD9
Smad član obitelji 9 pregled 2.525E-06 pregled 0,0070 pregled A_14_P201681 pregled 7p21.1 pregled ITGB8
integrin, beta 8 pregled 2,589 E-06 pregled 0,0071 pregled A_14_P130112 pregled Xp22.2 pregled * RAB9A pregled
RAB9A, RAS članice onkogen obitelj pregled, 2.949E-06 pregled 0,0081 pregled A_14_P120484
1q41 pregled RPS6KC1
ribosomalni proteina S6 kinaze, 52 kDa, polipeptid 1 pregled 3.052E-06 pregled 0.0084 pregled A_16_P16709446 pregled 4q13.1 pregled ** EPHA5
Ef receptor A5 pregled, 3.584E-06 pregled 0,0099 pregled A_14_P201127 pregled 2q32 pregled DLX2
udaljenih manje homeobox 2 pregled, 3.703E-06 pregled 0,0102 pregled A_14_P126957 pregled 11p11.2 pregled ** SPI1
formiranje slezena fokus virus (SFFV) viralne integracija onkogena pregled 4.334E-06 pregled 0,0119 pregled A_14_P104667 pregled 8q22.2 pregled STK3
serin /treonin kinaze 3 pregled, 4.386E-06 pregled 0,0121 pregled A_14_P137889 pregled 14q13.3 pregled NKX2-8
pregled NK2 homeobox 8 pregled 5.393E-06 pregled 0,0149 pregled A_14_P109970 pregled 1p36.1-p35 pregled ** EPHB2
Ef B2 receptora pregled 6.637 E-06 pregled 0.0183 pregled A_14_P118116 pregled Xp21.2 pregled DMD
distrofin pregled 8.087E-06 pregled 0,0223 pregled A_16_P01378894 pregled 5q34 pregled ATP10B
ATPaze, klasa V, tip 10B pregled 8.165E-06. pregled 0,0225 pregled A_14_P139456 pregled 17q25.1 pregled * RAB37
RAS članova onkogen obitelj pregled, 1.001E-05. pregled 0,0276 pregled A_14_P111361 pregled 17q21.2 pregled KRT33B
keratin 33B pregled 1.069E-05. pregled 0,0295 pregled A_14_P134909
19p13.3-p13.2 pregled INSR
receptora inzulina pregled 1.110E-05 pregled 0,0306 pregled A_16_P02740008 pregled 13q12 pregled ATP8A2
ATPaze , aminophospholipid transporter, klasa I, tip 8A, član 2 pregled, 1.129E-05 pregled 0,0311 pregled A_14_P102858 pregled 1q42 pregled KIAA1804
mješoviti loza kinaze 4 pregled, 1.155E -05 pregled 0,0318 pregled A_14_P113857 pregled 12p13 pregled ** ETV6
ets varijanta 6 pregled 1.172E-05 pregled 0,0323 pregled A_14_P115054 pregled 16q22.3 pregled ZFHX3
cink prst homeobox 3 pregled, 1.180E-05 pregled 0,0325 pregled A_14_P138431 pregled 1p32-P31 pregled ROR1
receptora tirozin kinaze, kao što su siroče receptor 1 pregled 1,209 E-05 pregled 0,0333 pregled A_18_P22746653 pregled 3p25.3 pregled ATP2B2
ATPaze, Ca ++ prijevoz, plazma membrana 2 pregled, 1.282E-05.
0,0353 pregled A_14_P105811 pregled 11q13 pregled MEN1
multipla endokrina neoplazija sam
1.318E-05 pregled 0,0363 pregled A_14_P136621
18q11.2 pregled CDH2
kadherina 2, tip 1, N-kadherina (neurona) pregled, 1.420E-05 pregled 0,0391 pregled A_14_P103176 pregled 1p34.3
** EPHA10 pregled</sub></sup>