lignaggi genetici di indifferenziato di tipo carcinomi gastrici analizzati da raggruppamento senza sorveglianza del DNA genomico dati di microarray

lignaggi genetici di indifferenziato di tipo carcinomi gastrici analizzati da raggruppamento senza sorveglianza dei dati di microarray di DNA genomico
Abstract
sfondo
Si sospetta che presto carcinoma gastrico (GC) è una variante dormiente che progredisce raramente a GC avanzata. Abbiamo dimostrato che le varianti in sospeso e aggressive di adenocarcinomi tubolari (vasche) dello stomaco sono caratterizzate da perdita di MYC
e guadagno di TP53
e guadagno di MYC
e /o perdita di TP53
, rispettivamente. Lo scopo di questo studio è quello di determinare se questo è anche il caso in GC indifferenziata tipo (UGC) di diverse linee genetiche: una con una struttura a strati (LS +), derivati ​​da inizio sigillo carcinomi a cellule ad anello (SIG), e l'altra , adenocarcinomi per lo più scarsamente differenziati, senza LS, ma con una componente tubolare minore (TC), dedifferenziato da vasche (LS /TC +)
. Metodi
Utilizzando 29 stomaco chirurgicamente asportati con 9 intramucoso e 20 gli UGC invasive (11 LS + e 9 LS /TC +), 63 campioni di DNA genomico di mucosa e parti invasive e DNA di riferimento corrispondenti sono stati preparati da, tessuti inclusi in paraffina fissati in formalina con microdissezione laser, e sono stati sottoposti a basata su array ibridazione genomica comparativa (CGH), utilizzando 60K microarrays, e la successiva senza supervisione, il clustering gerarchico. Di 979 geni correlati al cancro valutati, abbiamo selezionato geni con numero di copie medie significativamente diversi tra i due maggiori gruppi.
Risultati commercio basato sulla somiglianza nella genomica profilo copia-numero, i 63 campioni sono stati classificati in due grandi gruppi. Cluster A e B, che erano ricchi di LS + UGC e LS /TC + UGC rispettivamente, erano discriminati sulla base di 40 geni. Il modello aggressivo è stata più frequentemente rilevata nel LS /TC + gli UGC, (20/26; 77%), rispetto al + LS gli UGC (17/37; 46%; p = 0,0195), mentre nessun modello dormiente è stata rilevata in una delle i campioni UGC.
Conclusioni
in contrasto con vasche, copiare alterazioni numero di MYC
e TP53
mostrato un modello aggressivo in LS + SIG in fasi precoci e avanzate, che indica che i primi LS + UGC inevitabilmente progressi per un GC avanzata. Cluster B (arricchito in LS /TC +) esposto più frequente guadagno di geni conducente e un modello aggressivo più frequenti rispetto Cluster A, suggerendo potenzialmente peggiore prognosi a UGC di gruppo B.
Sfondo
carcinoma gastrico (GC) hanno stata classificata istologicamente in intestinale, diffusa e tipi classificati da Lauren [1] e il tipo non classificati è stato ulteriormente suddiviso in tipi solidi e misti da Carneiro [2]. Il carcinoma gastrico indifferenziata-type (UGC) secondo la classificazione giapponese [3] sovrappone principalmente GC scarsamente differenziato, che comprende non solo il tipo diffuso compresi carcinoma sigillo (SIG), ma anche il tipo solido e tipo misto con tubolari minore componente (TC).
Recentemente è stato proposto che avanzata diffusa di tipo GC possono derivare sia da inizio diffuso-tipo o di tipo intestinale GC. adenocarcinoma tubolare ben differenziato (TUB) può trasformarsi in adenocarcinoma scarsamente differenziati (POR) dopo il silenziamento dei geni di adesione relativi cellulari tra cui CDH1
[4, 5]. Tipo carcinomi misto di Carneiro possono quindi sovrapporsi vasche dedifferenziate. E 'stato riportato che il tasso di sopravvivenza dei pazienti con tipo misto GC era significativamente più bassa rispetto a quella dei pazienti con GC di altri tipi [2], mentre il tasso di sopravvivenza dei pazienti CG primi con SIG era superiore a quella dei pazienti GC senza SIG [6]. Così gli UGC possono essere suddivisi in sottogruppi con diversa prognosi. Recentemente, un programma di massa di screening per i neuroblastomi [7-9] è stato sospeso in Giappone a causa di una discontinua lignaggio genetico è stato osservato tra il precoce ed i neuroblastomi tardo-presentazione. neuroblastomi negativi e tardo-presentazione (≥1 anno) esposte quasi diploidia con il terminale 1p cancellazione, mentre neuroblastomi positivi nei neonati esposti quasi triploidia senza 1p eliminazione [10, 11]. Per eseguire tale sottogruppi, abbiamo classificato gli UGC basati sulla continuità di linee genetiche, nonché l'espressione di marcatori morfologici lignaggio.
Nostra analisi lignaggio utilizzando cromosomica ibridazione genomica comparativa (CGH) è basata su marcatori lignaggio morfologici distintivi. Una struttura a strati (LS) rappresenta una fase incipiente di sviluppo SIG [12] ed è comunemente mantenuta anche in una fase avanzata nello stomaco umano. Nelle regioni tumorali con LS, la modalità di proliferazione cellulare assomiglia a quella nella mucosa gastrica. E si ritiene che le cellule tumorali restano confinati alla mucosa quanto crescono a formare LS [13]. La nostra stirpe analisi ha confermato che POR con LS è stato derivato da intramucoso SIG, mentre POR senza LS e con una TC minore (< 30%), è stata derivata dalla TC [14, 15]. Tuttavia, la TC non è stato sempre derivato dal TUB precoce, ma potrebbe anche essere derivato da SIG, mentre LS è stata appena derivato da TUB [15]. Pertanto, come marcatore lignaggio morfologica, LS può avere la priorità rispetto TC. Inoltre, si osservano gli UGC senza LS o TC a causa della perdita secondaria di questi marcatori, che ci ha spinto ad adottare CGH array (aCGH) e gruppo senza sorveglianza analisi dei dati aCGH per classificare gli UGC esclusivamente sulla base di somiglianza nel numero di copie del genoma . Profile In differenziato tipo carcinomi gastrici (DGCS), la nostra recente lignaggio aCGH a base di analisi hanno rivelato due lignaggi genetici: una con la perdita di copia-numero di MYC
e guadagno di TP53
copia-numero (MYC perdita e TP53 +
), un modello in sospeso, e l'altro con il guadagno di copia-numero di MYC
e /o copia-numero di TP53
(MYC +
e /o TP53 -

-), un modello aggressivo. Il modello dormiente rappresentato il 70% dei campioni di carcinoma intramucoso e la metà dei campioni intramucoso parte dei carcinomi invasivi. Le parti invasive di carcinomi invasivi per lo più esposti il ​​modello aggressivo numero di copie alterazione (CNA). Quando la parte intramucoso di un cancro avanzato stato dormiente, il lignaggio era discontinua tra la mucosa e le parti invasive. Pertanto, il MYC
- /TP53
+ e MYC
+ e /o TP53
-. Modelli di CNA possono essere le firme di vasche in sospeso e aggressivi, rispettivamente, [16]
Nel presente studio, campioni di DNA genomico della mucosa e parti invasive di UGC precoci e avanzate sono stati preparati e sottoposti a copie del gene numero analisi utilizzando aCGH, seguita da cluster analysis senza sorveglianza dei dati aCGH. Sulla base di questi risultati, abbiamo esaminato relazione tra i marcatori lignaggio morfologici e genetici e identificati diversi geni marcatori lignaggio utili per UGC.
Metodi
Il Institutional Review Board di etica medica presso Shiga University of Medical Science approvato questo studio sulla condizione che i campioni UGC utilizzati erano anonimi. consenso informato scritto non era necessario perché questo studio retrospettivo utilizzato campioni d'archivio
campioni di tessuto
Questo studio ha incluso 29 chirurgicamente asportati, tamponate fissati in formalina, incluse in paraffina gli UGC:. 20 con LS in almeno una parte del tumore (LS + , 9 intramucosaltumours e 11 tumori invasivi) e 9 senza LS ma contenente una piccola TC (LS /TC +, tutti i tumori invasivi) (Tabella 1). TC è stato definito come un componente adenocarcinoma ben differenziato o moderatamente comprendente ≤ 30% dell'intera tumorale [15]. Tutti i campioni sono stati selezionati tra i casi diagnosticati GC nel nostro reparto dal 1997 al 2011. intramucoso LS + pazienti UGC media di 57,6 anni (range 48-79) e pazienti con LS invasive + UGC 60,2 anni (range 48-79) e pazienti con LS invasiva /TC + UGC 62,2 anni (range, 50-75). La classificazione macroscopica è stata determinata secondo la classificazione giapponese di cancro gastrico con stadiazione TNM [3] .table 1 Riassunto delle caratteristiche clinico-patologici di 29 UGC
caso non
Età /sesso
Size di mucosa lesione (cm)
tipo macroscopico *
tipo istologico *
regione di campionamento per aCGH
profondità dell'invasione †
LN meta †
fase †
intramucoso parte
parte invasiva
LS
non LS
TC
M101
79 /F
8,5 × 4,0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9.5 × 5.0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (IIc )
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6.0 × 5.0
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1.5 × 1.2
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1.2 × 1.0
0 (IIc)
SIG
+ -
-
T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4.0 × 2.5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6.0 × 2.8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5.3 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0.9 × 0.8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5.0 × 3.0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12.0 × 8.5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11.5 × 7.0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12.0 × 6.5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIB
A108
46 /M
4.0 × 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI NI
-
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3.8 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2)
N0
IA
A110
57 /M
5.5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3.7 × 3.0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4.0 × 3.8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 × 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5.5 × 3.0 3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N3
IV
A205
54 /M
7.4 × 5.8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N0
II
A206
67 /F
5.5 × 4.0 4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (SI)
N2
IV
A207
52 /M
6.0 × 4.0 4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0 2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2.3 × 0.8 3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA
* classificazione giapponese di carcinoma gastrico, modificato
† . TNM classificazione
gli UGC
, indifferenziate carcinomi gastrici; aCGH
, Array CGH; LN
, Linfonodo, LS
, struttura a strati; TC
, componente tubolare; SIG
, Sigillo carcinoma a cellule ad anello; POR
, adenocarcinoma scarsamente differenziato; POR1
, POR solido; POR2
, POR non-solido; TUB2
, moderatamente differenziato adenocarcinoma; MUC
, mucinoso adenocarcinoma; m
, mucose; sm
, sottomucosa; mp propria
, muscolari; ss
, subserora; se
, l'esposizione sierosa; SI
, l'invasione alle strutture adiacenti; M
, Maschio; F
, Maschio; NT
, non testato; NI
, non informativo. Valutazione
LS
LS è stato definito come in uno studio precedente [17]. In breve, LS +
regioni avevano piccole cellule di carcinoma confinati stroma a livello della ghiandola-collo, che a poco a poco differenziato a cellule ad anello con castone in superficiali (e profonda) lamina propria (Figura 1a). L'assenza di LS in regioni intramucosa del tumore è stata definita da quattro modelli: 1) fornitura di cellule di carcinoma piccole sulle mucose muscularis in SIG, 2) adenocarcinoma mucinoso, 3) POR e 4) la presenza di un TC (Figura 1b f). apparenze Figura 1 istologici di parti intramucoso di indifferenziato di tipo carcinomi gastrici (UGC). Un componente carcinoma a cellule anello con sigillo (SIG) con una struttura stratificata nel caso A107 (a). cellule piccole carcinoma sono distribuiti nella parte più profonda appena sopra o nelle mucose muscolare in un componente SIG nel caso M109 (b). Un componente mucinoso adenocarcinoma in caso A107 (c). Un componente adenocarcinoma scarsamente differenziato in caso SM106 (d). componenti tubolari minori nei casi SM105 e SM201, rispettivamente (e, f). microdissezione
laser e la preparazione del DNA
campioni di tessuto tumorali sono stati ottenuti da sezioni di tessuto a 5 micron di spessore che utilizzano un sistema di microdissezione laser LMD6000 (Leica Microsystems, Wetzlar, Germania). Per i tumori invasivi, campioni di DNA sono stati ottenuti sia dal intramucoso e le parti invasive. Per ogni campione, tessuti tumorali sono stati ottenuti da un'area >, 6 mm 2, in cui le cellule tumorali rappresentato ≥70% della conta totale delle cellule. I campioni di tessuto sono stati digeriti in 200 mg /ml di proteinasi K soluzione per circa 72 ore a 37,0 ° C e il DNA genomico estratto con fenolo /cloroformio.
amplificazione del genoma intero
DNA del campione è stato amplificato utilizzando il kit GenomePlex Whole Genome Amplification ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. Per alcuni campioni di DNA che non poteva essere sufficientemente amplificati, è stato impiegato il kit WGA5 (Sigma).
Array CGH
Un oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, Stati Uniti d'America) è stato utilizzato in questo studio, secondo le istruzioni del produttore. In breve, i campioni di DNA del tumore e di controllo amplificati erano non-enzimaticamente etichettati con rispettivamente Cy5 e Cy3, usando il DNA ULS Labelling Kit Genome (Agilent) ed in modo competitivo ibridato al microarray. Le immagini di matrice ibridate state catturate utilizzando uno scanner microarray di DNA (Agilent) e quindi l'intensità di fluorescenza del tumore e controllo a ciascun punto della sonda è stato calcolato Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). I dati dell'array sono stati normalizzati utilizzando Genomic Ver.5.0 software Workbench (Agilent). Le posizioni di oligomeri sono basati sui 2009 gruppo Genoma Umano ottobre (hg19). utili e perdite Copy-numerici sono stati definiti come variazioni del logaritmo in base 2 del tumore per fare riferimento rapporto di intensità del segnale (T /R) superiore rispettivamente 0,3219 e meno di -0,3219,.
Cluster analisi
Per eseguire romanzo sottotipo di campioni UGC in base al profilo genomico similarità in questo studio, un senza sorveglianza cluster analysis gerarchica è stata applicata in tutto 63 campioni provenienti da 29 casi UGC utilizzando i programmi cluster 3.0 e software TreeView. L'algoritmo di clustering è stato impostato per completare il clustering linkage usando una correlazione uncentered. Per attivare la cluster analysis senza supervisione, abbiamo eseguito la riduzione imparziale nel numero della sonda da circa 60.000 a diverse migliaia di sonde. A questo scopo, abbiamo selezionato grandi geni perché il maggior numero di sonde corrispondenti ha migliorato rapporto segnale-rumore dei numeri rappresentativi di copie di geni. La strategia non supervisionato ci ha permesso di impostare uno standard interno per convalidare i risultati di clustering; i profili numero di copie in campioni dello stesso tumore dovrebbe essere più simili di qualsiasi profilo del numero di copie di un altro tumore, perché le alterazioni del gene nel processo di carcinogenesi sono in gran parte comuni tra i campioni dello stesso tumore analizza
. statistica
Le differenze di tabelle di contingenza sono stati valutati per la significatività statistica utilizzando il test esatto di Fisher. A P < 0.05 (2 lati) è stato considerato statisticamente significativo. test t
del Welch è stato utilizzato per valutare la differenza di numero medio di copie di DNA per ogni sonda tra i due gruppi di campioni. La correzione di Bonferroni è stato utilizzato per correggere per confronti multipli.
Risultati
campioni analizzati con CGH array
campioni di tessuto sono stati asportati da 29 campioni GC archiviati da microdissezione laser. La popolazione campione di tessuto incluse 11 regioni (da 9 intramucoso SIG), di cui 9 regioni erano LS + e gli altri due LS, 26 regioni (da 11 LS + invasiva UGC), di cui 10 sono stati LS + regioni delle mucose, 8 erano mucosa LS regioni e 8 erano le regioni invasive, e 26 regioni (da 9 LS /TC + invasive gli UGC): 9. intramucoso POR, 9 intramucoso TC e 8 regioni invasive
genoma copia numero alterazioni
Un grafico della aberrazione genetica penetranza per tutti i cromosomi viene mostrato per LS + UGC e LS /TC + UGC rispettivamente in Figura 2a e Figura 2b,. utili e le perdite di copia-numero erano più comuni nei LS /TC + UGC che in LS + UGC. Le più frequenti guadagni copia-numero sono stati rilevati in 3q26 (7-63 campioni), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) e 12p12 (6/63), mentre i più frequenti perdite copia-numero sono stati trovati a 7q36 (5/63) e 12p12 (5/63). Figura 2 Frequenza delle alterazioni copia-numero a livello cromosomico. La percentuale dei campioni che hanno CNAs per ciascun cromosoma LS + UGC (a) e LS /TC + UGC (b). Gli utili e le perdite sono indicati con rosso e verde, rispettivamente.
Alterazioni Copy-numerici (CNA) comuni a tutti i campioni dallo stesso tumore sono stati chiamati i cambiamenti stemline [14] e stimato a verificarsi nelle fasi più precoci della tumorigenesi e essere inerente in lignaggio tumore. Stemline guadagni di 3q26 sono stati rilevati in 2/20 casi di LS invasivi + UGC e nessuno di LS invasive /TC + UGC. Al contrario, sono stati rilevati aumenti stemline di 5p15, 8p23 e 12p12 in 2/9 casi di LS invasive /TC + UGC ma in nessun caso di invasive LS + UGC. Nessuna perdita stemline sono stati rilevati in ogni caso di UGC.
Studi precedenti utilizzando cromosomica o un array CGH analisi [19-27] hanno riferito che frequenti CNA nei tumori gastrici (comune ad entrambi UGC e DGC) erano guadagni cromosomiche a 3q, 5p, 7p, 8q, 13q, 17q, 20p e 20q, e le perdite a 4q, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q e 21q. Nei UGC esaminati nel presente studio, il tutto riportato in precedenza CNA sono stati osservati eccetto guadagni a 17q e 20p e le perdite a 5q e 6q. Gli utili a 8p e 12p erano comuni in LS /TC + UGC. Copy-numero guadagni a 8q24 erano comuni a entrambi i tipi di UGC, con 4/20 casi di LS + UGC e 3/9 casi di LS invasive /TC + gli UGC, ma questi non sono stati stemline modifiche. Selezione
imparziale dei geni che riflette l'intero profilo genoma
Per classificare i campioni UGC in base alla somiglianza globale nel profilo di copie di geni cambiamenti numerici, abbiamo utilizzato senza supervisione cluster analysis gerarchica. A questo scopo, è stato necessario ridurre il numero di sonde geniche usati nell'analisi cluster da 60K a diverse migliaia. Il ridotto numero di geni dovrebbe ancora riflettere l'intero profilo genoma se imparziale selezionato. Per soddisfare queste condizioni, abbiamo selezionato geni basato unicamente sulla dimensione dei geni (il numero di sonde corrispondenti). prove Dopo ripetute di cluster analysis utilizzando geni di varie dimensioni minime (o numeri sonda per gene), abbiamo osservato che la maggior parte CNAs dallo stesso tumore sono stati raggruppati più strettamente di qualsiasi campioni provenienti da un altro caso UGC quando abbiamo analizzato solo i geni con 3 o più sonde per gene:. per un totale di 5019 geni
Classificazione di UGC utilizzando cluster analysis gerarchica
Abbiamo applicato un algoritmo di clustering gerarchico bidimensionale senza supervisione, per un totale di 63 campioni di DNA da 29 UGC. I campioni sono stati classificati in due grandi gruppi A e B, in base alla somiglianza nel profilo genoma (Figura 3). Di 63 campioni, 30 LS + UGC sono stati classificati in gruppo A e solo il 7 in gruppo B. Per LS /TC + gli UGC, 8 campioni sono stati classificati in gruppo A e 18 nel gruppo B. Tutti LS intramucoso + UGC sono state incluse nel grappolo A. Clusters A e B erano significativamente differenti proporzioni di sottotipi morfologici (P = 0,0001). Figura 3 Unsupervised analisi dei cluster gerarchica dei dati basata su array comparative genomic ibridazione (aCGH). Gene utili e le perdite copia-numero sono indicati con colore rosso e verde, rispettivamente. Un totale di 63 campioni provenienti da 29 UGC sono stati classificati in due grandi gruppi: i campioni A e B. La maggior parte di LS + UGC sono stati inclusi nel gruppo A e la maggior parte delle /dei campioni TC + UGC LS erano nel gruppo B. Tutte le LS intramucoso + UGC sono stati inclusi nella gruppo A.
del numero di copie alterazioni di MYC
e TP53
Utili a 8q24 erano alterazioni comuni agli LS + e LS /TC + UGC. I geni rappresentativi situati a questo locus è MYC.
Gli utili di MYC
sono stati rilevati in 2/11 di intramucoso LS + gli UGC (18,2%), 6/26 di LS + UGC (23,1%) e 8/26 di invasivo LS /TC + gli UGC (30,1%). Il modello aggressivo (MYC +
e /o TP53
-) è stato rilevato in 6/11 di intramucoso LS + gli UGC (54,5%), 11/26 di LS invasive + gli UGC (42,3%) e 20/26 di LS invasive - /TC + UGC (76,9%; la figura 4). Pertanto, il modello aggressivo è stato più frequentemente rilevata nel LS invasive /TC + UGC che in LS + gli UGC (P = 0,0195). Il modello dormiente (MYC
- e TP53 +
), non è stata rilevata in nessuno dei campioni UGC, anche quelli da intramucoso CV (Figura 4). Figura 4 array CGH dati di MYC e TP53 in LS + UGC e LS /TC + UGC. LS + UGC sono divisi in tumori intramucoso e tumori invasivi. I numeri indicano il logaritmo in base 2 dei test /riferimento rapporti di intensità del segnale di array di dati CGH. gli utili e le perdite significative sono indicati con il rosso e verde, rispettivamente. I campioni contrassegnati con e senza margine grigio sono inclusi nel gruppo B e gruppo A, rispettivamente in Figura 3.
numero della copia alterazioni di geni diversi MYC
o TP53
Come accennato in precedenza, 5p15 è stato uno dei più frequenti siti di guadagno in LS invasivo /TC + gli UGC (8/26; 30,7%), ma non è stato rilevato in uno qualsiasi dei 37 intramucoso e LS invasive + gli UGC (Figura 2). I geni bersaglio si trovano a questo locus possono includere la telomerasi inversa gene della trascrittasi (TERT
) perché un TERT
guadagno è stato più frequentemente rilevata nel LS invasive /TC + UGC di intramucoso e invasive LS + gli UGC (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (Figura 5). Al contrario, le perdite di TERT
sono stati rilevati in campioni di 4/37 intramucoso e LS invasive + gli UGC (10,8%), ma non in LS invasive /TC + UGC. Figura 5 Array CGH dati di geni diversi MYC e TP53 con significativamente diverso rapporto T /R tra UGC cluster A e B. sono divisi in gruppi A e B che sono stati determinati in figura 3. La mappa di calore indica il logaritmo in base 2 del esame /di riferimento rapporti di intensità del segnale di array di dati CGH. Gli utili e le perdite sono indicati con rosso e verde, rispettivamente.
Test t
di Welch è stata eseguita per confrontare il rapporto T /R media tra i campioni in gruppo A e quelli di gruppo B ad ogni loci 2756 sonda di 979 cancro geni -related. Quaranta-tre sonde geniche, appartenenti a 40 geni, era significativamente diversi rapporti medi T /R tra i cluster A e B ad un livello di P < 0.05 dopo la correzione di Bonferroni (Tabella 2). Dei 40 geni, 6 geni (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
e ter
), tra proto-oncogeni, sono stati implicati in una maggiore tumore crescita, e 8 geni (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EphB2
, EPHA10
e TRIO
) in dell'invasione /metastasi e 3 geni (APC, NF1
e MEN1
) nella soppressione del tumore (tabella 2). La maggior parte di log 2 rapporti T /R dei 43 distintivi sonde geniche erano di segno opposto tra cluster A e B, con maggiore in valore assoluto a grappolo B (figura 5) .table 2 Elenco 40 geni che hanno significativamente CNAs diverso tra i cluster A e B
nome della sonda
Località
nome di Gene
Descrizione
P-value
pvalue dopo la correzione di Bonferroni
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
distrofina
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- Q22
APC
poliposi adenomatosa coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4Q11-q12
* KIT
v -KIT Hardy-Zuckerman 4 sarcoma felino virale omologo oncogene
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-q14
SMAD9
SMAD membro della famiglia 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
RAS membri oncogene famiglia
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
crescita fattore di differenziazione 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus oncogene omologo 1 (aviaria) E26
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

caderina 18, di tipo 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPasi, classe II, tipo 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
pre-B-cell leucemia homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAS RAB39B
membri oncogene famiglia
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleuchina 5 (fattore stimolante le colonie, eosinofili)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH recettore A7
2.153E-06
0.0059
A_14_P100300
13q12-q14
SMAD9
SMAD membro della famiglia 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrina, beta 8
2.589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, RAS membri oncogene famiglia
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomiale proteina S6 chinasi, 52 kDa, polipeptide 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH recettore A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distale-meno homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
milza fuoco formando virus (SFFV) provirale oncogene integrazione
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serina /treonina chinasi 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8
NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EphB2
Ef recettore B2
6,637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
distrofina
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPasi, classe V, tipo 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
RAS membri oncogene famiglia
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
cheratina 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
recettore dell'insulina
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPasi , transporter aminophospholipid, classe I, tipo 8A, membro 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
mista lignaggio chinasi 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ETS variante 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
homeobox dito di zinco 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
recettore tirosin-chinasi-like recettore orfano 1
1.209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPasi, Ca ++ trasporto, membrana plasmatica 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
neoplasia endocrina multipla I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
caderina 2, di tipo 1, N-caderina (neuronale)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr virus infetta adenocarcinoma gastrico esprime trascritti virali latenti e litici ed ha una distinta espressione del gene umano profile
• Il proteoma del liquido gastrico distintivo nel carcinoma gastrico rivela un profile