Genetische lineages van ongedifferentieerde-type maagcarcinomen door onbewaakte clustering van genoom DNA microarray geanalyseerd data

genetische lineages van ongedifferentieerde-type maagcarcinomen door onbewaakte clustering van genomische DNA microarray data
De abstracte Achtergrond geanalyseerd
Er wordt vermoed dat de vroege maagcarcinoom (GC) is een slapende variant die zelden ontwikkelt tot geavanceerde GC. We hebben aangetoond dat de slapende en agressieve varianten van buisvormige adenocarcinomen (Tubs) van de maag worden gekenmerkt door het verlies van MYC Kopen en winst van TP53 Kopen en winst van MYC Kopen en /of verlies van TP53
, respectievelijk. Het doel van dit onderzoek is om te bepalen of dit ook het geval in ongedifferentieerde type GC (UGCs) van verschillende genetische groepen: een met een gelaagde structuur (LS +), afgeleid van vroege zegelring cell carcinoma (SIG) en de andere , meestal slecht gedifferentieerde adenocarcinomen, zonder LS maar met een kleine buisvormige component (TC), gededifferentieerde uit tubs (LS- /TC +).
Methods
met behulp van 29 chirurgisch weggesneden magen met 9 darmslijmvlies en 20 invasieve UGCs (11 LS + en 9 LS- /TC +), 63 genomische DNA-stalen van mucosale en invasieve onderdelen en overeenkomstige referentie DNA's werden bereid uit in formaline gefixeerde, in paraffine ingebedde weefsels met lasermicrodissectie, en werden onderworpen aan array gebaseerde vergelijkende genomische hybridisatie (aCGH), met behulp van 60K microarrays, en de daaropvolgende zonder toezicht, hiërarchische clustering. Van 979 kanker-gerelateerde genen onderzocht, selecteerden we genen met gemiddelde aantal kopieën significant verschillend tussen de twee grote clusters.
Resultaten
basis van vergelijkbaarheid in genomisch kopieaantal profiel werden de 63 monsters onderverdeeld in twee belangrijke clusters. Clusters A en B, die rijk LS + UGC en LS- /TC + UGC waren respectievelijk gediscrimineerd op basis van 40 genen. De agressieve patroon werd vaker aangetroffen in LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), dan in LS + UGCs (17/37; 46%; P = 0,0195), terwijl er geen slapende patroon in een van werd ontdekt de UGC monsters.
Conclusies
in tegenstelling tot tubs, kopiëren aantal wijzigingen van MYC Kopen en TP53
vertoonde een agressief patroon in LS + SIG in de vroege en gevorderde stadia, wat aangeeft dat de vroege LS + UGCs onvermijdelijk ontwikkelen tot een geavanceerde GC. Cluster B (verrijkt in LS- /TC +) vertoonden vaker winst van bestuurder genen en vaker agressieve patroon dan cluster A, wat suggereert potentieel slechtere prognose in UGCs van cluster B. achtergrond
Maagcarcinoom (GC) hebben is histologisch ingedeeld in de darm, diffuus en niet-geclassificeerde types van Lauren [1] en de niet-geclassificeerde soort werd verder verdeeld in vaste en gemengde types door Carneiro [2]. Ongedifferentieerde type maagcarcinoom (UGC) volgens de Japanse indeling [3] grotendeels overlapt slecht gedifferentieerde GC, die niet alleen de diffuse zin omvat waaronder zegelring celcarcinoom (SIG), maar ook het vaste type en de gemengde met kleine buisvormige component (TC).
Onlangs is voorgesteld dat geavanceerde diffuse type GC kan resulteren uit ofwel vroeg diffuse type of intestinale type GC. Goed gedifferentieerd buisvormige adenocarcinoom (TON) kan transformeren in slecht gedifferentieerde adenocarcinoom (POR) na de silencing van cel-adhesie-gerelateerde genen waaronder CDH1
[4, 5]. Carneiro's gemengd type carcinomen kunnen dus overlappen gededifferentieerde tubs. Vermeld is dat de overleving van de patiënten met gemengde type GC significant lager dan die van de patiënten met GC andere types [2], terwijl het overlevingspercentage van vroege GC patiënten met SIG hoger dan die van GC patiënten was zonder SIG [6]. Aldus UGCs worden onderverdeeld in subgroepen met verschillende prognose. Onlangs heeft een massa-screening programma voor neuroblastomen [7-9] werd gesuspendeerd in Japan, omdat een discontinue genetische afkomst werd waargenomen tussen de vroege als de late presentatie van neuroblastomen. Negatieve en late-presenterende (≥1 jaar) neuroblastomen, vertoonde bijna-diploïdie met terminale 1p deletie, terwijl positieve neuroblastomen bij baby's tentoongesteld in de buurt van-triploïdie zonder 1p verwijdering [10, 11]. Om dergelijke subgroepen uitvoeren, hebben we UGCs ingedeeld op basis van de continuïteit van genetische lijnen en het voorkomen van bepaalde lineage markers.
Onze lineage analyse met chromosomale vergelijkende genomische hybridisatie (CGH) is gebaseerd op kenmerkende morfologische lineage markers. Een gelaagde structuur (LS) staat voor een beginnende fase van SIG ontwikkeling [12] en wordt vaak zelfs vastgehouden in een vergevorderd stadium in de menselijke maag. Tumor gebieden met LS, de wijze van celproliferatie lijkt op dat in de normale maagslijmvlies. En men gelooft dat tumorcellen beperkt blijven tot het slijmvlies zover ze groeien tot de LS [13] te vormen. Onze lijn analyses bevestigden dat POR LS was afgeleid van het darmslijmvlies SIG, terwijl POR zonder LS en met een kleine TC (< 30%) werd verkregen uit TC [14, 15]. De TC niet altijd afgeleid van vroeg TUB ook bereikt kunnen worden door SIG, terwijl LS nauwelijks was afgeleid van TUB [15]. Daarom, als een morfologische lineage marker, LS kan voorrang hebben op TC. Bovendien worden UGCs zonder LS of TC door secundaire verlies van deze markers waargenomen, hetgeen ons ertoe aan te nemen array CGH (aCGH) en zonder toezicht cluster analyse van de aCGH gegevens UGCs classificeren uitsluitend op basis van overeenkomst in het genomische kopij .
In gedifferentieerde-type maagcarcinomen (DGCs), onze recente aCGH-gebaseerde lineage analyses onthulde twee genetische lijnen: een met een kopie-aantal verlies van MYC
en kopie-aantal winst van TP53
(MYC Catawiki - en TP53 +
), een slapende patroon, en de andere met de kopie-aantal winst van MYC Kopen en /of kopiëren nummer verlies van TP53
(MYC + Kopen en /of TP53 Catawiki -), een agressief patroon. De slapende patroon goed voor 70% van het darmslijmvlies carcinoom monsters en de helft van het darmslijmvlies deel monsters van invasieve carcinomen. De invasieve delen van invasieve carcinomen meestal tentoongesteld de agressieve copy number verandering (CNA) patroon. Wanneer het darmslijmvlies van een geavanceerde kanker slapende was, het geslacht was discontinue tussen de mucosale en invasieve onderdelen. Daarom is de MYC Catawiki - /TP53
+ en MYC
+ en /of TP53
-. CNA patronen kunnen handtekeningen van de slapende en agressief Tubs zijn respectievelijk [16]
In de huidige onderzoek, genomische DNA-monsters van het mucosale en invasieve delen van de vroege en gevorderde UGCs werden bereid en onderworpen aan een gen copy-nummer analyses met behulp van aCGH, gevolgd door ongecontroleerde cluster analyse van de aCGH data. Gebaseerd op deze resultaten, we onderzocht relatie tussen morfologische en genetische afstamming markers en identificeerde een aantal handige lineage marker genen voor UGC.
Methods
De Institutional Review Board Medische Ethiek aan Shiga University of Medical Science goedgekeurd deze studie op voorwaarde dat de UGC monsters die werden gebruikt waren anoniem. Schriftelijke informed consent was niet nodig omdat deze retrospectieve studie gebruikt archiefmateriaal monsters
weefselmonsters
Deze studie omvatte 29 chirurgisch weggesneden, gebufferde formaline gefixeerde, in paraffine ingebedde UGCs:. 20 met LS in ten minste een deel van de tumor (LS + , 9 en 11 intramucosaltumours invasieve tumoren) en 9 zonder LS doch met een kleine TC (LS- /TC + alle invasieve tumoren) (Tabel 1). TC werd gedefinieerd als een goed tot matig gedifferentieerde adenocarcinoom omvattende ≤ 30% van de gehele tumor [15]. Alle monsters werden geselecteerd uit GC gevallen gediagnosticeerd in onze afdeling van 1997 tot 2011. darmslijmvlies LS + UGC patiënten gemiddeld 57,6 jaar (range, 48-79) en patiënten met invasieve LS + UGCs 60,2 jaar (range, 48-79) en patiënten met invasieve LS- /TC + UGCs 62,2 jaar (range, 50-75). De macroscopische classificatie werd bepaald volgens de Japanse classificatie van maagkanker met TNM enscenering [3] .table 1 Samenvatting van de klinisch-pathologische kenmerken van 29 UGCs
Case geen
Leeftijd /geslacht
Size van mucosale laesie (cm)
Macroscopische type *
Histologisch type *
Sampling regio aCGH
Diepte van de invasie †
LN meta †
Stage †
darmslijmvlies deel
Invasieve deel
LS
niet LS
TC

M101
79 /F
8,5 × 4,0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9,5 × 5,0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1.4 × 0.8
0 (IIc )
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6,0 × 5,0
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1,5 × 1.2
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1,2 x 1,0
0 (IIc)
SIG
+
-
- T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4.0 x 2.5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5,3 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG
- T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT
- NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5,0 x 3,0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG
- POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 x 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
tub2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR
- NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
A108
46 /M
4,0 × 2,8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI
- POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3,8 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR
- SIG
T1 (SM2)
N0
IA
A110
57 /M
5,5 × 2,2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR
- POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC
- POR /tub2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4,0 × 3,8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG
- POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4,5 x 2,0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG
- POR /tub2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5,5 × 3,0
3
POR2 > TC > POR1
- POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7.4 × 5.8
5
POR2 > TC > POR1
- POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N0
II
A206
67 /F
5,5 × 4,0 verhuur 4
POR2 > TC > POR1
- POR /tub2
+
NT
T4 (si)
N2
IV
A207
52 /M
6.0 × 4.0 verhuur 4
POR1 > POR2 > SIG > TC
- POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0 2
POR1 > TC
- POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA
* Japanse classificatie van maagkanker, bewerkt
† . TNM classificatie
UGCs
, Onzichtbare maag carcinomen; aCGH
, Array CGH; LN
, Lymfeklier, LS
, gelaagde structuur; TC
, Tubular component; SIG
, Signet ring cell carcinoma; POR
, slecht gedifferentieerd adenocarcinoom; POR1
, Solid POR; POR2
, Non-massief POR; Tub2
, Matig gedifferentieerd adenocarcinoom; MUC
, Mucineuze adenocarcinoom; m
, slijmvliezen; sm
, submucosa; mp
, gespierd propria; ss
, subserora; se
, serosal blootstelling; si
, invasie aan aangrenzende constructies; M
, man; F
, vrouw; NT
, niet getest; NI
, niet informatief. Werd
LS evaluatie
LS gedefinieerd als in een eerdere studie [17]. In het kort, LS +
regio's hadden kleine carcinoom cellen beperkt tot de stroma in de klier-nek-niveau die geleidelijk gedifferentieerd om zegelring cellen in de oppervlakkige (en diep) lamina propria (figuur 1a). Aangezien LS in het darmslijmvlies gebieden van de tumor werd gedefinieerd door vier patronen: 1) contact van kleine carcinoomcellen de muscularis mucosae in SIG, 2) mucineus adenocarcinoom, 3) POR en 4) de aanwezigheid van een TC (figuur 1b- f). Figuur 1 Histologische verschijningen van het darmslijmvlies delen van ongedifferentieerde-type maagcarcinomen (UGCs). Een zegelring celcarcinoom (SIG) component met een gelaagde structuur bij A107 (a). Kleine carcinoomcellen verdeeld in het diepere gedeelte boven of in de muscularis mucosae in een SIG component bij M109 (b). Een mucineuze adenocarcinoom component bij A107 (c). Een slecht gedifferentieerd adenocarcinoom component in het geval SM106 (d). Kleine buisvormige componenten in gevallen SM105 en SM201, respectievelijk (e, f).
Laser microdissectie DNA bereiding
Tumor weefselmonsters werden verkregen uit 5-um dikke weefselcoupes met een LMD6000 laser microdissectie systeem (Leica Microsystems, Wetzlar, Duitsland). Voor invasieve kankers, werden DNA verkregen uit zowel het darmslijmvlies en invasieve onderdelen. Voor elk monster werden kanker weefsel van een gebied > 6 mm 2, waarbij kankercellen goed voor ≥70% van de totale celtelling. Weefsel monsters werden gedigereerd in 200 ug /ml proteinase K oplossing gedurende ongeveer 72 uur bij 37,0 ° C en genomisch DNA geëxtraheerd met fenol /chloroform.
Totaal genoom amplificatie
Monster DNA werd geamplificeerd met behulp van de GenomePlex Whole Genome Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. Voor sommige DNA-monsters die niet voldoende kon worden versterkt, de WGA5 Kit (Sigma) werd gebruikt.
Array CGH
Een oligo microarray CGH (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) werd gebruikt in deze studie, volgens de instructies van de fabrikant. Kortom, het geamplificeerde tumor en controle DNA-monsters waren niet-enzymatisch gemerkt met Cy5 en Cy3, respectievelijk, met de Genome DNA ULS Labelling Kit (Agilent) en competitief gehybridiseerd aan de microarray. De gehybridiseerde reeks beelden werden opgenomen met een DNA microarray scanner (Agilent) en de fluorescentie-intensiteit van de tumor en controle aan elke sonde punt werd berekend door Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). De array gegevens werden genormaliseerd met behulp van Genomic Workbench software Ver.5.0 (Agilent). De posities van oligomeren op basis van het Human Genome februari 2009 assemblage (hg19). Copy-nummer winsten en verliezen werden gedefinieerd als veranderingen in de logaritme tot de basis 2 van de tumor om het signaal intensiteit verhouding (T /R) van meer dan 0,3219 en minder dan -0,3219, respectievelijk verwijzen.
Cluster analyse Belgique Om voeren nieuwe subtypering van UGC monsters op basis van genomisch profiel overeenkomst in deze studie werd een ongecontroleerde hiërarchische clusteranalyse aangelegd over 63 monsters van 29 UGC gevallen met de cluster 3,0 en TreeView software. De clustering algoritme werd ingesteld op linkage clustering te voltooien met behulp van een uncentered correlatie. Om onbewaakte cluster analyse mogelijk te maken, hebben we uitgevoerd onpartijdige vermindering van probe aantal van circa 60.000 tot enkele duizenden probes. Hiervoor selecteerden we grote genen omdat het grotere aantal overeenkomstige probes resulteerden in een verbeterde signaal-ruisverhouding van de representatieve gen kopieaantallen. De onbewaakte strategie stelde ons in staat om een ​​interne standaard ingesteld op clustering resultaten te valideren; het kopieaantal profielen in monsters van dezelfde tumor zou meer dan een vergelijkbare kopiegetal profielen van andere tumor omdat het gen veranderingen in het proces van carcinogenese grotendeels gebruikelijk bij de monsters uit dezelfde tumor.
Statistische analyses
verschillen in kruistabellen werden beoordeeld op statistische significantie met behulp van Fisher's exact test. Een P < 0,05 (2-zijdig) werd beschouwd als statistisch significant. Welch t Electronics Test werd gebruikt om het verschil in gemiddelde DNA kopieaantal voor elke probe tussen twee clusters van monsters te evalueren. De Bonferroni correctie werd gebruikt om te corrigeren voor meervoudige vergelijkingen.
Resultaten
monsters geanalyseerd met array CGH
weefselmonsters van 29 gearchiveerde GC exemplaren werden uitgesneden door laser microdissectie. Het weefselmonster populatie bestond 11 regio's (van 9 darmslijmvlies SIG's), waarvan 9 regio's waren LS + en de andere twee LS-, 26 regio's (van 11 LS + invasieve UGC), waarvan er 10 werden LS + mucosale regio's, 8 waren LS- mucosale regio's en 8 waren invasieve regio's, en 26 regio's (van 9 LS- /TC + invasieve UGCs): 9. darmslijmvlies POR, 9 intramucosale TC en 8 invasieve regio
genoom breed exemplaar aantal wijzigingen
Een plot van de genetische afwijking penetrantie voor alle chromosomen wordt getoond LS + en LS- UGCs /TC + UGCs in Figuur 2a en Figuur 2b, resp. Copy-nummer winsten en verliezen werden vaker in LS- /TC + UGCs dan in LS + UGCs. De meest voorkomende copy-nummer winsten werden gedetecteerd op 3q26 (7/63 monsters), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) en 12p12 (6/63), terwijl de meest voorkomende copy-nummer verliezen werden gevonden op 7q36 (5/63) en 12p12 (5/63). Figuur 2 Frequentie van de kopie-aantal veranderingen op het chromosoom niveau. Het percentage van de monsters die CNA's hebben in elk chromosoom in de LS + UGCs (a) en LS- /TC + UGCs (b). Winsten en verliezen worden aangegeven met rode en groene, respectievelijk.
Copy-aantal veranderingen (CNA's) gemeenschappelijk voor alle monsters uit dezelfde tumor stemline veranderingen [14] werden genoemd en naar schatting optreden bij het vroegste stadium van tumorgenese en zijn inherent in tumorcellen lineage. Stemline winsten van 3q26 werden gedetecteerd in 2/20 gevallen van invasieve LS + UGCs en geen van invasieve LS- /TC + UGCs. Daarentegen werden stemline winsten van 5p15, 8p23 en 12p12 gedetecteerd in 2/9 gevallen van invasieve LS- /TC + UGCs maar in geen geval van invasieve LS + UGCs. Geen stemline verliezen werden ontdekt in alle gevallen van UGCs.
Vorige studies met behulp van chromosomale of array CGH analyses [19-27] gemeld dat frequent CNA's in maagkanker (voor beide UGC en DGC) waren chromosomale winsten op 3q, 5p, 7p, 8Q, 13q, 17q, 20p en 20q, en verliezen bij 4Q, 5q, 6Q, 9p, 17p, 18q en 21q. In de in deze studie onderzocht UGCs, alle eerder gerapporteerde CNA's werden waargenomen, behalve winsten op 17q en 20p en verliezen aan 5q en 6Q. Winsten bij 8p en 12p waren gebruikelijk in LS- /TC + UGCs. Copy-nummer winsten op 8q24 waren gebruikelijk in beide soorten UGCs, met 4/20 gevallen van LS + UGCs en 3/9 gevallen van invasieve LS- /TC + UGCs, maar deze werden niet veranderingen stemline.
Onpartijdige selectie van genen reflecterende het gehele genoom profiel Belgique Om UGC monsters classificeren op basis van de totale overeenkomst in het profiel van genkopienummer veranderingen, gebruikten we onbewaakte hiërarchische clusteranalyse. Hiervoor was het nodig om het aantal gen-probes gebruikt in de clusteranalyse van 60K tot enkele duizenden verminderen. De verminderde aantal genen moet nog steeds weerspiegelen het hele genoom profiel als onpartijdig geselecteerd. Om aan deze voorwaarden te voldoen, selecteerden we genen uitsluitend gebaseerd op de grootte van genen (het aantal overeenkomstige probes). Na herhaalde proeven van cluster analyses met behulp van genen van verschillende minimale afmetingen (of probe nummers per gen), we hebben geconstateerd dat de meeste CNA's uit dezelfde tumor dichter bij elkaar werden geclusterd dan monsters uit een andere UGC geval wanneer we alleen genen geanalyseerd met 3 of meer probes per gen:. een totaal van 5019 genen
Indeling van UGC het gebruik van hiërarchische clusteranalyse
We pasten een onbewaakte tweedimensionale hiërarchische clustering algoritme, tot een totaal van de 63 DNA-monsters van 29 UGCs. De monsters werden onderverdeeld in twee belangrijke clusters A en B, op basis van overeenkomst in het genoom profiel (figuur 3). Van 63 monsters, 30 LS + UGCs werden ingedeeld in cluster A en slechts 7 in cluster B. Voor LS- /TC + UGCs, werden 8 monsters ingedeeld in cluster A en 18 in cluster B. Alle darmslijmvlies LS + UGCs werden opgenomen in cluster A. Clusters A en B hadden significant verschillende verhoudingen van morfologische subtypes (P = 0,0001). Figuur 3 Unsupervised hiërarchische cluster analyse van array-gebaseerde vergelijkende genomische hybridisatie (aCGH) gegevens. Gene copy-nummer winsten en verliezen worden aangegeven met rood en groen, respectievelijk. Een totaal van 63 monsters van 29 UGCs werden ingedeeld in twee grote clusters: A en B. De meeste monsters LS + UGCs werden opgenomen in bundel A en meest LS- /TC + UGCs monsters werden in cluster B. Alle darmslijmvlies LS + UGCs opgenomen in cluster A.
Kopie aantal veranderingen van MYC Kopen en TP53
Winsten op 8q24 waren gemeenschappelijke wijzigingen voor zowel LS + en LS- /TC + UGCs. De vertegenwoordiger van de genen zich op deze locus is MYC.
Winsten van MYC
werden gedetecteerd in 2/11 van het darmslijmvlies LS + UGCs (18,2%), 26/06 van LS + UGC (23,1%) en 26/08 van invasieve LS- /TC + UGCs (30,1%). De agressieve patroon (MYC + Kopen en /of TP53
-) werd gedetecteerd in 6/11 van het darmslijmvlies LS + UGCs (54,5%), 26/11 van invasieve LS + UGCs (42,3%) en 20/26 van invasieve LS - /TC + UGCs (76,9%; figuur 4). Daarom werd het dynamische profiel vaker waargenomen bij invasieve LS- /TC + UGCs dan LS + UGCs (P = 0,0195). De slapende patroon (MYC Catawiki - en TP53 +
) werd niet gedetecteerd in een van de UGC monsters, zelfs die van het darmslijmvlies GC (figuur 4). Figuur 4 Array CGH gegevens van MYC en TP53 in LS + UGCs en LS- /TC + UGCs. LS + UGCs zijn verdeeld in het darmslijmvlies kanker en invasieve kankers. Cijfers betekenen de basis 2 logaritme van de test /referentiesignaal intensiteit verhoudingen van array CGH data. Aanzienlijke winsten en verliezen worden aangegeven met rode en groene, respectievelijk. De gemarkeerd met en zonder grijze marge monsters worden opgenomen in cluster B en cluster A, respectievelijk in Figuur 3.
Kopieer aantal wijzigingen anders dan MYC golfreizen of TP53 genen
Zoals hierboven vermeld, 5p15 was een van de meest voorkomende gain sites in invasieve LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), maar werd niet gedetecteerd in de 37 darmslijmvlies en invasieve LS + UGCs (figuur 2). Het doel genen zich op deze locus kan de telomerase omvatten reverse transcriptase-gen (TERT
), omdat een tert
winst werd vaker aangetroffen in invasieve LS- /TC + UGCs dan het darmslijmvlies en invasieve LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (Figuur 5). Daarentegen verliezen TERT
werden gedetecteerd in 4/37 monsters van het darmslijmvlies en invasieve LS + UGCs (10,8%), maar niet in invasieve LS- /TC + UGCs. Figuur 5 array CGH data anders dan MYC en TP53 genen met significant verschillende T /R verhouding tussen clusters A en B. UGCs zijn verdeeld in clusters A en B is bepaald in figuur 3. De warmte kaart geeft de basis 2 logaritme van de test /referentiesignaal intensiteit verhoudingen van array CGH data. Winsten en verliezen worden aangegeven met rode en groene, respectievelijk.
Welch t
test werd uitgevoerd om de gemiddelde T /R-verhouding tussen de monsters in cluster A en die in cluster B te vergelijken bij elke 2756 probe loci van 979 kanker gerelateerde genen. Veertig-drie gen-probes, die tot 40 genen, hadden significant verschillende gemiddelde T /R verhoudingen tussen clusters A en B op een niveau van P < 0,05 na Bonferroni-correctie (tabel 2). Van de 40 genen, 6 genen (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
en tert
), met inbegrip van proto-oncogenen, zijn betrokken bij verbeterd tumor groei, en 8 genen (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EphB2
, EPHA10 Kopen en TRIO
) in invasie /metastasering en 3 genen (APC, NF1 Kopen en MEN1
) in tumor suppressie (tabel 2). Meeste log 2 T /R verhoudingen van de 43 onderscheiden gensondes waren tegengesteld teken tussen clusters A en B, met een grotere absolute waarden cluster B (figuur 5) .table 2 Lijst van 40 genen die CNA's aanzienlijk hebben verschillend tussen clusters A en B
Probe naam
Locatie
naam van Gene
Beschrijving
P-waarde
p-waarde na Bonferroni correctie
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrofine
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- Q22
APC
adenomateuze polyposis coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4Q11-Q12
* KIT
v -kit Hardy-Hartsuiker 4 katachtige sarcoom viraal oncogeen homoloog
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familielid 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
lid RAS oncogen familie
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
groei differentiatie factor 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 oncogen homoloog 1 (aviaire)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadherine 18, type 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPase, klasse II, het type 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4 Gids pre-B-cel leukemie homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
lid RAS oncogen familie
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukine 5 (-kolonie stimulerende factor, eosinofiele)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familielid 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrine, bèta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, lid RAS oncogen familie
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomale proteïne S6 kinase, 52 kDa, polypeptide 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distale-less homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
milt nadruk vormen virus (SFFV) provirale integratie oncogen
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serine /threonine kinase 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8

NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EphB2
Eph receptor B2
6,637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrofine
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPase, klasse V, type 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
lid RAS oncogen familie
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratine 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insuline-receptor
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , aminofosfolipide transporter, klasse I, het type 8A, lid 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
mixed lineage kinase 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets variant 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
zinkvinger homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
receptor tyrosine kinase-achtige orphan receptor 1
1.209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPase, Ca ++ vervoeren, plasmamembraan 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
meerdere endocriene neoplasie I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadherine 2, type 1, N-cadherine (neuronale)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr virus geïnfecteerde maagdarmkanker uitdrukt latente en lytische virale transcripten en heeft een uitgesproken menselijk gen expressie profiel
• De kenmerkende maagsap proteoom bij maagkanker blijkt dat er een multi-biomarker diagnostische profiel