Генетические происхождений желудочных карцином недифференцированные типа проанализированных неконтролируемой кластеризации данных микрочипов геномной ДНК

Генетические происхождений желудочных карцином недифференцированные типа проанализированных неконтролируемой кластеризации данных микрочипов геномной ДНК
Аннотация
Справочная информация
Есть подозрение, что рано рак желудка (GC) является бездействующим вариант, который редко прогрессирует к расширенному GC. Мы показали, что спящие и агрессивные варианты трубчатых аденокарциномы (бадьи) желудка характеризуются потерей MYC
и усиления TP53
и усиления MYC
и /или потери TP53
, соответственно. Целью данного исследования является определить, является ли также случай в ШС недифференцированные типа (UGCs) различных генетических линий: одна со слоистой структурой (LS +), полученных из карцином кольца клеток раннего Signet (Sigs), а другой , в основном слабо дифференцированной аденокарциномы, без LS, но с незначительной трубчатой ​​составляющей (ТС), дедифференцируются из бадьи (LS- /TC +).
Методы
Использование 29 резецировали хирургическим желудки с 9 intramucosal и 20 инвазивных UGCs (11 LS + и 9 LS- /ТК +), 63 геномных ДНК образцов слизистых оболочек и инвазивные частей и соответствующих ссылочных ДНК получали из фиксированных формалином, погруженных в парафин тканей с лазерным микродиссекции, и были подвергнуты на основе массивов сравнительная геномная гибридизация (aCGH), с использованием микрочипов 60 тысяч, а последующие неконтролируемых, иерархическую кластеризацию. 979 связанных с раком генов оцениваемых, выбранные нами гены со средними числом копий значительно отличаются между двумя основными кластерами.

Результаты На основе сходства в геномную профиле копирования число, то 63 образцы были разделены на две основные кластеры. Кластеры А и В, которые были богаты LS + UGC и LS- /TC + UGC, соответственно, подвергались дискриминации на основе 40 генов. Агрессивный рисунок был более часто обнаруживается в LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), чем в LS + UGCs (17/37; 46%, р = 0,0195), в то время как не в состоянии покоя образец не был обнаружен ни в одном из Образцы UGC.
Выводы
в отличие от бадьи, число копий переделок MYC
и TP53
выставлялись агрессивный рисунок в LS + SIG на ранних и поздних стадиях, показывая, что ранние LS + UGCs неизбежно прогрессировать продвинутый GC. Кластер B (обогащенная /TC LS-+) выставлены более частое усиление генов водителя и более частой, чем агрессивный рисунок кластера А, предполагая, потенциально худший прогноз в UGCs из кластера B.
Справочная информация
карциномы желудка (GC) имеют были классифицированы гистологически в кишечных, диффузной и несекретных типов Лорен [1] и несекретные типа была разделена на твердые и смешанные типы с помощью Карнейро [2]. Желудочный карцинома недифференцированная типа (УГК) в соответствии с японской классификации [3] в основном перекрывает низкодифференцированного GC, который включает не только диффузный тип включая перстневидно-клеточного рака (SIG), но и твердого типа и смешанного типа с малой трубчатой компонент (ТС).
Недавно было высказано предположение, что расширенный диффузного типа GC может происходить от любого раннего диффузного типа или кишечного типа GC. Хорошо дифференцированная трубчатые аденокарциномы (туб) может превратиться в малодифференцированных аденокарциномы (ПОР) после глушителей клеточных генов, связанных с адгезией включая CDH1
[4, 5]. смешанные карцином типа КАРНЕЙРУ может, таким образом, перекрывать дедифференцированные ваннами. Сообщалось о том, что выживаемость пациентов с смешанного типа ШС был значительно ниже, чем у пациентов с ГКС других типов [2], в то время как коэффициент выживаемости ранних больных ГХ с SIG была выше, чем у пациентов, GC без SIG [6]. Таким образом UGCs можно разделить на подгруппы с разным прогнозом. В последнее время программа массового скрининга нейробластомы [7-9] было приостановлено в Японии из-за разрывной генетическая линия наблюдалась между ранне- и позднеспелых представления нейробластомы. Отрицательные и позднеспелые представления (≥1 год) нейробластомы выставлены почти диплоидности с терминала 1р удаления, тогда как положительные нейробластомы у детей раннего возраста выставлены почти триплоидии без 1р удаления [10, 11]. Для выполнения такой подгруппой, мы классифицировали UGCs основанные на преемственности генетических линий, а также выражения морфологических маркеров линии преемственности.
Наш анализ клонов с использованием хромосомной сравнительной геномной гибридизации (CGH) было основано на отличительных морфологических маркеров родословной. Слоистая структура (LS) представляет собой зарождающуюся фазу развития SIG [12] и обычно сохраняется даже на продвинутой стадии в желудке человека. В регионах с опухолевыми LS, режим пролиферации клеток напоминает, что в нормальной слизистой оболочке желудка. И считается, что опухолевые клетки остаются приурочены к слизистой оболочке, насколько они растут, чтобы сформировать LS [13]. Наша родословная анализ подтвердил, что ПОР с LS была получена из intramucosal SIG, в то время как ПОР без LS и с небольшим TC (&ЛТ; 30%), была получена из ТС [14, 15]. Тем не менее, ТС не всегда происходит от раннего ВАННЕ, но также может быть получена из SIG, в то время как LS была едва получена из TUB [15]. Поэтому, в качестве морфологического маркера направления дифференцировки, LS может иметь приоритет над ТС. Кроме того, UGCs без LS или ТС из-за вторичного потери этих маркеров наблюдается, что побудило нас принять массив CGH (aCGH) и неконтролируемой кластерный анализ данных aCGH классифицировать UGCs исключительно на основе сходства геномного числа копий . профиль

• Вирус Эпштейна-Барр инфицированных аденокарциномы желудка выражает скрытые и литические вирусных транскрип…
• Отличительная желудка протеом жидкости при раке желудка показывает диагностический profile