Genetiske linjer av udifferensiert-type mage karsinom analysert ved unsupervised clustering av genomisk DNA microarray data

Genetiske linjer av udifferensiert-type mage karsinom analysert ved unsupervised clustering av genomisk DNA microarray data
Abstract
Bakgrunn
Det er mistanke om at tidlig magekreft (GC) er en sovende variant som sjelden utvikler seg til avansert GC. Vi viste at de sovende og aggressive varianter av rørformede adenokarsinomer (kar) i magen er preget av tap av MYC Hotell og gevinst på TP53 Hotell og gevinst på MYC Hotell og /eller tap av TP53
, henholdsvis. Målet med denne studien er å finne ut om dette er også tilfelle i udifferensiert-type GCer (UGCs) av ulike genetiske linjer: en med en lagdelt struktur (LS +), som stammer fra tidlig signetring cellekreft (SIGs), og den andre , for det meste dårlig differensierte adenokarsinomer, uten LS, men med en mindre rørformet komponent (TC), dedifferensieres fra badekar (LS- /TC +).
Metoder
Bruke 29 kirurgisk resected magene med 9 intramucosal og 20 invasive UGCs (11 LS + og 9 LS- /TC +), 63 genomiske DNA-prøver av slimhinne og invasive deler og tilsvarende referanse DNA ble fremstilt fra formalinfikserte, parafininnstøpte vev med laser mikrodisseksjon, og ble utsatt for matrisebaserte komparativ genomisk hybridisering (aCGH), bruker 60K mikromatriser, og påfølgende uten tilsyn, hierarkisk clustering. Av 979 kreftrelaterte gener vurdert, valgte vi gener med gjennomsnittlige kopiantall vesentlig forskjellig mellom de to store klynger.
Resultater
Basert på likhet i genomisk kopinummerprofil, ble de 63 prøvene klassifisert i to store klynger. Klynger A og B, som var rike på LS + UGC og LS- /TC + UGC, henholdsvis, ble diskriminert på basis av 40 gener. Den aggressive mønsteret ble oftere påvist i LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), enn i LS + UGCs (17/37, 46%; p = 0,0195), mens ingen sovende mønster ble påvist i noen av UGC prøvene.
Konklusjoner
i motsetning til kar, kopiere antall endringer av MYC Hotell og TP53
utstilt en aggressiv mønster i LS + SIG på tidlige og avanserte stadier, noe som indikerer at tidlig LS + UGCs uunngåelig utvikle seg til en avansert GC. Cluster B (anriket i LS- /TC +) viste hyppigere gevinst på driver gener og en hyppigere aggressiv mønster enn cluster A, noe som tyder på potensielt dårligere prognose i UGCs av klynge B.
Bakgrunn
Gastric karsinom (GC) har blitt klassifisert histologisk inn intestinal, diffus og uklassifiserte typer av Lauren [1] og Uklassifisert typen ble videre delt inn i faste og blandede typer av Carneiro [2]. Den udifferensiert type gastrisk karsinom (UGC) i henhold til den japanske klassifiseringen [3] for det meste overlapper dårlig differensiert GC, som omfatter ikke bare den diffuse type som innbefatter signet ring karsinom (SIG), men også den faste type og blandet type med mindre rørformet komponent (TC).
Nylig har det blitt foreslått at avanserte diffuse-type GC kan stamme fra enten tidlig diffus-type eller tarm-type GC. Vel differensiert rørformet adenokarsinom (TUB) kan forvandle seg dårlig differensiert adenokarsinom (POR) etter stanse av celle vedheft relaterte gener inkludert CDH1 product: [4, 5]. Carneiro blandede typen karsinomer kan dermed overlappe dedifferensierte kar. Det har blitt rapportert at overlevelsen av pasientene med blandet-type GCer var signifikant lavere enn den til pasienter med GCer på andre typer [2], mens overlevelsesrate på begynnelsen av GC pasienter med SIG var høyere enn for GC pasientene uten SIG [6]. Således UGCs kan være oppdelt i undergrupper med forskjellig prognose. Nylig ble en masse-screening-programmet for neuroblastomer [7-9] suspendert i Japan fordi en usammenhengende genetisk avstamning ble observert mellom tidlig- og sen-presentere neuroblastomer. Negative og sen-presentasjon (≥1 år) neuroblastomer utstilt nesten diploidy med terminal 1p sletting, mens positive neuroblastomer hos spedbarn utstilt nær-triploidy uten 1p sletting [10, 11]. For å utføre en slik undergruppering, har vi klassifisert UGCs basert på kontinuiteten av genetiske linjene så vel som ekspresjon av morfologiske avstamning markører.
Vår avstamning analyse ved hjelp av kromosomal komparativ genomisk hybridisering (CGH) var basert på morfologiske sært avstamning markører. En lagdelt struktur (LS) representerer en begynnende fase av SIG utvikling [12] og er vanligvis bibeholdes selv på et avansert stadium i magesekken hos mennesket. I tumor regioner med LS, modusen av celleproliferasjon ligner den i normal gastrisk mucosa. Og det er antatt at tumorceller være begrenset på mukosa så langt som de vokser for å danne de LS [13]. Vår avstamning analyser bekreftet at POR med LS ble avledet fra intramucosal SIG, mens POR uten LS og med en mindre TC (< 30%), ble avledet fra TC [14, 15]. Imidlertid TC var ikke alltid er avledet fra tidlig TUB, men kan også være avledet fra SIG, mens LS ble neppe avledet fra TUB [15]. Derfor, som en morfologisk avstamning markør, kan LS ta prioritet over TC. I tillegg er UGCs uten LS eller TC grunn av sekundære tap av disse markørene observert, noe som fikk oss til å adoptere rekke CGH (aCGH) og uten tilsyn klynge analyser av aCGH data til å klassifisere UGCs utelukkende på grunnlag av likhet i genomisk kopiantall . profil
i differensiert-type mage karsinom (DGCs), vår siste aCGH baserte avstamning analyser avslørte to genetiske linjene: ett med kopi-antall tap av MYC Hotell og kopiere antall gevinst på TP53 plakater (MYC
- og TP53 +
), en sovende mønster, og den andre med kopitall gevinst på MYC Hotell og /eller kopiere antall tap av TP53 plakater (MYC + Hotell og /eller TP53
-), en aggressiv mønster. Den sovende mønster stod for 70% av intramucosal karsinom prøver og en halv av de intramucosal del prøver av invasive karsinomer. De invasive deler av invasive karsinomer meste utstilt aggressive kopiantallet endring (CNA) mønster. Når intramucosal del av et avansert kreft var sovende, avstamning var usammenhengende mellom slimhinnene og invasive deler. Derfor MYC
- /TP53
+ og MYC
+ og /eller TP53.
- CNA mønstre kan være underskrifter fra sovende og aggressive badekar, henholdsvis [16]
I den foreliggende studien ble genomisk DNA-prøver fra slimhinnene og invasive deler av tidlige og avanserte UGCs forberedt og utsatt for genet kopitall analyser med aCGH, etterfulgt av unsupervised cluster analyse av aCGH data. Basert på disse resultatene, undersøkte vi sammenhengen mellom morfologiske og genetiske avstamning markører og identifiserte flere nyttige avstamning markørgener for UGC.
Metoder
Institutional Review Board på medisinsk etikk ved Shiga University of Medical Science godkjent denne studien på betingelse at UGC prøvene som ble brukt var anonym. Skriftlig informert samtykke ble ikke nødvendig fordi denne retrospektive studien brukte arkivprøver
Vevsprøver
Denne studien inkluderte 29 kirurgisk resected, formalin-fast, parafin innebygd UGCs:. 20 med LS i minst en del av svulsten (LS + , 9 intramucosaltumours og 11 invasive tumorer) og 9 uten LS, men inneholdende en liten TC (LS- /TC +, alle invasive tumorer) (tabell 1). TC ble definert som en brønn eller moderat differensierte adenokarsinom komponent omfattende ≤ 30% av hele tumoren [15]. Alle prøvene ble valgt ut fra GC tilfeller diagnostisert i vår avdeling fra 1997 til 2011. Intramucosal LS + UGC pasienter i gjennomsnitt 57,6 år (range, 48-79) og pasienter med invasive LS + UGCs 60,2 år (range, 48-79) og pasienter med invasiv LS- /TC + UGCs 62,2 år (range; 50-75). Makroskopisk klassifisering ble bestemt i henhold til den japanske Klassifisering av magekreft med TNM staging [3] .table en oppsummering av clinicopathological kjennetegn ved 29 UGCs
Sak nr
Alder /kjønn
Size av mucosal lesjon (cm)
Makroskopisk type *
Histologisk type *
Sampling region for aCGH
Dybde invasjon †
LN meta †
Stage †
Intramucosal del
Invasive del
LS
ikke LS
TC <.no> M101
79 /F
8,5 × 4,0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9,5 × 5,0
0 (lic )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (lic )
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6,0 × 5,0
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1,5 × 1,2
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1,2 × 1,0
0 (IIc)
SIG
+ -
-
T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4,0 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (lic )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5,3 × 3,3
0 (lic + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5,0 × 3,0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106 72 /M
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIB
A108
46 /M
4,0 × 2,8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3,8 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2)
N0
IA
A110
57 /M
5,5 × 2,2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4,0 × 3,8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4,5 × 2,0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5,5 × 3,0
3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N0
II
A206
67 /F
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (si)
N2
IV
A207
52 /M
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA product: * japansk klassifisering av magekreft, endret
† . TNM klassifisering
UGCs
, Udifferensierte mage karsinom; aCGH
, Array CGH; LN
, lymfeknute, LS
, lagdelte strukturen; TC
, Tubular komponent; SIG
, Signet ring cell carcinoma; POR
, dårlig differensiert adenokarsinom; POR1
, Solid POR; POR2
, Ikke-solid POR; TUB2
, moderat differensiert adenokarsinom; MUC
, mucinous adenokarsinom; m
, slimhinner; sm
, submucosa; smp
, muskuløse propria; ss
, subserora; se
, serøse eksponering; si
, invasjon til tilstøtende strukturer; M
, Mann; F
, Kvinne; NT
, ikke testet; NI
, ikke informativ.
LS evaluerings
LS ble definert som i en tidligere studie [17]. I korte trekk, LS +
regioner hadde små carcinoma celler begrenset til stroma på kjertel-hals nivå som gradvis differensiert til signetringceller i den overfladiske (og dype) lamina propria (Figur 1a). Fraværet av LS i intramucosal områder av tumoren ble definert av fire mønstre: 1) kontakt av små karsinomceller til muscularis slimhinner i SIG, 2) mucinous adenokarsinom, 3) POR og 4) nærværet av en TC (figur 1b- f). Figur 1 Histologiske skinn av intramucosal deler av udifferensiert-type mage karsinom (UGCs). En signet ring karsinom (SIG) komponent med en lagdelt struktur i tilfelle A107 (a). Små karsinomceller er fordelt i den dypere del like over eller i muscularis slimhinner i en SIG komponent i tilfelle M109 (b). En mucinous adenokarsinom komponent i tilfelle A107 (c). En dårlig differensiert adenokarsinom komponent i tilfelle SM106 (d). Mindre rørformede komponenter i tilfeller SM105 og SM201, henholdsvis (e, f).
Laser mikrodisseksjon og DNA forberedelse
Tumor vevsprøver ble oppnådd fra 5-mikrometer tykke vevssnitt ved hjelp av en LMD6000 laser mikrodisseksjon system (Leica Microsystems, Wetzlar, Tyskland). For invasiv kreft, ble DNA-prøver hentet fra både intramucosal og invasive deler. For hver prøve ble cancervev oppnådd fra et område > 6 mm 2, hvori kreftceller utgjorde ≥70% av det totale celletall. Vevsprøver ble spaltet i 200 ug /ml proteinase K-oppløsning i ca. 72 timer ved 37,0 ° C og genomisk DNA ble ekstrahert med fenol /kloroform.
Antall genom-amplifikasjon
Prøve-DNA ble amplifisert ved hjelp av GenomePlex Antall Genome Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. For noen DNA-prøver som ikke kunne bli tilstrekkelig forsterket, ble WGA5 Kit (Sigma) benyttet.
Array CGH
En oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) ble brukt i denne studien, i henhold til produsentens instruksjoner. I korte trekk, de forsterkede tumor og kontroll DNA-prøvene var ikke-enzymatisk merket med henholdsvis Cy5 og Cy3, ved hjelp av Genome DNA ULS Merking Kit (Agilent) og konkurranse hybridisert til microarray. De hybridiserte array-bildene ble tatt med en DNA microarray scanner (Agilent) og deretter fluorescensintensiteten av svulsten og kontroll ved hver sonde dot ble beregnet ved Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Matrisen data ble normalisert ved hjelp Genomisk Workbench programvare Ver.5.0 (Agilent). Posisjonene til oligomerer er basert på 2009-enheten (hg19) Human Genome februar. Kopier-nummer gevinster og tap ble definert som endringer i logaritmen til basen 2 av svulsten til referansesignalet intensitet ratio (T /R) større enn 0,3219 og mindre enn -0,3219, henholdsvis.
Cluster analyse
Til utføre roman inndeling i undergrupper av UGC prøver basert på genomisk profil likhet i denne studien, ble en unsupervised hierarkisk klyngeanalyse brukes på tvers av 63 prøver fra 29 UGC tilfeller ved hjelp av Cluster 3.0 og Utforsker programmer. Den clustering algoritmen ble satt til å fullføre linkage clustering bruker en uncentered korrelasjon. For å aktivere unsupervised klyngeanalyse, utførte vi objektivt reduksjon i sonde tall fra rundt 60 000 til flere tusen av sonder. For dette formål har vi valgt store gener, fordi den større antall tilsvarende prober resultert i forbedret signal-til-støy-forholdet for de representative gen kopiantall. Den unsupervised strategi aktivert oss å sette en intern standard for å validere clustering resultater; kopiantallet profilene i prøver av det samme tumor bør være mer like enn noen kopi tallprofiler fra en annen tumor fordi genet endringer i prosessen av karsinogenese er stort sett vanlig blant prøver fra samme tumor.
Statistiske analyser
forskjeller i krysstabeller ble vurdert for statistisk signifikans ved hjelp av Fishers eksakte test. En P < 0,05 (to-sidig) ble betraktet som statistisk signifikant. Welch t
test ble anvendt for å evaluere forskjellen i midlere DNA kopiantallet for hver probe mellom to grupper av prøver. Den Bonferronikorreksjon ble brukt til å korrigere for multiple sammenligninger.
Resultater
Prøvene analyseres med rekke CGH
Vevsprøver ble fjernet fra 29 arkiv GC eksemplarer av laser mikrodisseksjon. Den vevsprøve befolkningen inkludert 11 regioner (fra 9 intramucosal SIGs), hvorav 9 regioner var LS + og de to andre LS-, 26 regioner (fra 11 LS + invasiv UGC), hvorav 10 var LS + slimhinne regioner, åtte var LS- slimhinne regioner og åtte var invasive regioner, og 26 regioner (fra 9 LS- /TC + invasive UGCs): 9. intramucosal POR, 9 intramucosal TC og 8 invasive regioner Genome bredt kopitall endringer Book En tomt på den genetiske avvik pene for alle kromosomene er vist for LS + UGCs og LS- /TC + UGCs i figur 2a og 2b, hhv. Kopier-nummer gevinster og tap var mer vanlig i LS- /TC + UGCs enn i LS + UGCs. De hyppigste kopinummer gevinster ble oppdaget 3q26 (7/63 prøver), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) og 12p12 (6/63), mens den hyppigste copy-nummer tap ble funnet på 7q36 (5/63) og 12p12 (5/63). Figur 2 Frekvens av kopinummer endringer på kromosomnivå. Prosentandelen av prøvene som har CNAs for hvert kromosom i LS + UGCs (a) og LS- /TC + UGCs (b). Gevinst og tap er merket med rødt og grønt, henholdsvis.
Kopitall endringer (CNAS) er felles for alle prøvene fra samme tumor ble kalt stemline endringer [14] og anslått til å skje på den tidligste fasen av tumorgenesen og til være iboende i tumor avstamning. Stemline gevinster av 3q26 ble påvist i 2/20 tilfeller av invasiv LS + UGCs og ingen av invasive LS- /TC + UGCs. Derimot ble stemline gevinster på 5p15, 8p23 og 12p12 påvist i 2/9 tilfeller av invasiv LS- /TC + UGCs men ikke i noe tilfelle av invasive LS + UGCs. Ingen stemline tap ble påvist i noen tilfeller av UGCs.
Tidligere studier med kromosom eller matrise CGH analyserer [19-27] rapporterte at hyppig CNAs i mage kreft (felles for både UGC og DGC) var kromosom gevinster på 3Q, 5p, 7p, 8Q, 13q, vED BETJENING 17Q, 20 p og 20Q, og tap i 4Q, 5q, 6Q, 9 p, 17p, 18q og 21q. I UGCs undersøkt i denne studien, alle tidligere rapportert CNAs ble observert unntatt gevinster ved VED BETJENING 17Q og 20p og tap på 5q og 6Q. Gevinst ved 8p og 12p var vanlig i LS- /TC + UGCs. Kopier-nummer gevinster på 8q24 var vanlig i begge typer UGCs, med 4/20 tilfeller av LS + UGCs og 3/9 tilfeller av invasiv LS- /TC + UGCs, men disse ble ikke stemline endringer.
Upartisk utvalg av gener som reflekterer hele genomet profilen
å klassifisere UGC prøver basert på det generelle likheten i profilen til genkopitallet endringer, brukte vi unsupervised hierarkisk klyngeanalyse. For dette formål var det nødvendig å redusere antallet gener som brukes i klyngeanalyse fra 60K til flere tusen. Den reduserte antall gener bør fortsatt gjenspeile hele genomet profilen hvis upartisk valgt. For å oppfylle disse betingelser, har vi valgt gener basert utelukkende på størrelsen av gener (antall tilsvarende prober). Etter gjentatte forsøk med cluster-analyser gener i ulike minstemål (eller probe tall per genet) bruker, observerte vi at de fleste CNAs fra samme svulst var gruppert tettere sammen enn noen smakebiter fra en annen UGC tilfelle når vi analyserte bare gener med tre eller flere prober per genet. totalt 5019 gener
Klassifisering av UGC hjelp hierarkisk klyngeanalyse
Vi søkte en unsupervised todimensjonal hierarkisk clustering algoritmen, til en sum av 63 DNA-prøver fra 29 UGCs. Prøvene ble klassifisert i to store grupper A og B, basert på likheten i genomet profil (figur 3). Av 63 prøver, 30 LS + UGCs ble klassifisert i cluster A og bare 7 i cluster B. For LS- /TC + UGCs ble 8 prøvene klassifisert i cluster A og 18 i cluster B. Alle Intramucosal LS + UGCs ble inkludert i klase A. Clusters A og B hadde signifikant forskjellige andeler av morfologiske undertyper (P = 0,0001). Figur 3 Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse av matrise-basert komparativ genomisk hybridisering (aCGH) data. Gene kopi-nummer gevinster og tap er merket med en rød og grønn, henholdsvis. Til sammen 63 prøver fra 29 UGCs ble klassifisert i to store klynger: A og B. De fleste prøver av LS + UGCs ble inkludert i klynge A og de fleste LS- /TC + UGCs prøvene var i klyngen B. Alle Intramucosal LS + UGCs ble inkludert i klynge A.
kopiantall endringer av MYC
og TP53
Gevinst ved 8q24 var vanlige forandringer for både LS + og LS- /TC + UGCs. De representative gener som ligger på dette locus er MYC.
Gevinst av MYC
ble påvist i 2/11 av Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 av LS + UGC (23,1%) og 8/26 av invasiv LS- /TC + UGCs (30,1%). Den aggressive mønster (MYC + Hotell og /eller TP53 Anmeldelser -) ble påvist i 6/11 av Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 av invasive LS + UGCs (42,3%) og 20/26 av invasive LS - /TC + UGCs (76,9%, figur 4). Derfor aggressive mønsteret ble oftere påvist i invasive LS- /TC + UGCs enn i LS + UGCs (P = 0,0195). Den sovende mønster (MYC
- og TP53 +
) ble ikke påvist i noen av UGC prøvene, selv de fra intramucosal GCer (figur 4). Figur 4 Array CGH data av MYC og TP53 i LS + UGCs og LS- /TC + UGCs. LS + UGCs er delt inn intramucosal kreft og invasiv kreft. Tallene betyr basen to logaritmen av test /referansesignalintensitetsforhold av Array CGH data. Betydelige gevinster og tap er markert med rødt og grønt, henholdsvis. Prøvene merket med og uten grå margin er inkludert i gruppen B og cluster A, henholdsvis, i figur 3.
kopitall forandringer av andre enn MYC
eller TP53 gener
Som nevnt ovenfor, 5p15 var en av de hyppigste gevinst steder i invasive LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), men ble ikke påvist i noen av de 37 intramucosal og invasive LS + UGCs (figur 2). Målgenene ligger på dette locus kan omfatte telomerase revers transkriptase-genet (TERT
) fordi en TERT
gevinst ble oftere påvist i invasive LS- /TC + UGCs enn intramucosal og invasive LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (figur 5). I motsetning til tap av TERT
ble påvist i 4/37 prøver av intramucosal og invasive LS + UGCs (10,8%), men ikke i invasive LS- /TC + UGCs. Figur 5 Array CGH data av andre enn MYC og TP53 gener med vesentlig forskjellige T /R-forholdet mellom grupper A og B. UGCs er delt inn i grupper A og B som ble bestemt i figur 3. Den varmekartet indikerer base 2 logaritmen av test /referansesignalintensitetsforhold av array CGH data. Gevinst og tap er merket med rødt og grønt, henholdsvis.
Welch t
test ble utført for å sammenligne gjennomsnittlig T /R forholdet mellom prøvene i klynge A og de i klynge B på hver 2756 sonde loci av 979 kreft -relaterte gener. Førti-tre gener, som hører til 40 gener, hadde signifikant forskjellig midlere T /R-forhold mellom grupper A og B på et nivå på P < 0.05 etter Bonferroni korreksjon (tabell 2). Av de 40 genene, 6 gener (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37 Hotell og TERT
), inkludert proto-onkogener, har vært innblandet i forbedret svulst vekst, og 8 gener (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10 Kjøpe og TRIO
) i invasjon /metastase og 3 gener (APC, NF1 Hotell og menn1
) i tumor undertrykkelse (tabell 2). De fleste av log 2 T /R-forhold av de 43 sært genprober var av motsatt fortegn mellom grupper A og B, med større i absoluttverdier i klynge B (figur 5) .table 2 Liste av 40 gener som har CNAs betydelig forskjellig mellom klynger A og B
Probe navn
Sted
navn Gene
Beskrivelse
P-verdi
p-verdi etter Bonferroni korreksjon
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrophin
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- Q22
APC
adenomatøs polypose coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4q11-q12 product: * KIT
v -kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarkom viral onkogen homolog
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familiemedlem 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3 product: * RAN
medlems RAS onkogen familie
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
vekstdifferensieringsfaktor 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 onkogen homolog 1 (fugleinfluensa)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadherin 18, type 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPase, klasse II, type 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4

pre-B-celle leukemi homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28 product: * RAB39B
medlems RAS onkogen familie
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin en
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukin 5 (koloni-stimulerende faktor, eosinofil)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH reseptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-Q14
SMAD9
SMAD familiemedlem 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
inte, beta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2 product: * RAB9A
RAB9A, medlems RAS onkogen familie
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomalt protein S6 kinase, 52 kDa, polypeptid en
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH reseptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distal-mindre homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
milt fokus forming virus (SFFV) førvirus integrering onkogen
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serin /treonin kinase 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8 <.no> NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EPHB2
Ef reseptor B2
6,637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrophin
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPase, klasse V, type 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1 product: * RAB37
medlems RAS onkogen familie
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratin
33B 1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insulinreseptoren
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , aminophospholipid transporter, klasse I, type 8A, medlem 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
blandet avstamning kinase 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets variant 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
sink finger homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
reseptortyrosinkinasehemming lignende orphan reseptor en
1,209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPase, Ca ++ transport, plasmamembran 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
menn1
multippel endokrin neoplasi I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadherin 2, type 1, N-cadherin (neuronal)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr-virus infisert adenokarsinom i ventrikkel uttrykker latente og lytiske viral transkripsjoner og har en distinkt menneskelig genekspresjon profile
• Den karakteristiske magesaft proteom- i magekreft avslører en multi-biomarkør diagnostisk profile