Geneettinen suvusta eriytymättömän-tyyppinen mahakarsinoomat analysoitiin ilman valvontaa klusterointi genomista DNA-siru data

Geneettinen suvusta eriytymättömän-tyyppinen mahakarsinoomat analysoitiin ilman valvontaa klusterointi genomista DNA-siru data
tiivistelmä
tausta
Arvellaan, että varhainen mahakarsinoo- (GC) on lepotilassa muunnos, joka harvoin etenee pitkälle GC. Olemme osoittaneet, että lepotilassa ja aggressiivinen variantit putkimainen adenokarsinoomat (porealtaat) vatsassa on ominaista menetys MYC
ja voitto TP53
ja voitto MYC
ja /tai menetystä TP53
, vastaavasti. Tutkimuksen tavoitteena on selvittää, onko tämä pätee myös eriytymättömissä-tyypin GC (UGCs) eri geneettinen suvusta: toisessa on kerrostettu rakenne (LS +), johdettu varhainen sinettisormus solukarsinoomat (sigs), ja toinen , enimmäkseen huonosti eriytetty adenokarsinoomat, ilman LS mutta pieni putkimainen komponentti (TC), dedifferentoituneiden alkaen porealtaat (LS- /TC +). Tool menetelmät
käyttäminen 29 kirurgisesti resektoitiin mahat 9 intramucosal ja 20 invasiivisia UGCs (11 LS + ja 9 LS- /TC +), 63 genomi-DNA-näytteet limakalvon ja invasiivisia osat ja vastaavat vertailutiedot-DNA: t valmistettiin formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotetut kudokset laser mikrodissektion, ja alistettiin array-pohjainen vertaileva genominen hybridisaatio (aCGH), käyttäen 60K mikrosirut, ja myöhemmin ilman valvontaa, hierarkkinen klusterointi. 979 syöpään liittyvien geenien arvioida, valitsimme geenit, jonka keskiarvo on kopio lukuihin merkittävästi erilainen kahden suuren klustereita.
Tulokset
perusteella samankaltaisuutta perimän kopioluvun profiilia, 63 näytteet luokiteltiin kahteen suureen klustereita. Klusterit A ja B, jotka olivat runsaasti LS + UGC ja LS- /TC + UGC vastaavasti olisi syrjitty perusteella 40 geenejä. Aggressiivinen kuvio oli useammin havaittiin LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), kuin LS + UGCs (17/37, 46%; p = 0,0195), kun taas ei lepotilassa mallia havaittu missään UGC näytteet.
Johtopäätökset
toisin Tubs, kopioiden määrä korjauksilla MYC
ja TP53
osoitti aggressiivinen malli LS + SIG varhaisessa ja myöhemmissä vaiheissa, mikä osoittaa, että varhainen LS + UGCs väistämättä edetä kehittynyt GC. Cluster B (rikastettu LS- /TC +) osoitti useammin etuasteen geenien ja useammin aggressiivinen kuviointi kuin klusteri A, mikä viittaa mahdollisesti huonompi ennustetta UGCs klusterien B.
Background
mahakarsinoo- (GC) on luokiteltu histologisesti osaksi suoliston, hajanainen ja luokkiin tyypit Lauren [1], ja luokkiin tyyppi jaettiin edelleen vankka ja sekatyyppiset by Carneiron [2]. Erotukseton-tyypin mahakarsinoo- (UGC) mukaan Japanin luokitusta [3] lähinnä päällekkäinen huonosti eriytetty GC, joka käsittää paitsi hajanainen tyyppi lukien sinettisormus cell carcinoma (SIG), mutta myös kiinteän tyyppi ja sekamuotoinen pienin putkimainen komponentti (TC).
Äskettäin on ehdotettu, että pitkälle diffuusi-tyypin GC voi johtua joko aikaisin diffuusi-tyypin tai suoliston-tyypin GC. No eriytetty putkimainen adenokarsinooma (TUB) voi muuntua huonosti eriytetty adenokarsinooma (POR) jälkeen hiljentäminen Soluadheesioon liittyviä geenejä, mukaan lukien CDH1
[4, 5]. Carneiro n sekatyyppiä karsinoomat voi siis päällekkäin dedifferentoituneiden porealtaat. On raportoitu, että eloonjäämisaste potilaiden sekavin-tyyppinen GC oli merkittävästi pienempi kuin potilailla, joilla on GC muunlaisten [2], kun taas eloonjäämisaste varhaisen GC potilaalla on SIG oli korkeampi kuin GC potilaiden ilman SIG [6]. Siten UGCs voidaan jakaa alaryhmiin, joilla on erilaiset ennusteeseen. Äskettäin massa-seulonta ohjelma varhaishermosolukasvaimesta [7-9] keskeytettiin Japanissa, koska epäjatkuvan geneettinen linjaa välillä havaittiin alku- ja myöhään esittelevien varhaishermosolukasvaimesta. Negatiiviset ja myöhäinen esittelevien (≥1 vuosi) varhaishermosolukasvaimesta näytteillä lähes diploidiaan liittimen 1p poisto, kun taas positiivinen neuroblastoomat pikkulapsilla näytteillä lähes triploidy ilman 1p poisto [10, 11]. Tällaiseen subgrouping, olemme luokitelleet UGCs perustuu jatkuvuuteen geneettinen suvusta sekä ilmaus morfologisten sukua markkereita.
Linjamme analyysi käyttäen kromosomaalista vertailevaa genomista hybridisaatiota (CGH) perustui erottuva morfologiset linjaa markkereita. Kerrosrakenne (LS) edustaa alkavaa vaihetta SIG kehityksen [12] ja on yleisesti säilyy jopa pitkälle edenneessä ihmisen mahalaukussa. Kasvaimen alueiden LS, tila soluproliferaation muistuttaa normaalin mahan limakalvon. Ja uskotaan, että kasvainsolut rajoittua limakalvolle niin pitkälle kuin ne kasvavat muodostaen LS [13]. Linjamme analyysit vahvistivat, että POR LS oli peräisin intramucosal SIG, kun taas POR ilman LS ja vähäinen TC (< 30%), oli peräisin TC [14, 15]. Kuitenkin TC ei aina peräisin alussa TUB mutta se voi myös olla peräisin SIG, kun taas LS oli tuskin peräisin TUB [15]. Siksi, koska morfologinen linjaa markkeri, LS voi etusija TC. Lisäksi UGCs ilman LS tai TC takia myöhempää häviötä näistä merkeistä esiintyy, mikä sai meidät hyväksymään array CGH (aCGH) ja valvomaton klusterin analyysit aCGH tietojen luokitella UGCs pelkästään samankaltaisuuden genomisessa kopiomäärä profiili.
In eriytetty-tyyppinen mahakarsinoomat (DGCs), meidän viime aCGH perustuvaa linjaa analyysit paljastivat kaksi geneettistä suvusta: yksi kopio-määrä menetys MYC
ja kopioi määrä voitto TP53
(MYC
- ja TP53 +
), lepotilassa kuvio, ja toinen kopio-vahvistuksenkertojan MYC
ja /tai kopioida numeron menetys TP53
(MYC +
ja /tai TP53
-), aggressiivinen malli. Lepotilassa malli osuus 70% intramucosal karsinoomanäytteistä ja puolet intramucosal osa näytteistä invasiivisen karsinoomia. Invasiivista osat invasiivisia karsinoomia enimmäkseen näytteille aggressiivista kopioluvun muutos (CNA) kuvio. Kun intramucosal osa edennyt syöpä oli lepotilassa, sukujuuret oli epäjatkuva välillä limakalvon ja invasiivisia osia. Siksi MYC
- /TP53
+ ja MYC
+ ja /tai TP53
- CNA kuviot voivat olla allekirjoitukset ja lepäävien aggressiivinen Tubs vastaavasti [16].
Esillä tutkimuksessa, genomi-DNA-näytteet limakalvon ja invasiivisia osien alussa ja kehittyneet UGCs valmistettiin ja alistettiin geenin kopioluvun analyysit käyttäen aCGH, jonka jälkeen valvomaton klusterin analyysi aCGH tietoja. Näiden tulosten perusteella, tutkimme suhdetta morfologiset ja geneettiset linjaa markkereita ja tunnistettu useita hyödyllisiä linjaa markkerigeenejä UGC. Tool Menetelmät
Institutional Review Board Medical Ethics Shiga University of Medical Science hyväksyi tutkimuksen kunnossa että UGC käytetyt näytteet olivat anonyymejä. Kirjallinen suostumus ei tarvita, koska tämä retrospektiivinen Tutkimuksessa käytettiin arkistointia näytteitä.
Kudosnäytteitä
tutkimukseen osallistui 29 kirurgisesti resektoitiin, puskuroidulla formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin UGCs: 20 LS ainakin osassa kasvaimen (LS + , 9 intramucosaltumours ja 11 invasiiviset kasvaimet) ja 9 ilman LS, mutta sisältää pienen TC (LS- /TC +, kaikki invasiiviset kasvaimet) (taulukko 1). TC määriteltiin hyvin tai kohtuullisesti erilaistunut adenokarsinooma komponentin, joka käsittää ≤ 30% koko kasvain [15]. Kaikki näytteet valitaan GC diagnosoitu meidän osastolla vuodesta 1997 vuoteen 2011. Intramucosal LS + UGC potilailla oli keskimäärin 57,6 vuotta iän (vaihteluväli 48-79) ja potilailla, joilla on invasiivisia LS + UGCs 60,2 vuotta (vaihteluväli 48-79) ja potilailla, joilla on invasiivisen LS- /TC + UGCs 62,2 vuotta (vaihteluväli, 50-75). Makroskooppiset luokittelu määräytyy Japani luokittelu mahasyövän kanssa TNM pysähdyspaikan [3] .table 1 Yhteenveto kliinis ominaisuuksista 29 UGCs
Asia ei
ikä /sukupuoli
Koko limakalvon vaurio (cm)
MAKROSKOOPPINEN tyyppi *
histologinen tyyppi *
Näytteenotto alueen aCGH
syvyys invaasion †
LN meta †
Stage †
Intramucosal osa
Invasive osa
LS
ei LS
TC

M101
79 /F
8,5 × 4,0
0 (Ile) B SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m) B N0
IA
M102
48 /F
9,5 × 5,0
0 (Ile ) B SIG > POR1
+
NT
- T1 (m) B N0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (Ile ) B SIG
+
NT
- T1 (m) B N0
IA
M104
76 /F
6,0 × 5,0
0 (Ile) B SIG
+
NT
- T1 (m) B N0
IA
M105
50 /m
1.5 × 1.2
0 (Ile) B SIG
+
NT
- T1 (m) B N0
IA
M106
60 /F
1,2 x 1,0
0 (Ile) B SIG
+
-
- T1 (m) B N0
IA
M107
49 /F
4,0 × 2,5
0 (Ile + III) B SIG > POR1
+
NT
- T1 (m) B N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (Ile ) B SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m) B N0
IA
M109
51 /M
5,3 × 3,3
0 (Ile + III) B SIG
+
SIG
- T1 (m) B N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (Ile) B SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2) B N2
II
A102
72 /F
5,0 × 3,0
0 (Ile + Hb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp) B N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (Ha + Hb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp) B N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (Ile + III) B SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss) B N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (Ha + Ile) B SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm) B N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (Ile) B SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2) B N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (Ile + III) B SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (SE) B N2
IIIB
A108
46 /M
4,0 × 2,8
0 (Ile + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (mp) B N2
IIIA
A109
55 /M
3,8 × 3,3
0 (Ile + III) B SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2) B N0
IA
A110
57 /M
5,5 × 2,2
0 (Ile)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp) B N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (SE) B N2
IIIB
SM201
75 /F
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2) B N0
IA
A202
60 /M
4,0 × 3,8
0 (Ile)
POR2 > POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
POR
T2 (mp) B N0
IB
SM203
71 /M
4,5 × 2,0
0 (Ha + Ile)
POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2) B N0
IA
A204
65 /F
5,5 × 3,0
3
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR
T3 (SE) B N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR
T3 (SE) B N0
II
A206
67 /F
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
NT
T4 (si) B N2
IV
A207
52 /M
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC
- POR /TUB2
+
POR
T3 (SE) B N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0
2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR
T2 (mp) B N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR
T2 (mp) B N2
IIIA
* Japani luokittelu mahasyöpä muutettu.
† TNM luokittelu.
UGCs
, eriyttämätön mahakarsinoomat; aCGH
, Array CGH; LN
, imusolmuke LS
, Layered rakenne; TC
, Tubular komponentti; SIG
, sinettisormus adenokarsinooman; POR
, Huonosti eriytetty adenokarsinooma; POR1
, Solid POR; POR2
, Non-solid POR; TUB2
, kohtuullisesti erilaistunut adenokarsinooma; MUC
, mucinous adenokarsinooma; m
, limakalvon; sm
, submukoosasta; sp
, lihaksikas propria; ss
, subserora; se
, seröösisiä altistuminen; si
, invaasio viereisiin rakenteisiin; M
, Mies; F
, Nainen; NT
, Ei testattu; NI
, Not informatiivinen.
LS arviointi
LS määriteltiin aikaisemmassa tutkimuksessa [17]. Lyhyesti, LS +
alueilla oli pieniä karsinoomasoluja rajoittuu strooman on rauhanen kaulan tason, joka vähitellen eriyttää sinettisormus soluja pinnallinen (ja syvä) lamina prop- riaan (kuva 1a). Koska LS intramucosal alueilla kasvaimen määriteltiin neljä kaavoja: 1) kosketuksiin pienten kohdunkaulan solujen muscularis limakalvoja in SIG, 2) mucinous adenokarsinooma, 3) POR ja 4), kun läsnä on TC (kuvio 1b- f). Kuva 1 histologinen esiintymisiä intramucosal osaa erilaistumattoman-tyyppinen mahakarsinoomat (UGCs). Sinettisormukseksi rengas cell carcinoma (SIG) komponentti kerroksellinen rakenne tapauksessa A107 (a). Pienet kohdunkaulan solut jakautuvat syvemmälle osassa yläpuolella tai muscularis limakalvoille on SIG komponentin tapauksessa M109 (b). Mucinous adenokarsinooma komponentti tapauksessa A107 (c). Huonosti eriytetty adenokarsinooma komponentin tapauksessa SM106 (d). Minor putkimainen komponentit tapauksissa SM105 ja SM201, vastaavasti (e, f).
Laser mikrodissektion ja DNA: n valmistus
Kasvaimen kudosnäytteitä saatiin 5-pm paksu kudosleikkeiden käyttäen LMD6000 laser mikrodissektion järjestelmän (Leica, Wetzlar, Saksa). Invasiivisia syöpiä, DNA-näytteet hankittiin sekä intramucosal ja invasiivisia osia. Jokaisesta näytteestä, syöpä kudokset saatiin alue > 6 mm 2, jossa syöpäsolut osuus ≥70% koko solujen määrä. Kudosnäytteet pilkottiin 200 ug /ml proteinaasi K -liuosta noin 72 tuntia 37,0 ° C: ssa ja genomi-DNA uutetaan fenoli /kloroformilla.
Kaikkiaan genomin monistamisen
näyte-DNA: ta monistettiin käyttäen GenomePlex kaikkiaan Genome Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. Joillekin DNA-näytteet, joita ei voitu riittävästi monistettu, The WGA5 Kit (Sigma) käytettiin.
Array CGH
oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) käytettiin tämän tutkimuksen mukaan valmistajan ohjeiden mukaisesti. Lyhyesti, monistettu kasvain ja kontrolli-DNA näytteet olivat ei-entsymaattisesti leimattu Cy5: llä ja Cy3, vastaavasti, käyttäen genomista DNA ULS Labelling Kit (Agilent) ja kilpailukykyisesti hybridisoitiin microarray. Hybridisoitunut array kuvat otettiin kiinni käyttäen DNA-siru skanneri (Agilent) ja sitten fluoresenssin voimakkuus kasvain ja valvonta kukin koetin piste on laskettu Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Array data normalisoitiin käyttämällä Perimän Workbench ohjelmistoja Ver.5.0 (Agilent). Sijainnit oligomeerejä perustuvat ihmisen genomista helmikuu 2009 kokoonpano (hg19). Kopioluvun voitot ja tappiot määriteltiin muutokset logaritmi pohjaan 2 kasvaimen viittaus signaalin intensiteetin suhde (T /R) on suurempi kuin 0,3219 ja pienempi kuin -0,3219, vastaavasti.
Ryhmittelyanalyysi
To suorittaa uusi alatyypitys UGC näytteiden perustuvat genomiseen profiili samankaltaisuus tässä tutkimuksessa, valvomattoman hierarkkinen klusterianalyysin sovellettiin vastapäätä 63 näytettä 29 UGC tapauksissa käyttämällä Cluster 3.0 ja TreeView ohjelmistoja. Klusterijärjestelyssä algoritmi asetettiin loppuun sidos klustereiden käyttäen uncentered korrelaatiota. Jotta ilman valvontaa klusterin analyysi, suoritimme puolueeton väheneminen koetin luku noin 60000 useita tuhansia koettimia. Tätä tarkoitusta varten olemme valittu iso geenejä, koska suurempi määrä vastaavien koettimien paransi signaali-kohina-suhde edustajan geenin kopioluvut. Valvomatonta strategia meille mahdollisuuden asettaa sisäiseen standardiin validoida klustereiden tuloksia; kopiomäärä profiileja näytettä samasta kasvain olisi enemmän samanlaisia ​​kuin mikään kopiomäärä profiileja toiselta kasvain koska geeni muutokset prosessissa syövän ovat pitkälti yleisiä näytteet samasta kasvain.
Tilastolliset analyysit
erot virhematriiseja arvioitiin tilastollisen merkitsevyyden käyttämällä Fisherin testiä. S P < 0,05 (2-puolinen) pidettiin tilastollisesti merkitsevä. Welch t
testiä käytetään arvioimaan eron keskiarvo DNA: n kopioiden määrä kunkin koettimen kahden klustereita näytteitä. Bonferronin korjausta käytettiin korjaamaan useita vertailuja.
Tulokset
Näytteet analysoitiin array CGH
Tissue näytteet leikattiin 29 arkistoidut GC näytteistä laser mikrodissektion. Kudosnäyte Potilaspopulaatiosta 11 alueet (9 intramucosal sigs), joista 9 alueiden olivat LS + ja kaksi muuta LS-, 26 alueet (11 LS + invasiivisia UGC), joista 10 oli LS + limakalvojen alueita, 8 olivat LS- limakalvon alueet ja 8 olivat invasiivisia alueilla, ja 26 alueet (9 LS- /TC + invasiivisia UGCs): 9 intramucosal POR, 9 intramucosal TC ja 8 invasiivisia alueilla.
Genome leveä kopioluvun muutoksia
kuvaaja, geneettinen poikkeavuus penetrance kaikille kromosomeja on esitetty LS + UGCs ja LS- /TC + UGCs kuvassa 2a ja kuviossa 2b, vastaavasti. Kopioluvun voitot ja tappiot olivat yleisempiä LS- /TC + UGCs kuin LS + UGCs. Yleisimpiä kopioluvun voitot tavattiin 3q26 (7/63 näytettä), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) ja 12p12 (6/63), kun taas yleisin kopioluvun tappiot löydettiin 7q36 (5/63) ja 12p12 (5/63). Kuva 2 taajuus kopioluvun muutoksia on kromosomissa tasolla. Prosenttiosuus näytteiden, joilla on CNAs kunkin kromosomin LS + UGCs (a) ja LS- /TC + UGCs (b). Voitot ja tappiot on merkitty punaisella ja vihreällä, vastaavasti.
Copy-numeron muutokset (CNAs) yhteinen kaikille näytteet samoilta kasvain kutsuttiin stemline muutokset [14] ja arvioidaan toteutuvan varhaisessa vaiheessa tuumorigeneesiä ja olla luontainen osaksi kasvain linjaa. Stemline voitot 3q26 havaittiin 2/20 invasiivista LS + UGCs ja yksikään invasiivisen LS- /TC + UGCs. Sen sijaan stemline voittoja 5p15, 8p23 ja 12p12 havaittiin 2/9 invasiivista LS- /TC + UGCs mutta ei missään tapauksessa invasiivisia LS + UGCs. Ei stemline tappiot havaittu missään tapauksessa UGCs.
Aiemmat tutkimukset käyttämällä kromosomaalista tai array CGH analyysit [19-27] kertoi, että usein CNAs mahalaukun syövistä (yhteinen sekä UGC ja DGC) olivat kromosomi lisäämisessä 3q, 5p, 7p, 8q, 13q, 17Q, 20p ja 20q, ja tappiot 4q, 5q, 6Q, 9P, 17p, 18q ja 21 q. Vuonna UGCs tarkasteltu tässä tutkimuksessa, kaikki aiemmin raportoitu CNAs havaittiin paitsi lisäämisessä 17Q ja 20p ja tappiot 5q ja 6Q. Lisäämisessä 8p ja 12p olivat yleisiä LS- /TC + UGCs. Kopioluvun vahvistukset 8q24 olivat yleisiä molemmissa UGCs, jossa 4/20 tapausta LS + UGCs ja 3/9 invasiivista LS- /TC + UGCs, mutta niitä ei ole stemline muutoksia.
Puolueeton valikoima geenejä heijastavan koko genomin profiilin
Sijoittuakseen UGC näytteitä perustuu yleiseen samankaltaisuus profiilia geenikopiomäärä muutoksia, käytimme valvomaton hierarkkinen klusterin analyysi. Tätä tarkoitusta varten oli tarpeen vähentää geenin koettimia käytetään klusterin analyysi 60K useisiin tuhansiin. Pienentynyt määrä geenejä tulisi silti heijastaa koko genomin profiilin jos tasapuolisesti valittu. Täyttää nämä ehdot, valitsimme geenit perustuu yksinomaan koko geenien (numerot vastaavat antureista). Toistuvan tutkimuksissa Klusterianalyysit käyttäen geenejä eri vähimmäiskoot (tai koetin lukumäärät geeni), havaitsimme, että suurin osa CNAs samasta kasvain ryhmittyivät tiiviimmin yhteen kuin jotkin näytteet toisesta UGC silloin, kun analysoimme vain geenejä vähintään 3 antureista per geeni: yhteensä 5019 geenejä.
luokittelu UGC käyttää hierarkkista klusterianalyysin
Käytimme valvomattoman kaksiulotteinen hierarkkinen klusterointialgoritmi, yhteensä 63 DNA-näytteet 29 UGCs. Näytteet luokitellaan kahteen suurta klusterit A ja B, samankaltaisuuden perusteella genomissa profiilin (kuvio 3). 63 näytettä, 30 LS + UGCs luokiteltiin klusterin A ja vain 7 osaksi klusterin B. LS- /TC + UGCs, 8 näytteet luokiteltiin klusteri A ja 18 osaksi klusterin B. Kaikki Intramucosal LS + UGCs sisällytettiin klusterin A. Clusters A ja B oli merkittävästi eri suhteissa morfologisten alatyyppejä (P = 0,0001). Kuvio 3 Ohjaamaton hierarkkinen klusterin analyysi array-pohjainen vertaileva genominen hybridisaatio (aCGH) data. Gene kopioluvun voitot ja tappiot on merkitty punainen ja vihreä, vastaavasti. Yhteensä 63 näytettä 29 UGCs luokiteltiin kahteen suurta klusterit A ja B. Useimmat näytteet LS + UGCs sisällytettiin klusterin A ja useimmat LS- /TC + UGCs näytteet olivat klusterin B. Kaikki Intramucosal LS + UGCs sisällytettiin cluster A.
Kopioi numero korjauksilla MYC
ja TP53
voitot klo 8q24 olivat yleisiä muutoksia sekä LS + ja LS- /TC + UGCs. Edustaja sijaitsevat geenit tämä paikka on MYC.
Voitot MYC
havaittiin 2/11 of Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) ja 8/26 invasiivisen LS- /TC + UGCs (30,1%). Aggressiivinen kuvio (MYC +
ja /tai TP53
-) havaittiin 6/11 of Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 invasiivisia LS + UGCs (42,3%) ja 20/26 invasiivisen LS - /TC + UGCs (76,9%; kuvio 4). Siksi aggressiivinen malli oli useammin havaittu invasiivisen LS- /TC + UGCs kuin LS + UGCs (P = 0,0195). Lepotilassa kuvio (MYC
- ja TP53 +
) ei havaittu mitään UGC näytteet, jopa niillä, intramucosal GC (kuvio 4). Kuva 4 Array CGH tiedot MYC ja TP53 LS + UGCs ja LS- /TC + UGCs. LS + UGCs jaetaan intramucosal syöpiä ja invasiivisia syöpiä. Numeroin tarkoittaa pohjan 2 logaritmin testin /referenssisignaalin intensiteetti suhdeluvut array CGH tietoja. Merkittäviä voittoja ja tappioita on merkitty punaisella ja vihreällä, tässä järjestyksessä. Näytteet merkityt ja ilman harmaata marginaali sisältyvät klusterin B ja klusterin A, vastaavasti, kuviossa 3.
kopioluvun muutoksia geenien muut kuin MYC
tai TP53
Kuten edellä mainittiin, 5p15 oli yksi yleisimmistä voitto sivustoja invasiivisia LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), mutta ei havaittu missään 37 intramucosal ja invasiivisia LS + UGCs (kuva 2). Tavoitteena sijaitsevat geenit tässä lokuksessa voi sisältää telomeraasin käänteistranskriptaasin geenin (tert
) koska tert
voitto oli useammin havaittu invasiivisen LS- /TC + UGCs kuin intramucosal ja invasiivisia LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (kuvio 5). Sen sijaan, tappioita TERT
havaittiin 4/37 näytteitä intramucosal ja invasiivisen LS + UGCs (10,8%), mutta ei invasiivisia LS- /TC + UGCs. Kuvio 5 Array CGH tietojen muitakin geenejä MYC ja TP53 merkittävästi eri T /R suhde klusterien A ja B UGCs jaetaan klusterit A ja B, jotka on määritelty kuviossa 3. lämmön kartta osoittaa pohjan 2 logaritmin testi /ohjesignaalin intensiteetti suhdeluvut array CGH tietoja. Voitot ja tappiot on merkitty punaisella ja vihreällä, vastaavasti.
Welchin t
suoritettiin vertaamaan keskimääräinen T /R suhde näytteiden klusterin A ja niille klusterin B kummassakin 2756 koetin lokusten 979 syöpä -aiheiset geenejä. Neljääkymmentäkolmea geenikoettimia, jotka kuuluvat 40-geenit, oli merkitsevästi erilainen keskimääräinen T /R-suhteet välillä klusterit A ja B tasolla P < 0.05 jälkeen Bonferroni korjauksen (taulukko 2). 40: geenit, 6 geenit (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
ja TERT
), mukaan lukien proto-onkogeenien, ovat sekaantuneet parannettu kasvaimen kasvua, ja 8 geenit (ETS1
, SPI1-
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10
ja TRIO
) in invaasio /etäpesäke ja 3 geenit (APC, NF1
ja MEN1
) kasvaimen suppression (taulukko 2). Useimmat log 2 T /R suhteet 43 erottaa Geenikoettimia olivat vastakkaista merkkiä klusterien välistä A ja B, joissa suurempi absoluuttisia arvoja klusterin B (kuva 5) .table 2 Luettelo 40 geenejä, jotka ovat CNAs merkittävästi erilaiset klusterit A ja B
Probe nimi
Sijainti
nimi Gene
Kuvaus
P-arvo
pvalue jälkeen Bonferroni korjauksen
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrophin
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
adenomatoottisen polypoosin coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4q11-q12
* KIT
v -Kit Hardy-Zuckerman 4 kissan sarkooma viruksen onkogeeni homologin
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-q14
SMAD9
Smad perheenjäsen 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
jäsen RAS onkogeeni perhe
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
kasvuerilaistumistekijä 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virus E26 onkogeeni homologin 1 (avian) B 5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

kadheriinin 18, tyypin 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPaasi, luokka II, tyyppi 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4

pre-B-solu-leukemia homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
jäsen RAS onkogeeni perhe
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukiini 5 (pesäkkeitä stimuloiva tekijä, eosinofiilien) B 1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH reseptorin A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-Q14
SMAD9
Smad perheenjäsen 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integriini, beeta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, jäsen RAS onkogeeni perhe
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomaalisen proteiinin S6-kinaasi, 52 kDa, polypeptidi 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH reseptorin A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distaalisen-vähemmän homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1-
pernan fokuksenmuodostumistutkimuksessa virus (SFFV) provirus- integraatio onkogeeni
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
seriini /treoniini-kinaasi 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8

NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EPHB2
Ef reseptorin B2
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrophin
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPaasi, luokan V, tyyppi 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
jäsen RAS onkogeeni perhe
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratiini 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insuliinin reseptori
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPaasi , aminophospholipid kuljettaja, luokka I, tyyppi 8A, jäsen 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
sekoitettu linjaa kinaasi 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
eTS variantti 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
sinkkisormen homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
reseptori tyrosiinikinaasi-like orporeseptoria 1
1,209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPaasi, Ca ++ kuljetukseen, solukalvon 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
useita hormonitoimintaa neoplasia I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
kadheriinin 2, tyypin 1, N-kadheriinin (hermosolun) B 1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barrin virus tartunnan mahalaukun adenokarsinooman ilmaisee piilevä ja lyyttisiä viruksen transkriptien ja siinä on selkeä ihmisen geenin ilmentymisen profile
• Erottuva mahanestettä proteomiin mahasyövän paljastaa monen biomarkkereiden diagnostinen profiili