linhagens genéticas de carcinomas gástricos do tipo indiferenciado analisados ​​pelo agrupamento não supervisionado de DNA genômico microarray data

linhagens genéticas de carcinomas gástricos do tipo indiferenciado analisados ​​pelo agrupamento sem supervisão dos dados de microarranjos de DNA genômico da arte abstracta
Fundo
Suspeita-se que no início carcinoma gástrico (GC) é uma variante dormente que raramente progride para GC avançada. Nós demonstramos que as variantes dormentes e agressivas de adenocarcinomas tubulares (banheiras) do estômago são caracterizados pela perda de MYC Comprar e ganho de TP53 Comprar e ganho de MYC
e /ou perda de TP53
, respectivamente. O objetivo deste estudo é determinar se este é também o caso em GCs do tipo indiferenciado (UGCs) de diferentes linhagens genéticas: um com uma estrutura em camadas (LS +), derivadas de carcinomas de células anel cedo sinete (SIGs), eo outro , adenocarcinomas pouco diferenciados em sua maioria, sem LS, mas com um componente tubular menor (TC), desdiferenciado de banheiras (LS- /TC +).
Métodos
Usando 29 estômagos cirurgicamente ressecados com 9 intramucoso e 20 UGCs invasivos (11 LS + e 9 LS- /TC +), 63 amostras de ADN genómico de mucosa e partes invasoras e DNAs de referência correspondentes foram preparados a partir, tecidos embebidos em parafina fixadas em formalina com microdissecção a laser, e foram submetidos a comparativa hibridização genômica baseada em array (aCGH), usando 60K microarrays, e subsequente sem supervisão, agrupamento hierárquico. De 979 genes relacionados com o cancro avaliados, foram selecionados genes com números de cópias médios significativamente diferentes entre os dois grupos principais.

Resultados Com base na similaridade na genômica perfil copy-número, as 63 amostras foram classificadas em dois grupos principais. Conjuntos A e B, que eram ricas em LS + UGC e LS- /TC + UGC, respectivamente, foram discriminadas com base em 40 genes. O padrão agressivo foi mais frequentemente detectado em LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), do que em LS + UGCs (17/37; 46%; P = 0,0195), enquanto nenhum padrão latente foi detectada em nenhuma das as amostras UGC.
Conclusões
em contraste com banheiras, copiar alterações numéricas do MYC Comprar e TP53
exibiram um teste padrão agressivo no LS + SIG no início e avançados estágios, indicando que os primeiros LS + UGCs inevitavelmente evoluir para um GC avançada. Cluster B (enriquecido em LS- /TC +) apresentaram ganho mais frequente dos genes motorista e um teste padrão agressivo mais frequente do que o cluster A, sugerindo potencialmente pior prognóstico em UGCs de agrupamento B.
Fundo
carcinoma gástrico (CG) têm foram classificados histologicamente em intestinal, difusa e tipos não classificados por Lauren [1] e o tipo de categorias foi dividido em tipos sólidos e misturado por Carneiro [2]. O carcinoma gástrico do tipo indiferenciado (UGC) de acordo com a classificação japonesa [3] na maior parte se sobrepõe GC pouco diferenciado, que compreende não só o tipo difuso incluindo carcinoma de células em anel de sinete (SIG), mas também o tipo de sólido eo tipo misto com menor tubular componente (TC).
recentemente, tem sido proposto que avançada difusa do tipo GC pode derivar a partir de qualquer tipo difuso-precoce ou do tipo intestinal GC. adenocarcinoma tubular bem diferenciado (TUB) pode se transformar em adenocarcinoma pouco diferenciado (POR) após o silenciamento de genes relacionados com a adesão de células, incluindo CDH1
[4, 5]. carcinomas de tipo misto de Carneiro pode, assim, se sobrepõem banheiras indiferenciadas. Tem sido relatado que a taxa de sobrevivência dos pacientes com o tipo misto GC foi significativamente menor do que a dos pacientes com GCs de outros tipos [2], ao passo que a taxa de sobrevivência de pacientes GC iniciais com SIG foi maior do que a dos pacientes GC sem SIG [6]. Assim UGCs pode ser dividido em subgrupos com prognóstico diferente. Recentemente, um programa de rastreio em massa para neuroblastomas [7-9] foi suspenso no Japão, porque observou-se uma linhagem genética descontínua entre o precoce e os neuroblastomas apresentadoras de atraso. neuroblastomas negativos e tardias apresentadoras (≥1 ano) exibiu quase diploidia com deleção 1p, enquanto neuroblastomas positivos em crianças apresentaram quase triploidia sem 1p exclusão [10, 11]. Para realizar tais subgrupo, temos UGCs com base na continuidade das linhagens genéticos, bem como a expressão de marcadores de linhagem morfológicas classificadas.
A nossa análise de linhagem utilizando hibridação genómica comparativa cromossómico (CGH) foi baseado em marcadores de linhagem morfológicas distintivas. A estrutura em camadas (LS) representa uma fase incipiente de desenvolvimento SIG [12] e é comumente mantida, mesmo em um estágio avançado no estômago humano. Em regiões com tumor LS, o modo de proliferação celular que se assemelha na mucosa gástrica normal. E crê-se que as células tumorais ficar confinada à mucosa na medida em que crescem para formar os LS [13]. As análises confirmaram que nossa linhagem POR com LS foi derivado de intramucosal SIG, enquanto POR sem LS e com um TC menor (< 30%), foi derivado de TC [14, 15]. No entanto, a CT não foi sempre derivado da cuba inicial, mas também pode ser derivada a partir de SIG, enquanto que foi dificilmente LS derivado da cuba [15]. Portanto, como um marcador de linhagem morfológica, LS pode ter prioridade sobre TC. Além disso, são observados UGCs sem LS ou TC, devido à perda secundária desses marcadores, o que nos levou a adoptar arrayCGH (aCGH) e análises de agrupamento sem supervisão dos dados aCGH para classificar UGCs unicamente com base na semelhança do número cópia genómica . perfil Online em carcinomas gástricos de tipo diferenciado (PED), analisa a nossa recente linhagem baseada em aCGH revelou duas linhagens genéticas: um com perda de copy-número de MYC Comprar e ganho de TP53
copy-número (MYC perda e TP53 +
), um padrão dormente, e outro com o ganho copy-número de MYC
e /ou copiar-número de TP53
(MYC +
e /ou TP53 -
Restaurant -), um teste padrão agressivo. O padrão de dormentes foram responsáveis ​​por 70% das amostras de carcinoma intramucoso e uma metade das amostras de peças intramucoso de carcinomas invasivos. As peças invasivas do carcinoma invasivo na sua maioria exibiram o padrão agressivo número de cópias alteração (CNA). Quando a parte intramucoso de um câncer avançado estava adormecido, a linhagem era descontínua entre a mucosa e peças invasivos. Portanto, o MYC viajantes - /TP53
+ e MYC
+ e /ou TP53 Restaurant -. Padrões CNA pode ser assinaturas de banheiras de dormentes e agressivas, respectivamente [16]
No presente estudo, as amostras de DNA genómico a partir da mucosa e partes invasivos de UGCs precoces e avançados foram preparados e submetidos a cópia do gene-número análises usando aCGH, seguido por análise de agrupamento sem supervisão dos dados aCGH. Com base nestes resultados, examinamos relação entre marcadores de linhagem morfológicas e genéticas e identificados vários genes linhagem marcador útil para a UGC.
Methods of the Institutional Review Board de Ética Médica da Universidade Shiga de Ciência Médica aprovou este estudo sob a condição de que as amostras UGC utilizados foram anônimo. consentimento informado por escrito não foi necessário porque este estudo retrospectivo utilizou amostras de arquivamento As amostras de tecido
Este estudo incluiu 29 cirurgicamente ressecados, embebidos em parafina UGCs tamponados fixados em formol:. 20 com LS em, pelo menos, parte do tumor (LS + , 9 intramucosaltumours e 11 tumores invasivos) e 9 sem LS, mas contendo uma pequena TC (LS- /TC +, todos os tumores invasivos) (Tabela 1). CT foi definido como um componente de adenocarcinoma moderadamente diferenciado bem ou ≤ compreendendo 30% de todo o tumor [15]. Todas as amostras foram selecionados a partir de casos GC diagnosticados em nosso departamento de 1997 a 2011. intramucoso LS + pacientes UGC média de 57,6 anos de idade (faixa de 48-79) e pacientes com LS + invasivo UGCs 60,2 anos (variando de 48-79) e os pacientes com LS- invasiva /TC + UGCs 62,2 anos (intervalo; 50-75). A classificação macroscópica foi determinada de acordo com a Classificação Japonesa de Câncer Gástrico com o estadiamento TNM [3] .table 1 Resumo das características clínico-patológicas de 29 UGCs
caso não
Idade /sexo
Tamanho de lesão da mucosa (cm)
tipo macroscópico *
tipo histológico *
região de amostragem para aCGH
profundidade de invasão †
LN meta †
Stage †
intramucoso parte
parte invasiva
LS
não LS
TC
M101
79 /F
8.5 × 4.0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9.5 × 5.0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (IIc )
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6.0 × 5.0
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1,5 × 1,2
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1.2 × 1.0
0 (IIc)
SIG
+ Restaurant -
- T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4,0 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5.3 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG
- T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT
- NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5.0 × 3.0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG
- POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR
- NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
A108
46 /M
4.0 × 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI
- POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3.8 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR
- SIG
T1 (SM2)
N0
IA
A110
57 /M
5.5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR
- POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3.7 × 3.0
2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4.0 × 3.8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 × 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG
- POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5.5 × 3.0 Sims 3
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N0
II
A206
67 /F
5.5 × 4.0 4
POR2 > TC > POR1
- POR /TUB2
+
NT
T4 (si)
N2
IV
A207
52 /M
6.0 × 4.0 4
POR1 > POR2 > SIG > TC
- POR /TUB2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0 Página 2
POR1 > TC
- POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8 Sims 3
POR2 > SIG > POR1 > TC Restaurant -.
POR /TUB2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA
* classificação japonesa de carcinoma gástrico, modificado
† . TNM de classificação
UGCs
, carcinomas gástricos indiferenciadas; aCGH
, array CGH; LN
, Linfonodo, LS
, estrutura em camadas; TC
, componente tubular; SIG
, carcinoma de células em anel de sinete; POR
, adenocarcinoma pouco diferenciado; POR1
, POR Sólidos; POR2
, POR Non-sólido; TUB2
, moderadamente diferenciado adenocarcinoma; MUC
, mucinoso adenocarcinoma; m
, mucosa; sm
, submucosa; pf propria
, musculares; ss
, subserora; se
, a exposição serosa; Si
, invasão de estruturas adjacentes; M
, Homem; F
, Feminino; NT
, não testado; NI
, não informativo. Avaliação
LS
LS foi definida como em um estudo anterior [17]. Em resumo, LS +
regiões tiveram células de carcinoma de pequenas confinados ao estroma ao nível da glândula-neck que, gradualmente diferenciadas para as células em anel de sinete na lâmina superficial (e profundidade) (Figura 1a). A ausência de LS em regiões intramucoso do tumor foi definida por quatro padrões: 1) de contacto de células de carcinoma pequenas à mucosa muscular no SIG, 2) adenocarcinoma mucinoso, 3) POR e 4) a presença de um TC (Figura 1b- f). aparências Figura 1 histológicas de peças intramucoso de carcinomas gástricos do tipo indiferenciado (UGCs). Um componente de carcinoma de células anel de sinete (SIG) com uma estrutura em camadas no caso A107 (a). células de carcinoma das células pequenas são distribuídas na parte mais profunda um pouco acima ou na mucosa muscular em um componente SIG no caso M109 (b). Um componente mucinoso adenocarcinoma no caso A107 (C). Um componente de adenocarcinoma fracamente diferenciado, no caso SM106 (d). componentes tubulares pequenas em casos SM105 e SM201, respectivamente (E, F). microdissecação
laser e preparação de ADN de tecido de tumor
amostras foram obtidas a partir de secções de tecido de 5 um de espessura, utilizando um sistema de laser microdissecação LMD6000 (Leica Microsystems, Wetzlar, Alemanha). Para cancros invasivos, as amostras de DNA foram obtidas a partir de ambas as partes e intramucosal invasivos. Para cada amostra, foram obtidos tecidos de cancro a partir de uma área de > 6 milímetros 2, em que as células cancerígenas foram responsáveis ​​por ≥70% da contagem total de células. As amostras de tecidos foram digeridos em 200 ug /ml de solução de proteinase K durante cerca de 72 horas a 37,0 ° C e o ADN genómico extraído com fenol /clorofórmio.
amplificação do genoma inteiro de amostra de ADN foi amplificado utilizando o kit de amplificação do genoma inteiro GenomePlex ( WGA2 Kit; Sigma, St. Louis, EUA) [18]. Para algumas amostras de ADN que não podia ser suficientemente amplificados, foi utilizado o Kit de WGA5 (Sigma).
ArrayCGH
Um oligo CGH microarrays (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, EUA) foi utilizado em neste estudo, de acordo com as instruções do fabricante. Em resumo, as amostras de ADN de tumor e de controlo foram amplificados não enzimaticamente marcado com Cy5 e Cy3, respectivamente, utilizando o genoma de ADN ULS Rotulagem Kit (Agilent) e hibridadas competitivamente ao microarray. As imagens de matriz hibridadas foram capturados usando um scanner de DNA microarrays (Agilent) e, em seguida, a intensidade de fluorescência do tumor e de controlo a cada ponto sonda foi calculada por recurso de extração Ver.9.5.3 (Agilent). Os dados da matriz foram normalizados utilizando Genomic Ver.5.0 software Workbench (Agilent). As posições dos oligómeros são baseadas no conjunto de 2009 Genoma Humano Fevereiro (hg19). Os ganhos e perdas número de cópias foram definidos como mudanças no logaritmo na base 2 do tumor a referência sinal de relação de intensidade (T /R) superior a 0,3219 e menos de -0,3219, respectivamente. análise
Cluster
Para realizar novos subtipos de amostras UGC com base na similaridade perfil genômico neste estudo, uma análise de agrupamento hierárquico não supervisionado foi aplicado em 63 amostras de 29 casos UGC usando os programas Cluster 3.0 e software TreeView. O algoritmo de agrupamento foi definido para concluir o agrupamento de ligação usando uma correlação uncentered. Para permitir a análise de cluster sem supervisão, realizamos a redução imparcial em número sonda de cerca de 60.000 a vários milhares de sondas. Para este propósito, seleccionámos genes grandes, porque o maior número de sondas correspondentes resultou na melhoria da relação sinal-ruído dos números de cópias do gene representativos. A estratégia sem supervisão nos permitiu definir um padrão interno para validar os resultados de agrupamento; os perfis número de cópias em amostras do mesmo tumor deve ser mais semelhantes do que qualquer perfis no número de cópias de um outro tumor porque as alterações genéticas no processo de carcinogênese são em grande parte comum entre as amostras de um mesmo tumor analisa.
Estatística
diferenças em tabelas de contingência foram avaliadas para significância estatística usando o teste exato de Fisher. A P < 0,05 (2 lados) foi considerado estatisticamente significativo. teste t
da Welch foi utilizado para avaliar a diferença no número médio de cópias de ADN para cada sonda entre dois grupos de amostras. A correção de Bonferroni foi usado para corrigir para comparações múltiplas. Resultados
As amostras analisadas com matriz CGH
Amostras de tecido foram excisadas de 29 espécimes GC arquivados por microdissecção a laser. A população amostra de tecido incluiu 11 regiões (de 9 intramucoso SIGs), dos quais 9 regiões estavam LS + e os outros dois LS-, 26 regiões (a partir de 11 LS + invasiva UGC), dos quais 10 eram LS + regiões mucosas, 8 foram mucosa LS- regiões e 8 eram regiões invasivos e 26 regiões (de 9 LS- /TC + invasivos UGCs):. 9 intramucoso pOR, 9 intramucoso TC e 8 regiões invasivos
Genoma alterações numéricas ampla cópia
Um gráfico da aberração genética penetrância para todos os cromossomas é mostrado com LS + UGCs e LS- /TC + UGCs na Figura 2a e a Figura 2b, respectivamente. Os ganhos e perdas número de cópias foram mais comuns em LS- /TC + UGCs que em LS + UGCs. Os mais frequentes ganhos número de cópias foram detectados em 3q26 (7/63 amostras), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) e 12p12 (6/63), enquanto o mais frequente perdas número de cópias foram encontradas em 7q36 (5/63) e 12p12 (5/63). Figura 2 frequência de alterações no número de cópias a nível cromossomo. A percentagem das amostras que têm ANC para cada cromossoma nas UGCs + LS (a) e LS- /TC + UGCs (b). Ganhos e perdas são indicadas com vermelho e verde, respectivamente.
Alterações Copy-numéricas (CNAs) comuns a todas as amostras do mesmo tumor foram chamados mudanças stemline [14] e estimados a ocorrer na fase mais precoce da tumorigénese e ser inerente em linhagem tumoral. ganhos Stemline de 3q26 foram detectadas em 2/20 casos de LS invasivos UGCs + e nenhum dos invasivos LS- UGCs /TC +. Em contraste, os ganhos stemline de 5p15, 8p23 e 12p12 foram detectados em 2/9 casos de LS- invasiva /TC + UGCs mas em nenhum caso de invasoras + UGCs LS. Nenhuma perda stemline foram detectados em todos os casos de UGCs.
Estudos anteriores, usando análises cromossômica ou matriz CGH [19-27] relatou que frequente CNAs em cancros gástricos (comum a ambos UGC e DGC) foram ganhos cromossômicas no 3T, 5p, 7p, 8q, 13q, 17q, 20p e 20q, e as perdas no 4T, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q e 21q. Nos UGCs examinados no presente estudo, todos previamente relatado CNAs foram observados excepto ganhos em 17q e 20p e perdas em 5q e 6q. Os ganhos no 8p e 12p eram comuns na LS- /TC + UGCs. ganhos número de cópias em 8q24 eram comuns em ambos os tipos de UGCs, com 4/20 casos de LS UGCs + e 3/9 casos de LS- invasiva /TC + UGCs, mas estes não foram stemline mudanças. seleção
Imparcial de genes que reflecte todo o perfil genoma
Para classificar amostras UGC com base na similaridade geral no perfil de alterações no número de cópias do gene, foi utilizada análise de agrupamento hierárquico não supervisionado. Para este efeito, foi necessário reduzir o número de sondas de genes utilizados na análise de agrupamento de 60K a vários milhares. O número reduzido de genes ainda deve refletir todo o perfil genoma se imparcial selecionado. Para cumprir estas condições, foram selecionados genes com base unicamente no tamanho dos genes (o número de sondas correspondentes). ensaios após repetidas de cluster de análises usando genes de vários tamanhos mínimos (ou números de sonda por gene), observou-se que a maioria das CNAs do mesmo tumor foram agrupados de forma mais estreita do que quaisquer amostras de outro caso UGC quando analisamos apenas genes com 3 ou mais sondas por gene:. um total de 5019 genes
Classificação da UGC usando análise de agrupamento hierárquico
Nós aplicado um algoritmo de agrupamento hierárquico bidimensional sem supervisão, para um total de amostras de DNA 63 de 29 UGCs. As amostras foram classificadas em dois grupos principais A e B, com base na semelhança no perfil genoma (Figura 3). De 63 amostras, 30 LS + UGCs foram classificados em cluster A e apenas 7 em conjunto B. Para LS- /TC + UGCs, 8 amostras foram classificadas em conjunto A e 18 no agrupamento B. Todos os LS intramucoso + UGCs foram incluídos no agrupamento A. Clusters A e B tinham significativamente diferentes proporções de subtipos morfológicas (P = 0,0001). Figura 3 análise de agrupamento hierárquico não supervisionado de dados baseada em array comparativa hibridização genômica (aCGH). Gene ganhos e perdas número de cópias são indicados pelo vermelho e verde, respectivamente. Um total de 63 amostras de 29 UGCs foram classificados em dois grupos principais: as amostras A e B. A maioria de LS UGCs + foram incluídos no grupo A e a maioria das amostras LS- /TC + UGCs foram em conjunto B. Todos os LS intramucoso + UGCs foram incluídos no agrupamento A.
número de cópias alterações de MYC
e TP53
ganhos em 8q24 foram alterações comuns sobre os LS + e LS- /TC + UGCs. Os genes representativas localizadas neste locus é MYC.
Ganhos de MYC
foram detectadas em 2/11 de intramucoso LS + UGCs (18,2%), 6/26 da LS + UGC (23,1%) e 8/26 dos invasiva LS- /TC + UGCs (30,1%). O padrão agressivo (MYC +
e /ou TP53 Restaurant -) foi detectada em 6/11 de intramucoso LS + UGCs (54,5%), 11/26 de LS invasivos UGCs + (42,3%) e 20/26 de LS invasivos - /TC + UGCs (76,9%; Figura 4). Portanto, o teste padrão agressivo foi mais frequentemente detectado em invasivos LS- UGCs /TC + do que em LS + UGCs (P = 0,0195). O padrão de dormente (MYC
- e TP53 +
) não foi detectada em qualquer das amostras UGC, mesmo aqueles dos GCs intramucosa (Figura 4). Figura dados 4 de arrayCGH de MYC e TP53 em LS + UGCs e LS- /TC + UGCs. LS + UGCs são divididos em cancros intramucoso e cancros invasivos. Numerais significar a base 2 logaritmo dos rácios de intensidade de sinal de ensaio /referência de dados CGH matriz. Os ganhos e perdas significativas são indicadas com vermelho e verde, respectivamente. As amostras marcadas com e sem margem de cinza estão incluídos no grupo B e cluster A, respectivamente, na Figura 3.
Copie alterações série de outros que MYC
ou TP53 genes
Como mencionado acima, 5p15 foi um dos locais de ganho mais frequentes em LS- invasiva /TC + UGCs (26/08; 30,7%), mas não foi detectada em qualquer um dos 37 intramucoso e LS invasivos + UGCs (Figura 2). Os genes-alvo situadas neste locus podem incluir a telomerase reverse transcriptase gene (TERT
), porque o ganho de um TERT
foi mais frequentemente detectado em invasivos LS- /TC + UGCs que intramucoso e invasivos LS UGCs + (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (Figura 5). Em contraste, as perdas de TERT
foram detectadas em 4/37 amostras de intramucoso e LS invasivos + UGCs (10,8%), mas não em invasivos LS- UGCs /TC +. Figura 5 arrayCGH dados de outros que MYC e TP53 genes com significativamente diferente razão T /R entre UGCs grupos A e B. são divididas em grupos A e B que foram determinados na Figura 3. O mapa de calor indica o logaritmo de base 2 do rácios de intensidade de sinal de ensaio /referência de dados CGH array. Ganhos e perdas são indicadas com vermelho e verde, respectivamente.
Teste t
de Welch foi realizada para comparar o T razão média /R entre as amostras no cluster A e aqueles em conjunto B em cada loci 2756 sonda de 979 câncer genes relacionados com. Quarenta e três sondas de genes, pertencentes a 40 genes, tinham significativamente diferentes razões da média T /R entre os clusters A e B a um nível de P < 0,05 após a correcção de Bonferroni (Tabela 2). Dos 40 genes, 6 genes (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37 Comprar e TERT
), incluindo proto-oncogenes, têm sido implicados no tumor reforçada crescimento e 8 genes (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10 Comprar e TRIO
) na invasão /metástase e 3 genes (APC, NF1 e

MEN1) na supressão de tumor (Tabela 2). A maioria de log 2 relações T /R dos sondas genéticas que distinguem 43 eram de sinal oposto entre os clusters A e B, com maior, em valores absolutos no grupo B (Figura 5) .table 2 Lista dos 40 genes que têm CNAs significativamente diferente entre os grupos A e B
nome Probe
Localização
nome do Gene
Descrição
P-valor
ValorP após a correção de Bonferroni
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
distrofina
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
polipose adenomatosa coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4T11-q12
* KIT
v -Kit Hardy-Zuckerman 4 do sarcoma felino viral homólogo oncogene
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-q14
SMAD9
SMAD membro da família 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
RAS membro oncogene família
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
factor de diferenciação de crescimento de 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis vírus E26 homólogo oncogene 1 (aviária)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

caderina 18, tipo 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPase, classe II, tipo 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
leucemia homeobox-celular pré B 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAS RAB39B
membro oncogene família
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibrina 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleucina 5 (fator estimulante de colônias, eosinófilos)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-q14
SMAD9
SMAD membro da família 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrina, beta 8
2.589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, RAS membro oncogene família
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomal da proteína quinase S6, 52 kDa, polipeptídeo 1 | 3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
Dlx2
distal-less homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
vírus foco baço formando (SFFV) proviral oncogene integração
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serina /treonina quinase 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8
NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EPHB2
B2 receptor Eph
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
distrofina
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPase, classe V, tipo 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
RAS membro oncogene família
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
queratina 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
receptor de insulina
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , transporter aminofosfolip�io, classe I, tipo 8A, membro 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
linhagem mista quinase 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets variante 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
homeobox dedo de zinco 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
tirosina quinase
receptor-like receptor órfão 1 | 1.209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPase, Ca ++ transporte, membrana plasmática 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
neoplasia endócrina múltipla I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
caderina 2, tipo 1, N-caderina (neuronal)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• adenocarcinoma gástrico vírus de Epstein-Barr infectados expressa transcritos virais latentes e líticos e tem um perfil distinto expressão do gene humano
• O proteoma fluido gástrico distintivo no cancro gástrico revela um perfil de diagnóstico multi-biomarcador