Genetesch lineages vun Strenz-Typ gastric vun unsupervised Käre vu Frankräich DNA microarray Donnéeën analyséiert carcinomas

Genetesch lineages vun Strenz-Typ gastric vun unsupervised Käre vu Frankräich DNA microarray Donnéeën VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background analyséiert carcinomas VerfÜgung Et verdächtegt gëtt, datt fréi gastric carcinoma (GC) ass e deenen Variant dass zu fortgeschratt GC Verlaf selten. Mir bewisen datt d'deenen an aggressiv Varianten vun Bléien adenocarcinomas (Tubs) vun de Mo. vun Verloscht vun MYC VerfÜgung a gewannen vun TP53 VerfÜgung a gewannen vun MYC VerfÜgung charakteriséiert sinn an /oder Verloscht vun TP53 VerfÜgung, bzw.. D'Zil vun dëser Etude ass fir festzestellen, ob dat ass och de Fall an Strenz-Typ GCs (UGCs) vun verschidden genetesch lineages: een mat engem layered Struktur (LS +), déi sech vun Ufank signet Ring Zell carcinomas (SIGs), an déi aner , meeschtens schlecht ënnerscheet adenocarcinomas, ouni LS mä mat engem mannerjäregen Bléien Volet (TC), dedifferentiated vun der Woch (LS- /TC +). VerfÜgung Method VerfÜgung Ausschöpfung 29 surgically resected Mamm mat 9 intramucosal an 20 invasiv UGCs (11 LS + an 9 LS- /TC +), 63 Frankräich DNA Echantillon vun mucosal an invasiv Deeler an entspriechend Referenzmaterial DNAs sech bereet aus formalin-fix, paraffin-Ënnerbewosstsinn Stoffer mat Laser microdissection, a waren un d'Partie-baséiert Komparativ Frankräich hybridization (aCGH), Hëllef 60K microarrays, a Kierzunge unsupervised, Hierarchie Käre. Vun 979 Genen Kriibs-Zesummenhang évaluéieren, mir Genen mat menge Kopie Zuelen vill verschidden tëscht déi zwee gréisser Kéip ausgewielt. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Baséierend op Ähnlechkeet zu Frankräich Copy-Nummer Profil, waren der 63 Echantillonen an zwee gréisser Kéip klassifizéiert. Stärekéip A a B, déi vun LS räich waren + UGC an LS- /TC + UGC, respektiv, sech op der Basis vun 40 Genen diskriminéiert. Déi aggressiv Muster war méi dacks zu LS- /TC + UGCs fonnt, (20/26; 77%), wéi vun LS + UGCs (17/37; 46%; P = 0.0195), wobäi keen deenen Muster an all vun nogewise gouf der UGC Echantillon. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung am Géigesaz zu der Woch, Kopie Zuel hire Restaurant vun MYC VerfÜgung an TP53 VerfÜgung eng aggressiv Muster vun LS + SIG um fréie an fortgeschratt Etappen Schatzkummer, wat beweist, dass fréi LS + UGCs zwangsleefeg Fortschrëtt zu Diplôme GC. Stärekoup B (beräichert zu LS- /TC +) Schatzkummer méi heefeg Gewënn vun Automobilist Genen an enger méi heefeg aggressiv Muster wéi Stärekoup A suggeréiert potenziell verschlechtert hätt an UGCs vum Stärekoup B. VerfÜgung Background VerfÜgung Gastric carcinoma (GC) hunn histologically an intestinal, diffusen an Klass Zorte vun Lauren [1] an der Klass Typ war weider ënnerdeelt zolidd an gemëscht Zorte vun Carneiro séiert ginn [2]. Der Strenz-Typ gastric carcinoma (UGC) laut der japanescher Klassifikatioun [3] meeschtens Iwwerlappungen schlecht ënnerscheet GC, déi net nëmmen d'diffusen Typ dorënner signet Ring Zell carcinoma (SIG) mee och de massive Typ an deer Zort mat mannerjäregen Bléien regruppéiert Komponent (TC). VerfÜgung Féierplaz ass aus ergi kann entweder fréi diffusen-Typ oder intestinal-Typ GC proposéiert datt diffusen-Typ GC gouf viraussetzt. Ma ënnerscheet Bléien adenocarcinoma (Dëppchen) kann an schlecht ënnerscheet adenocarcinoma verwandelen (POR) no der silencing vun Zell Haftung-Zesummenhang Genen och CDH1 VerfÜgung [4, 5]. Carneiro senger deer Zort carcinomas also kann dedifferentiated Woch iwwerlageren. Et ass confirméiert ginn, datt d'Iwwerliewe Taux vun de Patienten mat gemëschte-Typ GCs dass vill manner ass wéi vun de Patienten mat GCs vun aner Zorte [2], wobäi d'Iwwerliewe Taux vun fréi GC Patienten mat SIG méi héich war, wéi dat vun GC Patienten ouni SIG [6]. Sou kann UGCs an subgroups mat verschiddene hätt ënnerdeelt ginn. Kuerzem, eng Mass-Präventiounsprogramm fir neuroblastomas [7-9] war an Japan gespaart well ee erauskomm genetesch antike tëscht der early- an de spéiden-Fotoe neuroblastomas observéiert gouf. Negativ an spéiden-Fotoe (≥1 Joer) neuroblastomas Géigend-diploidy mat Uschloss 1p Läschen Schatzkummer hierkommen positive neuroblastomas zu Puppelcher ouni 1p Läschen Géigend-triploidy Schatzkummer [10, 11]. Fir esou subgrouping Leeschtunge, hu mir UGCs op der Kontinuitéit vun genetesch lineages souwéi den Ausdrock vun morphological antike lues baséiert klassifizéiert. VerfÜgung Eis antike Analyse benotzt gouf chromosomal Komparativ Frankräich hybridization (CGH) baséiert op ënnerscheed morphological antike lues. A layered Struktur (LS) stellt en incipient Phase vun SIG Entwécklung [12] an ass oft och um Diplôme Etapp vun der mënschlecher Mo. erëmgewielt. An entholl Regioune mat LS, gesäit de Regime vun Zell Prolifératioun datt am normal gastric mucosa. An et gëtt ugeholl, datt entholl Zellen zu der mucosa agespaart bleiwen esou wäit wéi se wuessen der LS ze Form [13]. Eis antike Analysë confirméiert datt POR mat LS aus intramucosal SIG ofgeleet war, hierkommen POR ouni LS a mat engem mannerjäregen TC (&Si besteet; 30%), war vum TC ofgeleet [14, 15]. Allerdéngs war d'TC net ëmmer vun Ufank Dëppchen ofgeleet mä kéint och aus SIG ofgeleet ginn, hierkommen LS seele aus Dëppchen [15] ofgeleet gouf. Dofir, wéi eng morphological antike Bissau, kann LS Prioritéit iwwer TC huelen. Zousätzlech, UGCs ouni LS oder TC wéinst Secondaire Verloscht vun dësen lues observéiert ginn, déi eis ënnerstëtzen, da kënnt CGH (aCGH) an unsupervised Stärekoup Analysë vun der aCGH Donnéeën ze adoptéieren UGCs eleng op der Basis vun Ähnlechkeet am Frankräich Kopie Nummer ze klassifizéieren . Profil VerfÜgung an ënnerscheet-Typ gastric carcinomas (DGCs), eiser jéngster aCGH-baséiert antike zwou genetesch lineages réischt Analysë: ee mat Copy-Nummer Verloscht vun MYC VerfÜgung an Copy-Nummer Gewënn vun TP53 VerfÜgung (MYC VerfÜgung - an TP53 + VerfÜgung), engem deenen Muster, an déi aner mat der Kopie-Nummer Gewënn vun MYC VerfÜgung an /oder GNU-Nummer Verloscht vun TP53 VerfÜgung (MYC + VerfÜgung an /oder TP53 VerfÜgung -), eng aggressiv Muster. D'deenen Muster virgesin fir 70% vun intramucosal carcinoma Echantillonen an enger Halschent vun der intramucosal Deel Echantillon vun invasiv carcinomas. D'invasiv Deeler vun invasiv carcinomas Schatzkummer meeschtens déi aggressiv Kopie Zuel Verfall (CNA) Muster. Wann der intramucosal Deel vun Diplôme Kriibs deenen war, war den antike erauskomm tëscht der mucosal an invasiv Deeler. Dofir, déi MYC VerfÜgung - /TP53 VerfÜgung + an MYC VerfÜgung + an /oder TP53 VerfÜgung -. CNA Musteren Ënnerschrëfte kann vun deenen an aggressiv Woch, respektiv [16] Am Moment VerfÜgung studéieren, Frankräich DNA Echantillon vun der mucosal an invasiv Deeler vun fréi an fortgeschratt UGCs sech ze Gentherapie Copy-Nummer virbereet an ënnerworf Analysë aCGH benotzen, déi vun unsupervised Stärekoup Analyse vun der aCGH Donnéeën gefollegt. Baséierend op déi Resultater, iwwerpréift mir Relatioun tëscht morphological a genetesch antike lues a bestëmmt e puer nëtzlech antike Bewaacher Genen fir UGC. VerfÜgung Method VerfÜgung institutionell Kritik Verwaltungsrot op Medical Ethik um Shiga Universitéit vun Medical Science guttgeheescht dëser Etude op d'Konditioun datt d'UGC Echantillon benotzt goufen anonym. Schrëftlech informéiert gouf Zoustëmmung net néideg, well dës Retrospektiv Etude Archivmaterial Echantillon benotzt VerfÜgung Ray Echantillon VerfÜgung Dës Etude dorënner 29 surgically resected, gefiermt formalin-fix, paraffin Ënnerbewosstsinn UGCs:. 20 mat LS an op d'mannst en Deel vun der entholl (LS + , 9 intramucosaltumours an 11 invasiv erhéijen) an 9 ouni LS mä eng kleng TC (LS- /TC +, all invasiv erhéijen) (Table 1) mat. TC war als gutt oder mëttelméisseg ënnerscheet adenocarcinoma Komponent definéiert ≤ 30% vun de gesamten entholl mat [15]. All Echantillon waren aus GC Fäll an eisem Departement vun 1997 bis 2011 Intramucosal LS + UGC Patienten averaged 57,6 Joer (Rei, 48-79) an Patienten mat invasiv LS + UGCs 60.2 Joer (Rei, 48-79) an Patienten festgestallte ausgewielt mat invasiv LS- /TC + UGCs 62,2 Joer (Rei; 50-75). D'macroscopic Astufung gouf no der japanescher Course vun Gastric Cancer sech mat TNM Stadium [3] .Table 1. Satz vun clinicopathological Charakteristiken vun 29 UGCs VerfÜgung Case kee
Alter /Sex
Gréisst vun mucosal lesion (cm)
Macroscopic Typ *
Histological Typ *
probéieren Regioun fir aCGH
Déift vun Invasioun †
Am meta †
Etapp †
Intramucosal Deel
invasiv Deel
LS
net LS
TC
M101 VerfÜgung 79 /F VerfÜgung 8,5 × 4,0 VerfÜgung 0 (IIc) VerfÜgung SIG > TC VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung Wees VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M102 VerfÜgung 48 /F VerfÜgung 9,5 × 5.0 VerfÜgung 0 (IIc ) VerfÜgung SIG > POR1 VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M103 VerfÜgung 57 /M VerfÜgung 1,4 × 0,8 VerfÜgung 0 (IIc VerfÜgung) SIG VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M104 VerfÜgung 76 /F VerfÜgung 6.0 × 5.0
0 (IIc) VerfÜgung SIG VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M105 VerfÜgung 50 /m VerfÜgung 1,5 × 1,2 VerfÜgung 0 (IIc) VerfÜgung SIG VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M106 VerfÜgung 60 /F VerfÜgung 1,2 × 1.0 VerfÜgung 0 (IIc) VerfÜgung SIG VerfÜgung + VerfÜgung - VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M107
49 /F VerfÜgung 4,0 × 2,5 VerfÜgung 0 (IIc + III) VerfÜgung SIG > POR1 VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M108 VerfÜgung 48 /F VerfÜgung 6.0 × 2,8 VerfÜgung 0 (IIc ) VerfÜgung SIG > POR1 > TC VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung Wees VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung M109 VerfÜgung 51 /M VerfÜgung 5.3 × 3,3 VerfÜgung 0 (IIc + III) VerfÜgung SIG VerfÜgung + VerfÜgung SIG VerfÜgung - VerfÜgung T1 (m) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung SM101 VerfÜgung 71 /F VerfÜgung 0,9 × 0,8 VerfÜgung 0 (IIc) VerfÜgung SIG > POR2 VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung - VerfÜgung Wees VerfÜgung T1 (sm2) VerfÜgung N2 VerfÜgung II VerfÜgung A102 VerfÜgung 72 /F VerfÜgung 5.0 × 3.0
0 (IIc + IIb) VerfÜgung POR2 > POR1 > SIG VerfÜgung + VerfÜgung SIG VerfÜgung - VerfÜgung POR2 VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N1 VerfÜgung II VerfÜgung A103 VerfÜgung 79 /F VerfÜgung 12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb) VerfÜgung POR1 > TC > SIG > POR2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung NI VerfÜgung Wees VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N1 VerfÜgung II VerfÜgung A104 VerfÜgung 49 /M VerfÜgung 2,8 × 2,5
0 (IIc + III) VerfÜgung SIG > POR2 > TC VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung Wees VerfÜgung POR2 VerfÜgung T2 (s) VerfÜgung N1 VerfÜgung II VerfÜgung SM105 VerfÜgung 59 /F VerfÜgung 11,5 × 7.0
0 (IIa + IIc) VerfÜgung SIG > TC > POR2 VerfÜgung + VerfÜgung TUB2 VerfÜgung Wees VerfÜgung POR2 VerfÜgung T1 (SM) VerfÜgung N1 VerfÜgung normal schwätzen VerfÜgung SM106 VerfÜgung 72 /M VerfÜgung 3,7 × 2,3
0 (IIc) VerfÜgung SIG > POR1 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung - VerfÜgung Wees VerfÜgung T1 (sm2) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung A107 VerfÜgung 48 /F VerfÜgung 12,0 × 6,5
0 (IIc + III) VerfÜgung SIG > POR2 > POR1 > Wirkl VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung - VerfÜgung POR2 VerfÜgung T3 (se) VerfÜgung N2 VerfÜgung IIIB VerfÜgung A108 VerfÜgung 46 /M VerfÜgung 4,0 × 2,8
0 (IIc + III) VerfÜgung POR2 > POR1 > SIG VerfÜgung NI VerfÜgung NI VerfÜgung - VerfÜgung POR2 VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N2 VerfÜgung IIIA VerfÜgung A109 VerfÜgung 55 /M VerfÜgung 3,8 × 3,3
0 (IIc + III) VerfÜgung SIG > POR1 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung - VerfÜgung SIG VerfÜgung T1 (sm2) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung A110 VerfÜgung 57 /M VerfÜgung 5.5 × 2,2
0 (IIc) VerfÜgung POR2 > SIG > TC VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung - VerfÜgung POR2 VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N1 VerfÜgung II VerfÜgung A111 VerfÜgung 54 /F VerfÜgung 8.0 × 7.0
3 VerfÜgung POR2 > SIG VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung - VerfÜgung POR2 VerfÜgung T3 (se) VerfÜgung N2 VerfÜgung IIIB VerfÜgung SM201 VerfÜgung 75 /F VerfÜgung 3,7 × 3.0
2 VerfÜgung POR1 > TC VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T1 (sm2) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung A202 VerfÜgung 60 /M VerfÜgung 4,0 × 3,8 VerfÜgung 0 (IIc) VerfÜgung POR2 > POR1 > TC > SIG VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N0 VerfÜgung normal schwätzen VerfÜgung SM203 VerfÜgung 71 /M VerfÜgung 4,5 × 2.0 VerfÜgung 0 (IIa + IIc) VerfÜgung POR1 > TC > SIG VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T1 (sm2) VerfÜgung N0 VerfÜgung IA VerfÜgung A204 VerfÜgung 65 /F VerfÜgung 5.5 × 3.0 VerfÜgung 3 VerfÜgung POR2 > TC > POR1 VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T3 (se) VerfÜgung N3 VerfÜgung IV
A205 54 /M VerfÜgung 7,4 × 5.8 VerfÜgung 5 zur VerfÜgung POR2 > TC > POR1 VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T3 (se) VerfÜgung N0 VerfÜgung II VerfÜgung A206 VerfÜgung 67 /F VerfÜgung 5.5 × 4,0 VerfÜgung 4 VerfÜgung POR2 > TC > POR1 VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung Wees VerfÜgung T4 (si) VerfÜgung N2 VerfÜgung IV VerfÜgung A207 VerfÜgung 52 /M VerfÜgung 6.0 × 4,0 VerfÜgung 4 VerfÜgung POR1 > POR2 > SIG > TC VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T3 (se) VerfÜgung N3 VerfÜgung IV 75 /M
A208 VerfÜgung 9.0 × 7.0 VerfÜgung 2 VerfÜgung POR1 > TC VerfÜgung - VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N1 VerfÜgung II VerfÜgung A209 VerfÜgung 50 /F VerfÜgung 2,3 × 0,8 VerfÜgung 3 VerfÜgung POR2 > SIG > POR1 > TC VerfÜgung -. VerfÜgung POR /TUB2 VerfÜgung + VerfÜgung POR VerfÜgung T2 (MP) VerfÜgung N2 VerfÜgung IIIA VerfÜgung * Japanesch Klassifikatioun vun gastric carcinoma, geännert VerfÜgung † . TNM Klassifikatioun VerfÜgung UGCs VerfÜgung, Strenz gastric carcinomas; aCGH VerfÜgung, Singular CGH; Am VerfÜgung, Lymph Node, LS VerfÜgung, Layered Struktur; TC VerfÜgung, Bléien Volet; SIG VerfÜgung, Signet Ring Zell carcinoma; POR VerfÜgung, schlecht ënnerscheet adenocarcinoma; POR1 VerfÜgung, Zolitt POR; POR2 VerfÜgung, Non-staark POR; TUB2 VerfÜgung, Mëttelméisseg adenocarcinoma ënnerscheet; Wirkl VerfÜgung, Mucinous adenocarcinoma; m VerfÜgung, mucosa; SM VerfÜgung, submucosa; MP VerfÜgung, Hautfaarf propria; s VerfÜgung, subserora; se VerfÜgung, serosal stéiert; si VerfÜgung, Iwwerfall zu bascht Strukturen; M VerfÜgung, Männlech; F VerfÜgung, Fra; Wees VerfÜgung, net gepréift; NI VerfÜgung, net praktesch. VerfÜgung LS Evaluatioun VerfÜgung Stuf war wéi an enger viregter Etude definéiert [17]. An dowéinst, LS + VerfÜgung Regiounen hu fir d'stroma agespaart kleng carcinoma Zellen am drüs-Hals Niveau datt zu signet Ring Zellen am iwwerflächlech (an déif) lamina propria (Dorënner 1a) lues ënnerscheet. D'Feele vun LS an intramucosal Regioune vun der entholl war déi véier Musteren definéiert: 1) Kontakt vun kleng carcinoma Zellen zu der muscularis mucosae zu SIG, 2) mucinous adenocarcinoma, 3) POR a 4) d'Präsenz vun engem TC (Dorënner 1b- f). Figur 1 Histological Optrëtter vun intramucosal Deeler vun Strenz-Typ gastric carcinomas (UGCs). A signet Ring Zell carcinoma (SIG) Komponent mat engem layered Struktur am Fall A107 (e). Kleng carcinoma Zellen sinn an der verstäerkter Deel just uewen oder an der muscularis mucosae zu engem SIG Komponent am Fall M109 (b) verdeelt. A mucinous adenocarcinoma Komponent am Fall A107 (c). Eng schlecht ënnerscheet adenocarcinoma Komponent am Fall SM106 (d). Minor Bléien Komponente vun Fäll SM105 an SM201, bzw. (Email, f). VerfÜgung Laser microdissection an DNA Virbereedung VerfÜgung klinescher Otemschwieregkeeten Echantillon sech aus 5-μm-décke Otemschwieregkeeten Rubriken kritt eng LMD6000 Laser microdissection System benotzt (Leica Microsystems, Wetzlar, Däitschland). Fir invasiv Cancers, goufen DNA Echantillon aus béide der intramucosal an invasiv Deeler kritt. Fir all Prouf, huet Kriibs Stoffer aus engem Beräich > kritt; 6 mm 2, an déi Kriibs Zellen virgesin ≥70% vun de gesamten Zell zielen. Ray Echantillon waren op 37,0 ° C fir an 200 μg /ml proteinase K Léisung ongeféier 72 Stonnen verdaut a Frankräich DNA mat phenol /chloroform ofgebaut. VerfÜgung Lait Nepgen amplification VerfÜgung Sample DNA Implikatioune war d'GenomePlex Lait Genom Amplification Kit benotzt ( WGA2 Kit; Fläch, St. Louis, USA) [18]. Fir e puer DNA Echantillon datt d'WGA5 Kit (Fläch) war konnt net genuch Kick gin, beschäftegt. VerfÜgung Singular CGH VerfÜgung An oligo CGH microarray (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) benotzt gouf an dës Etude, laut der Uweisungen d'Hiersteller. An dowéinst, goufen d'Implikatioune entholl a Kontroll DNA Echantillon Net-enzymatically mat Cy5 an Cy3 gekennzeechent, respektiv, de Genom DNA Uls Etiquetage Kit (Agilent) an competitively hybridized zu der microarray benotzt. D'hybridized vill Biller huet mat enger DNA microarray Scanner (Agilent) ageholl an dann d'fluorescence Intensitéit vun der entholl a Kontroll op all Studiebäihëllefe Punkt war vun Spillfilmer Extraktioun Ver.9.5.3 (Agilent) berechent. D'Partie Date goufen normalized Frankräich Workbench Software Ver.5.0 benotzt (Agilent). D'Positioune vun oligomers baséieren op de Mënscherechter Genom Februar 2009 Montage (hg19). Copy-Nummer Dumouriez a Verloschter huet den Ännerungen an der uräicheren un der Basis 2 vun der entholl definéiert zu Signal Intensitéit Verhältnis (T /R) grouss wéi 0,3219 a manner wéi -0,3219, bzw.. VerfÜgung Koup Analyse VerfÜgung Referenz Roman subtyping vun UGC Echantillon vun dëser Etude, eng unsupervised Hierarchie Stärekoup Analyse baséiert op Frankräich Profil Ähnlechkeet Leeschtunge gouf andeems de Programmer Koup 3.0 a Software TreeView ganze 63 Echantillon vun 29 UGC Fäll applizéiert. D'Käre sind opgeriicht linkage Käre mat engem uncentered Korrelatioun zu komplett. Fir unsupervised Stärekoup Analyse aktivéiert, mir standing unbiased Reduktioun vun Studiebäihëllefe Zuel vu ronn 60.000 zu puer dausende vun Ämter. Fir dësen Zweck, ausgewielt mir grouss Genen well d'grouss Zuel vun deementspriechende Ämter schéinen verbessert Signal-ze-Kaméidi Verhältnis vun de Vertrieder aus Zuelen Gentherapie Copy. D'unsupervised Spiller erlaabt eis eng intern Standard Parameteren Käre Resultater ze confirméieren; der Kopie Zuel Profiler an Echantillon vun der selwechter entholl soll méi ähnlech sinn wéi all Kopie Zuel Profiler vun aneren entholl well d'Gene hire Restaurant am Prozess vun carcinogenesis ënnert der Echantillon aus der selwechter entholl haaptsächlech heefeg sinn. VerfÜgung statistique Analysë VerfÜgung Differenzen an weider Dëscher fir statistesch Bedeitung évaluéieren benotzt Fisher d'exakt Test. E P &Si besteet; 0,05 (2-eesäitegen) war statistesch relevant considéréiert. D't VerfÜgung Test d'Welch war benotzt den Ënnerscheed zu menge DNA Kopie Zuel fir all Studiebäihëllefe tëscht zwee Stärekéip vun Echantillon ze diskutéieren. D'Bonferroni Korrektur gouf benotzt fir verschidde Vergläicher ze korrekt. VerfÜgung Resultater VerfÜgung mat vill CGH analyséiert Echantillon VerfÜgung Ray Echantillon vun 29 archivéiert GC uplanzen vun Laser microdissection excised goufen. Der Populatioun Otemschwieregkeeten Prouf 11 Regiounen abegraff (aus 9 intramucosal SIGs), vun deenen 9 Regiounen sech LS + an déi aner zwee LS-, 26 Regiounen (aus 11 LS + invasiv UGC), vun deenen 10 LS + mucosal Regioune waren, 8 sech LS- mucosal Regiounen an 8 sech invasiv Regiounen, an 26 Regiounen (aus 9 LS- /TC + invasiv UGCs):. 9 intramucosal POR, 9 intramucosal TC an 8 invasiv Regiounen VerfÜgung Genom breet Kopie Zuel hire Restaurant E Komplott vun der genetesch aberration VerfÜgung penetrance fir all chromosomes ass fir LS + UGCs an LS- /TC + UGCs zu Dorënner 2a an Dorënner 2b, bzw. gewisen. Copy-Nummer Dumouriez a Verloschter huet méi heefeg an LS- /TC + UGCs wéi an LS + UGCs. Déi heefegsten Copy-Zuel hëlt sech um 3q26 (7/63 Echantillon) fonnt, 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) an 12p12 (6/63), während den heefegsten Copy-Nummer Verloschter goufen um 7q36 (5/63) an 12p12 (5/63) fonnt. Figur 2 Heefegkeet vun Copy-Nummer hire Restaurant op der chromosome Niveau. De Prozentsaz vun de Echantillon datt CNAs fir all chromosome am LS + UGCs (en) an LS- /TC + UGCs (b) hunn. Dumouriez a Verloschter si mat rouden uginn a gréng, respektiv. VerfÜgung Copy-Nummer hire Restaurant (CNAs) gemeinsam un all d'Echantillonen aus der selwechter entholl stemline Ännerungen genannt goufen [14] a belafe sech op d'éischt Etapp vun tumourigenesis ze geschéien an ginn Onfruchtbarkeet an entholl antike. Stemline Gewënn vun 3q26 sech zu 2/20 Fäll vun invasiv LS + UGCs an keent vun invasiv LS- /TC + UGCs fonnt. Am Géigesaz, stemline Gewënn vun 5p15, 8p23 an 12p12 goufen zu 2/9 Fäll vun invasiv LS- /TC + UGCs mä op kee Fall vun invasiv LS + UGCs fonnt. Nee stemline Défaiten an all Fäll vun UGCs fonnt goufen. VerfÜgung virdrun Studie mat chromosomal oder vill CGH Analysë [19-27] gemellt dass heefeg CNAs zu gastric Cancers (gemeinsam ze souwuel UGC an DGC) chromosomal Iwwerhand um 3q waren, 5p, 7P, 8q, 13q, 17q, 20p an 20q, a Verloschter bei 4q, 5Q, 6q, 9p, 17p, 18q an 21q. An der UGCs am Moment studéieren iwwerpréift, all Rapport virdrun CNAs ausser Iwwerhand um 17q a 20p a Verloschter bei 5Q an 6q observéiert goufen. Gewënn um 8p an den 12P sech zu LS- /TC + UGCs gemeinsam. Copy-Nummer Iwwerhand um 8q24 sech gemeinsam an zwou Zorte vun UGCs, mat 4/20 Fäll vun LS + UGCs an 3/9 Fäll vun invasiv LS- /TC + UGCs, mä dës huet sech net stemline Ännerungen. VerfÜgung onparteilecher Auswiel vun Genen Spigelteleskopen de ganzen Nepgen Profil VerfÜgung fir UGC Echantillon baséiert op de globale Ähnlechkeet an de Profil vun der Gentherapie Kopie Zuel Ännerungen klassifizéieren, déi mir unsupervised Hierarchie Stärekoup Analyse. Fir dëst Zil war, et néideg d'Nummer vun der Gentherapie Ämter am Stärekoup Analyse vun 60K zu puer dausende benotzt ze reduzéieren. D'reduzéiert Unzuel vu Genen sollen nach déi ganz Nepgen Profil spigelen wann onparteiesch ausgewielt. Fir dëse Konditiounen erfëllen, ausgewielt mir Genen baséiert eleng op der Gréisst vun Genen (d'Zuele vun deementspriechende Ämter). No widderholl Prozesser vum Stärekoup Analysë Genen vun verschiddenen Minimum ze gesin (oder Studiebäihëllefe Nummere pro Gentherapie) benotzt, observéiert mir dat meescht CNAs aus der selwechter entholl méi op der Strooss waren enk zesumme wéi all Echantillon aus aneren UGC Fall wou mer nëmme Genen mat 3 analyséiert oder méi Ämter pro Gentherapie:. insgesamt 5019 Genen VerfÜgung Course vun UGC Hierarchie Stärekoup Analyse mat VerfÜgung Mir en unsupervised zwee-Dimensiounen Hierarchie Käre sind applizéiert, zu engem Ganzen der 63 DNA Echantillon vun 29 UGCs. D'Echantillon sech an zwee gréisser Kéip A a B, klassifizéiert baséiert op Ähnlechkeet an der Nepgen Profil (Dorënner 3). Vun 63 Echantillonen, 30 LS + UGCs waren an Stärekoup A séiert an nëmmen 7 an Stärekoup B. Fir LS- /TC + UGCs, goufen 8 Echantillonen an Stärekoup A séiert an 18 an Stärekoup B. All Intramucosal LS + UGCs waren am Stärekoup A. Stärekoup abegraff a a B hu vill verschidde Undeeler vun morphological bestemmt (P = 0.0001). Figur 3 Unsupervised Hierarchie Stärekoup Analyse vun lackeleg-baséiert Komparativ Frankräich hybridization (aCGH) Daten. Gene Copy-Nummer Dumouriez a Verloschter ginn duerch rout a gréng uginn, bzw.. Eng total vun 63 Echantillon vun 29 UGCs sech an zwee gréisser Kéip séiert: A a B. meescht Echantillon vun LS + UGCs waren am Stärekoup A a Meeschter LS- /TC + UGCs Echantillon waren am Stärekoup B. de All Intramucosal LS + UGCs waren dorënner och zu Copy Zuel hire Restaurant vun MYC VerfÜgung an TP53
Stärekoup A. VerfÜgung Iwwerhand um 8q24 sech gemeinsam hire Restaurant fir béid LS + an LS- /TC + UGCs. D'Vertrieder Genen op dëser nët etabléiert ass MYC. VerfÜgung Gewënn vun MYC VerfÜgung sech zu 2/11 vun Intramucosal LS + UGCs (18.2%) fonnt, 6/26 vun LS + UGC (23.1%) an 8/26 vun invasiv LS- /TC + UGCs (30,1%). Déi aggressiv Muster (MYC + VerfÜgung an /oder TP53 VerfÜgung -) war an 6/11 vun Intramucosal LS + UGCs (54.5%), 11/26 vun invasiv LS + UGCs (42.3%) an 20/26 vun invasiv LS fonnt - /TC + UGCs (76.9%; Dorënner 4). Dofir, war méi de aggressiv Muster dacks zu invasiv LS- /TC + UGCs fonnt wéi zu LS + UGCs (P = 0.0195). D'deenen Muster (MYC VerfÜgung - an TP53 + VerfÜgung) war an engem vun de UGC Echantillon net festgestallt, och déi aus intramucosal GCs (Dorënner 4). Figur 4 Singular CGH Donnéeën vun MYC an TP53 zu LS + UGCs an LS- /TC + UGCs. LS + UGCs sinn agedeelt intramucosal Cancers an invasiv Cancers. Numerals mengen huel 2 uräicheren vun den Test /Referenzmaterial Signal Intensitéit nennen vun lackeleg CGH Daten. Grouss Dumouriez a Verloschter si mat rout a gréng uginn, bzw.. D'Echantillon markéiert mat an ouni gro Spillraum ginn an Stärekoup B an Stärekoup A abegraff, respektiv, vun Dorënner 3. VerfÜgung Copy Zuel hire Restaurant vu Genen aner wéi MYC VerfÜgung oder TP53
Als verwisen, 5p15 war ee vun den heefegsten gewannen Siten zu invasiv LS- /TC + UGCs (8/26; 30,7%), mee war zu kengem vun den 37 intramucosal an invasiv LS + UGCs (Dorënner 2) net fonnt. D'Zil Genen op dëser nët läit vläicht de telomerase ëmgedréint transcriptase Gentherapie (TERT VerfÜgung) gehéiert well e falschen VerfÜgung TERT méi dacks zu invasiv LS- /TC + UGCs wéi intramucosal an invasiv LS + UGCs (16/26 vs. nogewise gouf 1/37, P &Si besteet; 0.0001) (Dorënner 5). Am Géigesaz, TERT Perte vun VerfÜgung goufen 4/37 Echantillon vun intramucosal an invasiv LS + UGCs (10.8%), mee net an invasiv LS- /TC + UGCs fonnt. Figur 5 Singular CGH Donnéeën vun Genen aner wéi MYC an TP53 mat vill verschiddene T /R Verhältnis tëscht Stärekéip A a B. UGCs ënnerdeelt ginn an Stärekéip A a B, déi zu Figur alles goufen 3. D'Hëtzt Kaart weist der Basis 2 uräicheren vun der Test /Referenzmaterial Signal Intensitéit nennen vun lackeleg CGH Daten. Dumouriez a Verloschter si mat rouden uginn a gréng, respektiv. VerfÜgung Welch d't VerfÜgung Test Leeschtung war d'mengen T /R Verhältnis tëschent de Echantillon am Stärekoup A an déi am Stärekoup B op all 2756 Studiebäihëllefe loci vun 979 Kriibs ze vergläichen -related Genen. Véierzeg-dräi Gentherapie Ämter, zu 40 Genen spillen, hu vill anerer mengen T /R nennen tëscht Stärekoup A a B op engem Niveau vu P &Si besteet; 0,05 der Bonferroni Korrektur (Table 2). Vun der 40 Genen, 6 Genen (KIT VerfÜgung, Ran VerfÜgung, RAB39B VerfÜgung, RAB9A VerfÜgung, RAB37 VerfÜgung an TERT VerfÜgung), dorënner proto-oncogenes, goufen am Eck entholl agebonne Genen Wuesstem, an 8 (ETS1 VerfÜgung, SPI1 VerfÜgung, ETV6 VerfÜgung, EPHA7 VerfÜgung, EPHA5 VerfÜgung, EPHB2 VerfÜgung, EPHA10 VerfÜgung an TRIO VerfÜgung) zu Invasioun /Metastasen an 3 Genen (APC, NF1 VerfÜgung an MEN1 VerfÜgung) zu entholl Ennerdréckung (Table 2). Déi meescht vun den iwwerkuckte Versiounen _{2 T /R nennen vun de 43 Ënnerscheedung Gentherapie Ämter goufen vun Géigendeel Wellef Stärekéip A a B, mat méi an absolute Wäerter am Stärekoup B (Dorënner 5) .Table 2 Lëscht vun 40 Genen datt CNAs hunn vill verschiddene tëscht Stärekéip a a B VerfÜgung Studiebäihëllefe Numm
Location
Numm vum Gene
Beschreiwung
P-Wäert
Pvalue no Bonferroni Korrektur
A_16_P41637097 VerfÜgung Xp21.2 VerfÜgung DMD
dystrophin VerfÜgung 4.541E-08 VerfÜgung 1.251E-04 VerfÜgung A_14_P133591 VerfÜgung 5q21- Q22 VerfÜgung APC
adenomatous polyposis belaascht VerfÜgung 5.774E-08 VerfÜgung 1.591E-04 VerfÜgung A_14_P130973 VerfÜgung 4q11-Q12 VerfÜgung * KIT
v -kit Hardy-Zuckerman 4 Déifferdeng sarcoma Haren oncogene homolog VerfÜgung 1.047E-07 VerfÜgung 2.886E-04 VerfÜgung A_14_P125447 VerfÜgung 13q12-Q14 VerfÜgung SMAD9
SMAD Familljemember 9
1.373E-07 VerfÜgung 3.784E-04 VerfÜgung A_14_P100439 VerfÜgung 12q24.3 VerfÜgung * Ran
Member RAS oncogene Famill VerfÜgung 1.876E-07 VerfÜgung 5.171E -04 VerfÜgung A_14_P102616 VerfÜgung 20q11.2 VerfÜgung GDF5
Wuesstem dat Faktor 5 zur VerfÜgung 2.828E-07 VerfÜgung 7.794E-04 VerfÜgung A_14_P133647 VerfÜgung 11q23.3 VerfÜgung ** ETS1
v-etserythroblastosis Virus E26 oncogene homolog 1 (Vullegripp) VerfÜgung 5.603E-07 VerfÜgung 0,0015 VerfÜgung A_14_P138640 VerfÜgung 5p14.3 VerfÜgung CDH18
zu cadherin 18, Typ 2 VerfÜgung 6.138E-07 VerfÜgung 0,0017 VerfÜgung A_14_P128664 VerfÜgung 18q23 VerfÜgung ATP9B
ATPase, Klass II, Typ 9B VerfÜgung 6.474E -07 VerfÜgung 0,0018 VerfÜgung A_14_P124801 VerfÜgung 19p12 VerfÜgung PBX4 VerfÜgung 4 Pre-B-Zell Leukämie homeobox
1.010E-06 VerfÜgung 0,0028 VerfÜgung A_14_P118423 VerfÜgung Xq28 VerfÜgung * RAB39B
Member RAS oncogene Famill VerfÜgung 1.573E-06 VerfÜgung 0,0043 VerfÜgung A_14_P134602 VerfÜgung 17q11.2 VerfÜgung NF1
neurofibromin 1
1.802E-06 VerfÜgung 0,0050 VerfÜgung A_14_P120351 VerfÜgung 5q31.1 VerfÜgung IL5
interleukin 5 (Kolonie-Spannend Faktor, eosinophil) VerfÜgung 1.988E-06 VerfÜgung 0,0055 VerfÜgung A_14_P125637 VerfÜgung 6q16.1 VerfÜgung ** EPHA7
EPH receptor A7 VerfÜgung 2.153E-06 VerfÜgung 0,0059 VerfÜgung A_14_P100300 VerfÜgung 13q12-Q14 VerfÜgung SMAD9
SMAD Familljemember 9 VerfÜgung 2.525E-06 VerfÜgung 0,0070 VerfÜgung A_14_P201681 VerfÜgung 7p21.1 VerfÜgung ITGB8
integrin, Beta 8 VerfÜgung 2,589 E-06 VerfÜgung 0,0071 VerfÜgung A_14_P130112 VerfÜgung Xp22.2 VerfÜgung * RAB9A
RAB9A, Member RAS oncogene Famill VerfÜgung 2.949E-06 VerfÜgung 0,0081 VerfÜgung A_14_P120484
1q41 VerfÜgung RPS6KC1
ribosomal FAQ S6 kinase, 52 kDa, polypeptide 1 VerfÜgung 3.052E-06 VerfÜgung 0,0084 VerfÜgung A_16_P16709446 VerfÜgung 4q13.1 VerfÜgung ** EPHA5
EPH receptor A5 VerfÜgung 3.584E-06 VerfÜgung 0,0099 VerfÜgung A_14_P201127 VerfÜgung 2q32 VerfÜgung DLX2
distal-manner homeobox 2 VerfÜgung 3.703E-06 VerfÜgung 0,0102 VerfÜgung A_14_P126957 VerfÜgung 11p11.2 VerfÜgung ** SPI1
Mëlz konzentréieren administrativ Virus (SFFV) proviral Integratioun oncogene VerfÜgung 4.334E-06 VerfÜgung 0,0119 VerfÜgung A_14_P104667 VerfÜgung 8q22.2 VerfÜgung STK3
serine /threonine kinase 3 VerfÜgung 4.386E-06 VerfÜgung 0,0121 VerfÜgung A_14_P137889 VerfÜgung 14q13.3 VerfÜgung NKX2-8
NK2 homeobox 8 VerfÜgung 5.393E-06 VerfÜgung 0,0149 VerfÜgung A_14_P109970 VerfÜgung 1p36.1-p35 VerfÜgung ** EPHB2
EPH receptor B2 VerfÜgung 6,637 E-06 VerfÜgung 0,0183 VerfÜgung A_14_P118116 VerfÜgung Xp21.2 VerfÜgung DMD
dystrophin VerfÜgung 8.087E-06 VerfÜgung 0,0223 VerfÜgung A_16_P01378894 VerfÜgung 5q34 VerfÜgung ATP10B
ATPase, V, Typ 10B VerfÜgung 8.165E-06 VerfÜgung 0,0225 VerfÜgung A_14_P139456 VerfÜgung 17q25.1 VerfÜgung * RAB37
Member RAS Famill oncogene VerfÜgung 1.001E-05 VerfÜgung 0,0276 VerfÜgung A_14_P111361 VerfÜgung 17q21.2 VerfÜgung KRT33B
keratin 33B VerfÜgung 1.069E-05 VerfÜgung 0,0295 VerfÜgung A_14_P134909
19p13.3-p13.2 VerfÜgung INSR
Insulin receptor VerfÜgung 1.110E-05 VerfÜgung 0,0306 VerfÜgung A_16_P02740008 VerfÜgung 13q12 VerfÜgung ATP8A2
ATPase , aminophospholipid Fernsehn, Klass sin, Typ 8A, Member 2 VerfÜgung 1.129E-05 VerfÜgung 0,0311 VerfÜgung A_14_P102858 VerfÜgung 1q42 VerfÜgung KIAA1804
gemëscht antike kinase 4 VerfÜgung 1.155E -05 VerfÜgung 0,0318 VerfÜgung A_14_P113857 VerfÜgung 12p13 VerfÜgung ** ETV6
Ets Variant 6 VerfÜgung 1.172E-05 VerfÜgung 0,0323 VerfÜgung A_14_P115054 VerfÜgung 16q22.3 VerfÜgung ZFHX3
Zénk Fanger homeobox 3 VerfÜgung 1.180E-05 VerfÜgung 0,0325 VerfÜgung A_14_P138431 VerfÜgung 1p32-p31 VerfÜgung ROR1
receptor tyrosine kinase-wëll orphan receptor 1 VerfÜgung 1,209 E-05 VerfÜgung 0,0333 VerfÜgung A_18_P22746653 VerfÜgung 3p25.3 VerfÜgung ATP2B2
ATPase, Ca ++ transportéieren, Plasma Membran 2 VerfÜgung 1.282E-05
0,0353 VerfÜgung A_14_P105811 VerfÜgung 11q13 VerfÜgung MEN1
Multiple endocrine neoplasia VerfÜgung ech 1.318E-05 VerfÜgung 0,0363 VerfÜgung A_14_P136621 VerfÜgung 18q11.2 VerfÜgung CDH2
cadherin 2, Typ 1, N-cadherin (neuronal) VerfÜgung 1.420E-05 VerfÜgung 0,0391 VerfÜgung A_14_P103176 VerfÜgung 1p34.3 VerfÜgung ** EPHA10 VerfÜgung}