los linajes genéticos de los carcinomas gástricos de tipo indiferenciado analizados por la agrupación sin supervisión de microarrays de ADN genómico data

los linajes genéticos de los carcinomas gástricos de tipo indiferenciado analizados por la agrupación sin supervisión de los datos de microarrays de ADN genómico
Resumen Antecedentes

Se sospecha que los principios carcinoma gástrico (GC) es una variante inactiva que raramente progresa a GC avanzada. Hemos demostrado que las variantes inactivas y agresivos de los adenocarcinomas tubulares (recipientes de lavado) del estómago se caracterizan por la pérdida de MYC Opiniones y ganancia de TP53 Opiniones y ganancia de MYC
y /o pérdida de TP53
, respectivamente. El objetivo de este estudio es determinar si este es también el caso de los GC de tipo indiferenciado (UGCs) de diferentes linajes genéticos: una con una estructura de capas (LS +), derivadas de principios de sello carcinomas de células en anillo (SIG), y el otro , sobre todo los adenocarcinomas pobremente diferenciados, sin LS, pero con un menor componente tubular (TC), dediferenciado de las tinas (LS- /TC +).
Métodos
Uso 29 estómagos resecado quirúrgicamente con 9 y 20 intramucoso UGCs invasivas (11 LS + y 9 LS- /TC +), 63 muestras de ADN genómico de la mucosa y partes invasivos y los ADN de referencia correspondientes se prepararon a partir, tejidos embebidos en parafina fijado en formol con microdisección por láser, y se sometieron a una serie basada en la hibridación genómica comparada (aCGH), utilizando microarrays de 60K, y la posterior supervisión, la agrupación jerárquica. De 979 genes relacionados con el cáncer evaluadas, se seleccionaron los genes con el número de copias medias significativamente diferentes entre los dos grupos principales.
: Resultados de la base de similitud en el perfil-genómica número de copias, las 63 muestras se clasificaron en dos grupos principales. Los grupos A y B, que eran ricos en LS + UGC y LS- /TC + UGC, respectivamente, fueron discriminados sobre la base de 40 genes. El modelo agresivo fue detectado con mayor frecuencia en LS- /TC + UGCs, (20/26; 77%), que en LS + UGCs (17/37; 46%; p = 0,0195), mientras que hay un patrón en estado latente se detectó en ninguno de las muestras de UGC.
Conclusiones
en contraste con las tinas, copia alteraciones en el número de MYC Opiniones y TP53
exhibieron un patrón agresivo en LS + SIG en etapas tempranas y avanzadas, lo que indica que los primeros LS + UGCs inevitablemente al progreso un CG avanzado. Categoría B (enriquecido en LS- /TC +) exhibió la ganancia más frecuente de los genes del conductor y un modelo agresivo más frecuente que el grupo A, lo que sugiere potencialmente peor pronóstico en UGCs de la categoría B. Antecedentes

carcinoma gástrico (CG) tienen han clasificado histológicamente en intestinal, difusa y no clasificados tipos de Lauren [1] y el tipo no clasificados se dividen a su vez en tipos sólidos y mezclado por Carneiro [2]. El carcinoma gástrico de tipo indiferenciado (UGC) de acuerdo con la clasificación de Japón [3] se superpone sobre todo GC pobremente diferenciado, que comprende no sólo el tipo difuso incluyendo carcinoma de células en anillo de sello (SIG), sino también el tipo sólido y el tipo mixto con tubular de menor importancia componente (TC).
Recientemente se ha propuesto que avanzó de tipo difuso GC pueden derivar de cualquiera de tipo difuso temprano o de tipo intestinal GC. adenocarcinoma tubular bien diferenciado (TUB) se puede transformar en un adenocarcinoma pobremente diferenciado (POR) después de que el silenciamiento de genes relacionados con la adhesión célula incluyendo CDH1
[4, 5]. Los carcinomas de tipo mixto de Carneiro por lo tanto pueden solapar las tinas indiferenciadas. Se ha informado de que la tasa de supervivencia de los pacientes con de tipo mixto GCs fue significativamente menor que la de los pacientes con GCs de otros tipos [2], mientras que la tasa de supervivencia de los pacientes GC temprana con SIG fue mayor que la de los pacientes GC sin SIG [6]. Por lo tanto UGCs se pueden dividir en subgrupos con diferente pronóstico. Recientemente, se ha suspendido un programa masivo detección de neuroblastomas [7-9] en Japón porque se observó un linaje genético discontinua entre el temprano y los neuroblastomas presentadoras de finales de los años. neuroblastomas negativos y presentadoras de finales de los años (≥1 año) exhibieron casi diploidía con deleción terminal 1p, mientras que neuroblastomas positivos en los lactantes exhibieron casi triploidía sin 1p supresión [10, 11]. Para llevar a cabo tales subgrupos, hemos clasificado UGCs basado en la continuidad de los linajes genéticos, así como la expresión de marcadores de linaje morfológicas.
Nuestro análisis cromosómico utilizando linaje hibridación genómica comparada (CGH) se basó en los marcadores de linaje morfológicas distintivas. Una estructura en capas (LS) representa una fase incipiente de desarrollo SIG [12] y es comúnmente mantiene incluso en una etapa avanzada en el estómago humano. En las regiones tumorales con LS, el modo de la proliferación celular parece que en la mucosa gástrica normal. Y se cree que las células tumorales permanecen confinados a la mucosa como la medida en que crecen para formar los LS [13]. Nuestro análisis de linaje confirmó que POR con LS fue derivado de intramucoso SIG, mientras POR sin LS y con un TC menor (< 30%), se deriva de TC [14, 15]. Sin embargo, el TC no siempre se deriva de TINA temprano, pero también podría ser derivado de SIG, mientras que LS apenas se deriva de TINA [15]. Por lo tanto, como un marcador de linaje morfológica, LS puede tener prioridad sobre TC. Además, se observan UGCs sin LS o TC debido a la pérdida secundaria de estos marcadores, lo que nos llevó a adoptar matriz CGH (aCGH) y análisis de clúster no supervisado de los datos aCGH para clasificar UGCs únicamente sobre la base de similitud en el número de copia genómico . perfil | En-tipo diferenciado carcinomas gástricos (PED), análisis de nuestro linaje reciente basada en aCGH reveló dos linajes genéticos: uno con la pérdida de número de copias de MYC Opiniones y ganancia de TP53
número de copia (MYC pérdida y TP53 +
), un patrón en estado latente, y el otro con el aumento de número de copias de MYC
y /o copiar número de TP53 gratis (MYC +
y /o TP53 -
CD -), un modelo agresivo. El patrón latente representó el 70% de las muestras de carcinoma intramucosos y media de las muestras de piezas intramucosos de los carcinomas invasivos. Las partes invasivos de la mayoría de los carcinomas invasivos mostraron el patrón agresivo número de copias alteración (CNA). Cuando la parte intramucoso de un cáncer avanzado estaba latente, el linaje era discontinua entre la mucosa y partes invasivos. Por lo tanto, el MYC CD - /+ y TP53
MYC
+ y /o TP53.
- CNA patrones pueden ser firmas de bañeras de inactivos y agresivos, respectivamente [16] En el presente
estudio, se prepararon muestras de ADN genómico de la mucosa y partes invasivos de UGCs tempranas y avanzadas y se sometieron a gen número de copias análisis utilizando aCGH, seguido de análisis de agrupamiento no supervisado de los datos aCGH. Sobre la base de estos resultados, hemos examinado la relación entre los marcadores de linaje morfológicos y genéticos y varios genes marcadores de linaje útiles identificadas para UGC.
Métodos México La Junta de Revisión Institucional de Ética Médica de la Universidad de Shiga de Ciencias Médicas aprobó el estudio de la condición que las muestras de UGC utilizados fueron anónimo. No se requiere el consentimiento informado por escrito porque este estudio retrospectivo se utilizaron muestras de archivo Las muestras de tejido
Este estudio incluyó a 29 resecado quirúrgicamente, embebidos en parafina, UGCs fijado en formol tamponado:. 20 con LS en al menos una parte del tumor (LS + , 9 y 11 intramucosaltumours tumores invasivos) y 9 sin LS sino que contiene una pequeña TC (LS- /TC +, todos los tumores invasivos) (Tabla 1). TC se definió como un componente de adenocarcinoma bien o moderadamente diferenciado que comprende ≤ 30% de la totalidad del tumor [15]. Todas las muestras fueron seleccionadas de casos de CG diagnosticados en nuestro servicio entre 1997 y 2011. intramucoso LS + UGC pacientes promediaron 57,6 años (rango, 48-79) y los pacientes con invasoras LS + UGCs 60,2 años (rango, 48-79) y los pacientes con LS-invasivo /TC + UGCs 62,2 años (rango, 50-75). La clasificación macroscópica se determinó de acuerdo con la Clasificación japonesa de cáncer gástrico con la estadificación TNM [3] .Tabla 1 Resumen de las características clinicopatológicas de 29 UGCs
Caso sin
Edad /sexo
Tamaño de la lesión de la mucosa (cm)
tipo macroscópica *
tipo histológico *
región de muestreo para aCGH
profundidad de la invasión †
LN meta † †
Etapa
intramucoso parte
parte invasiva
LS LS
no
TC
M101
79 /F
8,5 x 4,0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT NT

T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9.5 × 5.0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1.4 × 0.8
0 (IIc )
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6.0 × 5.0
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m 1.5
× 1.2
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1.2 × 1.0
0 (IIc)
SIG
+ CD -
- T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4,0 x 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6.0 × 2.8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5.3 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5.0 × 3.0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT NT

POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
tub2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3.7 × 2.3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR
- NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
A108
46 /M
4,0 x 2,8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI NI
-
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3.8 × 3.3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR
- SIG
T1 (SM2)
N0
IA
A110
57 /M
5.5 × 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR
- POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR
- POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3.7 × 3.0
2
POR1 > TC -
POR /tub2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M 4,0 x 3,8

0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 × 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /tub2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5.5 × 3.0 página 3
POR2 > TC > POR1 -
POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8 página 5
POR2 > TC > POR1 -
POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N0
II
A206
67 /F
5.5 × 4.0
4 de POR2 > TC > POR1 -
POR /tub2
+
NT
T4 (SI)
N2
IV
A207
52 /M
6.0 × 4.0
4 de POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /tub2
+
POR
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9,0 × 7,0
2 POR1 > TC -
POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 x 0,8 página 3
POR2 > SIG > POR1 > TC CD -.
POR /tub2
+
POR
T2 (mp)
N2
IIIA
* clasificación japonesa de carcinoma gástrico, modificado
† . TNM de clasificación
UGCs
, carcinomas gástricos no diferenciadas; aCGH
, Array CGH; LN
, los ganglios linfáticos, LS
, estructura en capas; TC
, componente tubular; SIG
, Sello carcinoma de células en anillo; POR
, adenocarcinoma pobremente diferenciado; POR1
, POR sólido; POR2
, POR no sólidos; Tub2
, adenocarcinoma moderadamente diferenciado; MUC
, mucinoso adenocarcinoma; m
, la mucosa; sm
, submucosa; pf propia
, musculares; ss
, subserora; se
, la exposición serosa; SI
, la invasión de estructuras adyacentes; M
, Masculino; F
, Mujer; NT
, no ensayado; NI
, no informativo.
Evaluación LS LS
se definió como en un estudio anterior [17]. En pocas palabras, LS +
regiones tenían carcinoma de células pequeñas confinados al estroma a nivel glándula del cuello que poco a poco diferenciado de células en anillo de sello en la propia superficial (y profundo) lámina (Figura 1a). La ausencia de LS en regiones intramucosos del tumor se define por cuatro patrones: 1) contacto de las células de carcinoma de pequeñas a la muscular de la mucosa en el SIG, 2) de adenocarcinoma mucinoso, 3) Por y 4) la presencia de un TC (Figura 1B F). Figura 1 apariencias histológicas de piezas de intramucosos de tipo indiferenciado carcinomas gástricos (UGCs). Un componente de carcinoma de células en anillo de sello (SIG) con una estructura de capas en el caso de A107 (a). células de carcinoma de pequeñas se distribuyen en la parte más profunda justo por encima o en la muscularis mucosae en un componente SIG en caso de M109 (b). Un componente mucinoso adenocarcinoma en el caso de A107 (c). Un componente de adenocarcinoma pobremente diferenciado en caso SM106 (d). componentes tubulares de menor importancia en los casos SM105 y SM201, respectivamente (e, f). microdisección
Laser y preparación de ADN
muestras de tejidos tumorales se obtuvieron de secciones de tejido 5-m de espesor utilizando un sistema de microdisección por láser LMD6000 (Leica Microsystems, Wetzlar, Alemania). Para los cánceres invasivos, muestras de ADN se obtuvieron a partir tanto de la intramucoso y partes invasivos. Para cada muestra, los tejidos de cáncer se obtuvieron de un área > 6 mm 2, en el que las células de cáncer representaron ≥70% del recuento total de células. Las muestras de tejido se sometieron a digestión en 200 g de solución /ml de proteinasa K durante aproximadamente 72 horas a 37,0 ° C y el ADN genómico extraído con fenol /cloroformo.
amplificación del genoma entero
la muestra de ADN se amplificó utilizando el kit de amplificación del genoma entero GenomePlex ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, EE.UU.) [18]. Para algunas muestras de ADN que no podía ser suficientemente amplificadas, se empleó el Kit WGA5 (Sigma).
Matriz CGH
un oligo CGH microarrays (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, EE.UU.) se utilizó en este estudio, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. En resumen, las muestras de ADN tumorales y de control fueron amplificados no enzimáticamente marcadas con Cy5 y Cy3, respectivamente, utilizando el genoma de ADN ULS Etiquetado Kit (Agilent) y competitivamente hibridó con la micromatriz. Las imágenes de la matriz hibridados se capturaron usando un escáner de microarrays de ADN (Agilent) y luego la intensidad de fluorescencia del tumor y de control en cada punto de la sonda se calcula Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). El conjunto de datos se normalizaron utilizando el software Workbench Ver.5.0 Genómica (Agilent). Las posiciones de los oligómeros se basan en el conjunto de 2009 Genoma Humano de febrero (hg19). Las ganancias y pérdidas del número de copias se definieron como los cambios en el logaritmo en base 2 del tumor para hacer referencia a relación de intensidad de señal (T /R) mayor que 0,3219 y menos de -0,3219, respectivamente. El análisis
Cluster
Para realizar nuevos subtipos de muestras UGC basados ​​en la similitud perfil genómico en este estudio, se aplicó un análisis de agrupamiento jerárquico no supervisado a través de 63 muestras de 29 casos de UGC mediante el uso de los programas de software Cluster 3.0 y TreeView. El algoritmo de agrupamiento se estableció para completar vinculación agrupación utilizando una correlación uncentered. Para habilitar el análisis de agrupamiento no supervisado, se realizó la reducción objetiva de la sonda número de alrededor de 60.000 a varios miles de sondas. Para este propósito, se seleccionaron grandes genes debido a que el mayor número de sondas correspondientes resultó en una mejor relación señal-ruido de los números de copias de genes representativos. La estrategia no supervisado nos ha permitido establecer un estándar interno para validar resultados de la agrupación; los perfiles de número de copias en muestras del mismo tumor deben ser más similares que los perfiles de número de copias de otro tumor debido a que las alteraciones genéticas en el proceso de carcinogénesis son en gran medida común entre las muestras de un mismo tumor analiza.
estadístico
Las diferencias en las tablas de contingencia se evaluó la significación estadística mediante la prueba exacta de Fisher. Un P < 0,05 (2 caras) fue considerado estadísticamente significativo. se utilizó t
La prueba de Welch para evaluar la diferencia en el número medio de copias de ADN para cada sonda entre dos grupos de muestras. La corrección de Bonferroni se utilizó para corregir para comparaciones múltiples.
Resultados
muestras analizadas con CGH array
Las muestras de tejido fueron extirpados de 29 muestras de GC archivados por microdisección láser. La población de la muestra de tejido incluye 11 regiones (de 9 intramucoso SIG), de los cuales 9 regiones eran LS + y los otros dos LS-, 26 regiones (de 11 LS + invasiva UGC), de los cuales 10 eran LS + regiones mucosas, 8 eran de la mucosa LS- regiones y 8 eran regiones invasoras y 26 regiones (de 9 LS- UGCs /TC + invasoras): 9. intramucoso POR, 9 y 8 TC intramucoso regiones invasivos
número de copias del genoma amplia alteraciones
una parcela de la aberración genética penetrancia para todos los cromosomas se muestra como LS + UGCs y LS- /TC + UGCs en la figura 2a y Figura 2b, respectivamente. Las ganancias y pérdidas del número de copias fueron más comunes en LS- /TC + UGCs que en LS + UGCs. Se detectaron los aumentos del número de copias más frecuentes en 3q26 (7/63 muestras), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) y 12p12 (6/63), mientras que la más frecuente las pérdidas del número de copias fueron encontrados en 7q36 (5/63) y 12p12 (5/63). Figura 2 Frecuencia de alteraciones del número de copias a nivel cromosómico. El porcentaje de las muestras que tienen CNA para cada cromosoma en los + UGCs LS (a) y LS- /TC + UGCs (b). Las ganancias y pérdidas son indicados en rojo y verde, respectivamente.
Alteraciones número de copias (CNA) comunes a todas las muestras del mismo tumor fueron llamados cambios stemline [14] y calcula que se producen en las primeras etapas de la génesis de tumores y para ser inherente en linaje tumor. Se detectaron aumentos Stemline de 3q26 en 2/20 casos de LS + invasivos UGCs y ninguno de invasoras /TC + UGCs LS-. Por el contrario, se detectaron aumentos stemline de 5p15, 8p23 y 12p12 en 2/9 casos de LS-invasivo /TC + UGCs pero en ningún caso de los invasores LS + UGCs. No se detectaron pérdidas stemline en ningún caso de UGCs.
Estudios anteriores utilizando análisis cromosómico o CGH array [19-27] informó de que CNA frecuentes en los cánceres gástricos (común a ambos UGC y DGC) eran ganancias cromosómicas en 3q, 5p, 7p, 8q, 13q, 17q, 20p y 20q, y las pérdidas en el 4T, 5q, 6q, 9p, 17p, 18q y 21q. En los UGCs examinados en el presente estudio, informó previamente se observaron todos los CNA, excepto las ganancias en 17q y 20p y pérdidas en 5q y 6q. Las ganancias en 8p 12p y eran comunes en LS- /TC + UGCs. aumentos del número de copias en 8q24 eran comunes en ambos tipos de UGCs, con 4/20 casos de LS + UGCs y 3/9 casos de LS-invasivo /TC + UGCs, pero estos no fueron stemline cambios.
selección imparcial de los genes que refleja todo el genoma perfil
para clasificar las muestras de UGC en base a la similitud general en el perfil de los cambios de número de copias de genes, se utilizó el análisis de agrupamiento jerárquico no supervisado. Para este propósito, fue necesario reducir el número de sondas de genes utilizados en el análisis de agrupamiento de 60K a varios miles. El reducido número de genes todavía debe reflejar el perfil completo del genoma caso de ser seleccionado de manera imparcial. Para cumplir con estas condiciones, se seleccionaron los genes sobre la base únicamente en el tamaño de los genes (el número de sondas correspondientes). Después de repetidos ensayos de análisis de cluster utilizando genes de diferentes tamaños mínimos (o números de sondas por gen), se observó que la mayoría de los CNA de un mismo tumor se agruparon más estrechamente que cualquier muestra de otro caso UGC cuando analizamos sólo los genes con 3 o más sondas de genes:. un total de 5019 genes
Clasificación de UGC mediante análisis de conglomerados jerárquico
Hemos aplicado un algoritmo de agrupamiento jerárquico no supervisado de dos dimensiones, para un total de 63 muestras de ADN de 29 UGCs. Las muestras se clasifican en dos grandes grupos A y B, basándose en la similitud en el perfil de genoma (Figura 3). De 63 muestras, 30 LS + UGCs se clasificaron en la categoría A y sólo 7 en la categoría B. Para LS- /TC + UGCs, 8 muestras se clasificaron en el grupo A y 18 en la categoría B. Todos LS + intramucosos UGCs se incluyeron en el grupo A. Los clusters A y B tenían significativamente diferentes proporciones de subtipos morfológicos (P = 0,0001). Figura 3 no supervisada análisis de agrupamiento jerárquico de los datos basados ​​en la gama de hibridación genómica comparada (aCGH). Gene ganancias y pérdidas del número de copias se indican con rojo y verde, respectivamente. Un total de 63 muestras procedentes de 29 UGCs se clasificaron en dos grupos principales: las muestras A y B. La mayoría de LS + UGCs fueron incluidos en el grupo A y la mayoría de los /las muestras TC + UGCs LS- estaban en la categoría B. Todos los LS intramucosos + UGCs se incluyeron en clúster A.
alteraciones número de copias de MYC
y TP53
ganancias en 8q24 fueron las alteraciones comunes para ambos LS + y LS- /TC + UGCs. Se detectaron los genes de representación ubicadas en este locus es MYC.
Las ganancias de MYC Hoteles en 2/11 de intramucoso LS + UGCs (18,2%), 6/26 de LS + UGC (23,1%) y 8/26 de invasiva LS- /TC + UGCs (30,1%). El modelo agresivo (MYC +
y /o TP53 CD -) se detectó en 6/11 de intramucoso LS + UGCs (54,5%), 11/26 de LS + invasivos UGCs (42,3%) y 20/26 de LS invasivos - /+ TC UGCs (76,9%; Figura 4). Por lo tanto, el modelo agresivo fue detectado con mayor frecuencia en invasoras /TC + UGCs LS- que en LS + UGCs (P = 0,0195). El patrón latente (MYC CD - y TP53 +
) no se detectó en ninguna de las muestras de UGC, incluso los de intramucoso GC (Figura 4). Figura 4 CGH array de datos de MYC y TP53 en LS + UGCs y LS- /TC + UGCs. LS + UGCs se dividen en cánceres intramucosos y cánceres invasivos. Números significan que el logaritmo en base 2 de las relaciones de intensidad de señal de prueba /referencia de los datos CGH array. Las ganancias y pérdidas significativas son indicados en rojo y verde, respectivamente. Las muestras marcadas con y sin margen de gris se incluyen en el grupo B y el grupo A, respectivamente, en la Figura 3.
Copiar alteraciones en el número de genes distintos de MYC
o TP53
Como se mencionó anteriormente, 5p15 fue uno de los sitios más frecuentes de ganancia en LS- invasiva /TC + UGCs (8/26; 30,7%), pero no se detectó en ninguno de los 37 intramucoso y LS + invasivos UGCs (Figura 2). Los genes diana ubicados en este lugar pueden incluir la transcriptasa inversa de la telomerasa de genes (terc
) debido a un aumento de TERT
fue detectado con mayor frecuencia en invasoras /TC + UGCs LS- que intramucosos e invasivos LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P < 0,0001) (Figura 5). En contraste, las pérdidas de t
se detectaron en 4/37 muestras de intramucoso y LS invasivos + UGCs (10,8%) pero no en invasoras /TC + UGCs LS-. Figura 5 de matriz CGH datos de genes distintos de MYC y TP53 con significativamente diferente relación T /R entre UGCs grupos A y B. se dividen en grupos A y B que se determinaron en la Figura 3. El mapa de calor indica el logaritmo en base 2 de la relaciones de intensidad de señal de prueba /referencia de los datos CGH array. Las ganancias y pérdidas son indicados en rojo y verde, respectivamente.
T
prueba de Welch se realizó para comparar la relación R /T medio entre las muestras en el grupo A y los de la categoría B en cada loci 2756 sonda de 979 cáncer relacionadas con los genes. Cuarenta y tres sondas de genes, que pertenecen a 40 genes, tenían significativamente diferentes relaciones medias T /R entre los grupos A y B a un nivel de P < 0,05 después de la corrección de Bonferroni (Tabla 2). De los 40 genes, los genes (6 KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
y terc
), incluyendo los proto-oncogenes, han sido implicados en el tumor mejorada crecimiento, y 8 genes (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10
y TRIO
) en la invasión /metástasis y 3 genes (APC, NF1 Opiniones y MEN1
) en la supresión tumoral (Tabla 2). La mayoría de registro 2 relaciones T /R de los 43 genes que distinguen sondas eran de signo contrario entre los grupos A y B, con un mayor en valores absolutos en el grupo B (Figura 5) .Tabla 2 Lista de los 40 genes que tienen CNA significativamente diferentes entre los grupos A y B Opiniones nombre de la sonda
Ubicación y mapa nombre del Gen
Descripción
valor P
valor P después de la corrección de Bonferroni
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
distrofina
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
poliposis adenomatosa coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973
4q11-q12
* KIT
v -Kit de Hardy-Zuckerman 4 sarcoma felino viral homólogo de oncogén
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-q14
SMAD9
miembro de la familia Smad 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
RAS miembros la familia del oncogén
1.876E-07 5.171E
-04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
factor de diferenciación de crecimiento del 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-E26 etserythroblastosis virus homólogo 1 de oncogén (aviar)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadherina 18, tipo 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPasa, clase II, tipo 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
pre-leucemia de células B homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAS RAB39B
miembros de la familia del oncogén
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromina 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL-5
interleucina 5 (factor estimulante de colonias, eosinófilos)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-q14
SMAD9
SMAD miembro de la familia 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrina beta 8
2.589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, RAS miembros la familia del oncogén
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomal S6 quinasa de proteína, 52 kDa, polipéptido 1 | 3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
EPH receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distal-less homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
formando bazo foco de virus (SFFV) proviral oncogén integración
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serina /treonina quinasa 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8
NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-p35
** EPHB2
receptor B2 Ef
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
distrofina
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPasa, clase V, tipo 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
RAS miembros la familia del oncogén
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
queratina 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
receptor de insulina
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPasa , transportador aminofosfolıpido, clase I, tipo 8A, miembro 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
quinasa de linaje mixto 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets variante 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
homeobox dedo de zinc 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-p31
ROR1
tirosina quinasa del receptor
similar receptor huérfano 1 | 1.209 E-05
0.0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPasa transportadora de Ca ++, membrana plasmática 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
NEM1
neoplasia endocrina múltiple I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadherina 2, tipo 1, N-cadherina (neuronal)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• adenocarcinoma gástrico virus de Epstein-Barr infectados expresa transcritos virales latentes como líticos y tiene una expresión de genes humanos profile
• El proteoma fluido gástrico distintivo en el cáncer gástrico revela un perfil de diagnóstico de múltiples biomarcadores