Genetski rodbin v nediferencirani tipa želodčnega karcinoma analiziral nenadzorovan povezovanjem genomske mikromrež DNA data

Genetski rodovi v nediferencirani tipa želodčnega karcinoma analiziral nenadzorovan povezovanjem genomskih podatkov DNA mikromrež
Abstract
Ozadje
je, za katere obstaja sum, da je zgodnje želodčnega karcinoma (GC) je v mirovanju varianta, ki le redko napreduje do naprednih GC. Pokazali smo, da se mirujoče in agresivne različice cevnih adenokarcinome (kadi) na želodcu značilna izguba myc
in dobiček TP53
in dobiček myc
in /ali izgubo TP53
, oz. Cilj te raziskave je ugotoviti, ali je to tudi v primeru GK nediferencirani tipa (UGCs) različnih genetskih linij: ena s slojno strukturo (LS +), ki izhajajo iz zgodnjega pečatni karcinomov obroč celic (SIGs), in drugi predvsem slabo diferencirane adenokarcinomov, brez LS, vendar z manjšo cevastega komponente (TC), dediferencirane iz kadi (LS- /TC +).
Metode
Uporaba 29 kirurško resekcija želodca z 9 intramucosal in 20 invazivnih UGCs (11 LS + in 9 LS- /TC +), 63 genomske vzorci DNA sluznico in invazivnih delov in ustreznimi referenčnimi DNA smo pripravili iz-formalin določen,-parafin vgrajeni tkiv z laserskim mikrodisekcijo in izpostavimo temelji na matrika primerjalno genomsko hibridizacijo (aCGH) uporabo 60K mikromrež, in posledično nenadzorovano, hierarhično povezovanje. Od 979, povezanih z rakom genov ocenjene, ki smo jih izbrali gene s srednjimi števila kopij precej različne med dvema glavnima grozdov.
Rezultati primerjavo na podlagi podobnosti v genomske profilu copy-številke so bile 63 vzorci razdeljeni v dve glavni grozdov. Grozdi A in B, ki sta bogata z LS + naredijo uporabniki in LS- /TC + naredijo uporabniki, oziroma so diskriminacijo na osnovi 40 genov. Agresivni vzorec je pogosteje odkrita v LS- /TC + UGCs, (20/26, 77%), kot pri LS + UGCs (17/37, 46%; P = 0,0195), medtem ko je ni v mirujočem stanju vzorec odkrite v kateri koli mu je UGC vzorce.
Sklepi
V nasprotju s kadi, kopirati številko adaptacije myc
in TP53
razstavljal agresivno vzorec v LS + SIG v zgodnjih in poznejših fazah, kar pomeni, da zgodnje LS + UGCs nujno napredovati napredno GC. Cluster B (obogaten LS- /TC +) razstavljena pogostejše dobiček za voznike genov in bolj pogosto agresivno vzorec kot grozda A, kar kaže na morebitno slabšo prognozo v UGCs kasetnega B.
Ozadje
želodca karcinoma (GC) imajo bili razvrščeni histološko v črevesju, difuzni in neuvrščene vrste, ki jih Lauren [1] in neuvrščene vrste je nadalje razdeljen na trdnih in mešanih vrst, ki jih Carneiro [2]. karcinom nediferencirani tipa želodčni (UGC) v skladu z japonskim razvrstitvi [3] glavnem prekriva slabo diferencirane GC, ki obsega ne le razpršeno tip vključno Pečatnjak celičnega karcinoma (SIG), ampak tudi trdne vrste in mešanega tipa z manjšo cevastih komponenta (TC).
pred kratkim je bilo predlagano, da napredne difuzna tipa GC lahko izvira bodisi iz zgodnjega razpršenega tipa ali črevesno tipa GC. Dobro diferenciran cevni adenokarcinom (TUB) se lahko spremenijo v slabo diferencirani adenokarcinom (POR) za utišanje, povezanih z adhezijskih genov, celic, vključno CDH1
[4, 5]. mešani karcinomov tipa Carneiro je tako lahko prekrivajo dediferencirane kadi. Ugotovljeno je bilo, da je bila stopnja preživetja bolnikov z mešanimi tipa GK bistveno nižji kot pri bolnikih z GK drugih vrst [2], medtem ko je bila stopnja preživetja bolnikov zgodnjih GC z SIG višja od bolnikov GC brez SIG [6]. Tako UGCs se lahko razdeli v podskupine z različnimi prognozo. Pred kratkim je bil program za masovno pregleda za nevroblastomi [9/7] prekinjena na Japonskem, ker so opazili prekinjenega genetska rod med zgodnjega in poznih-predstavitev nevroblastomi. Negativne in pozno-predstavitev (≥1 leto) nevroblastomi razstavljena skoraj Diploidnost z terminal 1p izbrisa, ker pozitivnih nevroblastomi pri dojenčkih razstavljene skoraj triploidnost brez 1p izbris [10, 11]. Za izvedbo takšnega geodezije, smo razdeljeni UGCs temelji na kontinuiteti genetskih linij, kot tudi izražanje morfoloških rodu označevalcev.
Naša analiza rodovno uporabo kromosomsko primerjalne genomske hibridizacije (CGH) je temeljil na značilnih morfoloških rodu označevalcev. Večplastna struktura (LS) predstavlja začeto fazo razvoja SIG [12] in je ponavadi ohranijo tudi v poznejši fazi v človeškem želodcu. V tumorskih regijah z LS, način celično proliferacijo spominja, da v normalnem želodčne sluznice. In se domneva, da ostanejo tumorske celice kolikor rastejo, da se tvori LS [13] omejena na sluznico. Naš rod analize so potrdili, da je bila POR z LS izvira iz intramucosal SIG, ker POR brez LS in z manjšimi TC (< 30%), je bil pridobljen iz TC [14, 15]. Vendar TC ni bila vedno izvira iz zgodnjega kadi, ampak lahko izvira tudi iz SIG, medtem ko je LS komaj izvira iz kadi [15]. Zato, kot morfološke rodu marker, lahko LS prednost pred TC. Poleg tega so ugotovili UGCs brez LS ali TC zaradi sekundarne izgube teh označevalcev, kar nas je spodbudilo, da sprejme niz CGH (aCGH) in nenadzorovano cluster analize podatkov aCGH razvrstiti UGCs izključno na podlagi podobnosti v genomske številu kopij . profil
V diferencialni tipa želodčnega karcinoma (DGCs), analize naša nedavna rod temelji aCGH pokazala dva genetskih linij,: eno z izgubo copy-Število myc
in copy-številko dobiček od TP53
(myc izguba in TP53 +
), v mirovanju vzorec, in druga z copy-številko dobiček iz leta myc
in /ali kopiranjem število TP53
(myc +
in /ali TP53 -

-), agresiven vzorec. Tihi vzorec predstavljal 70% intramucosal vzorcev karcinomom in pol intramucosal delnih vzorcev invazivnih karcinomov. Med invazivne deli invazivnih karcinomov večinoma razstavljene agresivno število kopij sprememba (CNA) vzorec. Ko je bila intramucosal del napredovalega raka v mirujočem stanju, je bil rod prekinjene med sluznico in invazivnih delov. Zato je MYC
- /TP53
+ in MYC
+ in /ali TP53
-. CNA vzorci lahko podpisi mirujočih in agresivne kadi, oziroma [16]
V sedanjosti študija, ki so bili pripravljeni genomske DNA vzorci iz sluznice in invazivnih delov zgodnjih in naprednih UGCs in izpostavljena kopij gena-število analiz z uporabo aCGH, nato pa nenadzorovano analizo gruč podatkov aCGH. Na podlagi teh rezultatov smo preverjali odnos med morfoloških in genetskih rodu označevalcev in ugotovljenih več koristnih rod označevalnih genov za UGC.
Metode
The Institutional Review Board za medicinsko etiko pri Shiga University of Medical Science odobril to študijo o stanju da so uporabniške vsebine vzorci, uporabljeni so bili anonimni. Pisna privolitev ni bila potrebna, ker je ta retrospektivna študija uporablja arhivskih vzorcev
vzorce tkiva
To študijo je bilo vključenih 29 kirurško odstranjenimi, pufrom formalinu določen, parafinska vgrajeni UGCs:. 20 z LS v vsaj del tumorja (LS + , 9 intramucosaltumours in 11 invazivnih tumorjev) in 9 brez LS, vendar z majhno TC (LS- /TC +, vsi invazivni tumorji) (tabela 1). TC je bil opredeljen kot dobro ali zmerno diferenciranega adenokarcinomom sestavino, ki vsebuje ≤ 30% celotnega tumorja [15]. Vsi vzorci so bili izbrani izmed primerov GC diagnosticiranih v našem oddelku od leta 1997 do 2011. Intramucosal LS + uporabniške vsebine bolniki v povprečju 57,6 let (razpon 48-79) in bolnikov z invazivnimi LS + UGCs 60,2 let (razpon 48-79) in bolniki z invazivna LS- /TC + UGCs 62.2 let (razpon; 50-75). Makroskopski Razvrstitev je bila določena v skladu z japonsko klasifikaciji Rak želodca s TNM uprizoritev [3] .table 1 Povzetek clinicopathological značilnosti 29 UGCs
zadevi ni
starost /spol
Velikost za sluznice (cm)
Makroskopski tip *
histološki tip *
Vzorčenje regija aCGH
Globina invazije †
LN meta †
Stage †
Intramucosal del
invazivne del
LS
ne LS
TC

M101
79 /F
8.5 x 4.0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9,5 x 5,0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1,4 × 0,8
0 (IIc )
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6.0 x 5.0
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
m105
50 /m
1.5 × 1,2
0 (IIc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1.2 x 1.0
0 (IIc)
SIG
+
- -
T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4,0 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
por
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5.3 x 3.3
0 (IIc + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 x 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5.0 x 3.0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 x 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 x 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (ss)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 x 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (sm)
N1
IB
SM106
72 /M
3.7 x 2.3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 x 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIb
A108
46 /M
4.0 x 2.8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3.8 x 3.3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2)
n0
IA
A110
57 /M
5.5 x 2.2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8.0 x 7.0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (se)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3.7 x 3.0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
por
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4.0 x 3.8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
por
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 x 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
por
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5,5 x 3,0
3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
por
T3 (se)
N3
IV
A205
54 /M
7.4 x 5.8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
por
T3 (SE)
n0
II
A206
67 /F
5.5 x 4.0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (SI)
N2
IV
A207
52 /M
6.0 x 4.0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
por
T3 (se)
N3
IV
A208
75 /M
9.0 x 7.0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
por
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 x 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
por
T2 (mp)
N2
IIIA
* japonski klasifikacija želodčnega raka, spremenjene
† . klasifikacija TNM
UGCs
, Raznovrstna želodčni karcinomi; aCGH
, Array CGH; LN
, bezgavko, LS
, večplastne strukture; TC
, Tubular komponent; SIG
, Signet karcinom obroč celic; POR
, slabo diferenciran adenokarcinom; POR1
, Solid POR; POR2
, Non-solid POR; TUB2
, Zmerno razlikuje adenokarcinom; MUC
, mucinozni adenokarcinom; m
, sluznica; sm
, submucosa; mp
, mišični Propria; ss
, subserora; se
, serozne izpostavljenosti; si
, invazija na sosednjih objektov; M
, Male; F
, Ženska; NT
, Ni testirano; NI
, ne informativen. Bila vrednotenja
LS
LS definirana kot v prejšnji raziskavi [17]. Na kratko, je bilo LS +
regije majhne karcinomske celice, ki je omejen na strome na ravni žleza, vratu, ki se postopoma diferenciranih za pečatni prstan celic v površno (in globoko) lamine proprie (slika 1a). Odsotnost LS v intramucosal regijah tumorja je bila opredeljena s štirimi vzorci: 1) kontaktni malih celic karcinoma na muscularis sluznice v SIG, 2) mucinozni adenokarcinom, 3) Por in 4) prisotnosti TC (slika 1b- f). Slika 1 Histološki nastopi intramucosal delov nediferencirani tipa želodčnega karcinoma (UGCs). Karcinom Pečatnjak celica (SIG) komponento s plastovito strukturo v primeru A107 (a). Majhne karcinoma celice so razdeljeni v globljem delu tik nad ali na muscularis sluznice v komponenti SIG v primeru M109 (b). Mucinozni adenokarcinom komponenta v primeru A107 (c). Slabo diferencirani adenokarcinom komponenta v primeru SM106 (d). Manjše cevasti komponente v primerih SM105 in SM201, oziroma (e, f).
Laser mikrodisekcijo in priprava DNA
vzorcev tumorja tkiva so bili pridobljeni iz oddelkov 5 mikrometrov debelih tkiva z uporabo LMD6000 laser mikrodisekcijo sistem (Leica Microsystems, Wetzlar, Nemčija). Za invazivne oblike raka, so bili vzorci DNA dobimo iz obeh intramucosal in invazivnih delov. Za vsak vzorec, smo rak tkiva pridobljeni iz območja > 6 mm 2, pri čemer rakave celice predstavljal ≥ 70% celotnega števila celic. Vzorce tkiva smo razgradili v 200 ug /ml proteinaze K raztopini približno 72 ur pri 37,0 ° C in genomsko DNA ekstrahiramo s fenolom /kloroformom.
celotnega genoma ojačanja
bil vzorec DNK ojačeno z GenomePlex celotnega genoma ojačanja Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, ZDA) [18]. Za nekatere vzorce DNK, ki jih ni bilo mogoče dovolj pomnoženih smo uporabili WGA5 Kit (Sigma).
Array CGH
oligo CGH mikromrež (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, ZDA) je bila uporabljena v ta študija, v skladu z navodili proizvajalca. Na kratko, so pomnoženi tumorske in kontrolni vzorci DNA neencimsko označeni s Cy5 in Cy3, oziroma s pomočjo genomu DNA ULS označevanja Kit (Agilent) in konkurenčno hibridizira na mikromrežnem. Hibridizirni zaporedji Slike so bile posnete z DNA mikromrež skener (Agilent), nato pa se je intenziteta fluorescence tumorja in nadzor na vsakem sondo pike izračuna Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Podatki o zaporedji smo normalizirali uporabo genomskih Workbench programske opreme Ver.5.0 (Agilent). Stališča oligomerov temeljijo na 2009 sklopa Human Genome februarja (hg19). Copy-številka dobički in izgube, ki so bili opredeljeni kot spremembe v logaritma 2 tumorja na referenčno razmerje signala intenzivnosti (T /R) večje od 0.3219 in manj kot -0.3219, oz.
Cluster analiza
Da izvesti novo serotipizacija naredijo uporabniki vzorcev, ki temeljijo na genomske profil podobnosti v tej študiji, je bila nenadzorovana hierarhično razvrščanje v skupine uporabljati v vseh 63 vzorcih od 29 naredijo uporabniki primerov s pomočjo programov Cluster 3.0 in TreeView programske opreme. Strnitev algoritem je bil določen za dokončanje povezave, povezovanje z uporabo uncentered korelacije. Da bi omogočili nenadzorovano analizo grozdov, smo izvedli nepristranske zmanjšanje števila sondo od približno 60.000 do več tisoč sond. Za ta namen smo izbrali velike gene, ker je večje število ustreznih sond za posledico izboljšano razmerje signal-šum reprezentativnih številk gen papirju. Nenadzorovana strategija nam je omogočilo, da določi interni standard za potrditev rezultatov grozdenja; profili število kopija v vzorcih iz iste tumorja bi moral biti bolj podobni kot kateri koli števila kopij profilov iz druge tumorja, ker so genske spremembe v procesu rakotvornosti predvsem pogosta med vzorci iz istega tumorja.
Statistične analize
razlike v nepredvidljivih tabelah so ocenili statistične značilnosti uporabo Fisherjev test. U D < 0,05 (2-stransko) je zdelo statistično pomembna. Test t
Welch je bila uporabljena za oceno razlike v povprečno število kopij DNA za vsako sondo med dvema grozdov vzorcev. Popravek Bonferroni je bil uporabljen za popravek za multiple primerjave.
Rezultati
Vzorci, analizirani z matrično CGH
bili vzorci tkiv izrezali iz 29 arhiviranih GC osebkov z lasersko mikrodisekcijo. populacija tkiva vzorec je bilo vključenih 11 regij (od 9 intramucosal SIGs), od katerih je bilo 9 regije LS + in druga dva LS-, 26 regij (od 11 LS + invazivna vsebino), od katerih je bilo 10 LS + sluznice regije, je bilo 8 LS- sluznice regije in 8 so invazivne regije ter 26 regij (od 9 LS- /TC + invazivnih UGCs.): 9 intramucosal POR, 9 intramucosal TC in 8 invazivne regije
Genom celotno število kopij spremembe
parcelo genske aberacije penetrantnih vseh kromosomov je prikazan za LS + UGCs in LS- /TC + UGCs v sliki 2a in slika 2b oz. Copy-številka dobički in izgube, ki so bili bolj pogosti pri LS- /TC + UGCs kot LS + UGCs. Najpogostejši dobički copy-število je bilo odkritih v 3q26 (7/63 vzorcev), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) in 12p12 (6/63), medtem ko je najbolj pogost izgube copy-število je bilo ugotovljeno v 7q36 (5/63) in 12p12 (5/63). Slika 2 Pogostost copy-število sprememb na ravni kromosomov. Odstotek vzorcev, ki so CNAs za vsak kromosom v LS + UGCs (a) in LS- /TC + UGCs (b). Dobički in izgube, ki so označene z rdečo in zeleno, oz.
Kopiranje, število sprememb (CNAs), ki so skupne vsem vzorcih so bile enake tumor imenovanih spremembe stemline [14], in ocenjuje, da se pojavijo v najzgodnejši fazi tumourigenesis in do biti vsebovan v tumorja rodu. Stemline dobičkov 3q26 bili odkriti v 2/20 primerov invazivnih LS + UGCs in nobeden od invazivnih LS- /TC + UGCs. V nasprotju s tem so bili odkriti stemline dobički 5p15, 8p23 in 12p12 v 2/9 primerov invazivne LS- /TC + UGCs vendar v nobenem primeru invazivnih LS + UGCs. Izgube stemline so bile v vseh primerih UGCs zaznal.
Prejšnje študije z uporabo kromosomskih ali niz CGH analize [19-27] so poročali, da so bili pogosti CNAs v želodcu raka (skupno za UGC in DGC) kromosomske dobiček na 3q, 5P, 7p, 8q, 13q, 17Q, 20p in 20q in izgube na 4-kvadrantnem, 5q, 6Q, 9P, 17P, 18q in 21q. V UGCs, obravnavanih v tej študiji, vsi smo že poročali CNAs so opazili, razen dobičkov na 17Q in 20p in izgube na 5q in 6Q. Dobički pri 8P in 12p so bili pogosti v LS- /TC + UGCs. Copy-številka dobički na 8q24 so bili pogosti v obeh vrstah UGCs, v 4/20 primerih LS + UGCs in 3/9 primerov invazivne LS- /TC + UGCs, vendar ti niso bili stemline sprememb.
Nepristranski izbor genov odraža celoten genom profil
za razvrstitev UGC vzorcev, ki temelji na celotnem podobnosti v profilu sprememb število kopij gena, smo uporabili nenadzorovano hierarhično analizo grozdov. V ta namen je bilo potrebno zmanjšati število genskih sond, ki se uporabljajo pri analizi grozda od 60K do nekaj tisoč. Zmanjšanje števila genov naj bi še vedno odraža celotnega profila genoma, če nepristransko izbrali. Za izpolnitev teh pogojev, smo izbrali genov, ki temeljijo izključno na velikosti genov (števila ustreznih sond). Po večkratnih preskušanja grozda analize uporabe gene različnih najmanjše velikosti (ali številk sonde na genu), smo ugotovili, da je bila večina CNAs iz istega tumorja bolj združeni od vseh vzorcev iz druge UGC primeru, ko smo analizirali le gene s 3 ali več sonde na gen. skupno 5019 genov
klasifikaciji UGC uporabo hierarhične analize grozda
sva uporabila nenadzorovane dvodimenzionalno hierarhično grozdenje algoritem, na skupno vzorcev DNA 63 od 29 UGCs. Vzorci so bili razdeljeni v dve glavni grozdov A in B, ki temelji na podobnosti v profilu genoma (slika 3). 63 vzorcev, 30 LS so + UGCs razvrščena v grozd A in samo 7 v gruče B. Za LS- /TC + UGCs je bilo 8 vzorcev razvrščena v grozd A in 18 v gruče B. Vse Intramucosal LS + UGCs bili vključeni v grozde, A. grozdov A in B je imela bistveno drugačna razmerja morfoloških podtipov (P = 0,0001). Slika 3 Nenadzorovana hierarhična analiza grozd, ki temelji na polja primerjalne genomske hibridizacije (aCGH) podatkov. Gene copy-številka dobički in izgube, ki so označene z rdečo in zeleno, oz. Skupno 63 vzorcev iz 29 UGCs so bile razvrščene v dve večji sklopih: vzorci A in B. Večina LS + UGCs so bili vključeni v grozd A in večina LS- /TC + UGCs vzorci so bili v gruče B. Vse Intramucosal LS + UGCs so bili vključeni v grozd A.
števila kopij s spremembami na myc
in TP53
Dobički pri 8q24 bile skupne spremembe tako za LS + in LS- /TC + UGCs. Reprezentativne geni, ki se nahajajo na tem zemljišču je MYC.
Pridobitve myc
bili odkriti v 2/11 od Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) in 8/26 za invazivne LS- /TC + UGCs (30,1%). Agresivni vzorec (MYC +
in /ali TP53
-) je bila odkrita v 6/11 Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 invazivnih LS + UGCs (42,3%) in 20/26 invazivnih LS - /TC + UGCs (76,9%; slika 4). Zato je bila agresivna vzorec pogosteje odkrili pri invazivnih LS- /TC + UGCs kot LS + UGCs (P = 0,0195). Tihi vzorec (MYC
- in TP53 +
) ni bil odkrit v nobenem od vzorcev naredijo uporabniki, tudi tisti iz intramucosal GCS (slika 4). Slika 4 Array podatki CGH o myc in TP53 v LS + UGCs in LS- /TC + UGCs. LS + UGCs so razdeljeni v intramucosal raka in invazivne vrste raka. Številke pomenijo osnovo 2 logaritem preskusnimi /referenčnimi razmerij intenzitete signala iz nizov podatkov CGH. Pomembne dobički in izgube so označene z rdečo in zeleno, oz. Vzorci, označeni z in brez sivo marže so vključeni v grozd B in skupin A, v tem zaporedju, na sliki 3.
Kopiraj število sprememb, razen myc
ali TP53 genov
Kot je navedeno zgoraj, 5p15 je bil eden izmed najbolj pogostih dobiček mest v invazivne LS- /TC + UGCs (8/26, 30,7%), vendar pa ni bila odkrita v kateri koli od 37 intramucosal in invazivnimi LS + UGCs (slika 2). Ciljne geni, ki se nahajajo na tem zemljišču lahko vključujejo telomeraze reverzne transkriptaze gen (TERT
), ker je bil terc
dobiček pogosteje odkrili pri invazivnih LS- /TC + UGCs kot intramucosal in invazivnih LS + UGCs (16/26 vs 1/37, P < 0,0001) (slika 5). V nasprotju s tem pa izgube TERT
bili odkriti v 4/37 vzorcih intramucosal in invazivnih LS + UGCs (10,8%), vendar ne v invazivnih LS- /TC + UGCs. Slika 5 Array CGH podatki razen myc in TP53 genov z bistveno drugačno razmerje T /R med UGCs skupin A in B. so razdeljeni v skupine A in B, ki so bili določeni na sliki 3. Toplotno zemljevid prikazuje osnovno 2 logaritem Test /referenčne razmerja intenzitete signala iz nizov podatkov CGH. Dobički in izgube, ki so označene z rdečo in zeleno, oz.
Preizkus t
Welch je bila izvedena za primerjavo /R razmerje srednjo T med vzorci v gruče A in tistih skupin B na vsaki 2756 sonda loci 979 raka -povezana geni. Štirideset-tri genske sonde, ki pripadajo 40 genov, je bilo precej različnih srednjih razmerja T /R med skupinami A in B na stopnji P < 0.05 po popravku Bonferroni (tabela 2). Od 40 genov, 6 genov (KIT
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37
in TERT
), vključno s proto-onkogeni, ki so bili vpleteni v okrepljeno tumor rasti in 8 geni (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EphB2
, EPHA10
in TRIO
) v invazijo /metastaze in 3 genov (APC, NF1
in MEN1
) pri zatiranju tumorja (tabela 2). Večina log 2 razmerja T /R 43, ki razlikujejo genskih sond so z nasprotnim predznakom med grozdi A in B, z večjo v absolutnih vrednostih v gruče B (slika 5) .table 2 Seznam 40 genov, ki bistveno imajo CNAs razlikuje med skupinami A in B
ime Probe
Lokacija
ime Gene
Opis
P-vrednost
pvalue po popravku Bonferroni
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
distrofinski
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
adenomatozna polipoza coli
-08 5.774E
1.591E-04
A_14_P130973
4q11-Q12
* KIT
proti -kit Hardy-Zuckerman 4 mačji sarkom virusnega onkogena homolog
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-V14
SMAD9
SMAD družinski član 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
države RAS onkogena družine
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
rast diferenciacija faktor 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
proti-etserythroblastosis virus E26 onkogena homolog 1 (ptičja)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

kadherina 18, tip 2
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPaze, razred II, tip 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4

pre-B-celic levkemije homeobox 4
1.010E-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
države RAS onkogena družine
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interlevkin 5 (faktor kolonije stimulirajoči, eozinofilcev)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153E-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-V14
SMAD9
SMAD družinski član 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrin, beta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, član RAS onkogena družine
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomske protein S6 kinaza, 52 kDa, polipeptid 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
Ef receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
oddaljeni manj homeobox 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
vranica poudarek tvori virus (SFFV) proviral integracija onkogena
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serin /treonin kinaze 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8

NK2 homeobox 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-P35
** EphB2
Ef receptor B2
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
distrofinski
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPaze, razred V, tip 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
države RAS onkogen družino
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratin 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insulinski receptor
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPase , aminophospholipid transporter, razred I, tipa 8A, član 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
mešanega rodu kinaze 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ets varianta 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
cinkov prst homeobox 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-P31
ROR1
receptorja tirozin kinaze podobnih receptor sirota 1
1,209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPaze, Ca ++ prevoz, plasma membrane 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
multiple endokrine neoplazije I
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
kadherina 2, tip 1, N-kadherina (nevronov)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr virusa okuženih želodčni adenokarcinom izraža latentne in litičen virusne transkriptov in ima posebno humani genski ekspresijski profil
• Značilen želodca proteoma tekočine v raka želodca razkriva več bio-označevalce diagnostične profil