Genetické línií nediferencovaných typu žalúdočných karcinómov analyzovaných neriadené zhlukovaniu genómovej DNA čipu data

genetických línií nediferencovaných typu žalúdočných karcinómov analyzovaných neriadené zhlukovaniu genomických dát DNA microarray
abstraktné
pozadia
je podozrenie, že čoskoro karcinóm žalúdka (GC) je nečinná variant, ktorá zriedkavo progreduje do pokročilého GC. Preukázali sme, že spiace a agresívne varianty rúrkových adenokarcinómov (vane) žalúdka sú charakterizované stratou MYC stroje a zisk TP53 stroje a zisk MYC stroje a /alebo straty TP53
resp. Cieľom tejto štúdie je zistiť, či je to aj v prípade nediferencovanej typu GC (UGCs) z rôznych genetických línií: jedna s vrstvenou štruktúrou (LS +), odvodených od skorého pečatný prsteň karcinómov (SIG), a druhý , väčšinou zle diferencované adenokarcinómy, bez LS, ale s menším rúrkového člena (TC), dediferencovaných z vedra (LS- /TC +).
Methods for s 29 chirurgicky resekciou žalúdky s 9 intramucosal a 20 invazívnych UGCs (11 LS + a 9 LS- /TC +), 63 genómovej DNA vzorky sliznice a invazívnych častiach a zodpovedajúcimi referenčnými DNA boli pripravené z formalínom fixované, parafínové zaliatych tkanív s laserovým mikrodisekcii, a podrobili pole založené na komparatívne genomická hybridizácia (aCGH), pomocou 60K čipov a následné voze, hierarchického zhlukovaniu. Z 979 génov súvisiacich s rakovinou posudzovaných sme vybraných génov s priemerom počtu kópií výrazne odlišné medzi dvoma hlavnými zoskupeniami.
Výsledky na podobnosti v genómovej copy-číslo profilu
základe sa 63 vzorky boli rozdelené do dvoch veľkých zhlukov. Zhluky A a B, ktoré boli bohaté na LS + UGC a LS- /TC + UGC, v danom poradí, boli diskriminované na základe 40 génov. Agresívne vzor bol častejšie zistený v LS- /TC + UGCs, (20/26, 77%), než v LS + UGCs (17/37; 46%, p = 0,0195), zatiaľ čo žiadna spiace vzor bol detekovaný v žiadnom z vzorky UGC.
Závery
na rozdiel od vane, číslo kópie úprav na MYC stroje a TP53
vykazovali agresívny vzor v LS + SIG v skorých a pokročilých štádiách, čo naznačuje, že čoskoro LS + UGCs nevyhnutne postupujú do pokročilý GC. Cluster B (obohatený LS- /TC +) vykazovali častejšie zisk génov vodiča a častejšie agresívne vzor ako cluster, čo svedčí o potenciálne horšiu prognózu UGCs kazetovej B.
pozadí
rakovina žalúdka (GC) majú boli klasifikované histologicky do čriev, difúzna a nezaradené typy Lauren [1] a nezaradená typu bola ďalej rozdelená do pevných a zmiešaných typov podľa Carneiro [2]. Gastrický karcinóm nediferencovaný typ (UGC) podľa japonského klasifikácie [3] väčšinou prekrýva zle diferencovaný GC, ktorý zahŕňa nielen difúzneho typu, vrátane karcinómu pečatný prsteň buniek (SIG), ale aj pevného typu a zmiešaného typu s menšou rúrkovité zložka (TC).
v poslednej dobe bolo navrhnuté, že pokročilé difúzny typu GC v prípade potreby vyplýva buď z predčasného difúzneho typu alebo črevného typu GC. Dobre diferencovaný adenokarcinóm rúrkové (vaňa) môže po umlčanie génov bunkových adhéznych súvisiace vrátane CDH1
premeniť zle diferencované adenokarcinóm (POR) [4, 5]. zmiešané karcinómy typu Carneiro sa tak môžu prekrývať dediferencované vane. Bolo zistené, že miera prežitia pacientov s zmiešaný typ GC bola významne nižšia ako u pacientov s GC iných typov [2], pričom miera prežitia pacientov s včasnou GC s SIG bola vyššia ako u pacientov s GC bez SIG [6]. Takto UGCs môžu byť rozdelené do podskupín s rôznym prognózou. V poslednej dobe sa program mass-screening pre neuroblastómu [7-9], ktoré bolo prerušené v Japonsku, pretože nespojité genetická línia bola pozorovaná medzi včasného a neskoré prezentujúca neuroblastómu. Negatívne a neskoré-prezentujúca (≥1 rok) neuroblastóm vykazovali takmer diploidii s deléciou 1p terminál, zatiaľ čo pozitívny neuroblastóm u dojčiat vykazovali takmer triploidie bez 1p vymazania [10, 11]. Ak chcete vykonať také subgrouping sme klasifikovali UGCs založené na kontinuitu genetických línií, rovnako ako expresii morfologických počtu riadkov markerov.
Našou línia analýzy pomocou chromozomálnej komparatívna genomická hybridizácia (CGH) sa na základe charakteristických morfologických počtu riadkov markerov. Vrstvená štruktúra (LS) predstavuje začínajúcej fázy vývoja SIG [12] a je obyčajne zachovaný aj v pokročilom štádiu v ľudskom žalúdku. V nádorových oblastiach s LS, spôsob bunkovej proliferácie, ktorý sa podobá v normálnej žalúdočnej sliznici. A predpokladá sa, že nádorové bunky obmedzené na sliznicu tak ďaleko, ako rastú za vzniku LS [13]. Našou línie analýzy potvrdili, že POR s LS bola odvodená z intramucosal SIG, zatiaľ čo POR bez LS a s malým TC (menej ako 30%), bol odvodený od TC [14, 15]. Avšak, TC nebolo vždy odvodený od začiatku TUB, ale môže byť tiež odvodená z SIG, zatiaľ čo LS bolo sotva odvodený od TUB [15]. Preto, ako morfologické línia markeru, LS môže mať prednosť pred TC. Okrem toho sú pozorované UGCs bez LS či kompenzácií v dôsledku druhotné straty týchto markerov, čo nás viedlo k prijatiu array CGH (aCGH) a dozoru zhluk analýzy dát aCGH klasifikovať UGCs len na základe podobnosti v genómovej počte kópií . profil
v žalúdočných karcinómov diferencovanej typu (DGCs), náš nedávny línie aCGH na báze analýzy odhalili dve genetické počty riadkov: jednu s copy-číslom straty MYC stroje a kopírovanie čísla zisk TP53
(myc
- a TP53 +
), spiace vzor, ​​a druhý s copy-číslom zisk MYC stroje a /alebo kopírovanie počet strata TP53
(MYC + stroje a /alebo TP53
-), agresívny vzor. Spiace vzor tvorili 70% intramucosal vzoriek karcinómu a pol vzoriek intramucosal časť invazívnych karcinómov. Invazívne časti invazívnych karcinómov väčšinou vykazoval agresívne počet kópií zmena (CNA) vzor. Keď sa intramucosal súčasťou pokročilého karcinómu bol spiace je počet riadkov bol prerušovaný medzi slizničnej a invazívne častí. Preto je MYC
- /TP53
+ a MYC
+ a /alebo TP53
-. CNA vzory môžu byť podpisy odloženými a agresívne vane, respektíve [16]
V súčasnej dobe štúdie, boli pripravené a podrobené kópií génu číslom analýzy za použitia aCGH, nasledovaný neriadené zhlukovej analýzy dát aCGH genómovej DNA vzorky z slizničnej a invazívne častí ranej a pokročilej UGCs. Na základe týchto výsledkov sme skúmali vzťah medzi morfologických a genetických markerov počtu riadkov a identifikovali niekoľko užitočných línie markerovej gény pre UGC.
Metódy
Institutional Review Board na lekársku etiku v Shiga University of Medical Science túto štúdiu o stave schválený že UGC vzorky boli použité v anonymite. Písomný informovaný súhlas nebol nutný, pretože táto retrospektívnej štúdii boli použité archívne ukážky
vzorky tkaniva
Táto štúdia zahŕňala 29 chirurgicky reseko- pufrovaného formalínu fixované, parafínové vložené UGCs :. 20 s LS v aspoň časti nádoru (LS + , 9 a 11 intramucosaltumours invazívne nádory) a 9 bez LS, ale obsahuje malé TC (LS- /TC +, všetky invazívne nádory) (tabuľka 1). TC bola definovaná ako dobre alebo stredne diferencovaného adenokarcinóme zložky obsahujúce ≤ 30% z celého nádoru [15]. Všetky vzorky boli vybrané z prípadov GC diagnostikovaných na našom pracovisku od roku 1997 do roku 2011. Intramucosal LS + UGC pacienti priemerne 57,6 rokov (rozmedzie 48-79) a pacientov s invazívnymi LS + UGCs 60,2 rokov (rozmedzie 48-79) a pacienti s invazívne LS- /TC + UGCs 62,2 rokov (rozmedzie; 50-75). Makroskopická klasifikácia bola stanovená v závislosti od japonskej klasifikácie rakoviny žalúdka s TNM staging [3] .Table 1 Prehľad klinicko-charakteristík z 29. UGCs
prípade nie
Vek /pohlavia
Size slizničnej lézie (cm)
makroštruktúry typ *
Histologické typ *
Sampling región pre aCGH
hĺbkou invázie †
LN meta †
Stage †
Intramucosal časť
Invazívne časť
LS
nie je LS
TC
M101
79 /F
8,5 x 4,0
0 (líc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (m)
N0
IA
M102
48 /F
9,5 × 5,0
0 (líce )
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M103
57 /M
1,4 x 0,8
0 (líce )
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M104
76 /F
6,0 × 5,0
0 (líc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1.5 × 1,2
0 (líc)
SIG
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M106
60 /F
1,2 x 1,0
0 (líc)
SIG
+ - -
T1 (m)
N0
IA
M107
49 /F
4,0 x 2,5
0 (líc + III)
SIG > POR1
+
NT -
T1 (m)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 x 2,8
0 (líce )
SIG > POR1 > TC
+
Por
NT
T1 (m)
N0
IA
M109
51 /M
5,3 x 3,3
0 (líce + III)
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /F
0,9 × 0,8 NETHRY.cz 0 (líc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /F
5,0 × 3,0
0 (líc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A103
79 /F
12,0 × 8,5
0 (Ha + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
NI
NT
T2 (mp)
N1
II
A104
49 /M
2,8 × 2,5
0 (líc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (SS)
N1
II
SM105
59 /F
11,5 × 7,0
0 (Ha + líc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (SM)
N1
IB
SM106
72 /M
3,7 × 2,3
0 (líc)
SIG > POR1
+
POR -
NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /F
12,0 × 6,5
0 (líc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIB
A108
46 /M
4,0 × 2,8
0 (líc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (mp)
N2
IIIA
A109
55 /M
3,8 x 3,3
0 (líc + III)
SIG > POR1
+
POR -
SIG
T1 (SM2)
n0
IA
A110
57 /M
5,5 × 2,2
0 (líc)
POR2 > SIG > TC
+
POR -
POR2
T2 (mp)
N1
II
A111
54 /F
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIB
SM201
75 /F
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
Por
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /M
4,0 × 3,8 NETHRY.cz 0 (líc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
Por
T2 (mp)
N0
IB
SM203
71 /M
4.5 × 2.0 NETHRY.cz 0 (Ha + líc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
Por
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /F
5.5 × 3.0 Sims 3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
Por
T3 (SE)
N3
IV
A205
54 /M
7,4 × 5,8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
Por
T3 (SE)
N0
II
A206
67 /F
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (SI)
N2
IV
A207
52 /M
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
Por
T3 (SE)
N3
IV
A208
75 /M
9.0 × 7.0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
Por
T2 (mp)
N1
II
A209
50 /F
2,3 × 0,8 Sims 3
POR2 > SIG > POR1 > TC
-.
POR /TUB2
+
Por
T2 (mp)
N2
IIIA
* Japonská klasifikácie karcinómu žalúdka, upravený
† . TNM klasifikácia
UGCs
, bližšie neurčené žalúdočné karcinómy; aCGH
Array CGH; LN
, lymfatických uzlín, LS
, vrstvená štruktúra; TC
, Tubular zložka; SIG
, karcinóm krúžok bunka Signet; POR
Zle diferencovaný adenokarcinóm; POR1
, Solid POR; POR2
, Non-solid POR; TUB2
, stredne diferencovaný adenokarcinóm; MUC
, mucinózní adenokarcinóm; m
, sliznice; SM
, Submucosa; Teplota topenia
, svalové propria; ss
, subserora; sa
, Serózna expozícia; si
, invázie do priľahlých štruktúr; M
, Muž; F
, Žena; NT
, Netestované; NI
, nie informatívny charakter. Hodnotiaca
LS
LS bola definovaná ako v predchádzajúcej štúdii [17]. Stručne povedané, LS +
regióny mali karcinómu malých buniek obmedzenú na stróma na úrovni žľazy, krku, ktoré sa postupne diferencované k pečatný prsteň bunkami v povrchné (a hlboké) lamina propria (obrázok 1a). Absencia LS v intramucosal oblastí nádoru bol definovaný štyrmi vzory: 1) kontakt karcinómu malých buniek svalové mukózy v SIG, 2) mucinózní adenokarcinóm, 3) POR a 4) za prítomnosti TC (obr 1b- f). Obrázok 1 Histologické vystúpenie intramucosal častí žalúdočných karcinómov nediferencovaných typu (UGCs). Karcinóm pečatný prsteň buniek (SIG) zložka s vrstvenou štruktúrou v prípade, A107 (a). Malé bunky karcinómu sú distribuované v hlbšej časti tesne nad alebo svalové mukózy v SIG zložky v prípade, M109 (b). Mucinózním adenokarcinóm zložkou v prípade A107 (c). Zle diferencovaný adenokarcinóm zložkou v prípade SM106 (d). Menšie rúrkové súčasti v prípadoch, SM105 a SM201, respektíve (e, f).
Laser mikrodisekcii a príprava DNA
vzoriek nádorových tkanív boli získané z oddielov 5-um hrubé tkaniva pomocou LMD6000 laser mikrodisekcii systém (Leica Microsystems, Wetzlar, Nemecko). Pre invazívnej rakoviny, vzorky DNA boli získané od oboch intramucosal a invazívnych dielov. V každej vzorky rakovinové tkanivá boli získané z oblasti > 6 mm 2, v ktorom rakovinové bunky tvorili ≥ 70% z celkového počtu buniek. Vzorky tkaniva boli štiepené v 200 ug /ml proteinázy K roztoku po dobu približne 72 hodín pri teplote 37,0 ° C a genomická DNA extrahovaná fenol /chloroform.
Vcelku amplifikácie genómu
Vzorka DNA bola amplifikovaná pomocou GenomePlex celého genómu Amplification Kit ( WGA2 Kit, Sigma, St. Louis, USA) [18]. Pre niektoré vzorky DNA, ktorá nemôže byť dostatočne amplifikovaných sa použil WGA5 Kit (Sigma).
Array CGH
oligo CGH mikroskopické sústavy (60K, 60-mer) (Agilent, Santa Clara, USA) bol použitý v táto štúdia, v súlade s pokynmi výrobcu. V stručnosti, amplifikovanej nádorové a kontrolné vzorky DNA boli non-enzýmom označenej s Cy5 a Cy3, v danom poradí, s použitím DNA genómu ULS Etiketovací Kit (Agilent) a kompetitívne hybridizované na mikročipu. Hybridizované obrazy polia boli zachytené s použitím DNA microarray skener (Agilent) a potom sa intenzita fluorescencie tumoru a kontroly v každom bode sondy vypočíta Feature Extraction Ver.9.5.3 (Agilent). Dáta poľa boli normalizované pomocou genomických Workbench softvér Ver.5.0 (Agilent). Polohy oligomérov sú založené na Human Genome februára 2009, montáž (hg19). Copy-number zisky a straty boli definované ako zmeny v logaritmus o základe 2 nádoru referenčný pomer intenzity signálu (T /R) je väčší ako 0.3219 a menej ako -0.3219, v danom poradí.
Zhluková analýza
Pre vykonať novú subtypizace z UGC vzoriek na základe genómovej profilu podobnosti v tejto štúdii, čo bez dozoru hierarchická zhluková analýza bola aplikovaná cez 63 vzoriek z 29 UGC prípadoch pomocou programov klastra 3.0 a TreeView softvéru. Algoritmus Clustering bola nastavená na dokončenie spojovacie zhlukovaniu pomocou uncentered korelácia. Ak chcete povoliť bez dozoru zhlukovať analýzu sme vykonali nezaujaté zníženie počtu sondy z celého 60.000 až niekoľko tisíc sond. Pre tento účel sme vybrali veľké gény, pretože väčší počet zodpovedajúcich sond za následok zlepšenie pomeru signálu k šumu počtu reprezentatívnych kópií génu. Bez dozoru stratégia nám umožnila stanoviť vnútorný štandard pre overenie výsledkov clustering; počtu kópií profily vo vzorkách rovnakého nádoru by mali byť podobné ako ľubovoľný počet kópií profilov z iného nádoru, pretože gén zmeny v procese karcinogenézy sú do značnej miery bežné u vzoriek z rovnakého nádoru.
štatistickej analýzy
rozdiely v kontingenčných tabuliek boli hodnotené na štatistickú významnosť s použitím Fisherovho exaktného testu. P < 0,05 (2-stranný) bola považovaná za štatisticky významnú. V Welch je t
test bol použitý pre vyhodnotenie rozdielu priemerného počtu kópií génov pre každú sondu medzi dvoma zhluky vzoriek. Bonferroniho korekcia bola použitá na korekciu viacnásobná porovnávanie.
Výsledky
Vzorky analyzované s array CGH
Tkanivové vzorky boli vyrezané z 29 archívnych vzoriek GC laserovým mikrodisekcii. Vzorka tkaniva populácie zahŕňala 11 regiónov (z 9 intramucosal sigs), z ktorých 9 regiónov boli LS + a ďalšie dva LS-, 26 regiónov (z 11 LS + invazívne UGC), z ktorých 10 boli LS + slizníc regióny, 8 boli LS- slizničnej regiónmi a 8 boli invazívne regióny a 26 regiónov (z 9 LS- /TC + invazívnych UGCs): 9. intramucosal POR, 9 intramucosal TC a 8 invazívne regióny
genómu široký počtu kópií zmeny
dej genetickej odchýlky penetrance pre všetky chromozómy sú uvedené pre LS + UGCs a LS- /TC + UGCs na obrázku 2a a 2b, respektíve obr. Copy-number zisky a straty boli častejšie u LS- /TC + UGCs než v LS + UGCs. Najčastejšie copy-number zisky boli detekované pri 3q26 (7/63 vzoriek), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) a 12p12 (6/63), pričom najčastejšou copy-number straty boli nájdené v 7q36 (5/63) a 12p12 (5/63). Obrázok 2 Frekvencia copy-number zmien na úrovni chromozómov. Percento vzoriek, ktoré majú CNAS pre každého chromozómu v LS + UGCs (a) a LS- /TC + UGCs (b). Zisky a straty sú označené červeno a zeleno, resp.
Copy-číslo zmeny (CNAS) spoločné pre všetky vzorky z rovnakého nádoru boli volaní zmeny stemline [14] a podľa odhadov nastať v počiatočnej fáze tumorogenézy a k inherentné do nádorové línie. Stemline zisky 3q26 boli detekované v 2/20 prípadov invazívnych LS + UGCs a nikto z invazívnych LS- /TC + UGCs. Na rozdiel od toho sa zistili stemline zisky 5p15, 8p23 a 12p12 v 2/9 prípadov invazívnych LS- /TC + UGCs ale v žiadnom prípade invazívnych LS + UGCs. v žiadnom prípade UGCs Neboli zistené žiadne stemline straty.
predchádzajúcimi štúdiami s použitím chromozomálnej alebo array CGH analýzy [19 až 27] hlásil, že častý CNAS v žalúdočných rakovín (spoločná pre obidva UGC a GŘC) boli chromozomálne zisky v 3Q, 5p, 7P, 8 q, 13q, 17Q, 20p a 20Q a straty na 4Q, 5q, 6Q, 9P, 17p, 18q a 21q. V UGCs skúmané v tejto štúdii, všetky skôr hlásené CNAS boli pozorované s výnimkou ziskov na 17q a 20p a straty na 5q a 6Q. Zisky na 8P a 12p vyskytovali u LS- /TC + UGCs. Copy-number zisky v 8q24 vyskytovali u oboch typov UGCs, s 4/20 prípadmi LS + UGCs a 3/9 prípadov invazívnych LS- /TC + UGCs, tie však neboli stemline zmeny.
Nestranné výber génov odrážajúce celý genóm profil
Triediť obsahu generovaného vzoriek založené na celkovej podobnosti v profile počet zmien kópií génu, použili sme v aute hierarchickej zhlukovej analýzy. Na tento účel bolo nutné znížiť počet génových sond používaných v klastrovej analýzy od 60K do niekoľko tisíc. Nižší počet génov by malo aj naďalej odrážať celý genóm profil, pokiaľ nestranne vybraná. Pre splnenie týchto podmienok sme zvolili gény len na základe veľkosti génov (výrazne rastie počet zodpovedajúcich sond). Po opakované pokusy o zhlukovej analýzy za použitia génov z rôznych minimálnou veľkosťou (alebo čísla sondy na gén), sme pozorovali, že väčšina CNAS z rovnakého nádoru boli zoskupené tesnejšie ako akékoľvek vzorky z iného UGC prípad, kedy sme analyzovali iba gény sa 3 alebo viac sondy na gén :. celkom 5019 génov
triedenie UGC pomocou hierarchickej zhlukovej analýzy
sme použil bez dozoru dvojrozmerné hierarchickej clustering algoritmus, na celkový počet vzoriek DNA 63 z 29 UGCs. Vzorky boli rozdelené do dvoch hlavných zoskupení A a B, na základe podobnosti v profile genómu (obrázok 3). 63 vzoriek, 30 LS boli + UGCs rozdelené do klastra a iba 7 do klastra B. Pre LS- /TC + UGCs, 8 Vzorky boli rozdelené do klastra a 18 do klastra B. Všetky Intramucosal LS + UGCs boli zahrnuté do klastra A. Clusters a a B majú výrazne odlišné podiely morfologických subtypov (p = 0,0001). Obrázok 3 Neriadená hierarchická zhluková analýza komparatívna genomická hybridizácia (aCGH) dát poľa založené na of. Gene copy-number zisky a straty sú označené červenou a zelenou, resp. Celkom 63 vzoriek z 29 UGCs boli rozdelené do dvoch hlavných skupín: Vzorky A a B. Väčšina LS + UGCs boli zahrnuté do klastra a väčšina LS- /TC + UGCs vzorky boli v klastri B. Všetky Intramucosal LS + UGCs boli zahrnuté do klaster A.
počtom kópií zmenách MYC stroje a TP53
Zisky v 8q24 boli časté zmeny pre obe LS + a LS- /TC + UGCs. Boli zistené Reprezentatívny gény umiestnené na tomto lokuse je MYC.
Zisky myc
v 2/11 z Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) a 8/26 z invazívne LS- /TC + UGCs (30,1%). Agresívne vzor (MYC + stroje a /alebo TP53
-), bola zistená u 6/11 Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 invazívnych LS + UGCs (42,3%) a 20/26 invazívnych LS - /TC + UGCs (76,9%; Obrázok 4). Preto agresívny vzor bol častejšie zistený u invazívnych LS- /TC + UGCs než v LS + UGCs (p = 0,0195). Spiace vzor (MYC
- a TP53 +
) nebola detekovaná v žiadnom z vzoriek UGC, a to aj tých, z intramucosal GCS (obrázok 4). Obrázok 4 Array CGH údaje o MYC a TP53 LS + UGCs a LS- /TC + UGCs. LS + UGCs sú rozdelené do intramucosal rakoviny a invazívne rakoviny. Číslice znamenajú základ 2 logaritmus pomeru intenzity signálu na skúšky /referenčných array CGH údajov o. Významné zisky a straty sú označené červenou a zelenou, resp. Vzorky označené a bez šedej okraje sú zahrnuté v klastri B a klastra A, v danom poradí, na obrázku 3.
počet kópií zmeny iných ako MYC
alebo TP53 gény
Ako je uvedené vyššie, 5p15 bol jedným z najčastejších zisk miest v invazívne LS- /TC + UGCs (8/26, 30,7%), ale nebola detekovaná v žiadnom z 37 intramucosal a invazívnych LS + UGCs (obrázok 2). Cieľové gény umiestnené na tomto lokuse môžu zahŕňať telomerázy reverznej transkriptázy gén (terc
), pretože terc
zisk bol častejšie zistený u invazívnych LS- /TC + UGCs než intramucosal a invazívnych LS + UGCs (16/26 vs. 1/37, P 0,0001) (obrázok 5). Na rozdiel od straty TERT
boli detekované vo vzorkách 4/37 intramucosal a invazívnych LS + UGCs (10,8%), ale nie v invazívnych LS- /TC + UGCs. Obrázok 5 Array CGH dát z iných ako MYC a TP53 gény s výrazne odlišným pomerom T /R medzi skupinami A a B. UGCs sú rozdelené do zoskupenia A a B, ktoré boli určené na obrázku 3. teplotný mapa zobrazuje základné 2 logaritmus pomery intenzita signálu test /referenčné array CGH dát z. Zisky a straty sú označené červeno a zeleno, resp.
Welch je t
test bol vykonaný pre porovnanie priemernej T pomer /R medzi vzorkami v klastri a tie v klastri B u každého loci 2756 sonde 979 rakoviny spojené so štúdiom génov. Štyridsať tri génovej sondy, ktoré patria do 40 génov, mali signifikantne rôzne priemerné pomery T /R medzi skupinami A a B na úrovni P < 0,05 po korekcii Bonferroniho (tabuľka 2). Zo 40 génov, 6 génov (KIT
RAN
, RAB39B
RAB9A
RAB37 stroje a terc
), vrátane protoonkogeny, boli zapletení do zvýšenej nádoru rast a 8 génov (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10 stroje a TRIO
) v invázie /metastázy a 3 gény (APC, NF1 stroje a můži1
) v potlačenie nádoru (tabuľka 2). Väčšina z logu 2 T /R pomery 43 rozlišovacích génových sond boli s opačným znamienkom medzi skupinami A a B, s väčšou v absolútnych hodnotách v klastri B (Obrázok 5) .Table 2 Zoznam 40 génov, ktoré majú CNAS významne odlišný medzi skupinami a a B Fotogaléria meno Probe
Umiestnenie
Fotogaléria meno Gene
Popis
P-hodnota
pvalue po korekcii Bonferroniho
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
dystrofín
4.541-08
1.251-04
A_14_P133591
5q21- Q22
APC
adenomatóznej polypózy coli
5.774E-08
1.591-04
A_14_P130973
4q11-Q12
Kit
V. -KIT Hardy-Zuckerman 4 mačkovité sarkóm vírusový onkogén homológov
1.047-07
2.886-04
A_14_P125447
13q12-Q14
SMAD9
Smäd rodinný príslušník 9
1.373-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
člen RAS onkogén rodiny
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
rastový diferenciačný faktor 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis vírus E26 onkogénu homológov 1 (influenza)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cadherin 18, typ 2
6.138-07
0,0017
A_14_P128664
18q23
ATP9B
ATPázy, trieda II, typ 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
PBX4
pre-B-bunková leukémia homeoboxový 4
1.010-06
0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
člen RAS onkogén rodiny
1.573-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukínu 5 (faktor stimulujúci kolónie, eozinofilov)
1.988-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7
EPH receptor A7
2.153-06
0,0059
A_14_P100300
13q12-Q14
SMAD9
Smäd rodinný príslušník 9
2.525-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrín beta 8
2,589 E-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, člen RAS onkogén rodiny
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribozomálnu proteín S6 kináza, 52 kDa, polypeptid 1
3.052E-06
0,0084
A_16_P16709446
4q13.1
** EPHA5
spoločnosťou EPH receptor A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distálnej-less homeoboxový 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
tvoriaci sleziny zameranie vírus (SFFV) provirové integrácia onkogénu
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serín /treonín kináza 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8
.nk2 homeoboxový 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-P35
** EPHB2
Ef receptor B2
6.637 E-06
0,0183
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
dystrofín
8.087E-06
0,0223
A_16_P01378894
5q34
ATP10B
ATPázy, V. triedy, typ 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
člen RAS onkogén rodinu
1.001-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratín 33B
1.069-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
výkladovej poznámke OO
inzulín receptor
1.110-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPázy , aminophospholipid transporter, trieda I, typ 8A, člen 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
mixed lineage kinázy 4
1.155 -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ETS varianta 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
zinkový prst homeoboxový 3
1.180-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-P31
ROR1
receptor tyrozínkinázy-like orphan receptor 1
1,209 E-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPázy, Ca ++ preprava, plazmatické membrány 2
1.282-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
můži1
viacnásobné endokrinné neoplázia I
1.318-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cadherin 2, typ 1, N-cadherin (neurónové)
1.420-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barrovej vírus infikovaných adenokarcinóme žalúdka vyjadruje latentné a lytické vírusovej transkripcie a má zreteľný ľudský profil génovej expresie
• Rozlišovaciu žalúdočnej tekutiny proteomu v karcinómu žalúdka odhaľuje diagnostický profil viac biomarkerov