Genetiniai linijas iš nediferencijuotą tipo skrandžio karcinoma išnagrinėtų neprižiūrimą grupavimo genomo DNR microarray data

Genetiniai linijas iš nediferencijuotą tipo skrandžio karcinoma išnagrinėtų neprižiūrimą grupavimo genomo DNR microarray duomenų pervežimas tezės
Background
įtariama, kad anksti skrandžio karcinoma (GC) yra ramybės variantas, kad labai retai progresuoja į išplėstinę GC. Mes parodė, kad ramybės ir agresyvus variantai vamzdinių adenokarcinomos (vonios) skrandžio pasižymi praradimo MYC
ir pelnas TP53
ir pelnas MYC parsisiųsti ir /ar praradimo TP53
, atitinkamai. Šio tyrimo tikslas yra nustatyti, ar tai taip pat nediferencijuotose tipo GKS (UGCs) skirtingų genetinių linijų atveju: vienas su sluoksniuotos struktūros (LS +), gautų iš anksti Signet žiedas ląstelių karcinomos (Sigs), o kitas , dažniausiai menkai diferencijuotų adenokarcinoma, be LS, bet su nedideliu vamzdiniu komponento (TC), dediferencijuotos iš vonios (LS- /TK +).
metodai
Naudojant 29 chirurginiu rezekcijos skrandžius 9 intramucosal ir 20 invazinių UGCs (11 LS + ir 9 LS- /TK +), 63 genomo DNR mėginiai gleivinės ir invazinių dalių ir atitinkamų referencinių DNR buvo ruošiamas iš formalinu fiksuotos, parafino-embedded audinių lazerio microdissection ir buvo atliktas masyvo pagrindu lyginamoji genomo hibridizacijos (aCGH) naudojant 60K mikrogardelių ir vėliau be priežiūros, hierarchijos klasterių. Iš 979 vėžiu susijusių genų vertinami, mes pažymėtus genus, kurių vidutinis kopijų skaičiaus skyrėsi tarp dviejų pagrindinių grupių.
Rezultatai
Remiantis panašumo genomo kopija-numeris profilyje, kad 63 mėginiai buvo suskirstyti į dvi pagrindines grupes. Grupes A ir B, kurie buvo daug LS + UGC ir LS- /TC + UGC, atitinkamai, buvo diskriminuojamos dėl 40 genų pagrindu. Agresyvi modelis buvo dažniau aptinkama LS- /TC + UGCs (20/26; 77%), nei LS + UGCs (17/37; 46%; p = 0,0195), o ne ramybės modelis buvo aptiktas bet Pateikti UGC mėginius.
Išvados
Skirtingai vonios, kopijos numeris pakitimai MYC
ir TP53
eksponavo agresyvią modelis LS + Sig ne pradžioje ir stadijose, nurodant, kad ankstyvieji LS + UGCs neišvengiamai pereiti į Išplėstinė GC. B grupė (prisodrintas LS- /TC +) eksponuojama dažniau pelnas vairuotojo genų ir dažniau agresyviai modelis nei klasterio A, rodo potencialiai blogesnė prognoziq UGCs kasetinių B.
Background pervežimas Skrandžio vėžio (GC) turi suklasifikuotas histologiškai į žarnyno, difuzinės ir nepriskirtos SAT tipų Lauren [1] ir neslaptame tipo buvo toliau skirstomi į kietų ir mišrių tipų, kuriuos Carneiro [2]. Nediferencijuotas tipo skrandžio karcinoma (NST) pagal japonų klasifikavimo [3] dažniausiai sutampa blogai diferencijuotą GC, kurį sudaro ne tik Difuzinis tipas įskaitant antspaudo žiedas ląstelių karcinoma (SIG), bet taip pat kieto tipo ir mišraus tipo su nedideliais vamzdinės komponentas (TC).
Neseniai buvo pasiūlyta, kad pažangios difuzinis tipo GC gali kilti iš bet kurios pradžioje difuzinio tipo ar žarnyno tipo GC. Na diferencijuotas kanalėlių adenokarcinoma (TUB) gali paversti blogai diferencijuota adenokarcinoma (POR) po ląstelių adhezijos susijusių genų nuslopinami įskaitant CDH1
[4, 5]. taip Carneiro anketa mišraus tipo karcinoma gali sutapti dediferencijuotos vonios. Buvo pranešta, kad išgyvenamumas pacientų su mišraus tipo GKS buvo gerokai mažesnis nei pacientų, kurių GKS kitų tipų [2], o išgyvenamumas pradžioje GC pacientams, sergantiems SIG buvo didesnis nei GC pacientų be SIG [6]. Taigi UGCs gali būti skirstomi į pogrupius su kitu prognozė. Neseniai masinės atrankos programa neuroblastomų [7-9] buvo sustabdytas Japonijoje, nes nepertraukiamo genetinė linija buvo pastebėtas tarp ankstyvos, ir vėlai pateikdama neuroblastomų. Neigiami ir vėlai pateikdama (≥1 metus) neuroblastomų eksponuojami beveik diploidy su terminalo 1p ištrynimą, o teigiami neuroblastomų kūdikiams eksponuojami beveik triploidy be 1p ištrynimą [10, 11]. Norėdami atlikti tokį pogrupis, mes klasifikuojami UGCs remiantis genetiniais linijų, taip pat morfologinių linijos? Žymenų raiškos tęstinumo.
Mūsų Lineage analizę naudojant chromosomų lyginamąją genomo hibridizacijos (CGH) buvo grindžiamas skiriamųjų morfologinių linijos? Žymekliais. Sluoksniuotos struktūros (Lt) reiškia prasidedantį etapą SIG plėtros [12] ir yra dažniausiai lieka net gerokai pažengęs į žmogaus skrandį. Auglio regionuose, kuriuose LS, dėl ląstelių proliferacijos režimas primena, kad esant įprastai skrandžio gleivinės. Ir manoma, kad auglio ląstelės toliau ribojama vartoti per gleivinę, kiek jie auga, kad susidarytų LS [13]. Mūsų linija analizė patvirtino, kad POR su LS buvo kilęs iš intramucosal SIG, o POR be LS ir mažoji TC (< 30%), buvo kilęs iš TC [14, 15]. Tačiau TC ne visada buvo kilęs nuo ankstyvo TŪB, bet taip pat gali būti kilęs iš SIG, o LS buvo vos kilęs iš TUB [15]. Todėl, kaip morfologinės Lineage persekiotoją, LS gali būti teikiama pirmenybė TC. Be to, UGCs be LS arba TC dėl antrinės praradimo šių žymenų yra pastebėta, kuris paskatino mus priimti masyvo CGH (aCGH) ir neprižiūrimų klasteris analizuoja iš aCGH duomenų klasifikuoti UGCs vien dėl panašumo pagrindu genomo kopijų skaičiaus . aprašymą
diferencijuotas tipo skrandžio karcinoma (DGCs), mūsų neseniai aCGH pagrindu lineage analizė atskleidė dvi genetines-os: vienas su kopijavimo skaičius praradimo MYC parsisiųsti ir kopijuoti skaičių pelnas TP53
(Myc UAB - ir TP53 +
), neveikiantis modelis, o kitas su kopijavimo skaičius pelnas MYC parsisiųsti ir /arba kopijuoti numeris praradimas TP53
(MYC + parsisiųsti ir /ar TP53 UAB -), agresyvus modelis. Nevykdanti modelis sudarė 70% intramucosal karcinoma pavyzdžių ir iš intramucosal dalis pavyzdžių invazinių karcinoma pusę. Invazinių dalys invazinių karcinoma dažniausiai eksponuojami agresyvų kopijų skaičiaus pokytis (ak) modelį. Kai intramucosal dalis pažangios vėžio buvo ramybės, Lineage buvo pertraukiami tarp gleivinės ir invazinių dalių. Todėl, Myc UAB - /TP53
+ ir MYC
+ ir /ar TP53 UAB -. CNA modeliai gali būti parašai neveikiančius ir agresyvių kubilai, atitinkamai [16]
dabar tyrimas, genomo DNR mėginiai iš gleivinės ir invazinių dalių ankstyvoje ir vėlyvoje UGCs buvo parengta ir taikoma genų kopijavimo skaičius analizes naudojant aCGH, po neprižiūrimą klasterių analizės aCGH duomenis. Remiantis šiais rezultatais, mes išnagrinėjo ryšį tarp morfologinių ir genetinių linijos? Žymekliai ir nustatė keletą naudingų Lineage žymeklis genų UGC.
Metodai Viesbutis The Institucinis ekspertizės valdyba dėl medicinos etikos ne Shiga universiteto medicinos mokslų patvirtino šį tyrimą su sąlyga, kad naudojami NST mėginiai buvo anoniminė. Parašė informuotas sutikimas nebuvo reikalingas, nes tai retrospektyvinė studija naudojamas archyvinius pavyzdžius
Audinių mėginiai
Šiame tyrime dalyvavo 29 chirurginiu rezekcijos, formalinu fiksuotos, parafino įdėta UGCs. 20 su LS bent jau dalį naviko (Lt + 9 intramucosaltumours ir 11 invazinių navikų) ir 9 be LS tačiau turintis nedidelę TC (LS- /TK + Visi invaziniai navikų) (1 lentelė). TC buvo apibrėžtas kaip gerai arba vidutiniškai diferencijuota adenokarcinoma komponentą, apimantį ≤ 30% visos naviko [15]. Visi mėginiai buvo atrinkti iš diagnozuotų mūsų departamentas nuo 1997 iki 2011 m Intramucosal LS GC atvejais + NST pacientai vidutiniškai 57,6 metų amžiaus (diapazonas, 48-79) ir pacientams, sergantiems invazine LS + UGCs 60.2 metų (diapazonas, 48-79), ir pacientams, sergantiems invazinės LS- /TK + UGCs 62,2 metų (nuo; 50-75). Makroskopiniu klasifikacija nustatoma pagal Japonijos klasifikatoriaus Skrandžio vėžio TNM sustojimo [3] .table 1 santrauka klinikos ypatybių 29 UGCs
byloje Nr
Amžius /Lytis
dydis gleivinės pažeidimo (cm)
macroscopic tipas *
histologinis tipas *
Atranka regionas aCGH
iš invazijos †
Gylis LN Meta †
etapas †
Intramucosal dalis
Invazinės dalis
LS
ne LS
TC

M101
79 /M
8.5 × 4.0
0 (IIc)
SIG > TC
+
NT
NT
T1 (M)
N0
IA
M102
48 /M
9,5 × 5,0
0 (IIc )
SIG > POR1
+
NT
- T1 (M)
N0
IA
M103
57 /m
1,4 × 0,8
0 (IIc )
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M104
76 /m
6,0 × 5,0
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M105
50 /m
1.5 × 1,2
0 (IIc)
SIG
+
NT
- T1 (m)
N0
IA
M106
60 /m
1,2 × 1,0
0 (IIc)
SIG
+ UAB -
- T1 (m)
N0
IA
M107
49 /M
4.0 × 2.5
0 (IIc + III):
SIG > POR1
+
NT
- T1 (M)
N0
IA
M108
48 /F
6,0 × 2,8
0 (IIc )
SIG > POR1 > TC
+
POR
NT
T1 (M)
N0
IA
M109
51 /m
5,3 × 3,3
0 (IIc + III):
SIG
+
SIG -
T1 (m)
N0
IA
SM101
71 /m
0,9 × 0,8
0 (IIc)
SIG > POR2
+
NT -
NT
T1 (SM2)
N2
II
A102
72 /M
5,0 × 3,0
0 (IIc + IIb)
POR2 > POR1 > SIG
+
SIG -
POR2
T2 (MP)
N1
II
A103
79 /M
12,0 × 8,5
0 (IIa + IIb)
POR1 > TC > SIG > POR2
+
POR
ni
NT
T2 (MP)
N1
II
A104
49 /m
2,8 × 2,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > TC
+
NT
NT
POR2
T2 (SS)
N1
II
SM105
59 /M
11,5 × 7,0
0 (IIa + IIc)
SIG > TC > POR2
+
TUB2
NT
POR2
T1 (SM)
N1
IB
SM106
72 /m
3,7 × 2,3
0 (IIc)
SIG > POR1
+
POR | -
NT
T1 (SM2)
N0
IA
A107
48 /M
12,0 × 6,5
0 (IIc + III)
SIG > POR2 > POR1 > MUC
+
POR | -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIb
A108
46 /m
4,0 × 2,8
0 (IIc + III)
POR2 > POR1 > SIG
NI
NI -
POR2
T2 (MP)
N2
IIIA
A109
55 /m
3,8 × 3,3
0 (IIc + III)
SIG > POR1
+
POR | -
SIG
T1 (SM2)
N0
I. A.
A110
57 /m
5,5 × 2,2
0 (IIc)
POR2 > SIG > TC
+
POR | -
POR2
T2 (MP)
N1
II
A111
54 /M
8,0 × 7,0
3
POR2 > SIG
+
POR | -
POR2
T3 (SE)
N2
IIIB
SM201
75 /M
3,7 × 3,0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A202
60 /m
4.0 × 3.8
0 (IIc)
POR2 > POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T2 (MP)
N0
IB
SM203
71 /m
4.5 × 2.0
0 (IIa + IIc)
POR1 > TC > SIG -
POR /TUB2
+
POR
T1 (SM2)
N0
IA
A204
65 /M
5.5 × 3.0
3
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N3
IV
A205
54 /m
7.4 × 5.8
5
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N0
II
A206
67 /M
5,5 × 4,0
4
POR2 > TC > POR1 -
POR /TUB2
+
NT
T4 (SI)
N2
IV
A207
52 /m
6,0 × 4,0
4
POR1 > POR2 > SIG > TC -
POR /TUB2
+
POR
T3 (SE)
N3
IV
A208
75 /m
9.0 × 7.0
2
POR1 > TC -
POR /TUB2
+
POR
T2 (MP)
N1
II
A209
50 /M
2.3 × 0,8
3
POR2 > SIG > POR1 > TC UAB -.
POR /TUB2
+
POR
T2 (MP)
N2
IIIA
* Japonijos klasifikacija skrandžio karcinoma, modifikuoto
† . TNM klasifikacija
UGCs
, nediferencijuojamos skrandžio karcinomos; aCGH
, masyvas CGH; LN
, Limfmazgių LS
, sluoksniuotos struktūros; TC
, vamzdiniai komponentas; SIG
, Signet žiedas ląstelių karcinoma; POR
, menkai diferencijuotas adenokarcinoma; POR1
, Kieto POR; POR2
, nekietas POR; TUB2
, vidutiniškai diferencijuoti adenokarcinoma; MUC
, mucinous adenokarcinoma; m
, gleivinė; SM
, submucosa; mp
, raumenų propria; SS
, subserora; SE
, serosal poveikio; SI
, invazija į gretimų struktūrų; M
, Vyras; F
, Moteris; NT
, ne išbandyti; ŠA
, Ne informatyvus.
LS vertinimo
LS buvo apibrėžtas kaip ir ankstesniame tyrime [17]. Trumpai tariant, LS +
regionai turėjo mažas karcinoma ląsteles, taikomos tik tuo liauka-kaklo lygyje stromos, kad palaipsniui diferencijuojamas, kad antspaudo žiedas ląstelių paviršutiniškai (ir giliai) plonų sluoksnių Propria (1a pav.) Iš LS į intramucosal regionuose naviko nebuvimas buvo apibrėžta keturių modelių: 1) kontaktinių mažų karcinoma ląstelių į muscularis gleivinės į SIG, 2) mucinous adenokarcinoma, 3) "Por ir 4) TC buvimas (1B-paveikslas f). 1 pav Histologiniai pasirodymai intramucosal dalių nediferencijuotą tipo skrandžio karcinoma (UGCs). Antspaudo žiedu žiedas ląstelių karcinoma (sig) komponentas su sluoksniuotos struktūros atveju A107 (A). Maži karcinomos ląstelės pasiskirsto giliau dalis virš arba į muscularis gleivinės A SIG komponento atveju M109 (B). Mucinous adenokarcinoma komponentas byloje A107 (C). Prastai diferencijuoti adenokarcinoma komponentas teismo SM106 (D). Nedideli vamzdiniai komponentai Tais atvejais, SM105 ir SM201, atitinkamai (E, F).
Lazeriniai microdissection ir DNR preparatas
Naviko audinių mėginiai buvo imami iš 5 mkm storio audinių skyriuose naudojant LMD6000 lazerio microdissection sistema ( "Leica Microsystems", Wetzlar, Vokietija). Dėl invazinių vėžio, DNR mėginiai buvo imami iš abiejų intramucosal ir invazinių dalių. Kiekvienam mėginiui, vėžio audiniai buvo gauti iš teritorijos, > 6 mm 2, kurios vėžio ląstelės sudarė už ≥ 70% visos ląstelių skaičiaus. Audinių mėginiai buvo suardomas 200 mikrogramų /ml, proteinazės K tirpalas maždaug 72 valandas 37,0 ° C ir genomo DNR ekstrahuojamas fenolio /chloroformo.
Visą genomą amplifikacija
mėginio DNR buvo papildyta naudojant GenomePlex visą genomą amplifikacija komplektas ( WGA2 komplektas; Sigma ", Sent Luiso, JAV) [18]. Kai DNR mėginių, kurie negalėjo būti pakankamai stiprintuvu, The WGA5 komplektas (sigma), dirbo.
Masyvas CGH
oligo CGH mikrogardeliq (60K, 60-Mer) (Agilent, Santa Clara, JAV) buvo naudojamas šis tyrimas, pagal gamintojo instrukcijas. Trumpai tariant, amlifikuoti naviko ir kontrolės DNR mėginiai buvo ne fermentais paženklinti Cy5 ir Cy3, atitinkamai, naudojant genomo DNR KV ženklinimo rinkinį (AGILENT) ir konkurencingomis hibridizavosi į mikrogardeliq. Į hibridizavosi masyvo vaizdai buvo užfiksuoti naudojant DNR mikrogardeliq skaitytuvas (AGILENT) ir tada fluorescencijos intensyvumas naviko ir kontrolės kiekvieno zondo tašku buvo apskaičiuojamas požymių išskyrimas Ver.9.5.3 (Agilent). Array duomenys buvo normalizuotas naudojant Genomo Workbench "programinės įrangos Ver.5.0 (AGILENT). Į oligomerų pozicijos remiasi žmogaus genomo vasario 2009 asamblėjos (hg19). Kopijuoti numeris pelnas ir nuostoliai buvo apibrėžiamas kaip pokyčių logaritmų 2 naviko atskaitos signalo intensyvumo santykis (T /R) yra didesnis nei 0.3219 ir mažiau nei -0.3219, atitinkamai.
Klasterinė analizė
atlikti romaną potipius iš UGC mėginių remiantis genomo profilis panašumo šiame tyrime neprižiūrimą hierarchinė klasterinė analizė buvo taikoma visoje 63 mėginių iš 29 UGC atvejais naudojant klasterius 3.0 ir TreeView programas. Pagal grupių algoritmas buvo nustatytas užbaigti susiejimo klasterių naudojant uncentered koreliaciją. Norėdami įjungti be priežiūros klasterinė analizė, mes atliekame nešališką mažinimo zondo skaičius iš viso 60.000 iki kelių tūkstančių zondai. Šiam tikslui mes išrinkome didelius genus, nes didesnis skaičius atitinkamų zondai pagerėjo signalo ir triukšmo santykis reprezentacinių genų kopijų skaičiaus. Neprižiūrimų strategija leido mums nustatyti vidinį standartą patvirtinti grupavimo rezultatus; kopijos numeris profiliai mėginių to paties naviko turėtų būti labiau panašūs nei bet kopija skaičius profilius iš kito auglio, nes genų pakitimai dėl kancerogeninio poveikio proceso daugiausia paplitusi tarp mėginių iš to paties naviko.
statistines analizes
skirtumai nenumatytų lenteles buvo vertinamos už statistinio reikšmingumo naudojant Fisher'io testą. Gautų p < 0,05 (2-sided) buvo laikomas statistiškai reikšmingas. Į Welch T
testas buvo naudojamas įvertinti vidutinis DNR kopijų skaičiaus skirtumas kiekvienam zondo tarp dviejų klasterių pavyzdžių. Bonferroni korekcija buvo naudojamas informacija daugeliui lyginimų.
Rezultatai
Pavyzdžiai analizuojami su masyvo CGH
Audinių mėginiai buvo pašalintų iš 29 archyve GC egzempliorių lazerio microdissection. Audinių pavyzdys gyventojai sudarė 11 regionų (iš 9 intramucosal Sigs), iš kurių 9 regionų buvo LS + ir kiti du LS-, 26 regionus (nuo 11 LS + invazinės NST), iš kurių 10 buvo LS + gleivinės regionai, 8 buvo LS- gleivinės regionai ir 8 buvo invazinės regionai ir 26 regionai (iš 9 LS- /TC + invazinių UGCs):. 9 intramucosal POR 9 intramucosal TC ir 8 invazinės regionai
genomo pločio kopijų skaičiaus pakitimai
dėl genetinės aberacijos sklypas Pralaidumą visiems chromosomų rodoma LS + UGCs ir LS- /TK + UGCs 2a paveiksle ir 2b paveiksle, atitinkamai. Kopijuoti numeris pelnas ir nuostoliai buvo labiau paplitęs LS- /TC + UGCs nei LS + UGCs. Dažniausi kopijavimo numeris pelnas buvo aptikta 3q26 (7/63 mėginiai), 5p15 (8/63), 8p23 (9/63), 8q24 (7/63) ir 12p12 (6/63), o dažniausias kopijavimo numeris nuostoliai buvo rasti 7q36 (5/63) ir 12p12 (5/63). 2 pav dažnumas kopija numeris pokyčių metu chromosomų lygmenyje. Mėginių, kurie turi CNAs kiekvienam chromosomos LS + UGCs (a) procentinė ir LS- /TC + UGCs (b). Pelnas ir nuostoliai yra nurodyta su raudona ir žalia, atitinkamai.
Kopijuoti numeris pakeitimus (CNAs), būdinga visiems mėginių iš to paties auglio buvo vadinami stemline pakeitimus [14] ir numatomą atsirasti ne anksčiau etape tumorogenezės ir neatsiejamas į naviko linijos. Stemline prieaugis 3q26 buvo aptikta 2/20 atvejų invazinių LS + UGCs ir nė vienas iš invazinių LS- /TK + UGCs. Priešingai, stemline prieaugis 5p15, 8p23 ir 12p12 buvo aptikta 2/9 atvejų invazinės LS- /tc + UGCs bet jokiu invazinių LS + UGCs atveju. Nėra stemline nuostoliai buvo aptikta apie UGCs atvejais.
Ankstesni tyrimai naudojant chromosomų arba masyvo CGH analizuoja [19-27] pranešė, kad dažnas CNAs skrandžio vėžio (bendras tiek UGC ir DGC) buvo chromosomų pelnas at 3Q, 5p, 7P, 8q, 13q, 17q, 20p ir 20Q, o nuostoliai 4Q, 5q, 6Q, 9p, 17p, 18q ir 21q. Per UGCs nagrinėtų šio tyrimo duomenimis, visi anksčiau pranešė CNAs nepastebėta, išskyrus naudos ne 17q ir 20P arba nuostolius 5q ir 6Q. Pelnas ne 8P ir 12p buvo įprasta LS- /TC + UGCs. Kopijuoti numeris pelnas at 8q24 buvo paplitusi abiejose UGCs tipų, su 4/20 atvejų LS + UGCs ir 3/9 atvejų invazinės LS- /TK + UGCs, tačiau jie nebuvo stemline pakeitimus.
Nešališkas pasirinkimas genų rodo visa genomo aprašymą
klasifikuoti NST mėginius pagrįstas bendru jų panašumo į genų kopijų skaičiaus pokyčius profilio, mes naudojome be priežiūros hierarchinę klasterinė analizė. Šiam tikslui, tai buvo būtina, siekiant sumažinti genų zondai, naudojamų grupių analizę iš 60K iki kelių tūkstančių skaičių. Sumažintas skaičius genų dar turėtų atspindėti visą genomą profilį, jei nešališkai atrinkti. Siekiant įvykdyti šias sąlygas, mes išrinkome genus remiantis vien tik genų dydžio (Atitinkamų zondai numeriai). Po pakartotinių tyrimų klasterių analizes naudojant genus įvairių minimalių dydžių (arba zondo skaičių per geno), mes nustatėme, kad daugelis CNAs iš to paties naviko, buvo labiau susitelkę kartu nei bet iš kitos UGC atveju mėginiai, kai mes analizuojami tik genus su 3 ar daugiau zondai per geno. iš 5019 genų viso
klasifikacijos UGC naudojant hierarchinę klasterinė analizė
Mes taikomas neprižiūrimą dvimatis hierarchinę grupavimo algoritmą, iki 63 DNR mėginių iš viso nuo 29 UGCs. Mėginiai buvo suskirstyti į dvi pagrindines klasterius A ir B, remiantis panašumo genomo profilyje (3 paveikslas). 63 mėginių, 30 Lt + UGCs buvo suskirstyti į klasterius A ir tik 7 į klasterio B. LS- /TC + UGCs, 8 mėginiai buvo suskirstyti į klasterius A ir 18 į klasterio B. Visi Intramucosal LS + UGCs buvo įtraukta į klasterio A. klasterių A ir B buvo gerokai skiriasi proporcijos morfologinių potipių (p = 0,0001). 3 pav be priežiūros hierarchinė klasterinė analizė masyvo pagrindu lyginamosios genomo hibridizacijos (aCGH) duomenis. Genų kopijavimo numeris pelnas ir nuostoliai yra pažymėti raudona ir žalia, atitinkamai. Iš 63 mėginių iš 29 UGCs viso buvo suskirstyti į dvi pagrindines grupes: A ir B Dauguma pavyzdžiai LS + UGCs buvo įtraukta į klasterius A ir dauguma LS- /tc + UGCs mėginiai buvo klasterio B. Visi Intramucosal LS + UGCs buvo įtrauktos į Cluster A.
kopijų skaičiaus pakitimai MYC parsisiųsti ir TP53

Pelnas at 8q24 buvo bendri pokyčiai abiejų LS + ir LS- /TK + UGCs. Tipinės genai, esantys šioje lokusas MYC.
Pelnas iš Myc
buvo aptikta 2/11 iš Intramucosal LS + UGCs (18,2%), 6/26 LS + UGC (23,1%) ir 8/26 invazinių LS- /TK + UGCs (30,1%). Agresyvi modelis (MYC + parsisiųsti ir /ar TP53 UAB -) buvo aptiktas 6/11 iš Intramucosal LS + UGCs (54,5%), 11/26 invazinių LS + UGCs (42,3%) ir 20/26 invazinių LS - /TC + UGCs (76,9%; 4 pav.) Todėl agresyvus modelis buvo dažniau aptinkama invazinių LS- /TK + UGCs nei LS + UGCs (p = 0,0195). Nevykdanti modelis (MYC UAB - ir TP53 +
) nebuvo aptikta iš UGC pavyzdžių, net ir tie, iš intramucosal GCS (4 paveikslas). Pav 4 Array CGH duomenys MYC ir TP53 LS + UGCs ir LS- /TK + UGCs. LS + UGCs skirstomi į intramucosal vėžio ir invazinių vėžio. Skaitmenys reiškia bazė 2 logaritmas testas /atskaitos signalo intensyvumo rodiklių masyvo CGH duomenis. Svarbūs pelnas ir nuostoliai yra pažymėti raudona ir žalia, atitinkamai. Pažymėti su ir be pilko marža mėginiai yra įtrauktos į B grupės ir grupių A, atitinkamai, pav 3.
Kopijuoti numeris pakeitimai, išskyrus MYC
arba TP53 genų

Kaip minėta pirmiau, 5p15 buvo viena iš dažniausių pelnas svetainių invazinės LS- /TK + UGCs (8/26; 30,7%), tačiau nebuvo aptikta iš 37 intramucosal ir invazinių LS + UGCs (2 paveikslas). Tikslinės genai, esantys šioje lokuso gali apimti telomerazės atvirkštinės transkriptazės geną (tret
), nes tret
pelnas buvo dažniau aptinkama invazinių LS- /TK + UGCs nei intramucosal ir invazinių LS + UGCs (16/26 vs 1/37, P < 0,0001) (5 pav). Priešingai, nuostoliai tret
buvo aptikta 4/37 pavyzdžių intramucosal ir invazinių LS + UGCs (10,8%), bet ne invazinių LS- /TK + UGCs. 5 pav masyvas CGH duomenys, išskyrus MYC ir TP53 genų labai skiriasi, T /R santykis tarp grupių A ir B. UGCs skirstomi į grupes A ir B, kad buvo nustatytas 3 paveiksle Šilumos žemėlapis rodo bazė 2 logaritmas testas /pagalbos signalo intensyvumo rodikliai masyvo CGH duomenis. Pelnas ir nuostoliai yra nurodyta su raudona ir žalia, atitinkamai.
Welch T
bandymas buvo atliktas palyginti vidutinį T /R santykis tarp Klasteryje A mėginių ir tų grupių B kiekvieną 2756 zondo loci 979 vėžį "susiję genai. Keturiasdešimt trijų genų zondai, priklausančių 40 genų, reikšmingai skirtingas vidutines T /R santykis tarp grupių A ir B vienu P <lygiu; 0,05 po Bonferroni korekcijos (2 lentelė). Iš 40 genų, 6 genų (Kit
, RAN
, RAB39B
, RAB9A
, RAB37 parsisiųsti ir tret
), įskaitant prokalbės onkogenų, buvo susijęs glaudesnio naviko augimo ir 8 genai (ETS1
, SPI1
, ETV6
, EPHA7
, EPHA5
, EPHB2
, EPHA10 parsisiųsti ir Trio
) in invazijos /metastazių ir 3 genai (APK, NF1 parsisiųsti ir MEN1
) naviko slopinimą (2 lentelė). Dauguma žurnale 2 T /R santykis 43 skiriamaisiais genų zondai buvo priešingos ženklą tarp grupių A ir B, su didesnis absoliutine verte ir B grupės (5 paveikslas) .table 2 sąrašas 40 genų, kurie turi CNAs žymiai skiriasi tarp grupių A ir B
Probe vardą
Vieta pervežimas pervežimas iš Gene
Aprašymas
P vertė
pvalue pavadinimas po Bonferroni korekcijos
A_16_P41637097
Xp21.2
DMD
Distrofija
4.541E-08
1.251E-04
A_14_P133591
5q21- q22
APC
adenomatozinio polipozės coli
5.774E-08
1.591E-04
A_14_P130973 pervežimas 4q11-Q12 pervežimas * KIT pervežimas pervežimas V -kit Hardy-Zuckerman 4 kačių sarkomos viruso onkogeno homologas
1.047E-07
2.886E-04
A_14_P125447
13q12-Q14
SMAD9
SMAD šeimos narys 9
1.373E-07
3.784E-04
A_14_P100439
12q24.3
* RAN
valstybės anksčiau onkogeno šeimos
1.876E-07
5.171E -04
A_14_P102616
20q11.2
GDF5
augimo diferenciacija veiksnys 5
2.828E-07
7.794E-04
A_14_P133647
11q23.3
** ETS1
v-etserythroblastosis virusas E26 onkogeno homologas 1 (paukščių)
5.603E-07
0,0015
A_14_P138640
5p14.3
CDH18

cad 18, 2 tipo
6.138E-07
0,0017
A_14_P128664
18q23 pervežimas ATP9B pervežimas pervežimas ATPazės II klasė, tipas 9B
6.474E -07
0,0018
A_14_P124801
19p12
pBX4

anksto B ląstelių leukemija homeozinis genas 4
1.010E-06 0,0028
A_14_P118423
Xq28
* RAB39B
valstybės anksčiau onkogeno šeimos
1.573E-06
0,0043
A_14_P134602
17q11.2
NF1
neurofibromin 1
1.802E-06
0,0050
A_14_P120351
5q31.1
IL5
interleukino 5 (kolonijas stimuliuojantis faktorius, eozinofilų)
1.988E-06
0,0055
A_14_P125637
6q16.1
** EPHA7

Ef receptorių A7
2.153E-06
A_14_P100300
13q12-Q14
0,0059 SMAD9
SMAD šeimos narys 9
2.525E-06
0,0070
A_14_P201681
7p21.1
ITGB8
integrino, beta 8
2,589 El-06
0,0071
A_14_P130112
Xp22.2
* RAB9A
RAB9A, valstybės anksčiau onkogeno šeimos
2.949E-06
0,0081
A_14_P120484
1q41
RPS6KC1
ribosomos baltymų S6 kinazės, 52 kDa, polipeptidas 1 3.052E-06
A_16_P16709446
4q13.1
0,0084 ** EPHA5
Ef receptorių A5
3.584E-06
0,0099
A_14_P201127
2q32
DLX2
distalinio mažiau homeozinis genas 2
3.703E-06
0,0102
A_14_P126957
11p11.2
** SPI1
blužnis dėmesys formuojant virusas (SFFV) infekuota integracija onkogeno
4.334E-06
0,0119
A_14_P104667
8q22.2
STK3
serino /treonino kinazės 3
4.386E-06
0,0121
A_14_P137889
14q13.3
NKX2-8

NK2 homeozinis genas 8
5.393E-06
0,0149
A_14_P109970
1p36.1-P35
** EPHB2
Ef receptorių B2
6.637 El-06
A_14_P118116
Xp21.2
DMD
Distrofija
8.087E-06
A_16_P01378894
5q34
0,0183
0,0223 ATP10B
ATPazės V klasė, tipas 10B
8.165E-06
0,0225
A_14_P139456
17q25.1
* RAB37
valstybės anksčiau onkogeno šeimą
1.001E-05
0,0276
A_14_P111361
17q21.2
KRT33B
keratino 33B
1.069E-05
0,0295
A_14_P134909
19p13.3-p13.2
INSR
insulino receptorių
1.110E-05
0,0306
A_16_P02740008
13q12
ATP8A2
ATPazės , aminophospholipid transporteris, aš klasė, tipas 8A, narys 2
1.129E-05
0,0311
A_14_P102858
1q42
KIAA1804
mišri lineage kinazės 4
1.155E -05
0,0318
A_14_P113857
12p13
** ETV6
ETS variantas 6
1.172E-05
0,0323
A_14_P115054
16q22.3
ZFHX3
cinko pirštų homeozinis genas 3
1.180E-05
0,0325
A_14_P138431
1p32-P31
ROR1
receptorių tirozino kinazės-kaip našlaitis receptorių 1
1,209 El-05
0,0333
A_18_P22746653
3p25.3
ATP2B2
ATPazės, Ca ++ Transportas, plazminės membranos 2
1.282E-05
0,0353
A_14_P105811
11q13
MEN1
dauginių endokrininių navikų Aš
1.318E-05
0,0363
A_14_P136621
18q11.2
CDH2
cad 2, 1 tipas, N-cad (neuronų)
1.420E-05
0,0391
A_14_P103176
1p34.3
** EPHA10

• Epstein-Barr virusu užkrėstų skrandžio adenokarcinoma išreiškia nematomus ir lizės virusinėmis nuorašai ir turi atskirą žmogaus genų ekspresijos profilio
• Skiriamasis skrandžio skysčio Proteome skrandžio vėžio atskleidžia kelių biologinio žymiklio diagnostikos profilį