Kännetecken för Epstein-Barr-virus varianter i samband med magcancer i södra Tunisia

egenskaper Epstein-Barr-virus varianter i samband med magcancer i södra Tunisien Bild Sammanfattning
Backgroud
EBV-associerad magcancer (EBVaGC) har en distinkt kliniska funktioner och dess förekomst varierar över hela världen resultat.
att bestämma förekomsten av EBVaGC i Tunisien, var EBV-kodade små RNA (EBER) uttryck bedömas 81 gastric carcinoma (GC) exemplar. Kärnkrafts EBER uttryck detekterades i 12 av 81 fall GC (14,81%) och samstämmighet mellan poängskala Eber färgning och antalet EBV DNA-kopior som uppskattning av QPCR observeras. Å andra sidan, fann vi att EBVaGC starkt korrelerad med ålder vid diagnos, och svagt med tumördifferentiering och venös invasion.
Dessutom var de EBVaGC proverna utsätts för att bestämma EBV DNA-polymorfismer. Våra resultat visar en unik genetisk profil av EBV-stammar beträffande A- och D-typer, F prototypen, bibehållandet av Xho
restriktionsställe och 30 bp del-LMP1 variant. Enligt våra tidigare studier på nasofarynxcancer (NPC), föreslog vi att EBV-stammar associerade till GC och NPC delade vissa likheter i tunisiska patienter.
Slutsats
förekomsten av EBVaGC är 14,81% i södra Tunisien och att gemensam EBV-stammen är förknippade med både NPC och GC som sannolikt kommer att skilja sig från asiatiska stammar. Våra resultat stödjer därför en viss geografisk fördelning av EBV-stammar som inte är begränsad till EBV-associerade maligniteter.
Nyckelord
magcancer EBV EBER polymorphisms Bakgrund
magcancer (GC) är den näst vanligaste orsaken till cancerdöd hela världen [1]. Förekomsten av GC varierar från ett geografiskt område till ett annat, vilket tyder på att genetiska och miljömässiga faktorer, inklusive Helicobacter pylori
infektion anses bidra till gastric cancer [2, 3]. I södra Tunisien, den årliga incidensen av GC varierar från 2,6 till 4,8 /100 000 personer [4]. I de få senaste åren har många rapporter undersökt sambandet mellan Epstein-Barr-virus (EBV) infektion och GC [5-9]. EBV-associerade GC (EBVaGC) har framgår av närvaron av enhetligt uttryck av EBV-kodade små RNA (EBER) i GC-celler [10], upptäckten av monoklonala EBV episomer i GC-celler [11] och ökningen av serum antikroppar mot viralt kapsidantigen [12]. Förekomsten av EBVaGC varierar kraftigt 2-18% som rapporterats av tidigare studier [13-20]. Dessutom kliniska funktionerna i EBVaGC inkluderar manlig dominans, relativt ung ålder och plats i den proximala magen [9, 21]. Den EBVaGC visar en lägre lymfkörtel engagemang och har en relativt gynnsam prognos jämfört med EBV-negativ [22].
EBVaGC är infektion av tumörceller kännetecknas av en typ I mönster latens, där uttryck av virala latenta gener är begränsad till Epstein-Barr-kärnantigen (EBNA) -1, Eber latent membranprotein LMP-2A och transkriptioner från Bam
HI En höger ram (BARF) -0 och -1 [11, 23]. Eftersom EBV produkter av typ I latent infektion har visat sig vara involverade i EBV-medierad tumorogenesis, föreslogs det att den onkogena processen i EBVaGC kunde drivas av olika mekanismer från de hos konventionella GC. Därefter kunde EBVaGC malignitet betraktas som en annan enhet bland GC som kräver större uppmärksamhet för att förbättra patientvården.
Aktuella studien genomfördes i syfte att fastställa förekomsten av EBVaGC i södra Tunisien och därefter analysera specifika EBV polymorfismer i tumören isolat.
Material och metoder
Patientens egenskaper Review, en totalt 81 primära gastriska karcinom samlades, mellan januari 1999 och december 2009 från patienter som genomgick radikal kirurgisk resektion vid institutionen för Digestive Surgery av Habib Bourguiba Universitetssjukhuset (Sfax, Tunisien). Alla patienter gav informerat samtycke före provtagning enligt institutionens riktlinjer. Ingen av patienterna hade preoperativ eller postoperativ kemoterapi. Klinisk-patologiska parametrar såsom kön, ålder, anatomiskt ställe, histologiska typ, patologiskt stadium, tumörstorlek och venös invasion utvärderades genom att granska medicinska diagram och patologiska register. Vid tidpunkten för kirurgi, patienternas ålder varierade från 18 till 94 år (medelvärde: 59,58 år). Den anatomiska stället för tumör bestämdes enligt den dominerande platsen för lesionen som cardia (n = 8), organ (n = 22), och antrum (n = 48). De histologiska subtyper klassificerades enligt kriterierna för Lauren [24] som intestinal typ (n = 47) och diffus typ (n = 34), men också av Världshälsoorganisationen som dåligt differentierade (n = 43), måttligt differentierade (n = 26) och väl-differentierade (n = 9). Den kliniska stadiet av sjukdomen bestämdes enligt tumören nod och metastasering (TNM) klassificering av den amerikanska kommittén för cancer [25]. Vår kohort innehåller 9 patienter i stadium I eller II och 47 patienter i stadium III eller IV.
In-situ hybridisering
EBV identifierades genom expression av EBV-kodade små RNA (EBER). Kortfattat, in situ
hybridisering (ISH) analys utfördes på 3 fim paraffinblockdelar med EBV oligonukleotidprober komplementära till EBER-1 och -2 i enlighet med tillverkarens instruktioner (PNA ISH Detection Kit, Dako Cytomation). De hybridiseringssignaler synliggjordes med diaminobensidin (DAB) och positiv kärn signal erkändes som mörkbrun nukleär färgning under ljusmikroskop. Som positiv kontroll, var avsnitt från en känd EBER-positiv NPC vävnad som används. Färgning poängsattes 1-3 enligt andelen färgade cellkärnor i vävnadssnitt. Score 3 tillskrevs när positiv signal observerades i mer än 75%, poäng 2 i 75 till 50% och poäng 1 på mindre än 50% av cellerna.
DNA-extraktion
DNA extraherades från formalinfixerad, paraffin inbäddade vävnader. Efter tumör identifiering på hematoxylin-eosin-färgade objektglas, var tumör områden skrapas från 40 um tjocka paraffin. De insamlade materialet var de-vaxat genom tvättning i xylen och sköljdes i etanol. Torkade vävnader digererades med proteinas K i närvaro av SDS vid 55 ° C över natten, följt av fenol /kloroform extraktion såsom beskrivits tidigare [26]. Kvantiteten av DNA kontrollerades genom spektrofotometer och lagrades vid -20 ° C för vidare användning.
PCR- RFLP och sekvense
Fem regioner av EBV-genomet var riktade för polymorfism analys genom PCR, RFLP eller sekvensering. De polymorfismer som studerats omfattar A- eller B-typ i EBNA-3C-genen, C eller D-typ i BamHI-W1 /I1-regionen, prototypen F eller f varianten i BamHI-F-regionen, en förlust av en Xhol
i-stället i den första exonen av BNLF1gene (Xho
i-förlust variant) och radering av 30 bp i den tredje exonen av samma gen (30 bp del-LMP1 variant). Genotypning utfördes på DNA från GC patienter EBV-positiva och som kontroll analyserar vi 10 DNA-prover från nasofaryngeal mukosa positiva för EBV.
PCR-amplifiering utfördes på 200 ng DNA i en slutlig reaktionsblandning av 50 | il innehållande 0,2 ^ M av varje primer, 200 ^ M dNTP, 2 mM MgCl2, 1X PCR-buffert och 1 enhet Taq DNA-polymeras (Fermentas). Primersekvenserna och storleken av PCR-produkter visas i tabell 1.Table en Sammanfattning av primersekvenser som omfattar de EBV typer och varianter
EBV gener och regioner
(typer eller varianter )
Primer sekvenser (5'-3 ')
Produktstorlek storlek~~POS=HEADCOMP (bp)
EBNA-3C-genen
(typ A eller B) Review F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR-produkter
153: typ A
246: typ B
BamH1-W region
(typ C eller D) Review F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam
HI matsmältning
205: typ C
130 + 75: typ D
BamH1-F regionen
(f variant) Review F: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam
HI matsmältning
198: F variant
127 + 71: f variant
Exon 1 av BNLF1 genen
(Xhol variant)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xhol
i nedbrytnings
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
i +
exon 3 av BNLF1 gen
(30bpdel-LMP1) Review F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
PCR-produkter
224: 30bpdel-LMP1
254: wt-LMP1
F: Forward primer
R: Omvänd primer
C /D och F /f-typning är baserad på BamHI
digerering av varje PCR-produkt. De enzymatiska reaktioner utfördes i en slutlig volym av 20 | j, l innehållande 10 | il av PCR-produkt, 1X digereringsbuffert och 10 enheter av BamHI
enzym (Fermentas). Efter inkubation över natten vid 37 ° C togs produkter analyserades på 2% agarosgel och visualiserades genom etidiumbromidfärgning, under UV-belysning. Samma betingelser som beskrivits ovan bedömdes för att identifiera den Xhol
stället i den första exonen av BNLF1gene. DNA från B95.8 (GenBank accessionsnummer No.V01555) och C666-1 cellinjen (Genbank Accession nr ABV54173) användes som kontroll för EBV typer och varianter. Det C666-1 cellinje härledd från en kinesisk NPC som hyser A /C typer, f variant, Xhol
I-förlust variant- och 30 bp del-LMP1 variant.
DNA-sekvensering utfördes på de renade PCR-produkter av det tredje exonet av BNLF1 genen med användning av SV gel Purification kit (Promega). Cykelsekvensering utfördes med användning av ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) enligt tillverkarens instruktioner. Alla sekvenser utfördes i båda riktningarna. Sekvenserings resultat jämfördes sedan med de EBV-sekvenser av B95.8 (GenBank accessionsnummer No.V01555), kinesiska NPC (CaO-celler [27], C666-1 celler (Genbank Accession nr ABV54173) och NPC10 biopsi [28] och Tunisien NPC prover (CV4, CV5 och CV6 [29]).
Realtids kvantitativ PCR
Q-PCR-analys med inriktning på BamHI-W regionen av EBV-genomet utfördes på 12 EBV-positiva prover som uppvisar kärnfärgning och 6 EBV negativa prover. Reaktioner utfördes på en iCycler iQ ™ Realtids tids~~POS=HEADCOMP-PCR-systemet (BioRad), med användning av primrar som flankerar BamHI-W regionen av EBV-genomet och TaqMan-sond såsom beskrivits tidigare [30]. alikvot av 1 | j, g DNA användes för amplifiering i en total reaktionsvolym av 25 pl innehållande 300 nM av varje primer, 25 nM TaqMan probe, 1X PCR-buffert, 2 mM MgCl2, 200 | iM av varje dNTP och 1 enhet av GoTaq Hot Start-polymeras (Promega). standardkurvan framställdes med användning seriella 10-faldiga utspädningar av den rekombinanta plasmiden pGEMT /BamHI-W. Prover kördes i duplikat och resultaten i genomsnitt för att beräkna EBV virusmängd uttryckt i kopior per reaktion.
Statistisk analys
Statistisk analys utfördes med SPSS 13,0 statistiska program för Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-värde på mindre än 0,05 ansågs som statistiskt signifikant.
Resultat
Förekomst av EBVaGC och tillsammans med klinisk-patologiska egenskaper
Åttio ett exemplar av GC testades för EBV positivitet använder EBER in situ
hybridisering. Frekvensen av EBVaGC var 14,8% (12 av 81), i vilken den EBER positiv signal var begränsad till kärnorna hos karcinomceller (Figur 1). De EBVaGC exemplar har en variabel andel av färgade tumörceller som visar mer än 75% i sex fall (poäng 3), mellan 50 och 75% i tre fall och mindre än 50% under de tre återstående fallen. De EBVaGC fall var associerade med ålder vid diagnos (P
= 0,009, tabell 2). I själva verket var 9 av de 12 patienterna med EBVaGC åldern 45 till 60 år gamla. Dessutom har en trend mot association observerades med tumör differentiering och venös invasion som statistiskt signifikant värde inte nåddes (P
= 0,07 och P =
0,09 respektive tabell 2). Figur 1 Upptäckt av Epstein-Barr-virus kodade små RNA (Ebers) genom in situ hybridisering i magcancer vävnader. A: H & E-färgning. B: Intensiv EBER positiv färgning (immun poäng 3+) i kärnan av tumörceller (ursprunglig förstoring x 40). C: Måttlig EBER positiv färgning (immuno-poäng 2+) i kärnan av tumörceller (ursprunglig förstoring x 40). D: Svag EBER positiv färgning (immuno-poäng 1+) i kärnan av tumörceller (ursprunglig förstoring x 40). E: Positiv kontroll representeras av en känd Eber-positiv NPC vävnader (ursprunglig förstoring x 40). F: Gastric karcinomvävnader negativa för EBER (ursprunglig förstoring x 10) Review Tabell 2 Samband mellan EBVaGC och klinisk-patologiska parametrar
Kliniska egenskaper
N
EBV uttryck *
vid vid Negativ (%)
Positiv (%) katalog
Kön
Man
48
42 (87,5) Review 6 (12,5) Review Kvinna
33
27 (81,8) Review 6 (18,2)
p
-värde
0,47
Age
< 45
17
17 (100) Review 0 (0)
45-60
30
21 (70) Review 9 (30) Review > 60
34
31 (91,2) Review 3 (8,8) katalog p
-värde
0,009
TNM
I-II
9
9 (100) Review 0 (0) Review III-IV
47
40 (87,1) Review 7 (14,9) katalog p
-värde
0,216
anatomiskt ställe
Antrum
48
41 (85,4) Review 7 (14,6) Review Body
22
19 (86,4) Review 3 ( 13,6) Review Cardia
8
6 (75) katalog 2 (25) katalog p
-värdet
0,72
Differentiering
Poor
43
36 (83,7) Review 7 (16,3) Review Medel
26
25 (96,2) Review 1 (3,8) Review Väl
9
6 (66,7) Review 3 (33,3) katalog p
-värde
0,075
Lauren typ
Intestinal
47
38 (80,9) Review 9 (19,1) Review Diffusa
34
31 (91,2) Review 3 (8,8) katalog p
-värde
0,197
Tumörstorlek storlek~~POS=HEADCOMP
< 5 cm
9
8 (88,9) Review en (11,1) Hotel > 5 cm
65
54 (83,1) Review 11 (16,9) katalog p
-värde
0,658
Venös invasion
negatif
61
54 (88,5) Review 7 (11,5) Review Positif
18
13 (72,2) Review 5 (27,8) katalog p
-värde
0,09
* EBV uttryck bestämdes genom EBER in situ hybridisering. Negativa fall uppvisade en poäng = 0 och positiv fall visade en poäng = 1 + till 3+
Kvantitativ bedömning av EBV i GC
Q-PCR-analys utfördes på 18 magkarcinom exemplar. bland dem 12 som visas EBER positivity begränsad till celler kärnor och 6 var negativa.
virala DNA kopietalet uppskattades genom den absolut kvantifiering metod med användning av serieutspädning av rekombinant plasmid-DNA (pGEMT /BamHI-W), som extern standard. Standardkurva fastställdes genom att plotta utgångs plasmidkopieantalet mot tröskelcykeln (Ct), som visar en linjär kvantifiering över ett område från 10 6 till 10 kopior per reaktion.
Representativa exempel visas på figur 2, där de fall GC10 och GC3 (Ct = 15 respektive 22) uppvisar stark EBER nukleär färgning medan GC8 (Ct = 30) uppvisar en svag EBER uttryck (Figur 2). Q-PCR data i överensstämmelse med EBER in situ
hybridisering resultat. Faktiskt, de 6 prover med intensiv EBER färgning (score 3+), visade hög EBV-DNA kopietal medan fall med svag EBER expression (poäng 1 +) motsvarade låg virus DNA-kopia (tabell 3). Figur 2 Bestämning av EBV-DNA kopienummer av Q-PCR. Representativa exempel på GC fall med hög (GC10), mellan (GC3) och låg (GC8) EBV DNA kopior nummer. Den horisontella linjen markerar tröskeln för bedömning av Ct värde.
Tabell 3 EBV DNA-kopia nummer och EBER färgning poäng i 12 EBV positiva prov och 6 negativa fall
GC Cases
Histologisk
Skriv
Tumör Site
Ct *
(genomsnitt) katalog
EBV DNA *
Kopior /xg
EBER färgning
poäng
10
Intestinal
Antrum
15
6,105
3+
3
Intestinal
Antrum
22
4,103
3+
12
Intestinal
Antrum
23
103
3+
9
Diffusa
Antrum
22,8
103
3+ 2
Intestinal
Body
25
5,102
3+ 4
Intestinal
Antrum
26
102
3+
6
Intestinal
Proximal
27
8,101
2+
7
Diffus
Body
28
5,101
2+
11
Intestinal
Proximal
28
5,101
2+ 1
Intestinal
Antrum
30
< 10
1+
5
Intestinal
Antrum
30
< 10
1+
8
Diffus
Body
30
< 10
1+
13
Diffusa
Antrum
ND
ND
0
14
Diffusa
Body
ND
ND
0
15
Diffus
Antrum
ND
ND
0
16
Diffusa
Antrum
ND
ND
0
17
Intestinal
Antrum
ND
ND
0
18
Intestinal
Body
ND
ND
0
* EBV DNA kopietalet uppskattades av Q-PCR med användning av absolut kvantifiering metoden. CT: tröskeln cykel. ND: Ej fastställd
genotypning av EBVaGC stammar
att ytterligare undersöka EBVaGC i våra 12 tunisiska prover, har vi undersökt den genetiska profilen av EBV-stammar bestämma olika typer och varianter. En unik profil i alla studerade prover observeras (Figur 3). Det präglades av A /D-typer, prototyp F, bibehållande av Xho
restriktionsställe och 30 bp del-LMP1 variant. Vi noterar att A- och B-typer forma två olika EBV-stammar påträffades i ett fall av EBVaGC prover (Figur 3). Figur 3 Genotypning av EBVaGC stammar. A: PCR -RFLP av BamHI-F-regionen som visar den f-variant (närvaro av två band av 128 bp och 71 bp) för kontroll C666-1-cellinjen (fält 1) och ett band av 199 bp för F-varianten för fall GC2 till GC6 (spår 2 till 6). B: PCR-RFLP av BamHI-W1 /I1 regionen. DNA-fragment klövs med BamHI
ge två band av 139 och 67 bp (typ D) för GC2 till GC6 (spår 2-6) eller ett band av 245 bp (typ C) för kontroll C666-1 cellinje ( spår 1). C: EBNA3C regionen. EBV stammar av typerna A och B motsvarar DNA-fragment om 153 och 246 bp respektive. Case GC6 visar dubbelinfektion med båda typerna A och B-virus. B95.8 är en typ A-virus som användes som en kontroll (bana 1). D: Xhol
polymorfism i exon 1 i BNLF1 genen. PCR-produkten digererades med Xhol
att i utbyte ge två band av 343 bp och 154 bp i Xhol
+ variant för GC2 till GC6 (spår 2 till 6). C666-1-cellinjen är ett positivt för förlust-XhoI
variant (spår 1).
EBV-DNA-analys utfördes även genom partiell sekvensering på det tredje exonet av BNLF1 genen som kodar för aminosyrorna 328-376 av det LMP1 protein. För att bekräfta den 30 bp deletion som kodar för aminosyrorna 343-352 av LMP1 proteinet, avslöjade sekvensinriktning sju aminosyror förändringar jämfört med referensstammen B95.8. Det var ständigt finns på kodon Q334R, L338S och S366A i alla EBVaGC prover. De återstående aminosyrorna substitutioner var emellertid speciellt hittas i en eller två EBVaGC prover: H358L och L359V (GC2), P360H (GC9-10) och G365R (GC6). När det gäller våra tidigare uppgifter om tunisiska NPC prover, fann vi liknande resultat om tre konstanta aminosyror substitutioner. Dessutom EBV-stammar som hyser S366A substitution verkar mer associerad med tunisiska prover i jämförelse med dem som definieras i Kina (Figur 4). Figur 4 Jämförelse av härledda aminosyrasekvenser från tunisisk GC med B95.8 prototyp och tidigare publicerade LMP1 sekvenser: Cao: NPC-cellinjen från Shangai [27]; C666-1 (GenBank anslutning nr ABV54173) NPC 10 från Hongkong [28] och tunisiska NPC prover: CV4, CV5, CV6 [29]. Symboler (---) visar aminosyradeletion.
Hos friska EBV bärare visade polymorfism analys också A- och D-typer, prototyp F och Xhol + variant, som liknar identifiera i EBVaGC prover (data ej visade).
Diskussion
I den aktuella studien har 81 fall av GC från patienter i södra regionen Tunisien undersökas för närvaron av EBV och förekomsten av EBVaGC var 14,8% (12 av 81). Det var väl känt att förekomsten av EBVaGC varierar kraftigt från ett geografiskt område till ett annat och den högsta frekvensen noterades i Tyskland (18%), medan den lägsta (3,9%) påvisades i Peru [13-20, 31].
Ever in situ
hybridisering var den mest tillförlitliga metoden rapporterats i litteraturen för att upptäcka latent EBV i GC. I själva verket var alla de ovan nämnda studierna utföras genom att följa denna metod, inklusive vår studie. De variabla proportioner av kärntumörceller som uttrycker EBER visar i vår studie var också härledas av Truong et al., Som föreslår att vara relaterade med EBV-infektion uppstår i onkogen process av EBVaGC [32]. Dock måste ytterligare undersökningar göras för att klargöra denna observation.
Dessutom visade vi att de heterogena uppgifter Ebers uttryck kan korreleras med antalet EBV DNA-kopior som uppskattas av Q-PCR stöder att denna metod är pålitlig som tidigare rapporterats [33]. hotell med avseende på de klinisk-patologiska funktioner i EBVaGC, stark förening med ålder vid diagnos observerades (P
= 0,009, tabell 3). I själva verket var EBVaGC oftare återfinns i den grupp av patienter i åldern mellan 45 och 60 år gamla, vilket är i linje med tidigare studier [19, 34]. Ingen annan statistiskt samband konstaterades, förutom en tendens med tumör differentiering och venös invasion (P
= 0,075 och P
= 0,09 respektive). Tidigare rapporter har antytt att EBVaGC var vanligare hos män, proximala magen och tumörer av diffus typ [9, 14, 16, 35-39]. Nyligen, i en stor meta-analys, Carmago et al., Bekräftar dessa föreningar förutom den ålder vid diagnos [38]. I vår studie har vi inte hitta skillnad i fördelningen av EBV i manliga jämfört med kvinnliga patienter, i proximal vs distala magen och diffus mot tarm histotype. Dessa variationer mellan data kan förklaras av bidrag lokala riskfaktorer i patogenesen av EBV och även av storleken och charasteristics av ​​kohorten.
Polymorfism analys av de 12 EBVaGC fall visar enbart typ D, prototyp F, Xho
i-retention och 30 bp del-LMP1 variant. När det gäller polymorfism av EBNA-3C-genen fann vi en typ alla EBVaGC fall och en kombination av typerna A och B återfanns i endast ett fall. Dessa upptäckter är i överensstämmelse med undersökning som nyligen genomförts på fyra EBVaGC fall från de centrala delarna av Tunisien [34].
Dominans av typ A och prototyp F visades också i tidigare rapporter självständigt geografiska ursprung EBVaGC som i södra Kina [35], södra Japan [40], och latinamerikanska länder [41]. Intressant nog varianten-f särskilt beskrivs i NPC tillhörande EBV-stammar i södra Asien [42]. På detta område har en övervikt av C-typ och förlust-XhoI
variant hos patienter med EBVaGC eller NPC [35, 40], i motsats till vår nuvarande upptäckt och tidigare uppgifter om tunisiska NPC patienter [29, 43].
att bättre definiera genotypen av EBVaGC stammar och jämföra dem med de som är associerade med NPC, genomförde vi partiell sekvensering av exon 3 av BNLF1 genen och jämfört dem med prototypen B95-8 och andra publicerade sekvenser från Asien och tunisiska NPC EBV-stammar [29 43]. Den Q334R, L338S och L338P påträffades i alla våra EBV-isolat och redan rapporterats i EBV-stammar som är associerade till NPC härstammar från Kina eller Tunisien [29, 44]. Dock är S366A specifik för EBV-isolat i samband med tunisiska NPC och GC .. I själva verket, och baserat på den föregående rapporten av Edwards et al. [44] beskriver sju fylogenetiskt distinkta stammar av LMP1, vi kan föreslå att tunisiska isolat utgör en kompletterande grupp med en specifik signatur (T366A) men denna hypotes behöver bekräftelse genom sekvensering av hela BNLF1 genen i dessa isolat. Enligt detta datum, föreslår vi att polymorfism i BNLF1 genen utgör ytterligare ett argument i linje med de andra EBV polymorphisms (D-typ, prototyp F och Xhol +) stöder olikhet av EBV-stammar mellan de två geografiska regioner.
På däremot har vi beskrivit tidigare
andra del-LMP1 varianter (69 bp och 81 deletion bp som spänner över kodon 334-353 och 345-371, respektive) i Tunisien NPC patienter [29, 43]. Dessa varianter hittades inte och bara 30 bp del-LMP1 variant identifierades i alla EBVaGC fall som redan rapporterats av Chen et al., I en stor studie på kinesiska GC patienter [35].
Vår polymorfism analys av EBV isolat i friska bärare avslöjade en identisk genotyp med dem i EBVaGC och NPC vilket tyder på att vanliga stammar geografiskt spridda men inte förknippade med en viss malignitet. I själva verket kan utvecklingen av EBV associerade maligniteter korreleras till variation i potentiella immunigenkänning i distinkta populationer och individer, som föreslagits av Edwards et al, [44].
Slutsats
förekomsten av EBVaGC hos patienter från södra Tunisien är 14,8%, vilket är inom räckhåll med rapporterade data. Den EBVaGC var främst återfinns i den grupp av patienter i åldrarna från 45 till 60 år gammal och att EBV DNA-nivå spegla EBER status i magcancer.
Dessutom EBV-stammar associerade till tunisiska patienter med GC eller NPC dela vissa likheter antyder att förmodligen samma EBV stam är förknippade med båda tumörer. Sammantaget våra resultat stöder olika geografiska fördelningen av EBV-stammar, men inte deras begränsning till en tillhörande malignitet.
Förklaringar
Tack
Detta arbete stöddes av ett bidrag på den tunisiska ministeriet för hög utbildning och forskning . Vi vill tacka Mr M Jaoua för sekvense anläggningar.
Författarnas ursprungliga inlämnade handlingarna Images of Nedan finns länkar till författarnas ursprungliga inlämnade filer för bilder. 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Författaroriginalfilen för figur 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Författaroriginalfilen för figur 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Författaroriginalfilen för figur 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff Författaroriginalfilen för figur 4 Konkurrerande intressen
Författarna förklarar att de har inga konkurrerande intressen.

• En ökning av integrin-kopplade kinas icke-canonically ger NF-kB-förmedlade tillväxtfördelar till gastric cancerceller genom att aktivera ERK1 /2
• Epstein-Barr-virus infekterade magcancer uttrycker latenta och lytiska virustranskript och har en tydlig mänsklig genuttryck profil