Ominaisuudet Epstein-Barrin virus variantteja liittyy mahakarsinoo- Etelä Tunisia

Ominaisuudet Epstein-Barrin virus variantteja liittyy mahakarsinoo- Etelä Tunisiassa
Abstract
taka
EBV-mahakarsinoo- (EBVaGC) on erillinen kliinisiä piirteitä ja sen yleisyys vaihtelee eri puolilla maailmaa.
Tulokset
määrittämiseksi esiintyvyys EBVaGC Tunisiassa, EBV-koodattu pieni RNA (Eber) ilmentyminen arvioitiin 81 mahakarsinoo- (GC) yksilöitä. Ydin- Eber ekspressiota havaittiin 12 ulos 81 GC tapauksista (14,81%) ja välistä yhdenmukaisuutta pisteet erilaisia ​​Eber värjäystä ja määrä EBV DNA kappaleena kuin arvio QPCR havaitaan. Toisaalta, huomasimme, että EBVaGC korreloivat voimakkaasti ikä diagnoosin, ja heikosti kasvaimen erilaistumiseen ja laskimoiden invaasio.
Lisäksi EBVaGC näytteet altistettiin määrittää EBV DNA polymorfismit. Tuloksemme osoittavat ainutlaatuinen geneettinen profiili EBV-kantojen osalta A- ja D-tyypit, F prototyyppi, säilyttäminen Xho
I-restriktiokohdan ja 30 bp del-LMP1 variantti. Mukaan meidän aikaisemmat tutkimukset nenänielun karsinooma (NPC), ehdotimme, että EBV kannat liittyvät GC ja NPC jakoi yhtäläisyydet Tunisian potilailla.
Päätelmä
esiintyvyys EBVaGC on 14.81% Etelä Tunisiassa ja että yhteinen EBV kanta liittyy sekä NPC ja GC jotka todennäköisesti eroavat Aasian kannoista. Meidän löydökset tukevat sen vuoksi tietty maantieteellinen jakautuminen EBV-kantojen, joita ei ole rajoitettu EBV-maligniteetteja.
Avainsanat
mahalaukun karsinooma EBV eber polymorfismit tausta
Mahalaukun karsinooma (GC) on toinen johtava syy syövän kuoleman maailmanlaajuisesti [1]. Ilmaantuvuus GC vaihtelee eri maantieteellisten alueiden välillä, mikä viittaa siihen, että geneettiset ja ympäristötekijät kuten Helicobacter pylori
infektion katsotaan osaltaan mahasyövän [2, 3]. Etelä Tunisiassa vuosittainen ilmaantuvuus GC vaihtelee 2,6-4,8 /100 000 henkilöä [4]. Niissä harvoissa viime vuosina monet raportit ovat tutkineet yhdistyksen välillä Epstein-Barrin virus (EBV) -infektio ja GC [5-9]. EBV-liittyvät GC (EBVaGC) on osoituksena läsnäolo yhtenäinen ilmentymisen EBV-koodatun pieniä RNA (eber) GC-soluissa [10], havaitseminen monoklonaalinen EBV episomeina GC-soluissa [11] ja kasvu seerumin vasta-aineita viruskapsidi antigeeni [12]. Ilmaantuvuus EBVaGC vaihtelee suuresti 2-18% ilmoittama aikaisempien tutkimusten [13-20]. Lisäksi kliiniset piirteet EBVaGC kuuluvat miesvaltaisuus, suhteellisen nuorempana ja paikalla proksimaalisessa mahassa [9, 21]. EBVaGC osoittaa pienempää imusolmukkeiden osallistumista ja on suhteellisen suotuisa ennuste verrattuna EBV-negatiivisten yksi [22].
EBVaGC, infektio syöpäsolujen on ominaista tyypin I mallia latenssi, jossa ilmentymistä viruksen piilevän geenien rajoittuu Epstein-Barr tuma-antigeenin (EBNA) -1, Eber, piilevä kalvo proteiini LMP-2A ja transkriptit Bam
HI oikealle päin runko (BARF) -0 ja -1 [11, 23]. Koska EBV tuotteiden tyypin I piilevä infektio on osoitettu olevan osallisena EBV välittämän tuumorigeneesissä, ehdotettiin, että onkogeenisel- prosessi EBVaGC voidaan ajaa eri mekanismeilla kuin tavanomaisten GC. Myöhemmin EBVaGC maligniteetti voidaan katsoa eri kokonaisuuden joukossa GC, joka vaatii enemmän huomiota parantamaan potilaiden hoitoa.
Tämä tutkimus suoritettiin tavoitteena määrittää esiintyvyys EBVaGC Etelä Tunisiassa ja myöhemmin analysoida erityisiä EBV polymorfismit kasvain isolaattien.
Materiaalit ja menetelmät
Potilaan ominaisuuksista
yhteensä 81 ensisijaisen mahakarsinoomat kerättiin, tammikuun 1999 ja joulukuun 2009 potilasta joille tehtiin radikaali kirurginen resektio laitoksella Digestive Surgery Habib Bourguiba yliopistollisen sairaalan (Sfax, Tunisia). Kaikki potilaat antoivat tietoon perustuvan suostumuksen ennen näytteen keräämistä hoitokäytännön mukaisesti. Yhdelläkään potilaalla oli ennen leikkausta tai leikkauksen jälkeinen kemoterapia. Kliinis-patologinen parametreja kuten sukupuoli, ikä, kehon kohdassa, histologinen tyyppi, patologinen vaiheessa kasvaimen koon ja laskimoiden invaasio arvioitiin tarkastelemalla lääketieteellisen kaavioita ja patologinen kirjaa. Tuolloin leikkaus, potilaiden iän vaihteli 18-94 vuotta (keskiarvo: 59,58 vuotta). Anatominen Tuumorin määritettiin standardin hallitseva sijainti leesion mahansuuta (n = 8), rungon (n = 22), ja antrum (n = 48). Histologinen alatyyppejä luokiteltiin kriteerien mukaan Lauren [24] kuten suoliston tyyppi (n = 47) ja hajanainen tyyppi (n = 34), mutta myös Maailman terveysjärjestö huonosti eriytetty (n = 43), kohtuullisesti erilaistunut (n = 26) ja hyvin erilaistunut (n = 9). Kliinisessä vaiheessa tauti määritettiin mukaan kasvain, solmu ja etäpesäkkeiden (TNM) luokittelu amerikkalaisen sekakomitean Cancer [25]. Meidän kohortti sisältää 9 potilasta vaiheessa I tai II ja 47 potilasta vaiheessa III tai IV.
In situ -hybridisaatio
EBV tunnistettiin ilmentymistä EBV-koodatun pieniä RNA (Eber). Lyhyesti, in situ
-hybridisaatio (ISH) määritys suoritettiin 3 um parafiini-lohko EBV oligonukleotidikoettimia komplementaarinen Eber-1 ja -2 mukaan valmistajan ohjeiden (PNA ISH havaitseminen pakki, Dako Cytomation). Hybridisaatiosignaalit visualisoitiin diaminobentsidiinillä (DAB) ja positiivisen ydin- signaali tunnustettiin tummanruskea tumavärjäystä valomikroskoopilla. Positiivisena kontrollina, jakso tunnetusta Eber-positiivisten NPC kudosta käytettiin. Värjäys pisteytettiin 1-3 mukainen prosenttiosuus värjättyä solutumien kudosleikkeissä. Pisteet 3 johtui kun positiivinen signaali havaittiin yli 75%, pisteet 2 75 50% ja pisteet 1 alle 50% soluista.
DNA: n eristämiseksi
DNA uutettiin formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotettu kudoksiin. Sen jälkeen kun kasvain tunnistaminen hematoksyliini--eosiini-värjättyä dioja, kasvainten alueet kaavittiin 40 pm paksu parafiinileikkeillä. Kerättyjen materiaalien poistui-vahattu pesemällä ksyleenissä ja huuhdeltiin etanolilla. Kuivatut kudoksia digestoitiin proteinaasi K: lla, kun läsnä SDS 55 ° C: ssa yön yli, jonka jälkeen uutetaan fenoli /kloroformilla edellä kuvatulla tavalla [26]. DNA: n määrää tarkistettiin spektrofotometrillä ja säilytettiin -20 ° C: ssa myöhempää käyttöä varten.
PCR- RFLP ja sekvensointi
Viisi alueiden EBV-genomin kohteena polymorfismin analyysiä PCR: llä, RFLP tai sekvensoinnilla. Polymorfiat tutkittu käsittää A- tai B-tyypin EBNA-3C geeni, C tai D-tyypin BamHI-W1 /I1 alue, prototyyppi F tai f muunnos BamHI-F alueella, se menettää Xho
I -kohta ensimmäisessä eksonissa BNLF1gene (Xho
I-loss variantti) ja 30 bp: n poistuman kolmannen eksonin saman geenin (30 bp del-LMP1 variantti). Genotyypitys suoritettiin DNA GC potilaiden EBV-positiivinen ja valvonta, analysoimme 10 DNA-näytteet nenänielun limakalvon positiivinen EBV.
PCR-monistus suoritettiin 200 ng DNA: n lopullisessa reaktioseoksessa oli 50 ui, joka sisälsi 0,2 uM kutakin aluketta, 200 uM dNTP: tä, 2 mM MgCI2: ta, 1 x PCR-puskuria ja 1 yksikön Taq DNA-polymeraasia (Fermentas). Alukesekvensseissä ja koko PCR-tuotteet esitetään taulukossa 1.Table 1 Yhteenveto alukesekvenssien kattaa EBV ja niiden muunnosta
EBV-geenejä ja alueiden
(tai -versiossa )
Alukesekvensseillä (5'-3 ')
Tuotteen koko (bp)
EBNA-3C geeni
(tyyppi A tai B) B F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR tuotteet
153: tyyppiä A
246: tyyppi B
BamH1-W alue
(tyyppi C tai D) B F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam
HI ruoansulatusta
205: tyyppi C
130 + 75: D
BamH1-f alue
(f variantti) B f: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam
HI ruoansulatusta
198: f variantti
127 + 71: f variantti
eksonin 1 BNLF1 geenin
(XhoI variantti)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xho
I digestiolla
497: XhoI
I-
340 + 157: Xho
I +
eksoni 3 BNLF1 geeni
(30bpdel-LMP1) B F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
PCR tuotteet
224: 30bpdel-LMP1
254: wt-LMP1
F: Eteenpäin primer
R: Reverse-aluke
C /D ja f /f tyypitys perustuu BamHI
pilkkomalla kunkin PCR-tuote. Entsymaattiset reaktiot suoritettiin lopputilavuudessa 20 ui, joka sisälsi 10 ui PCR-tuotetta, 1 x hajotuspuskuria ja 10 yksikköä BamHI
entsyymin (Fermentas). Sen jälkeen kun oli inkuboitu yli yön 37 ° C: ssa, tuotteet analysoitiin 2% agaroosigeelissä ja visualisoitiin etidiumbromidivärjäyksellä, UV-valo. Samat ehdot edellä kuvatut arvioitiin tunnistamaan XhoI
sivuston ensimmäisessä eksonissa BNLF1gene. DNA B95.8 (GenBank No.V01555) ja C666-1 solulinja (GenBank nro ABV54173) käytettiin kontrollina EBV tyyppejä ja variantteja. C666-1 solulinja on peräisin kiinalaisen NPC, jossa sijaitsee A /C tyyppejä, f variantti, Xho
I-tappio variantti ja 30 emäsparin del-LMP1 variantti.
DNA sekvensointi suoritettiin puhdistettua PCR tuotteet kolmannen eksonin BNLF1 geenin käyttämällä SV geelin puhdistuskittiä (Promega). Syklinen sekvensointi suoritettiin käyttäen ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. Kaikki sekvenssit suoritettiin kaksisuuntaisesti. Sekvensointi tuloksia verrattiin sitten EBV sekvenssit B95.8 (GenBank No.V01555), Kiinan NPC (Cao soluihin [27], C666-1 solut (GenBank nro ABV54173) ja NPC10 biopsia [28] ja Tunisian NPC yksilöt (CV4, CV5, ja CV6 [29]).
Reaaliaikainen kvantitatiivinen PCR
Q-PCR-määritys on kohdistettu BamHI-W alueella EBV-genomin suoritettiin 12 EBV-positiiviset näytteet näytetään tumavärjäystä ja 6 EBV negatiivisia yksilöitä. Reaktiot, jotka toteutetaan iCycler iQ ™ Reaaliaikainen PCR-järjestelmä (BioRad), käyttämällä alukkeita, jotka reunustavat BamHI-W alueen EBV-genomin ja TaqMan-koettimella on kuten aiemmin on kuvattu [30]. alikvootti 1 ug DNA: ta käytettiin monistamiseen yhteensä reaktiossa 25 ul, joka sisälsi 300 nM kutakin aluketta, 25 nM-TaqMan-koettimella, 1X PCR-puskuria, 2 mM MgCl2: a, 200 uM kutakin dNTP: tä ja 1 yksikön GoTaq Hot Start-polymeraasia (Promega). standardikäyrä valmistettiin käyttäen sarjanumero 10-kertaiset laimennokset rekombinanttiplasmidin pGEMT /BamHI-W. Näytteet ajettiin kahtena kappaleena ja tulosten keskiarvo laskea EBV viruskuorman ilmaistaan ​​kopiota reaktiota.
Tilastollinen analyysi
Tilastollinen analyysi suoritettiin SPSS 13.0 tilasto-ohjelmalla ohjelmalla (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-arvo on alle 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä.
Tulokset
yleisyys EBVaGC ja yhdessä kliinis-patologinen ominaisuudet
Kahdeksankymmentä yksi yksilöitä GC testattiin EBV positiivisuus käyttäen Eberin in situ
hybridisaatio. Taajuus EBVaGC oli 14,8% (12 81), jossa eber positiivinen signaali on rajoitettu tumiin karsinooman solut (kuvio 1). EBVaGC yksilöt on vaihteleva osuus värjättyä kasvainsolujen osoittaa yli 75% kuudessa tapauksessa (pisteet 3), 50 ja 75% kolmessa tapauksessa ja alle 50% jäljelle jääneistä kolmesta tapauksesta. EBVaGC tapaukset liittyivät ikä diagnoosin (P
= 0,009, taulukko 2). Todellakin, 9 ulos 12 potilasta, joilla EBVaGC olivat iältään 45-60 vuotta vanhoja. Lisäksi suuntaus yhdistys havaittiin kasvaimen erilaistumiseen ja laskimoiden Invasion staattisesti merkittävät arvo ei saavutettu (P
= 0,07 ja P =
0,09 vastaavasti, taulukko 2). Kuvio 1 havaitseminen Epstein-Barrin virus koodattu pieni RNA: iden (Ebers) in-situ -hybridisaatiota mahakarsinoo- kudoksissa. V: H &E-värjäystä. B: Voimakas eber positiivista värjäytymistä (immuno-pistemäärä 3+) ytimet kasvainsolujen (alkuperäinen suurennos x 40). C: Kohtalainen eber positiivista värjäytymistä (immuno-pistemäärä 2+) ytimet kasvainsolujen (alkuperäinen suurennos x 40). D: Heikko eber positiivista värjäytymistä (immuno-pistemäärä 1+) ytimet kasvainsolujen (alkuperäinen suurennos x 40). E: Positiivinen kontrolli edustaa tunnetun Eber-positiivisten NPC kudoksissa (alkuperäinen suurennos x 40). F: Mahalaukun syöpä kudoksia negatiivisia eber (alkuperäinen suurennos x 10).
Taulukko 2 korrelaatio EBVaGC ja kliinis-patologisten parametrien
Kliininen Ominaisuudet

N
EBV ilmaisu *


Negative (%)
Positiivinen (%) B
Sukupuoli
Mies
48
42 (87,5) B 6 (12,5) B Female
33
27 (81,8) B 6 (18,2)
p
-arvo
0,47
Age
< 45
17
17 (100) B 0 (0)
45-60
30
21 (70) B-9 (30) B > 60
34
31 (91,2) B 3 (8,8) B p
-arvo
0,009
TNM
I-II
9
9 (100) B 0 (0) B III-IV
47
40 (87,1) B 7 (14,9) B p
-arvo
0,216
Anatominen site
antrum
48
41 (85,4) B 7 (14,6) B Body
22
19 (86,4) B 3 ( 13.6) B Cardia
8
6 (75) B-2 (25) B p
-arvo
0,72
erilaistuminen
Huono
43
36 (83,7) B 7 (16,3) B Kohtalainen
26
25 (96,2) B 1 (3,8) B No
9
6 (66,7) B 3 (33,3) B p
-arvo
0,075
Lauren tyyppi
Suoliston
47
38 (80,9) B 9 (19,1) B Diffuusi
34
31 (91,2) B 3 (8,8) B p
-arvo
0,197
Tuumorikoko
< 5 cm
9
8 (88,9) B 1 (11,1) B > 5 cm
65
54 (83,1)
11 (16,9) B p
-arvo
0,658
Laskimoperäiset invaasio
négatif
61
54 (88,5) B 7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2) B 5 (27,8) B p
-arvo
0,09
* EBV ilmentyminen määritettiin Eber in situ -hybridisaatio. Negatiivinen tapauksissa näytteillä pistemäärä = 0 ja positiivisia tapauksia osoitti pisteet = 1+ 3+.
Määrällistä arviointia EBV GC
Q-PCR-määritys suoritettiin 18. mahakarsinoo- yksilöt; joukossa 12 näytetään eber positiivisuus rajoittuu soluihin ydinten ja 6 olivat negatiivisia.
viruksen DNA kopioluku arvioitiin absoluuttisen kvantifiointimenetelmän käyttäen sarjalaimennosta yhdistelmä-plasmidi-DNA (pGEMT /BamHI-W), kuten ulkoisena standardina. Standardikäyrä määritettiin piirtämällä alkaa plasmidien kopioluvun vastaan ​​kynnys (Ct), joka osoittaa lineaarisen kvantifiointiin yli välillä 10 6-10 kopiota reaktiota kohti.
Edustavia esimerkkejä on esitetty kuviossa 2, jossa tapausta GC10 ja GC3 (Ct = 15 ja 22 vastaavasti) näyttää vahva eber tumavärjäystä taas GC8 (Ct = 30) osoittaa heikkoa eber lauseke (kuva 2). Q-PCR data on yhdenmukaiset eber in situ
hybridisaatio tuloksen. Todellakin, 6 näytteet on voimakas eber värjäytymistä (pisteet 3 +), osoitti korkea EBV-DNA kopiomäärä taas tapauksissa, joissa heikko eber ilme (pisteet 1+) vastasi alhainen viruksen DNA kappale (taulukko 3). Kuvio 2 määrittäminen EBV-DNA kopioida numeron Q-PCR: llä. Edustavia esimerkkejä GC tapauksissa korkea (GC10), keskitason (GC3) ja matala (GC8) EBV-DNA-kopioita numero. Vaakasuora viiva merkitsee kynnystä käytetään arvioitaessa Ct arvosta.
Taulukko 3 EBV-DNA kopiomäärä ja Eber värjäytyminen pisteet 12 EBV positiivisia näytteitä ja 6 negatiiviset tapaukset
GC Kotelot
Histologinen
Tyyppi
Kasvain Sivuston
Ct *
(keskiarvo) B
EBV DNA *
Kopiot /ug
eber värjäystä
pisteet
10
Suoliston
antrum
15
6,105
3+
3
Suoliston
antrum
22
4.103
3+
12
Suoliston
antrum
23
103
3+
9
Diffuusi
antrum
22,8
103
3+
2
Suoliston
Body
25
5.102
3+
4
Suoliston
antrum
26
102
3+
6
Suoliston
proksimaalinen
27
8.101
2+
7
Diffuusi
Body
28
5.101
2+
11
Suoliston
proksimaalinen
28
5.101
2+
1
Suoliston
antrum
30
< 10
1+
5
Suoliston
antrum
30
< 10
1+
8
Diffuusi
Body
30
< 10
1+
13
Diffuusi
antrum
ND
ND
0
14
Diffuusi
Body
ND
ND
0
15
Diffuusi
antrum
ND
ND
0
16
Diffuusi
antrum
ND
ND
0
17
Suoliston
antrum
ND
ND
0
18
Suoliston
Body
ND
ND
0
* EBV-DNA kopiomäärä arvioitiin Q-PCR käyttäen absoluuttista kvantifiointimenetelmän. Ct: kynnys Cycle. ND: Ei Määritellään
genotyypin EBVaGC kantojen
tutkimiseksi edelleen EBVaGC meidän 12 Tunisian yksilöt, olemme tutkineet geneettinen profiili EBV-kantojen määrittämiseksi erilaisia ​​ja variantteja. Ainutlaatuinen profiili kaikissa tutkituissa yksilöt havaitaan (kuva 3). Sille oli ominaista A /D-tyyppiä, prototyyppi F, säilyttäminen Xho
restriktiokohta ja 30 emäsparin del-LMP1 variantti. Toteamme, että A- ja B-tyyppiä muotoiluun kahta eri EBV-kantoja löydettiin yhdessä tapauksessa EBVaGC yksilöt (kuva 3). Kuvio 3 genotyypitys EBVaGC kantoja. V: PCR -RFLP BamHI-F alueella, joka esittää f variantti (läsnä kaksi nauhaa 128 bp ja 71 bp) valvontaa C666-1 solulinja (kaista 1) ja yksi kaista 199 bp F-varianttia tapauksissa GC2 kohteeseen GC6 (kaista 2-6). B: PCR-RFLP BamHI-W1 /I1 alue. DNA-fragmentit pilkottiin BamHI: llä
jossa kaksi nauhaa 139 ja 67 bp: n (tyyppi D) GC2 on GC6 (kaista 2-6), tai yksi vyöhyke 245 bp: n (tyyppi C) ja ohjaus- C666-1 solulinja ( kaista 1). C: EBNA3C alue. EBV kannat A ja B vastaavat DNA-fragmentti 153 ja 246 bp. Asia GC6 esittää kaksinkertaista infektio sekä A- ja B-virukset. B95.8 on A-tyypin virus, jota käytettiin kontrollina (kaista 1). D: XhoI
polymorfismi eksonissa 1 BNLF1 geenin. PCR-tuote digestoitiin Xhol: llä
, jolloin saatiin kaksi juovaa 343 bp ja 154 bp: n XhoI
+ muunnos GC2 on GC6 (kaista 2-6). C666-1 solulinja on positiivinen tappiota XhoI
variantti (kaista 1).
EBV-DNA-analyysi suoritettiin myös osittain sekvensoinnilla kolmannen eksonin BNLF1 koodaavan geenin aminohappoja 328-376 ja LMP1 proteiinia. Sen vahvistamiseksi, 30 bp: n poistuman, joka koodaa aminohappoja 343-352 ja LMP1 proteiinin sekvenssin rinnastus paljasti seitsemän aminohappojen muutoksia verrattuna viittaus rasitusta B95.8. Se oli jatkuvasti havaittu kodoneissa Q334R, L338S ja S366A kaikissa EBVaGC yksilöitä. Jäljellä olevat aminohapposubstituutiot, olivat kuitenkin havaitaan erityisesti yksi tai kaksi EBVaGC näytteet: H358L ja L359V (GC2), P360H (GC9-10) ja G365R (GC6). Mitä meidän aikaisemmat tiedot Tunisian NPC yksilöitä, löydettiin samanlaisia ​​tuloksia noin kolmen vakio aminohappoja vaihdot. Lisäksi EBV-kannoissa, S366A vaihdosta näyttävät enemmän liittyy Tunisian näytteitä verrattuna määriteltyjä Kiinassa (kuvio 4). Kuvio 4 vertailu johdettujen aminohapposekvenssien Tunisian GC B95.8 prototyyppi ja aiemmin julkaistu LMP1 sekvenssit: Cao: NPC solulinja Shangai [27]; C666-1 (GenBank nro ABV54173) NPC 10 Hong Kong [28] ja Tunisian NPC yksilöt: CV4, CV5, CV6 [29]. Symbolit (---) osoittaa aminohapon deleetio.
Terveillä EBV kantajia, polymorfismi-analyysi osoitti myös, A- ja D-tyypit, prototyyppi F ja Xhol + variantti, koska samanlainen tunnistaa EBVaGC yksilöt (tuloksia ei ole esitetty).
Keskustelu
Tässä tutkimuksessa, 81 tapausta GC potilailta etelän alueen Tunisian tutkittiin läsnäolon EBV ja esiintyvyys EBVaGC oli 14,8% (12 out of 81). Se oli hyvin tiedossa, että esiintyvyys EBVaGC vaihtelee suuresti maantieteellisen alueen toiseen ja korkein taajuus todettiin Saksassa (18%), kun taas alhaisin (3,9%) havaittiin Perussa [13-20, 31].
Euroopan eber in situ
hybridisaatio oli kaikkein luotettavin menetelmä raportoitu kirjallisuudessa havaita piilevän EBV GC. Itse asiassa kaikki edellä mainitut tutkimukset tehtiin seuraavat tätä menetelmää, mukaan lukien tutkimukseen. Muuttuva osuus ydin- kasvainsolujen, jotka ilmentävät eber osoittaa tutkimuksessamme myös päätellä Truong et al., Joka ehdottaa liittyvän kanssa EBV-infektio esiintyy onkogeenisia prosessissa EBVaGC [32]. Kuitenkin lisäksi tutkimuksissa on selventää tätä havaintoa.
Lisäksi osoitimme, että heterogeeninen tietojen Eberin ilmaisun voitaisiin korreloi määrä EBV DNA kopioita arvioima Q-PCR tukeva, että tämä menetelmä on luotettava raportoitu aiemmin [33].
Mitä tulee kliinis-patologisia piirteitä EBVaGC, vahva yhdessä ikä diagnoosin havaittiin (P
= 0,009, taulukko 3). Itse asiassa EBVaGC oli useammin löydetty potilaiden ryhmässä vuotiaita 45 ja 60 vuotta, mikä on linjassa aiempien tutkimusten kanssa [19, 34]. Mikään muu tilastollinen yhteys havaittiin, paitsi taipumus kasvaimen erilaistumiseen ja laskimoiden invaasiota (P
= 0,075 ja P
= 0,09 vastaavasti). Aiemmat raportit ovat osoittaneet, että EBVaGC olivat yleisiä mies, proksimaalisten vatsan ja kasvainten hajanainen tyyppi [9, 14, 16, 35-39]. Viime aikoina suuri meta-analysoida, Carmago et al., Vahvistaa nämä yhdistysten lisäksi ikä diagnoosin [38]. Tutkimuksessamme emme löytäneet eroa jakelussa EBV uros- verrattuna naispotilaiden, proksimaalisten vs distaalisen vatsaan ja hajanainen vs suoliston histotype. Nämä erot tiedot voidaan selittää osuus paikallisten riskitekijöiden synnyssä EBV ja myös koko ja kaltaisesta ominaisuudesta kohortin.
Fismianalyysi 12 EBVaGC tapaukset osoittavat yksinomaan tyyppiä D, prototyyppi F, Xho
I-säilyttäminen ja 30 emäsparin del-LMP1 variantti. Mitä tulee polymorfismi EBNA-3C geeni, löysimme A-tyypin kaikissa EBVaGC tapauksissa ja yhdistelmä A ja B havaittiin vain yhdessä tapauksessa. Nämä havainnot ovat yhtä mieltä tuoreen tutkimuksen neljästä EBVaGC tapausta keskialueelta Tunisian [34].
Hallitsevuus tyypin A ja prototyyppi F oli myös osoittanut aiemmissa raporteissa itsenäisesti maantieteellinen alkuperä EBVaGC kuten Etelä Kiina [35], Etelä-Japanissa [40], ja Latinalaisen Amerikan maissa [41]. On mielenkiintoista, että variantti-f oli erityisen kuvattu NPC liittyvä EBV-kantoja Etelä-Aasiassa [42]. Tällä alalla vallitsevana C-tyypin ja tappio-XhoI
variantin havaittiin potilailla, joilla EBVaGC tai NPC [35, 40], toisin kuin nykyisen havainto ja aikaisemmat tiedot Tunisian NPC potilaille [29, 43].
määrittelemiseksi paremmin genotyyppi EBVaGC kantoja ja verrata niitä, jotka liittyvät NPC teimme osittainen sekvensointi eksonin 3 BNLF1 geenin ja verrataan niitä prototyyppi B95-8 ja muut julkaistut sekvenssit Aasian ja Tunisian NPC EBV-kantoja [29, 43]. Q334R, L338S ja L338P havaittiin kaikissa EBV-isolaattien ja oli jo raportoitu EBV kannoissa liittyy NPC peräisin Kiinasta tai Tunisiasta [29, 44]. Kuitenkin S366A on spesifinen EBV-isolaattien liittyvät Tunisian NPC ja GC .. Todellakin, ja perustuu edellisen raportin Edwards et al. [44] kuvaavat seitsemän fylogeneettisesti erillistä kantoja LMP1, voimme ehdottaa, että Tunisian isolaatit muodostavat täydentävän ryhmän kanssa tietyn allekirjoituksen (T366A), mutta tämä hypoteesi on vahvistuksen sekvensoimalla koko BNLF1 geenin näistä isolaateista. Tämän päivämäärän, ehdotamme, että polymorfismi BNLF1 geeni muodostavat lisäperuste linjassa muiden EBV polymorfismien (D tyyppi, prototyyppi F ja XhoI +) tuetaan erilaisuuden EBV-kantojen välillä maantieteellisillä alueilla.
On Toisaalta olemme kuvanneet aikaisemmin
muut del-LMP1 variantteja (69 bp ja 81 bp: n poistuman ulottuu kodoneja 334-353 ja 345-371, vastaavasti) Tunisian NPC potilailla [29, 43]. Näitä variantteja ei löydetty ja vain 30 emäsparin del-LMP1 variantti tunnistettiin kaikissa EBVaGC tapauksissa jo raportoineet Chen et al., Suuressa tutkimuksessa Kiinan GC potilaista [35].
Meidän polymorfismi analysointi EBV isolaatteja terveitä kantajia paljasti samanlaisen genotyyppi kuin EBVaGC ja NPC viittaa siihen, että yhteiset kannat maantieteellisesti hajallaan, mutta ei liity tiettyyn maligniteetti. Itse asiassa kehittäminen EBV liittyy pahanlaatuinen kasvain voitaisiin korreloi vaihtelua mahdollisten immuunitunnistusta erillisiin väestön ja yksilöiden ehdottama Edwards et ai, [44].
Päätelmä
esiintyvyys EBVaGC potilailla Etelä Tunisia on 14,8%, joka on alueella, jossa ilmoitetaan tiedot. EBVaGC oli pääasiassa löydetty ryhmässä potilasta iältään 45-60 vuotta vanhoja ja että EBV DNA-tasolla heijastaa Eberin tilan mahakarsinoo-.
Lisäksi EBV kannat liittyvät Tunisian potilaille GC tai NPC jakaa joitakin yhtäläisyyksiä viittaa siihen, että todennäköisesti sama EBV-kannan liittyvät molemmat kasvaimia. Kaikkiaan meidän havainnot tukevat eri maantieteellistä jakautumista EBV-kantojen, mutta ei niiden rajoittamista siihen liittyvän pahanlaatuisuuden.
Julistukset
Kiitokset
työtä tukivat avustus Tunisian ministeriön korkea koulutuksen ja tieteellisen tutkimuksen . Haluamme kiittää M Jaoua sekvensointiin tilat.
Kirjoittajien alkuperäinen toimitti asiakirjat kuville
Alla linkkejä kirjoittajien alkuperäiset toimitti asiakirjat kuville. 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff Kirjoittajien alkuperäinen tiedosto kuvio 4 Kilpailevat edut
Kirjoittajat ilmoittavat, että ne ei ole kilpailevia intressejä.

• Lisääntyminen integriini-sitoutuvan kinaasin ei-canonically antaa NF-KB-välitteistä kasvun etuja mahalaukun syöpäsolujen aktivoimalla ERK1 /2
• Epstein-Barrin virus tartunnan mahalaukun adenokarsinooman ilmaisee piilevä ja lyyttisiä viruksen transkriptien ja siinä on selkeä ihmisen geenin ilmentymisen profile