Charakteristike vun Epstein Barr Virus Varianten verbonne mat gastric carcinoma am Süden Tunesien

Charakteristike vun Epstein Barr Virus Varianten mat gastric carcinoma am Süden Tunesien verbonne VerfÜgung méiglech VerfÜgung Backgroud VerfÜgung EBV-verbonne Gastric Carcinoma (EBVaGC) huet eng eegestänneg Medeziner Funktiounen a seng prevalence ass weltwäit ofwiesselnd. VerfÜgung Resultater
fir erauszefannen war d'prevalence vun EBVaGC an Tunesien, EBV-encoded kleng RNS (Bobby) Ausdrock vun 81 gastric carcinoma (GC) uplanzen évaluéieren. D'Nuklearenergie Bobby Ausdrock war vun 12 aus 81 GC Fäll (14.81%) an concordance tëscht de Virsprong Gamme vun Bobby staining an der Zuel vun EBV DNA Exemplairen den Devis vun QPCR fonnt observéiert ass. Wéinst dem fonnt mir dass EBVaGC staark mam Alter bei Diagnos soll, an Bande mat entholl dat a Schwächt Invasioun. VerfÜgung Weideren huet d'EBVaGC uplanzen ënnerworf der EBV DNA schiefgang ze bestëmmen. Eis Resultater weisen eng eenzegaarteg genetesch Profil vun der EBV analyséieren iwwert den A an D Typen, déi F Prototyp, de Reklassement vun Xho VerfÜgung ech Restriktioun Site an der 30. BP del-LMP1 abezuelt. Laut eiser leschter Studien op nasopharyngeal carcinoma (dach), proposéiert mir dat zu GC an dach verbonne EBV analyséieren puer souvill tunesescher Patienten gedeelt. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung D'prevalence vun EBVaGC vun 14,81% vun de südleche Tunesien ass an datt gemeinsam sinn EBV Deformatioun mat zwee dach an GC verbonne déi aus Asian analyséieren wahrscheinlech ze ënnerscheede sinn. Eis Conclusiounen Ënnerstëtzung dofir eng gewëssen geographesch Verdeelung vun EBV analyséieren déi net zu EBV-verbonne malignancies limitéiert ass. VerfÜgung Schlësselwieder VerfÜgung Gastric carcinoma EBV Bobby schiefgang Background VerfÜgung Gastric carcinoma (GC) ass den zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs Doud weltwäit [1]. D'Heefegkeet vun GC schwankt vun enger geographescher Regioun anert suggeréiert, dass genetesch an Ëmwelt Faktoren dorënner Helicobacter pylori VerfÜgung Wonn sinn ze gastric carcinogenesis ze droen als [2, 3]. Am Süde Tunesien, schwankt den alljährlechen Heefegkeet vun GC vun 2,6 bis 4,8 /100 000 Persounen [4]. An der puer leschten Joeren, vill Rapporten hunn d'Associatioun tëscht Epstein-Barr Virus (EBV) Wonn an GC [5-9] lant. D'EBV-verbonne GC (EBVaGC) huet duerch d'Präsenz vun eenheetlech Ausdrock vun EBV-encoded kleng RNS (Bobby) zu GC Zellen [10], d'Detektioun vun monoclonal EBV episomes am GC Zellen [11] an d'Erhéijung vun serum gouf Siicht antibodies géint Haren capsid antigen [12]. D'Heefegkeet vun EBVaGC schwankt dicht vun 2 bis 18% als déi vun virdrun Studien gemellt [13-20]. Ausserdeem, och de Medeziner Charakteristike vun EBVaGC männlech treffen, relativ jonken Alter an der Lag vun der proximal Mo [9, 21]. D'EBVaGC engem nidderegen Taux vun lymph-Node Engagement weist an huet eng relativ gënschteg hätt am Verglach mat EBV-negativ ee [22]. VerfÜgung An EBVaGC, Wonn vun entholl Zellen ass duerch eng Zort ech Muster vun latency charakteriséiert, an deem de Ausdrock vun Haren Uklang Genen ze Epstein-Barr nuklear antigen limitéiert ass (EBNA) -1, Bobby, Uklang Membran FAQ LMP-2A a gët vum Bam VerfÜgung Salut a rightward Rumm (BARF) -0 an -1 [11, 23]. Zënter der EBV Produite vu Typ hunn ech Uklang Wonn Gewise gouf am EBV-mediated tumorogenesis Équipe ze ginn, et gouf spekuléiert, datt den oncogenic Prozess zu EBVaGC duerch verschidde Mechanismen aus deene vu konventionell GC Hausse kéint. Duerno, kënnt EBVaGC malignancy als verschidden Entitéiten ënnert GC considéréiert ginn, wat grouss Opmierksamkeet fuerdert Patienten ze verbesseren. VerfÜgung Déi heiteg Etude mam Zil gehaal huet de prevalence vun EBVaGC am Süde Tunesien ze bestëmmen an duerno spezifesch EBV schiefgang ze analyséieren an der entholl isolates. VerfÜgung spontan a Methoden Patienten- d'Charakteristiken VerfÜgung waren a Ganzen 81 Primärschoul gastric carcinomas VerfÜgung gesammelt, tëscht Januar 1999 an Dezember 2009 vu Patienten, déi radikal chirurgesch resection am Departement vun Digestive befënnt vun Habib Bourguiba mécht Universitéit Hospital (Sfax, Tunesien). All Patienten huet Awëllegung virewech Sammlung specimen no institutionell Richtlinnen. Keen vun de Patienten an de Précoce-grënnen oder post-grënnen Chimiotherapie goen. Clinico-agebousst Parameteren wéi Geschlecht, Alter, Präparaten Site, histological Typ, agebousst Etapp, entholl Gréisst a Schwächt Invasioun sech duerch iwwerpréift medezinesch Charts an agebousst records bewäert. An der Zäit vun Agrëff, gounge Alter vu Patienten vun 18 bis 94 Joer (heeschen: 59,58 Joer). D'Präparaten Site vun entholl war no der predominant Lag vun der lesion als Cardia alles (n = 8), Kierper (n = 22), an antrum (n = 48). D'histological bestemmt goufen no der Critèren vun Lauren séiert [24] Den intestinal Typ (n = 47) an diffusen Typ (n = 34) awer och vun Weltgesondheetsorganisatioun als schlecht ënnerscheet (n = 43), mëttelméisseg ënnerscheet (n = 26) an d'gutt-ënnerscheet (n = 9). D'Medeziner Etapp vun der Krankheet war no der entholl alles, Node an Metastasen (TNM) Klassifikatioun vun der American Gemeinsam Comité op Cancer [25]. Eis Kohort enthält 9 Patienten op der Bühn sin oder II an 47 Patienten op der Bühn III oder IV. VerfÜgung A-situ hybridization VerfÜgung EBV vun den Ausdrock vun EBV-encoded kleng RNS (Bobby) identifizéiert huet. Kuerz, war op 3 μm paraffin-Spär Sektiounen mat EBV oligonucleotide Ämter ergänzen an de Bobby-1 a -2 laut den Hiersteller d'Instruktioune (PNA nemen erkennen Kit, Dako Cytomation) zu situ VerfÜgung hybridization (nemen) assay gesuergt. D'hybridization Signaler sech mat diaminobenzidine visualized (botzt) a positiv nuklear Signal war als donkel routbrong nuklear staining ënner Liicht microscopy unerkannt. Als positiv Kontroll, war Rubrik vun engem bekannte Bobby-positiv dach Otemschwieregkeeten benotzt. Staining war vun 1 bis 3 laut den Undéel vun Kierchefënster Zell Kären an Otemschwieregkeeten Rubriken Faarwen. Stoung 3 ugin wann positive Signal war zu méi wéi 75% observéiert, stoung 2 zu 75 bis 50%, an et stoung 1 zu manner wéi 50% vun Zellen. VerfÜgung DNA Extraktioun VerfÜgung DNA ofgebaut gouf aus formalin-fix, paraffin Ënnerbewosstsinn Stoffer. No entholl Identifikatioun op hematoxylin-eosin-Kierchefënster drënner, goufen tumoral Beräicher aus 40 μm décke paraffin Rubriken knappen. Déi gesammelt Material sech duerch wäschen an xylene de-lackéiert an Ethanol rinsed. Gedréchent Stoffer sech mat proteinase K an Präsenz vun SDS verdaut Nuecht op 55 ° C, gefollegt vun phenol /chloroform erauszéien wéi virdru beschriwwen [26]. D'Quantitéit vun DNA war vun spectrophotometer an gespäichert bei -20 ° C fir weider benotzt gouf. PCR- RFLP an Sequencing VerfÜgung Fënnef Regioune vun der EBV Nepgen huet fir polymorphism Analyse geziilte vun Hinnen alleguer, RFLP oder sequencing VerfÜgung. D'studéiert schiefgang d'A oder B Typ am EBNA-3C Gentherapie, déi C oder D Typ am BamHI-W1 /I1 Regioun, de Prototyp F oder f Variant am BamHI-F Regioun, de Verloscht vun enger Xho falen
ech Site vun der éischter Exon vun BNLF1gene (Xho VerfÜgung ech-Verloscht abezuelt) an der 30. BP Läsche vun der drëtter Exon vun der selwechter Gentherapie (30 BP del-LMP1 abezuelt). Genotyping war op DNA vum GC Patienten standing EBV-positiven an als Kontroll, analyséiere mir 10 DNA Echantillon vun nasopharyngeal mucosa positiv fir EBV. VerfÜgung Hinnen alleguer amplification op 200 NG DNA zu enger definitiver Reaktioun Mëschung vun 50 μl mat 0,2 Leeschtung war μM vun all primer, 200 μM vun dNTP, 2 mm MgCl2, 1x Hinnen alleguer gefiermt an 1 Eenheet vun Taq DNA polymerase (Fermentas). D'primer Message an der Gréisst vun Hinnen alleguer Produite sinn am Table 1.Table 1. Satz vun primer Message opmierksam der EBV Typen an Varianten VerfÜgung EBV Genen an Regiounen VerfÜgung (Zorte oder Varianten dës )
Primer Message (5'-3)
Product Gréisst (BP)
EBNA-3C Gentherapie VerfÜgung (Typ a oder B) VerfÜgung F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT VerfÜgung R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC VerfÜgung Hinnen alleguer Produiten VerfÜgung 153: Typ a VerfÜgung 246: Typ B VerfÜgung BamH1-W Regioun VerfÜgung (Typ C oder D) VerfÜgung F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC VerfÜgung Hinnen alleguer + Bam VerfÜgung Salut unzereegen VerfÜgung 205: Typ C VerfÜgung 130 + 75: Typ D VerfÜgung BamH1-F Regioun VerfÜgung (f abezuelt) VerfÜgung F: TCCCACCTGTTACCACATTC VerfÜgung R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA VerfÜgung Hinnen alleguer + Bam VerfÜgung Salut unzereegen VerfÜgung 198: F Variant VerfÜgung 127 + 71: f Variant VerfÜgung Exon 1 vun BNLF1 Gentherapie VerfÜgung (XhoI abezuelt)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA VerfÜgung R: AGAAACACGCGTTACTCT VerfÜgung Hinnen alleguer + Xho VerfÜgung ech zu 497 unzereegen: Xho VerfÜgung dat soen VerfÜgung 340 + 157: Xho VerfÜgung ech + VerfÜgung Exon 3 vun BNLF1 Gene VerfÜgung (30bpdel-LMP1) VerfÜgung F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC VerfÜgung R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC VerfÜgung Hinnen alleguer Produiten VerfÜgung 224: 30bpdel-LMP1 VerfÜgung 254: virstellen-LMP1 VerfÜgung F: Stiermer primer
R: Réckproduktioun primer VerfÜgung den C /d an F /f ennerluecht op der BamHI VerfÜgung Verdauung vun all Hinnen alleguer Produit baséiert ass. D'enzymatic Reaktioune waren zu enger definitiver Volume vun 20 μl mat 10 μl vun Hinnen alleguer Produit, 1x unzereegen gefiermt an 10 Unitéiten vun BamHI VerfÜgung Aktivitéit (Fermentas) duerchgefouert. No Iwwernuechtung incubation bei 37 ° C, Produite sech op 2% agarose gelies ze analyséieren an zur ethidium bromide staining visualized, ënner UV Wiederwelt. D'selwecht Konditiounen uewe beschriwwe goufen d'XhoI VerfÜgung Site vun der éischter Exon vun BNLF1gene z'identifizéieren évaluéieren. DNA aus B95.8 (GenBank Bäitrëtt No.V01555) an C666-1 Zell Linn (GenBank Bäitrëtt Nr ABV54173) huet als Kontroll fir EBV Typen an Varianten benotzt. D'C666-1 Zell Zeil aus engem Chinese dach ofgeleet, datt A /C Zorte Häfe, f Variant, Xho VerfÜgung ech-Verloscht abezuelt an 30 BP del-LMP1 abezuelt. VerfÜgung DNA sequencing op der sidd Hinnen alleguer Produiten Leeschtung war vun déi drëtt Exon vun BNLF1 Gentherapie den SV gelies Offäll Kit (Promega) benotzt. Cycle sequencing war mat dem Abi PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit gesuergt (Obwuel Biosystems) laut den Hiersteller d'Uweisungen. All Message huet bi-directionally gesuergt. D'sequencing Resultater goufen dann mat der EBV Message vun B95.8 (GenBank Bäitrëtt No.V01555), Chinese Séissegkeeten (Cao Zellen Verglach [27], C666-1 Zellen (GenBank Bäitrëtt Nr ABV54173) an NPC10 Fro [28] an tunesescher dach uplanzen (CV4, CV5, an CV6 [29]). VerfÜgung Real Zäit grouss Hinnen alleguer VerfÜgung Q-Hinnen alleguer assay der BamHI-W Regioun vun der EBV Nepgen gezielt huet op d'12 EBV-positiv uplanzen standing nuklear staining ginn an 6 EBV negativ uplanzen. Reaktiounen goufen higeriicht op eng iCycler IQ ™ Real-Zäit Hinnen alleguer System (BioRad), primers benotzt Reliefsailen der BamHI-W Regioun vun der EBV Nepgen a TaqMan Studiebäihëllefe wéi virdru beschriwwen [30]. Aliquot vun 1 μg DNA war fir amplification zu engem Ganzen Reaktioun Volume vun 25 μl mat 300 nm vun all primer, 25 nm vun TaqMan Studiebäihëllefe, 1x Hinnen alleguer Prellbock, 2mM MgCl2, 200 μM vun all dNTP an 1 Eenheet vun GoTaq Hot Start polymerase (Promega) benotzt. d'Norm Kéier war mat Serien 10-fantastesch dilutions vun der recombinant plasmid pGEMT /BamHI-W virbereet. Echantillon waren am zweete an d'Resultater averaged Laf EBV Haren opbauen an Exemplare pro Reaktioun ausgedréckt ze berechnen. Statistique Analyse
statistique Analyse mat SPSS 13,0 statistesch Software Programm fir Windows (SPSS Galaxy Chicago, Illinois, USA Leeschtung war ). P-Wäert vu manner wéi 0,05 als statistesch relevant considéréiert gouf. VerfÜgung Resultater VerfÜgung Prevalence vun EBVaGC an Associatioun mat clinico-agebousst Charakteristiken VerfÜgung Achtzegjärege ee uplanzen vun GC sech fir EBV komm getest den Bobby zu situ benotzt
hybridization. D'Frequenz vun EBVaGC war 14,8% (12 of 81) an deen den Bobby positivt Signal un d'Käre vun carcinoma Zellen limitéiert war (well 1). D'EBVaGC uplanzen hunn eng Variabel Prozentsaz vun Kierchefënster entholl Zellen zu sechs Fäll méi wéi 75% ze weisen (3), tëscht 50 a 75% an dräi Fäll a manner wéi 50% vun den dräi weider Fäll. D'EBVaGC Fäll goufen mat Alter bei Diagnos (P VerfÜgung = 0,009, Table 2) assoziéiert. Iwwerhaapt, 9 aus de 12 Patienten mat EBVaGC sech tëscht 45 an 60 Joer al Alter. Ausserdeem, war en Trend a Richtung Associatioun mat entholl dat a Schwächt Invasioun observéiert als statically wesentleche Wäert net erreecht gouf (P VerfÜgung = 0,07 a P = VerfÜgung 0,09 respektiv, Table 2). Figur 1 Detektioun vun Epstein-Barr Virus encoded kleng RNAs (EBERs) déi am-situ hybridization zu gastric carcinoma Stoffer. A: H & E staining. B: dégoût Bobby positive staining (Jonker-stoung Iwwer 3) an d'Käre vun entholl Zellen (Original Vergréisserung × 40). C: Mëttelméisseg Bobby positive staining (Jonker-stoung 2+) an d'Käre vun entholl Zellen (Original Vergréisserung × 40). D: Weak Bobby positive staining (Jonker-stoung 1+) an d'Käre vun entholl Zellen (Original Vergréisserung × 40). E: Positiv Kontroll vertruede vun engem bekannte Bobby-positiv dach Stoffer (Original Vergréisserung × 40). F: Gastric carcinoma Stoffer negativ fir Bobby (Original Vergréisserung × 10) VerfÜgung Table 2 Korrelatioun tëscht EBVaGC an clinico-agebousst Parameteren VerfÜgung Séminairen Charakteristiken VerfÜgung N
EBV Ausdrock *
zu zu Negativ (%)
positiv (%) VerfÜgung
Geschlecht
Männlech VerfÜgung 48 zu 42 (87.5) zu 6 (12.5) VerfÜgung Weiblech VerfÜgung 33 zu 27 (81.8) zu 6 (18.2) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,47 VerfÜgung Alter
&Si besteet; 45 zu 17 zu 17 (100) VerfÜgung 0 (0) VerfÜgung 45-60 VerfÜgung 30 zu 21 (70) VerfÜgung 9 (30) VerfÜgung > 60 zu 34 zu 31 (91.2) VerfÜgung 3 (8,8) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,009 VerfÜgung TNM
ech-II VerfÜgung 9
9 (100) VerfÜgung 0 (0) VerfÜgung III-IV VerfÜgung 47 zu 40 (87.1) zu 7 (14.9) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,216 VerfÜgung Präparaten Site
Antrum VerfÜgung 48 zu 41 (85.4) zu 7 (14.6) VerfÜgung Body VerfÜgung 22 zu 19 (86.4) VerfÜgung 3 ( 13.6) VerfÜgung Cardia VerfÜgung 8 zu 6 (75) VerfÜgung 2 (25) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,72 VerfÜgung dat
Poor
43 zu 36 (83.7) zu 7 (16,3) VerfÜgung Mëttelméisseg VerfÜgung 26 zu 25 (96.2) VerfÜgung 1 (3,8) VerfÜgung Ma VerfÜgung 9 VerfÜgung 6 (66,7) VerfÜgung 3 (33.3) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,075 VerfÜgung Lauren Typ
Intestinal VerfÜgung 47 zu 38 (80.9) VerfÜgung 9 (19.1) VerfÜgung Firwat VerfÜgung 34 zu 31 (91.2) VerfÜgung 3 (8,8) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,197 VerfÜgung entholl Gréisst
&Si besteet; 5 cm VerfÜgung 9 VerfÜgung 8 (88.9) VerfÜgung 1 (11.1) VerfÜgung > 5 cm VerfÜgung 65 zu 54 (83.1) zu 11 (16.9) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,658 VerfÜgung Schwächt Invasioun
Negatif VerfÜgung 61
54 (88.5) zu 7 (11,5) VerfÜgung An VerfÜgung 18 zu 13 (72.2) VerfÜgung 5 (27.8) VerfÜgung p VerfÜgung -value VerfÜgung 0,09
* EBV Ausdrock war vun Bobby an-situ hybridization alles. Negativ Fäll Schatzkummer engem stoung = 0 a positiv Fäll e stoung zougedréckt = 1+ zu Iwwer 3 VerfÜgung Chemeschen Beurteelung vun EBV am GC VerfÜgung Q-Hinnen alleguer assay op 18 gastric carcinoma uplanzen gesuergt huet. dorënner 12 ugewisen Bobby komm, fir Zellen Käre beschränkt a 6 negativ waren. D'Haren DNA Kopie Zuel gouf vun den absolute quantification Method benotzt Serien dilution vun recombinant plasmid DNA (pGEMT /BamHI-W), wéi extern Standard geschate VerfÜgung. Standard rop vun plotting Start plasmid Kopie Zuel géint de loung Zyklus (Kosovo) gegrënnt gouf, eng linear quantification iwwer eng Rei vu 10 6 bis 10 Kopien pro Reaktioun weist. VerfÜgung Vertriederin Beispiller sinn op Dorënner 2 gewise wou Fäll GC10 an GC3 (CT = 15 an 22 bzw.) Ecran staark Bobby nuklear staining hierkommen GC8 (CT = 30) e schwaache Bobby Ausdrock (Dorënner 2) geet. D'Q-Hinnen alleguer Daten ass an concordance mat Bobby zu situ VerfÜgung hybridization Resultat. Iwwerhaapt, déi 6 uplanzen mat kräftegem Bobby staining (stoung Iwwer 3), awer héich EBV DNA Kopie Zuel hierkommen Fäll mat schwaach Bobby Ausdrock (stoung 1+) ze niddreg Haren DNA Copy (Table 3) gehéiert. Figur 2 Entschlossenheet vun EBV DNA Kopie Zuel vun Q-Hinnen alleguer. Vertrieder Beispiller vun GC Fäll mat héije (GC10), Tëscherapport (GC3) an niddreg (GC8) EBV DNA Exemplare Zuel. Déi horizontal Linn war d 'loung fir Beurteelung vun CT Wäert benotzt. VerfÜgung Table 3 EBV DNA Kopie Zuel a Bobby staining stoung an der 12. EBV positive uplanzen an 6 negativ Fäll VerfÜgung GC Cases
Histological VerfÜgung Type
entholl VerfÜgung Site
CT * VerfÜgung (Moyenne) VerfÜgung
EBV DNA * VerfÜgung Kopien /μg
Bobby staining VerfÜgung 10 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum stoung
15 VerfÜgung 6,105 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 3 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung 22 VerfÜgung 4,103 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 12 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung 23 VerfÜgung 103 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 9 VerfÜgung Firwat VerfÜgung Antrum VerfÜgung 22,8 VerfÜgung 103 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 2 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Body VerfÜgung 25 VerfÜgung 5,102 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 4 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung 26 VerfÜgung 102 VerfÜgung Iwwer 3 VerfÜgung 6 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Proximal VerfÜgung 27 VerfÜgung 8,101 VerfÜgung 2+ VerfÜgung 7 VerfÜgung Firwat VerfÜgung Body VerfÜgung 28 VerfÜgung 5,101 VerfÜgung 2+ VerfÜgung 11 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Proximal 28
5,101 VerfÜgung 2+ VerfÜgung 1 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung 30 VerfÜgung &Si besteet; 10 VerfÜgung 1+ VerfÜgung 5 zur VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung 30 VerfÜgung &Si besteet; 10 VerfÜgung 1+ VerfÜgung 8 VerfÜgung Firwat VerfÜgung Body VerfÜgung 30 VerfÜgung &Si besteet; 10 VerfÜgung 1+ VerfÜgung 13
Antrum Firwat VerfÜgung ND VerfÜgung ND VerfÜgung 0 VerfÜgung 14
Body VerfÜgung ND VerfÜgung ND Firwat VerfÜgung 0 VerfÜgung 15 VerfÜgung Firwat VerfÜgung Antrum VerfÜgung ND VerfÜgung ND VerfÜgung 0 VerfÜgung 16 VerfÜgung Firwat VerfÜgung Antrum VerfÜgung ND VerfÜgung ND
0 VerfÜgung 17 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Antrum VerfÜgung ND VerfÜgung ND VerfÜgung 0 VerfÜgung 18 VerfÜgung Intestinal VerfÜgung Body VerfÜgung ND VerfÜgung ND VerfÜgung 0 VerfÜgung * EBV DNA Kopie Zuel gouf vun Q-Hinnen alleguer mat der absoluter quantification Method geschat. CT: loung Cycle. ND: Non-Continuitéit VerfÜgung Genotyping vun EBVaGC analyséieren VerfÜgung weider Fir d'EBVaGC vun eisem 12 tunesescher uplanzen ermëttelen, hu mir d'genetesch Profil vun EBV analyséieren Bestëmmung verschidden Typen an Varianten iwwerpréift. Eng eenzegaarteg Profil vun all studéiert uplanzen ass observéiert (Dorënner 3). Et war vun der A /D Zorte charakteriséiert, Prototyp F, Reklassement vun Xho VerfÜgung ech Restriktioun Site an 30 BP del-LMP1 abezuelt. Mir wessen, datt den A an B Zorte zwou verschiddene EBV analyséieren formen an ee Fall vun EBVaGC uplanzen (Dorënner 3) fonnt goufen. Figur 3 Genotyping vun EBVaGC analyséieren. A: Hinnen alleguer -RFLP vun der BamHI-F Regioun den f Variant (Presenz vun zwou Gruppen vun 128 BP an 71 BP) fir d'Kontroll C666-1 Zell Linn (Geschäftswelt 1) an ee Grupp vun 199 BP fir de F Aktioun weist fir Fäll GC2 zu GC6 (Geschäftswelt 2 bis 6). B: Hinnen alleguer-RFLP vun der BamHI-W1 /I1 Regioun. DNA Fragmenter sech mat BamHI verdaut VerfÜgung Féierung zwou Gruppen vun 139 an 67 BP (Typ D) fir GC2 zu GC6 (Geschäftswelt 2 bis 6) oder eng Band vu 245 BP (Typ C) fir d'Kontroll C666-1 Zell Linn ( Geschäftswelt 1). C: EBNA3C Regioun. EBV analyséieren vun Typen A a B sëlwecht DNA Brochstéck vun 153 an 246 BP bzw.. Fall GC6 weist duebel Wonn mat zwou Zorte A a B Viren. B95.8 ass eng Zort E Virus dat als eng Kontroll (Geschäftswelt 1) benotzt gouf. D: XhoI VerfÜgung polymorphism zu Exon 1 vun der BNLF1 Gentherapie. Hinnen alleguer Produit gouf vun XhoI VerfÜgung verdaut zwou Gruppen vun 343 BP, nozeginn an 154 BP zu XhoI VerfÜgung + Variant fir GC2 zu GC6 (Geschäftswelt 2 bis 6). C666-1 Zell Linn ass eng positiv vum Verloscht-XhoI VerfÜgung Variant (Geschäftswelt 1). VerfÜgung D'Analyse EBV DNA war och déi partiell sequencing op der drëtter Exon vun der BNLF1 Gentherapie Zeechesaatz Aminosaier Saieren 328 bis 376 vun der Leeschtung LMP1 FAQ. Fir d'30 BP Läschen Zeechesaatz Aminosaier Saieren 343 bis 352 vun der LMP1 FAQ, Haaptrei Formatioun réischt siwen Aminosaier-Saieren Ännerungen am Verglach zu der Referenz Deformatioun B95.8 ze confirméieren. Et war ëmmer um codons Q334R, L338S an S366A zu all EBVaGC uplanzen fonnt. H358L an L359V (GC2), P360H (GC9-10) an G365R (GC6): Déi reschtlech Aminosaier Saieren Auswiesselungen Ee, sech virun allem an engem oder zwee EBVaGC uplanzen fonnt. eis virdrun Donnéeën op tunesescher dach uplanzen Betreffend, hunn mer ähnlech Resultater iwwer déi dräi konstant Aminosaier-Saieren Auswiesselungen. Zousätzlech, erschéngen d'EBV analyséieren ausser S366A wéilt méi verbonne zu tunesescher uplanzen wann Verglach zu deenen definéiert an China (Dorënner 4). Figur 4 Se vun eiser Mëllechstrooss Aminosaier Message aus tunesescher GC mat B95.8 Prototyp a virdrun publizéiert LMP1 Message: Cao: dach Zell Linn aus Shangai [27]; C666-1 (GenBank Bäitrëtt Nr ABV54173) dach 10 aus Hong Kong [28] an tunesescher dach uplanzen: CV4, CV5, CV6 [29]. Symboler (---) weg Aminosaier Läschen. VerfÜgung An gesond EBV wwerreeche, polymorphism Analyse huet och den A an D Zorte, Prototyp F an XhoI + Variant, wéi ähnlech zu EBVaGC uplanzen z'identifizéieren (Donnéeën net gewisen). VerfÜgung Diskussioun VerfÜgung Am Moment studéieren, 81 Fäll vun GC vu Patienten vun der Südbezierk vun Tunesien huet fir d'Präsenz vun EBV an der prevalence vun EBVaGC war 14,8% propagéieren (12 vun 81). Et gouf och bekannt, datt de prevalence vun EBVaGC dicht aus eng geographesch Regioun zu aneren Eurolänner an der passéieren war an Däitschland (18%) logéiert de niddregsten een (3,9%) war am Peru [13-20, 31] fonnt feststellen.
den Bobby vun situ VerfÜgung hybridization war déi verléisslech Method an der Literatur an Untersuchungshaft Uklang EBV am GC z'entdecken. An Tatsaach, all déi uewe genannte Studien huet folgend dës Method gehaal, dorënner eis studéieren. Verännerleche Undeeler vun nuklearem entholl Zellen datt Bobby weist an eiser Etude auszedrécken sech och vun Truong hutt et al., Déi solle mat EBV Wonn ze ginn Zesummenhang existeiert an oncogenic Prozess vun EBVaGC [32]. Allerdéngs muss weider Ermëttlungen gehaal ginn dës Observatioun ze klären. VerfÜgung Zousätzlech, awer mir datt de heterogen Donnéeën vun Bobby Ausdrock mat der Zuel vun EBV DNA Exemplare soll ginn hätt wéi déi vun Q-Hinnen alleguer geschate ënnerstëtz, datt dës Method ass verléisslech well virdru gemellt [33]. mat Bezuch op d'clinico-agebousst Charakteristike vun EBVaGC, staark Veräin mam Alter bei Diagnos observéiert gouf (P VerfÜgung = 0,009, Table 3) VerfÜgung. An Tatsaach, war méi de EBVaGC dacks am Grupp vu Patienten fonnt Alter tëscht 45 a 60 Joer al, dee mat virdrun Studien an der Linn ass [19, 34]. Keng aner Statistik Veräin war, ausser enger Tendenz mat entholl dat a Schwächt Invasioun (P VerfÜgung = 0,075 an P VerfÜgung = 0,09 bzw.) fonnt. Virdrun Rapporten hunn uginn, datt EBVaGC heefeg goufen zu männlech, proximal Mo a erhéijen vun diffusen Zort [9, 14, 16, 35-39]. Kuerzem, an engem grousse meta-analyséieren, Carmago et al., Dé dësen Associatiounen Nieft der Alter bei Diagnos [38]. An eiser Etude, fanne mer an der Verdeelung vun EBV zu männlech Verglach zu weiblech Patienten, am proximal vs distal Mo an diffusen vs intestinal histotype rauszesichen Ënnerscheed. Déi Variatioune tëscht Daten kéinten vun der Bäitrag vun lokal Risiko Faktoren an der pathogenesis vun EBV an och vun der Gréisst a charasteristics vun der Kohort erkläert ginn. VerfÜgung Polymorphism Analyse vun de 12 EBVaGC Fäll weisen exklusiv der Typ D, F Prototyp, Xho VerfÜgung ech-Aarbëcht an der 30. BP del-LMP1 abezuelt. der polymorphism vun der EBNA-3C Gentherapie Iwer, hunn mir d'Eng Zort vun all EBVaGC Fäll an enger Kombinatioun vun Typen A a B war an eenzege Fall fonnt. Dës bruet ginn am Accord mat rezent Étude op véier EBVaGC Fäll aus der Mëtt Regioun vun Tunesien [34]. VerfÜgung D'treffen vum Typ A an F Prototyp war och am Joer virdrun Rapporten onofhängeg zu de geographesche Urspronk vun EBVaGC wéi am Süde dës China [35], Süde Japan [40], a Latin American Länner [41]. Spannen, war d'Passe-f besonnesch an dach verbonne EBV analyséieren vun Süde Asien [42] beschriwwen. An dëser Géigend, eng treffen vun C Aart a Verloscht-XhoI VerfÜgung abezuelt huet an Patienten mat EBVaGC oder dach [35, 40], am Géigesaz zu eiser presentéieren Opklärung a virdrun Donnéeën op tunesescher dach Patienten [29, 43] observéiert. VerfÜgung besser fir d'genotype vun EBVaGC analyséieren definéieren a se mat deene mat de dach verbonne vergläichen, duerchgefouert mir de partiell sequencing vun Exon 3 vun der BNLF1 Gentherapie eraus a Verglach hinnen un de Prototyp B95-8 an anerer publizéiert Message aus asiatesch an tunesescher dach EBV analyséieren [29, 43]. D'Q334R, L338S an L338P sech an all eise EBV fonnt isolates a sech schonn am EBV analyséieren verbonne zu dach ursprünglech aus China oder Tunesien [29, 44] gemellt. Allerdéngs ass de S366A spezifesch ze EBV isolates mat tunesescher dach an GC verbonne .. Dot, a baséiert op der viregter Rapport vun Edwards et al. , [44] siwen phylogenetically z'ënnerscheedde analyséieren vun LMP1 beschreiwen, kann mer proposéieren, datt tunesescher isolates en zousätzlecht Grupp mat engem spezifeschen Ënnerschrëft (T366A) mee dat Hypothes brauch Confirmatioun vun sequencing vum ganze BNLF1 Gentherapie an dës isolates wor. Laut deem Datum, proposéiere mir, datt polymorphism an der BNLF1 Gentherapie eng zousätzlech Argument vun Linn mat der anerer EBV schiefgang (D Typ, Prototyp F an XhoI +) wor den dissimilarity vun EBV analyséieren tëschent den zwou geographesch Regiounen förderen. VerfÜgung Op der Wéinst dem, mir hunn del-LMP1 Varianten virdrun VerfÜgung anerer beschriwwen (69 BP an 81 BP Läschen Rennsport codons 334-353 an 345-371, bzw.) zu tunesescher dach Patienten [29, 43]. Dës Varianten waren net fonnt an nëmmen der 30. BP del-LMP1 abezuelt huet an all EBVaGC Fäll wéi schon an Untersuchungshaft vun Chen et al identifizéiert., Zu enger grousser Etude op Chinesesch GC Patienten gehaal [35]. VerfÜgung Eis polymorphism Analyse vun EBV an gesond wwerreeche isolates Teamchef eng identesch genotype zu deene vun EBVaGC an dach suggeréiert datt gemeinsam analyséieren geografesch verdeelt ginn awer net mat engem spezifeschen malignancy assoziéiert. An Tatsaach, hätt d'Entwécklung vun EBV verbonne malignancies zu Variant Potential immun Unerkennung an isoléiert Populatiounen an Individuen soll ginn, wéi déi vun Edwards et al proposéiert, [44]. VerfÜgung Conclusioun VerfÜgung D'prevalence vun EBVaGC zu Patiente vum südlechen Tunesien ass 14,8% déi mat gemellt Donnéeën vun Rei ass. D'EBVaGC Kannerbetreiung war an der Grupp vu Patienten fonnt Alter vun 45 bis 60 Joer al ginn an dass EBV DNA Niveau de Bobby Status vun gastric carcinoma spigelen. VerfÜgung Weideren EBV analyséieren verbonne zu tunesescher Patienten mat GC oder dach e puer eraus deelen suggeréiert datt wahrscheinlech d'selwecht EBV Deformatioun sinn mat béiden erhéijen assoziéiert. Ofzeschafen, eis Conclusiounen déi verschidde geographesch Verdeelung vun EBV analyséieren Ënnerstëtzung, awer net hir Restriktioun bis en assoziéierten malignancy. VerfÜgung Deklaratioune VerfÜgung Merci VerfÜgung Dës Aarbecht vun Subventiounen vun der tunesescher Ministère vun héich Education an wessenschaftlech Fuerschung ënnerstëtzt gouf . Mir wënschen Här M Jaoua fir sequencing Ariichtungen Merci. VerfÜgung Auteuren 'original deposéiert Fichieren fir Biller VerfÜgung sinn ennen d'Linken op d'Auteuren' original deposéiert Fichieren fir Biller. 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Auteuren 'original Datei fir Figur 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Auteuren' original Datei fir Figur 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Auteuren 'original Datei fir Figur 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff Auteuren' original Datei fir Figur 4 Wettsträit Interessen VerfÜgung D'Auteuren erklären, datt si keng Competitioun Interessen hunn. VerfÜgung

• Eng Erhéijung vun integrin-Hausnummeren kinase Net-canonically jidferengem NF-κB-mediated Wuesstem Virdeeler ze gastric Kriibs Zellen vun ERK1 /2
• Epstein-Barr Virus infizéiert gastric adenocarcinoma äussert Uklang fonnt an lytic Haren gët an huet e isoléiert mënschlech Gentherapie Ausdrock profile