Karakteristik af Epstein-Barr-virus-varianter associeret med gastrisk karcinom i det sydlige Tunesien

Karakteristik af Epstein-Barr-virus varianter forbundet med gastrisk karcinom i det sydlige Tunesien
Abstract
backgroud
EBV-associeret gastrisk karcinom (EBVaGC) har en særskilt kliniske træk og dens udbredelse er variabel i hele verden.
Resultater
for at bestemme forekomsten af ​​EBVaGC i Tunesien blev EBV-kodet lille RNA (EBER) udtryk vurderet i 81 gastrisk karcinom (GC) prøver. Det nukleare EBER ekspression blev påvist i 12 ud af 81 GC sager (14,81%) og konkordans mellem score vifte af EBER farvning og antallet af EBV DNA-kopier som estimat med QPCR observeres. På den anden side, fandt vi, at EBVaGC stærkt korreleret med alder ved diagnose, og svagt med tumor differentiering og venøs invasion.
Desuden blev EBVaGC prøver underkastet bestemme EBV DNA-polymorfismer. Vores resultater viser en unik genetisk profil af EBV-stammer med hensyn til type A og D, F prototype, lagring af Xho
I restriktionssite og 30 bp del-LMP1 variant. Ifølge vores tidligere undersøgelser om nasofaryngealt karcinom (NPC), foreslog vi, at EBV stammer forbundet til GC og NPC delte nogle ligheder i tunesiske patienter.
Konklusion
Forekomsten af ​​EBVaGC er 14,81% i det sydlige Tunesien, og at fælles EBV stammen er forbundet med både NPC og GC, som sandsynligvis vil afvige fra asiatiske stammer. Vores resultater støtter derfor en vis geografisk fordeling af EBV stammer, som ikke er begrænset til EBV-associerede maligne sygdomme.
Nøgleord
Gastric karcinom EBV EBER polymorfier Baggrund
Gastric karcinom (GC) er den anden hyppigste årsag til kræft død verdensplan [1]. Forekomsten af ​​GC varierer fra geografisk område til et andet, hvilket tyder på, at genetiske og miljømæssige faktorer, herunder Helicobacter pylori
infektion anses for at bidrage til gastrisk carcinogenese [2, 3]. I det sydlige Tunesien, den årlige incidens af GC varierer fra 2,6 til 4,8 /100 000 personer [4]. I de få seneste år har mange rapporter udforsket sammenhængen mellem Epstein-Barr virus (EBV) infektion og GC [5-9]. EBV-associerede GC (EBVaGC) er blevet påvist ved tilstedeværelsen af ​​ensartet udtryk for EBV-kodet lille RNA (EBER) i GC celler [10], påvisning af monoklonale EBV episomer i GC celler [11] og en forøgelse af serum antistoffer mod viralt capsid antigen [12]. Forekomsten af ​​EBVaGC varierer meget fra 2 til 18% som rapporteret af tidligere undersøgelser [13-20]. Desuden er de kliniske funktioner i EBVaGC omfatter mandlig dominans, relativt yngre alder og placering i den proksimale mave [9, 21]. Den EBVaGC viser en lavere lymfe-knude engagement og har en forholdsvis gunstig prognose sammenlignet med EBV-negativ [22].
I EBVaGC, er infektion af tumorceller karakteriseret ved en type I mønster af latenstid, hvor ekspression af virale latente gener er begrænset til Epstein-Barr nuklear antigen (EBNA) -1, Eber latent membranprotein LMP-2A og udskrifter fra Bam
HI En mod højre ramme (BARF) -0 og -1 [11, 23]. Da EBV produkter af type I latent infektion er blevet påvist at være involveret i EBV-medieret tumorogenesis blev det foreslået, at den onkogene proces i EBVaGC kunne være drevet af forskellige mekanismer fra konventionelle GC. Efterfølgende kunne EBVaGC malignitet betragtes som en anden enhed blandt GC, som kræver større opmærksomhed for at forbedre patientbehandlingen.
Nærværende undersøgelse blev udført med det formål at bestemme forekomsten af ​​EBVaGC i det sydlige Tunesien og efterfølgende at analysere specifikke EBV polymorfier i tumoren isolater.
Materialer og metoder
Patient karakteristika
En alt 81 primære gastriske carcinomer blev indsamlet, fra januar 1999 og december 2009 fra patienter, som gennemgik radikal kirurgisk resektion ved Institut for Digestive Surgery af Habib Bourguiba Universitetshospital (Sfax, Tunesien). Alle patienter gav informeret samtykke forud for prøvetagning i henhold til institutionelle retningslinier. Ingen af ​​patienterne havde pre-operative eller postoperativ kemoterapi. Klinisk-patologiske parametre som køn, alder, anatomisk sted, histologisk type, patologisk stadium, tumorstørrelse og venøs invasion blev evalueret ved at gennemgå medicinske diagrammer og patologiske optegnelser. På tidspunktet for kirurgi, patientens alder varierede fra 18 til 94 år (betyder: 59,58 år). Den anatomiske sted af tumor blev bestemt ifølge den fremherskende placering af læsionen som cardia (n = 8), organ (n = 22), og antrum (n = 48). De histologiske undertyper blev klassificeret i henhold til kriterierne i Lauren [24] som intestinal type (n = 47) og diffus type (n = 34), men også af World Health Organization som dårligt differentierede (n = 43), moderat differentierede (n = 26) og veldifferentieret (n = 9). Den kliniske fase af sygdommen blev bestemt i henhold til tumoren, node og metastase (TNM) klassificering af amerikanske Blandede kræft [25]. Vores kohorte indeholder 9 patienter på stadium I eller II og 47 patienter på trin III eller IV.
In-situ hybridisering
EBV blev identificeret ved ekspression af EBV-kodet lille RNA (EBER). Kort fortalt, in situ hybridisering
(ISH) assay blev udført på 3 um paraffin-blok sektioner med EBV oligonukleotidprober komplementære til EBER-1 og -2 i overensstemmelse med producentens instruktioner (PNA ISH Detection Kit, Dako Cytomations). De hybridiseringssignaler blev synliggjort med diaminobenzidin (DAB) og positiv nukleare signal blev anerkendt som mørkebrun nukleare farvning under lysmikroskopi. Som positiv kontrol, blev sektion fra en kendt EBER-positive NPC væv, der anvendes. Farvning blev scoret fra 1 til 3 ifølge den procentdel af farvede cellekerner i vævssnit. Score 3 blev tilskrevet da positivt signal blev observeret i mere end 75%, selv 2 i 75 til 50% og score 1 i mindre end 50% af cellerne.
DNA-ekstraktion
DNA blev ekstraheret fra formalin-fikseret, paraffin indlejrede væv. Efter tumor identifikation på hematoxylin--eosin-farvede objektglas blev tumorale områder skrabet fra 40 um tykke paraffinsnit. De opsamlede materialer blev afvokset ved vask i xylen og skyllet i ethanol. Tørrede væv blev fordøjet med proteinase K i nærværelse af SDS ved 55 ° C natten over, efterfulgt af phenol /chloroform-ekstraktion som tidligere [26] beskrevne. Mængden af ​​DNA blev kontrolleret ved spektrofotometer og opbevaret ved -20 ° C til yderligere anvendelse.
PCR- RFLP og sekventering
Fem regioner af EBV-genomet blev målrettet til polymorfisme analyse ved PCR, RFLP eller sekventering. De undersøgte polymorfier omfatte A eller B type i EBNA-3C genet, C eller D type i BamHI-W1 /I1 region, prototypen F eller f variant i BamHI-F region, tabet af et Xho
i-stedet i det første exon af BNLF1gene (Xho
i-tab variant) og 30 bp deletion i den tredje exon af det samme gen (30 bp del-LMP1 variant). Genotypebestemmelse blev udført på DNA fra GC patienter EBV-positive og som kontrol, analyserer vi 10 DNA-prøver fra nasopharyngeal mucosa positive for EBV.
PCR-amplifikation blev udført på 200 ng DNA i en endelig reaktionsblanding af 50 pi indeholdende 0,2 uM hver primer, 200 pM dNTP, 2 mM MgCI2, 1 x PCR-buffer og 1 enhed Taq-DNA-polymerase (Fermentas). Primersekvenserne og størrelsen af ​​PCR-produkter er vist i tabel 1.Table 1 Resumé af primersekvenser omfatter de EBV typer og varianter
EBV gener og regioner Salg (typer eller varianter )
Primer sekvenser (5'-3 ')
Produkt størrelse (bp)
EBNA-3C gen Hotel (type A eller B)
F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR-produkter
153: type A
246: type B
BamH1-W omegn (type C eller D)
F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam
HI fordøjelse
205: type C
130 + 75: type D
BamH1-f omegn (f variant)
f: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam
HI fordøjelse
198: f variant
127 + 71: f variant
Exon 1 af BNLF1 gen
(XhoI variant)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xho
jeg fordøjelse
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
i +
Exon 3 i BNLF1 gen
(30bpdel-LMP1)
F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
PCR-produkter
224: 30bpdel-LMP1
254: wt-LMP1
F: Forward primer
R: reverse primer
C /D og f /f typebestemmelse er baseret på BamHI
fordøjelse af hvert PCR-produkt. De enzymatiske reaktioner blev udført i et slutvolumen på 20 pi indeholdende 10 pi PCR-produkt, 1X digestionspuffer og 10 enheder BamHI
enzym (Fermentas). Efter inkubation natten over ved 37 ° C blev produkter analyseret på 2% agarosegel og visualiseret ved ethidiumbromidfarvning, under UV-belysning. De samme betingelser som beskrevet ovenfor blev vurderet til at identificere XhoI
websted i første exon af BNLF1gene. DNA fra B95.8 (GenBank No.V01555) og C666-1 cellelinie (GenBank No. ABV54173) blev anvendt som kontrol for EBV typer og varianter. Den C666-1 cellelinie afledt fra en kinesisk NPC, som huser A /C typer, f variant, Xho
I-tab variant og 30 bp del-LMP1 variant.
DNA-sekventering blev udført på de oprensede PCR-produkter af den tredje exon af BNLF1 genet ved anvendelse af SV gel Oprensning kittet (Promega). Cyklus-sekventering blev udført under anvendelse af ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) ifølge producentens instruktioner. Alle sekvenser blev udført i to retninger. De sekventering resultater blev derefter sammenlignet med EBV sekvenser af B95.8 (GenBank No.V01555), kinesiske NPCs (Cao celler [27], C666-1 celler (GenBank nr ABV54173) og NPC10 biopsi [28] og tunesiske NPC prøver (CV4, CV5, og CV6 [29]).
Real time kvantitativ PCR
Q-PCR-assay målretning BamHI-W region af EBV-genomet blev udført på de 12 EBV-positive prøver udviser kernefarvning og 6 EBV-negative prøver. Reaktioner blev udført på en iCycler iQ ™ Real-time PCR-systemet (BioRad) under anvendelse af primere, der flankerer BamHI-W region af EBV-genomet og TaqMan probe som beskrevet tidligere [30]. aliquot af 1 ug DNA blev anvendt til amplifikation i et samlet reaktionsvolumen på 25 pi indeholdende 300 nM af hver primer, 25 nM of TaqMan probe, 1X PCR buffer, 2 mM MgCI2, 200 pM af hver dNTP og 1 enhed af GoTaq Hot Start polymerase (Promega). standardkurven blev fremstillet ved anvendelse af serielle 10 gange fortyndinger af det rekombinante plasmid pGEMT /BamHI-W. Prøver blev kørt i to eksemplarer, og resultaterne gennemsnit til beregning af EBV virusmængde udtrykt i kopier pr reaktion.
Statistisk analyse
Statistisk analyse blev udført med SPSS 13.0 statistisk software program til Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-værdi på mindre end 0,05 blev betragtet som statistisk signifikant.
Resultater
Forekomst af EBVaGC og association med klinisk-patologiske karakteristika
Firs én eksemplarer af GC blev testet for EBV positivitet hjælp af EBER in situ
hybridisering. Hyppigheden af ​​EBVaGC var 14,8% (12 af 81), hvori EBER positivt signal var begrænset til kernerne i carcinomceller (figur 1). De EBVaGC prøver har en variabel procentdel af farvede tumorceller viser mere end 75% i seks tilfælde (score 3), mellem 50 og 75% i tre tilfælde, og mindre end 50% i de tre resterende sager. De EBVaGC tilfælde var forbundet med alder ved diagnose (P
= 0,009, tabel 2). Faktisk blev 9 ud af de 12 patienter med EBVaGC alderen 45 til 60 år. Derudover blev en tendens til forening observeret med tumor differentiering og venøs invasion som den statisk betydelig værdi ikke blev opnået (P
= 0,07 og P =
0,09 henholdsvis tabel 2). Figur 1 Påvisning af Epstein-Barr virus-kodet små RNA'er (Ebers) ved in situ hybridisering i gastriske carcinoma væv. A: H &E farvning. B: Intens EBER positiv farvning (immuno-score 3+) i kernerne i tumorceller (oprindelig forstørrelse x 40). C: Moderat EBER positiv farvning (immuno-score 2+) i kernerne i tumorceller (oprindelig forstørrelse x 40). D: Svag EBER positiv farvning (immuno-score 1+) i kernerne i tumorceller (oprindelig forstørrelse x 40). E: Positiv kontrol repræsenteret ved en kendt Eber-positive NPC væv (oprindelig forstørrelse × 40). F: Gastric karcinom væv negative for EBER (original forstørrelse × 10)
Tabel 2 Sammenhæng mellem EBVaGC og klinisk-patologiske parametre
kliniske karakteristika
N
EBV udtryk *


Negativ (%)
Positiv (%)

Gender
Mand
48
42 (87,5)
6 (12,5)
Female
33
27 (81,8)
6 (18,2)
p
-værdi
0,47
Age
< 45
17
17 (100)
0 (0)
45-60
30
21 (70)
9 (30)
> 60
34
31 (91,2)
3 (8,8)
p
-værdi
0,009
TNM
I-II
9
9 (100)
0 (0)
III-IV
47
40 (87,1)
7 (14,9)
p
-værdi
0,216
Anatomisk websted
antrum
48
41 (85,4)
7 (14,6)
Krop
22
19 (86,4)
3 ( 13.6)
Cardia
8
6 (75)
2 (25)
p
-værdi
0,72
Differentiering
Dårlig
43
36 (83,7)
7 (16,3)
Moderat
26
25 (96,2)
1 (3.8)
Nå
9
6 (66,7)
3 (33,3)
p
-værdi
0,075
Lauren typen
Intestinal
47
38 (80,9)
9 (19.1)
Diffus
34
31 (91,2)
3 (8,8)
p
-værdi
0,197
Tumor størrelse
< 5 cm
9
8 (88,9)
1 (11,1)
> 5 cm
65
54 (83,1)
11 (16,9)
p
-værdi
0,658
Venøs invasion
négatif
61
54 (88,5)
7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2)
5 (27,8)
p
-værdi
0,09
* EBV-ekspression blev bestemt ved EBER in situ hybridisering. Negative tilfælde udviste en score = 0 og positive tilfælde viste en score = 1+ til 3+
kvantitativ vurdering af EBV i GC
Q-PCR assay blev udført på 18 gastriske carcinoma prøver.; blandt dem 12 vises EBER positivitet begrænset til celler kerner og 6 var negative.
virale DNA kopital blev estimeret ved den absolutte kvantificering fremgangsmåde under anvendelse af seriel fortynding af rekombinant plasmid DNA (pGEMT /BamHI-W), som ekstern standard. Standardkurve blev etableret ved at plotte startende plasmidkopital mod tærskelcyklus (Ct), der viser en lineær kvantificering over et område fra 10 6 til 10 kopier pr reaktion.
Repræsentative eksempler er vist på figur 2, hvor sager GC10 og GC3 (Ct = 15 og 22 henholdsvis) viser stærk EBER nukleare farvning mens GC8 (Ct = 30) udviser en svag EBER udtryk (figur 2). Q-PCR-data er i konkordans med EBER in situ
hybridisering resultat. Faktisk er de 6 prøver med intens EBER farvning (score 3+), viste høj EBV DNA-kopi nummer mens sager med svag EBER udtryk (score 1 +) svarede til lav viral DNA-kopi (tabel 3). Figur 2 Bestemmelse af EBV DNA kopi nummer ved Q-PCR. Repræsentative eksempler på GC tilfælde med høj (GC10), mellemprodukt (GC3) og lav (GC8) EBV DNA kopier nummer. Den vandrette linje markerer grænsen anvendes til vurdering af Ct-værdi.
Tabel 3 EBV DNA-kopi nummer og EBER farvning score i de 12 EBV positive prøver og 6 negative sager
GC Cases
Histologisk
Type
Tumor
site
Ct * Hotel (gennemsnit)

EBV DNA *
Kopier /ug
EBER farvning
score
10
Intestinal
antrum
15
6,105
3+
3
Intestinal
antrum
22
4,103
3+
12
Intestinal
antrum
23
103
3+
9
Diffus
antrum
22,8
103
3+
2
Intestinal
Krop
25
5,102
3+
4
Intestinal
antrum
26
102
3+
6
Intestinal
proksimal
27
8,101
2+
7
Diffuse
Krop
28
5,101
2+
11
Intestinal
proksimal
28
5,101
2+
1
Intestinal
antrum
30
< 10
1+
5
Intestinal
antrum
30
< 10
1+
8
Diffuse
Krop
30
< 10
1+
13
Diffus
antrum
ND
ND
0
14
Diffus
Krop
ND
ND
0
15
Diffuse
antrum
ND
ND
0
16
Diffus
antrum
ND
ND
0
17
Intestinal
antrum
ND
ND
0
18
Intestinal
Krop
ND
ND
0
* EBV DNA kopital blev estimeret ved Q-PCR under anvendelse af absolut kvantificering metode. Ct: tærskel Cycle. ND: Ikke-Bestemt
genotypebestemmes EBVaGC stammer
For yderligere at undersøge EBVaGC i vores 12 tunesiske prøver, har vi undersøgt den genetiske profil EBV stammer bestemme forskellige typer og varianter. En unik profil i alle undersøgte prøver er observeret (figur 3). Det blev karakteriseret af A /D-typer, prototype F, tilbageholdelse af Xho
I restriktionssted og 30 bp del-LMP1 variant. Vi konstaterer, at A- og B-typer forme to forskellige EBV-stammer blev fundet i et tilfælde af EBVaGC prøver (figur 3). Figur 3 Genotypebestemmelse af EBVaGC stammer. A: PCR -RFLP af BamHI-F region viser f variant (tilstedeværelsen af ​​to bånd på 128 bp og 71 bp) til kontrol C666-1 cellelinje (bane 1) og et bånd på 199 bp for F-variant til tilfælde GC2 til GC6 (bane 2 til 6). B: PCR-RFLP af BamHI-W1 /I1 region. DNA-fragmenter blev fordøjet med BamHI
give to bånd af 139 og 67 bp (type D) for GC2 til GC6 (bane 2 til 6) eller et bånd af 245 bp (type C) til kontrol C666-1 cellelinje ( bane 1). C: EBNA3C region. EBV stammer af type A og B svarer til DNA-fragment på 153 og 246 bp. Case GC6 viser dobbelt infektion med begge typer A og B virus. B95.8 er en type A-virus, der blev anvendt som en kontrol (bane 1). D: Xhol
polymorfi i exon 1 i BNLF1 genet. PCR-produkt blev fordøjet af Xhol
hvilket gav to bånd på 343 bp og 154 bp i Xhol
+ variant til GC2 til GC6 (bane 2 til 6). C666-1 cellelinie er en positiv tab-Xhol
variant (bane 1).
EBV DNA-analyse blev også udført ved delvis sekventering på den tredje exon af BNLF1 genet koder for aminosyrerne 328 til 376 i LMP1-protein. For at bekræfte 30 bp deletion kodende aminosyrer 343 til 352 i LMP1-proteinet, sekvensalignment viste syv aminosyrer ændringer i forhold til referencestammen B95.8. Det var konstant findes på codon Q334R, L338S og S366A i alle EBVaGC prøver. De resterende aminosyrer udskiftninger blev dog især findes i et eller to EBVaGC prøver: H358L og L359V (GC2), P360H (GC9-10) og G365R (GC6). Med hensyn til vores tidligere data om tunesiske NPC eksemplarer, fandt vi lignende resultater om de tre konstante aminosyrer udskiftninger. Derudover EBV-stammer, der huser S366A substitution forekommer mere forbundet til tunesiske prøver sammenlignet med dem, der defineres i Kina (figur 4). Figur 4 Sammenligning af udledte aminosyresekvenser fra tunesiske GC med B95.8 prototype og tidligere offentliggjorte LMP1 sekvenser: Cao: NPC cellelinie fra Shangai [27]; C666-1 (GenBank nr ABV54173) NPC 10 fra Hongkong [28] og tunesiske NPC prøver: CV4, CV5, CV6 [29]. Symboler (---) angiver aminosyredeletion.
Hos raske EBV bærere, viste også polymorfianalyse A- og D-former, prototype F og Xhol + variant, som ligner identificere i EBVaGC prøver (data ikke vist).
Diskussion
I den foreliggende undersøgelse, blev 81 tilfælde af GC fra patienter i det sydlige område af Tunesien undersøgt for tilstedeværelsen af ​​EBV og prævalensen af ​​EBVaGC var 14,8% (12 ud af 81). Det var velkendt, at forekomsten af ​​EBVaGC varierer meget fra ét geografisk område til et andet, og den højeste frekvens blev bemærket i Tyskland (18%), mens den laveste én (3,9%) blev påvist i Peru [13-20, 31].
Eber in situ
hybridisering var den mest pålidelige metode rapporteret i litteraturen at detektere latent EBV i GC. Faktisk blev alle ovennævnte undersøgelser gennemført efter denne fremgangsmåde, herunder vores undersøgelse. De variable andele af tumorceller nukleare der udtrykker EBER viser i vores undersøgelse blev også udledt af Truong et al., Der foreslår at være relateret med EBV infektion forekommer i onkogen proces med EBVaGC [32]. Dog skal yderligere undersøgelser gennemføres for at afklare denne observation.
Desuden viste vi, at de heterogene data EBER udtryk kunne være korreleret med antallet af EBV DNA-kopier som anslået af Q-PCR støtter, at denne metode er pålidelig som tidligere rapporteret [33].
med hensyn til de klinisk-patologiske funktioner i EBVaGC blev observeret stærk sammenhæng med alder ved diagnose (P
= 0,009, tabel 3). Faktisk blev EBVaGC oftere findes i gruppen af ​​patienter i alderen mellem 45 og 60 år, hvilket er i overensstemmelse med tidligere undersøgelser [19, 34]. Ingen anden statistisk association blev fundet, undtagen en tendens med tumor differentiering og venøs invasion (P
= 0,075 og P
= 0,09 henholdsvis). Tidligere rapporter har indikeret, at EBVaGC var hyppige i mænd, proksimal mave og tumorer af diffus art [9, 14, 16, 35-39]. For nylig, i en stor meta-analyse, Carmago et al., Bekræfter disse foreninger udover en alder på diagnosetidspunktet [38]. I vores undersøgelse fandt vi ikke forskel i fordelingen af ​​EBV i Male forhold til kvindelige patienter i proksimal vs distale mave og i diffust vs tarm histotype. Disse variationer mellem data kunne forklares ved bidraget fra de lokale risikofaktorer i patogenesen af ​​EBV og også af størrelsen og charasteristics af kohorten.
Polymorfi analyse af de 12 EBVaGC sager viser udelukkende den type D, prototype F, Xho
i-fastholdelse og 30 bp del-LMP1 variant. Med hensyn til polymorfi af EBNA-3C-gen, fandt vi En type i alle EBVaGC sager og en kombination af type A og B blev fundet i kun ét tilfælde. Disse resultater er i overensstemmelse med nylig undersøgelse foretaget af fire EBVaGC sager fra den centrale del af Tunesien [34].
Overvægt af type A og prototype F blev også vist i de tidligere rapporter uafhængigt til den geografiske oprindelse af EBVaGC som i det sydlige Kina [35], det sydlige Japan [40], og de latinamerikanske lande [41]. Interessant nok blev varianten-f især beskrevet i NPC associeret EBV-stammer i det sydlige Asien [42]. På dette område blev en overvægt af C-type og tab-XhoI
variant observeret hos patienter med EBVaGC eller NPC [35, 40], i modsætning til vores nuværende fund og tidligere data på tunesiske NPC patienter [29, 43].
for bedre definere genotype EBVaGC stammer og sammenligne dem med associeret med NPC, vi foretaget en delvis sekventering af exon 3 i BNLF1 genet og sammenlignede dem med prototypen B95-8 og andre offentliggjorte sekvenser fra asiatiske og tunesiske NPC EBV stammer [29, 43]. Den Q334R blev L338S og L338P fundet i alle vores EBV isolerer og blev allerede rapporteret i EBV stammer forbundet til NPC oprindelse fra Kina eller Tunesien [29, 44]. Men S366A er specifik for EBV isolater forbundet med tunesisk NPC og GC .. Sandelig, og baseret på den tidligere rapport fra Edwards et al. [44] beskriver syv fylogenetisk adskilte stammer af LMP1, vi kan foreslå, at tunesiske isolater udgør en supplerende gruppe med en bestemt signatur (T366A), men denne hypotese skal bekræftes ved sekventering af hele BNLF1 genet i disse isolater. Ifølge denne dato, foreslår vi, at polymorfi i BNLF1 gen udgør et yderligere argument på linje med de andre EBV polymorfier (D-type, prototype F og XhoI +) støtter forskellighed af EBV stammer mellem de to geografiske regioner.
På anden side har vi beskrevet tidligere
andre del-LMP1 varianter (69 bp og 81 bp sletning spænder codon 334-353 og 345-371, henholdsvis) i tunesiske NPC patienter [29, 43]. Disse varianter blev ikke fundet, og kun 30 bp del-LMP1 variant blev identificeret i alle EBVaGC tilfælde som allerede rapporteret af Chen et al., I en stor undersøgelse udført på kinesiske GC patienter [35].
Vores polymorfisme analyse af EBV isolater hos raske bærere afslørede en identisk genotype til dem i EBVaGC og NPC tyder på, at fælles stammer geografisk fordelt, men ikke forbundet med en specifik malignitet. Faktisk kunne udvikling af EBV forbundet maligniteter korreleres til variation i potentiel immun anerkendelse på forskellige populationer og individer, som foreslået af Edwards et al, [44].
Konklusion
Forekomsten af ​​EBVaGC patienter fra det sydlige Tunesien er 14,8%, hvilket er inden for rækkevidde med indberettede data. Den EBVaGC blev overvejende findes i gruppen af ​​patienter i alderen fra 45 til 60 år, og at EBV DNA-niveau afspejler EBER status i gastrisk karcinom.
Desuden EBV stammer forbundet til tunesiske patienter med GC eller NPC deler nogle ligheder tyder på, at sandsynligvis den samme EBV stamme er forbundet med begge tumorer. Alt i alt, vores resultater understøtter de forskellige geografiske fordeling af EBV stammer, men ikke deres begrænsning til en tilknyttet malignitet.
Erklæringer
Tak
Dette arbejde blev støttet af en bevilling på det tunesiske ministerium for høj uddannelse og videnskabelig forskning . Vi vil gerne takke hr M Jaoua for sekventering faciliteter.
Forfattere 'originale indsendte filer til Images of Nedenfor er links til forfatternes oprindelige indsendte filer til billeder. 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Forfatternes oprindelige fil til figur 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Forfatternes oprindelige fil til figur 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Forfatternes oprindelige fil til figur 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff Forfatternes oprindelige fil til figur 4 konkurrerende interesser
Forfatterne erklærer, at de har ingen konkurrerende interesser.

• En stigning i integrin-linked kinase ikke-kanonisk bibringer NF-KB-medieret vækst fordele til gastriske cancerceller ved at aktivere ERK1 /2
• Epstein-Barr virus inficeret gastrisk adenocarcinom udtrykker latente og lytiske virale transkripter og har en distinkt human genekspression profile