Značilnosti Epstein Barr virus variante, povezano z rakom želodca v južni Tuniziji

Značilnosti Epstein Barr virus variante, povezane s želodčnega raka v južni Tuniziji
Abstract
backgroud
-EBV povezana želodca karcinom (EBVaGC) ima poseben klinične značilnosti in njegovo razširjenost je spremenljiva po vsem svetu.
Rezultati
Za določitev razširjenosti EBVaGC v Tuniziji, je-EBV kodiran malih RNA (Eber) izraz ocenjena v 81 karcinomom želodca vzorcev (GC). Izraz jedrski Eber je bila odkrita v 12 od 81 primerov GC (14,81%) in soglasju med območju rezultat Eber obarvanja in število izvodov EBV DNA so ocenah qPCR se pojavi. Po drugi strani pa smo ugotovili, da EBVaGC močno povezana s starostjo, pri diagnozi in šibko z diferenciacijo tumorja in venske invazije.
Poleg tega so osebki EBVaGC podvržemo določitev polimorfizmov EBV DNK. Naši rezultati kažejo, edinstven genetski profil sevov EBV glede vrste A in D, F prototip, ohranitev Xho
omejitev I mestu in 30 bp del-LMP1 varianta. Po naših dosedanjih raziskav o nazofaringealnega karcinoma (NPC), smo predlagali, da EBV sevi, povezana z GC in NPC delijo nekaj podobnosti v tunizijski bolnikih.
Zaključek
Razširjenost EBVaGC je 14,81% v južni Tuniziji in da Skupno EBV sev so povezane tako z NPC in GC, ki bi lahko razlikujejo od azijskih sevov. Naše ugotovitve Zato podpirajo določeno geografsko porazdelitev sevov EBV, ki ni omejena na EBV povezanih malignih bolezni.
Ključne besede
želodca karcinom EBV Eber polimorfizmov Ozadje
želodca karcinoma (GC) je drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu [1]. Pojavnost GC razlikuje od geografske regije v drugo, kar kaže, da se šteje, genetski in okoljski dejavniki, vključno s Helicobacter pylori
okužbe prispevati k želodca rakotvornosti [2, 3]. V južni Tuniziji, letna incidenca GC se giblje od 2,6 do 4,8 /100 000 oseb [4]. V nekaj zadnjih letih je veliko poročil raziskovali povezavo med Epstein-Barr virus (EBV), okužbe in GC [5-9]. The-EBV povezana GC (EBVaGC) je bilo dokazano s prisotnostjo enotnega izražanja, EBV kodiran majhne RNA (Eber) v GC celic [10], odkrivanje monoklonskih EBV episomi v GC celic [11] in povečanje seruma protiteles proti virusnim kapsidnega antigena [12]. Pojavnost EBVaGC močno razlikuje od 2 do 18%, kot v prejšnjih študijah [13-20] poročali. Poleg tega so klinične značilnosti EBVaGC vključujejo moško prevlado, relativno mlajši in lokacijo v proksimalnem želodcu [9, 21]. EBVaGC kaže nižjo stopnjo vpletenosti limfna vozla in ima relativno ugodno prognozo v primerjavi z EBV-negativne ena [22].
V EBVaGC je okužba tumorskih celic označena z vzorcem tipa I zakasnitve, v katerem izražanje virusnih latentnih genov je omejena na Epstein-Barr jedrske antigena (EBNA) -1, Eber, latentna membranski protein LMP-2A in prepisi iz Bam
HI proti desni okvir (barf) -0 in -1 [11, 23]. Saj EBV izdelkov tipa so mi latentna okužba dokazano, da se vključijo v-EBV posredovana tumorogenesis je bilo predlagano, da bi se onkogeni Postopek EBVaGC posledica različnih mehanizmov od tistih konvencionalno GC. Kasneje lahko EBVaGC malignosti, se obravnava kot drug subjekt, med GC, ki zahteva večjo pozornost za izboljšanje oskrbe bolnikov.
Tej študiji je bila izvedena z namenom, da se ugotovi razširjenost EBVaGC v južni Tuniziji in nato analizirati posebne EBV polimorfizmov v tumor izolatov.
materiali in metode
značilnosti pacienta
skupno 81 osnovnih želodca karcinomov so bili zbrani, med januarjem 1999 in decembrom 2009, pri bolnikih, ki so doživeli radikalno kirurško resekcijo na Oddelek za Digestive kirurgijo Habib Bourguiba Bolnišnica University (Sfax, Tunizija). Vsi bolniki dal soglasja, pred vzorci zbiranja v skladu s smernicami ustanove. Nobeden izmed bolnikov je imelo pred operativno ali post-operativno kemoterapijo. Klinično-patološko parametre, kot so spol, starost, anatomske mestu, histološki tip, patološko fazi, velikost tumorja in venske invazije je bila ocenjena s pregledom medicinske karte in patoloških zapisov. Ob operaciji, glede na starost bolnikov je bila od 18 do 94 let (povprečna: 59.58 let). Anatomski mestu tumorja smo določili glede na prevladujočo lokacijo lezije kot Kardije (n = 8), telo (n = 22) in antruma (n = 48). V histološke podtipi so bile razvrščene v skladu z merili iz Lauren [24] so črevesne tipa (n = 47) in razpršenega tipa (n = 34), ampak tudi Svetovna zdravstvena organizacija, kot slabo diferencirani (n = 43), zmerno razlikujejo (n = 26) in dobro diferencirane (n = 9). Klinična faza bolezni je bila določena glede na tumor, vozlišča in razvrstitev metastaze (TNM) Skupnega odbora ameriškega raka [25]. Naša kohorta vsebuje 9 bolnikov na stopnji I ali II in 47 bolnikov v fazi III ali IV.
In-situ hibridizacijo
je EBV označene z izrazom-EBV kodiran majhne RNA (Eber). Na kratko, v situ
hibridizacija (ISH) test je bil izveden na 3 mikrometrov parafin skupinskih odsekih z EBV oligonukleotidnih sond dopolnilnih za Eber-1 in -2 v skladu z navodili proizvajalca (PNA odkrivanje ISH kit, Dako Cytomation). Hibridizacije signali so bile vidne tudi pri diaminobenzidine (DAB) in pozitivno jedrske signala je bila priznana kot temno rjave jedrske madeži pod svetlobnim mikroskopom. Kot pozitivno kontrolo smo uporabili odsek od znanega Eber-pozitiven NPC tkiva. Obarvanje je dosegel od 1 do 3 glede na odstotek obarvanih celic jeder v oddelkih tkiva. Rezultat 3 je bil pripisan ko je bil pozitiven signal opazili več kot 75%, rezultat 2 v 75 do 50% in rezultat 1 v manj kot 50% celic. Ekstrakcija
DNK
DNA smo ekstrahirali iz-formalinom fiksna, parafin vgrajeni tkiva. Po identifikaciji tumorja na Hematoxylin--eozin obarvajo tobogani, so tumorske površine postrgajo od 40 mikrometrov debelih parafinskih odsekov. Zbrani material je bil de-voskom s pranjem v ksilen in nato spere z etanolom. Posušene tkiva smo razgradili s proteinazo K v prisotnosti SDS pri 55 ° C preko noči, čemur sledi ekstrakcija fenol /kloroform kot smo že prej [26] opisano. Količina DNA smo preverili s spektrofotometrom in shranili pri -20 ° C za nadaljnjo uporabo.
PCR- RFLP in so bile usmerjene sekvenciranje
Pet regije EBV genoma za analizo polimorfizma s PCR, RFLP ali njihovo zaporedje. V polimorfizmi študirali zajemajo tip A ali B v gena EBNA-3C, v C ali D v BamHI-W1 /I1 regiji, je prototip F ali f varianto v regiji BamHI-F, izguba na Xho
stran I v prvem ekson BNLF1gene (Xho
I-izgubo varianto) in 30 bp brisanje v tretjem eksonu istega gena (30 bp del, LMP1 varianta). Genotipizacije je bila izvedena na DNK iz bolnikov GC EBV-pozitivna, in kot kontrolo smo analizirali 10 vzorcev DNK iz nazofaringealnega sluznice pozitiven za EBV.
PCR smo izvedli na 200 ng DNA v končni reakcijski zmesi 50 ul vsebuje 0,2 Ilm vsak primer, 200 uM od dNTP, 2 mM MgCl2, 1X PCR pufer in 1 enota polimeraza Taq DNA (Fermentas). V začetnih oligonukleotidov zaporedja in velikosti produktov PCR so prikazani v tabeli 1.Table 1 Povzetek spojna sekvenc, ki zajemajo vrste EBV in variante
EBV genov in regije
(vrste ali različic )
Primer zaporedja (5'-3 ')
velikost vozila (bp)
EBNA-3C gen
(tip A ali B)
F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR produkti
153: tip A
246: tip B
BamH1-W regija
(tip C ali D)
F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam
HI prebava
205: tip C
130 + 75: tip D
BamH1-f regiji
(f varianta)
f: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam
HI prebava
198: f varianta
127 + 71: f varianta
Exon 1 BNLF1 gena
(Xhol varianta)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xho
sem prebava
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
I +
Exon 3 BNLF1 gen
(30bpdel-LMP1)
F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
produktov PCR
224: 30bpdel-LMP1
254: ut-LMP1
F: Forward primer
R: Reverse premaz
C /D in f /f tipkanje temelji na BamHI
prebavo vsakega produkta PCR. Encimske reakcije so bile izvedene v končnem volumnu 20 ul, ki vsebujejo 10 ml pri PCR produkta, 1X prebave buffer in 10 enot BamHI
encima (Fermentas). Po inkubaciji preko noči pri 37 ° C, so bili izdelki analizirani na 2% agaroznem gelu in vizualizirali z etidijevim bromidom obarvanjem, pod UV osvetlitvi. Ocenjene so bile enake zgoraj opisani pogoji za identifikacijo Xhol
mesto v prvi ekson BNLF1gene. DNA iz B95.8 (GenBank pristop No.V01555) in celične linije C666-1 (GenBank pristop št ABV54173) smo uporabili kot kontrolo za vrste EBV in variant. Celično linijo C666-1 izvira iz kitajske NPC, ki skriva vrste A /C, F varianta, Xho
I-izguba variantne in 30 bp del-LMP1 variant.
DNA zaporedja je bila izvedena na očiščenih PCR produktov tretji eksonom BNLF1 gena uporabo SV gel Purification kit (Promega) je. Cikla zaporedja je bila narejena z ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle sekvenciranje (Applied Biosystems) v skladu z navodili proizvajalca. Vse sekvenc smo izvedli dvosmerno. Rezultati zaporedja smo primerjali z EBV sekvencami B95.8 (GenBank pristop No.V01555), kitajski NPC (CaO celic [27], C666-1 celic (GenBank pristop št ABV54173) in NPC10 biopsijo [28] in Tunizije NPC osebki (CV4, CV5 in CV6 [29]).
realnem času kvantitativne PCR
Q-PCR ciljanje BamHI-W regijo EBV genom je bila izvedena na 12 EBV-pozitivnih vzorcev prikazovanje jedrskega obarvanje in 6 EBV negativne vzorce. Reakcije so bile izvedene na ™ PCR v realnem času sistem iCycler iQ (BioRad), s pomočjo začetnih oligonukleotidov spremljevalnih na BamHI-W regijo EBV genoma in TaqMan sondo, kot je opisano prej [30]. alikvot 1 ug DNA smo uporabili za pomnoževanje v skupni reakcijski volumen 25 ul, ki vsebujejo 300 nM vsakega temeljni premaz, 25 nm TaqMan sonde, 1X PCR pufer, 2mM MgCl2, 200 uM vsakega dNTP in 1 enoto GoTaq Hot Start, polimeraze (Promega). standardno krivuljo smo pripravili ob uporabi serijskih 10-kratnih razredčenjih, iz rekombinantnega plazmida pGEMT /BamHI-W. Vzorce smo izvedli v dveh izvodih, rezultati pa v povprečju za izračun EBV virusno breme, izraženo v kopij na reakcijo.
Statistična analiza
Statistična analiza je bila opravljena s SPSS 13.0 statistične programske opreme za Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, ZDA ). P-vrednost manjša od 0,05 zdela kot statistično značilne.
Rezultati
Razširjenost EBVaGC in združevanja s klinično-patološke značilnosti
so Osemdeset ena primerki GC testirali za EBV pozitivnost uporabo Eber in situ
hibridizacija. Pogostost EBVaGC je bila 14,8% (12 od 81), v katerem je bil Eber pozitiven signal omejen na jedrih celic karcinoma (slika 1). Osebki EBVaGC imajo spremenljivo odstotek obarvanih tumorskih celic v šestih primerih (ocena 3), ki prikazuje več kot 75%, med 50 in 75% v treh primerih in manj kot 50%, v preostalih treh primerih. Zadeve EBVaGC so bili povezani s starostjo ob postavitvi diagnoze (P
= 0,009, tabela 2). Dejansko so bili stari 9 od 12 bolnikov z EBVaGC starih od 45 do 60 let. Poleg tega je opazen trend v smeri združevanja z diferenciacijo tumorja ter vensko invazije kot statično pomembna vrednost ni bila dosežena (P
= 0,07 in P =
0,09 oziroma, tabela 2). Slika 1 odkrivanje virus Epstein-Barr kodiran malih RNA (Ebers) z in-situ hibridizacija v želodcu karcinoma tkivih. A: H &E obarvanje. B: Intenzivno Eber pozitivno obarvanje (imuno-ocena 3+) v jedrih tumorskih celic (prvotna povečava x 40). C: Zmerno Eber pozitivno obarvanje (imuno-ocena 2+) v jedrih tumorskih celic (prvotna povečava x 40). D: Slab Eber pozitivno obarvanje (imuno-ocena 1+) v jedrih tumorskih celic (prvotna povečava x 40). E: Pozitivna kontrola z znanim Eber-pozitiven NPC tkiv zastopa (original povečava × 40). F: želodca karcinom tkiva negativne za Eber (prvotna povečava × 10)
Tabela 2 Korelacija med EBVaGC in klinično-patoloških parametrov
Klinične značilnosti
N
EBV izraz *


Negative (%)
Pozitivna (%)

Spol

Moški
48
42 (87,5)
6 (12,5)
Moški
33
27 (81,8)
6 (18,2)
p
-vrednost
0,47
dobe
< 45
17
17 (100)
0 (0)
45-60
30
21 (70)
9 (30)
> 60
34
31 (91,2)
3 (8,8)
p
-vrednost
0,009
TNM
I-II
9
9 (100)
0 (0)
III-IV
47
40 (87,1)
7 (14,9)
p
-vrednost
0.216
anatomsko mesto
antruma
48
41 (85,4)
7 (14,6)
Body
22
19 (86,4)
3 ( 13.6)
Cardia
8
6 (75)
2 (25)
p
-vrednost
0,72
Diferencirane
Poor
43
36 (83,7)
7 (16,3)
Zmerna
26
25 (96,2)
1 (3.8)
No
9
6 (66,7)
3 (33,3)
p
-vrednost
0,075
tip Lauren
Črevesne
47
38 (80,9)
9 (19.1)
razpršenih
34
31 (91,2)
3 (8,8)
p
-vrednost
0,197 velikost
Tumor
< 5 cm
9
8 (88,9)
1 (11.1)
> 5 cm
65
54 (83,1)
11 (16,9)
p
-vrednost
0,658
Venska invazija
Negatif
61
54 (88,5)
7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2)
5 (27,8)
p
-vrednost
0,09
* EBV izraz je bila določena z Eber in-situ hibridizacijo. Negativni primeri razstavljena rezultat = 0 in pozitivi primeri so pokazali rezultat = 1+ na 3+
Kvantitativna ocena EBV v GC
je Q-PCR izvedli na 18 želodčnega karcinoma osebkov.; med njimi 12 prikaže Eber pozitivnost omejena celic jedra in 6 so bili negativni.
virusna število DNA kopija je bila ocenjena z metodo absolutne kvantifikacije s pomočjo serijske razredčitve rekombinantne plazmidne DNA (pGEMT /BamHI-W), kot zunanji standard. Standardna krivulja je bila ustanovljena z izrisom izhodne plazmida število kopij proti cikla praga (CT), kar kaže na linearno količinsko v razponu od 10 6 do 10 kopij na reakcijo.
Značilni primeri so prikazani na sliki 2, kjer primerih GC10 in GC3 (Ct = 15 in 22 v tem zaporedju) imeti močno Eber jedrsko obarvanje ker GC8 (Ct = 30), kaže na šibko Eber izraz (slika 2). Podatki o Q-PCR je to v skladu z Eber in situ
hibridizacije rezultat. Dejansko 6 vzorci z intenzivno Eber barvanjem (rezultat 3+), je pokazala visoko EBV DNA število kopij ker primeri s šibko Eber izražanja (točkovni 1+) sovpadala majhno virusno kopijo DNK (tabela 3). Slika 2 Določitev EBV DNA kopirati številko Q-PCR. Reprezentativni primeri primerih GC z visoko (GC10), srednja (GC3) in nizko (GC8) EBV DNA kopije številka. Vodoravna črta označuje prag, ki se uporablja za oceno Ct vrednosti.
Tabela 3 EBV število DNA kopiranje in Eber obarvanje ocena v 12 EBV pozitivnih vzorcev in 6 negativnih primerov
GC Primeri
histološki
Tip
tumorje
Site
Ct *
(povprečje)

EBV DNA *
Kopije /mikrogramov
Eber obarvanje
rezultat
10
Črevesne
antruma
15
6,105
3+
3
črevesne
antruma
22
4.103
3+
12
črevesne
antruma
23
103
3+
9
razpršenih
antruma
22,8
103
3+
2
Črevesne
Body
25
5,102
3+
4
črevesne
antruma
26
102
3+
6
črevesne
Proksimalni
27
8,101
2+
7
difuzna
Body
28
5,101
2+
11
Črevesne
Proksimalni
28
5,101
2+
1
Črevesne
antruma
30
< 10
1+
5
črevesne
antruma
30
< 10
1+
8
difuzna
Body
30
< 10
1+
13
razpršenih
antruma
ND
ND
0
14
razpršenih
Body
ND
ND
0
15
razpršenih
antruma
ND
ND
0
16
razpršenih
antruma
ND
ND
0
17
Črevesne
antruma
ND
ND
0
18
Črevesne
Body
ND
ND
0
* število kopij EBV DNA je bila ocenjena s Q-PCR metodi absolutne kvantifikacije. Ct: prag cikla. ND: Non-Določeno
genotipizacijo sevov EBVaGC
Za nadaljnjo preiskavo EBVaGC v naših 12 tunizijskih vzorcev smo pregledali genetski profil sevov EBV, ki določa različne vrste in različice. Edinstvena profil v vseh preiskanih vzorcih je opaziti (slika 3). Zanjo je bila značilna tipov A /D, prototip F, ohranitev Xho
omejitev I mestu in 30 bp del-LMP1 varianta. Opažamo, da so bile vrste A in B oblikujeta dve različni sevi EBV najdemo v enem primeru EBVaGC osebkov (slika 3). Slika 3 genotipizacijo sevov EBVaGC. A: PCR -RFLP regije BamHI-F prikazuje f varianto (prisotnost dveh pasov 128 bp in 71 bp) za uravnavanje C666-1 celične linije (pasu 1) in en pas 199 bp za F varianto za primeri GC2 do GC6 (proga 2 do 6). B: PCR-RFLP z BamHI-W1 /I1 regiji. DNA fragmente smo z BamHI
daje dve pasove 139 in 67 bp (tip D) za GC2 za GC6 (pasu 2 do 6) ali enega pasu 245 bp (tip C) za nadzor C666-1 celične linije ( pas 1). C: EBNA3C regija. EBV sevi tipov A in B ustrezajo fragment DNA 153 in 246 bp oz. Case GC6 prikazuje dvojno okužbo z obema tipoma A in virusom B. B95.8 je vrsta virus, ki je bil uporabljen kot kontrolo (pasu 1). D: Xhol
polimorfizem v eksonu 1 gena BNLF1. PCR produkt je bil prebavi Xhol
, da dobimo dva pasov 343 bp in 154 bp v Xhol
+ variante za GC2 do GC6 (pasu 2 do 6). C666-1 celična linija je pozitiven za izgubo Xhol
variante (pas 1).
Analizo EBV DNA z delnim sekvenciranja smo izvedli tudi na tretjem ekson od BNLF1 gena, ki kodira aminokisline 328 do 376 LMP1 beljakovin. Da bi potrdili 30 bp izbris kodiranje aminokislin 343 do 352 LMP1 beljakovin, poravnava zaporedij pokazala sedem aminokislin sprememb v primerjavi z referenčno seva B95.8. Nenehno je bilo ugotovljeno na kodonih Q334R, L338S in S366A v vseh vzorcih EBVaGC. Preostali aminokisline zamenjave, vendar pa so bili še posebej na voljo v enem ali dveh EBVaGC osebkov: H358L in L359V (GC2), P360H (GC9-10) in G365R (GC6). Glede naše prejšnje podatke o tunizijskih osebkov NPC, smo našli podobne rezultate o treh stalnih amino kislin menjav. Poleg tega so sevi EBV oskrbovanju S366A zapušča zdi bolj povezano s tunizijskim osebkov, v primerjavi s tistimi definirano v Kitajske (slika 4). Slika 4 Primerjava zaporedij aminokislinskega iz Tunizije GC z B95.8 prototipa in že objavljenih LMP1 sekvenc: Cao: linija NPC celic iz Shangai [27]; C666-1 (GenBank pristop št ABV54173) NPC 10 iz Hong Konga [28] in tunizijskih osebkov NPC: CV4, CV5, CV6 [29]. Simboli (---) kažejo izbris amino kisline.
Pri zdravih EBV prevoznikov, analiza polimorfizma pokazala tudi vrste A in D, prototip F in XhoI + varianto, kot podobne opredeliti v EBVaGC osebkov (podatki niso prikazani).
Razprava
V tej študiji so raziskovali 81 primerov GC od bolnikov v južni regiji Tunizije za prisotnost EBV in razširjenosti EBVaGC je bila 14,8% (12 od 81). To je dobro znano, da je razširjenost EBVaGC močno razlikuje od ene geografske regije v drugo in najvišja frekvenca je bila ugotovljena v Nemčiji (18%), medtem ko je bila najnižja eden (3,9%) zaznali v Peruju [13-20, 31].
Eber in situ
hibridizacija je bila najbolj zanesljiva metoda poročajo v literaturi za odkrivanje latentne EBV v GC. Dejansko smo izvedli vse zgoraj omenjene študije so po tej metodi, vključno raziskavi. Spremenljivi delež tumorskih celic jedrskih ki izražajo Eber, ki kaže v naši raziskavi je bilo razbrati tudi Truong et al., Ki je nakazoval, da je povezan z okužbo z EBV pojavlja v onkogenih procesu EBVaGC [32]. Vendar pa je treba nadaljnje preiskave izvede, da pojasni to ugotovitev.
Poleg tega smo pokazali, da se raznovrstni podatki Eber izražanja korelaciji s številom kopij EBV DNA, kot ga ocenjujejo Q-PCR podporo, da je ta metoda zanesljiva kot že poročali [33].
v zvezi s klinično-patološke značilnosti EBVaGC smo opazili močno povezavo s starostjo ob postavitvi diagnoze (P
= 0,009, tabela 3). V resnici je bil EBVaGC pogosteje najdemo v skupini bolnikov, starih med 45 in 60 let, kar je v skladu s prejšnjimi raziskavami [19, 34]. Nobena druga statistična združenje je bilo ugotovljeno, razen tendenco z diferenciacijo tumorja ter vensko invazije (P
= 0,075 in P
= 0,09 oz). Prejšnja poročila so pokazala, da so bili EBVaGC pogosta pri moških, proksimalnem želodcu in tumorji razpršenega tipa [9, 14, 16, 35-39 let]. Nedavno je v veliki meta-analize, Carmago et al., Potrjuje te asociacije poleg starost ob diagnozi [38]. V naši raziskavi nismo ugotovili razlike v distribuciji EBV pri moških v primerjavi z bolnicah, v proksimalnem vs distalnem želodcu in v razpršenih vs črevesne histotype. Te razlike med podatki je mogoče pojasniti s prispevki lokalnih dejavnikov tveganja v patogenezi EBV in tudi po velikosti in charasteristics kohorte.
Analiza polimorfizma primerov EBVaGC 12 kažejo izključno tipa D, prototip F, Xho
I-hrambe in 30 bp del-LMP1 varianta. V zvezi z polimorfizem gena EBNA-3C, smo ugotovili, da je vrste, v vseh primerih EBVaGC in kombinacijo tipov A in B, je bilo samo v enem primeru. Te ugotovitve so v dogovoru z nedavno študijo opravlja na štiri EBVaGC primerih iz osrednje regije Tunizije [34].
Prevlado tipa A in prototipa F se je pokazalo tudi v prejšnjih poročilih neodvisno geografskega porekla EBVaGC kot v južni China [35], južna Japonska [40], in latinskoameriških držav [41]. Zanimivo je, da je varianta-f posebej opisano v NPC povezana sevov EBV južne Azije [42]. Na tem področju so opazili prevlado tipa C in izgub-Xhol
variante pri bolnikih z EBVaGC ali NPC [35, 40], za razliko od naše sedanje ugotovitve in preteklih podatkov o tunizijskih bolnikov NPC [29, 43].
da bi bolje določiti genotip sevov EBVaGC in jih primerjati s tistimi, ki so povezana z NPC, smo izvedli delno zaporedje ekson 3 gena BNLF1 in jih v primerjavi s prototipom B95-8 in drugi objavljeni sekvenc iz Azije in tunizijski sevi NPC EBV [29, 43]. Q334R so L338S in L338P najdemo v vseh naših EBV izolira in so že poročali v EBV sevov, povezanih s NPC s poreklom iz Kitajske ali Tunizije [29, 44]. Vendar pa je S366A je specifična za EBV izolatov povezana s tunizijsko NPC in GC .. Res, in na podlagi prejšnjega poročila Edwards et al. [44] opisuje sedem filogenetsko različne seve LMP1, lahko predlagamo, da tunizijski izolati predstavljajo dodatno skupino s specifičnim podpisom (T366A), vendar ta hipoteza potrebuje potrditev sekvenciranje celotnega BNLF1 gena v teh izolatov. Po tem datumu, vam predlagamo, da polimorfizem v genu BNLF1 predstavlja dodaten argument v skladu z drugim EBV polimorfizmov na (tip D, prototip F in XhoI +), ki podpirajo različnost sevov EBV med geografskih regijah.
Na drugi strani pa smo opisali že
imajo drugi del, LMP1 variante (69 bp in 81 bp segajo kodonov 334-353 in 345-371, v tem zaporedju) v tunizijskih bolnikov NPC [29, 43]. Te variante ni bilo mogoče najti in je bila ugotovljena le 30 bp del, LMP1 varianta v vseh primerih EBVaGC kot Chen et al že poročali., V veliki študiji na bolnikih kitajske GC [35].
Naš polimorfizma analizo EBV izolatov pri zdravih nosilcev pokazala enak genotip za tiste EBVaGC in NPC kaže, da so skupni sevi geografsko porazdeljene, vendar niso povezane z določeno malignosti. Pravzaprav bi lahko razvoj EBV povezanih malignih bolezni povezati s spremembo potencialne imunskega priznanje v različnih populacijah in posameznikov, kot jih Edwards et al predlagal, [44].
Zaključek
razširjenost EBVaGC pri bolnikih z južno Tunizija je 14,8%, kar je v območju z sporočenih podatkov. EBVaGC je pretežno nahaja v skupini bolnikov, starih od 45 do 60 let in tisti stopnji EBV DNA odražajo stanje Eber na raka želodca.
Poleg tega EBV sevi, povezane s tunizijskim bolnikih s PK ali NPK deliti nekaj podobnosti, ki kažejo, da je verjetno so isti sev EBV povezana z obema tumorjev. Skupaj naše ugotovitve podpirajo različno geografsko porazdelitev sevov EBV, ne pa tudi svoje omejitve, da pridruženi malignosti.
Izjave
Zahvala
tem delu je podprt s subvencijo tunizijskega ministrstva za visoko šolstvo in znanost . Radi bi se zahvalili gospodu M Jaoua za zaporedja objektov.
Avtorjev originalnih predloženi datoteke za slike
Spodaj so povezave do avtorjev prvotna predloženih spisov za slike. Prvotno datoteko za sliko 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff avtorjev 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff avtorjev izvirno datoteko številka 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff avtorjev prvotne datoteke za sliko 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff avtorjev izvirna datoteka za sliki 4 Konkurenčni interesi
Avtorji izjavljajo, da nimajo konkurenčnih interesov.

• Povečanje-integrin povezana kinaze ni kanonično daje NF-κB-povzročeni prednosti rasti v želodcu rakavih celic z aktiviranjem ERK1 /2
• Epstein-Barr virusa okuženih želodčni adenokarcinom izraža latentne in litičen virusne transkriptov in ima posebno humani genski ekspresijski profil