Характеристики вируса Эпштейна-Барра варианты, связанные с раком желудка в Южной Тунисе

Характеристики вируса Эпштейна-Барра варианты, связанные с желудочной карциномы в южной части Туниса
Аннотация
Backgroud
EBV-ассоциированный Желудочный карцинома (EBVaGC) имеет ярко выраженный клинические особенности и его распространенность варьирует по всему миру.
Результаты <бр> Для того, чтобы определить распространенность EBVaGC в Тунисе, EBV-закодирован выражение (EBER) малых РНК оценивали в 81 карциномы желудка (GC) образцов. Выражение ядерного EBER был обнаружен в 12 из 81 случаев GC (14,81%) и согласованности между оценкой диапазона Еверовых окрашивания и количество копий ДНК EBV в качестве оценки КПЦР наблюдается. С другой стороны, мы обнаружили, что EBVaGC сильно коррелирует с возрастом на момент постановки диагноза, и слабо с дифференцировки опухоли и венозной инвазии.
Кроме того, образцы были подвергнуты EBVaGC для определения полиморфизмов ДНК EBV. Наши результаты показывают, уникальный генетический профиль штаммов EBV в отношении типов А и D, диафрагменное прототип, сохранение Xho
сайта рестрикции я и 30 пар оснований вариант дель-LMP1. По нашим предыдущих исследований рака носоглотки (ВСНП), мы предположили, что EBV штаммы, связанные с GC и NPC разделяют некоторые общие черты в тунисских пациентов.
Заключение
Распространенность EBVaGC имеет 14,81% в южном Тунисе и что общий штамм EBV связаны как с NPC и GC, которые, вероятно, отличаются от азиатских штаммов. Наши данные подтверждают, поэтому определенное географическое распределение штаммов EBV, которая не ограничивается EBV-ассоциированных злокачественных опухолей.
Ключевые слова
Желудочный рак EBV EBER полиморфизмов Фон
карциномы желудка (GC) является второй ведущей причиной смерти от рака во всем мире [1]. Частота GC варьируется от одного географического региона в другой, предполагая, что генетические и экологические факторы, в том числе хеликобактерной
инфекции считаются вклад в желудочном канцерогенезе [2, 3]. На юге Туниса, ежегодная заболеваемость GC варьируется от 2,6 до 4,8 /100 000 человек [4]. В течение нескольких последних лет, многие доклады исследовали связь между вирусом Эпштейна-Барра (EBV) инфекции и GC [5-9]. EBV-ассоциированных GC (EBVaGC) была свидетельствует наличие равномерного экспрессии EBV-закодирован малых РНК (Эбер) в GC клетках [10], обнаружение моноклональных EBV эписом в GC клетки [11] и увеличение сыворотки антитела против вирусного капсида антигена [12]. Заболеваемость EBVaGC колеблется в широких пределах от 2 до 18%, как сообщалось в предыдущих исследованиях [13-20]. Кроме того, клинические признаки EBVaGC включают преобладание мужчин, относительно молодой возраст и место в проксимальной части желудка [9, 21]. EBVaGC показывает более низкую частоту поражения лимфатических узлов и имеет относительно благоприятный прогноз по сравнению с EBV-отрицательным [22].
В EBVaGC, инфекция опухолевых клеток характеризуется типом I схеме задержки, в котором экспрессия вирусных генов латентных ограничивается Эпштейна-Барр ядерного антигена (EBNA) -1, EBER, латентный мембранный белок LMP-2A и транскрипты от Bam HI
кадр вправо (BARF) -0 и -1 [11, 23]. Поскольку EBV продуктов типа I скрытая инфекция была продемонстрирована принимать участие в EBV-опосредованной tumorogenesis, было высказано предположение о том, что онкогенными процесс в EBVaGC может быть обусловлен различными механизмами от обычных GC. Впоследствии EBVaGC злокачественности можно было бы рассматривать в качестве другого субъекта среди GC, которая требует большего внимания к улучшению ухода за пациентами.
Настоящее исследование было проведено с целью определить распространенность EBVaGC на юге Туниса, а затем проанализировать конкретные полиморфизмы EBV в опухоль изолирует.
материалы и методы
характеристики Пациента
в общей сложности 81 первичных карцином желудка были собраны, в период с января 1999 по декабрь 2009 года от пациентов, которые подверглись радикальной хирургической резекции в отделении хирургии пищеварительных Хабиб Бургиба Университетская больница (Сфакс, Тунис). Все пациенты дали информированное согласие до сбора образцов в соответствии с ведомственным руководящим принципам. Ни один из пациентов не имели дооперационная или послеоперационную химиотерапию. Клинико-патологические параметры, такие как пол, возраст, анатомическая, гистологического типа, патологической стадии, размера опухоли и венозной инвазии оценивали путем анализа медицинских карт и патологических записей. Во время операции, возраст больных колебался от 18 до 94 лет (средний возраст: 59,58 лет). Анатомическое участок опухоли определяли в соответствии с преимущественной локализации поражения как кардии (п = 8), тело (п = 22), и антрального отдела (п = 48). Гистологические подтипы были классифицированы в соответствии с критериями Lauren [24] в качестве кишечного типа (п = 47) и диффузного типа (п = 34), но и Всемирной организации здравоохранения, слабо дифференцированы (п = 43), умеренно дифференцированные (п = 26) и хорошо дифференцированной (п = 9). Клиническая стадия заболевания была определена в соответствии с опухолью, узлом и классификации метастаз (TNM) американского Объединенного комитета по вопросам рака [25]. Наша когорта содержит 9 пациентов на стадии I или II и 47 пациентов на стадии III или IV.
In-situ гибридизация
EBV идентифицировали по экспрессии EBV-закодирован малых РНК (Эбер). Вкратце, Ситу
гибридизации в (ISH) анализ проводили на парафиновых блоков секций 3 мкм с EBV олигонуклеотидных зондов, комплементарных к EBER-1 и -2 в соответствии с инструкциями изготовителя (PNA комплект обнаружения ISH, Dako Cytomation). Эти сигналы гибридизации визуализировали с диаминобензидино (DAB) и положительного ядерного сигнала был признан темно-коричневого окрашивания ядерного под световым микроскопом. В качестве положительного контроля использовали раздел из известного Еверовых-положительным НЭК ткани. Окрашивание был забит от 1 до 3 в зависимости от процентного содержания окрашенных ядер клеток в срезах ткани. Счет 3 был приписан, когда наблюдался положительный сигнал в более чем 75%, счет 2 в 75 до 50% и 1 балла менее чем в 50% клеток. Экстракции ДНК

ДНК экстрагировали из фиксированных формалином, парафин срезах тканей. После идентификации опухоли на гематоксилин-эозином окрашенных слайдах, опухолевые участки были Царапины от толстых парафиновых срезов толщиной 40 мкм. Собранные материалы были сняты с вощеной путем промывки в ксилоле и промывают в этаноле. Высушенные ткани расщепляли с помощью протеиназы К в присутствии SDS при 55 ° С в течение ночи, с последующей экстракцией фенолом /хлороформом, как описано ранее [26]. Количество ДНК контролировали спектрофотометрически и хранили при -20 ° C для дальнейшего использования.
ПЦР ПДРФ и секвенирование
пяти регионов генома EBV были предназначены для анализа полиморфизма с помощью ПЦР, RFLP или секвенирования. Исследованные полиморфизмы включают тип А или В в гене EBNA-3C, С или типа D в /I1 области BamHI-W1, прототип F или е вариант в BamHI-F области, потеря в Xho <бр> I сайт в первом экзоне BNLF1gene (Xho
варианта I-потерь) и удаление 30 б.п. в третьем экзоне того же гена (30 п.н.-дель-LMP1 вариант). Генотипирование проводили на ДНК больных GC EBV-позитивных и в качестве контроля, проанализировать 10 образцов ДНК из носоглотки слизистой оболочки положительной для EBV.
ПЦР-амплификации проводили на 200 нг ДНК в конечной реакционной смеси 50 мкл, содержащей 0,2 мкМ каждый праймер, 200 мкМ дНТФ, 2 мМ MgCl2, 1X ПЦР-буфера и 1 единица Taq-ДНК-полимеразы (Fermentas). Последовательности праймеров и размер ПЦР-продуктов приведены в таблице 1.Table 1 Резюме последовательностей праймеров, охватывающих типы EBV и варианты
EBV генов и регионов
(типы или варианты )

последовательности праймеров (5'-3 ')

размер продукта (п.н.)

EBNA-3C гена
(тип А или В)
F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT
R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
ПЦР-продукты
153: тип А
246: Тип B
BamH1-W область
(тип C или D)
F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
ПЦР + Bam HI
переваривание
205: тип C
130 + 75: тип D
BamH1-F область
(F вариант)
F: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
ПЦР + Bam HI
переваривание
198: F вариант
127 + 71: F вариант
экзоне 1 гена BNLF1
(XhoI вариант) <бр> F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
ПЦР + Xho
Я пищеварение
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
I +
Экзон 3 BNLF1 ген
(30bpdel-LMP1)
F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
продуктов ПЦР
224: 30bpdel-LMP1
254: вес-LMP1
F: Прямой праймер
R: обратный праймер
с /D и F /F типизация основана на BamHI
переваривания каждого продукта ПЦР. Ферментативные реакции проводили в конечном объеме 20 мкл, содержащих 10 мкл ПЦР-продукта, 1X сбраживания буфера и 10 единиц BamHI
фермента (Fermentas). После инкубации в течение ночи при 37 ° С, продукты анализировали на 2% агарозном геле и визуализировали путем окрашивания бромистым этидием, в УФ-освещении. Те же условия, описанные выше, были оценены для идентификации XhoI
сайта в первом экзоне BNLF1gene. ДНК из B95.8 (GenBank, No.V01555) и клеточной линии C666-1 (GenBank, No. ABV54173) использовали в качестве контроля для типов EBV и вариантов. Клеточная линия C666-1 происходит от китайского NPC, который таит в себе типы A /C, F вариант, Xho
Вариант I-лосс и 30 пар оснований вариантные дель-LMP1.
Секвенирование ДНК проводили на очищенных ПЦР-продуктов третий экзон гена BNLF1 с использованием набора для очистки СВ гель (Promega). Цикл Секвенирование проводили с использованием набора для циклического секвенирования ABI PRISM Big Dye Terminator (Applied Biosystems) в соответствии с инструкциями изготовителя. Все последовательности были выполнены двунаправленным. Результаты секвенирования были сопоставлены с EBV последовательностей B95.8 (GenBank, No.V01555), китайские NPC (клетки Цао [27], C666-1 клеток (GenBank, No. ABV54173) и NPC10 биопсии [28] и тунисских NPC образцы (CV4, CV5 и CV6 [29]).
в реальном масштабе времени количественный ПЦР
Q-ПЦР-анализ ориентированных на BamHI-W область генома EBV проводили на 12 EBV-положительных образцов, отображающих ядерное окрашивание и 6 EBV отрицательные образцы. Реакции проводили на ™ система реального времени прибора Icycler Iq ПЦР (BioRad), с использованием праймеров, фланкирующих BamHI-W область EBV генома и TaqMan зондом, как описано ранее [30]. аликвоты 1 мкг ДНК использовали для амплификации в общем объеме реакционной смеси 25 мкл, содержащей 300 нМ каждого праймера, 25 нМ TaqMan зонда, 1X буфер для ПЦР, 2 мМ MgCl 2, 200 мкМ каждого дНТФ и 1 единицу GoTaq Hot Start-полимеразой (Promega). Стандартную кривую получают с использованием серийных 10-кратных разведений рекомбинантной плазмиды pGEMT /BamHI-W. Образцы были проведены в двух экземплярах и результаты усредняются для расчета EBV вирусной нагрузки, выраженной в копий на реакцию.
Статистический анализ
Статистический анализ был проведен с SPSS 13,0 статистического программного обеспечения для Windows (SPSS Inc., Чикаго, Иллинойс, США ). P-значение менее 0,05 считали статистически значимыми.
Результаты
Распространенность EBVaGC и ассоциации с клинико-патологическими характеристиками
Восемьдесят один образцы GC были протестированы на EBV позитивности с использованием Эбер в месте <бр> гибридизация. Частота EBVaGC составил 14,8% (12 из 81), в котором положительный сигнал EBER был ограничен ядер клеток карциномы (Рисунок 1). Образцы EBVaGC имеют переменный процент окрашенных клеток опухоли, показывая более чем на 75% в шести случаях (3 балла), от 50 до 75% в трех случаях и менее чем на 50% в трех остальных случаях. Случаи EBVaGC были связаны с возрастом на момент постановки диагноза (P
= 0,009, таблица 2). Действительно, 9 из 12 пациентов с EBVaGC были в возрасте от 45 до 60 лет. Кроме того, наблюдалась тенденция к ассоциации с дифференцировки опухоли и венозной инвазии, как не была достигнута статически значимая величина (P
= 0,07 и р = 0,09 соответственно
, таблица 2). Рисунок 1 Обнаружение вирус Эпштейна-Барр кодируются малых РНК (Эберс) путем гибридизации на месте в желудочных тканях карциномы. A: H &Amp; E окрашивание. Б: Интенсивное EBER положительное окрашивание (иммуно-счет 3+) в ядрах опухолевых клеток (исходное увеличение × 40). С: Умеренная EBER положительное окрашивание (иммуно-счет 2+) в ядрах опухолевых клеток (исходное увеличение × 40). D: Слабая EBER положительное окрашивание (иммуно-счет 1+) в ядрах опухолевых клеток (исходное увеличение × 40). E: Положительный контроль представлен с помощью известного Эбер-позитивных тканей NPC (исходное увеличение × 40). F: желудочные ткани карциномы отрицательные для EBER (исходное увеличение × 10)
Таблица 2 Соотношение между EBVaGC и клинико-патологических параметров
Клинические характеристики
N

выражение EBV *

<й>
<й>
отрицательный (%)

<й> Положительный (%)

Гендер

Мужчина
48
42 (87,5)
6 (12,5)
Женский
33
27 (81,8)
6 (18,2)
р
-value
0,47
Возраст

&л; 45
17
17 (100)
0 (0)
45-60
30
21 (70)
9 (30)
> 60
34
31 (91,2)
3 (8,8)
р
-value
0,009
TNM

I-II
9
9 (100)
0 (0)
III-IV
47
40 (87,1)
7 (14,9)
р
-value
0,216
Анатомический сайт

Антрум
48
41 (85,4)
7 (14,6)
Body
22
19 (86,4)
3 ( 13.6)
Cardia
8
6 (75)
2 (25)
р
-value
0,72
Дифференциация

бедных <бр> 43
36 (83,7)
7 (16,3)
Умеренный
26
25 (96,2)
1 (3.8)
Ну
9
6 (66,7)
3 (33,3)
р
-value
0,075
тип Lauren

Кишечные
47
38 (80,9)
9 (19,1)
Диффузный
34
31 (91,2)
3 (8,8)
р
-value
0,197 размер
Опухоль

&л; 5 см
9
8 (88,9)
1 (11.1)
≫ 5 см
65
54 (83,1) 11
(16,9)
р
-value
0,658
венозная инвазия

Negatif
61
54 (88,5)
7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2)
5 (27,8)
р
-value
0,09 <бр> * выражение EBV определяли с помощью Эбер гибридизации на месте. Отрицательные случаи выставлены оценкой = 0 и позитивы случаев показал балл = 1+ до 3+
Количественная оценка EBV в GC
Q-ПЦР-анализ проводили на 18 образцах карциномы желудка. среди них 12 отображается EBER положительность ограничена клетками ядер и 6 были отрицательными.
Вирусный число копий ДНК оценивали по абсолютным методом количественной оценки с использованием последовательного разведения рекомбинантной ДНК плазмиды (pGEMT /BamHI-W), в качестве внешнего стандарта. Стандартная кривая была создана путем построения исходных копий плазмиды числа против порогового цикла (Ct), показывающий линейный квантификации в диапазоне от 10 6 до 10 копий на реакцию.
Представительные примеры показаны на рисунке 2 в случае выявления GC10 и GC3 (Ct = 15 и 22 соответственно) отображают сильное Eber ядерное окрашивание, тогда как GC8 (Ct = 30) демонстрирует слабую экспрессию Эбер (рисунок 2). Данные Q-ПЦР в соответствии с EBER in-situ
результате гибридизации. Действительно, 6 образцов с интенсивным Еверовых окрашивания (оценка 3 +), показали высокую ДНК EBV число копий в то время как случаи со слабым выражением Еверовых (оценка 1+) соответствует низкой копии вирусной ДНК (таблица 3). Рисунок 2. Определение ДНК EBV число копий с помощью Q-PCR. Характерные примеры случаев GC с высоким (GC10), промежуточные (GC3) и низкой (GC8) EBV ДНК количество копий. Горизонтальная линия обозначает порог, используемый для оценки стоимости Ct.
Таблица 3 EBV число копий ДНК и EBER счет окрашивания в 12 EBV положительных образцов и 6 негативных случаев
<СОР> GC случаи

Гистологическое
Тип

опухоль
сайта

Ct *
(средний)
<бр> EBV ДНК *
Копии /мкг

EBER окрашивание
счет

10
Кишечные
Антрум
15
6,105
3+ страница 3 кишечными
Антрум
22
4,103
3+
12
кишечными
Антрум
23
103
3+
9
Диффузный
Антрум
22,8
103
3+ страница 2 Кишечные
Body
25
5,102
3+ 4
кишечными
Антрум
26
102
3+
6
кишечными
Проксимальный
27
8,101
2+
7
Диффузный
Body
28
5,101
2+
11
Кишечные
Проксимальный
28
5,101
2+
1
Кишечные
Антрум
30
&л; 10
1+ страница 5 кишечными
Антрум
30
&л; 10
1+
8
Диффузный
Body
30
&л; 10
1+
13
Диффузный
Антрум
ND ND

0
14
Диффузный
Body
ND ND

0
15
диффузного
Антрум
ND ND

0
16
Диффузный
Антрум
ND
ND <бр> 0
17
Кишечные
Антрум
ND ND

0
18
Кишечные
Body
ND ND

0
* EBV ДНК количество копий оценивали с помощью Q-ПЦР с использованием абсолютного метода количественного определения. Ct: пороговый цикл. ND: недетерминированных
генотипирование штаммов EBVaGC
Для дальнейшего исследования EBVaGC в наших 12 тунисских образцов, мы изучили генетический профиль штаммов EBV определять различные типы и варианты. Уникальный профиль во всех исследованных образцах наблюдается (рисунок 3). Он характеризовался типов A /D, прототип F, сохранение Xho
сайта рестрикции I и 30 пар оснований вариант дель-LMP1. Отметим, что типы А и В, формирующие два различных штамма EBV были найдены в одном случае образцов EBVaGC (рисунок 3). Рисунок 3 генотипирование штаммов EBVaGC. A: PCR -RFLP из BamHI-F области, показывающий вариант F (наличие двух полос 128 пар оснований и 71 пар оснований) для контрольной клеточной линии C666-1 (дорожка 1) и одной полосы 199 пар оснований для варианта F для случаи GC2 к GC6 (полоса 2 до 6). B: ПЦР-ПДРФ из /I1 области BamHI-W1. Фрагменты ДНК расщепляли с помощью BamHI
давая две полосы 139 и 67 пар оснований (тип D) для GC2 до GC6 (дорожка 2 до 6) или одной полосы 245 пар оснований (тип C) для управления C666-1 клеточной линии ( дорожка 1). C: EBNA3C область. EBV штаммов типа А и В соответствуют фрагмента ДНК 153 и 246 б.п. соответственно. Случай GC6 показывает двойной инфекции с обоими типами A и B вирусов. B95.8 является типом вируса, который был использован в качестве контроля (дорожка 1). D: XhoI
полиморфизм в экзоне 1 гена BNLF1. ПЦР-продукт расщепляли XhoI
с получением двух полос 343 б.п. и 154 б.п. в XhoI
+ вариант для GC2 к GC6 (полоса 2 до 6). клеточная линия C666-1 является положительным безубыточного XhoI
варианта (дорожка 1).
Анализ ДНК EBV также была проведена путем частичного секвенирования на третьем экзоне BNLF1 гена, кодирующей аминокислоты 328 до 376 LMP1 белок. Для того чтобы подтвердить 30 пар оснований, кодирующий удаление аминокислот 343 до 352 белка LMP1, выравнивание последовательностей показал семь аминокислот изменений по сравнению с эталонным штаммом B95.8. Он был постоянно найдены на кодонов Q334R, L338S и S366A во всех образцах EBVaGC. Остальные аминокислоты замен, однако, были особенно найдены в одном или двух образцах EBVaGC: H358L и L359V (GC2), P360H (GC9-10) и G365R (GC6). Что касается наших предыдущих данных о тунисских образцов NPC, мы обнаружили аналогичные результаты о трех постоянных аминокислот замен. Кроме того, EBV Штаммы, содержащие замещение S366A появляются в большей степени связаны с тунисским образцов по сравнению с тем, которые определены в Китае (рис 4). Рисунок 4. Сравнение аминокислотных последовательностей из тунисского GC с B95.8 прототипа и ранее опубликованных последовательностей LMP1: Цао: клеточная линия NPC от Shangai [27]; C666-1 (GenBank, No. ABV54173) NPC 10 из Гонконга [28] и тунисских образцов NPC: CV4, CV5, CV6 [29]. Символы (---) указывают на удаление аминокислоты.
У здоровых носителей EBV, анализ полиморфизма показал также типов А и D, прототип F и XhoI + вариант, аналогично идентификации в образцах EBVaGC (данные не показаны).
Обсуждение
В настоящем исследовании, 81 случаев GC от пациентов южного региона Туниса были исследованы на наличие EBV и распространенности EBVaGC составил 14,8% (12 из 81). Хорошо известно, что распространенность EBVaGC колеблется в широких пределах от одного географического региона к другому, и самая высокая частота была отмечена в Германии (18%), а самая низкая (3,9%) был обнаружен в Перу [13-20, 31].
The EBER Ситу
гибридизации в самый надежный метод в литературе, чтобы обнаружить скрытую EBV в GC. На самом деле, все упомянутые выше исследования были проведены следуя этому методу, в том числе нашего исследования. Переменные пропорции опухолевых клеток ядерных, которые выражают Eber показывают в нашем исследовании также были выведены Truong и др., Которые предлагают быть связано с EBV инфекции происходит в онкогенного процессе EBVaGC [32]. Тем не менее, дальнейшие исследования должны быть проведены, чтобы уточнить это наблюдение.
Кроме того, мы показали, что гетерогенные данные выражения Eber может быть связано с количеством копий ДНК EBV по оценкам Q-PCR поддержки, что этот метод является надежным, как сообщалось ранее [33].
Что касается Клинико-патологических особенностей EBVaGC, наблюдалась сильная ассоциация с возрастом на момент постановки диагноза (P
= 0,009, таблица 3). На самом деле, было EBVaGC чаще всего встречается в группе пациентов в возрасте от 45 до 60 лет, которая в соответствии с предыдущими исследованиями [19, 34]. Ни одна другая статистическая связь не была найдена, за исключением тенденции с дифференцировки опухоли и венозной инвазии (P
= 0,075 и P
= 0,09 соответственно). Предыдущие отчеты показали, что EBVaGC были частыми у самцов, проксимального отдела желудка и опухолей диффузного типа [9, 14, 16, 35-39]. В последнее время в большой мета-анализа, Carmago и др., Подтверждает эти ассоциации в дополнение к возрасту на момент постановки диагноза [38]. В нашем исследовании мы не нашли разницы в распределении EBV у самца по сравнению с пациентками, в проксимальных против дистального желудка и в диффузной против кишечной histotype. Эти различия между данными могут быть объяснены вкладом местных факторов риска в патогенезе EBV, а также по размеру и charasteristics когорты.
Полиморфизм анализ 12 случаев EBVaGC показывают исключительно тип D, прототип F, Xho
I-удержание и 30 пар оснований вариант дель-LMP1. Что касается полиморфизм гена EBNA-3C, мы нашли тип А во всех случаях EBVaGC и комбинации типов A и B был обнаружен только в одном случае. Эти результаты согласуются с недавнего исследования, проведенного на четырех EBVaGC случаях из центральной части Туниса [34].
Преобладание типа А и опытного образца F также было показано в предыдущих докладах, независимо от географического происхождения EBVaGC, как на юге Китай [35], южная Япония [40], а также страны Латинской Америки [41]. Интересно отметить, что вариант-е был особенно описан в NPC, связанные EBV штаммов Южной Азии [42]. В этой области наблюдается преобладание типа C и потери-XhoI
варианта у пациентов с EBVaGC или NPC [35, 40], в отличие от нашего настоящего нахождения и предыдущие данные о тунисских больных NPC [29, 43].
для более точного определения генотипа штаммов EBVaGC и сравнить их с теми, связаны с NPC, мы провели частичное секвенирование экзона 3 гена BNLF1 и сравнили их с прототипом В95-8 и другие опубликовали последовательности из Азии и Тунисские штаммы NPC EBV [29, 43]. Q334R, L338S и L338P были обнаружены во всех наших EBV изолирует и уже сообщалось в EBV штаммов, связанных с NPC, происходящих из Китая или Туниса [29, 44]. Тем не менее, S366A является специфическим для EBV изоляты, связанные с тунисской NPC и GC .. На самом деле, и на основе предыдущего доклада Эдвардс и др. , [44], описывающая семь филогенетически различных штаммов LMP1, мы можем предположить, что тунисские изоляты представляют дополнительную группу с конкретной подписи (T366A), но эта гипотеза требует подтверждения путем секвенирования всего гена BNLF1 в этих изолятов. В соответствии с этой датой, мы предполагаем, что полиморфизм в гене BNLF1 представляют собой дополнительный аргумент в соответствии с полиморфизмом других EBV (тип D, прототип F и XhoI +), поддерживающих несходство штаммов EBV между двумя географическими регионами.
На С другой стороны, мы описали ранее
другим дель-LMP1 варианты (69 б.п. и 81 б.п. удаление охватывающих кодоны 334-353 и 345-371 соответственно) в тунисских больных NPC [29, 43]. Эти варианты не были найдены, и только 30 пар оснований вариант дель-LMP1 был выявлен во всех случаях EBVaGC как уже сообщалось Чен и др., В большом исследовании, проведенном на китайских GC пациентов [35].
Наш анализ полиморфизма EBV изолирует у здоровых носителей показали идентичный генотип тем из EBVaGC и NPC предполагая, что общие штаммы географически распределены, но не связаны с определенным злокачественности. На самом деле, развитие EBV ассоциированных злокачественных опухолей может быть связано с изменением потенциальной иммунного распознавания в различных популяциях и отдельных лиц, как это было предложено Edwards и др [44].
Заключение
Распространенность EBVaGC у пациентов с юга Тунис составляет 14,8%, что находится в пределах досягаемости, с представленными данными. EBVaGC был преимущественно в группе больных в возрасте от 45 до 60 лет, и что уровень EBV ДНК отражают состояние Эбер в раке желудка.
Кроме того, EBV штаммы, связанные с тунисским пациентов с GC или NPC имеют некоторые общие черты, предполагающих, что вероятно, тот же штамм EBV связаны с обеих опухолей. В целом, наши данные подтверждают различное географическое распределение штаммов EBV, но не их ограничение на связанный злокачественности.
Заявления
Благодарности
Эта работа была поддержана грантом Министерства тунисской высшего образования и научных исследований , Мы хотели бы поблагодарить г-M Jaoua для секвенирования объектов.
Авторов оригинальные представленные файлы для изображений изображения Ниже приведены ссылки на авторов оригинала, представленных файлов для изображений. "Исходный файл на рисунке 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff Авторского 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff АВТОРЫ оригинальный файл на рисунке 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff Авторского исходного файла для фигурного 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff авторов исходного файла для фигурного 4 Конкурирующие интересы
Авторы заявляют, что они нет конкурирующих интересов.

• Увеличение интегрина-сшитый киназы неканонически дает NF-kB-опосредованной преимущества роста к желудочному р…
• Вирус Эпштейна-Барр инфицированных аденокарциномы желудка выражает скрытые и литические вирусных транскрип…