Jellemzői Epstein-Barr vírus variánsok kapcsolódó gyomorrák Dél Tunisia

Jellemzői Epstein-Barr vírus variánsok kapcsolódó gyomorrák Dél Tunézia katalógusa Abstract katalógusa hátteréül katalógusa EBV-asszociált gyomorrák (EBVaGC) van egy külön klinikai jellemzői és annak előfordulási gyakorisága változó világszerte. katalógusa Eredmények
elterjedtségének megállapítása EBVaGC Tunéziában, EBV-kódolt kis RNS (EBER) kifejezés értékelték 81 gyomorrák (GC) példányok. A nukleáris EBER expressziót mutattak 12 81-ből GC esetben (14,81%) és az eredmény közötti összhang körét EBER festéssel és számát EBV DNS-másolatot a becslést QPCR figyelhető meg. Másrészt, azt találtuk, hogy EBVaGC erősen korrelál az életkorral a diagnózis, és gyengén a tumor differenciálódásának és vénás invázió.
Továbbá a EBVaGC mintákat vetettük alá, hogy meghatározzák az EBV-DNS-polimorfizmusok. Eredményeink azt mutatják, egyedülálló genetikai profilja az EBV törzsek tekintetében az A és D típusú, az F prototípus, a megtartása Xhol katalógusa I restrikciós helyet és a 30 bp-del-LMP1 variáns. Az eddigi vizsgálatok nasopharyngeal carcinoma (NPC), azt javasolta, hogy az EBV törzsek kapcsolódó GC és NPC megosztott némi hasonlóság tunéziai betegeknél. Katalógusa Következtetés
prevalenciája EBVaGC úgy 14,81%, a déli Tunézia és azon közös EBV törzs egyaránt jár NPC és GC amelyek valószínűleg eltérnek ázsiai törzsek. Az eredmények alátámasztják, ezért egy bizonyos földrajzi eloszlása ​​EBV törzsek, amely nem korlátozódik EBV-asszociált daganatok. Katalógusa Kulcsszavak katalógusa gyomorrák EBV EBER polimorfizmus Háttér katalógusa gyomorrák (GC) a második vezető daganatos halálok világszerte [1]. Az előfordulási GC változik egy földrajzi régió egy másik, ami arra utal, hogy a genetikai és környezeti tényezők, beleértve a Helicobacter pylori
fertőzés tartják, hogy hozzájáruljanak a gyomor karcinogenezis [2, 3]. A déli Tunézia, az éves gyakorisága GC változik 2,6-4,8 /100 000 fő. [4] Az utóbbi néhány évben számos jelentés feltártam a szövetség között Epstein-Barr vírus (EBV) fertőzés és GC [5-9]. Az EBV-vel összefüggő GC (EBVaGC) már azt a jelenléte egységes expressziójának EBV-kódolt kis RNS-t (EBER) GC-sejtek [10], az észlelési monoklonális EBV episzómák GC sejtek [11] és a növekedés a szérumban elleni antitestek virális kapszid antigén [12]. Az előfordulási EBVaGC széles skálán mozog 2-18% által jelentett korábbi vizsgálatokban [13-20]. Sőt, a klinikai jellemzői EBVaGC közé férfi túlsúly, viszonylag fiatalabb korban és helyét a proximális gyomor [9, 21]. A EBVaGC mutat alacsonyabb mértékű nyirokcsomó-bevonását, és van egy viszonylag kedvező prognózist összehasonlítva EBV-negatív egy [22].
EBVaGC, fertőzés tumorsejtek jellemzi egy I. típusú minta késleltetés, amelyben a expressziója virális latens gének korlátozódik Epstein-Barr nukleáris antigén (EBNA) -1, EBER, latens membránprotein LMP-2A és átiratok a Bam
Hi a jobb irányú keret (hányadék) -0 és -1 [11, 23]. Mivel az EBV termékek az I típusú látens fertőzés kimutatták, hogy részt vesz az EBV-mediált tumorogenesis, azt javasolták, hogy az onkogén folyamat EBVaGC lehetne hajtott különböző mechanizmusok azoktól a hagyományos GC. Ezt követően EBVaGC malignitás lehet tekinteni, mint egy másik személy között GC ami nagyobb figyelmet igényel, hogy javítsa a betegek ellátását.
A jelenlegi vizsgálat során azzal a céllal, hogy meghatározza a prevalenciája EBVaGC déli Tunézia és később elemezheti EBV polimorfizmusok a tumor izolátumok. katalógusa anyagok és módszerek
beteg jellemzőit
összesen 81 primer gyomor carcinoma gyűjtöttünk, az 1999 januárjától és 2009 decembere átesett betegek radikális sebészi eltávolítását Tanszékén Emésztési sebészete Habib Bourguiba University Hospital (Sfax, Tunézia). Minden beteg írásos beleegyezését adta megelőzően a mintavétel az intézményi előírásoknak megfelelően. Egyik beteg preoperatív vagy posztoperatív kemoterápia. Klinikopatológiai paraméterek, mint a nem, a kor, anatómiai helyre, szövettani típus, patológiai stádium, a tumor mérete és vénás invázió értékeltük áttekintésével orvosi grafikonok és kóros rekordokat. Abban az időben a műtét, a kor betegek között mozgott 18-94 év (átlag: 59,58 év). Az anatómiai helyén tumor szerint határoztuk meg az uralkodó helyét a lézió cardia (n = 8), a test (n = 22), és antrum (n = 48). A szövettani altípusok sorolták kritériumok szerint Lauren [24] intesztinális típusú (n = 47) és a diffúz típusú (n = 34), hanem a World Health Organization, mint a rosszul differenciált (n = 43), közepesen differenciált (n = 26), és jól differenciált (n = 9). A klinikai stádiumban szerint határoztuk meg a daganat, csomópontot és metasztázis (TNM) besorolása American Joint Committee on Cancer [25]. A kohorsz tartalmaz 9 betegnél stádiumú és 47 beteg a színpadi III vagy IV.
In situ hibridizáció katalógusa EBV által azonosított kifejezése EBV-kódolt kis RNS-ek (EBER). Röviden, az in situ
hibridizáció (ISH) assay-t végeztünk 3 um paraffin-blokk szakaszok EBV oligonukleotidpróbák komplementer az Éber-1 és -2, a gyártó utasításai (PNA ISH Detection Kit, Dako Cytomation). A hibridizációs jelek tettük láthatóvá diaminobenzidin (DAB) és pozitív nukleáris jel volt elismert sötétbarna nukleáris festődést fénymikroszkóp alatt. Pozitív kontrollként szakasza ismert EBER pozitív NPC szövetet használtunk. Festési pontoztuk 1-3 szerint a százalékos festett sejtmagok szöveti metszetekben. Pontszám 3 volt tulajdonítható, amikor pozitív jel volt megfigyelhető több mint 75%, 2-es pontszám a 75-50% és a pontszám 1 kevesebb, mint 50% -a sejtekben.
DNS-extrakció
DNS-t extraháltunk, formalinnal fixált, paraffinba beágyazott szöveteket. Miután tumor azonosítás hematoxilin-eozin festett metszeteken, daganatos területek lekaparjuk 40 um vastagságú paraffin metszeteket. Az összegyűjtött anyagot de-viaszolt mosással xilolban, és leöblítettük etanollal. Szárított szöveteket emésztettük proteináz K SDS jelenlétében 55 ° C hőmérsékleten egy éjszakán, majd fenol /kloroform extrakció a korábban leírtak szerint [26]. A mennyiség a DNS-t ellenőriztük spektrofotométerrel és -20 ° C-on a további használatra.
PCR-RFLP és szekvenálás
öt régió a EBV genom arra célzott polimorfizmus analízis PCR, RFLP vagy szekvenáláshoz. A polimorfizmusok tanulmányozta felölelik az A vagy B típusú az EBNA-3C-gén, C vagy D típusú BamHI-W1 /I1 régió, a prototípus F vagy F variáns BamHI-F régió, a veszteség egy Xhol
I hely ebben az első exonjában BNLF1gene (Xhol
I-veszteség variáns), és a 30 bp deléciót a harmadik exonban ugyanazon gén (30 bp del-LMP1 variáns). A genotipizálást a DNS-t a GC betegek EBV-pozitív, és a kontroll elemezzük 10 származó DNS-minták orrgarat nyálkahártya pozitív EBV.
PCR amplifikációt hajtottunk végre 200 ng DNS-t a végső reakcióelegy 50 ul 0,2 umol mindegyik primer, 200 | iM dNTP-ből, 2 mM MgCI 2, 1X PCR-puffer és 1 egység Taq DNS-polimeráz (Fermentas). A primer szekvenciák és a mérete a PCR-termékek táblázat mutatja 1.Table 1. összefoglalása primer szekvenciák felöleli az EBV és -változatokat
EBV gének és a régiók katalógusa (vagy -változat ) Matton primer szekvenciák (5'-3 ') Matton méret (bp) Matton EBNA-3C gén katalógusa (A vagy B típusú) hotelben F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT katalógusa R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC katalógusa PCR termékek -ban 153 típusú Egy fiatal 246: B típusú katalógusa BamH1-W régió katalógusa (C vagy D) hotelben F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC katalógusa PCR + Bam
HI emésztés katalógusa 205: C típusú katalógusa 130 + 75: D típusú katalógusa BamH1-f régió katalógusa (f variáns) hotelben f: TCCCACCTGTTACCACATTC katalógusa R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA katalógusa PCR + Bam katalógusa HI emésztés katalógusa 198: f variáns katalógusa 127 + 71: f variáns katalógusa Exon 1. BNLF1 gén katalógusa (XhoI változat)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA katalógusa R: AGAAACACGCGTTACTCT katalógusa PCR + Xho katalógusa emésztés katalógusa 497: Xho katalógusa I- katalógusa 340 + 157: Xho katalógusa I + katalógusa Exon 3 BNLF1 gén katalógusa (30bpdel-LMP1) hotelben F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC katalógusa R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC katalógusa PCR termékek -ban 224: 30bpdel-LMP1 katalógusa 254: wt-LMP1 katalógusa F: Forward primer
R: reverz primer
C /D és az f /f tipizálás alapja a BamHI
emésztést az egyes PCR-termék. Az enzimatikus reakciókat végtérfogatban 20 | il, amely 10 | il PCR-termék, 1X emésztés puffert és 10 egység BamHI katalógusa enzim (Fermentas). Egy éjszakán át 37 ° C-on, a termékek elemeztük 2% -os agaróz gélen és etidium-bromid festéssel, UV megvilágítással. Az azonos körülmények között a fent leírt értékelték, hogy azonosítsa a XhoI
Site első exonjában BNLF1gene. DNS-t a B95.8 (GenBank No.V01555) és C666-1 sejtvonal (GenBank No. ABV54173) használtunk kontrollként EBV-típusok és variánsok. A C666-1 sejtvonal származik kínai NPC, hogy táplál A /C típusú, F variáns, Xhol
I-veszteség a változat és a 30 bp-del-LMP1 variáns.
DNS-szekvenálást végeztünk a tisztított PCR-termékeket harmadik exonjában BNLF1-génben a SV gél Purification kit (Promega). A ciklus szekvenciáló végeztük az ABI PRISM Big Dye Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. Minden szekvencia végeztük kétirányú. A szekvenálás eredményeket ezután összehasonlították a EBV sorozatok B95.8 (GenBank No.V01555), kínai NPC (Cao sejtek [27], C666-1 sejtek (GenBank No. ABV54173) és NPC10 biopszia [28] és a tunéziai NPC példányok (CV4, CV5, és CV6 [29]).
Valós idejű kvantitatív PCR-
Q-PCR-assay célzó BamHI-W régiójában az EBV genom végeztek el a 12 EBV-pozitív mintákat megjelenítő nukleáris festődést és a 6. EBV negatív minta. a reakciókat egy iCycler iQ ™ valós idejű PCR System (BioRad), primerek alkalmazásával, amelyek határolják a BamHI-W régiójában az EBV genom és TaqMan próbát a korábban leírtak szerint [30]. aliquot részét 1 ng DNS-t használjuk az amplifikáció teljes reakció-térfogatban 25 ul, amely 300 nM mindegyik primerből, 25 nM TaqMan® próbát, 1X PCR-puffer, 2 mM MgCI 2, 200 jiM mindegyik dNTP-ből és 1 egység GoTaq Meleg indítás-polimeráz (Promega). a standard görbét állítunk elő a soros 10-szeres hígításokat a rekombináns plazmid pGEMT /BamHI-W. A mintákat két párhuzamosban, és az eredményeket átlagolni kiszámításához EBV vírusterhelés kifejezve kópia per reakció.
Statisztikai analízis
Statisztikai analízist végeztünk SPSS 13.0 statisztikai szoftver program a Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-értéke kisebb, mint 0,05 tekintettük statisztikailag szignifikánsnak. Katalógusa eredményei katalógusa prevalenciája EBVaGC és társulás klinikopatológiai jellemzők katalógusa Nyolcvan egyik példányai GC teszteltük EBV pozitivitás a EBER in situ
hibridizáció. A frekvencia a EBVaGC 14,8% volt (12, 81), amelyben az Éber pozitív jelet korlátozódott a magok carcinoma sejtek (1. ábra). A EBVaGC példányok egy változó százalékban a megfestett tumorsejtek mutatja több, mint 75%, hat esetben (3 pont), 50 és 75% három esetben, és kevesebb, mint 50% -kal a fennmaradó három esetben. A EBVaGC esetben jártak életkor a diagnózis (P = 0,009 katalógusa, 2. táblázat). Valóban, 9 A 12 beteg EBVaGC került év közötti 45-60 év. Ezen túlmenően, a tendencia egyesület volt megfigyelhető tumor differenciálás és vénás invázió mint a statikailag jelentős értéket nem érte el (p
= 0,07 és p =
0,09 rendre, 2. táblázat). 1. ábra kimutatása Epstein-Barr-vírus kódolt kis RNS (Ebers) in situ hibridizáció gyomorkarcinóma szövetekben. A: H &E festés. B: Intenzív EBER pozitív festéssel (immun-pontszám 3+), a magok a tumorsejtek (eredeti nagyítás × 40). C: Mérsékelt EBER pozitív festéssel (immun-pontszám 2+) a magok tumorsejtek (eredeti nagyítás × 40). D: Gyenge EBER pozitív festéssel (immun-pontszám 1+) a magok tumorsejtek (eredeti nagyítás × 40). E: A pozitív kontroll által képviselt ismert EBER pozitív NPC szövetek (eredeti nagyítás × 40). F: Gyomor karcinómaszövetek negatív EBER (eredeti nagyítás × 10). Katalógusa 2. táblázat korrelációja EBVaGC és klinikopatológiai paraméterek katalógusa klinikai jellemzők katalógusa
N Matton EBV kifejezés * Matton katalógusa katalógusa Negative (%) Matton Pozitív (%) hotelben
Nem Matton Férfi katalógusa 48 katalógusa 42 (87,5) hotelben 6 (12.5) fiatal női katalógusa 33 katalógusa 27 (81,8) hotelben 6 (18,2)
p
-érték katalógusa 0,47 katalógusa Age Matton < 45 katalógusa 17 katalógusa 17 (100) hotelben 0 (0) hotelben 45-60 katalógusa 30 katalógusa 21 (70) hotelben 9 (30) hotelben > 60 katalógusa 34 katalógusa 31 (91,2) hotelben 3 (8.8) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0.009 katalógusa TNM Matton I-II katalógusa 9
9 (100) hotelben 0 (0) hotelben III-IV
47 katalógusa 40 (87,1) hotelben 7 (14.9) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0.216
anatómiai helyén
Antrum katalógusa 48 katalógusa 41 (85,4) hotelben 7 (14.6) hotelben Body
22 katalógusa 19 (86,4) hotelben 3 ( 13.6) hotelben Cardia
8 katalógusa 6 (75) hotelben 2 (25) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0,72 katalógusa differenciálás Matton Gyenge
43 katalógusa 36 (83,7) hotelben 7 (16.3) hotelben Mérsékelt katalógusa 26 katalógusa 25 (96,2) hotelben 1 (3,8) hotelben Nos katalógusa 9 katalógusa 6 (66,7) hotelben 3 (33,3) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0.075 katalógusa Lauren típusú Matton Bél katalógusa 47 katalógusa 38 (80,9) hotelben 9 (19.1) hotelben Diffúz katalógusa 34 katalógusa 31 (91,2) hotelben 3 (8.8) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0,197 katalógusa tumor méretét Matton < 5 cm
9 katalógusa 8 (88,9) hotelben 1 (11.1) hotelben > 5 cm
65 katalógusa 54 (83,1) hotelben 11 (16,9) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0.658 katalógusa vénás invázió Matton Negatif katalógusa 61
54 (88,5) hotelben 7 (11.5) hotelben Positif katalógusa 18 katalógusa 13 (72,2) hotelben 5 (27.8) hotelben p katalógusa -érték katalógusa 0,09
* EBV expresszióját határoztuk meg EBER in situ hibridizáció. Negatív esetben mutatott pontszám = 0 és pozitív esetben mutatott pontszám = 1+ 3+. Katalógusa mennyiségi értékelése EBV GC katalógusa Q-PCR assay-t 18 gyomorrák példányok köztük 12 jelenik EBER pozitivitás sejtekre korlátozódik magok és 6 negatív volt.
A vírus DNS kópiaszám becsülték az abszolút mennyiségi módszer hígítási rekombináns plazmid DNS (pGEMT /BamHI-W), külső standardként. Standard görbét létre, ábrázolva a kiindulási plazmid kópiaszáma ellen a küszöb ciklus (CT), a mutató egy lineáris mennyiségi meghatározását tartományban 10 6-10 kópia per reakció.
Reprezentatív példák láthatók a 2. ábrán, ahol az esetekben GC10 és GC3 (Ct = 15 és 22 -kal) megjelenítéséhez erős EBER nukleáris festődést, míg GC8 (Ct = 30) mutat gyenge EBER expresszió (2. ábra). A Q-PCR adatok összhangban van-EBER in situ hibridizáció katalógusa eredményt. Valóban, a 6 minták intenzív EBER festéssel (pontszám 3+), azt mutatta, magas EBV DNS kópiaszám mivel esetekben gyenge EBER expresszió (pontszám 1+) megfelelt alacsony vírus-DNS másolat (3. táblázat). 2. ábra meghatározása EBV DNS kópiaszám Q-PCR-rel. Jellegzetes példák az GC esetekben magas (GC10), közepes (GC3) és alacsony (GC8) EBV-DNS másolatok számát. A vízszintes vonal jelzi a küszöb értékelésére használt Ct érték. Katalógusa 3. táblázat EBV DNS kópiaszám és EBER festés eredménye a 12 EBV pozitív minták és 6 negatív esetek katalógusa GC esetek Matton szövettani katalógusa Írja Matton tumor
Site Matton Ct * katalógusa (átlagos) hotelben
EBV DNS * katalógusa másolat /ug Matton EBER festés
pontszám Matton 10 katalógusa Bél katalógusa Antrum katalógusa 15 katalógusa 6,105 katalógusa 3+
3
Bél katalógusa Antrum katalógusa 22 katalógusa 4.103 katalógusa 3+ katalógusa 12 katalógusa Bél katalógusa Antrum katalógusa 23 katalógusa 103 katalógusa 3+
9
Diffúz katalógusa Antrum katalógusa 22,8 katalógusa 103 katalógusa 3+ katalógusa 2 | Bél katalógusa Body
25 katalógusa 5,102 katalógusa 3+
4
Bél katalógusa Antrum katalógusa 26 katalógusa 102 katalógusa 3+ katalógusa 6 katalógusa Bél katalógusa Proximal
27 katalógusa 8,101 katalógusa 2+
7
diffúz katalógusa Body
28 katalógusa 5.101 katalógusa 2+ katalógusa 11
Bél katalógusa Proximal
28 katalógusa 5.101 katalógusa 2+ Pg: 1
Bél katalógusa Antrum katalógusa 30 katalógusa < 10 katalógusa 1+ katalógusa 5 katalógusa Bél katalógusa Antrum katalógusa 30 katalógusa < 10 katalógusa 1+ katalógusa 8 katalógusa diffúz katalógusa Body
30 katalógusa < 10 katalógusa 1+ katalógusa 13
Diffúz katalógusa Antrum katalógusa ND katalógusa ND katalógusa 0 katalógusa 14
Diffúz katalógusa Body katalógusa ND katalógusa ND
0 katalógusa 15 katalógusa diffúz katalógusa Antrum katalógusa ND katalógusa ND katalógusa 0 katalógusa 16 katalógusa diffúz katalógusa Antrum katalógusa ND katalógusa ND
0 katalógusa 17 katalógusa Bél katalógusa Antrum katalógusa ND katalógusa ND katalógusa 0 katalógusa 18 katalógusa Bél katalógusa Body katalógusa ND katalógusa ND katalógusa 0
* EBV DNS kópiaszám becsültük Q-PCR abszolút mennyiségi módszer. Ct: küszöb ciklus. ND: Nem meghatározott katalógusa genotipizálása EBVaGC törzsek
, hogy tovább vizsgáljuk a EBVaGC a mi 12 tunéziai példányok megvizsgáltuk a genetikai profilja EBV törzsek meghatározó különböző típusú és változatok. Egyedülálló profil valamennyi vizsgált mintákban megfigyelhető (3. ábra). Ez volt jellemző az A /D típusú, prototípus F megtartása XhoI katalógusa I restrikciós és 30 bp-del-LMP1 variáns. Megjegyezzük, hogy az A és B típusú alakító két különböző EBV törzsek egy esetben a EBVaGC példányok (3. ábra). 3. ábra genotipizálása EBVaGC törzsek. A: PCR -RFLP a BamHI-F régió mutatja az F variáns (jelenlétében két sáv 128 bp és 71 bp) a kontroll C666-1 sejtvonal (1. sáv) és egy sáv a 199 bp az F variáns esetekben GC2 a GC6 (sáv 2-6). B: PCR-RFLP a BamHI-W1 /I1 régióban. DNS-fragmenseket BamHI-gyel emésztjük
amely két sáv 139 és 67 bp (D típus) számára GC2 hogy GC6 (sáv 2-6), vagy egy szalag 245 bp (C típus) a kontroll C666-1 sejtvonal ( 1. sáv). C: EBNA3C régióban. EBV törzsek A és B típusú megfelelnek az DNS-fragmenst 153 és 246 bp volt. Case GC6 mutatja kettős fertőzés mindkét típusú A és B vírusok. B95.8 A típusú vírus, amely használtunk kontroll (1. sáv). D: XhoI katalógusa polimorfizmus 1. exon a BNLF1 gént. PCR-terméket megemésztettük Xhol
kapunk két sáv 343 bp és 154 bp Xhol
+ variáns GC2 hogy GC6 (sáv 2-6). C666-1 sejtvonal egy pozitív veszteség-XhoI
variáns (sáv 1).
A EBV DNS analízist is végeztünk részleges szekvenálással harmadik exonjában a BNLF1 kódoló gén aminosavak 328-376 a LMP1 fehérje. Annak érdekében, hogy erősítse meg a 30 bp-os deléció aminosavakat kódoló 343-352 a LMP1 fehérje, szekvenciaillesztési kiderült hét aminosavat képest változásokat a referencia törzs B95.8. Ezt folyamatosan megtalálható a kodon Q334R, L338S és S366A minden EBVaGC példányok. A további aminosavakat helyettesítést, azonban voltak különösen talált egy vagy két EBVaGC példányok: H358L és L359V (GC2), P360H (GC9-10) és G365R (GC6). Ami a korábbi adatokat tunéziai NPC mintákhoz hasonló eredményre jutottak a három állandó aminosav cserét. Ezen túlmenően, az EBV törzsek megtelepedését S366A helyettesítés tűnnek társult tunéziai példányok képest azok meghatározott Kínában (4. ábra). 4. ábra összehasonlítása következtetett aminosav szekvenciáját a tunéziai GC B95.8 prototípus és korábban publikált LMP1 szekvenciák: CaO: NPC sejtvonalnak Shangai [27]; C666-1 (GenBank No. ABV54173) NPC 10 Hong Kong [28] és a tunéziai NPC példányok: CV4, CV5, CV6 [29]. Szimbólumok (---) jelzi aminosav törlését.
Egészséges EBV hordozók, polimorfizmus elemzés azt mutatta, továbbá az A és D típusú, prototípus F és Xhol + variáns, mint a hasonló, hogy azonosítani EBVaGC példányok (az adatokat nem mutatjuk be).
Megbeszélés
A jelen tanulmányban 81 esetben GC betegektől a déli régió Tunézia vizsgáltuk jelenlétére EBV és a gyakorisága EBVaGC 14,8% volt (12 közül 81). Köztudott volt, hogy az előfordulási gyakorisága EBVaGC nagyban eltérnek földrajzi régiónként, és a legmagasabb frekvencia volt megfigyelhető Németországban (18%), míg a legalacsonyabb (3,9%) volt kimutatható Peru [13-20, 31].
az Éber in situ
hibridizáció volt a legmegbízhatóbb módszer az irodalomban kimutatására látens EBV GC. Tény, hogy az összes fent említett vizsgálatot végeztek követi ezt a módszert, beleértve a vizsgálatba. A változó arányban nukleáris tumorsejtek expresszáló EBER mutatja a vizsgálatunkban is levezethető által Truong és mtsai., Akik azt sugallják, hogy kapcsolatban EBV-fertőzés fordul elő onkogén folyamatában EBVaGC [32]. Ugyanakkor további vizsgálatokat kell végezni, hogy tisztázza ezt a megfigyelést.
Emellett azt mutatta, hogy a heterogén adatok EBER kifejezés lehetne korrelál a számát EBV DNS másolatok által becsült Q-PCR támogató hogy ez a módszer megbízható arról korábban [33].
Ami a klinikopatológiai jellemzői EBVaGC, erős kötődést életkor a diagnózis volt megfigyelhető (P = 0,009 katalógusa, 3. táblázat). Tény, hogy a EBVaGC gyakrabban találtak a betegcsoportban év közötti 45 és 60 éves, ami összhangban van a korábbi vizsgálatok [19, 34]. Nincs más statisztikai összefüggést találtunk, kivéve a tendencia a tumor differenciálás és vénás invázió (P = 0,075 katalógusa és P katalógusa = 0.09 -kal). Korábbi vizsgálatok jelezték, hogy EBVaGC gyakoriak voltak a hím, proximális gyomor és tumorok diffúz típus [9, 14, 16, 35-39]. Nemrégiben egy nagy meta-elemzése, Carmago et al., Megerősíti a szövetség mellett az életkor a diagnózis idején [38]. Tanulmányunkban nem találtunk különbséget az eloszlása ​​EBV hím képest nőbetegek proximalis vs gyomor distalis és diffúz vs bél Szövettípus. Ezek az eltérések az adatok között azzal magyarázható, a hozzájárulást a helyi kockázati tényezők patogenezisében EBV, valamint a mérete és tulajdonságok egyikére a korosztály. Katalógusa polimorfizmusa elemzése 12 EBVaGC esetek azt mutatják, kizárólag a D típusú, prototípus F Xho katalógusa I-visszatartás és a 30 bp del-LMP1 változata. Ami a polimorfizmus az EBNA-3C-gén, azt találtuk, az A típus minden EBVaGC esetekben és kombinációja A és B típusú találtak csak egy esetben. Ezek az eredmények összhangban vannak a nemrég végzett tanulmány négy EBVaGC esetben a központi régió Tunézia [34].
Az uralkodó típusú és prototípus F is látható volt a korábbi jelentésekben függetlenül a földrajzi eredete EBVaGC mint a dél- Kína [35], Japán déli részén [40], és a latin-amerikai országok [41]. Érdekes, hogy a variáns-f különösen leírt NPC járó EBV törzsek Dél-Ázsia [42]. Ezen a területen, a túlsúlya C típusú és a veszteség-XhoI katalógusa variáns észlelték EBVaGC vagy NPC [35, 40], szemben a jelenlegi és a korábbi megállapítás adatok tunéziai NPC betegeknél [29, 43].
jobb meghatározása genotípusa EBVaGC törzsek, és hasonlítsa össze őket azokkal kapcsolatos NPC végeztünk részleges szekvenálása 3. exon a BNLF1 gén és összehasonlítottuk a prototípus B95-8 és mások publikált szekvenciák ázsiai és tunéziai NPC EBV törzsek [29, 43]. A Q334R, L338S és L338P találtak minden EBV izolátumok és már beszámoltak EBV törzsek társult NPC Kínából származó vagy Tunéziából [29, 44]. Azonban az S366A specifikus EBV-izolátumok kapcsolódó tunéziai NPC és GC .. Valóban, és ennek alapján az előző jelentés Edwards et al. [44], amely leírja hét filogenetikai különböző törzsek LMP1, akkor javasoljuk, hogy a tunéziai izolátumok alkotnak kiegészítő csoport egy adott aláírás (T366A), de ezt a feltételezést igényel megerősítést szekvenálás az egész BNLF1 gén ezen izolátumok. E szerint a mai napig, azt javasoljuk, hogy polimorfizmus BNLF1 gén jelent további érv összhangban a többiek EBV polimorfizmusok (D típus, prototípus F és XhoI +) támogatása a különbözőség az EBV törzsek között a két földrajzi régióban. Katalógusa A Másrészt, már korábban leírt katalógusa mások del-LMP1 változatok (69 bp és 81 bp törlés átívelő kodon 334-353 és 345-371 -kal) tunéziai NPC betegeknél [29, 43]. Ezek a változatok nem találtak, és csak a 30 bp-del-LMP1 variáns azonosítottuk minden EBVaGC esetekben már beszámoltunk Chen et al., Egy nagy tanulmány a kínai GC betegeknél [35].
A polimorfizmus elemzés EBV izolátumok egészséges hordozók kiderült, hogy azonos genotípusú, azoknak EBVaGC és NPC ami arra utal, hogy a közös törzseket földrajzilag elosztott, de nem kapcsolódik egy meghatározott rosszindulatú. Tény, hogy a fejlesztés EBV-asszociált daganatok kapcsolatba hozható a variáció lehetséges immun elismerés különböző közösségek és az egyének által javasolt, Edwards és munkatársai [44]. Katalógusa Következtetés
prevalenciája EBVaGC betegeknél déli Tunézia 14,8%, ami a tartomány szolgáltatott adatokat. A EBVaGC döntően találtak a csoport annál idősebb betegek 45-60 éves, és, hogy az EBV-DNS szinten tükrözzék az Éber állapot gyomor karcinóma.
Továbbá, az EBV törzsek társult tunéziai betegek GC vagy NPC megosztani némi hasonlóság arra utal, hogy valószínűleg ugyanaz a EBV törzs társított mindkét daganatok. Összességében eredményeink támogatják a különböző földrajzi eloszlása ​​EBV törzsek, de nem a korlátozás, hogy egy kapcsolódó rosszindulatú. Katalógusa nyilatkozatok katalógusa Köszönetnyilvánítás katalógusa Ezt a munkát támogatott a támogatási a tunéziai Minisztérium magas Oktatási és Tudományos Kutatási . Szeretnénk megköszönni M. Jaoua szekvenálás céljából lehetőség. Katalógusa Szerzők eredeti beküldötteknek képeket
alábbiakban a linkeket a szerzők eredeti beküldötteknek képeket. 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff A szerzők eredeti fájlt az 1. ábra szerinti 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff A szerzők eredeti fájl 2. ábrán 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff A szerzők eredeti fájl 3. ábra 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff A szerzők eredeti fájl 4. ábra Érdekütközés
A szerzők kijelentik, hogy nincs versengő érdekek. katalógusa

• A növekedés az integrin-kapcsolt kináz, nem kanonikusan ruházza NF-kB által közvetített növekedés előnye, hogy a gyomor rákos sejtek aktiválásával az ERK1 /2
• Epstein-Barr-vírussal fertőzött gyomor adenokarcinóma fejezi látens és litikus vírusos átiratok és van egy külön humán gén expressziós profilját