Charakteristika Vírus Epstein-Barrovej variantoch, ktoré sú spojené s karcinómom žalúdka v južnom Tunisku

Charakteristika Vírus Epstein-Barrovej variantoch, ktoré sú spojené s karcinómom žalúdka v južnom Tunisku
abstraktné
radiačnú záťaž
EBV asociované rakovina žalúdka (EBVaGC) má odlišné klinické príznaky a jej výskyt je variabilný po celom svete.
Výsledky
Ak chcete zistiť prevalenciu EBVaGC v Tunisku, malé RNA (Eber) výraz EBV kódované bola hodnotená v 81 žalúdočné karcinóm (GC) vzoriek. Výraz jadrovej Eber bol zistený u 12 z 81 prípadov GC (14,81%) a zhoda medzi skóre rozmedzí Eber farbenie a počtu kópií DNA EBV ako odhadu qPCR je pozorované. Na druhej strane sme zistili, že EBVaGC silne koreluje s vekom pri diagnóze, a slabo sa diferenciáciu nádoru a žilovej invázie.
Ďalej, vzorky boli podrobené EBVaGC na stanovenie polymorfizmy EBV DNA. Naše výsledky ukazujú, jedinečný genetický profil kmeňov EBV týkajúce sa typu A a D, F prototyp, retencia Xho I reštrikčné miesto stroje a 30 bp del-LMP1 variant. Podľa našich predchádzajúcich štúdií nosohltana karcinóm (NPC), navrhli sme, že EBV kmene spojené s GC a NPC zdieľa niektoré podobnosti v tuniských pacientov.
Záver
Prevalencia EBVaGC je 14,81% v južnom Tunisku a že spoločný kmeň EBV sú spojené ako s NPC a GC, ktoré by mohli líšiť od ázijských kmeňov. Naše zistenia podporujú teda určitú geografickú distribúciu kmeňov EBV, ktorý sa neobmedzuje len na spojených s EBV malignít.
Kľúčové
karcinómu žalúdka EBV Eber polymorfizmy pozadí
rakovina žalúdka (GC) je druhou najčastejšou príčinou úmrtí na rakovinu po celom svete [1]. Výskyt GC sa líšia od jednej geografickej oblasti do druhej, čo naznačuje, že genetických a environmentálnych faktorov, vrátane Helicobacter pylori
infekcie sú považované za prispieť k žalúdočnej karcinogenéze [2, 3]. V južnej Tuniska, bol ročný výskyt GC sa pohybuje od 2,6 do 4,8 /100 000 osôb [4]. V niekoľkých minulých rokoch, veľa správ preskúmali vzťah medzi vírus Epstein-Barrovej (EBV), infekcie a GC [5-9]. EBV asociované GC (EBVaGC) bolo preukázané prítomnosťou jednotné vyjadrenie EBV kódované malé RNA (Eber) v GC buniek [10], detekciu monoklonálnych EBV episomů v GC buniek [11] a zvýšenie séra protilátky proti vírusovej kapsidového antigénu [12]. Výskyt EBVaGC sa veľmi líši od 2 do 18%, ako je uvedené v predchádzajúcich štúdiách [13-20]. Okrem toho, klinické rysy EBVaGC zahŕňajú mužskú prevahu, relatívne mladšieho veku a umiestnenia v bližšom žalúdku [9, 21]. EBVaGC vykazuje nižšiu rýchlosť lymfatických uzlín, a má pomerne dobrú prognózu v porovnaní s EBV-negatívne [22]. V
EBVaGC, infekcie nádorových buniek sa vyznačuje typu I vzoru latencie, v ktorom je expresie vírusových génov latentných je obmedzená na Epstein-Barr nukleárna antigén (EBNA) -1, Eber, latentné membránový proteín LMP-2A a transkripty z Bam HI
pravostranné rám (BARF) -0 a -1 [11, 23]. Vzhľadom k tomu, EBV produkty typu I latentnej infekcie bolo preukázané, že sa podieľajú na EBV-sprostredkované tumorogenézy, bolo navrhnuté, že onkogénne proces EBVaGC mohol byť riadený rôznymi mechanizmami od tých konvenčných GC. Následne EBVaGC zhubný nádor by mohli byť považované za iného subjektu medzi GC, ktorý vyžaduje väčšiu pozornosť, s cieľom zlepšiť starostlivosť o pacientov.
Predkladaná štúdia bola vykonaná s cieľom zistiť prevalenciu EBVaGC v južnom Tunisku a následne analyzovať špecifické EBV polymorfizmy nádor izoluje.
materiály a metódy
charakteristiky od pacienta
celkom 81 primárnych karcinómov žalúdka boli zhromaždené, v období od januára 1999 do decembra 2009 od pacientov, ktorí podstúpili radikálnu chirurgickú resekciu na odbor zažívacieho chirurgia Habib Bourguiba fakultnej nemocnice (Sfax, Tunisko). Všetci pacienti dal informovaný súhlas pred odberom v súlade s inštitucionálnymi smernicami. Žiadny z pacientov malo predoperačné a pooperačné chemoterapiu. Klinicko-patologické parametre, ako je pohlavie, vek, anatomického miesta, histologický typ, patologické fáze, veľkosti nádoru a žilovej invázie boli hodnotené preskúmaní lekárskej grafy a patologických záznamy. V čase chirurgického zákroku, vek pacientov bol v rozmedzí od 18 do 94 rokov (priemer: 59,58 rokov). Anatomická miesto nádoru bola stanovená v súlade s prevládajúcou miesto lézie ako kardio (n = 8), teleso (n = 22), a Antrum (n = 48). Histologické podtypy boli klasifikované podľa kritérií Lauren [24] je črevná typu (n = 47) a difúzneho typu (n = 34), ale aj Svetovou zdravotníckou organizáciou ako zle diferencované (n = 43), mierne diferencované (n = 26) a dobre diferencovaný (n = 9). Klinické štádium ochorenia bola stanovená v závislosti od nádoru, uzlom a metastázy (TNM) klasifikáciu spoločného výboru amerického rakoviny [25]. Naša kohorta obsahuje 9 pacientov vo fáze I alebo II, a 47 pacientov vo fáze III alebo IV.
In situ hybridizácia
EBV bola identifikovaná expresia EBV kódované malé RNA (Eber). V stručnosti, in situ hybridizácia
(ISH) Test bol vykonaný na 3 um parafínu blokových úsekov s EBV oligonukleotidovými sondami komplementárnym sa Eber-1 a -2 v súlade s pokynmi výrobcu (PNA detekcia ISH kit, Dako Cytomation). Hybridizačný signály boli vizualizované s Diaminobenzidine (DAB) a pozitívny signál nukleárnej bol rozpoznaný ako tmavo hnedé zafarbenie jadrovej pod svetelným mikroskopom. Ako pozitívna kontrola bola použitá časť zo známej Eber-pozitívne NPC tkaniva. Farbenie bolo hodnotené od 1 do 3 v závislosti na percente zafarbených bunkových jadier v tkanivových rezoch. Skóre 3 pripisovalo, kedy bol pozitívny signál pozorovaná u viac ako 75%, skóre 2 v 75 až 50% a skóre 1 do menej než 50% buniek. Extrakcia DNA
DNA bola extrahovaná z formalínom fixovaných, parafín vložené tkaniva. Po identifikácii nádoru na hematoxylín-eozín-nafarbená, nádorové plochy boli poškriabaný od 40 um hrubé parafínových rezov. Zhromaždené materiály boli de-voskovaný vymývaním v xyléne a opláchne etanolom. Sušené tkanivá boli rozštiepené proteináza K v prítomnosti SDS pri 55 ° C cez noc, s následnou extrakciou fenol /chloroformom, ako je opísané skôr [26]. Množstvo DNA bola overená pomocou spektrofotometra a skladované pri -20 ° C na ďalšie použitie.
PCR- RFLP a sekvenovanie
päť oblastí EBV genómu boli zamerané na polymorfizmu analýzy PCR, RFLP alebo sekvenovania. Tieto polymorfizmy študovanej zahŕňajú typ A alebo B v géne EBNA-3C, C alebo Typ D v /I1 oblasti BamHI-W1, prototyp F alebo F variantu v regióne BamHI-F, stratu ako Xho
i miesto v prvom exóne BNLF1gene (Xho
varianty i-strata) a delécie 30 bp v treťom exónu rovnakého génu (30 bp del-LMP1 variant). Genotypizácia bola vykonaná na DNA od pacientov GC EBV-pozitívne a ako kontrolu, analyzovať 10 vzoriek DNA z nosohltana sliznice pozitívne na EBV.
PCR amplifikácia bola vykonaná na 200 ng DNA v konečnej reakčnej zmesi obsahujúce 50 ul 0,2 uM každého primeru, 200 uM dNTP, 2 mM MgCl2, 1 x PCR pufer a 1 jednotku Taq DNA polymerázy (Fermentas). Tieto sekvencie primérov a veľkosť PCR produkty sú uvedené v tabuľke 1.Table 1 Zhrnutie příměrových sekvencií zahrňujúcich typy EBV a varianty
EBV génov a regióny
(typy alebo varianty )
primeru sekvencie (5'-3 ')
rozmery výrobku (bp)
EBNA-3C gén
(typ a alebo B)
F : AGAAGGGGAGCGTGTGTTGT Still R: GGCTCGTTTTTGACGTCGGC
PCR produkty
153: typ a
246: Typ B
BamH1-W región
(typ C alebo D)
F: ACCTGCTACTCTTCGGAAAC
R: TCTGTCACAACCTCACTGTC
PCR + Bam HI
trávenie
205: Typ C
130 + 75: Typ D
BamH1-f región
(f variant)
f: TCCCACCTGTTACCACATTC
R: GGCAATGGGACGTCTTGTAA
PCR + Bam HI
trávenie
198: f variant
127 + 71: f variant
Exon 1 BNLF1 génu
(XhoI variant)
F: ACAATGCCTGTCCGTGCA
R: AGAAACACGCGTTACTCT
PCR + Xho
trávenie I
497: Xho
I-
340 + 157: Xho
I +
Exon 3 BNLF1 gén
(30bpdel-LMP1)
F: TGGAGGGAGAGTCAGTCAGGC
R: ATTGACGGAAGAGGTTGAAAAC
PCR produktov
224: 30bpdel-LMP1
254: hm-LMP1
F: Forward primer
R: Reverse primer
C /D a f /f písanie je založený na BamHI
trávenie každého PCR produktu. Enzymatické reakcie boli vykonávané v konečnom objeme 20 ul s obsahom 10 ul produktu PCR, 1X trávenie pufra a 10 jednotiek BamHI
enzýmu (Fermentas). Po inkubácii cez noc pri 37 ° C, produkty boli analyzované na 2% agarosovém gélu a vizualizované farbením etidiumbromidom, v UV osvetlení. Rovnaké podmienky opísané vyššie boli posúdené identifikovať Xhol
miesto v prvom exóne BNLF1gene. DNA z B95.8 (GenBank prístupové No.V01555) a bunkové línie C666-1 (GenBank prístupové č ABV54173) boli použité ako kontrola pre typy a varianty EBV. Bunková línia odvodená od C666-1 čínskeho NPC, ktorý skrýva typy A /C, f variant, Xhol
varianty I-strát a 30 bp del-LMP1 varianty.
Sekvenovanie DNA bolo vykonané na purifikovaných PCR produktov tretí exón génu BNLF1 pomocou SV gél Purification kit (Promega). Sekvenovania cyklu bola vykonaná s použitím ABI PRISM Big Dye Terminátor Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems) podľa návodu výrobcu. Všetky sekvencie boli vykonávané obojsmerne. Výsledky sekvenovania potom boli porovnané s EBV sekvenciami B95.8 (GenBank prístupové No.V01555), čínske NPC (Cao buniek [27], C666-1 buniek (GenBank prístupové č ABV54173) a NPC10 biopsia [28] a tuniských NPC vzorky (CV4, CV5, a CV6 [29]).
v reálnom čase kvantitatívne PCR
Q-PCR v reálnom čase mieriť na BamHI-W oblasť EBV genómu bola vykonaná na 12 EBV pozitívnych vzoriek vykazujúcich nukleárnej farbenie a 6 EBV negatívnych vzoriek. Reakcie boli vykonávané na systéme iCycler iQ ™ PCR v reálnom čase (BIORADE), za použitia primerov lemujúce BamHI-W oblasť EBV genómu a TaqMan sond, ako bolo opísané skôr [30]. alikvotná časť 1 ug DNA bola použitá pre amplifikáciu v celkovom reakčnom objeme 25 ul s obsahom 300 nM každého priméru, 25 nM TaqMan sondy, 1X PCR pufra, 2 mM MgCl2, 200 uM každého dNTP a 1 jednotku GoTaq Hot štart polymerázy (Promega). štandardná krivka bola pripravená s použitím sériových 10 riedenie rekombinantného plazmidu pGEMT /BamHI-W. Vzorky boli vykonávané v duplikátu a výsledky boli spriemerované na výpočet EBV vírusovej záťaže vyjadrený v kópií na reakciu.
Štatistická analýza
Štatistická analýza bola vykonaná pomocou SPSS 13.0 štatistického softvérového programu pre Windows (SPSS Inc., Chicago, Illinois, USA ). P-hodnoty menšie ako 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú.
Výsledky
Prevalencia EBVaGC a spojenie s klinicko-patologické charakteristiky
osemdesiatich jedna vzorky GC boli testované na EBV pozitivitu pomocou Eber in situ
hybridizácia. Frekvencia EBVaGC bola 14,8% (12 z 81), v ktorom bola pozitívny signál Eber obmedzený na jadrách buniek karcinómu (obrázok 1). Vzorky EBVaGC majú variabilné percento zafarbených nádorových buniek ukazuje viac ako 75% v šiestich prípadoch (skóre 3), medzi 50 a 75% v troch prípadoch, a menej ako 50% v troch zvyšných prípadoch. Prípady EBVaGC boli spojené s vekom pri diagnóze (P
= 0,009, tabuľka 2). V skutočnosti, 9 z 12 pacientov s EBVaGC boli vo veku od 45 do 60 rokov. Navyše trend k asociácii bol pozorovaný u diferenciáciu nádoru a žilovej invázie, preto nebol dosiahnutý štatisticky významný hodnota (P
= 0,07 a p = 0,09, respektíve
, tabuľka 2). Obrázok 1 Detekcia vírus Epstein-Barrovej kódované malých RNA (Ebers) pomocou in situ hybridizácia u karcinómu žalúdka tkanivách. A: H & E farbenie. B: Intenzívne Eber pozitívny farbenie (immuno-skóre 3+) v jadrách nádorových buniek (pôvodná zväčšenie x 40). C: Stredná Eber pozitívny farbenie (immuno-skóre 2+) v jadrách nádorových buniek (pôvodná zväčšenie x 40). D: Slabá Eber pozitívny farbenie (immuno-skóre 1+), v jadrách nádorových buniek (pôvodná zväčšenie x 40). E: Pozitívna kontrola zastúpená známymi Eber-pozitívne NPC tkanivách (pôvodné zväčšenie x 40). F: karcinóm žalúdka tkanivo negatívne pre Eber (pôvodné zväčšenie x 10)
Tabuľka 2 Korelácia medzi EBVaGC a klinicko-patologických parametrov
Klinické Charakteristika
N
EBV výraz *


negatívne (%)
Pozitívna správa (%)

rodovej rovnosti
spoločností Muž
48
42 (87,5)
6 (12,5)
Žena
33
27 (81,8)
6 (18,2)
hodnota p
0,47
Age
< 45
17
17 (100)
0 (0)
45-60
30
21 (70)
9 (30) Hotel > 60
34
31 (91,2) Sims 3 (8,8)
hodnota p
0,009
TNM
I-II
9
9 (100)
0 (0)
III-IV
47
40 (87,1)
7 (14,9)
p
-hodnota 0,216

Anatomická site
dutine
48
41 (85,4)
7 (14,6)
telo
22
19 (86,4) Sims 3 ( 13.6)
Cardia
8
6 (75)
2 (25)
hodnota p
0,72
diferenciácie
Poor
43
36 (83,7)
7 (16,3)
Stredná
26
25 (96,2)
1 (3,8)
No
9
6 (66,7) Sims 3 (33,3)
hodnota p
0,075
typ Lauren
Črevné
47
38 (80,9)
9 (19.1)
Difúzna
34
31 (91,2) Sims 3 (8,8)
hodnota p
0,197 veľkosť nádoru
< 5 cm
9
8 (88,9)
1 (11.1) Hotel > 5 cm
65
54 (83,1)
11 (16,9)
hodnota p
0,658
Žilová invázie
négatif
61
54 (88,5)
7 (11,5)
Positif
18
13 (72,2)
5 (27,8)
hodnota p
0,09
* EBV expresie bola určená Eber in situ hybridizácia. Negatívne prípady vykazovali skóre = 0 a pozitívy prípady vykazovali skóre = 1+ 3+
Kvantitatívne hodnotenie EBV v GC
bol Q-PCR vykonávané na 18 vzorkách karcinómu žalúdka .; medzi nimi 12 zobrazená Eber pozitivita obmedzená na bunky jadier a 6 boli negatívne.
Vírusová počet kópií DNA bola stanovená absolútna metódou kvantifikácie za použitia sériového riedenia rekombinantnej plazmidmi DNA (pGEMT /BamHI-W), ako externého štandardu. Štandardná krivka bola stanovená vynesením východzieho plazmidu počet kópií v porovnaní s prahom cyklu (Ct), čo ukazuje na lineárnu kvantifikáciu v rozmedzí od 10 6 až 10 kópií na reakciu.
Reprezentatívne príklady sú uvedené na obrázku 2, kde prípadoch GC10 a GC3 (Ct = 15 a 22 v tomto poradí), zobrazí silný Eber nukleárnej farbenie vzhľadom k tomu, GC8 (Ct = 30) vykazuje slabú Eber expresie (obrázok 2). Data Q-PCR je v zhode s Eber in situ hybridizácia
výsledku. V skutočnosti, sa 6 vzorkami s intenzívnym Eber farbenie (skóre 3+), vykazoval vysokú EBV DNA, vzhľadom k tomu, počet kópií prípadov sa slabou Eber výrazu (skóre 1+) zodpovedá nízkej vírusovej DNA kópie (tabuľka 3). Obrázok 2 Stanovenie EBV DNA kopírovať číslo Q-PCR. Reprezentatívne príklady prípadov GC s vysokou (GC10), stredná (GC3) a nízke (GC8) EBV DNA kópie číslo. Vodorovná čiara označuje prah použitý pre stanovenie Ct hodnoty.
Tabuľka 3 EBV množstvo DNA kopírovanie a Eber farbenie skóre v 12 EBV pozitívnych vzoriek a 6 negatívnych prípadoch
GC Prípady
Histologické
Sem
nádor
Site
Ct *
(priemer)

EBV DNA *
Kópia /ug
Eber farbenie
skóre
10
Črevné
dutine
15
6,105
3+ Sims 3
črevných
dutine
22
4,103
3+
12
črevných
dutine
23
103
3+
9
Difúzna
dutine
22,8
103
3+
2
Črevné
telo
25
5,102
3+
4.
črevných
dutine
26
102
3+
6
črevných
Proximálna
27
8,101
2+
7
difúznu
telo
28
5,101
2+
11
Črevné
Proximálna
28
5,101
2+
1
Črevný
dutine
30 Hotel < 10
1+
Z 5
črevných
dutine
30 Hotel < 10
1+
8
difúznu
telo
30 Hotel < 10
1+
13
Difúzna
dutine
ND
ND
0
14
Difúzna
telo
nD
ND NETHRY.cz 0
15
difúznych
dutine
ND
ND
0
16
Difúzna
dutine
ND
ND
0
17
Črevné
dutine
ND
ND
0
18
Črevné
telo
ND
ND
0
* EBV DNA počet kópií bola odhadnutá Q-PCR s použitím absolútnej metódy kvantifikácie. Ct: prah cyklu. ND: Non-Určené
genotypizácia kmeňov EBVaGC
Ak chcete ďalej skúmať EBVaGC v našich 12 tuniských vzoriek, sme skúmali genetický profil kmeňov EBV určujúci rôznych typov a variantov. Jedinečný profil vo všetkých skúmaných vzorkách je pozorovaná (obrázok 3). To bolo charakterizované typu A /D, F prototyp, retencia Xhol reštrikčné
Aj webu a 30 bp del-LMP1 variant. Konštatujeme, že typy A a B tvarovanie dvoch rôznych kmeňov EBV boli nájdené v jednom prípade EBVaGC vzoriek (obrázok 3). Obrázok 3 genotypizácia kmeňov EBVaGC. A: PCR -RFLP regióne BamHI-F ukazuje variantu f (prítomnosť dvoch pásov 128 bp a 71 bp) pre riadiace C666-1 bunkové línie (dráha 1) a jeden pás 199 bp pre F variante prípady GC2 na GC6 (dráha 2 až 6). B: PCR-RFLP v /I1 oblasti BamHI-W1. Fragmenty DNA sa štiepili BamHI
dávať dva pásy 139 a 67 bp (typ D) pre GC2 na GC6 (pruh 2 až 6) alebo jedno pásmo 245 bp (typ C) pre ovládanie C666-1 bunkové línie ( dráha 1). C: EBNA3C región. EBV kmene typov A a B zodpovedajú DNA fragmentu o 153 bp a 246, resp. Prípad GC6 ukazuje duálny infekcie s oboma typmi A a B vírusov. B95.8 je typ vírusu, ktorý bol použitý ako kontrola (dráha 1). D: XhoI
polymorfizmus v exónu 1 génu BNLF1. PCR produkt bol štiepený pomocou Xhol
za účelom získania dvoch pásy 343 bp a 154 bp Xhol
+ variante pre GC2 na GC6 (dráha 2 až 6). C666-1 bunkové línie je pozitívny z stratové XhoI
varianty (dráha 1).
Analýza EBV DNA bolo tiež vykonané čiastočné sekvencovania na treťom exónu BNLF1 gén kódujúci aminokyseliny 328 až 376 LMP1 proteín. Aby sa potvrdila 30 bp kódujúci delécie aminokyselín 343 až 352 proteínu LMP1, alignment sekvencií ukázal, sedem aminokyselín zmien v porovnaní s referenčnou kmeň B95.8. Bolo stále nájsť na kodónoch Q334R, L338S a S366A vo všetkých vzoriek EBVaGC. Zostávajúce aminokyseliny substitúcia však boli nájdené najmä jedného alebo dvoch EBVaGC vzoriek: H358L a L359V (GC2), P360H (GC9-10) a G365R (GC6). Pokiaľ ide o naše predchádzajúce údaje o tuniských vzoriek NPC, sme zistili podobné výsledky týkajúce sa tromi konštantnými aminokyselín substitúciou. Okrem toho, EBV kmene nesúce substitúciu S366A zdajú byť spojená s tuniským vzoriek v porovnaní s tými, definované v Číne (Obrázok 4). Obrázok 4 Porovnanie odvodených sekvencií aminokyselín od tuniskej GC s prototypom B95.8 a skôr publikovaných sekvencií LMP1: Cao: NPC bunkové línie z Shangai [27]; C666-1 (GenBank prístupové č ABV54173) NPC 10 z Hongkongu [28], a tuniských vzoriek NPC: CV4, CV5, CV6 [29]. Symboly (---) označujú aminokyselinové delécie.
U zdravých EBV nosičov, analýza ukázala, polymorfizmus tiež typy A a D, F a prototypovej XhoI + variantu, ako je podobné k identifikácii EBVaGC vzoriek (dáta nie sú uvedené).
Diskusia
V tejto štúdii, 81 prípadov GC od pacientov z južnej oblasti Tuniska boli skúmané na prítomnosť EBV a prevalencia EBVaGC bola 14,8% (12 z 81). Bolo dobre známe, že prevalencia EBVaGC sa veľmi líšia od jednej geografickej oblasti do druhej, a najvyššie frekvencie bola zaznamenaná v Nemecku (18%), zatiaľ čo bola zistená v Peru najnižšia (3,9%) [13-20, 31].
The Eber in situ hybridizácia bola
najspoľahlivejšou metódou je uvedené v literatúre k detekcii latentného EBV v GC. V skutočnosti sú všetky vyššie uvedené štúdie boli vykonané na základe tohto spôsobu, vrátane našej štúdii. Variabilné podiel nádorových buniek, ktoré exprimujú jadrových Eber ktoré majú v našej štúdii boli tiež odvodiť Truong et al., Ktorá naznačujú, že je príbuzný s EBV infekcia sa vyskytuje v onkogénne proces EBVaGC [32]. Avšak ďalšie testy vykoná na objasnenie tohto pozorovania.
Okrem toho sa ukázalo, že heterogénne dáta Eber expresie by mohla byť v korelácii s počtom kópií EBV DNA, ako bolo stanovené Q-PCR podpore, že táto metóda je spoľahlivá, ako uvedené skôr [33].
s ohľadom na klinicko-patologické rysy EBVaGC, bol pozorovaný silný vzťah s vekom v čase stanovenia diagnózy (P
= 0,009, tabuľka 3). V skutočnosti, EBVaGC bola častejšie nájdený u skupiny pacientov vo veku medzi 45 a 60 rokov, čo je v súlade s predchádzajúcimi štúdiami [19, 34]. Žiadna iná štatistická asociácie bolo zistené, s výnimkou tendencie s diferenciáciou nádoru a žilovej invázie (P
= 0,075 a P
= 0,09 v uvedenom poradí). Predchádzajúce správy ukázali, že EBVaGC boli časté u mužov, proximálna žalúdka a nádorov difúzneho typu [9, 14, 16, 35-39]. V poslednej dobe sa vo veľkej meta-analýzy, Carmago et al., Potvrdzuje tieto združenia okrem vek pri diagnóze [38]. V našej štúdii sme nezistili rozdiel v distribúcii EBV u samcov v porovnaní s pacientok, v bližšom vs distálnej žalúdka a v črevnom difúzny vs histotype. Tieto rozdiely medzi údajmi možno vysvetliť tým prispenie miestnych rizikových faktorov v patogenéze EBV a tiež veľkosti a charakteristík a kohorty.
Polymorfizmus analýzu prípadov, 12 EBVaGC ukazujú výhradne typ D, F, prototyp Xho
i-retenčné a 30 bp del-LMP1 variant. Pokiaľ ide o polymorfizmus génu EBNA-3C, zistili sme, typu A vo všetkých prípadoch EBVaGC a kombinácie typov A a B, bol nájdený iba v jednom prípade. Tieto zistenia sú v súlade s nedávnou štúdii uskutočnenej na štyroch EBVaGC prípady z centrálnej oblasti Tuniska [34].
Prevahu typu A a F prototypu Bolo tiež preukázané, v predchádzajúcich správach nezávisle na geografickom pôvode EBVaGC ako v južnej China [35], južné Japonsko [40], a krajinami Latinskej Ameriky [41]. Zaujímavé je, že variant-f bol najmä popísaný v NPC spojené s EBV kmeňov južnej Ázie [42]. V tejto oblasti prevládajú typu C a stratách XhoI
variant bola pozorovaná u pacientov s EBVaGC alebo NPC [35, 40], na rozdiel od nášho súčasného nálezu a predchádzajúcimi údajmi o tuniskej pacientov NPC [29, 43].
lepšie definovať genotyp kmeňov EBVaGC a porovnať ich s tými, spojené s NPC, sme vykonali čiastočnú sekvenčné spracovanie exónu 3 génu BNLF1 a porovnala ich s prototypom B95-8 a iní publikoval sekvencií z Ázie a tuniskej kmene NPC EBV [29, 43]. Q334R, L338S a L338P boli nájdené vo všetkých našich EBV izoluje a už boli uvedené v EBV kmeňov spojených s NPC pochádzajúce z Číny alebo Tuniska [29, 44]. Avšak, S366A je špecifická pre EBV izolátov spojené s tuniským NPC a GC .. V skutočnosti, a na základe predchádzajúcej správy Edwards et al. , [44] opisuje sedem fylogeneticky odlišných kmeňov LMP1, možno navrhnúť, aby tuniské izoláty tvorí doplnkovú skupinu s konkrétnym podpisom (T366A), ale táto hypotéza je potrebné potvrdiť sekvencovanie celej BNLF1 génu v týchto izolátov. Podľa tohto dátumu, navrhujeme, aby polymorfizmus v géne BNLF1 predstavujú ďalší argument v súlade s ostatnými EBV polymorfizmy (typ D, prototyp F a XhoI +), ktoré podporujú odlišnosť kmeňov EBV medzi oboma geografických regiónoch.
Na druhú stranu, sme popísali predtým
ostatné del-LMP1 varianty (69 bp a 81 bp delécie klenout kodóny 334-353 a 345-371, v tomto poradí) v tuniských pacientov NPC [29, 43]. Tieto varianty sa nenašli a bol identifikovaný iba 30 bp variant del-LMP1 vo všetkých prípadoch EBVaGC ako už oznámených Chen et al., V rozsiahlej štúdii uskutočnenej na čínskych GC pacientov [35].
Nášho polymorfizmu analýzu EBV izolátov u zdravých nosičov odhalila rovnaký genotyp k tým EBVaGC a NPC čo naznačuje, že spoločné kmene sú geograficky rozdelené, ale nie je spojená s konkrétnou malignity. V skutočnosti, vývoj EBV spojený malignít by mohla byť vztiahnutá k variante potenciálneho imunitného uznanie v odlišných populácií a fyzických osôb, ako navrhuje Edwards et al [44].
Záver
prevalencia EBVaGC u pacientov z južnej Tunisko je 14,8%, čo je v dosahu s vykazovaných údajov. EBVaGC sa nachádza predovšetkým v skupine pacientov vo veku od 45 do 60 rokov a túto úroveň EBV DNA bude odrážať stav Eber v karcinómu žalúdka.
Okrem toho EBV kmene spojená s tuniským pacientov s GC alebo NPC zdieľať niektoré podobnosti, čo naznačuje, že pravdepodobne rovnaký kmeň EBV sú spojené s oboma nádorov. Celkovo naše výsledky podporujú rôzne geografické rozloženie kmeňov EBV, ale nie ich obmedzenia na pridružené malignity.
Vyhlásenie
Poďakovanie
Táto práca bola podporená grantom Ministerstva tuniskej vysokého školstva a vedeckého výskumu , Radi by sme poďakovali pánovi M Jaoui pre sekvencovania zariadenia.
Autorov pôvodné predloženej súbory obrazov
Nižšie sú uvedené odkazy na autorov pôvodnej predložených súborov pre obrázky. "Pôvodný súbor obrázku 1 12985_2011_1593_MOESM2_ESM.tiff autorov 12985_2011_1593_MOESM1_ESM.tiff Autori pôvodnej súbor Obrázok 2 12985_2011_1593_MOESM3_ESM.tiff autorského pôvodného súboru pre obrázok 3 12985_2011_1593_MOESM4_ESM.tiff autorov pôvodný súbor na obrázku 4 Konflikt záujmov
autori vyhlasujú, že nemajú žiadne protichodné záujmy.

• Zvýšenie integrín viazané kinázy non-canonically udeľuje NF-kB sprostredkovanej rastové výhody na buniek karcinómu žalúdka aktiváciou ERK1 /2
• Epstein-Barrovej vírus infikovaných adenokarcinóme žalúdka vyjadruje latentné a lytické vírusovej transkripcie a má zreteľný ľudský profil génovej expresie